Mercurial > repos > dereeper > sniploid2

comparison test_data/diploid_vs_polyploid/diploid.vcf @ 0:e94de0ea3351 draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Uploaded
author dereeper
date Wed, 11 Sep 2013 09:08:15 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:e94de0ea3351
1 ##fileformat=VCFv4.0
2 ##FILTER=<ID=LowQual,Description="Low quality">
3 ##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
4 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth (only filtered reads used for calling)">
5 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Float,Description="Genotype Quality">
6 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
7 ##FORMAT=<ID=PL,Number=3,Type=Float,Description="Normalized, Phred-scaled likelihoods for AA,AB,BB genotypes where A=ref and B=alt; not applicable if site is not biallelic">
8 ##INFO=<ID=AC,Number=.,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes, for each ALT allele, in the same order as listed">
9 ##INFO=<ID=AF,Number=.,Type=Float,Description="Allele Frequency, for each ALT allele, in the same order as listed">
10 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
11 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total Depth">
12 ##INFO=<ID=DS,Number=0,Type=Flag,Description="Were any of the samples downsampled?">
13 ##INFO=<ID=Dels,Number=1,Type=Float,Description="Fraction of Reads Containing Spanning Deletions">
14 ##INFO=<ID=HRun,Number=1,Type=Integer,Description="Largest Contiguous Homopolymer Run of Variant Allele In Either Direction">
15 ##INFO=<ID=HaplotypeScore,Number=1,Type=Float,Description="Consistency of the site with two (and only two) segregating haplotypes">
16 ##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Float,Description="RMS Mapping Quality">
17 ##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
18 ##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
19 ##INFO=<ID=SB,Number=1,Type=Float,Description="Strand Bias">
20 ##UnifiedGenotyper="analysis_type=UnifiedGenotyper input_file=[Eugenioides_Solexa.BWA.RG.unique.bam] sample_metadata=[] read_buffer_size=null phone_home=STANDARD read_filter=[] intervals=null excludeIntervals=null reference_sequence=../NeoArabica/reajusted_reference.fa rodBind=[] rodToIntervalTrackName=null BTI_merge_rule=UNION DBSNP=null downsampling_type=null downsample_to_fraction=null downsample_to_coverage=1000 baq=OFF baqGapOpenPenalty=40.0 performanceLog=null useOriginalQualities=false defaultBaseQualities=-1 validation_strictness=SILENT unsafe=ALLOW_UNINDEXED_BAM num_threads=1 interval_merging=ALL read_group_black_list=null processingTracker=null restartProcessingTracker=false processingTrackerStatusFile=null processingTrackerID=-1 allow_intervals_with_unindexed_bam=false enable_experimental_low_memory_sharding=false logging_level=INFO log_to_file=null quiet_output_mode=false debug_mode=false help=false genotype_likelihoods_model=SNP p_nonref_model=EXACT heterozygosity=0.001 pcr_error_rate=1.0E-4 genotyping_mode=DISCOVERY output_mode=EMIT_VARIANTS_ONLY standard_min_confidence_threshold_for_calling=50.0 standard_min_confidence_threshold_for_emitting=10.0 noSLOD=false assume_single_sample_reads=null abort_at_too_much_coverage=-1 min_base_quality_score=17 min_mapping_quality_score=20 max_mismatches_in_40bp_window=3 use_reads_with_bad_mates=false max_deletion_fraction=0.05 min_indel_count_for_genotyping=5 indel_heterozygosity=1.25E-4 insertionStartProbability=0.001 insertionEndProbability=0.5 alphaDeletionProbability=0.001 indelGapContinuationPenalty=10.0 indelGapOpenPenalty=40.0 indelHaplotypeSize=80 doContextDependentGapPenalties=false indelDebug=false s1=null s2=null dovit=false newlike=false exactCalculation=LINEAR_EXPERIMENTAL output_all_callable_bases=false genotype=false out=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub NO_HEADER=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub sites_only=org.broadinstitute.sting.gatk.io.stubs.VCFWriterStub verbose_mode=null metrics_file=null annotation=[]"
21 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT Eug2
22 85-ref 25 . C T 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
23 85-ref 161 . A G 555.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=17.36;SB=-0.01;sumGLbyD=18.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:30:99:585,0,414
24 85-ref 184 . A G 296.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=10.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:327,0,544
25 85-ref 190 . T G 312.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.64;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:342,0,590
26 85-ref 296 . C T 616.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8130;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.56;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:647,0,336
27 85-ref 302 . C A 649.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.03;HRun=3;HaplotypeScore=3.8464;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.95;SB=-0.01;sumGLbyD=21.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:679,0,301
28 85-ref 371 . G T 881.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:72.23:915,72,0
29 85-ref 388 . G T 1055.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1089,84,0
30 85-ref 425 . A G 295.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.56;SB=-0.01;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:27:99:326,0,554
31 85-ref 445 . C T 691.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4658;MQ=36.70;MQ0=0;QD=20.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:33:99:722,0,367
32 85-ref 453 . T C 1317.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1350,105,0
33 85-ref 513 . A G 1749.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1783,138,0
34 85-ref 648 . C A 251.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=11.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:282,0,527
35 85-ref 781 . T G 232.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=21.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:262,0,108
36 85-ref 806 . T C 15.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8661;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.50:46,0,263
37 85-ref 809 . G A 235.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0
38 178-ref 1706 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=28.79;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
39 178-ref 1749 . C T 322.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.51;MQ0=0;QD=32.26;SB=-40.00;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:356,27,0
40 178-ref 1828 . G A 683.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:717,54,0
41 178-ref 1884 . G A 12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9156;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=3.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:41.71:42,0,337
42 178-ref 1977 . A G 369.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.49:401,6,0
43 178-ref 1985 . G A 355 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.48:386,6,0
44 178-ref 2060 . A G 330.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:363,30,0
45 178-ref 2111 . A C 514.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.03;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:548,45,0
46 178-ref 2121 . G T 451.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=33.80;MQ0=0;QD=32.23;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.11:484,39,0
47 178-ref 2218 . C T 586.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6686;MQ=35.98;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:14.17:619,14,0
48 178-ref 2285 . A T 602.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:635,48,0
49 178-ref 2374 . T G 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.28;MQ0=0;QD=27.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15.05:195,15,0
50 205-ref 31 . G C 396.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:430,33,0
51 205-ref 115 . C T 515.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:548,42,0
52 205-ref 196 . T C 644.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.17:678,54,0
53 205-ref 204 . A T 778.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.20:812,66,0
54 205-ref 272 . C G 920.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.23:954,75,0
55 205-ref 328 . G A 684.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.54;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:24.62:718,25,0
56 205-ref 377 . G A 506.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:540,42,0
57 205-ref 499 . C T 580.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:613,48,0
58 205-ref 534 . C A 732.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:765,60,0
59 205-ref 632 . G A 646.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3009;MQ=36.68;MQ0=0;QD=20.20;SB=-0.01;sumGLbyD=21.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:31:99:677,0,295
60 205-ref 730 . G A 539.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=31.88;MQ0=0;QD=28.39;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:20.17:572,20,0
61 205-ref 733 . C A 532.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=0;QD=31.30;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:565,51,0
62 205-ref 745 . G A 389.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:422,39,0
63 205-ref 748 . C G 388.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:422,39,0
64 205-ref 839 . G A 794.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9462;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:3.34:824,0,3
65 205-ref 1009 . T C 1742.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=2.4146;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:47:99:1776,138,0
66 205-ref 1059 . G C 416.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9119;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.87;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:46:99:447,0,1061
67 205-ref 1132 . A G 1541.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1574,126,0
68 205-ref 1297 . C T 202.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8318;MQ=34.69;MQ0=0;QD=22.49;SB=-0.01;sumGLbyD=25.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:15.94:232,0,16
69 205-ref 1300 . A G 213.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8318;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.63;SB=-0.01;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:246,21,0
70 205-ref 1374 . G C 146.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
71 205-ref 1386 . A C 64.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.76:95,0,63
72 205-ref 1411 . A G 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
73 213-ref 59 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
74 213-ref 115 . T G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
75 213-ref 122 . T G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
76 213-ref 126 . C A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
77 213-ref 180 . C T 102.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.59;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:135,12,0
78 213-ref 206 . A T 1114.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.35;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1148,90,0
79 213-ref 310 . T C 10362.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=269;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6292;MQ=36.62;MQ0=0;QD=38.52;SB=-78.59;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,268:268:99:10322,767,0
80 213-ref 354 . A C 230.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.84;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:264,24,0
81 213-ref 355 . A C 157.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.29;SB=-0.01;sumGLbyD=31.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:191,18,0
82 213-ref 356 . G T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
83 213-ref 374 . C T 796.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.16:829,84,0
84 213-ref 381 . A C 1907.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:62:99:1940,113,0
85 213-ref 396 . A C 5092.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4001;MQ=34.41;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:140:99:5091,421,0
86 213-ref 424 . C G 9307.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2631;MQ=35.52;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,249:248:99:9267,743,0
87 213-ref 501 . G C 4867.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5379;MQ=35.55;MQ0=0;QD=36.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,132:133:99:4827,360,0
88 213-ref 518 . G A 1125.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ=32.41;MQ0=0;QD=26.79;SB=-0.01;sumGLbyD=27.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:42:10.80:1157,11,0
89 213-ref 520 . T A 554.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9811;MQ=29.02;MQ0=0;QD=23.11;SB=-0.01;sumGLbyD=24.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,22:23:10.86:584,0,11
90 213-ref 521 . A G 448.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ=27.14;MQ0=0;QD=22.44;SB=-0.01;sumGLbyD=23.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:18.46:479,0,18
91 213-ref 523 . T G 431.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.47;MQ0=0;QD=22.73;SB=-0.01;sumGLbyD=24.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:17:61.99:462,0,62
92 213-ref 524 . C G 679.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.64;MQ0=0;QD=24.25;SB=-0.01;sumGLbyD=25.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,25:24:39.40:709,0,39
93 213-ref 598 . G A 19007.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=582;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=44.7321;MQ=36.84;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,569:530:99:18965,1556,0
94 213-ref 841 . A G 16740.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=437;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5385;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,436:430:99:16739,1294,0
95 213-ref 863 . G A 13074.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7070;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.12;SB=-120.02;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,341:338:99:13010,953,0
96 213-ref 916 . G C 10673.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=300;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7758;MQ=33.59;MQ0=0;QD=35.58;SB=-120.02;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,299:298:99:10631,856,0
97 213-ref 942 . T A 14962.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=413;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7502;MQ=34.01;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,411:411:99:14921,1196,0
98 213-ref 950 . G A 13055.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4831;MQ=33.78;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,362:364:99:12940,1017,0
99 213-ref 972 . T A 13303.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9376;MQ=34.23;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,368:366:99:13262,1061,0
100 213-ref 1012 . G A 9528.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9414;MQ=36.44;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,244:251:99:9255,482,0
101 213-ref 1051 . C T 1768 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.3980;MQ=36.85;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=8.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,63:200:99:1798,0,4789
102 213-ref 1113 . A T 17.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8621;MQ=35.98;MQ0=0;QD=0.89;SB=-0.01;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:19:47.68:48,0,553
103 213-ref 1132 . C A 67.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.97;SB=-0.01;sumGLbyD=25.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:100,9,0
104 213-ref 1133 . T C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=29.55;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=23.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:68,6,0
105 213-ref 1134 . G C 58.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=19.59;SB=-0.01;sumGLbyD=30.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:91,9,0
106 281-ref 121 . C A 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
107 281-ref 210 . G A 428.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.85;SB=-0.01;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:458,0,315
108 281-ref 269 . C T 1037.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6988;MQ=36.80;MQ0=0;QD=20.35;SB=-0.01;sumGLbyD=20.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:1068,0,623
109 281-ref 295 . T G 865.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8242;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:62:99:895,0,1106
110 281-ref 473 . G A 27007.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=721;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.8564;MQ=36.64;MQ0=0;QD=37.46;SB=-40.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,709:713:99:26715,1855,0
111 281-ref 512 . A G 11931.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=706;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.5709;MQ=36.47;MQ0=0;QD=16.90;SB=3.00;sumGLbyD=13.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:390,316:696:99:9835,0,12575
112 281-ref 525 . A G 26898.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=713;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.4918;MQ=36.42;MQ0=0;QD=37.73;SB=-40.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,711:702:99:26897,2113,0
113 281-ref 654 . G T 14022.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=395;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.0096;MQ=34.85;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,387:387:99:13855,999,0
114 281-ref 669 . G C 8288.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2880;MQ=31.96;MQ0=0;QD=33.69;SB=-0.01;sumGLbyD=33.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,241:244:99:8142,589,0
115 281-ref 674 . C T 6739.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5147;MQ=31.06;MQ0=0;QD=32.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,200:205:99:6514,419,0
116 281-ref 680 . T C 1104.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9977;MQ=30.08;MQ0=0;QD=6.50;SB=-0.01;sumGLbyD=6.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,53:132:99:1135,0,2543
117 281-ref 695 . A T 7120.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3073;MQ=32.62;MQ0=0;QD=32.82;SB=-77.16;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,212:212:99:6965,483,0
118 281-ref 698 . T C 6458.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3073;MQ=32.75;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=29.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,203:200:99:6197,414,0
119 281-ref 749 . A G 6070.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3324;MQ=34.04;MQ0=0;QD=35.71;SB=-80.02;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,168:169:99:6032,471,0
120 281-ref 756 . C T 39.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.4522;MQ=33.95;MQ0=0;QD=0.24;SB=-20.60;sumGLbyD=0.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,18:160:69.97:70,0,4676
121 281-ref 762 . G C 49.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=13.5646;MQ=35.53;MQ0=0;QD=0.27;SB=2.98;sumGLbyD=0.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,20:170:79.06:79,0,4978
122 281-ref 804 . C T 23123.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=596;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.2383;MQ=36.78;MQ0=0;QD=38.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,593:593:99:23025,1724,0
123 281-ref 871 . G C 17094.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=453;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.1269;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,448:444:99:16982,1225,0
124 281-ref 907 . A G 10975.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8153;MQ=36.21;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,289:292:99:10708,612,0
125 281-ref 945 . A T 651.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9278;MQ=35.66;MQ0=0;QD=9.44;SB=-0.01;sumGLbyD=9.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,27:67:99:682,0,1325
126 281-ref 947 . T A 71.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4310;MQ=35.42;MQ0=0;QD=1.38;SB=-0.01;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,9:50:99:102,0,1429
127 281-ref 948 . G T 35.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4331;MQ=35.47;MQ0=0;QD=0.76;SB=-0.01;sumGLbyD=1.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,7:47:65.93:66,0,1416
128 281-ref 967 . G T 192.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:225,18,0
129 281-ref 971 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
130 281-ref 1008 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
131 312-ref 135 . C T 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
132 312-ref 149 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
133 312-ref 180 . G T 162.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
134 312-ref 228 . G A 1569.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.57;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:47:99:1603,123,0
135 312-ref 247 . G A 2055.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:53:99:2088,160,0
136 312-ref 319 . G T 1192.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7852;MQ=35.19;MQ0=0;QD=20.93;SB=-0.01;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,39:57:99:1223,0,541
137 312-ref 339 . A C 1845.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.22;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1879,153,0
138 312-ref 352 . C A 1135.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4862;MQ=35.05;MQ0=0;QD=21.43;SB=-0.01;sumGLbyD=21.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,36:52:99:1166,0,473
139 312-ref 435 . A T 376.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=28.98;SB=-0.01;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.09:410,36,0
140 312-ref 441 . A G 222.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:256,24,0
141 312-ref 450 . T G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
142 312-ref 451 . G C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
143 312-ref 492 . T A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
144 312-ref 494 . T C 76.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.97:106,0,62
145 312-ref 523 . C A 765.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.00;MQ0=0;QD=24.69;SB=-0.01;sumGLbyD=25.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,25:31:99:795,0,137
146 312-ref 540 . G C 1113.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.1610;MQ=35.63;MQ0=0;QD=24.75;SB=-0.01;sumGLbyD=25.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,35:43:99:1144,0,215
147 312-ref 552 . C A 917.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3050;MQ=35.51;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,31:53:99:947,0,669
148 312-ref 564 . C T 357.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=35.53;MQ0=0;QD=5.68;SB=-0.01;sumGLbyD=6.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,15:61:99:388,0,1491
149 312-ref 611 . A G 1025.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4522;MQ=33.85;MQ0=0;QD=20.51;SB=-0.01;sumGLbyD=21.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,36:49:99:1056,0,386
150 312-ref 615 . T C 1106.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4522;MQ=33.98;MQ0=0;QD=21.28;SB=-0.01;sumGLbyD=21.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,37:50:99:1136,0,340
151 312-ref 648 . T C 1257.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7866;MQ=32.97;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=19.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:65:99:1287,0,620
152 312-ref 663 . G C 1097.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0910;MQ=32.95;MQ0=0;QD=17.41;SB=-0.01;sumGLbyD=17.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,40:61:99:1127,0,666
153 312-ref 678 . A T 1134.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=34.27;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=17.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,40:64:99:1165,0,772
154 312-ref 706 . G A 2607.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.34;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2640,229,0
155 312-ref 730 . G T 1357.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7885;MQ=33.53;MQ0=0;QD=17.86;SB=-0.01;sumGLbyD=18.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:73:99:1388,0,788
156 312-ref 751 . T C 1845.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.37;MQ0=0;QD=20.28;SB=-0.01;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,61:91:99:1875,0,902
157 312-ref 758 . C G 3424.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.54;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3424,280,0
158 312-ref 849 . C T 2207.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4339;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2241,178,0
159 312-ref 865 . C G 36.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.73;MQ0=0;QD=1.83;SB=-0.01;sumGLbyD=3.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:20:66.52:67,0,507
160 312-ref 866 . A G 42.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.49;MQ0=0;QD=2.24;SB=-0.01;sumGLbyD=3.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:72.52:73,0,452
161 312-ref 881 . G A 285.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.55;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27.07:319,27,0
162 312-ref 894 . G A 125.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
163 312-ref 896 . C G 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.69;SB=-0.01;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:103,0,25
164 312-ref 908 . C T 212.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=33.02;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=30.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.06:246,21,0
165 312-ref 972 . G A 794.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.20:828,66,0
166 312-ref 977 . G A 792.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.21:825,63,0
167 312-ref 1014 . A T 454.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.84;MQ0=0;QD=10.34;SB=-0.01;sumGLbyD=11.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:44:99:485,0,742
