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author artbio
date Mon, 11 Sep 2017 18:27:40 -0400
parents
children faf1b3b933f5
files sr_bowtie_dataset_annotation.xml test-data/2L-tail.fa test-data/Ensembl_transposon_set.fa test-data/dme_miR21_hairpin.fa test-data/sample.fastq test-data/sample1.fa test-data/sample1_output.tab test-data/sample_output.tab tool-data/bowtie_indices.loc.sample tool_data_table_conf.xml.sample
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/sr_bowtie_dataset_annotation.xml	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,161 @@
+<tool id="sr_bowtie_dataset_annotation" name="Annotate smRNA dataset" version="2.0.0">
+  <description>by iterative alignments with sRbowtie</description>
+  <requirements>
+        <requirement type="package" version="1.1.2">bowtie</requirement>
+  </requirements>
+  <command  detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        #if $refGenomeSource1.genomeSource == "history":
+            bowtie-build -f $refGenomeSource1.ownFile genome  1>/dev/null &&
+            ln -s -f '$refGenomeSource1.ownFile' genome.fa &&
+            #set index_path = 'genome'
+        #else:
+            #set index_path = $refGenomeSource1.index.fields.path
+        #end if
+        #if $input.extension == "fasta":
+            #set format = "-f"
+        #elif $input.extension == "fastq":
+            #set format = "-q"
+        #end if
+        #if $format == '-f':
+            input_nbr_read=\$(( \$(wc -l < $input)/2)) &&
+        #elif $format == '-q':
+            input_nbr_read=\$(( \$(wc -l < $input)/4)) &&
+        #end if
+        #set method_prefix = "-v %s -k 1 --best" % str($mismatches)
+        bowtie -p \${GALAXY_SLOTS:-4}
+               $method_prefix
+               --al matched.fa
+               --un unmatched.fa
+               --suppress 6,7,8
+               $index_path $format '$input' > tabular_bowtie_output.tab &&
+        genome_aligned=\$(wc -l < matched.fa) &&
+        genome_aligned=\$(( \$genome_aligned/2)) &&
+        echo -e "$refGenomeSource1.ownFile.name Matched\t\${genome_aligned}\n" > $output &&
+        #set counter = 0
+        #for $i in $AdditionalQueries:
+            rm genome.fa &&
+            #set $counter += 1
+            #if $counter != 1:
+                #set input = "class_unmatched.fa"
+            #else:
+                #set input = "matched.fa"
+            #end if
+            touch temp_class_matched.fa temp_class_unmatched.fa &&
+            bowtie-build -f $i.ownFile genome  1>/dev/null &&
+            ln -s -f '$i.ownFile' genome.fa &&
+            #set index_path = 'genome'
+            bowtie -p \${GALAXY_SLOTS:-4}
+                $method_prefix
+                --al temp_class_matched.fa
+                --un temp_class_unmatched.fa
+                --suppress 6,7,8
+                $index_path $format '$input' > tabular_bowtie_output.tab &&
+            class_aligned=\$(( \$(wc -l < temp_class_matched.fa)/2)) &&
+            class_unaligned=\$(( \$(wc -l < temp_class_unmatched.fa)/2)) &&
+            mv temp_class_unmatched.fa class_unmatched.fa &&
+            echo -e "$i.ownFile.name Matched\t\${class_aligned}\n" >> $output &&
+        #end for
+        remaining=\$(( \$(wc -l < class_unmatched.fa)/2)) &&
+        echo -e "Unmatched to previous indexes\t\${remaining}\n" >> $output
+        ]]></command>
+  <inputs>
+      <param name="input" type="data" format="fasta,fastq" label="Input file: reads clipped from their adapter" help="Only with clipped, raw fasta or fastq files"/>
+    <param name="mismatches" type="select" label="Number of mismatches allowed" help="specify the number of mismatches allowed during alignments">
+        <option value="0">0</option>
+        <option value="1" selected="true">1</option>
+        <option value="2">2</option>
+        <option value="3">3</option>
+    </param>
+<!-- First bowtie index selection -->
+    <conditional name="refGenomeSource1">
+      <param name="genomeSource" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a built-in index?" help="Bowtie Built-ins were indexed using default options">
+        <option value="indexed">Use a built-in index</option>
+        <option value="history">Use one from the history</option>
+      </param>
+      <when value="indexed">
+        <param name="index" type="select" label="Select a DNA reference index" help="if your genome of interest is not listed - contact instance administrator">
+          <options from_data_table="bowtie_indexes"/>
+        </param>
+      </when>
+      <when value="history">
+        <param name="ownFile" type="data" format="fasta" label="Select a fasta file, to serve as index reference" />
+      </when>
+    </conditional>
+<!-- End of first bowtie index selection -->
+<!-- other  bowtie index selections from fasta in history (mandatory) -->
+    <repeat name="AdditionalQueries" title="Additional Alignment Step">
+        <param name="ownFile" type="data" format="fasta" label="Select a fasta file, to serve as index reference" />
+    </repeat>
+<!-- End of other bowtie index selections -->
+   </inputs>
+   <outputs>
+   <data format="tabular" name="output" label="Cascade Annotation Analysis">
+       <actions>
+           <action name="column_names" type="metadata" default="Reference Index,Number of reads" />
+       </actions>
+    </data>
+   </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input" value ="sample1.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="genomeSource" value="history" />
+            <param name="ownFile" value ="2L-tail.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_0|ownFile" value="dme_miR21_hairpin.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_1|ownFile" value="Ensembl_transposon_set.fa" ftype="fasta" />
+            <output name="output" ftype="tabular" file="sample1_output.tab" />
+        </test>
+        <test>
+            <param name="input" value ="sample.fastq" ftype="fastq" />
+            <param name="genomeSource" value="history" />
+            <param name="ownFile" value ="2L-tail.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_0|ownFile" value="dme_miR21_hairpin.fa" ftype="fasta" />
+            <param name="AdditionalQueries_1|ownFile" value="Ensembl_transposon_set.fa" ftype="fasta" />
+            <output name="output" ftype="tabular" file="sample_output.tab" />
+        </test>
+    </tests>
+  <help>
+
+**Introduction**
+
+Bowtie_ is a short read aligner designed to be ultrafast and memory-efficient.
+A generic "Map with Bowtie for Illumina" Galaxy tool is available in the main Galaxy distribution.
+
+Here The sRbowtie wrapper specifically works with short reads FASTA or FASTQ inputs
+(-v bowtie mode, with -k 1) which has to be clipped from adapter before alignment.
+
+.. _Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml
+
+
+------
+
+**What it does**
+
+.. class:: infomark
+
+This script uses the sRbowtie wrapper to iteratively match reads on a reference indexes.
+Read that aligned to the first reference are realigned to the second reference.
+From this point, unaligned reads are taken as input for alignment to the third reference, etc.
