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"planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/flye commit 1143ac8397d6fefb3f18d33bb752ee3f13c072d6"
author bgruening
date Wed, 05 Feb 2020 19:37:18 -0500
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-<tool id="flye" name="Assembly" version="2.3.7">
+<tool id="flye" name="Flye assembly" version="2.6">
     <description>of long and error-prone reads</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
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     #if $m:
         -m '$m'
     #end if
+    #if $asm:
+        --asm-coverage '$asm'
+    #end if
+    ${plasmids}
+    ${meta}
+    ${no_trestle}
     2>&1
     ]]></command>
     <inputs>
@@ -51,12 +57,16 @@
         </param>
         <param argument="-i" type="integer" value="1" label="number of polishing iterations" />
         <param argument="-m" type="integer" optional="true" label="minimum overlap between reads (default: auto)" />
+        <param name="asm" argument="--asm-coverage" type="integer" optional="true" label="reduced coverage for initial disjointing assembly" />
+        <param argument="--plasmids" type="boolean" truevalue="--plasmids" falsevalue="" checked="False" label="rescue short unassembled plasmids" />
+        <param argument="--meta" type="boolean" truevalue="--meta" falsevalue="" checked="False" label="perform metagenomic assembly" />
+        <param name="no_trestle" argument="--no-trestle" type="boolean" truevalue="--no-trestle" falsevalue="" checked="False" label="skip trestle stage" />
     </inputs>
     <outputs>
-        <data name="scaffolds" format="fasta" from_work_dir="out_dir/scaffolds.fasta" label="${tool.name} on ${on_string} (scaffolds)"/>
-        <data name="assembly_info" format="tabular" from_work_dir="out_dir/assembly_info.txt" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_info)"/>
+        <data name="consensus" format="fasta" from_work_dir="out_dir/assembly.fasta" label="${tool.name} on ${on_string} (consensus)"/>
         <data name="assembly_graph" format="graph_dot" from_work_dir="out_dir/assembly_graph.gv" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_graph)"/>
         <data name="assembly_gfa" format="txt" from_work_dir="out_dir/assembly_graph.gfa" label="${tool.name} on ${on_string} (Graphical Fragment Assembly)"/>
+        <data name="assembly_info" format="tabular" from_work_dir="out_dir/assembly_info.txt" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_info)"/>
         <data name="flye_log" format="txt" from_work_dir="out_dir/flye.log" label="${tool.name} on ${on_string} (log)"/>
     </outputs>
     <tests>
@@ -64,27 +74,43 @@
             <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--pacbio-raw"/>
             <param name="g" value="10000"/>
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         </test>
         <test>
             <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--nano-raw"/>
             <param name="g" value="10000"/>
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+            <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
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 <macros>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
-        <requirement type="package" version="2.3.7">flye</requirement>
+        <requirement type="package" version="2.6">flye</requirement>
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@@ -0,0 +1,667 @@
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