168 312-ref 1016 . C G 474.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.17;MQ0=0;QD=9.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:504,0,883
169 312-ref 1050 . G A 1689.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=32.27;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1722,150,0
170 312-ref 1065 . A G 634.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.93;MQ0=0;QD=12.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:664,0,735
171 312-ref 1083 . G T 1061.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=36.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1095,87,0
172 312-ref 1112 . T C 157.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.81;MQ0=0;QD=5.63;SB=-0.01;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:27:99:188,0,599
173 312-ref 1128 . C T 218.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.20;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:249,0,881
174 312-ref 1131 . C T 1420.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=32.52;MQ0=0;QD=33.04;SB=-0.01;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1454,129,0
175 312-ref 1137 . C T 112.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=32.17;MQ0=0;QD=2.30;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:49:99:143,0,1254
176 312-ref 1149 . T C 1648.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1681,144,0
177 312-ref 1191 . C T 698.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=28.62;MQ0=0;QD=30.37;SB=-0.01;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.15:732,69,0
178 312-ref 1194 . A G 332.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=18.45;SB=-0.01;sumGLbyD=20.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:94:362,0,94
179 312-ref 1210 . G A 203.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.57;MQ0=0;QD=18.50;SB=-0.01;sumGLbyD=21.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:42.52:234,0,43
180 312-ref 1212 . A G 123.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=15.46;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.96:154,0,56
181 312-ref 1221 . T C 364.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:11:33.09:397,33,0
182 312-ref 1254 . G A 2125.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.44;MQ0=0;QD=26.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,67:79:99:2156,0,217
183 312-ref 1265 . A G 211.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6947;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.52;SB=-0.01;sumGLbyD=2.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,14:82:99:242,0,2218
184 312-ref 1269 . C T 1844.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6677;MQ=33.24;MQ0=0;QD=19.84;SB=-0.01;sumGLbyD=20.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,61:93:99:1875,0,876
185 312-ref 1307 . A G 3699.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.18;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:112:99:3698,337,0
186 312-ref 1319 . G A 3033.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:95:99:3066,286,0
187 312-ref 1333 . A C 1634.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.59;MQ0=0;QD=16.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,65:98:99:1665,0,918
188 312-ref 1334 . G A 3149.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.67;MQ0=0;QD=31.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:98:99:3183,295,0
189 312-ref 1376 . A C 783.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6648;MQ=32.56;MQ0=0;QD=14.77;SB=-0.01;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:51:99:813,0,615
190 312-ref 1391 . G A 569.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.97;MQ0=0;QD=9.81;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:599,0,1075
191 312-ref 1411 . T C 45.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=1.19;SB=-0.01;sumGLbyD=1.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:38:75.37:75,0,1139
192 312-ref 1419 . C T 1224.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1258,99,0
193 312-ref 1434 . T A 57.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.75;MQ0=0;QD=1.40;SB=-0.01;sumGLbyD=2.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:41:87.37:87,0,1256
194 312-ref 1437 . G A 1675.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1708,132,0
195 312-ref 1518 . G A 6167.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=5.8810;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:160:99:6167,482,0
196 312-ref 1548 . A T 6836.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5717;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,178:177:99:6836,533,0
197 312-ref 1587 . G T 273.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7057;MQ=36.89;MQ0=0;QD=1.48;SB=-0.01;sumGLbyD=1.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:161,23:184:99:303,0,5663
198 312-ref 1647 . T C 3152.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9724;MQ=35.52;MQ0=0;QD=20.74;SB=-0.01;sumGLbyD=20.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,98:152:99:3183,0,1572
199 312-ref 1662 . A C 4073.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7341;MQ=34.99;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:111:99:4073,334,0
200 312-ref 1671 . C T 3951.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7312;MQ=34.89;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3951,322,0
201 312-ref 1683 . G C 235.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.52;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,12:41:99:266,0,923
202 312-ref 1693 . A C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
203 312-ref 1704 . A T 694.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:728,60,0
204 312-ref 1723 . G A 3019.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9768;MQ=34.98;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:81:99:3053,244,0
205 312-ref 1776 . T G 347.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5235;MQ=32.11;MQ0=0;QD=2.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,26:148:99:377,0,3866
206 312-ref 1777 . T C 5241.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6294;MQ=32.11;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:151:99:5240,454,0
207 312-ref 1794 . A G 3771.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1177;MQ=29.58;MQ0=0;QD=32.51;SB=29.62;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:3741,319,0
208 312-ref 1797 . G A 3405.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.2514;MQ=29.19;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:105:99:3404,316,0
209 312-ref 1818 . C T 3053.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9999;MQ=29.84;MQ0=0;QD=31.16;SB=-29.63;sumGLbyD=31.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3087,286,0
210 312-ref 1843 . C T 5824.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7820;MQ=34.14;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:159:99:5823,478,0
211 312-ref 1868 . C T 6025.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5240;MQ=34.88;MQ0=0;QD=36.30;SB=-40.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:163:99:5985,450,0
212 312-ref 1908 . T A 533.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.3052;MQ=35.04;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,24:100:99:563,0,2496
213 312-ref 1919 . C T 1306.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:37:99:1340,111,0
214 312-ref 1922 . A G 1333.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1366,114,0
215 312-ref 1955 . T G 216.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.11;SB=-0.01;sumGLbyD=31.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:250,24,0
216 312-ref 1956 . G A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
217 312-ref 2680 . T C 661.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9920;MQ=20.11;MQ0=0;QD=22.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:29:83.88:694,84,0
218 324-ref 154 . C T 785.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=34.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:29.21:818,29,0
219 324-ref 325 . G T 1098.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:29:87.28:1131,87,0
220 324-ref 889 . C T 1234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1268,96,0
221 324-ref 1469 . T A 73.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6850;MQ=36.76;MQ0=0;QD=1.75;SB=-0.01;sumGLbyD=2.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,6:42:99:104,0,1284
222 324-ref 1470 . G A 1634.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=9.7185;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1667,129,0
223 324-ref 1516 . A T 400.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9581;MQ=36.61;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:430,0,420
224 324-ref 1564 . G C 678.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.18:712,54,0
225 324-ref 1591 . T C 313.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.58;SB=-0.01;sumGLbyD=21.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:343,0,187
226 324-ref 1672 . G A 43.33 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
227 360-ref 105 . G C 153.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0
228 360-ref 134 . G C 407.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:440,36,0
229 360-ref 178 . C T 529.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.10:563,48,0
230 360-ref 315 . C T 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
231 360-ref 364 . T C 540.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:574,45,0
232 360-ref 405 . G A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
233 360-ref 406 . A T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
234 360-ref 407 . A T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
235 360-ref 425 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
236 360-ref 441 . G A 154.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
237 360-ref 506 . T G 709.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:743,57,0
238 360-ref 526 . A G 558.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:592,45,0
239 360-ref 607 . C G 415.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=36.12;MQ0=0;QD=18.05;SB=-0.01;sumGLbyD=19.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:445,0,278
240 360-ref 619 . G T 968.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.25;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:1002,78,0
241 360-ref 639 . G A 1182.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.35;MQ0=0;QD=38.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.30:1215,93,0
242 360-ref 680 . A T 2034.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.38;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2067,160,0
243 360-ref 716 . G C 1952.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1985,153,0
244 360-ref 755 . C G 519.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.42;SB=-0.01;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:549,0,641
245 360-ref 791 . A T 341.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7839;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:372,0,1012
246 360-ref 829 . G A 1477.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7312;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1510,117,0
247 360-ref 919 . C T 227.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.24;SB=-0.01;sumGLbyD=28.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:9:21.06:260,21,0
248 360-ref 922 . G A 211.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:245,21,0
249 360-ref 928 . G A 179.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:212,18,0
250 360-ref 940 . A G 78.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
251 360-ref 980 . C T 308.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9657;MQ=35.82;MQ0=0;QD=11.88;SB=-0.01;sumGLbyD=13.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:24:99:339,0,422
252 360-ref 993 . A G 1124 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.01;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1157,90,0
253 360-ref 1148 . C T 1763.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7883;MQ=36.78;MQ0=0;QD=38.34;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1797,135,0
254 360-ref 1212 . A G 1627.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.78;MQ0=0;QD=35.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:44:99:1661,104,0
255 360-ref 1438 . A G 1568.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.48;MQ0=0;QD=35.65;SB=-200.04;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:43:99:1601,102,0
256 360-ref 1580 . C T 226.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2299;MQ=36.46;MQ0=0;QD=3.71;SB=-0.01;sumGLbyD=4.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:59:99:256,0,1682
257 360-ref 1854 . A G 1258.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1388;MQ=36.87;MQ0=0;QD=15.73;SB=-0.01;sumGLbyD=16.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:1289,0,1365
258 360-ref 1889 . C T 266.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5327;MQ=36.84;MQ0=0;QD=4.16;SB=-0.01;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,13:63:99:296,0,1760
259 360-ref 1916 . C T 441.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5225;MQ=36.00;MQ0=0;QD=8.65;SB=-0.01;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:471,0,1142
260 360-ref 1934 . T A 1730.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.44;MQ0=0;QD=37.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1763,138,0
261 360-ref 1940 . G A 1734.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=35.47;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1767,141,0
262 360-ref 1996 . T C 697.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9968;MQ=36.61;MQ0=0;QD=13.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:728,0,994
263 360-ref 2138 . G A 1842.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8454;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.61;SB=-0.01;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:98:99:1873,0,1405
264 360-ref 2267 . T A 2557.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6286;MQ=36.85;MQ0=0;QD=18.53;SB=-0.01;sumGLbyD=18.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,78:136:99:2588,0,1840
265 360-ref 2454 . G T 1703.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=16.1085;MQ=36.86;MQ0=0;QD=11.43;SB=-280.92;sumGLbyD=11.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,57:146:99:1733,0,2893
266 360-ref 2484 . C T 2468.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2761;MQ=36.88;MQ0=0;QD=14.18;SB=-48.57;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,79:172:99:2498,0,3140
267 360-ref 2561 . T C 2604.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3883;MQ=33.11;MQ0=0;QD=19.73;SB=-24.67;sumGLbyD=19.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,85:130:99:2634,0,1120
268 360-ref 2582 . G A 4121.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2539;MQ=32.84;MQ0=0;QD=34.06;SB=-27.67;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:119:99:4083,321,0
269 360-ref 2637 . G C 2947.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4302;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.24;SB=-0.01;sumGLbyD=17.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,89:169:99:2978,0,2623
270 360-ref 2720 . A G 90.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=4.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:25:99:121,0,689
271 360-ref 2748 . G T 1435.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1469,114,0
272 360-ref 2779 . A C 1758.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1791,141,0
273 360-ref 2839 . G A 828.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.60;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:22:66.21:862,66,0
274 360-ref 2910 . A G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
275 363-ref 96 . C G 292.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:326,33,0
276 363-ref 101 . C T 925.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.21:958,84,0
277 363-ref 126 . A G 3682.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.41;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3681,316,0
278 363-ref 141 . C G 7295.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5924;MQ=34.02;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,203:202:99:7295,608,0
279 363-ref 181 . C T 18943.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=521;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3801;MQ=34.37;MQ0=0;QD=36.36;SB=-226.17;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,519:512:99:18941,1540,0
280 363-ref 192 . T A 24232.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=723;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=43.9975;MQ=30.89;MQ0=0;QD=33.52;SB=-228.13;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,718:719:99:24134,2128,0
281 363-ref 347 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
282 363-ref 355 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
283 363-ref 360 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
284 363-ref 531 . A T 239.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.00;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:273,24,0
285 363-ref 537 . A T 265.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
286 363-ref 611 . T C 534.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:568,45,0
287 363-ref 631 . T C 377.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:411,33,0
288 363-ref 646 . A C 134.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.46;SB=-0.01;sumGLbyD=27.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.57:165,0,12
289 463-ref 19 . G A 183.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.20;SB=-0.01;sumGLbyD=30.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:216,21,0
290 463-ref 20 . A G 126.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=18.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:15.94:157,0,16
291 463-ref 38 . A C 1103.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:31:93.27:1137,93,0
292 463-ref 56 . A C 671.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8675;MQ=35.61;MQ0=0;QD=11.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,23:59:99:702,0,1171
293 463-ref 75 . C T 3633.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6127;MQ=36.06;MQ0=0;QD=37.07;SB=-78.59;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:98:99:3562,224,0
294 463-ref 1223 . A G 233.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=343;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=46.6946;MQ=36.41;MQ0=0;QD=0.68;SB=-0.01;sumGLbyD=0.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:306,37:336:99:263,0,10521
295 463-ref 1257 . C A 9614.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.3529;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,251:255:99:9372,563,0
296 463-ref 1265 . C T 9164 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=16.6614;MQ=36.45;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,236:238:99:9024,611,0
297 463-ref 1354 . G A 2575.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ=36.63;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,74:81:0.23:2604,0,0
298 463-ref 1382 . T A 110.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9833;MQ=36.15;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=3.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,7:36:99:141,0,1034
299 463-ref 1387 . C T 660.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.41;SB=-0.01;sumGLbyD=27.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:24:65.26:690,0,65
300 463-ref 1399 . T C 533.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:21:99:563,0,121
301 463-ref 1551 . C T 630.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:664,51,0
302 463-ref 1564 . A T 625.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:658,51,0
303 463-ref 1580 . A C 634.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:668,51,0
304 493-ref 246 . G A 344.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=7.5736;MQ=35.55;MQ0=0;QD=5.38;SB=-0.01;sumGLbyD=5.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,17:64:99:374,0,1646
305 493-ref 251 . A C 177.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.6937;MQ=35.62;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=3.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,13:65:99:207,0,1714
306 493-ref 363 . T C 1343.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1377,108,0
307 493-ref 464 . T C 67.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7088;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=1.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,8:66:97.96:98,0,2063
308 493-ref 524 . G A 1741.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4260;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1775,135,0
309 493-ref 608 . C A 381.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0
310 493-ref 630 . T A 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0
311 493-ref 631 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
312 493-ref 632 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
313 710-ref 48 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
314 710-ref 286 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
315 710-ref 425 . T G 423.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:457,36,0
316 710-ref 555 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
317 710-ref 666 . A G 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:360,27,0
318 710-ref 698 . A G 327.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.42;SB=-0.01;sumGLbyD=25.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:358,0,118
319 710-ref 814 . A G 180.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=34.15;MQ0=0;QD=16.38;SB=-0.01;sumGLbyD=19.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:210,0,124
320 710-ref 819 . G C 87.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=34.15;MQ0=0;QD=7.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:117,0,210
321 710-ref 828 . G A 18.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.03;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:48.18:48,0,219
322 710-ref 829 . A C 212.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.56;SB=-0.01;sumGLbyD=27.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:9:21.06:245,21,0
323 710-ref 837 . T A 146.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=20.88;SB=-0.01;sumGLbyD=25.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.97:176,0,19
324 710-ref 852 . A G 83.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=16.77;SB=-0.01;sumGLbyD=22.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.54:114,0,24
325 710-ref 935 . T A 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:82.55:83,0,209
326 710-ref 944 . A G 51.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.46;SB=-0.01;sumGLbyD=10.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:81.68:82,0,176
327 710-ref 957 . G A 48.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:78.16:78,0,237
328 710-ref 965 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
329 710-ref 967 . T A 121.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
330 710-ref 1020 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
331 710-ref 1032 . G A 25.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.38:55,0,68
332 710-ref 1041 . T A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:68,0,58
333 710-ref 1222 . T C 247.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.07;SB=-0.01;sumGLbyD=21.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:278,0,154
334 710-ref 1300 . G A 247.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.65;SB=-0.01;sumGLbyD=23.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:278,0,124
335 710-ref 1346 . C T 294.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.46;SB=-0.01;sumGLbyD=32.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.22:324,0,9
336 710-ref 1411 . G A 160.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
337 710-ref 1470 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
338 789-ref 130 . C T 990.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.24:1024,81,0
339 789-ref 391 . C T 2142.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:56:99:2176,169,0
340 789-ref 471 . A G 1528.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1561,126,0
341 789-ref 475 . A G 880.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=35.57;MQ0=0;QD=20.47;SB=-0.01;sumGLbyD=21.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,29:42:99:910,0,406
342 789-ref 520 . G C 1475.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.48;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1508,117,0
343 789-ref 557 . A G 842.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:875,69,0
344 789-ref 630 . G A 1176.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8653;MQ=36.10;MQ0=0;QD=34.61;SB=-40.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.29:1210,96,0
345 789-ref 682 . A G 1462.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1496,120,0
346 789-ref 723 . C T 1535.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7920;MQ=36.65;MQ0=0;QD=26.93;SB=-0.01;sumGLbyD=27.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,47:55:99:1565,0,187
347 789-ref 740 . G T 19.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7799;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.35;SB=-0.01;sumGLbyD=0.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,7:54:49.82:50,0,1707
348 789-ref 796 . A G 1462.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6513;MQ=36.60;MQ0=0;QD=29.25;SB=-0.01;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,43:50:99:1493,0,111
349 789-ref 847 . A T 1704.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5999;MQ=36.02;MQ0=0;QD=32.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:50:70.43:1737,70,0
350 789-ref 902 . T A 1957.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4907;MQ=35.89;MQ0=0;QD=35.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:53:99:1990,159,0
351 789-ref 997 . C T 1825.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5219;MQ=36.17;MQ0=0;QD=29.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,55:61:47.91:1856,0,48
352 789-ref 1004 . C G 1815.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9951;MQ=36.18;MQ0=0;QD=29.28;SB=-0.01;sumGLbyD=29.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,55:60:61.79:1845,0,62