+
+
+Reads are Matched on DNA references (both strands) as fast as possible, without taking care of mapping issues
+
+*-v [0,1,2,3] -k 1 --best -p 12 --suppress 6,7,8*
+
+unaligned reads at step N are used as input for sRbowtie at step N+1
+
+-----
+
+**Input formats**
+
+.. class:: warningmark
+
+*Reads must be clipped from their adapter and provided in a FASTA or FASTQ format*
+
+-----
+
+**OUTPUTS**
+
+**Annotation table in a tabular format**
+
+  </help>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/2L-tail.fa	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,3001 @@
+>2L-tail
+CCCATTCATACAAAATCCTATAGGTACCCCTACATCCACAAAGAGGAAGTTAAAAAGCAAATAGAATCAATGCTAAACCA
+AGATATCATCAAATCTAGCTATTCTCCATGGAGCGCCCCTGTTTGGGTAGTCCCTGAAAAATTCACTCCTACAGGAGAAC
+AAAAATGGCGTCTTGTTATCGATTATAGAAAACTCAATGGAAAAACTATATCTGACAAGTATCACATCCTAATATTGCAG
+ACATTTTAGACAGATTGGGCAAAGCTAGATTGGACTTGATTGGTGGACTAGACACACGAGGACGTGTGAAAGGTCAGGAA
+GGCCGTGTCGGAGCGCAACTCTTCGCATTCTAGGATTCTTTCTGTGAATTCACATGCTGATGAAATTGTAATATATGCGC
+CATACGATTTTTTTGCATACGCTTTTTTCGCCGTGGCTTTAGAGGTGGCTCCAGGATCTCTCGAATTTTTGTTCGAGAGC
+GAGAGAGCGGAGAGCGCTACAGCGAACAGCTCTTTTCTACACATACAATGATAGCAGACAACTGTATGTGTGCACACGTA
+TGCTCATGCATTGTAAATTTGACAAAATATGCCCTTCAATTTAGAAGTTCTTGGACTTTAAACCTATATTATTTTTGATC
+AATTGCCACCATGCAAAAATTCTTCTTTTGCATTGCCTTAAAGTTATTATTATTTAAATAAAGCTTAGAAATAGTAATAG
+CCAAATCATAATATTACAAAATAAATTTCAAAAATGACTATATTAGAATAATTCTCATTAGAGTATTTAGCTTGCGACGT
+ATGAAAAATTAATAAGGCAATGATTGTTGAGTGCTTGTGTCCGCACATCTCGCCTCAAGATATGACTTTTGCTATTTTCA
+TTTATTTATTTATTTATTTGCTACTACGTATAATTGTTATGAAATATTTATATAGTTTTTTAATTGAGCCGAACAAATGA
+TCCGTATTTAAACTAAGATCAACGCTGAAAGTTAAATAGTTTTTATTTTTCAAGTCGAACAAATGATCCGTATTTAAACT
+AGGATCAACTCCGAAATAAATTAAACACTGAATTCGGTTTCGAAATTCGGTTTTGGTTTTTATTAAATATCGGTTTAAGA
+CTTATTGAACTTTACGGTATAACTTTCAACTTAAGACTGATTTCAAATGTGAGTGAGATTGAGAAGGGGCCTCTATGGGT
+TACAGAAATAAAGAATAGGAAAAAAACGGAATATCTCCCAAGGTTGTGAAGTGAAGTAATAACGATCGACACGCAGATAA
+CGCAGAAAATAGCTTTAAACGGTAAAATCATGTGATGTTCTTGGATGTTTACGTTGAGGAGAGCCTCAGAGAGAGCAGAC
+GAAACTGCTAGGTCAGGCTTGGGAATCCGTTTACAAGAGCGGCCCAGTTTGGGTGGCGCGAATATTCAATTAACTGAGCG
+TGATGAGTTGGCGTGAATACGTCACTATATATATATATTTTTTTTTCGCACTGGTCCCATAAAACAGAGAACAGAAACGA
+GGAAATGAATATAATGTAAAATAAATTTTATTAAAAAGTATTAAATATTAGTGTTAATAGGATCTAATTATGTTATCAAA
+AAGTTAATATTGATTGCTATTGAAAATACAAAAGTTACACTTATGCAGAGATGCGTGTATGTGGAGAGTGATGAGATTGG
+GAGGATCATGTAAGAGAGAACGCGCTCTATTATTGTTATCTTGGTACTCTGTCATCGTTGCCTGTTACATGCATGTTAGA
+GAGTAATCGTCCCATTCGCTTGCAGACAACGAGAGAGTGTAGTTCTATCGGTTGCTTAAATAAAATTATTAGTGAATAGT
+TAAAACAATGAAAGTGTTTCACTATTTGGTTGATGGGCTGGCTTATAATATACATACTTAAACGTATTATATTATATTAA
+ATTCAATAATTGCTTTAAGAGCGTCCGAGAGTCAAGACTACAGATAATAGGATAAAGTCTATTATAGTCAGAACATAATA
+CTCTGTAAGGGTCATGCAACTCATAGTTAGATCTACAATGATTTAAGATAAGGGGTATATAGTTTCCAGTAAATGTACTT
+GGAACCGAGAAGTTAAGCCGACTAATCAAGTCGGAAACCGAGGAGTTAAGCCGACTAAACAAGTAGGGACTCTCAACATC
+CCCACGAATAAGCTTACAAATAAAGACTGTTCCAAGCATAGTTCTACGGTTAGCTAGGGACGGTAAATTAATTAAAAGTA
+ATCTACTGGAATAAGGAGGTAATATATGGTTTGCATCCCAATTTAGGCGCCGCAAGTCAAAAAGTAAGAAGTTTTTTTGG
+ACCGATTCAATGCGGTCCGAGTTGACTACGTATTGTGGACTCCAAACAGGTGATCCGTACTCGAGAATTGGACGGACAAA
+CGAAATAAATAAGGTTTTAGTCAAGTAAGGATCATTAAATTCCTTAGACCACCTTTTTATAAAACCAAGCACACCCCTGG
+CCTTATTGACAATAGTCGAAATATGGTCAGAAAAGTTTAGTTTAGGGTCCAGAAGAACACCAAGATTATCAACCCGTGTT
+ATTCTGTCCAAAGGGCACCCACTTAGAGTGTAAGTCGTGCGTATTGGGTTGACACGACAAAAGGTCATAACTTTATACTT
+GGAGCCTTTTAAGTCTAATACGTTATCACGGCACCATATTTGAAATCTGTTTAGATCGGATTGTAAGTCCAAATGGCACG
+AAATGTCCTTGTGCTGGAGGAATAATTTAACATCGTCTGCGTACATAAGTACACGCGAATGTTTTATTACTAAGGGGAGG
+TAGTTAATGAATAAGGTAAAAAGAAGCGGGCCAAGATGGCTCCCTTGTGGGACACCGGTTGTGACTCGGAGAATACAAGA
+TAAAGAATTTATAAAGAGGACTTGTTGCGTCCTGGCATTCAGATAGCTTGAAAATTGGATTTCAGAAGATCAACAATCTA
+AAAGATCAAGTTTTCTTACTAGAAGGTAATGATTAACAGAGTCAAATGCTTTACTAAAGTCAGTGTAGATGACATCTGTT
+TGAAGATTTTTTTTGAAACCCTGTATTACGAATCAAGTTAGCTCTAAGAGGTTAGTGGTTGTTGATCTGCGTTTCATAAA
+ACCGCGCTGACACGGTAATTTGCCGATATTTTTTTTGATAGATCTAACAAAATTAACTATCAGGGCTTAGTGGATTTCAG
+GAAACAAGCGCTGGAAAAAGTTAGACGGCTCATCCAACGAAAACAGACCTTGTCGAACTTACATTCAAATAAAACTAGAC
+ATGATAAGGGGGACAGGATGTATGTGGCCAATAAGCAAATATAAACAAAAGAAAAGTTACGATATAGGGTCAAGGAGGTG
+GCCAGAAAGGATAAGCAACGTGGAATGTGTTCAATAAAGCTGCCTGGTGGGTTGTGTGACGATCCTTACCTTAGTGGGCG
+TGTTATAGGGCTGCATTATAGGCTGCGTATATAGGGCTGAAGTTAACGAAGTGAATTCGGCTCGTTTGCAAATGATCGTG
+CATTTAAACGCGCTCGCTGCCCACTTTAATTCATTCAATTCGAACGGCACATTTTGAAACAAATTACGTGAAGTCCGAGT
+AAAGTGAATAGGCGATTCAAATGTCTTGTCTGCGTATTAGTTTCAATAAAAGACAGTTATGGTATGCTGAGTTCGTGTTT
+TTATATTATTATTTATTATTACTTAAATGATTATACATTATATTCTTATTTTATAGATATACTCATATTTAATTTTCAAT
+ACTATTATGAAGAAACATTATTTAATTAATATTCTCTGAATTTAGAGAGATGGCAGAACGTTTGTCTGTTATTAAATTTC
+GAGCGTCGGAAAATGCTCTCTCAGAGGCAGCGCTAGTTGCTGGTATGCAAAAATTTGCAACTGGCTTTATATAAGTTTGG
+GAACATATTTTTATGATCGTTCCACCAAGCCAGACAGTTAAATCCGTCAACATATATAACATTTGTATTAATAAACATAT
+TAACTTCTTGATCGAATTGATCACTGCTATTGCTATCATTTGGTTTTTCGATGGAGTCGTCAAATGTATCATCATGCGCT
+GGTATGTTTTCTTTTTTTTCCATTTCGAGATTTTCAAATTAAAAACGGAACAAGAATTCTTTGCAATTCTCAATAATTTT
+TTTTTCTGCTGCAGAAAATATGATTAACTTATTTGTGGGTGGAAATATTGTTGAAGTAAAGCAATTTTGTGCAATTTGTC
+TGTTGGAGGAGAGTTGACTTTATATTGGAGACAAGGTCACTATCCGGCAAGTCAGGTTCACAGGCCTTTTTTAATTTGTT
+GATGTATGGTATTGTGAAATGAATTGTAGGAAATTGGCTGCTTTCAAAGTTATTTTATACATCGGTAAATGTTTCAAGAA
+CTCGTGTGATACCTGTAAGCTCGCTTATAGAAATGCATTCTATCCTATCTATTTGTTTTTTTTTTTTCTAAATGTTGGAA
+ATCTCAATCCAATTTTCCTCTATAGATTTCAATAAAAAGAAAACTGTGTTCCATCGTCGCATTAAAAAGAATTGATACTG
+ACTTCTTAAAAAACTGAACCAATTTACTTCATCTATCAACCATTTTAGGAAATTCTATAGTTTTTCTTACCGTTGCCTCT
+ACAACGTTGTGCAATAAATGATTGCCGCGGTGAATATGGTCGTATCCTTGGAAAGCCGCAATCATGTTAGAACCTCTATA
+CGTAACAATCACAGGCTGGTCTTCATCAAGGTTTGGTACTATATATATAATAATTAGCATTAATCATTTTGTTGGTGATT
+GAAAAGCATTCAATTTATATTTTAATTCAATTACCTGTGCATGATTCTCCTTTCATACACTTTATTGCCAAAAGTCGGTT
+TAACAATATGCCCTCTCTTATATAATGTATGGTACAGGACAGATAAGAAAATCTTTAATGATTGTCTGTCAAACATCTTG
+AATTTTACCATTTCTGCTTTAACTGGAACAAAGCCTCTTAATATAACGATGCCACGTTCCTTGAAATTGTTGTCGAATGG
+GGCAAAAGATTGTCGACATCTACGTTAGCACCGTACGTTGTTTCCACTTTGATCAAGAACGTGGCAAATTCTTTGAGGGC
+AGTATCGCCAATCACATTAAATGGCCGACAATTCCTTACAATCCATTTCGTAGCAATTGTGGTGACTTCCGTTTTTGTTT
+CAGAATTAACATTGATAAGAGCTTGGCTATTTAGGCAGCTTATTATATAGCACTTATGTTTAACTAAATTAGAAGTGTGA
+CCGGAAAATTTATAAACAATTTTACAGATCTTGCAGGCCACAAAATCTTTCATCTGCTTTCCTTCTGTATCATGTAGATA
+TAAAAAATAGTGTAATGAACTGATTTTCTTATTTCGCTCACTACGGATTGCAGCGGCTATCTCAGAGAGTTTGCGCGTTC
+GTCCCACCAAATTTATGATTTGTGTGATTGCCCGACCAAGGAAAAGCAATGGGTTCATATTAAAGCCGTATATTCTACTT
+TGTGCGAGTATGCGGACGGGAAAAACTCCGTTACTGGTACGGGCCCACGGAATAACGGCACAAGGAGCAGAAAGAAAACC
+GAGGTTTTGTCACGGAGAGTGCGGCTCGAGTCCGTCTTTTCAAATTTGAGATCGTCATGGCAGCACATATTGTTCACGCC
+CGGGAGGTACGAGAGACCGACGTCGGGGAACAGCCCGGGGCGATATGGAGTAGGGATTCCGATTCCTATCTCCAGCTCCT
+TGCGTCACCACTGGTGTCGCGATCTCCATCCCCGTGGAGTATGGAGAACCCGAAAGAGATGGACCCGTTATGGAGGCGAG
+AGTCGCCACCACAGGCACACGTCGGCCAGGTGGTCTGCACGGTCGAGACGGGAGGGCGTCTGTGGCACCAACAGTCGGTG
+AATTGGACGTGGCCCGCACCGATGGAGGCCGAGGACGCGGCGGAAGCCCGTGTTTTGGGGTGGCGGAAGCGATCGGCTGG
+AGGACGGCGGGCCAGGAGTCACGCGATCCGCAGCTACGCGCCCGAGCAGAAGGTAAGAGGCCGGAGGAGGAGATCCCGAA
+GGAGGCGAACCCGAGGGAGGAGAGATATATCAGATACCAGAAAAAATATAGATATCTTTCAACAAGGGGCTATTCTCATA
+AATGGAAATAATATTGTAAACAATTCCCATTTAGACGGGTCAAATTTAATAACATTCAACGACACAACTATAATAAAAAA
+TAATGTATACACCAATTTAGAAAACAAATGTAGTAAGCTAGAGGTACACAGACATAAGTTCAGTATAGCAACATAGTATA
+TAAACATTAAGTATATAAACATTAAGTCATTGTTCGCTTTCGGGTGGCATTCTCTCTTTTTCGCAACATCGGCTCTGTAG
+CAACAATCATAGAGGCAGATCGCAAACGGAGAGGGAGTCAGTCGAATGCTAAAGCTGAACACGTGAAGTACCAAATAAAC
