annotate test-data/H.vcf @ 2:aea952be68cb draft

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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	101393	.	T	C	0	PASS	DP=63;GPV=1;SPV=0.044769;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:30,9:25,2:5,7
chr1	131552	.	G	T	0	PASS	DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:8,4:3,3:5,1
chr1	181481	.	A	AG	0	PASS	DP=86;GPV=1;SPV=0.0027902;SS=2;SSC=25;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:50:20,15:13,12:7,3
chr1	202670	.	C	G	0	PASS	DP=17;GPV=1;SPV=0.20588;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:6,2:0,0:6,2
chr1	288242	.	G	C	0	PASS	DP=24;GPV=1;SPV=0.018307;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:11:5,6:3,4:2,2
chr1	992992	.	GA	G	0	PASS	DP=44;GPV=1;SPV=0.17876;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:18,4:6,2:12,2
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chr1	993003	.	A	C	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.1025;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:21,4:7,2:14,2
chr1	993004	.	T	C	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.08744;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:19,4:7,2:12,2
chr1	1124108	.	CACACACCTGCGCACACCACTGCAT	C	0	PASS	DP=36;GPV=1;SPV=0.035545;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:21:13,8:7,7:6,1
chr1	1146234	.	C	T	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=1.9644e-05;SS=2;SSC=47;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:22,14:10,8:12,6
chr1	1351361	.	G	C	0	PASS	DP=17;GPV=1;SPV=0.12353;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:6,3:6,3:0,0
chr1	1641642	.	T	C	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.20263;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:21,5:13,1:8,4
chr1	1985120	.	A	T	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=0.00046276;SS=2;SSC=33;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:35:25,10:6,5:19,5
chr1	2617426	.	C	CA	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.055341;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:8,7:3,6:5,1
chr1	2671975	.	G	A	0	PASS	DP=321;GPV=1;SPV=0.026206;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:168:148,20:69,10:79,10
chr1	2696836	.	C	G	0	PASS	DP=32;GPV=1;SPV=0.0094843;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:9,11:8,5:1,6
chr1	2845230	.	A	AACAAAAC	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.0016992;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:8,9:4,5:4,4
chr1	3223178	.	T	C	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.00072552;SS=2;SSC=31;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:10,18:6,7:4,11
chr1	3868659	.	GCCACA	G	0	PASS	DP=34;GPV=1;SPV=0.015632;SS=2;SSC=18;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:11,7:7,4:4,3
chr1	4398515	.	C	CGTGTGTGTGT	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.019548;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:10,7:6,4:4,3
chr1	5631298	.	C	CAAAA	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.042767;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:19,7:10,6:9,1
chr1	6275712	.	G	C	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.015395;SS=2;SSC=18;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:17,7:15,4:2,3
chr1	6570444	.	C	CA	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.02776;SS=2;SSC=15;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:18,10:16,7:2,3
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chr1	7492741	.	A	ACGTG	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.044075;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:15,7:8,4:7,3
chr1	8121082	.	GTGGCATGAACACTGATTT	G	0	PASS	DP=61;GPV=1;SPV=0.00018017;SS=2;SSC=37;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:17,9:8,4:9,5
chr1	8239060	.	CTT	C	0	PASS	DP=23;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:14:8,4:6,2:2,2
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chr1	8861880	.	T	TA	0	PASS	DP=52;GPV=1;SPV=0.038543;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:23,13:13,6:10,7
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chr1	9099655	.	G	GGCCAGTGCAGATCTGCAAGTCAC	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.14763;SS=2;SSC=8;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:22,4:11,2:11,2
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chr1	9634149	.	G	T	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.13684;SS=2;SSC=8;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:10,4:8,3:2,1
chr1	10199513	.	A	AG	0	PASS	DP=36;GPV=1;SPV=0.10365;SS=2;SSC=9;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:24:18,5:7,4:11,1
chr1	10228364	.	A	T	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.17909;SS=2;SSC=7;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:50:19,5:10,3:9,2
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chr1	10987386	.	A	AAGAAAGAAAG	0	PASS	DP=57;GPV=1;SPV=0.0056131;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:30:20,10:11,8:9,2
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chr1	14348051	.	A	ATTT	0	PASS	DP=31;GPV=1;SPV=0.0052174;SS=2;SSC=22;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:22:6,13:2,9:4,4
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chr1	16622717	.	C	T	0	PASS	DP=308;GPV=1;SPV=0.012902;SS=2;SSC=18;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:177:153,24:73,16:80,8
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chr1	16633203	.	G	A	0	PASS	DP=359;GPV=1;SPV=0.017651;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:210:182,28:101,17:81,11
chr1	16634406	.	TGTGTGTGTGTGC	T	0	PASS	DP=213;GPV=1;SPV=0.011244;SS=2;SSC=19;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:114:102,12:49,4:53,8
chr1	16644389	.	T	C	0	PASS	DP=389;GPV=1;SPV=0.02049;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:221:195,26:127,14:68,12
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chr1	16698874	.	T	G	0	PASS	DP=250;GPV=1;SPV=0.0018208;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:140:107,33:53,15:54,18
chr1	16699684	.	C	G	0	PASS	DP=280;GPV=1;SPV=0.046587;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:155:133,22:75,16:58,6
chr1	16701595	.	C	T	0	PASS	DP=272;GPV=1;SPV=0.049711;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:143:119,24:50,12:69,12
chr1	16709200	.	C	T	0	PASS	DP=251;GPV=1;SPV=0.00279;SS=2;SSC=25;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:145:113,32:61,17:52,15
chr1	16709246	.	C	T	0	PASS	DP=240;GPV=1;SPV=0.039109;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:135:117,18:69,11:48,7
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