353 789-ref 1014 . G C 2005.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9962;MQ=36.24;MQ0=0;QD=29.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,58:67:99:2035,0,152
354 789-ref 1142 . G A 53.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6987;MQ=36.62;MQ0=0;QD=0.67;SB=3.00;sumGLbyD=1.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,8:78:83.87:84,0,2489
355 789-ref 1189 . A C 33.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8656;MQ=36.49;MQ0=0;QD=0.56;SB=6.01;sumGLbyD=1.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,7:56:63.03:63,0,1681
356 789-ref 1194 . G A 1909.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=35.36;SB=-80.02;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1943,153,0
357 789-ref 1198 . G A 1948.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-80.02;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1981,153,0
358 789-ref 1248 . A T 1308.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.13;MQ0=0;QD=35.35;SB=-112.16;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1341,111,0
359 789-ref 1306 . G A 593.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5296;MQ=35.14;MQ0=0;QD=9.57;SB=6.01;sumGLbyD=10.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,21:61:99:623,0,1310
360 789-ref 1320 . A G 2020.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6545;MQ=33.53;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:57:99:2053,171,0
361 789-ref 1328 . G C 172.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8558;MQ=32.52;MQ0=0;QD=2.92;SB=-0.01;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,11:59:99:202,0,1497
362 789-ref 1337 . T C 33.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8558;MQ=30.57;MQ0=0;QD=0.65;SB=-0.01;sumGLbyD=1.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,7:52:63.98:64,0,1343
363 789-ref 1446 . T C 181.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.16;SB=6.05;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:9:91.55:212,0,92
364 789-ref 1464 . T C 319.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-75.21;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:352,27,0
365 789-ref 1686 . A G 179.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.93;SB=-0.01;sumGLbyD=20.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:209,0,128
366 845-ref 167 . T G 847.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4671;MQ=36.56;MQ0=0;QD=36.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:880,69,0
367 845-ref 240 . A G 813.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:847,66,0
368 845-ref 350 . C T 750.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4019;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:784,60,0
369 845-ref 573 . G T 32.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:62.36:62,0,244
370 845-ref 789 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
371 845-ref 969 . C G 999.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.87;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1032,81,0
372 845-ref 984 . A G 804.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=36.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:837,66,0
373 845-ref 1117 . G A 320.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
374 958-ref 71 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
375 958-ref 105 . C A 158.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
376 958-ref 130 . A G 390.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:423,33,0
377 958-ref 353 . C T 665.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:54.17:698,54,0
378 958-ref 435 . A G 18.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.33;SB=19.81;sumGLbyD=6.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:48.54:49,0,167
379 958-ref 629 . C T 2006.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8316;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2039,159,0
380 958-ref 639 . C T 1911.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.20;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1944,153,0
381 958-ref 692 . C T 1339 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3256;MQ=36.52;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=32.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:39:74.35:1372,74,0
382 958-ref 792 . A G 46.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9985;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:76.14:76,0,348
383 958-ref 795 . C A 84.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=36.15;MQ0=0;QD=7.06;SB=-0.01;sumGLbyD=9.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:99:115,0,234
384 958-ref 808 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
385 958-ref 811 . T G 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
386 1012-ref 24 . A G 141.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.20;MQ0=0;QD=11.77;SB=3.57;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:171,0,138
387 1012-ref 35 . G A 408.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.76;MQ0=0;QD=29.21;SB=-177.71;sumGLbyD=31.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.09:442,42,0
388 1012-ref 36 . C G 443.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.27;MQ0=0;QD=27.72;SB=-177.72;sumGLbyD=29.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.09:477,45,0
389 1012-ref 74 . G A 158.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=28.27;MQ0=0;QD=9.93;SB=18.03;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:15:99:189,0,202
390 1012-ref 81 . C G 148.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=27.76;MQ0=0;QD=10.62;SB=-3.81;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:13:99:179,0,154
391 1012-ref 92 . C G 180.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=26.34;MQ0=0;QD=22.61;SB=-59.05;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.04:214,21,0
392 1012-ref 115 . A G 20.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.35;MQ0=0;QD=1.74;SB=34.00;sumGLbyD=4.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:50.87:51,0,213
393 1012-ref 126 . T G 116.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.35;MQ0=0;QD=6.84;SB=-61.40;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:16:99:146,0,229
394 1012-ref 128 . C G 138.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.05;MQ0=0;QD=7.69;SB=-77.90;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:168,0,260
395 1012-ref 194 . A G 35.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=35.42;MQ0=0;QD=1.36;SB=-0.01;sumGLbyD=2.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,4:26:65.23:65,0,753
396 1012-ref 208 . C A 884.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.07;MQ0=0;QD=35.36;SB=-29.63;sumGLbyD=36.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:917,75,0
397 1012-ref 214 . G A 944.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.11;MQ0=0;QD=32.56;SB=-149.65;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:28:54.62:977,55,0
398 1012-ref 253 . C A 778.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=33.96;MQ0=0;QD=27.80;SB=-174.67;sumGLbyD=28.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,24:27:15.37:808,0,15
399 1012-ref 274 . A T 1093.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6370;MQ=35.20;MQ0=0;QD=31.25;SB=-180.40;sumGLbyD=32.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,32:35:8.02:1125,8,0
400 1012-ref 332 . T C 622.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=32.74;SB=-113.62;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:18.60:655,19,0
401 1012-ref 352 . A T 742.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.13;SB=-159.34;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:776,60,0
402 1012-ref 475 . A G 1018.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1052,81,0
403 1012-ref 544 . T C 979.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1013,78,0
404 1012-ref 562 . G A 693.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=30.13;SB=-0.01;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,20:23:37.39:723,0,37
405 1012-ref 602 . A G 51.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=35.91;MQ0=0;QD=1.85;SB=-26.62;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:28:81.70:82,0,784
406 1012-ref 732 . G T 839.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.22:873,66,0
407 1012-ref 771 . G A 953.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.15;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:987,75,0
408 1012-ref 799 . C T 922.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.45;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.24:956,72,0
409 1012-ref 850 . A G 121.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
410 1012-ref 875 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
411 1015-ref 53 . G T 74.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
412 1015-ref 71 . A G 871.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.24:905,35,0
413 1015-ref 287 . C T 4706.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5213;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,122:122:99:4666,327,0
414 1015-ref 305 . C T 4816.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.36;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:125:99:4816,376,0
415 1015-ref 356 . T A 1805.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9658;MQ=35.06;MQ0=0;QD=17.88;SB=-0.01;sumGLbyD=18.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:99:99:1839,153,0
416 1015-ref 369 . C T 3044.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9957;MQ=34.81;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:82:99:3077,247,0
417 1015-ref 380 . T A 1053.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.66;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=17.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,36:60:99:1083,0,782
418 1015-ref 399 . A G 478.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.88;SB=-0.01;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:511,48,0
419 1015-ref 442 . C T 319.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
420 1015-ref 457 . T C 1074.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.25:1107,87,0
421 1066-ref 207 . A G 377.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:410,33,0
422 1066-ref 298 . C A 850.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.53;MQ0=0;QD=31.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.17:884,78,0
423 1066-ref 300 . A G 898.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.53;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.19:931,81,0
424 1066-ref 392 . A G 8256.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1276;MQ=32.48;MQ0=0;QD=34.12;SB=-110.40;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,241:239:99:8219,716,0
425 1066-ref 413 . C G 8957.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2316;MQ=36.63;MQ0=0;QD=38.61;SB=-434.07;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,229:230:99:8927,663,0
426 1066-ref 1013 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
427 1108-ref 57 . C T 174.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6630;MQ=32.27;MQ0=0;QD=6.97;SB=-0.01;sumGLbyD=8.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:204,0,522
428 1108-ref 62 . T C 789.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6630;MQ=32.27;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:69.19:823,69,0
429 1108-ref 78 . T A 1003.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.97;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.24:1037,87,0
430 1108-ref 79 . G A 892.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.65;MQ0=0;QD=33.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.21:926,78,0
431 1108-ref 188 . G A 1561.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7922;MQ=36.53;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1594,126,0
432 1108-ref 234 . A G 1667.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3018;MQ=36.77;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1700,132,0
433 1108-ref 296 . G A 1850.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8478;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1884,150,0
434 1108-ref 304 . C T 1689.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8454;MQ=35.87;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1723,135,0
435 1108-ref 405 . A C 730.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=33.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.18:763,63,0
436 1108-ref 409 . C T 849.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.77;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.21:883,72,0
437 1108-ref 410 . A G 840.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.77;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.20:874,72,0
438 1108-ref 471 . T C 1514.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=36.52;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1547,123,0
439 1108-ref 512 . A C 721.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.2233;MQ=36.72;MQ0=0;QD=20.03;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:751,0,422
440 1108-ref 557 . C T 1370.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1404,108,0
441 1108-ref 581 . T C 1411.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.75;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:39:79.58:1444,80,0
442 1108-ref 781 . G T 1897.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1931,147,0
443 1108-ref 839 . G T 665.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.29;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.15:698,63,0
444 1108-ref 854 . T C 475.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=29.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:509,48,0
445 1108-ref 860 . G A 433.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.09:467,45,0
446 1108-ref 868 . A T 260.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.66;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.05:293,30,0
447 1119-ref 110 . T G 35.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
448 1119-ref 112 . A G 85.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
449 1119-ref 189 . G A 204.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
450 1119-ref 195 . T G 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
451 1119-ref 234 . G A 324.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:358,27,0
452 1119-ref 431 . G C 99.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8311;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.64;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:6:24.96:130,0,25
453 1119-ref 515 . C A 108.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.06;SB=-0.01;sumGLbyD=23.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.09:138,0,59
454 1119-ref 542 . T C 37.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.46;SB=-0.01;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.28:67,0,68
455 1119-ref 623 . C A 305.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:338,27,0
456 1119-ref 677 . C T 343.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:376,30,0
457 1119-ref 698 . T C 160.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.15;MQ0=0;QD=13.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:191,0,204
458 1119-ref 896 . T C 138.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.36;SB=-0.01;sumGLbyD=18.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:168,0,120
459 1119-ref 1005 . T A 478.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:512,39,0
460 1119-ref 1052 . T G 61.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=10.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:91.19:91,0,175
461 1119-ref 1127 . A G 397.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4681;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:430,33,0
462 1119-ref 1499 . T A 130.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.84;SB=-0.01;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:160,0,197
463 1119-ref 1595 . A C 298.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:332,27,0
464 1119-ref 1634 . A G 247.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=36.22;MQ0=0;QD=19.02;SB=-0.01;sumGLbyD=21.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:12:99:277,0,110
465 1119-ref 1668 . A G 604.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:638,51,0
466 1119-ref 1726 . T C 718.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:752,60,0
467 1119-ref 1949 . G A 364.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6437;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.57;SB=-0.01;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:23:99:394,0,357
468 1119-ref 2309 . C G 1307.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1341,102,0
469 1119-ref 2426 . G T 1448.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1482,114,0
470 1119-ref 2587 . T C 669.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:54.17:702,54,0
471 1119-ref 2591 . G A 622.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:655,51,0
472 1119-ref 2678 . G C 616.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=30.81;SB=-39.96;sumGLbyD=32.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:22.37:649,22,0
473 1119-ref 2716 . T C 224.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=28.10;SB=-39.98;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:258,24,0
474 1119-ref 2727 . C A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=20.69;SB=-0.01;sumGLbyD=25.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:18.03:178,18,0
475 1119-ref 2735 . C T 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
476 1154-ref 103 . T A 154.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
477 1154-ref 145 . T C 258.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:291,24,0
478 1154-ref 148 . A G 211.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:245,21,0
479 1154-ref 169 . G A 99.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.56;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.58:129,0,52
480 1154-ref 233 . A G 103.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:136,12,0
481 1154-ref 252 . A G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
482 1154-ref 258 . T C 109.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0
483 1154-ref 385 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
484 1154-ref 398 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
485 1154-ref 674 . G C 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
486 1154-ref 676 . G A 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
487 1154-ref 747 . A T 320.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
488 1154-ref 787 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:120,9,0
489 1154-ref 800 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
490 1154-ref 810 . A G 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.77:87,0,26
491 1154-ref 857 . A G 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
492 1154-ref 861 . T G 276.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:8:24.07:310,24,0
493 1154-ref 878 . T A 355.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:388,30,0
494 1154-ref 977 . A G 256.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.48;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:8.17:286,0,8
495 1154-ref 1019 . C T 341.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:375,30,0
496 1154-ref 1050 . T G 74.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=15.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:50.65:105,0,51
497 1154-ref 1063 . G C 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
498 1154-ref 1111 . C A 151.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:182,0,22
499 1154-ref 1147 . G C 511.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:544,42,0
500 1154-ref 1148 . A C 508.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:542,42,0
501 1286-ref 53 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
502 1286-ref 105 . T C 360.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:394,30,0
503 1286-ref 108 . T A 300.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.02;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.91:330,0,10
504 1286-ref 179 . T A 930.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.22:963,75,0
505 1286-ref 225 . A T 860.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:893,72,0
506 1286-ref 234 . T C 995.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4625;MQ=30.37;MQ0=0;QD=14.22;SB=-0.01;sumGLbyD=14.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:1026,0,906
507 1286-ref 248 . T A 7239.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=522;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.3718;MQ=30.36;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=10.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:278,241:516:99:5656,0,8434
508 1286-ref 278 . A G 17386.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=958;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.3491;MQ=32.68;MQ0=0;QD=18.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:485,473:951:99:14519,0,13445
509 1286-ref 279 . G T 33348.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=957;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.1799;MQ=32.67;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,954:945:99:33276,2777,0
510 1286-ref 294 . G A 33483.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=956;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.6918;MQ=32.69;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,950:946:99:33357,2800,0
511 1286-ref 308 . A G 15149.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=909;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6469;MQ=32.85;MQ0=0;QD=16.67;SB=-0.01;sumGLbyD=13.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,455:898:99:12442,0,14088
512 1286-ref 335 . T G 495.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=25.70;MQ0=0;QD=23.59;SB=-0.01;sumGLbyD=25.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:20:25.76:528,26,0
513 1286-ref 342 . A T 425.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.80;MQ0=0;QD=25.04;SB=-28.23;sumGLbyD=26.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:15:5.13:457,5,0
514 1286-ref 364 . T C 22872.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=626;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.7899;MQ=36.68;MQ0=0;QD=36.54;SB=-499.67;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,616:612:99:22637,1627,0
515 1286-ref 376 . C A 15905.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=895;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.5526;MQ=36.74;MQ0=0;QD=17.77;SB=-407.41;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:479,414:874:99:13273,0,15274
516 1286-ref 451 . T C 15711.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=417;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.6391;MQ=36.16;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,414:414:99:15601,1137,0
517 1286-ref 472 . C T 1724.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0626;MQ=33.23;MQ0=0;QD=24.99;SB=-0.01;sumGLbyD=25.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,59:67:11.18:1754,0,11
518 1286-ref 475 . C T 10.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4604;MQ=25.87;MQ0=0;QD=1.78;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:40.31:40,0,76
519 1286-ref 479 . A T 1974.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7767;MQ=24.06;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:81:99:2007,142,0
520 1286-ref 520 . G C 36739.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=43.6081;MQ=35.94;MQ0=0;QD=36.74;SB=-109.36;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,995:978:99:36599,2842,0
521 1286-ref 599 . G A 35487.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=980;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.6828;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,974:946:99:35453,2816,0
522 1286-ref 644 . G A 30190.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=877;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.2622;MQ=35.62;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,865:829:99:30055,2386,0
523 1286-ref 663 . C G 27019.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=736;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.0227;MQ=35.39;MQ0=0;QD=36.71;SB=-29.63;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,730:728:99:26916,2090,0
524 1286-ref 679 . C A 6057.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=388;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.2118;MQ=34.64;MQ0=0;QD=15.61;SB=-47.31;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:213,174:384:99:4866,0,6471
525 1286-ref 685 . T G 1109 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=308.4189;MQ=34.51;MQ0=0;QD=3.96;SB=3.00;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:221,55:272:99:1139,0,6558
526 1286-ref 690 . A C 1101.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=245;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=49.9013;MQ=35.19;MQ0=0;QD=4.50;SB=-0.01;sumGLbyD=4.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,59:242:99:1131,0,6163
527 1286-ref 694 . A C 13039.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=100.9839;MQ=36.40;MQ0=0;QD=34.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:30,343:371:99:12086,164,0
528 1286-ref 814 . A G 36769.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=62.7215;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.77;SB=-24.97;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,995:978:99:36615,2791,0
529 1286-ref 854 . A G 16853.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.1095;MQ=32.95;MQ0=0;QD=16.85;SB=-23.63;sumGLbyD=13.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:526,469:966:99:13937,0,13633
530 1286-ref 862 . G C 15707.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=965;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.6695;MQ=30.52;MQ0=0;QD=16.28;SB=-33.32;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:514,451:954:99:12823,0,12719
531 1286-ref 892 . T A 24272.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=789;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.3359;MQ=29.13;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=30.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,783:778:99:24205,2330,0