+CAATGAGGCCAACTCCTGCGTTTGTGTTTTATTTAAATAAGAGGACTTATAGTACCCCTACATTATCAGAAGTGGGCCGA
+TCACGAGCCAAAGAAGAAAAAAAAATGGATATAAGCAATGCATCGACGGCGCAAATAAAAGGGTGGATGAGTGAAGTAAA
+AGAACCAACCACGGGAACAAAAAGGGAATTGATTTTGCGTTTGAATAATTTAACAAACGAAAAGCGAAATCAATTAAAAT
+TATTATTAAAAAGCGAGGAAGAAGATTTCTACGGAAGCAGCAATAATAATGTTCAAAAAGGAAAAAGAAATAACAGAAAA
+GTCGGAGAGCATAAAGACGACGAAAGTGACAGCGAAGCTGAAGATAGCAGCGAAGACGGCGATGAGAAGAGCACTGTGCG
+CAACAACAAAAGTAACGGCGAACATGACGACAGAAGCGGGGTACGCAGTTACAAGAACAACAGTGCAGACGGGGCCCGAG
+TTACCACCCCACCCCCTAAACCTCCACGCCTCTAACTCTGTCGGACACCGAACCGGGAAGACGAACAACTGGAACACCGC
+ATCCGGCCAAACGCTGACTTCGCGTACAAAGTTGCACAGCAACATTGTCTGCGAGGAACCCGGCCGGCCAAATGCTGAAG
+CGGCACAAAATATGTCTCTGTTTACATTAAAAACCTATGTACTCTTAAGACCTACACACTTATGTATAACCTCAAAAACA
+ACATTTTATACACATATTTACACATAATTTGACACAACGTACTCATGCACCACGTTCCCGCGTCAATGGGGAATCAAACG
+CTGATCACCACACTGACGACGAGTACGTATACATGCAATGTGGTTTATCATATTTCGAAACAAACAAAGTCTCATTCGGC
+ATATCATGACAACAACAAGGCCGCATGTGTGATTGCATACCCATGTCCAGGGAGTCGAAACAAAGAGTGAATGCTTGAGT
+ATCGTCAAGATATCTCGCCTTTTCGCTCCCCTGCGAAGTGCCGCTATATTTATGAAAACACACTCCAAATAGTAAAAACA
+ACAAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAGGGGGTCGACATACAAGTATACTTTGTTCTTTTCGTAATATAATTTTACACATAAAC
+AAATATTAACACTCGTAACATTACAGAGCATAGAAAAAAAGGGGACGTATATACAAACGTACACACAAATCAGTAAATAC
+ACACAAAATTCAAAGTACTTACCCATACACAGGTGGAAATATATCATTACATTTAAAAATATTTTAAAATAAGCACACTA
+TCTACGTTTAAATACTCTATATACACATACACCCACACTTAAATAAGAACACAAATTACATTTAACTACACTATATACAA
+ACACATACTTAAATAAGTATATGATTTACATCTAAATACGTTATATATATACATACTTATATAAGTACACCATACTTGAG
+ATACATTATAGGCACACTCACGTATTTCCCTGAGGTAGAAAACTTGTTCATTGTTTTCCGGTCATATACGACAAATCGAG
+AGACTTAAAATTTAATGTCAAAAAAGCTGGTCTATAATCTAAGGAGGACTATGCGTTCCGTTGTCGCACCCTTCCTCTGC
+ACCCTACTAAACGTTCTGACCCTCTTCCCACGATTTCAGAAGAACCTAGATCAATTCCCCACCAAAAACTTACAATGGAC
+TCAGGTAATGGTTCTAATCACCCCACTCCACCTCTCTTAACACCCACTGTCAGTAGATTTGGCTCGGTAATCTCAACGAC
+TTTCAAGCCTAAAGACATTATGGCTTTCGTTGAGCATTTGCCAACATTTGACGGCACTCCCCGCCAACTAGGCAGATATA
+TTACTAGCGTAGAAGAAATTCAAGTGCTATTAAGGGGGGCAGATCAAACGCCATACGGCCTACTTACCTTGAGGACCATT
+AGAAACAAAATAATCGATAGAGCCGACGAAGCCCTAGAGCTCGCAAATACCCATTTGGTTTGGGACGAGATAAAAAACAA
+CCTCATTCGACTCTATTCGAGCAAGAAAAGCGAGGCCAACTTGCTAAGTGAGCTTAGCACATTTTCTGACAACCAGACTT
+TGGGCCAACTGTTCTTTGGAATATCAAAAGTGAGAAGATAACTCTTCTCCATACTCAAGAATAGCAAGCACAACAACACC
+GTTATAGACGCCAAGAAAGTTGTCTATAACGAAGTGTGTCTCAACGCTTTTATCACAGGTTTGAGAGAACCTCTCAAGAC
+GTTCGTCAGGCTTAAGTCCCATTCTACTCTCGAACAGGCATACGAGCAATGCCAAATAAAACAGACCTTGTATAGGGCAC
+AAAACAATCGGTCCAATAGAACAGAACAGAGATCCAATGAATCGGATGGTAGAAATCTACGAAATAATAACGACAATAAC
+AACCGCAATGGACGAAACGACCGAAACGACCGTAGAGGACCATATTCTAATTCTAATCAGGACAGATCATCTAACTCGTA
+CAACCGTACACCTTAACAATAACCAAGCCAGTACTTCAAACCCCTTCCGAACATCGTCGCATAGGCTGAACAACATAGAG
+GAGAACCCTCAACCCAACCCGAATTTTCAGAAACCCGCCTCGGAAGGACAACTGGGTACATAAGTCCGGCCACACACAGT
+CCCTCTCTTCCTTTCATTAGAATCAAACTACCCCATACAAACCCCATGAAATTCTTGATTGACACAGGCTCTACACACTC
+CTTTATCAACCCAAAATACGTGGATTCTCAACACTGTGCGACCAAAGACCCTAGAATAACAAGATGCGTAACGCCATACG
+ATTTTTTGGCCCACGATTTTTTGGCCGTGGCTCTAGAGGTGGCTCCAGGCTCTCTCGAATTTTTGTTAGAGAGCGAGAGA
+GCGAAGAGCGCTACAGCGAACAGCTCTTTTCAACGCACAAAGTGATAGCAGACAACTGTATGTGTGCACACGTATGCTCA
+TGCATTGTAAATTTGACAAAATATGCCCTTCACCTTAGAAGTTCTTTGACTTTAAATCTATATTATTTTTGATCAATTGG
+CGAAAAATTCTTGTTTTGCATTGCCTTAACGTTATTATTATTTGAAAATAGATTAGAAATAGTCAAATCTATGTACATAT
+TATCACAAAAATAAATTTCAAAAATGACTTTATATAAGAATATTTGTCATTAGAGTATTCATCTTGCGGCGTGTGAAAAA
+TTAATAAGGCAATGATTGTTGAGTGCTTGTGTCCGCACTTCGTGCCTCAAGATATGAACAAAGCAAAGACACTAGAATAA
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+ATGAGAGACAAATTAGAATTAAACTTAAATATAAATGTGTAAACGGTAGCTAATTCGAGCGGCGATTTTAACAAACAAAT
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-384
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++
+:A=:0?>FGGGGGGGGGGGGGGGD
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++
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++
+BBCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BCBBCG@GGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-511
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-527
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-538
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-539
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-541
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++
+CCCCCGGGGDGGGGGGGGGGGGFGGG
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++
+CBCCB1FD1@FGGGGBGAGC
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-569
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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+=3300/=;//FFD>:CF1@1:B
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-902
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-906
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BCBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-929
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-931
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++
+BCCBBFGGGGFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-932
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-933
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++
+CCCBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-934
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGGG
+@HWI-935
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++
+BCCCCGGGGGGGGFGGGGGGGGFGG
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++
+AAA0<?CGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-937
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++
+A?ABBGEGGGGEDGGGEGGCGG
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++
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++
+BBBBBGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-940
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++
+BCCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+@BBBBEGFGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-942
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-943
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-944
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++
+BCBBBB0EB>GEB@GGDFGGG
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++
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++
+CCCCC@FGGGGGGGGGGFGGGG
+@HWI-947
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+B@BBBGGGGEGGGGGGGFGBG
+@HWI-954
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++
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+@HWI-955
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++
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+@HWI-956
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCBBCGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGE
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+?A=ABGGGGGGFGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-996
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++
+BBBBBEGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1015
+TACCGTACACTCTGCAGCAAAATGGGG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1016
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1017
+ATGCCTGTATGACCTCCTTGAATTGGA
++
+CC@BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1018
+TAATTACCGGTATAGCACACTTTTGT
++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1019
+AATGGCACTGGAAGAATTCACGGG
++
