changeset 1:c4ad58c4bc7d draft

Add version_command element. Add test case from Joachim Jacob's blat wrapper: http://testtoolshed.g2.bx.psu.edu/view/joachim-jacob/blat . Add readme section to tool_dependencies.xml .
author crs4
date Mon, 28 Oct 2013 12:40:29 -0400
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files COPYING blat_wrapper.xml test-data/databasetest1.fasta test-data/input83.fasta test-data/log.txt test-data/outputtest1.txt tool_dependencies.xml
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line diff
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@@ -2,6 +2,7 @@
 Created by:
 Andrea Pinna <andrea.pinna@crs4.it>
 Nicola Soranzo <nicola.soranzo@crs4.it>
+Joachim Jacob <joachim.jacob@vib.be>
 
 Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a
 copy of this software and associated documentation files (the
--- a/blat_wrapper.xml	Wed Oct 16 13:54:38 2013 -0400
+++ b/blat_wrapper.xml	Mon Oct 28 12:40:29 2013 -0400
@@ -3,6 +3,7 @@
   <requirements>
     <requirement type="package" version="35">blat</requirement>
   </requirements>
+  <version_command>blat|head -n 1</version_command>
   <command>
     blat $database $query -t=$databaseType.databaseType_select -q=$databaseType.queryType
     #if str($databaseType.tileSize)
@@ -195,8 +196,29 @@
       </change_format>
     </data>
   </outputs>
-
   <tests>
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+      <param name="databaseType_select" value="dna" />
+      <param name="queryType" value="dna" />
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+      <param name="minMatch" value="2" />
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+      <param name="out" value="blast8" />
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+      <output name="output" file="outputtest1.txt" />
+    </test>
   </tests>
   <help>
 **What it does**
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/databasetest1.fasta	Mon Oct 28 12:40:29 2013 -0400
@@ -0,0 +1,772 @@
+>ENA|CAKG01028373|CAKG01028373.1 Drosophila suzukii WGS project CAGK00000000 data, contig drspszk_2131478
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+CCCGAAATTCGAAGTTGTTTTCCCCGCCGAGGGGCATGCGCAAGGAGAGTAACATACGAG
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+BLAT sequence aligner from the UCSC: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQblat.html
+Git development repository: http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git
+
+Please note that the BLAT source and executables are freely available for
+academic, nonprofit and personal use. Commercial licensing information is
+available on the Kent Informatics website (http://www.kentinformatics.com/).
+    </readme>
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