532 1286-ref 931 . A T 4589.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5654;MQ=22.86;MQ0=0;QD=26.38;SB=-0.01;sumGLbyD=25.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:172:99:4455,501,0
533 1286-ref 989 . C T 402.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=30.95;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:14.43:435,14,0
534 1286-ref 991 . C T 412.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=31.70;SB=-0.01;sumGLbyD=34.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:14.43:445,14,0
535 1286-ref 1140 . A T 16327.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=444;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1805;MQ=34.69;MQ0=0;QD=36.77;SB=-40.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,441:440:99:16256,1289,0
536 1286-ref 1149 . T C 15621.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1999;MQ=34.50;MQ0=0;QD=36.76;SB=-40.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,423:423:99:15592,1245,0
537 1286-ref 1172 . G T 12775.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.8607;MQ=33.96;MQ0=0;QD=36.29;SB=-38.58;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,350:351:99:12743,1025,0
538 1286-ref 1186 . G A 824.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.94;MQ0=0;QD=26.58;SB=-0.01;sumGLbyD=27.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:53.17:857,53,0
539 1286-ref 1188 . A T 110.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=18.41;SB=-0.01;sumGLbyD=23.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.27:140,0,21
540 1288-ref 213 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
541 1288-ref 241 . C G 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
542 1288-ref 280 . T C 149.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0
543 1288-ref 300 . C T 16.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.35;SB=-0.01;sumGLbyD=6.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:46.35:46,0,179
544 1288-ref 311 . A G 160.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
545 1288-ref 331 . C T 188.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:221,18,0
546 1288-ref 337 . T G 25.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:54.99:55,0,138
547 1288-ref 360 . A C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
548 1288-ref 410 . T C 736.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:770,60,0
549 1288-ref 489 . T G 494.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:528,42,0
550 1288-ref 503 . G C 595.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:628,51,0
551 1288-ref 526 . C T 521.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.92;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=32.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.12:555,48,0
552 1288-ref 548 . A G 581.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=32.32;SB=-0.01;sumGLbyD=34.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.13:615,54,0
553 1288-ref 565 . T A 897.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.34;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.21:931,78,0
554 1288-ref 589 . G A 908.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.48;MQ0=0;QD=33.64;SB=-0.01;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.21:941,78,0
555 1288-ref 664 . G A 1260.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7344;MQ=36.47;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:36:71.34:1293,71,0
556 1288-ref 710 . G A 902.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:43.89:936,44,0
557 1288-ref 760 . T C 1021.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-0.01;sumGLbyD=39.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1055,81,0
558 1288-ref 840 . G A 1030.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:81.26:1063,81,0
559 1288-ref 878 . G A 1359.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7005;MQ=36.20;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1393,108,0
560 1288-ref 914 . C G 1517.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=36.24;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1550,120,0
561 1288-ref 950 . A G 980.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1013,78,0
562 1288-ref 1174 . A C 1361.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=32.16;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1395,120,0
563 1288-ref 1198 . G A 1231.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.09;MQ0=0;QD=33.28;SB=-0.01;sumGLbyD=34.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1264,111,0
564 1288-ref 1214 . C A 874.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.19:908,84,0
565 1288-ref 1216 . A G 799.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.23;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.17:832,78,0
566 1288-ref 1324 . A G 1978.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3658;MQ=36.42;MQ0=0;QD=38.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2011,156,0
567 1288-ref 1678 . G T 3057.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6201;MQ=36.46;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:84:99:3091,213,0
568 1311-ref 6 . T C 21.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.19;SB=-0.01;sumGLbyD=2.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:51.38:51,0,518
569 1311-ref 246 . G A 6972.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.4793;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.28;SB=-40.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:182:99:6971,548,0
570 1311-ref 468 . T G 5167.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5800;MQ=33.08;MQ0=0;QD=34.68;SB=-0.01;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:145:99:5166,436,0
571 1311-ref 489 . T C 4515.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8485;MQ=32.28;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:130:99:4481,388,0
572 1311-ref 500 . T A 3340.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8665;MQ=30.79;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3340,298,0
573 1311-ref 509 . C A 2932.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=30.62;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:2965,265,0
574 1311-ref 684 . C G 4310.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2444;MQ=36.58;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:112:99:4278,334,0
575 1311-ref 723 . A G 3564.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6287;MQ=35.93;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:3542,264,0
576 1311-ref 738 . C T 3588.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4931;MQ=35.12;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:98:99:3550,257,0
577 1311-ref 774 . A G 4190.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4888;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.82;SB=-0.01;sumGLbyD=35.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:110:99:4191,331,0
578 1311-ref 870 . T G 4285.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4581;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:112:99:4285,337,0
579 1311-ref 963 . G A 3439.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6974;MQ=36.77;MQ0=0;QD=39.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3440,265,0
580 1311-ref 1085 . T A 2318.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.67;MQ0=0;QD=38.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2352,181,0
581 1311-ref 1182 . C T 2701.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9403;MQ=36.87;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:73:99:2734,220,0
582 1311-ref 1502 . G T 653.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.62;MQ0=0;QD=29.72;SB=-176.72;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:19:57.16:687,57,0
583 1311-ref 1537 . T C 69.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.86;MQ0=0;QD=9.94;SB=-0.01;sumGLbyD=14.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:5:24.98:100,0,25
584 1323-ref 48 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
585 1323-ref 62 . A G 69.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.05;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:101,9,0
586 1323-ref 83 . A T 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.09;SB=-0.01;sumGLbyD=29.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:116,9,0
587 1323-ref 273 . A G 242.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
588 1323-ref 379 . G C 584.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8121;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:22.83:614,0,23
589 1323-ref 545 . G A 757.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.20:790,60,0
590 1323-ref 624 . T A 306.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
591 1323-ref 629 . A C 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
592 1323-ref 633 . C T 224.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:257,21,0
593 1323-ref 729 . A G 423.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:456,36,0
594 1323-ref 737 . T A 609.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:642,51,0
595 1323-ref 797 . A G 908.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:942,75,0
596 1323-ref 801 . A T 1007.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:81.26:1040,81,0
597 1323-ref 878 . C T 800.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.32;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:833,69,0
598 1323-ref 899 . A T 483.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=30.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.10:517,48,0
599 1323-ref 914 . A T 431.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=28.76;SB=-0.01;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.10:464,42,0
600 1323-ref 919 . A G 503.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:536,48,0
601 1323-ref 948 . C T 715.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.46;MQ0=0;QD=35.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:748,60,0
602 1323-ref 1052 . T C 1097.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1130,87,0
603 1323-ref 1278 . T C 1499.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1533,120,0
604 1323-ref 1293 . C T 1359.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1393,108,0
605 1323-ref 1632 . G T 1584.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0988;MQ=36.55;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:44:92.41:1618,92,0
606 1323-ref 1852 . A G 11.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9907;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.49;SB=-0.01;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:40.83:41,0,688
607 1323-ref 1908 . G C 250.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.34;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:284,24,0
608 1323-ref 1923 . C T 134.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:167,15,0
609 1323-ref 1936 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
610 1323-ref 1938 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
611 1323-ref 1954 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
612 1323-ref 2000 . C T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
613 1323-ref 2042 . C A 147.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.60;SB=-0.01;sumGLbyD=29.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:178,0,22
614 1323-ref 2137 . C T 77.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
615 1345-ref 166 . G A 264.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6566;MQ=35.98;MQ0=0;QD=26.48;SB=-0.01;sumGLbyD=29.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:8:24.07:298,24,0
616 1345-ref 188 . A G 306.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:340,27,0
617 1345-ref 304 . A G 211.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=30.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.93:241,0,16
618 1345-ref 331 . C T 325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
619 1345-ref 413 . T G 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
620 1345-ref 688 . C T 332.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:3.02:362,0,3
621 1345-ref 697 . G T 94.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4683;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.45;SB=-0.01;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:124,0,205
622 1345-ref 811 . T C 75.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.21;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:99:106,0,493
623 1345-ref 856 . A G 328.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.83;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.21:358,0,6
624 1345-ref 976 . A G 639.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.64;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:673,51,0
625 1345-ref 994 . G A 277.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.32;SB=-0.01;sumGLbyD=19.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:15:99:307,0,190
626 1345-ref 1057 . T G 179 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.38;SB=-0.01;sumGLbyD=26.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.93:209,0,56
627 1345-ref 1236 . T G 333.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.83;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:38.24:364,0,38
628 1345-ref 1300 . C T 323.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:4.69:352,0,5
629 1345-ref 1319 . A G 150.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.03;SB=-0.01;sumGLbyD=12.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:180,0,305
630 1345-ref 1351 . G A 660.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.17:694,54,0
631 1345-ref 1362 . T C 205.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=9.77;SB=-0.01;sumGLbyD=11.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:235,0,438
632 1345-ref 1477 . G A 715.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.51;SB=-0.01;sumGLbyD=28.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:24:35.45:745,0,35
633 1345-ref 1556 . G C 980.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=36.70;MQ0=0;QD=28.83;SB=-0.01;sumGLbyD=29.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,29:33:50.42:1010,0,50
634 1345-ref 1657 . G A 513.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8666;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.68;SB=-0.01;sumGLbyD=27.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:20:52.48:544,0,52
635 1345-ref 1700 . G A 219.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=14.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:250,0,294
636 1345-ref 1773 . G A 516.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:28.84:546,0,29
637 1345-ref 1784 . G C 35.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.99;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:65.85:66,0,524
638 1345-ref 1785 . A T 375.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9953;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.76;SB=-0.01;sumGLbyD=21.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:405,0,218
639 1345-ref 1860 . C A 109.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=35.98;MQ0=0;QD=5.49;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:19:99:140,0,459
640 1345-ref 1915 . C G 408.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9981;MQ=36.40;MQ0=0;QD=24.02;SB=-0.01;sumGLbyD=25.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:93.71:438,0,94
641 1345-ref 1955 . T G 397.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.48;SB=-0.01;sumGLbyD=28.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:14:34.24:427,0,34
642 1345-ref 2106 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
643 1345-ref 2109 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
644 1378-ref 91 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
645 1378-ref 272 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
646 1378-ref 322 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
647 1378-ref 565 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
648 1378-ref 805 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
649 1378-ref 898 . G A 44.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
650 1378-ref 1002 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
651 1378-ref 1015 . T C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
652 1378-ref 1125 . A G 40.57 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
653 1378-ref 1188 . A G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
654 1378-ref 1223 . G A 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
655 1378-ref 1273 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:120,9,0
656 1378-ref 1390 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
657 1378-ref 1591 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
658 1396-ref 20 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
659 1396-ref 26 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-39.55;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
660 1396-ref 144 . G A 392 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:425,36,0
661 1396-ref 150 . T G 256.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:290,24,0
662 1396-ref 171 . G A 113.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0
663 1396-ref 197 . A G 80.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
664 1396-ref 307 . A G 1451.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.81;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:40:99:1485,120,0
665 1396-ref 322 . A G 1318.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6218;MQ=35.46;MQ0=0;QD=32.95;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:36:99:1351,108,0
666 1396-ref 363 . T G 1404.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8593;MQ=34.45;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:89.37:1437,89,0
667 1396-ref 622 . C A 1659.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1692,129,0
668 1396-ref 737 . T C 2086.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:57:99:2120,134,0
669 1396-ref 759 . C T 1603.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ=36.57;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:44:99:1637,132,0
670 1396-ref 828 . T C 1161.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:69.68:1195,70,0
671 1396-ref 1191 . G C 3729.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.79;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:97:99:3730,292,0
672 1396-ref 1428 . C T 3321.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8611;MQ=35.63;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:88:99:3321,265,0
673 1396-ref 1463 . G T 2557.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.23;MQ0=0;QD=36.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:69:99:2590,208,0
674 1396-ref 1473 . T G 2536.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8326;MQ=35.18;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2569,205,0
675 1396-ref 1549 . A T 1851.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1885,110,0
676 1396-ref 1557 . C G 1848.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.58;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1882,144,0
677 1396-ref 1639 . T C 279.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
678 1423-ref 66 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
679 1423-ref 100 . T C 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
680 1423-ref 120 . T G 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
681 1423-ref 130 . A G 250.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=27.86;SB=-0.01;sumGLbyD=31.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:284,27,0
682 1423-ref 132 . A C 252.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:286,27,0
683 1423-ref 191 . G T 403.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:436,33,0
684 1423-ref 211 . T C 502.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:535,42,0
685 1423-ref 230 . G C 374.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:408,33,0
686 1423-ref 268 . T C 396.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.04;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:429,36,0
687 1423-ref 276 . C T 252.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:286,24,0
688 1423-ref 289 . C T 444.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:477,39,0
689 1423-ref 321 . T C 744.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.03;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:777,60,0
690 1423-ref 358 . G T 844.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:878,72,0
691 1423-ref 390 . C T 412.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:445,39,0
692 1423-ref 391 . T A 414.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:447,39,0
693 1423-ref 405 . G A 411.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=31.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:444,39,0
694 1423-ref 462 . A G 712.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.32;MQ0=0;QD=30.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.17:745,66,0
695 1423-ref 478 . A C 679.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=32.36;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.16:713,63,0
696 1423-ref 486 . T C 908.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=33.64;SB=-0.01;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.21:941,81,0
697 1423-ref 504 . A T 842.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=0;QD=33.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.20:875,75,0
698 1423-ref 564 . T C 880.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:913,72,0
699 1423-ref 573 . G A 888.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.35;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:921,75,0
700 1423-ref 597 . T A 927.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.22:961,75,0
701 1423-ref 771 . A G 962.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:996,78,0
702 1423-ref 1105 . C T 1776.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1810,138,0
703 1423-ref 1182 . G T 137.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5826;MQ=36.67;MQ0=0;QD=2.08;SB=-0.01;sumGLbyD=2.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,13:59:99:167,0,1731
704 1423-ref 1346 . A C 1259.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8280;MQ=36.74;MQ0=0;QD=32.28;SB=-31.73;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:39:9.16:1291,9,0
705 1423-ref 1376 . A G 898.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9972;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.29;SB=-36.14;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:27:42.12:932,42,0
706 1423-ref 1395 . A T 699.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.81;SB=-32.51;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:732,57,0
707 1423-ref 1448 . C T 482.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:516,39,0
708 1423-ref 1475 . G C 632.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:665,51,0
709 1423-ref 1512 . A G 236.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:270,21,0
710 1432-ref 68 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
711 1432-ref 148 . A G 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7337;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:49.91:50,0,281
712 1432-ref 156 . G T 47.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:77.90:78,0,367
713 1432-ref 186 . C T 25.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.21;SB=-0.01;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:21:55.38:55,0,650
714 1432-ref 195 . A T 634.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.66;MQ0=0;QD=27.57;SB=-0.01;sumGLbyD=28.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,19:22:51.60:664,0,52
715 1432-ref 204 . A C 587.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.53;MQ0=0;QD=27.98;SB=-0.01;sumGLbyD=29.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,18:21:56.83:618,0,57
716 1432-ref 240 . C T 609.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:642,51,0
717 1432-ref 258 . A G 454.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=34.21;MQ0=0;QD=30.27;SB=-0.01;sumGLbyD=32.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.51:487,16,0
718 1432-ref 397 . A G 509.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.06;MQ0=0;QD=31.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:18.52:543,19,0
719 1432-ref 408 . A G 764.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7883;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:797,63,0
720 1432-ref 490 . C T 409.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=18.60;SB=-0.01;sumGLbyD=19.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:439,0,293
721 1432-ref 532 . C T 635.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=36.56;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=28.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,19:23:90.80:665,0,91
722 1432-ref 599 . G T 1148.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7049;MQ=36.74;MQ0=0;QD=29.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,34:39:81.98:1179,0,82
723 1432-ref 605 . G T 62.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4189;MQ=36.71;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=2.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:92.49:92,0,1041
724 1432-ref 619 . A C 36.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:31:66.73:67,0,942
725 1432-ref 662 . A C 552.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2286;MQ=35.35;MQ0=0;QD=22.10;SB=-0.01;sumGLbyD=23.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:582,0,203
726 1432-ref 678 . A G 392.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=35.28;MQ0=0;QD=21.83;SB=-0.01;sumGLbyD=23.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:423,0,145
727 1432-ref 713 . A C 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.08;SB=-0.01;sumGLbyD=10.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:93.73:94,0,176
728 1432-ref 727 . A G 137.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.26;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:167,0,120
729 1432-ref 729 . G T 171.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=17.11;SB=-0.01;sumGLbyD=20.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:9:92.93:201,0,93