+BCCBBG>FGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1020
+AATGCTAGATAAAGTGCCAGAATCGGAC
++
+BBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1021
+AGAGTTCTACAGTCCGACGATC
++
+BBCBBFFGGGGGGGGGGGGGGF
+@HWI-1022
+ATATGGTTGAGTGTTGTA
++
+BABABGGGGFGFGGGGGG
+@HWI-1023
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++
+BBCBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1024
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTC
++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1025
+AACGGCACGCCAAAGAACTCT
++
+ABBB@ECEGGGGBFGGGGGGC
+@HWI-1026
+TAAAGTTATCAACAGGCTGCTACC
++
+CCCCCGGGGGGGGGFGGGGGGGGG
+@HWI-1027
+TAGGAACTTCATACCGTGCTCT
++
+BBCBBFGGGGGGGGGGGGGGGF
+@HWI-1028
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1029
+TCACCGGCTGGAGTAGCGCTACTCT
++
+B@BBBG<AGGB@GGG1FGGGFGGGG
+@HWI-1030
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++
+BBBBBDFFGDGGGGGBGGGGGEFGG@
+@HWI-1031
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++
+CCCCBFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1032
+ACAGAGTTGTCAATTATTTTTT
++
+CCCCBEEGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1033
+TATTGCACATTCACCGGCCTGA
++
+BBBBBGDGGGGGGD@FCC/=F@
+@HWI-1034
+AATTGCACTAGTCCCGGCCTGC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1035
+TCCCTACCAGCAGTGCTCTTTCACT
++
+BCBBBFGGGGEGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1036
+TATTGCACTTGAGACGGCCTGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1037
+TGTTGCACTGTTGTAGCTGGGACACT
++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGFGGG=DG
+@HWI-1038
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
++
+CCCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1039
+TAACGAACTAAACTTAACTGGCTCC
++
+B:=BBGGGGFGG>FCBBGFFCGGEG
+@HWI-1040
+TAATACTGTCAGGTAAAGATGTC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1041
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++
+CBCCCFEGGGGFGGGGGGGGGG
+@HWI-1042
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1043
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++
+B@BCCGGGGGGGGGGCGGGEGG
+@HWI-1044
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++
+BCBBBCGGGGGGGG>FGGGGGGGGGGG
+@HWI-1045
+TAGCCGAGCTCATGAACTTCGTGCAGG
++
+BBBCBGGGGGGGGGDGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1046
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++
+BBBCB1FGGGGGGGFGGGGGGGGGG
+@HWI-1047
+TAAAGAATATACGACTGACTATAGC
++
+CCBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1048
+TTATACTCTGTTCCTTACCTTTGGTA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1049
+TATTGCACATTCACCGGCC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1050
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1051
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++
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+@HWI-1052
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++
+A:AABGGFGGGGGGGGGGGG@GGDC
+@HWI-1053
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++
+CCBBBEDCGDGGGGFEGGGGGGGG
+@HWI-1054
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++
+ABBBBFGGGGGEGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1055
+CGAGTTGTTTGGGAATGT
++
+3<3:A/BFDBGGD@FGGF
+@HWI-1056
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++
+:ABBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGF
+@HWI-1057
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++
+@A<ABFDGGGGGGGGGGGGEGGGGGGG
+@HWI-1058
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++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGFGGGGGG
+@HWI-1059
+CCCGATGAACCTGAATATCCG
++
+B@BBBGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1060
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1061
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGFGG
+@HWI-1062
+AACTATGACTCTCTTAAGGT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1063
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++
+AAB?0FFGCGGGGGGEGGGGEGGGGGG
+@HWI-1064
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++
+CBBCCGEGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1065
+TAAACTTCCAACTTAACGAGCGCC
++
+CCCCCGGCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1066
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++
+BABABF<GGGGGGGGGGG
+@HWI-1067
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++
+CBBBBGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGGG
+@HWI-1068
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++
+BBCBBFGG@GGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1069
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++
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+@HWI-1070
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++
+CBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+BBBA0CEBFGE1E>CGGD/EGF
+@HWI-1072
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++
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+@HWI-1073
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++
+CCBCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1074
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1075
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++
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+@HWI-1076
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++
+AA?ABGDDCFGFBEG//BGGGGEFG
+@HWI-1077
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++
+<BBB0=1FGGGGCCGGDG>E
+@HWI-1078
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++
+BCBBBGGFGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1079
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++
+BBBBBEGGGGDGGGGEGGGGGGGCGGGG
+@HWI-1080
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++
+CCCBCGGGGGGGGGGGGGEGGGG
+@HWI-1081
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++
+B?BBBFGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1082
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++
+CBCCBEGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1083
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++
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+@HWI-1084
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++
+CBBBBFGGGGGGGGGGGEGGGG
+@HWI-1085
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++
+BBBBBGGGGGGGGGGGGGGCGGG
+@HWI-1086
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++
+BABAAFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1087
+TCCACAGAGCTATTGATTCCTCGGA
++
+BB=B@FFEGGGGECGDGBGFGGGGG
+@HWI-1088
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++
+CCCBBGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1089
+TAATTTCTCTTAGCCCGTTTGC
++
+CCCCBFGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1090
+TGAATAAAGGAAATCCGTTGGCCACCAG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1091
+TCGGTCAATTGTGGCTCGTCTGCCATC
++
+BAB@:FGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1092
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++
+BABBBFGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1093
+TAATACTGTCAGGTAAAGATGTC
++
+CCBCCGGGGGGGGGFGGGGGGGG
+@HWI-1094
+TCAGTCTTTTTCTCTCTCCTAT
++
+BBCCBGGGGGGGFGGGGGGGGG
+@HWI-1095
+TTTGTGACCCCAAGATCATCGTCAGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1096
+TTCGGTTCATAATTTTGTTAAGTCGC
++
+A=3A=;/01>=CG>G1C=@@@DFG/E
+@HWI-1097
+AATTAGAACCCAGGCAAGCACGCCGCC
