annotate test-data/EGF167.vcf @ 1:921c1f55481d draft

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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	64976	.	C	T	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.045103;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:22,8:13,1:9,7
chr1	103756	.	G	T	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.032644;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:22,7:16,5:6,2
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chr1	1749629	.	G	A	0	PASS	DP=22;GPV=1;SPV=0.076023;SS=2;SSC=11;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
chr1	2687442	.	A	G	0	PASS	DP=67;GPV=1;SPV=0.045135;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:32,5:19,4:13,1
chr1	3934011	.	C	CTT	0	PASS	DP=45;GPV=1;SPV=0.004222;SS=2;SSC=23;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:9,9:6,6:3,3
chr1	5673561	.	C	T	0	PASS	DP=71;GPV=1;SPV=0.00023464;SS=2;SSC=36;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:25,11:12,8:13,3
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chr1	6662128	.	G	GT	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.039538;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:23,9:13,5:10,4
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chr1	8007444	.	T	A	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.026369;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:18,8:11,4:7,4
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chr1	10538613	.	T	TTC	0	PASS	DP=94;GPV=1;SPV=0.00068981;SS=2;SSC=31;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:51:40,11:24,5:16,6
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chr1	16553056	.	T	G	0	PASS	DP=150;GPV=1;SPV=0.045458;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:74:59,15:26,12:33,3
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chr1	20651805	.	A	T	0	PASS	DP=72;GPV=1;SPV=0.029828;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:27,11:10,3:17,8
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chr1	25098735	.	G	A	0	PASS	DP=100;GPV=1;SPV=2.3507e-07;SS=2;SSC=66;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:52:32,20:13,10:19,10
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chr1	26037226	.	C	CT	0	PASS	DP=29;GPV=1;SPV=0.11832;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:14,5:7,3:7,2
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chr1	26407725	.	A	G	0	PASS	DP=39;GPV=1;SPV=0.027999;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:14,16:8,5:6,11
chr1	26593918	.	C	CT	0	PASS	DP=40;GPV=1;SPV=0.03809;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:18,7:13,6:5,1
chr1	26818069	.	T	TG	0	PASS	DP=46;GPV=1;SPV=0.026014;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:15,4:7,1:8,3
chr1	28236460	.	T	A	0	PASS	DP=98;GPV=1;SPV=1.8875e-06;SS=2;SSC=57;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:45:30,15:16,6:14,9
chr1	29873254	.	T	TA	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.035132;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:20,8:13,7:7,1
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