730 1432-ref 746 . C T 83.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=8.39;SB=-0.01;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:114,0,187
731 1432-ref 759 . C G 160.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:190,0,119
732 1432-ref 785 . A G 175.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=19.46;SB=-0.01;sumGLbyD=22.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:73.05:205,0,73
733 1432-ref 838 . C T 196.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
734 1432-ref 870 . G T 433.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=28.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.10:467,39,0
735 1432-ref 878 . A G 525.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:558,45,0
736 1432-ref 916 . A G 754.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=30.72;MQ0=0;QD=30.19;SB=-0.01;sumGLbyD=31.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:25:72.15:788,72,0
737 1432-ref 955 . A C 811.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.25;MQ0=0;QD=31.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.15:845,78,0
738 1473-ref 20 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
739 1473-ref 39 . C G 305.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:338,27,0
740 1473-ref 164 . A G 484.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:517,39,0
741 1473-ref 304 . C T 782.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.59;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:816,66,0
742 1473-ref 365 . C A 1197.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ=36.40;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:66.19:1231,66,0
743 1473-ref 369 . C G 1047.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9651;MQ=36.32;MQ0=0;QD=34.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:52.49:1081,52,0
744 1473-ref 419 . C T 994.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1027,78,0
745 1473-ref 536 . A G 736.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:770,60,0
746 1473-ref 545 . T C 683.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.16:717,57,0
747 1473-ref 726 . C T 1029.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.91;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.26:1063,84,0
748 1473-ref 750 . A C 1074.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3348;MQ=34.31;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.26:1107,90,0
749 1473-ref 761 . C G 729.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.18:762,63,0
750 1473-ref 792 . G T 678.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9726;MQ=32.95;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.16:712,60,0
751 1473-ref 859 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
752 1473-ref 1003 . A G 86.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
753 1473-ref 1052 . T C 236.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:270,21,0
754 1509-ref 151 . G T 191.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.71;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:222,0,235
755 1509-ref 317 . A G 589.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7465;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:622,48,0
756 1509-ref 351 . G C 455.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:488,39,0
757 1509-ref 405 . A G 430.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:464,36,0
758 1509-ref 436 . A G 350.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:383,30,0
759 1509-ref 447 . A G 23.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.15:53,0,103
760 1509-ref 483 . G C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
761 1509-ref 522 . C T 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
762 1509-ref 529 . T A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
763 1509-ref 654 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
764 1509-ref 662 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
765 1509-ref 855 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
766 1509-ref 883 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
767 1511-ref 32 . T C 415.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:448,36,0
768 1511-ref 38 . G T 413.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:447,36,0
769 1511-ref 58 . A G 223.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=35.60;MQ0=0;QD=10.15;SB=-0.01;sumGLbyD=11.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:253,0,450
770 1511-ref 81 . A G 1112.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:56.29:1146,56,0
771 1511-ref 257 . T C 1185.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:31:93.30:1219,93,0
772 1511-ref 473 . C G 511.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0813;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.46;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:39:99:541,0,690
773 1511-ref 879 . G T 1510.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6649;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1543,117,0
774 1511-ref 932 . G T 1830.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1863,150,0
775 1511-ref 977 . C G 444.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.22;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:478,42,0
776 1511-ref 979 . T G 282.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.28;SB=-0.01;sumGLbyD=31.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:316,27,0
777 1515-ref 302 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
778 1515-ref 316 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
779 1515-ref 668 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
780 1515-ref 675 . C T 29.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.51;SB=-0.01;sumGLbyD=30.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.99:60,6,0
781 1515-ref 696 . T C 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
782 1515-ref 831 . G A 142.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:175,15,0
783 1515-ref 841 . C A 111.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
784 1515-ref 1048 . G A 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
785 1515-ref 1132 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
786 1515-ref 1136 . C A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
787 1515-ref 1198 . C T 39.24 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
788 1515-ref 1237 . C T 121.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
789 1515-ref 1267 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
790 1515-ref 1297 . T A 61.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.57;SB=-0.01;sumGLbyD=31.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:94,9,0
791 1515-ref 1339 . T G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
792 1543-ref 271 . C A 347.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:381,30,0
793 1543-ref 324 . A T 387.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:421,33,0
794 1543-ref 331 . T C 394.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:427,33,0
795 1543-ref 361 . A G 575.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:609,48,0
796 1543-ref 424 . T C 27.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.52;MQ0=0;QD=1.32;SB=-0.01;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:57.62:58,0,599
797 1543-ref 454 . T C 209.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4671;MQ=36.27;MQ0=0;QD=14.98;SB=-0.01;sumGLbyD=17.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:240,0,161
798 1543-ref 494 . G C 172.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.15;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=16.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:202,0,192
799 1543-ref 616 . C T 213.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.37;SB=-0.01;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:243,0,113
800 1543-ref 622 . T A 248.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7885;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:278,0,117
801 1543-ref 799 . G C 25.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.72;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.94:56,0,202
802 1543-ref 832 . C A 371.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:404,36,0
803 1543-ref 854 . T A 373.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0
804 1543-ref 868 . G A 292.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:325,27,0
805 1543-ref 898 . C T 463.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:496,39,0
806 1567-ref 58 . C T 85.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
807 1567-ref 71 . A G 365.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:399,33,0
808 1567-ref 111 . A G 1063.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.26:1096,87,0
809 1567-ref 162 . C T 1707.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0633;MQ=36.79;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:48:99:1741,106,0
810 1567-ref 188 . T C 1880.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9988;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:51:99:1914,113,0
811 1567-ref 254 . G C 2165.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4717;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2199,172,0
812 1567-ref 333 . C T 1844.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8127;MQ=36.82;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:55:46.92:1878,47,0
813 1567-ref 769 . A G 1984.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8211;MQ=36.46;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2017,162,0
814 1567-ref 786 . T C 1725.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4346;MQ=35.91;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1758,138,0
815 1567-ref 854 . T C 1164.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8618;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1198,93,0
816 1567-ref 983 . T C 223.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=27.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:257,21,0
817 1567-ref 1010 . T C 155.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:188,15,0
818 1567-ref 1074 . G A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
819 1567-ref 1110 . T A 32.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0
820 1567-ref 1147 . A C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
821 1567-ref 1178 . C T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
822 1567-ref 1269 . G T 620.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:653,54,0
823 1567-ref 1302 . A G 344.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:378,33,0
824 1567-ref 1314 . C G 269.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=30.58;MQ0=0;QD=22.46;SB=-0.01;sumGLbyD=24.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:26.04:299,0,26
825 1567-ref 1334 . A G 431.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:465,39,0
826 1567-ref 1387 . C T 679.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:713,54,0
827 1567-ref 1515 . G A 908.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.23:941,72,0
828 1567-ref 1562 . G A 719.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4691;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=31.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:21:23.20:752,23,0
829 1567-ref 1701 . T C 714.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:747,60,0
830 1567-ref 1944 . T A 32.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=32.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:64,6,0
831 1567-ref 1947 . T C 30.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.53;SB=-0.01;sumGLbyD=15.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:60.11:60,0,61
832 1567-ref 1962 . C T 124.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
833 1567-ref 1970 . T C 162.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.28;MQ0=0;QD=27.12;SB=-0.01;sumGLbyD=32.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:195,15,0
834 1567-ref 2022 . C T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,68
835 1567-ref 2034 . G T 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0
836 1570-ref 157 . G A 43.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4453;MQ=35.54;MQ0=0;QD=1.45;SB=-0.01;sumGLbyD=2.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:29:73.58:74,0,846
837 1570-ref 162 . A G 1108.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=35.54;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.27:1141,90,0
838 1570-ref 170 . A C 38.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=34.25;MQ0=0;QD=1.07;SB=-30.86;sumGLbyD=1.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:34:68.65:69,0,926
839 1570-ref 173 . T C 131.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=34.47;MQ0=0;QD=3.37;SB=-32.25;sumGLbyD=4.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,9:39:99:161,0,1005
840 1570-ref 991 . G A 5251.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7220;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:134:99:5251,403,0
841 1570-ref 1346 . C T 9304.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1753;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,246:240:99:9304,722,0
842 1570-ref 1378 . G A 7061.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=205;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2723;MQ=36.80;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=34.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,203:191:99:7060,575,0
843 1570-ref 1510 . T C 9210.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9863;MQ=36.96;MQ0=0;QD=38.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,237:235:99:9210,707,0
844 1570-ref 1590 . A G 4143.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7715;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:116:99:4142,349,0
845 1570-ref 1602 . G T 4819.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9571;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.18;SB=-40.01;sumGLbyD=34.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,140:134:99:4819,403,0
846 1570-ref 1687 . A G 10814.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0688;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,281:278:99:10774,834,0
847 1570-ref 1762 . C T 9732.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=254;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6457;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,252:249:99:9732,749,0
848 1598-ref 212 . A G 927.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:961,75,0
849 1598-ref 304 . C T 609.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=29.04;SB=-0.01;sumGLbyD=30.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.13:643,63,0
850 1598-ref 311 . T G 500.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:533,54,0
851 1598-ref 312 . G T 500.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:533,54,0
852 1598-ref 327 . A G 620.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.32;MQ0=0;QD=29.57;SB=-0.01;sumGLbyD=31.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.13:654,63,0
853 1598-ref 376 . C G 903.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.23:936,72,0
854 1598-ref 763 . C T 1009.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7320;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1043,81,0
855 1598-ref 800 . A G 680.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.18:713,54,0
856 1598-ref 869 . C T 1748.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1782,135,0
857 1598-ref 1095 . T G 1114.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9928;MQ=36.32;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1147,90,0
858 1598-ref 1140 . A G 928.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:961,75,0
859 1598-ref 1187 . G A 1549.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:41:99:1583,123,0
860 1598-ref 1232 . C T 2032.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2065,160,0
861 1598-ref 1400 . C A 2640.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.86;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:69:99:2674,208,0
862 1598-ref 1744 . G A 3111.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9908;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3145,250,0
863 1598-ref 1806 . C T 2285.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5166;MQ=36.49;MQ0=0;QD=38.09;SB=-40.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2318,181,0
864 1598-ref 1887 . G A 1022.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9976;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.26:1055,81,0
865 1610-ref 137 . G A 307.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:340,27,0
866 1610-ref 289 . C G 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:98.95:139,0,99
867 1610-ref 501 . C T 361.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=32.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.20:391,0,3
868 1610-ref 547 . A G 243.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=27.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.92:274,0,50
869 1610-ref 564 . G T 285.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.94;SB=-0.01;sumGLbyD=28.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:43.27:315,0,43
870 1610-ref 971 . C T 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
871 1694-ref 150 . A T 434.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:468,36,0
872 1694-ref 172 . C T 259.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.65;SB=-0.01;sumGLbyD=15.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:289,0,334
873 1694-ref 448 . C A 126.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=36.07;MQ0=0;QD=11.50;SB=-0.01;sumGLbyD=14.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:157,0,207
874 1694-ref 457 . T A 394.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:427,33,0
875 1694-ref 693 . G T 20.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.91;SB=-0.01;sumGLbyD=2.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:50.82:51,0,703
876 1694-ref 782 . A G 635.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:669,51,0
877 1694-ref 947 . T A 472.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=34.78;MQ0=0;QD=33.72;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:505,42,0
878 1694-ref 949 . G C 491.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:524,42,0
879 1694-ref 976 . A G 745.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.19:778,63,0
880 1694-ref 1245 . A G 617.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:650,51,0
881 1694-ref 1258 . G A 694.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:728,57,0
882 1694-ref 1322 . C T 498.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6406;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.48;SB=-0.01;sumGLbyD=14.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:36:99:529,0,681
883 1694-ref 1636 . G A 1249.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7312;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1282,99,0
884 1694-ref 1691 . A C 1243.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1277,99,0
885 1694-ref 1955 . A G 1471.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1505,114,0
886 1694-ref 2096 . A G 2127.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2161,166,0
887 1694-ref 2191 . G A 1956.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1990,156,0
888 1694-ref 2204 . A G 925.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.82;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:55:99:955,0,864
889 1694-ref 2281 . T C 1781.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.2477;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1814,113,0
890 1694-ref 2308 . A G 1989.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:2022,123,0
891 1694-ref 2354 . A G 2051.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2084,163,0
892 1694-ref 2538 . A G 2322.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8577;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2356,181,0
893 1694-ref 2611 . C T 2244.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.70;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2277,175,0
894 1694-ref 2620 . G A 1149.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.7870;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.55;SB=-0.01;sumGLbyD=19.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,37:60:99:1180,0,767
895 1694-ref 2776 . A G 4156.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.91;MQ0=0;QD=38.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:106:99:4156,319,0
896 1694-ref 2778 . C A 4096.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.91;MQ0=0;QD=38.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:4096,319,0
897 1694-ref 2911 . A C 57.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7851;MQ=36.82;MQ0=0;QD=1.05;SB=-0.01;sumGLbyD=1.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,7:55:87.94:88,0,1720
898 1694-ref 2928 . A T 1881.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.39;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1914,147,0
899 1694-ref 2976 . G A 2972.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:77:99:3005,232,0
900 1694-ref 3310 . T C 4548.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9883;MQ=33.91;MQ0=0;QD=35.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:128:99:4494,352,0
901 1694-ref 3337 . C T 2981.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.27;MQ0=0;QD=32.06;SB=-0.01;sumGLbyD=32.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3015,280,0
902 1694-ref 3356 . C G 2220.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=25.77;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2253,225,0
903 1694-ref 3361 . C G 2307.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=29.20;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:2340,237,0
904 1694-ref 3380 . C T 3154.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8455;MQ=31.02;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=32.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:96:99:3188,286,0
905 1694-ref 3406 . G A 3903.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.96;MQ0=0;QD=36.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:107:99:3903,322,0
906 1694-ref 3429 . A T 4124.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6175;MQ=34.57;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:113:99:4095,337,0
907 1694-ref 3457 . A T 3390.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=34.80;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:92:99:3391,277,0
908 1694-ref 3488 . A T 4970.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.31;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:132:99:4970,397,0
909 1694-ref 3495 . C T 5086.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=35.57;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:137:99:5086,412,0
910 1694-ref 3549 . C G 5589.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8635;MQ=36.65;MQ0=0;QD=38.55;SB=-80.02;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:143:99:5557,427,0
911 1694-ref 3955 . C G 8545.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1496;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,227:223:99:8545,671,0
912 1694-ref 4153 . A T 7897.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.4286;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,206:209:99:7791,523,0
913 1694-ref 4193 . A G 6528.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8767;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:170:99:6528,512,0
914 1694-ref 4216 . T A 6266.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2225;MQ=36.20;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:162:99:6266,488,0
915 1694-ref 4396 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
916 1777-ref 331 . A C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
917 1777-ref 350 . A C 435.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0
918 1777-ref 457 . T C 1578.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1611,123,0
919 1777-ref 490 . T C 1431.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1465,114,0
920 1777-ref 706 . C T 1895.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9956;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.69;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1929,147,0
921 1777-ref 847 . G A 1655.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.5687;MQ=36.60;MQ0=0;QD=32.45;SB=-0.01;sumGLbyD=33.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:48:67.30:1688,67,0
922 1777-ref 1044 . G A 1508.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6983;MQ=36.52;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1541,120,0
923 1777-ref 1088 . C A 12.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9645;MQ=36.66;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=1.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:29:41.72:42,0,841
924 1777-ref 1091 . A G 17.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9650;MQ=36.67;MQ0=0;QD=0.55;SB=-0.01;sumGLbyD=1.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:29:46.99:47,0,898
925 1777-ref 1111 . C T 959.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:41.26:993,41,0
926 1777-ref 1125 . T A 21.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8624;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.11;SB=-0.01;sumGLbyD=2.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:19:51.12:51,0,579
927 1777-ref 1135 . A T 527.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:8.15:559,8,0
928 1777-ref 1156 . C A 550.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:583,45,0
929 1795-ref 28 . C T 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
930 1795-ref 245 . T C 371.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.37;MQ0=0;QD=23.25;SB=-0.01;sumGLbyD=25.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:97.12:402,0,97
931 1795-ref 265 . C G 354.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.0967;MQ=36.49;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=19.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:385,0,216
932 1795-ref 359 . C T 1381.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1414,111,0
933 1795-ref 464 . C T 869.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7685;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:899,0,349