++
+BBBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1098
+CTAAGGAAATAGTAGCCGTGAT
++
+:A?BBGCGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1099
+TCCGTAAGTGACTGTGGTTAATTTA
++
+CCCCCEGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1100
+TATTGCACTTGAGACGGCCTGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGF
+@HWI-1101
+TTTGTGAAGAAGAGATCAGTCAGT
++
+AA3:<ECB>>FF>BFCG1@F>FGG
+@HWI-1102
+GATTGCATCGACCTGTCTGTGGCAAA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1103
+TCCATCGTCTTGCCCATTCCGAGAACC
++
+B@3?@C>FGGG@>FGEGGGGEBAAB>C
+@HWI-1104
+TGAACGACCCGTGCCCTGTAAGC
++
+BBCCCGGGGGCGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1105
+CCACAGAGCTCTAGCCGAGGAAG
++
+B@BBCGGGEGGEGGEDG<CAGGF
+@HWI-1106
+CATCTTGTTATTCTATTGTCTTTGGTC
++
+BBCCCGGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1107
+TCCGTTGGATTATGCCTG
++
+BCCCCGGGGGGFGGGGGG
+@HWI-1108
+TTCGTTTGGCTCTTCTGATCTCATGG
++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGGGGGFGGG
+@HWI-1109
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1110
+ATGTTAGTTACTTGTTCCCCGGAT
++
+AA3:AFFGGEGFG@F1>FGGGGB>
+@HWI-1111
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1112
+TGTAGATCCCTTCCTTTTAGTCTGAG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1113
+TACCCGGACTTGTCCTTTAGTCGTACT
++
+BAAB=C>/C/FEGGFGBGGCGGGGGGG
+@HWI-1114
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++
+BBBBADGGGGGEGGGGGGBGGBCDG
+@HWI-1115
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++
+BCCCBGFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1116
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++
+BBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1117
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1118
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1119
+TTTTCGAACTCTTCGTTTTAGCCT
++
+BBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1120
+TCACTGGGCTTTGTTTATCT
++
+BB@@AEFEGBGGGGGGGGDG
+@HWI-1121
+TATCATGTAGCAGCTCAAGAACCCG
++
+CCCCCGEGGEGGGGGGGGGGGGFGG
+@HWI-1122
+TCGCGGCTGCCGTCTCGGCGTTCC
++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1123
+TACCCGTGTAGGTGAACGCCCTCGAGAA
++
+ABBBBFGGGGGGFFFGGFGGGGGGGGGG
+@HWI-1124
+TATTGCACTTGAGACGGCCTGA
++
+BCCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1125
+TTTTGAGAACTTTGCTTATGACATAGG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1126
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1127
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1128
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1129
+ATCCTCTGTAGCATTTATGATATCGT
++
+BBBB@GGGGGGGGGCG>GGGGGGGGG
+@HWI-1130
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT
++
+:<3<?G@FFGGGG@D=FGGGG
+@HWI-1131
+TTCCTCGTCAGAGTTAGTGCTGTCT
++
+BBCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1132
+ATAAGGACATTGTAATCTATTAG
++
+BBBBBGDGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1133
+AAGAGAGCTATCCGTCGACAGTCC
++
+:<BA:E/FFG>>@GGGG@GGGGGD
+@HWI-1134
+CGGCATGTCGAGATCAGAGT
++
+AB3?BEFGGGGGFGGGGGGG
+@HWI-1135
+CATATCGCAGTCCATGCTG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1136
+CCACTCAACTCTTCGCCCACCGACTG
++
+CBBCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1137
+TAGTAATTGGTGATCTATTAGACT
++
+BBCBBGGGGGGGGGGFGGGGGGGG
+@HWI-1138
+TTATATAGTCGGAAGCGCTGCCTTC
++
+BBBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1139
+TCTGCAACGCCACATTGAAGGCCCT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1140
+GACAAATGCAACTCTACGATCGGT
++
+BBBBCGGGFGGGDG>GGGGGGGGG
+@HWI-1141
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1142
+TATTGCACTTGAGACGGCCTGA
++
+CBCBBGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1143
+TGCTGCTGGTAGAGGCTCCTTTGAAAAA
++
+B@BABGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1144
+TGAGATCATTTTGAAAGCTGATT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1145
+ATACACCGGCAAGAACAAAACGATTATT
++
+AAB?AGGGGGGGGGGGGGGGEG@GGGGE
+@HWI-1146
+TTCGTCCACCACAACATCATTAGCTGT
++
+BB@BCGGCGEGGEGGGGGGGGGGFCGG
+@HWI-1147
+TGCAACGAGTCGAGATGAAAGGAAAGA
++
+3=AABDGGGG>EFG>GGGGGG>:DECF
+@HWI-1148
+ATCCCATGCAAGTCGGCAATGAC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1149
+CTCTACAGCGGCATCGTCATCTCGA
++
+AB?BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1150
+TACGCATTAACAATATTATGGACCTG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1151
+TATTATCATCTCGTTCGTCCGTCGCC
++
+BA@BBGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1152
+TATAAATAAAACCGCCAGTGTTACTGT
++
+BB@?BGFE>1E@//=/CC>1==D@11:
+@HWI-1153
+TTGCAGAACCCGACTTGCGCTCAAC
++
+CBBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1154
+AGCTAGAATATACCAGACTGGATG
++
+=B@=ABF11?E1FEG@DGG@BG>:
+@HWI-1155
+TCTCATCTGGGTCGTCATTTTCTGTT
++
+BBBBCGGGGGGFGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1156
+AACAGAGAATTGAAAACCACGGACTT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1157
+TATTGCACTTGAGACGGCCTGA
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1158
+CATCACAGTCTGAGTTCTTGC
++
+@BABBFG>GGBBGEF>FGD@F
+@HWI-1159
+TTTTCACCGGTCTGTTTTTCTGCAAAC
++
+BBBBBGGGGGDGGGGGGGGGGCGGEGG
+@HWI-1160
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
++
+BBBBBEGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1161
+TATTTTTTCAGATGATCAGCGAAGACTC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGGEE
+@HWI-1162
+TGTCTGATGACTACTCGGAAGCCT
++
+AB:AAEGGGGGGGEGGGGGGGGGG
+@HWI-1163
+AAAACTATTACTCAGCCCAAAATT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1164
+TCGGCTGATGTTTCTCCTGAAGTAGGG
++
+=BBBCGGGGGGGGGGGGGFDGGCFGGC
+@HWI-1165
+TTCAGAGAAGTCAACCAAGCGAATT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1166
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1167
+TAATACTGTCAGGTAAAGATG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGEGGGG
+@HWI-1168
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++
+3A3<:?11E11111EFEGE>D;<
+@HWI-1169
+TATCTAGATCTCTTAATTTAAAGAAG
++
+3BBA@GECG@1>F1=>>@E1>@FGED
+@HWI-1170
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTC
++
+BBBBBGG>FGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1171
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++
+BB@BBFGGGGGFGGGGGGGGGG
+@HWI-1172
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++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1173
+GTAGCCAATTGTGGAACTTTCT
++
+AAABBFF@GCGF@GGGGGGCGF
+@HWI-1174
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGCAA
++
+CCCCCGFGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1175
+TACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
++
+BCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1176
+TTTCGAGACCACTCTAATCCATT
++
+BABBBB10EFDGF@FGGGGGGGG
+@HWI-1177
+ATCAAAAAGGGTAACTGTATCATTTT
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1178
+TCCATTTGGTGCATGTAGAGACCG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1179
+AAATATCAGCTGGTAATTCTGGG
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1180
+AAGAGAGCTATCCGTCGACAGTC
++
+BBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1181
+AAGAGAGCTATCCGTCGACAGTC
++
+BBCBBGGGGGGGGGGGGGGGGGF
+@HWI-1182
+CCATCGGTATGTCCATACT
++
+CCCCBGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1183
+TCAGGGCTGCAATTGTTTCC
++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1184
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++
+CCCCCFCGGGGGGGGEGGGGGEGGGGG