934 1795-ref 548 . C A 1267.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8633;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.48;SB=-0.01;sumGLbyD=24.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,38:52:99:1298,0,433
935 1795-ref 601 . G T 952.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.2906;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.81;SB=-0.01;sumGLbyD=24.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,28:40:99:982,0,342
936 1795-ref 689 . C T 855.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.77;MQ0=0;QD=19.44;SB=-0.01;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:43:99:886,0,543
937 1795-ref 956 . C G 1152.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8283;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=22.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,35:50:99:1182,0,437
938 1795-ref 1240 . A G 3715.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2856;MQ=36.90;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,96:99:99:3611,194,0
939 1795-ref 1286 . T C 1222.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=18.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:65:99:1252,0,885
940 1795-ref 1358 . T C 1331.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8663;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.75;SB=-0.01;sumGLbyD=19.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,41:71:99:1362,0,976
941 1795-ref 1638 . A G 812.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9024;MQ=36.92;MQ0=0;QD=6.60;SB=-0.01;sumGLbyD=6.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,32:122:99:842,0,3167
942 1795-ref 1693 . A G 2583.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1759;MQ=36.61;MQ0=0;QD=20.02;SB=-37.00;sumGLbyD=20.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,81:125:99:2613,0,1364
943 1795-ref 1759 . A G 3577.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0365;MQ=36.24;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:94:99:3577,283,0
944 1795-ref 1760 . G T 757.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1698;MQ=36.36;MQ0=0;QD=7.97;SB=-0.01;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,28:92:99:788,0,2175
945 1795-ref 1866 . A G 556.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8909;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:589,48,0
946 1844-ref 33 . G C 70.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.55;SB=-0.01;sumGLbyD=34.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
947 1844-ref 44 . G A 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
948 1844-ref 89 . C A 1080.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.24:1114,90,0
949 1844-ref 466 . C A 4147.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6344;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.03;SB=-29.63;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:110:99:4147,331,0
950 1844-ref 595 . C T 2682.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7536;MQ=36.87;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2715,159,0
951 1844-ref 699 . C A 3396.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3792;MQ=36.79;MQ0=0;QD=35.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,92:92:99:3301,214,0
952 1953-ref 78 . C T 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
953 1953-ref 89 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
954 1953-ref 119 . T C 894.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7997;MQ=36.60;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.23:928,72,0
955 1953-ref 162 . A G 820.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2744;MQ=36.77;MQ0=0;QD=9.43;SB=-0.01;sumGLbyD=9.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,30:86:99:851,0,1928
956 1953-ref 223 . T A 1570.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8248;MQ=36.91;MQ0=0;QD=14.02;SB=-0.01;sumGLbyD=14.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,63:92:99:1600,0,1256
957 1953-ref 309 . C T 2537.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.91;MQ0=0;QD=32.53;SB=-38.58;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,75:77:99:2570,121,0
958 1953-ref 323 . A G 1002.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.67;MQ0=0;QD=28.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1035,99,0
959 1953-ref 326 . T A 907.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.26;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.19:941,90,0
960 1953-ref 343 . C T 2411.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:68:99:2445,205,0
961 1953-ref 440 . A G 4565.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2728;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:119:99:4565,358,0
962 1953-ref 598 . C T 5120.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1261;MQ=37.00;MQ0=0;QD=39.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:131:99:5120,394,0
963 1953-ref 823 . A G 7901.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=207;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4248;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,207:205:99:7901,617,0
964 1953-ref 908 . T C 3001.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0099;MQ=35.99;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:80:99:3034,238,0
965 1953-ref 935 . G A 1712.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.9875;MQ=34.07;MQ0=0;QD=34.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1746,147,0
966 1953-ref 949 . A T 616.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=30.14;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:20:60.14:649,60,0
967 1953-ref 955 . G T 899.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.21:933,78,0
968 1953-ref 991 . G T 3577.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4087;MQ=36.48;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:94:99:3578,283,0
969 1953-ref 1036 . C T 7171.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0256;MQ=36.03;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,188:189:99:7091,489,0
970 1953-ref 1075 . C T 3726.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4320;MQ=32.38;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:108:99:3646,245,0
971 1953-ref 1077 . G A 3198.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4320;MQ=31.98;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:98:99:3232,212,0
972 1953-ref 1105 . A G 2427.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9982;MQ=28.68;MQ0=0;QD=30.73;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:79:99:2461,198,0
973 1953-ref 1126 . A C 1240.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1274,129,0
974 1953-ref 1143 . C T 677.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.25;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.13:711,72,0
975 1953-ref 1148 . C T 677.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.25;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.13:711,72,0
976 1953-ref 1166 . A C 725.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.18:758,63,0
977 1953-ref 1172 . G A 821.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.19:854,72,0
978 1953-ref 1176 . A G 10.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=32.65;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,5:26:40.29:40,0,696
979 1953-ref 1210 . C T 750.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.51;MQ0=0;QD=13.65;SB=-0.01;sumGLbyD=14.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:54:99:781,0,956
980 1953-ref 1226 . A G 3430.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0660;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:93:99:3397,247,0
981 1953-ref 1266 . C T 3305.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9825;MQ=36.52;MQ0=0;QD=38.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3305,256,0
982 1953-ref 1324 . T G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
983 1953-ref 1421 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
984 1953-ref 1430 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
985 1953-ref 1623 . T A 199.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
986 1953-ref 1675 . T G 182.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
987 1953-ref 1718 . C T 462.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9773;MQ=35.72;MQ0=0;QD=28.92;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:15:5.13:494,5,0
988 1953-ref 1724 . A C 128.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.87;MQ0=0;QD=7.12;SB=-0.01;sumGLbyD=8.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:158,0,405
989 1953-ref 1728 . T A 475.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=35.80;MQ0=0;QD=27.97;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:28.86:506,0,29
990 1953-ref 1784 . G A 590.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:23.57:623,24,0
991 1953-ref 1793 . A G 520.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=32.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:11.14:553,11,0
992 1953-ref 1875 . A G 850.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:884,69,0
993 1953-ref 1949 . G A 354.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:388,30,0
994 1953-ref 1957 . T C 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
995 1953-ref 2103 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
996 1965-ref 134 . T C 558.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:591,45,0
997 1965-ref 142 . T C 727.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:761,63,0
998 1965-ref 228 . G T 956.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.25:990,75,0
999 1965-ref 371 . C T 798.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.21:831,63,0
1000 1965-ref 452 . A G 1161.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1195,93,0
1001 1965-ref 623 . G A 1108.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.24;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1142,87,0
1002 1965-ref 806 . A T 1345.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7323;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.45;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1379,105,0
1003 1965-ref 915 . C A 583.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8660;MQ=36.65;MQ0=0;QD=20.14;SB=-0.01;sumGLbyD=21.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:28:99:614,0,296
1004 1965-ref 916 . G A 300.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8649;MQ=36.65;MQ0=0;QD=10.35;SB=-0.01;sumGLbyD=11.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:330,0,614
1005 1965-ref 930 . A G 922.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:955,75,0
1006 1965-ref 969 . C A 586.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=36.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:619,48,0
1007 1965-ref 1015 . T C 864.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:69.22:897,69,0
1008 1965-ref 1033 . G A 716.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6219;MQ=36.56;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=32.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.18:750,63,0
1009 1973-ref 152 . C T 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
1010 1973-ref 169 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
1011 1973-ref 203 . C A 289.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=32.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:7.70:319,0,8
1012 1973-ref 281 . G C 3166.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,86:87:99:3199,182,0
1013 1973-ref 568 . C G 5007.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0331;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:4968,351,0
1014 1973-ref 637 . A T 4820.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:124:99:4820,373,0
1015 1973-ref 719 . A G 5588.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0067;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,145:148:99:5402,259,0
1016 1973-ref 941 . A G 5622.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0445;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:145:99:5622,436,0
1017 1973-ref 983 . A G 6273.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4940;MQ=35.41;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,172:170:99:6163,428,0
1018 1973-ref 1010 . G A 7006.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.2665;MQ=35.51;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,189:190:99:6902,535,0
1019 1973-ref 1031 . C T 6929.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3429;MQ=35.76;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,188:184:99:6896,521,0
1020 1973-ref 1113 . A T 8147.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1473;MQ=36.95;MQ0=0;QD=38.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,210:210:99:8056,594,0
1021 1973-ref 1179 . A C 7673.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.7259;MQ=36.95;MQ0=0;QD=37.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,200:199:99:7639,564,0
1022 1973-ref 1379 . A G 7233.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=194;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5733;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,192:191:99:7153,495,0
1023 1973-ref 1427 . T A 8645.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1356;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,222:226:99:8507,542,0
1024 1973-ref 1515 . A G 10848.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=280;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7844;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,278:278:99:10812,801,0
1025 1973-ref 1541 . A T 9739 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.0974;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,250:251:99:9621,638,0
1026 1973-ref 1609 . C T 10205.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=266;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6757;MQ=36.85;MQ0=0;QD=38.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,264:264:99:10141,788,0
1027 1973-ref 1677 . T C 4115.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=32.6886;MQ=36.81;MQ0=0;QD=19.51;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,112:201:99:3510,0,2972
1028 1973-ref 1728 . G A 4080.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8486;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,106:108:99:4007,252,0
1029 1973-ref 1810 . T C 3350.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.88;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3350,262,0
1030 1973-ref 1883 . T C 1506.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8880;MQ=35.66;MQ0=0;QD=32.75;SB=-40.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,43:45:56.07:1540,56,0
1031 1973-ref 1925 . T A 95.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9980;MQ=34.78;MQ0=0;QD=3.42;SB=3.00;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:126,0,746
1032 1973-ref 1926 . A G 66.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4672;MQ=34.69;MQ0=0;QD=2.46;SB=3.00;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:96.50:96,0,741
1033 1973-ref 1927 . G T 66.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.4672;MQ=34.69;MQ0=0;QD=2.46;SB=3.00;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:96.50:97,0,732
1034 1973-ref 1951 . C T 357.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:391,30,0
1035 1973-ref 1952 . A C 60.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.68;SB=-0.01;sumGLbyD=10.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:90.07:90,0,213
1036 1973-ref 1960 . T A 162.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
1037 1973-ref 1964 . T C 71.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.84;SB=-0.01;sumGLbyD=25.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:101,0,26
1038 1974-ref 213 . A T 8207.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=392;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.8249;MQ=36.79;MQ0=0;QD=20.94;SB=-0.01;sumGLbyD=17.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:171,219:384:99:7050,0,5529
1039 1974-ref 234 . C T 12769.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=341;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2754;MQ=36.76;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,339:332:99:12728,959,0
1040 1974-ref 399 . G T 12852.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.1454;MQ=36.94;MQ0=0;QD=39.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,328:327:99:12812,944,0
1041 1974-ref 535 . A G 9162.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8055;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,237:241:99:9012,602,0
1042 1974-ref 636 . A T 8611.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=233;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.9358;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,233:223:99:8611,671,0
1043 1974-ref 686 . G C 6525.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9053;MQ=36.77;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,178:171:99:6525,515,0
1044 1974-ref 819 . A G 6108.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5759;MQ=35.70;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,164:163:99:6108,490,0
1045 1974-ref 834 . G T 6467.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8245;MQ=35.74;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,169:170:99:6436,509,0
1046 1974-ref 854 . C T 5784.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.46;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:151:99:5784,454,0
1047 1974-ref 1033 . T G 4101.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3385;MQ=36.26;MQ0=0;QD=38.33;SB=-40.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:106:99:4101,319,0
1048 1974-ref 1113 . A G 1228.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.31;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1262,99,0
1049 1974-ref 1125 . G A 26.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.79;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=3.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:19:56.92:57,0,554
1050 1975-ref 80 . A C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1051 1975-ref 83 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1052 1975-ref 104 . G A 351.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:384,36,0
1053 1975-ref 109 . T C 452.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=30.19;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:486,45,0
1054 1975-ref 139 . T C 388.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=25.88;SB=-0.01;sumGLbyD=28.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.48:421,15,0
1055 1975-ref 165 . C T 153.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=25.00;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=18.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:8:5.58:183,0,6
1056 1975-ref 166 . A G 100.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.53;SB=-0.01;sumGLbyD=16.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:11.59:130,0,12
1057 1975-ref 181 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1058 1975-ref 187 . G A 563.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.92;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=35.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:596,51,0
1059 1975-ref 191 . G A 771.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.33;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:804,69,0
1060 1975-ref 242 . G A 4377.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.5774;MQ=35.06;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:116:99:4377,349,0
1061 1975-ref 260 . A G 5538.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4812;MQ=35.61;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:145:99:5538,436,0
1062 1975-ref 282 . G A 5667.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1516;MQ=36.26;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:149:99:5667,448,0
1063 1975-ref 337 . G A 3159.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7860;MQ=33.56;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:94:99:3192,283,0
1064 1975-ref 345 . A G 3140.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.83;MQ0=0;QD=34.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3173,277,0
1065 1975-ref 381 . G A 4966.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=35.99;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:137:99:4966,412,0
1066 1975-ref 383 . A G 4891.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=33.91;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:135:99:4890,406,0
1067 1975-ref 453 . G A 4051.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=37.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:107:99:4051,322,0
1068 1975-ref 454 . C T 4107.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:111:99:4107,334,0
1069 1975-ref 463 . C T 4543.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7593;MQ=35.39;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,121:121:99:4543,364,0
1070 1975-ref 516 . G C 3662.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=35.27;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:98:99:3662,295,0
1071 1975-ref 527 . A G 4271.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2010;MQ=35.59;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:115:99:4233,308,0
1072 1975-ref 577 . G T 6266.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=174;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8661;MQ=36.29;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,174:167:99:6266,502,0
1073 1975-ref 632 . A G 8225.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=220;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9437;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.39;SB=-40.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,219:218:99:8224,656,0
1074 1975-ref 685 . C G 4512.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=127;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.2148;MQ=34.12;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:125:99:4512,376,0
1075 1975-ref 699 . G A 3226.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8937;MQ=33.20;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3259,277,0
1076 1975-ref 708 . G A 2182.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9713;MQ=32.03;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:64:99:2216,192,0
1077 1975-ref 726 . A G 233.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:267,27,0
1078 1975-ref 742 . G A 322.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:355,36,0
1079 1975-ref 755 . G A 1238.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=29.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1272,129,0
1080 1975-ref 763 . G A 1424.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.50;MQ0=0;QD=29.67;SB=-0.01;sumGLbyD=30.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1457,144,0
1081 1975-ref 790 . G A 2277.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9784;MQ=29.32;MQ0=0;QD=31.20;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:73:99:2310,181,0
1082 1975-ref 814 . T A 1935.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=29.94;MQ0=0;QD=30.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:62:99:1968,146,0
1083 1975-ref 840 . C T 748.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.34;MQ0=0;QD=28.78;SB=-0.01;sumGLbyD=30.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:25:35.18:781,35,0
1084 1975-ref 848 . G A 208.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.06;SB=-0.01;sumGLbyD=30.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.03:241,24,0
1085 1975-ref 850 . A G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
1086 2013-ref 139 . T C 982.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1015,78,0
1087 2013-ref 201 . G C 1174.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=36.68;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.30:1207,93,0
1088 2013-ref 204 . G A 1034.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.66;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:52.93:1067,53,0
1089 2013-ref 329 . C A 95.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3304;MQ=36.01;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:31:99:126,0,863
1090 2013-ref 353 . A G 22.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.30;MQ0=0;QD=0.76;SB=-0.01;sumGLbyD=1.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:29:51.98:52,0,883
1091 2013-ref 417 . A G 124.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9301;MQ=34.73;MQ0=0;QD=3.88;SB=-0.01;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,8:31:99:154,0,821
1092 2013-ref 442 . A G 118.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9971;MQ=34.80;MQ0=0;QD=3.58;SB=-0.01;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,8:33:99:148,0,880
1093 2013-ref 462 . A G 1316.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4685;MQ=35.28;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1350,108,0
1094 2013-ref 465 . G A 39.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=35.33;MQ0=0;QD=1.07;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:36:69.41:69,0,1065
1095 2013-ref 540 . A G 883.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9716;MQ=35.02;MQ0=0;QD=18.81;SB=-0.01;sumGLbyD=19.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:46:99:914,0,503
1096 2013-ref 554 . C T 13.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9697;MQ=35.28;MQ0=0;QD=0.36;SB=-0.01;sumGLbyD=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,5:35:42.81:43,0,1058
1097 2013-ref 569 . G A 36.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7546;MQ=35.05;MQ0=0;QD=0.98;SB=-0.01;sumGLbyD=1.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:37:66.41:66,0,1085
1098 2013-ref 576 . C T 100.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0572;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.50;SB=-0.01;sumGLbyD=3.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,8:39:99:130,0,1075
1099 2013-ref 623 . T C 179.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6983;MQ=36.54;MQ0=0;QD=4.07;SB=-0.01;sumGLbyD=4.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,9:42:99:209,0,1163
1100 2013-ref 628 . T C 1319.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6983;MQ=36.59;MQ0=0;QD=26.93;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,40:47:99:1349,0,196
1101 2013-ref 712 . T C 445.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6372;MQ=36.60;MQ0=0;QD=8.74;SB=-0.01;sumGLbyD=9.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:49:99:476,0,1089
1102 2013-ref 768 . A G 400.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.19;MQ0=0;QD=15.41;SB=-0.01;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:431,0,350
1103 2013-ref 780 . A C 152.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.30;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:182,0,416
1104 2013-ref 781 . A G 124.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=6.23;SB=-0.01;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:155,0,455
1105 2013-ref 782 . C T 396.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9922;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.04;SB=-0.01;sumGLbyD=23.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:14:11.19:427,0,11
1106 2013-ref 788 . C T 34.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=34.69;MQ0=0;QD=1.91;SB=-0.01;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:64.35:64,0,486
1107 2013-ref 845 . T C 29.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:59.05:59,0,141
1108 2013-ref 863 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1109 2013-ref 877 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1110 2013-ref 910 . C T 30.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:61,0,21
1111 2013-ref 955 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1112 2013-ref 984 . A G 38.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:69,0,31
1113 2013-ref 1012 . A G 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,104
1114 2013-ref 1038 . C T 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
1115 2013-ref 1046 . C G 49.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=7.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:79.55:80,0,232
1116 2013-ref 1050 . C T 239.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=24.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:74.33:269,0,74
1117 2013-ref 1087 . G A 833.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.76;SB=-0.01;sumGLbyD=30.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.18:866,81,0
1118 2013-ref 1088 . A G 929.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.58;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=31.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.20:963,90,0
1119 2013-ref 1104 . G A 137.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=30.85;MQ0=0;QD=3.34;SB=-0.01;sumGLbyD=4.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:40:99:167,0,939
1120 2013-ref 1123 . C T 1961.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.49;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1994,171,0
1121 2013-ref 1129 . G A 1903.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.62;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:1937,159,0
1122 2013-ref 1191 . A G 1256.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7976;MQ=34.01;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1290,105,0
1123 2013-ref 1204 . A C 997.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.58;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.23:1031,87,0
1124 2013-ref 1216 . A G 1056.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.51;MQ0=0;QD=34.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.25:1090,93,0
1125 2013-ref 1245 . T C 1342 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.20;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1375,117,0
1126 2013-ref 1248 . G A 1111.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.24;MQ0=0;QD=32.69;SB=-0.01;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:31:93.27:1145,93,0
1127 2013-ref 1281 . A T 969.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.82;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:1003,78,0
1128 2026-ref 45 . G C 507.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:541,42,0
1129 2026-ref 313 . A T 1434.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1195;MQ=36.75;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:87.75:1467,88,0
1130 2026-ref 824 . C T 1912.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7820;MQ=31.66;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1946,137,0
1131 2026-ref 865 . A G 2662.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7176;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,72:71:99:2696,174,0
1132 2026-ref 929 . G A 2339.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9652;MQ=36.69;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:63:99:2372,150,0
1133 2026-ref 1034 . C T 3797.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8299;MQ=36.91;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,106:102:99:3759,269,0
1134 2026-ref 1096 . C T 3871.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2004;MQ=36.90;MQ0=0;QD=38.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:100:99:3835,265,0
1135 2026-ref 1135 . A G 3498.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8659;MQ=36.89;MQ0=0;QD=39.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:89:99:3461,265,0
1136 2026-ref 1191 . C A 4247.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1662;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:4180,288,0
1137 2026-ref 1660 . A C 3798.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5764;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:3760,259,0
1138 2026-ref 1693 . A G 3994.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.2994;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,104:105:99:3922,273,0
1139 2026-ref 1875 . T C 1914.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7975;MQ=33.61;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,57:59:99:1948,103,0
1140 2026-ref 1888 . C T 1878.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8645;MQ=30.69;MQ0=0;QD=30.79;SB=-0.01;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:61:99:1911,107,0
1141 2026-ref 1894 . A T 2190.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.89;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,69:71:99:2223,149,0
1142 2026-ref 1919 . A G 1907.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=29.03;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=29.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,63:64:99:1941,127,0
1143 2026-ref 1930 . T C 1990.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.85;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,62:63:99:2024,113,0
1144 2026-ref 1965 . T C 1857.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.1507;MQ=34.20;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:88.47:1890,88,0
1145 2026-ref 2082 . A T 19.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.36;SB=-0.01;sumGLbyD=16.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:31:49,0,31
1146 2052-ref 29 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1147 2052-ref 532 . A T 16.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.96:46,0,245
1148 2052-ref 637 . A C 439.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:472,36,0
1149 2052-ref 874 . C T 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
1150 2052-ref 1762 . C T 660.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:54.17:693,54,0
1151 2052-ref 2014 . C T 1610.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3010;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.34;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1643,126,0
1152 2052-ref 2186 . C G 1118.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6112;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.26:1151,90,0
1153 2052-ref 2299 . A T 1317.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.42;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1351,105,0
1154 2052-ref 2334 . T C 1793.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=36.37;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1827,144,0
1155 2052-ref 2572 . A T 1645.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5267;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1678,132,0
1156 2052-ref 2707 . C T 283.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
1157 2054-ref 15 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1158 2054-ref 234 . C G 1061.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.25:1094,84,0
1159 2054-ref 357 . C G 689.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:722,57,0
1160 2054-ref 378 . A C 654.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:687,54,0
1161 2054-ref 501 . T C 540.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.02;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:573,54,0
1162 2054-ref 522 . C T 430.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.65;MQ0=0;QD=26.92;SB=-0.01;sumGLbyD=28.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.09:464,45,0
1163 2054-ref 525 . T C 354.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=27.65;MQ0=0;QD=22.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.09:385,5,0
1164 2054-ref 536 . G A 413.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9545;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.56;SB=-0.01;sumGLbyD=29.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:14:42.09:446,42,0
1165 2054-ref 597 . C A 114.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:99:145,0,689
1166 2054-ref 667 . C T 710.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:37.50:744,38,0
1167 2054-ref 712 . C G 1237.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9038;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1271,99,0
1168 2054-ref 726 . A G 1095.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1128,87,0
1169 2054-ref 864 . G A 1102.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.28:1135,87,0
1170 2054-ref 871 . G A 1073.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.25:1107,87,0
1171 2054-ref 908 . G A 1289.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=36.74;MQ0=0;QD=33.08;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:37:71.32:1323,71,0
1172 2054-ref 1122 . A G 1065.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.27:1098,84,0
1173 2054-ref 1137 . T G 610.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.36;SB=-0.01;sumGLbyD=21.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:28:99:641,0,265
1174 2054-ref 1195 . A C 952.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:25:75.24:986,75,0
1175 2054-ref 1196 . A C 962.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:25:75.25:996,75,0
1176 2054-ref 1303 . A T 1267.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:68.33:1301,68,0
1177 2054-ref 1345 . A G 1533.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8625;MQ=34.78;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1567,126,0
1178 2054-ref 1376 . A G 350.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.84;MQ0=0;QD=14.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:380,0,336
1179 2054-ref 1393 . A G 311.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:345,30,0
1180 2054-ref 1397 . G A 260.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=28.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:294,27,0
1181 2054-ref 1401 . T A 43.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.22:74,0,44
1182 2054-ref 1403 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1183 2054-ref 1415 . G A 152.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.47;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:186,15,0
1184 2054-ref 1422 . T C 191.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:225,18,0
1185 2054-ref 1484 . A G 1233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1266,102,0
1186 2054-ref 1499 . A G 1095.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.26:1128,90,0
1187 2054-ref 1539 . G A 254.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=9.77;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:284,0,554
1188 2054-ref 1570 . T A 550.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:584,45,0
1189 2054-ref 1587 . G T 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:235,18,0
1190 2054-ref 1593 . G A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
1191 2077-ref 32 . C T 906.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.88;MQ0=0;QD=23.23;SB=-0.01;sumGLbyD=24.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:936,0,266
1192 2077-ref 34 . C T 904.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.83;MQ0=0;QD=21.03;SB=-0.01;sumGLbyD=21.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,30:41:99:934,0,344
1193 2077-ref 71 . G T 1596.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3730;MQ=35.32;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:100:99:1626,0,1529
1194 2077-ref 85 . G A 1416.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=34.8826;MQ=34.81;MQ0=0;QD=9.97;SB=-0.01;sumGLbyD=10.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,55:142:99:1446,0,2942
1195 2077-ref 92 . A G 862.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.2794;MQ=34.75;MQ0=0;QD=6.25;SB=-0.01;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,38:138:99:892,0,3345
1196 2077-ref 124 . G A 1769.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9398;MQ=34.47;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,62:114:99:1799,0,1704
1197 2077-ref 140 . T A 81.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.3111;MQ=33.70;MQ0=0;QD=0.95;SB=-0.01;sumGLbyD=1.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,13:81:99:112,0,2278
1198 2077-ref 149 . C A 1260.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3382;MQ=33.42;MQ0=0;QD=20.32;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:60:99:1293,111,0
1199 2077-ref 154 . T G 121.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.4811;MQ=33.10;MQ0=0;QD=2.48;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,9:47:99:152,0,1166
1200 2077-ref 161 . C T 44.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9921;MQ=33.02;MQ0=0;QD=1.39;SB=-0.01;sumGLbyD=2.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:32:74.56:75,0,837
1201 2181-ref 75 . A T 4415.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ=36.82;MQ0=0;QD=39.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:4377,302,0
1202 2181-ref 106 . G A 9161.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7330;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.17;SB=-592.63;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,238:237:99:9084,635,0
1203 2181-ref 109 . A G 9481.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7330;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.23;SB=-664.00;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,246:244:99:9411,691,0
1204 2181-ref 142 . G A 19928.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=525;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=17.2076;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.96;SB=-671.66;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,522:516:99:19888,1513,0
1205 2181-ref 191 . C T 31625.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=839;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.3936;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,836:823:99:31623,2477,0
1206 2181-ref 294 . A C 34995.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=944;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.6824;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,942:922:99:34962,2772,0
1207 2181-ref 333 . C T 37999.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=38.8737;MQ=36.65;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,997:983:99:37919,2952,0
1208 2181-ref 394 . C G 30084.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=831;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=19.8360;MQ=34.72;MQ0=0;QD=36.20;SB=-29.63;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,829:812:99:30081,2443,0
1209 2181-ref 401 . C T 30039.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=846;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.1926;MQ=34.11;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,841:828:99:29971,2427,0
1210 2181-ref 437 . A T 21045.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=632;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1393;MQ=32.53;MQ0=0;QD=33.30;SB=-29.63;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,627:615:99:20937,1841,0
1211 2181-ref 451 . A G 20889.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=641;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0838;MQ=32.85;MQ0=0;QD=32.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,636:613:99:20816,1803,0
1212 2181-ref 468 . C G 26761.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=765;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.7306;MQ=35.22;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,761:733:99:26700,2173,0
1213 2181-ref 507 . A C 34930.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=925;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=29.2095;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,922:913:99:34927,2747,0
1214 2181-ref 615 . T C 33755.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=69.3256;MQ=36.74;MQ0=0;QD=33.79;SB=-29.63;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,991:906:99:33641,2643,0
1215 2181-ref 669 . C T 33803.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=960;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.4486;MQ=36.47;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,955:923:99:33682,2696,0
1216 2181-ref 702 . G C 36789.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=53.0873;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.83;SB=-63.98;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,997:969:99:36787,2916,0
1217 2181-ref 765 . G C 36499.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=83.5398;MQ=36.55;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,990:968:99:36303,2809,0
1218 2181-ref 813 . T C 36828.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=997;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=52.1153;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.94;SB=-34.36;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,993:972:99:36825,2925,0
1219 2181-ref 1020 . G A 33831.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=895;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.5623;MQ=36.89;MQ0=0;QD=37.80;SB=-40.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,888:878:99:33685,2531,0
1220 2181-ref 1143 . C T 31252.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=821;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=61.0836;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.07;SB=-40.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,817:811:99:31144,2361,0
1221 2181-ref 1201 . G A 20093.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=522;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=45.0975;MQ=36.52;MQ0=0;QD=38.49;SB=-29.63;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,518:516:99:20092,1553,0
1222 2181-ref 1253 . T G 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.49:42,0,307
1223 2196-ref 526 . T C 3058.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6062;MQ=23.37;MQ0=0;QD=26.83;SB=-0.01;sumGLbyD=27.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:111:99:3092,333,0
1224 2196-ref 752 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
1225 2196-ref 753 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
1226 2196-ref 841 . C T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
1227 2196-ref 910 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
1228 2196-ref 955 . T C 136.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.81;SB=-0.01;sumGLbyD=27.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:167,0,22
1229 2196-ref 958 . T C 104.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.92;SB=-0.01;sumGLbyD=26.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:135,0,24
1230 2196-ref 977 . A T 138.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=19.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:48.57:169,0,49
1231 2196-ref 1103 . T A 195.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
1232 2196-ref 1139 . G A 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
1233 2196-ref 1337 . T G 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.28;SB=-0.01;sumGLbyD=32.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:196,15,0
1234 2196-ref 1486 . A G 78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22.31:108,0,22
1235 2196-ref 1490 . A G 72.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.10:103,0,57
1236 2228-ref 70 . G A 236.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:269,21,0
1237 2228-ref 113 . C T 162.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=27.07;SB=-0.01;sumGLbyD=32.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:195,18,0
1238 2228-ref 126 . A T 172.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:205,18,0
1239 2228-ref 154 . T G 230.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=28.84;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:264,24,0
1240 2228-ref 167 . C T 232.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.03;SB=-0.01;sumGLbyD=33.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:265,24,0
1241 2228-ref 183 . A G 176.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:209,18,0
1242 2228-ref 219 . T C 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
1243 2228-ref 375 . G A 745.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:778,60,0
1244 2228-ref 425 . T G 393.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:426,33,0
1245 2228-ref 480 . T C 460.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:494,39,0
1246 2228-ref 518 . C T 517.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:551,45,0
1247 2228-ref 527 . G A 487.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.12:520,42,0
1248 2228-ref 561 . A G 600.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.30;SB=-40.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:633,51,0
1249 2228-ref 653 . T C 467.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:501,39,0
1250 2228-ref 745 . A G 441.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:475,36,0
1251 2228-ref 784 . T C 442.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:476,36,0
1252 2228-ref 821 . T C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-39.76;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
1253 2228-ref 839 . C T 325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-40.00;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
1254 2228-ref 876 . G A 364.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
1255 2228-ref 906 . T C 199.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
1256 2228-ref 914 . T C 80.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
1257 2228-ref 925 . T A 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
1258 2228-ref 936 . G A 318.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:352,27,0
1259 2228-ref 958 . A G 395.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:428,33,0
1260 2228-ref 1007 . G T 323 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.07;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:0.33:351,0,0
1261 2228-ref 1046 . A G 344.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=31.28;SB=-40.00;sumGLbyD=34.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:377,30,0
1262 2228-ref 1074 . A C 431.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=30.82;SB=-28.65;sumGLbyD=33.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.11:465,39,0
1263 2228-ref 1144 . A T 1113.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:87.28:1146,87,0
1264 2228-ref 1259 . G A 1302.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8853;MQ=35.86;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:36:80.67:1335,81,0
1265 2228-ref 1301 . T C 502.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1324;MQ=30.99;MQ0=0;QD=19.32;SB=-0.01;sumGLbyD=20.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:25:99:532,0,146
1266 2228-ref 1341 . G A 323.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=32.37;SB=-27.66;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:357,30,0
1267 2228-ref 1353 . C A 367.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.88;MQ0=0;QD=33.40;SB=-27.67;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:400,33,0
1268 2228-ref 1641 . T C 1327.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6994;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1360,108,0
1269 2228-ref 1665 . G T 1718.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.80;SB=-199.35;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:47:99:1752,141,0
1270 2228-ref 1692 . G A 781.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=35.51;SB=-192.26;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:814,66,0
1271 2228-ref 1836 . G C 232.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.28;SB=-79.82;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
1272 2228-ref 1866 . C A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-78.77;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
1273 2228-ref 1871 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-78.77;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
1274 2228-ref 1917 . C T 150.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:184,15,0
1275 2228-ref 1933 . A G 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
1276 2230-ref 47 . G A 560.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:593,45,0
1277 2230-ref 68 . A G 997.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1030,78,0
1278 2230-ref 127 . A T 1287.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1320,102,0
1279 2230-ref 215 . A G 1211.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.31:1245,96,0
1280 2230-ref 317 . G A 1826.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.8620;MQ=35.96;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1860,147,0
1281 2230-ref 342 . A G 1851.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ=35.96;MQ0=0;QD=37.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1885,147,0
1282 2230-ref 368 . A G 1812.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9644;MQ=36.38;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1846,144,0