+@HWI-1185
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++
+B@ABBFGGGEBFGGGGGE@FGGEGGGD
+@HWI-1186
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++
+BABBBEGGFFGGGFGFGFGGGGGGGG
+@HWI-1187
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++
+AB???@11CD>FFDF@FFGGBGDFB:D
+@HWI-1188
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1189
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++
+CCBBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1190
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++
+ABBBB11G1=F>BGGEGC1=B;;<<
+@HWI-1191
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++
+:AB0:E;CBBCGG<GCEGGGC11
+@HWI-1192
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++
+BAB@A//=/@/=1;===@1ECF>G@
+@HWI-1193
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++
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++
+A3:AAF1EFGEGBBBAGGEGGGG1>
+@HWI-1195
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++
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+@HWI-1196
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++
+BBB@BGFGGGGGGGEGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+33300;EFB1C1FGGGGGC;;EG@G@1
+@HWI-1205
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++
+CBCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1206
+TATTGCACATTCACCGGCCTGAA
++
+CCCCBGEGGGGGGEGGEDGGGEG
+@HWI-1207
+CCTGATCTAAATGACTGCAGAACCCT
++
+BBCCCGGGFFGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1208
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1209
+AGTGACGAAAAATAACAATACAGGACT
++
+CCCCCFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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+CATCACAGTCTGAGTTCTTGC
++
+BA3A?;1F@F@F1EG@FEGGG
+@HWI-1211
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-1212
+GCATATCTCACGCTGTGTCTGTAGATT
++
+B@BBBFGGGFGFGGGGGCGGGGGGGGE
+@HWI-1213
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++
+CCCBCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGB
+@HWI-1214
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++
+BCCCAFGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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+TTGAATCCAAAGGTTACTGTTTT
++
+BCBBBGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-1356
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+<<AB=>/@;BCEF1EGCG/C<FFB>1>B
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++
+@BBB?CDGG1>;BGDGGG==FGFG
+@HWI-1630
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2036
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2037
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+@A:?@;BEGGGBFGECCGGGEGGGGG>F
+@HWI-2039
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++
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++
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++
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++
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++
+B?BBBFGGGDGGGGGDGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
+@BBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+BBBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2153
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++
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++
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+@HWI-2155
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
+=<=<=0///EAGGDEECGGG>FGCGD
+@HWI-2163
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++
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++
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+@HWI-2165
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++
+CCCCCGGGGFGGGGGGGGGGGGGG
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++
+CCCCCGGGGGFGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2167
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++
+B@BBBGGGGGGEGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2168
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++
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+@HWI-2169
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++
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++
+BCCABGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2171
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2172
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2173
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++
+AB:A0FF1E>;=B<CGG99FF>@D
+@HWI-2174
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++
+AB=<ABGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2175
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++
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++
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+@HWI-2177
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++
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+@HWI-2178
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++
+BBCBCGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGGGG
+@HWI-2179
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2180
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++
+BCCCCGGGGGGGGGGGFGFGGG
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++
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++
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+@HWI-2183
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++
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+@HWI-2184
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++
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++
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+@HWI-2186
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++
+CCBCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
+@HWI-2187
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++
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+@HWI-2188
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++
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+@HWI-2189
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2194
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++
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++
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+@HWI-2196
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2226
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+<3:?BCGGGEGGG;/=EEFG
+@HWI-2248
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++
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++
+A??0<FGGGFGGDGGGGG
+@HWI-2250
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+###########################
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+@HWI-2555
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++
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++
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+@HWI-2557
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-2588
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++
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++
+BCCCCCGGGGGDGGGGGGGGG
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++
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+@HWI-2591
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++
+CCCCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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++
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+>49712
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49713
+TTCTCTGTGAATTAATTGGCGTGCCT
+>49714
+TGACCGCTGTCCACTCGCCTCAGGCAAA
+>49715
+TTTGTCCGGGTGCTTCGAAAGAACTCT
+>49716
+TGGTCGGAATCGGTTGTATTTAAAA
+>49717
+TTAGATCAGATTTGTGGAAAATT
+>49718
+TAAAATGGTCATATAGATGTAAGAA
+>49719
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGCAAAA
+>49720
+TAAAGAAGTATTTCTTTGGTGAGGGGA
+>49721
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49722
+AATGGCACTGGAAGAATTCACGGG
+>49723
+TCTTATTGGACAGAACAATTGAATGCT
+>49724
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49725
+ATCGGTGGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49726
+ATCATTCGTATTGGCTTTGTAGGACGA
+>49727
+CCCGTACTCTGTGGTGACCAACACACC
+>49728
+TAGGCAGAGAATTGTCTGATCCGTGGGA
+>49729
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
+>49730
+TTCGGACGTTGAATATCTTGGTGCTA
+>49731
+TACGGGGACTTCCTCGATGTAGACGGGC
+>49732
+TCTCGGTAGTGGAAATTTGTCAGCT
+>49733
+TGTGTTGATGGTCAAGTTCTGGGT
+>49734
+TTTGCATACTTCCATTCTCTTTTCGTG
+>49735
+TTACAAAGTTGTAGATTGGTCGGG
+>49736
+CAGTACTGTTTTGATACTTTCGTG
+>49737
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49738
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49739
+TGTTTTTCGGCCTTATAAACGGGGC
+>49740
+ATGGTAATCATGCTGCAGAAAGGTGC
+>49741
+TAATTGCATTTCACTTGAGAGAGA
+>49742
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49743
+TCAGATATTCTGGGAATTCAGAAGA
+>49744
+ATCGGTTGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49745
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49746
+TCTGGTTGCGCAAAACTCGGGTGC
+>49747
+TTTAGTCATGCTGGAAGCTTGCCAGA
+>49748
+TCTTTGGTGATTTTAGCTGTAAAA
+>49749
+GGTTCTATGGTGCAATGG
+>49750
+TTTCTACGATGGACATTAGTTGCGC
+>49751
+TTTGAAATCGGAAAATTACCCATT
+>49752
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49753
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49754
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGC
+>49755
+TACATTTTCTTGTGCTGCTCTGTGC
+>49756
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49757
+GGTTCTATGGTGTAATGG
+>49758
+GGATCTATAGTGTAGCGG
+>49759
+TATGTGGGTGAATGAAAGGTAGGA
+>49760
+TGTACGTGCTGCGGTAGCTGAGAGAGC
+>49761
+TTAGATTTCCCAGGCTTGTAGATGAG
+>49762
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49763
+TGAGTAGAACAGCCGAACTTCCGGAA
+>49764
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAGA
+>49765
+TCAGTAAATAGGTTGTGG
+>49766
+TTTGCCAGATCGATCGTTGTAAAATA
+>49767
+TGCTATTGTCGCTGTGCGAGAGAG
+>49768
+GTGCTGATAACGCGAAGGTCGCGGGT
+>49769
+TATTGTAATCCGAAGTAGTCAGT
+>49770
+AATGGTTTTGTCGTTGAGTTTCCGG
+>49771
+GCGGCCGGCTATGCCCATGGTGGTCGA
+>49772
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49773
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49774
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49775
+TATCGGGTCTGAAGTTATCAAA
+>49776
+TCAGTAAATAGGTTGTGGTCGGA
+>49777
+TGTGATGTGACGTAGTGGAACA
+>49778
+CAATAGCGTCGCTGAGTAACAGTG
+>49779
+ATCTGTAATCTTGACTCTCTG
+>49780
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49781
+TTCCCAGGCTTGTAGATGAGT
+>49782
+CATTTCAAGAAAAGCCAAAGATGTTGA
+>49783
+ATGATGATCAAGTAAAAGCTGCT
+>49784
+TAGCCTCTACTAGGCTTTGTCTAA
+>49785
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49786
+TTTGGCTTAGTCACACAACATTGGT
+>49787
+TTGAACTCGAGGAATTGGTAGCACT
+>49788
+TGAGATCATTTTGAAAGCTGATA
+>49789
+GGACGTAGCTCAGTGGAGAGCGCT
+>49790
+TCTGAAAAGTAGCTGCGGATGATTC
+>49791
+GAGGTGTAGAATAAGTGGGAGATAT
+>49792
+TTTAGGTGATCTAATCGAAACTGTGA
+>49793
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49794
+TATGGTGAGGTTTACGACAAGTCGAA
+>49795
+TGAGTTTATCGATGGTCTGTTGAA
+>49796
+TTGTTATGACTTCGTGTACGTTGGGC
+>49797
+TAAATGTCCTCCACTACTGAAAACGGGC
+>49798
+TTGAGCTGTACTACGCTAATATGAGC
+>49799
+TAAAGAATCCTGACAAGATCTCGGG
+>49800
+ATTTAAAAATTTAAAAGCGGGGA
+>49801
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49802
+TGTAGATATAGGTTGGAATTTCTTGGC
+>49803
+TACTGAAGGAGTGTTGGTTTCATTAAT
+>49804
+TTTGTCTAGGATTTCGTTGATGTG
+>49805
+CAGGAGATACGTGCCAGTCGTTTATA
+>49806
+TTGGTTGCTTAAAACAGCAGGACGGT
+>49807
+TCTATCCAAAGAGCTGATTGTCATACT
+>49808
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49809
+CATAGCTCAGAAGTATGGGGTGGA
+>49810
+TTCTTGAGGATCTAGATTGGC
+>49811
+TCCTTTGATGACTACTCTGTACGCTC
+>49812
+ATGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49813
+TGTGAGAAGTCAATCTGATTGGTGGTT
+>49814
+CGTAAGTGACTGTGGTTAATC
+>49815
+TGGAAAAAACCGTTTTTAAGATCGAGT
+>49816
+GGAGATCGGAGTTAATGTTTGCT
+>49817
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAGTA
+>49818
+TAATTTGATAAAGTGCTGATAGATT
+>49819
+TGAGTAACGGGTATCTGATAGTC
+>49820
+ATTGAAGATGTTATGGAGA
+>49821
+AATGGCACTGGAAGAATTCACG
+>49822
+CTACTAATGACAAAACGTTGTTGCGA
+>49823
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49824
+GTGGAGAGCGAGCATTTATGAGCCAGT
+>49825
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49826
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGT
+>49827
+TGTGATGTGACGTAGTGGA
+>49828
+TATCACAGCCATTTTGACGAGTT
+>49829
+TATGCTCATGAAGGATATCGGCGAG
+>49830
+TAAAAAAGTGCATCTTCTCGTTGGA
+>49831
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49832
+AAATATCAGCTGGTAATTCTGGG
+>49833
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCCT
+>49834
+GGGGATGTAGCTCAGATGGTAGAGCCT
+>49835
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49836
+TGATCGCAACGCTAACGTCCATA
+>49837
+TCAATTAACAATCAATTCAGAACTGG
+>49838
+TAACATCGTCTGCGTACATAAGTA
+>49839
+TTTAGACCTATTAAAATTTCGAGCT
+>49840
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49841
+TGTGGTATCGTGCGAATTGCAAAGAT
+>49842
+TTACATCCTCTGGTTCTAGGCGGA
+>49843
+GACGGTGGAATTCGCACAGACCCTG
+>49844
+TAAATCATTAATAATTTTCGTTCTCT
+>49845
+TATTTGGCTTTAGAGACTGAATCTC
+>49846
+TAACAGCGGTTGCCAAGACAATACT
+>49847
+TCGCACTGTTTGGCTTCCACT
+>49848
+CTGCTGGTAGAGGCTCCTTTGAC
+>49849
+ATTTCGGACTGCTTCTTAAGGAAAA
+>49850
+TATTGCACATTCACCGGCCTGA
+>49851
+TCCTGCTCTGTAGTGGACTTATTACT
+>49852
+TGTACCTGAGTCGTTGCGTCATAGCG
+>49853
+TACATTCAATTTCCTCAAGCCCAGA
+>49854
+TACTTTAGGGACTCTTGTGAGGTC
+>49855
+TTATACACTCCCCCAACAATCAATGGA
+>49856
+TGGACGGAGAACTGATAAGG
+>49857
+TAGAACTCTGCTAACAAAGGTGAC
+>49858
+TCCAGAAACTCCTCGAACTGATCGGGG
+>49859
+TCGGCAATGACAGCCCTCCGACCACGA
+>49860
+CATCGATGAAGAACGCAGC
+>49861
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49862
+ATCGGTTGTTCAGTGGTAGAATGCT
+>49863
+TTTGTAGGCGTGGGTTCGGATCCCACT
+>49864
+TGGTCGAAACCCACGCATCTGTGGCAGG
+>49865
+TGTGGTATTGGACGCTGTGCGGAGTTT
+>49866
+TTCTGGGAGTTGGTGACCTGCACGA
+>49867
+TTATGAATGTCGCCTCTGATCCGGAG
+>49868
+TGGACGGAGAACTGATAAGGGC
+>49869
+TCGGGCTTTAATAATTCTGTTAACGGT
+>49870
+TGACTAGATCCACACTCATTAA
+>49871
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49872
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49873
+TGCTAGAAGGCGATTTTCGGGC
+>49874
+TCAGTCTTTTTCTCTCTCCTAT
+>49875
+ATAAGAACTGCATTTGAATATCGCGAA
+>49876
+TTTTGTCGTAGTGCCACCAGGT
+>49877
+TATTGATGACCTCTAATTTATTTCGGC
+>49878
+TCAAGGATTAGTTGATACAGGT
+>49879
+GATGGCAAAGACATTGATAGAATT
+>49880
+TCTTGGATGGCATTTCGG
+>49881
+TTCGATAGCTCAGTTGGTAGA
+>49882
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49883
+GCGTTTATGTTTCCTGGATTGGCGC
+>49884
+TCCCATATGGTCTAGTGGCTAGGATA
+>49885
+TAGCACCACATGATTCGGCTT
+>49886
+ATACATTGTAGACGGTCTTACGGGA
+>49887
+TAAACTAATAGAGACAGGTAGAATC
+>49888
+TTGTTGCAATGTCTGACTGGGGTTCGT
+>49889
+TGCTTGGACTACACATGGTTGAGGGTTGTA
+>49890
+GGGTCAGGCGATGATGAATT
+>49891
+TGTGATGTGACGTAGTGGAACA
+>49892
+TTGGGATATTGTTGGAAATGATTTTT
+>49893
+TATTCGAGAATTTTGTGATTAGTGA
+>49894
+TTGTGGAATGTTCGTGTCGAA
+>49895
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49896
+TGGAAGACTAGTGATTTTGTTG
+>49897
+TGCGACGGCGGCGAACGTAGTA
+>49898
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49899
+TGATGACGAGCGTTCTTTTAGA
+>49900
+TCAGGGTGACCACACATTTCAAGGA
+>49901
+TGGAATTTCGTTGTGTCGTCAGTGTGA
+>49902
+AAGGACCCGAGGGCTGCAACCTTTTC
+>49903
+TTAGATAACTGAAAGCAAGTACTGG
+>49904
+AAGAAGCCGTCGAGAGATATCGGA
+>49905
+TGTTATCGATCATTTTAGTTCGCTGA
+>49906
+TCCCATATTGTCTAGTGG
+>49907
+TACATGGTTGTCTTGTAGAGTTGACGC
+>49908
+TGAGCGGAGAACCAGAGTTGATGTG
+>49909
+TATAGGTCTGATTCTAAAATGGGTGA
+>49910
+GGACTGACTCGTGTAGTGTGCACT
+>49911
+TGTTTTTCGGCCTTATAAACGGGG
+>49912
+CCTAATAAGAATTGAGGGATCAGGA
+>49913
+TATTTGTGCTGCCTCCTCTGAAATCA
+>49914
+TGTTATGTTGCCAGTCTGAGTCGTCAG
+>49915
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49916
+CAATATCGTCAACATCCTCGAACG
+>49917
+TGTGATGTGACGTAGTGGAAC
+>49918
+TTTAAGCTGGTAGGTGTAGAAGCCT
+>49919
+TTCTTTCGGATTCTGAAGTAATTAAT
+>49920
+GAAGATGAAACTGTTCTGGACGGA
+>49921
+TCACTGGGCTTTGTTTATCTCA
+>49922
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCAA
+>49923
+ATCGAAAAGATTCGCTGAAGTTGGGC
+>49924
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49925
+TAGATGTAAGAATAACTGTTTTGA
+>49926
+TAGCAACCAGGTCATCTTCAAACT
+>49927
+TTTATTGGAGAGGTTGATCCT
+>49928
+GAAGGGTTCGGGCTCAATTAGAGGGT
+>49929
+CATGGGTTCTGATGTGTTTTCACGA
+>49930
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49931
+TCCATTTTTGAACACAGTTTGATGGGA
+>49932
+TAACTGAAGTATCTGAGGATTGGATT
+>49933
+TTTGAACTGGTCTGTGTTGAATTCAACC
+>49934
+GACGTTAGAAATCCGTTGGTGGA
+>49935
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49936
+TGGACTCGTTAGGTATGGATGTTGC
+>49937
+TGAGTCCCACAATACTGTATATA
+>49938
+TAAGACTATAATTGATGGAATGAACT
+>49939
+TGTTATACTCAGATACAGACGGTTCGA
+>49940
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49941
+TCTGAGTTTATTTTTAAAAGGTGTT
+>49942
+TCAGGTACTTAGTGACTCTCA
+>49943
+TCAGGATTGCTGAGCTGTGCGGTA
+>49944
+GGGGATGTAGCTCAGTGGA
+>49945
+AATATCATCTATTCTCGGTAGTGGA
+>49946
+GGTTCCATGGTGTAATGG
+>49947
+TGCGAGGTCAATGGTTGTAAAGTA
+>49948
+TCTTTGTAGTCGGTTGGCTGTACAGGT
+>49949
+GGCACTTGAACTTGGCACTGGACGC
+>49950
+GGGGACGTAGCTCAGTGGGG
+>49951
+TGCATAAGATATTCCGCCTCGAGAAGA
+>49952
+TGGACGGAGAACTGATAAGGG
+>49953
+TATTAACCAGACTGCAAATATACT
+>49954
+AACAATTAGGACCACGGCGATGGT
+>49955
+TTGGTGTAATCTTGGATCGGAGAC
+>49956
+CTAACTGTGAAAGGGGAATTGACCGGC
+>49957
+TGTAAAAGGGTGTCTCACTGCGGC
+>49958
+TTCTTATGGATTCTGAGTGATGTG
+>49959
+TTACAAAGTTGTAGATTGGTCGGGG
+>49960
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49961
+TAAATTGATTTAGTTTGAATTTAGA
+>49962
+TCTTTGGTATTCTAGCTGTAG
+>49963
+TAATACTGTCAGGTAAAGATGTCA
+>49964
+TATGCCGTAAGCTTGTTGCGCGCGGA
+>49965
+ACTTTCGGACTGATTGTTATGGTGG
+>49966
+TAATTGAGTACAGTTGGACATAGC
+>49967
+GCGGAGGTTGCGGTGCTGTACACTG
+>49968
+TTTCAGTTCGGGTAGGGTGGG
+>49969
+TGAGTACAAGCCCTTCTGGCGTGAAGA
+>49970
+TTTTGGAGCCACTTTCGCCTCGTAGGA
+>49971
+TCTATCCAAAGAGCTGATTGTCATACT
+>49972
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49973
+TTTGTGCAAATCAATATAAATTGA
+>49974
+TCGAATTGCTGAATGCCGAAGTAAAATA
+>49975
+AGATATGTTTGATATTCTTGGTTG
+>49976
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGGTTGTA
+>49977
+TCCCCCCCTAAGATTATGACCGTC
+>49978
+TTGCAGACGGACTTTTGAATTCACAGG
+>49979
+TGCTTGGACTACATATGGTTGAGGG
+>49980
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAG
+>49981
+TGACGATGCCGCTGTAGAGCTTG
+>49982
+TGTTGTGTTGCGACAGTAGAGCGC
+>49983
+TACATGGCGACTTTCTTGCAACTGAACT
+>49984
+TGCAGGAAGCTTTCAAGGCAACAGA
+>49985
+TTAGGACGAGATTCGCTAATGCAAT
+>49986
+TAACATATGTGCAAGTTATTGGGA
+>49987
+TGTGATGTGACGTAGTGGAA
+>49988
+AACTTCTTCTATCTTTGTGCGGGA
+>49989
+TATTTGGGTCACCGGGTTAAGTAGCGC
+>49990
+ATATTGTCTAGTGGTTAGG
+>49991
+TGAGGTAGTAGGTTGTATAGT
+>49992
+TCTTGGACTGAGCAGCTACTGTTTG
+>49993
+GCTCTCTTGAGTGGATTGCGCATGGA
+>49994
+TGATCTGGGGTGCATGGTAATCGG
+>49995
+AATGGCACTGGAAGAATTCAC
+>49996
+CGGGAAACTATGGATCAAATG
+>49997
+ATCTGCCTGAGTCGACTGTTCCGTAA
+>49998
+TTTGAGCAGCGAATCTGGAACGGT
+>49999
+TCGAAGACTAGACGGATTTTTCCCGGCT
+>50000
+TATTTAGAAAAACAGGTGAGTGA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sample1_output.tab	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+2L-tail.fa Matched	2954
+
+dme_miR21_hairpin.fa Matched	0
+
+Ensembl_transposon_set.fa Matched	2689
+
+Unmatched to previous indexes	265
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/sample_output.tab	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+2L-tail.fa Matched	638
+
+dme_miR21_hairpin.fa Matched	0
+
+Ensembl_transposon_set.fa Matched	560
+
+Unmatched to previous indexes	78
+
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool-data/bowtie_indices.loc.sample	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,37 @@
+#This is a sample file distributed with Galaxy that enables tools
+#to use a directory of Bowtie indexed sequences data files. You will
+#need to create these data files and then create a bowtie_indices.loc
+#file similar to this one (store it in this directory) that points to
+#the directories in which those files are stored. The bowtie_indices.loc
+#file has this format (longer white space characters are TAB characters):
+#
+#<unique_build_id>   <dbkey>   <display_name>   <file_base_path>
+#
+#So, for example, if you had hg18 indexed stored in
+#/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/,
+#then the bowtie_indices.loc entry would look like this:
+#
+#hg18	hg18	hg18	/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18
+#
+#and your /depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/ directory
+#would contain hg18.*.ebwt files:
+#
+#-rw-r--r--  1 james    universe 830134 2005-09-13 10:12 hg18.1.ebwt
+#-rw-r--r--  1 james    universe 527388 2005-09-13 10:12 hg18.2.ebwt
+#-rw-r--r--  1 james    universe 269808 2005-09-13 10:12 hg18.3.ebwt
+#...etc...
+#
+#Your bowtie_indices.loc file should include an entry per line for each
+#index set you have stored. The "file" in the path does not actually
+#exist, but it is the prefix for the actual index files. For example:
+#
+#hg18canon	 hg18	hg18 Canonical	/depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18canon
+#hg18full	 hg18	hg18 Full	 /depot/data2/galaxy/bowtie/hg18/hg18full
+#/orig/path/hg19	hg19	hg19	 /depot/data2/galaxy/bowtie/hg19/hg19
+#...etc...
+#
+#Note that for backwards compatibility with workflows, the unique ID of
+#an entry must be the path that was in the original loc file, because that
+#is the value stored in the workflow for that parameter. That is why the
+#hg19 entry above looks odd. New genomes can be better-looking.
+#
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.sample	Mon Sep 11 18:27:40 2017 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+<!-- Use the file tool_data_table_conf.xml.oldlocstyle if you don't want to update your loc files as changed in revision 4550:535d276c92bc-->
+<tables>
+    <!-- Locations of indexes in the Bowtie mapper format -->
+    <table name="bowtie_indexes" comment_char="#">
+        <columns>value, dbkey, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/bowtie_indices.loc" />
+    </table>
+</tables>