1283 2230-ref 438 . T G 1866.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.79;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1899,147,0
1284 2230-ref 506 . T C 2027.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7778;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:55:99:2060,162,0
1285 2230-ref 551 . A G 1123.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7875;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.72;SB=-0.01;sumGLbyD=20.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,34:57:99:1154,0,705
1286 2230-ref 614 . G T 2745.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:72:99:2779,217,0
1287 2230-ref 923 . T C 3712.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5083;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:97:99:3672,252,0
1288 2230-ref 939 . G A 3683.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9660;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:97:99:3645,254,0
1289 2230-ref 1042 . T A 3695.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.9591;MQ=36.90;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:96:99:3656,250,0
1290 2230-ref 1171 . G A 2805.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6971;MQ=36.33;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2838,220,0
1291 2230-ref 1175 . T C 2743.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8578;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:72:99:2776,217,0
1292 2230-ref 1187 . A G 898.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=36.55;MQ0=0;QD=13.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,30:66:99:928,0,1237
1293 2230-ref 1254 . T A 27.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.04;HRun=4;HaplotypeScore=6.7816;MQ=36.82;MQ0=0;QD=0.50;SB=-0.01;sumGLbyD=1.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,7:52:57.43:57,0,1625
1294 2230-ref 1294 . G A 3692.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0353;MQ=36.59;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:95:99:3692,286,0
1295 2230-ref 1306 . A T 1525.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7333;MQ=36.61;MQ0=0;QD=14.52;SB=-0.01;sumGLbyD=14.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:102:99:1555,0,1832
1296 2230-ref 1336 . C T 4050 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4403;MQ=36.72;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,109:107:99:4050,322,0
1297 2230-ref 1548 . T G 222.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4528;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.96;SB=-0.01;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:31:99:253,0,766
1298 2230-ref 1550 . G T 105.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4529;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=4.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:136,0,857
1299 2230-ref 1552 . T A 83.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4529;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:28:99:114,0,807
1300 2230-ref 1554 . C G 847.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4531;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,25:31:99:877,0,130
1301 2230-ref 1652 . T C 152.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.36;SB=-0.01;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:185,15,0
1302 2230-ref 1675 . T A 27.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.26;SB=-0.01;sumGLbyD=19.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:58,0,29
1303 2230-ref 1677 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1304 2308-ref 32 . G A 894.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:927,72,0
1305 2308-ref 60 . A G 1190.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5508;MQ=36.42;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=34.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:35:96.30:1224,96,0
1306 2308-ref 320 . T C 982.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,28:31:26.71:1012,0,27
1307 2308-ref 426 . A G 2051.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4104;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:57:99:2085,140,0
1308 2308-ref 563 . T C 1524.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0883;MQ=36.76;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:92.96:1558,93,0
1309 2308-ref 608 . C T 1375.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=34.38;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:40:48.83:1408,49,0
1310 2308-ref 647 . A G 1699.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.63;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1733,132,0
1311 2308-ref 800 . T C 2257.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.21;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:63:99:2290,126,0
1312 2308-ref 806 . T C 2278.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2311,181,0
1313 2308-ref 857 . T C 2223.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6033;MQ=35.68;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:2256,147,0
1314 2308-ref 866 . A G 2346.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9830;MQ=35.74;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:64:99:2379,153,0
1315 2308-ref 1001 . T C 2846.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8311;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,76:78:99:2879,155,0
1316 2308-ref 1067 . G A 2341.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6961;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:62:99:2375,152,0
1317 2331-ref 284 . A G 115.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:148,12,0
1318 2331-ref 453 . C T 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
1319 2331-ref 578 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1320 2331-ref 584 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1321 2331-ref 593 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1322 2331-ref 602 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1323 2331-ref 673 . G A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:71,0,30
1324 2331-ref 681 . A G 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
1325 2331-ref 719 . A G 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
1326 2331-ref 745 . G C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
1327 2331-ref 749 . A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=27.82;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:5:47.22:47,0,58
1328 2331-ref 759 . G T 110.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0
1329 2331-ref 920 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1330 2331-ref 959 . A G 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:66.54:67,0,68
1331 2331-ref 969 . C T 35.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:66,0,68
1332 2331-ref 995 . T G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.94;SB=-0.01;sumGLbyD=20.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:8:12.04:160,12,0
1333 2331-ref 1027 . A T 72.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:103,0,65
1334 2331-ref 1162 . G C 35.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:65,0,31
1335 2331-ref 1235 . T C 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:87,0,28
1336 2331-ref 1252 . C G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68
1337 2331-ref 1254 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,63
1338 2331-ref 1255 . T C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68
1339 2331-ref 1346 . C T 31.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:61.09:61,0,104
1340 2331-ref 1361 . G A 84.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.06;SB=-0.01;sumGLbyD=8.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:115,0,358
1341 2331-ref 1410 . C G 53.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.44;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:83.24:83,0,306
1342 2331-ref 1425 . A G 15.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.50:45,0,276
1343 2331-ref 1426 . T G 15.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.50:45,0,279
1344 2331-ref 1427 . T G 21.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.70;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:51.52:52,0,203
1345 2331-ref 1502 . T G 18.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.86;SB=-0.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:48.49:48,0,277
1346 2331-ref 1543 . T A 85.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9907;MQ=34.01;MQ0=0;QD=12.17;SB=-0.01;sumGLbyD=16.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.96:115,0,99
1347 2331-ref 1544 . T A 88.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ=34.01;MQ0=0;QD=12.60;SB=-0.01;sumGLbyD=16.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.96:118,0,99
1348 2331-ref 1563 . T C 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.19:41,0,141
1349 2331-ref 1598 . A G 28.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.88:59,0,103
1350 2331-ref 1607 . C T 169.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.78;SB=-0.01;sumGLbyD=22.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:92.93:199,0,93
1351 2331-ref 1661 . T C 460 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:493,39,0
1352 2331-ref 1706 . A G 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:66.54:67,0,68
1353 2331-ref 1739 . T C 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,141
1354 2331-ref 1757 . C T 71.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:97.54:102,0,98
1355 2331-ref 1770 . C G 70.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.04;SB=-0.01;sumGLbyD=20.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:100,0,65
1356 2331-ref 1925 . G C 205.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
1357 2331-ref 1968 . G A 435.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:468,36,0
1358 2331-ref 1982 . A G 343.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0
1359 2331-ref 2027 . T C 274.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.42;SB=-0.01;sumGLbyD=30.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.92:304,0,10
1360 2331-ref 2033 . T G 131.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=26.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.96:161,0,22
1361 2331-ref 2039 . A G 131.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8661;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=26.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.53:161,0,21
1362 2379-ref 29 . T C 111.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
1363 2379-ref 234 . A G 433.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:467,36,0
1364 2379-ref 585 . T C 906.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.22:939,75,0
1365 2379-ref 805 . G A 1018.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9729;MQ=36.35;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:41.95:1051,42,0
1366 2379-ref 871 . T C 755.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:789,60,0
1367 2379-ref 1119 . T A 29.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7299;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.72;SB=-0.01;sumGLbyD=3.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:16:59.25:59,0,470
1368 2407-ref 94 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1369 2407-ref 109 . C A 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,68
1370 2407-ref 124 . T C 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.56:49,0,179
1371 2407-ref 157 . A T 50.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9984;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.86;SB=-0.01;sumGLbyD=6.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:80.20:80,0,359
1372 2407-ref 178 . T C 390.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:14:37.88:421,0,38
1373 2407-ref 188 . A C 348.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:12:30.09:382,30,0
1374 2407-ref 353 . G A 64.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.15;SB=-0.01;sumGLbyD=23.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:95,0,27
1375 2407-ref 361 . T C 14.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.24:44,0,75
1376 2407-ref 362 . A G 53.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8310;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.67;SB=-0.01;sumGLbyD=16.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:27.98:83,0,28
1377 2407-ref 415 . C G 141.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:51.20:171,0,51
1378 2407-ref 434 . A G 147.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=21.07;SB=-0.01;sumGLbyD=25.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.95:177,0,19
1379 2407-ref 436 . T A 117.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=16.83;SB=-0.01;sumGLbyD=21.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.26:148,0,58
1380 2407-ref 445 . T A 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,67
1381 2407-ref 492 . A G 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
1382 2407-ref 527 . A G 77.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
1383 2407-ref 547 . C T 98.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.53;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:86.91:129,0,87
1384 2407-ref 572 . T C 238.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=36.07;MQ0=0;QD=21.70;SB=-0.01;sumGLbyD=24.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:10:49.92:269,0,50
1385 2407-ref 580 . C T 436.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.58;MQ0=0;QD=31.20;SB=-27.67;sumGLbyD=33.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:39.10:470,39,0
1386 2407-ref 606 . T C 12.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.16;MQ0=0;QD=1.06;SB=3.00;sumGLbyD=3.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:42.53:43,0,327
1387 2407-ref 678 . G T 374.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.36;MQ0=0;QD=24.97;SB=-0.01;sumGLbyD=27.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:2.09:404,2,0
1388 2407-ref 693 . T C 480.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.13;MQ0=0;QD=30.05;SB=-0.01;sumGLbyD=32.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:8.13:513,8,0
1389 2407-ref 707 . A T 642.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.02;MQ0=0;QD=29.20;SB=-0.01;sumGLbyD=30.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:26.15:675,26,0
1390 2407-ref 942 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1391 2407-ref 956 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1392 2407-ref 965 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1393 2407-ref 1008 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1394 2407-ref 1055 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1395 2407-ref 1101 . G A 284.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:318,24,0
1396 2407-ref 1108 . G A 172.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.01:205,18,0
1397 2407-ref 1143 . C T 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
1398 2407-ref 1165 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1399 2407-ref 1283 . G T 165.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
1400 2407-ref 1310 . A C 196.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:229,18,0
1401 2407-ref 1330 . A G 194.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
1402 2409-ref 105 . G T 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
1403 2409-ref 148 . C G 78.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:17:99:109,0,460
1404 2409-ref 220 . G C 362.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.13;SB=-0.01;sumGLbyD=21.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:18:30.10:395,30,0
1405 2409-ref 250 . G T 393.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=32.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.88:422,0,1
1406 2409-ref 261 . G T 546.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:580,45,0
1407 2409-ref 330 . C A 486.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.68;MQ0=0;QD=25.59;SB=-0.01;sumGLbyD=27.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:62.86:516,0,63
1408 2409-ref 357 . C A 574.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.26;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:607,51,0
1409 2409-ref 364 . A G 324.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.85;MQ0=0;QD=16.21;SB=-0.01;sumGLbyD=17.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:18:99:354,0,162
1410 2409-ref 389 . G A 257.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=12.27;SB=-0.01;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:288,0,360
1411 2409-ref 400 . C T 355.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.74;SB=-0.01;sumGLbyD=21.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:17:99:385,0,187
1412 2409-ref 428 . C A 395.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.76;SB=-0.01;sumGLbyD=21.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:425,0,195
1413 2409-ref 442 . T C 425.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:458,39,0
1414 2409-ref 481 . A G 552.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:585,51,0
1415 2409-ref 487 . C A 550.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.23;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:583,51,0
1416 2409-ref 512 . T G 662.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7885;MQ=33.68;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.16:696,57,0
1417 2409-ref 561 . A G 822.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=35.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:856,69,0
1418 2409-ref 595 . C G 677.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=35.93;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:711,57,0
1419 2409-ref 605 . G A 455.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=30.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.13:486,5,0
1420 2409-ref 624 . C G 501.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:535,42,0
1421 2409-ref 655 . G T 176.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:206,0,426
1422 2409-ref 681 . T G 316.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.09;MQ0=0;QD=17.57;SB=-0.01;sumGLbyD=19.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:17:99:346,0,165
1423 2409-ref 682 . G T 586.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.09;MQ0=0;QD=32.56;SB=-0.01;sumGLbyD=34.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.14:619,51,0
1424 2409-ref 697 . G T 499.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.33;SB=-0.01;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:533,45,0
1425 2409-ref 721 . A G 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
1426 2409-ref 736 . G T 214.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:247,21,0
1427 2409-ref 802 . T A 166.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.89;SB=-0.01;sumGLbyD=14.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:13:99:196,0,232
1428 2409-ref 841 . A T 747.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:780,60,0
1429 2409-ref 865 . G C 266.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.35;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:19:99:297,0,319
1430 2409-ref 898 . G A 1090.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.67;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:53.29:1124,53,0
1431 2409-ref 936 . G A 1529.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.77;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:89.38:1563,89,0
1432 2409-ref 942 . T C 1513.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.76;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90.26:1546,90,0
1433 2409-ref 1019 . C G 589.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=31.01;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:17.16:622,17,0
1434 2409-ref 1039 . G A 237.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=14.82;SB=-0.01;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:267,0,241
1435 2409-ref 1053 . T C 198.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9979;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.27;SB=-0.01;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:229,0,198
1436 2409-ref 1060 . A T 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,96
1437 2409-ref 1067 . G A 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
1438 2409-ref 1072 . G A 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
1439 2409-ref 1120 . A G 126.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=26.80;MQ0=0;QD=15.85;SB=-0.01;sumGLbyD=19.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:8:14.21:157,0,14
1440 2409-ref 1140 . A C 206.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=26.45;MQ0=0;QD=20.68;SB=-0.01;sumGLbyD=23.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:8.52:237,0,9
1441 2409-ref 1142 . G T 22.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=28.48;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.79:53,0,258
1442 2409-ref 1165 . A G 227.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=28.23;MQ0=0;QD=17.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:69.58:257,0,70
1443 2409-ref 1183 . C T 173.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8399;MQ=28.77;MQ0=0;QD=15.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:76.56:204,0,77
1444 2409-ref 1199 . A C 67.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.72;MQ0=0;QD=9.63;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.44:97,0,99
1445 2409-ref 1210 . G T 103.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.88;SB=-0.01;sumGLbyD=16.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:83.73:133,0,84
1446 2409-ref 1225 . A C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1447 2409-ref 1239 . G A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1448 2474-ref 34 . C A 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0
1449 2474-ref 105 . T C 472.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:506,39,0
1450 2474-ref 574 . T C 408.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:4.77:439,5,0
1451 2474-ref 664 . T C 869.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:903,72,0
1452 2474-ref 673 . G A 797.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:831,66,0
1453 2474-ref 927 . G A 1193.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:33:60.75:1226,61,0
1454 2474-ref 1010 . A G 1097.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:58.03:1131,58,0
1455 2474-ref 1032 . C T 1035.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4344;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:29:52.93:1069,53,0
1456 2474-ref 1161 . C G 1330.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4961;MQ=36.74;MQ0=0;QD=34.11;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:45.22:1363,45,0
1457 2474-ref 1319 . A T 1706.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0345;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1739,135,0
1458 2474-ref 1360 . C G 1936.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:56:48.53:1970,49,0
1459 2474-ref 1423 . T A 10.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8649;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.45;SB=-0.01;sumGLbyD=1.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:40.35:40,0,736
1460 2474-ref 1425 . T A 680.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.19:713,20,0
1461 2474-ref 1445 . C T 366.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:396,0,4
1462 2474-ref 1493 . A C 183.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9982;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.24;SB=-0.01;sumGLbyD=30.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17.51:214,0,18
1463 2474-ref 1498 . C T 137.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.64;SB=-0.01;sumGLbyD=23.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:7:16.30:167,0,16
1464 2474-ref 1619 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1465 2474-ref 1626 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1466 2474-ref 1630 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1467 2474-ref 1642 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1468 2474-ref 1742 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
1469 2474-ref 1748 . G A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
1470 2491-ref 19 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=22.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:3:9.03:110,9,0
1471 2491-ref 33 . A G 403.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=31.02;SB=-0.01;sumGLbyD=33.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.10:436,36,0
1472 2491-ref 78 . A G 1570.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1869;MQ=36.29;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1603,126,0
1473 2491-ref 188 . G A 1501.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1535,117,0
1474 2491-ref 223 . T C 1173.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.26:1206,96,0
1475 2491-ref 479 . G A 1550.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4352;MQ=36.29;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:89.40:1584,89,0
1476 2491-ref 522 . C G 1441.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6644;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:80.37:1474,80,0
1477 2491-ref 524 . C T 1389.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6644;MQ=36.49;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:78.79:1422,79,0
1478 2491-ref 683 . C T 2936.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.1971;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2970,232,0
1479 2491-ref 766 . A C 2716.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=36.44;MQ0=0;QD=37.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2749,214,0
1480 2491-ref 775 . A C 2206.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8639;MQ=36.41;MQ0=0;QD=31.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,64:68:5.30:2238,5,0
1481 2491-ref 929 . G A 3622.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8334;MQ=36.78;MQ0=0;QD=39.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3622,277,0
1482 2491-ref 998 . T C 2920.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9224;MQ=36.87;MQ0=0;QD=38.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2954,226,0
1483 2491-ref 1046 . A T 2829.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2863,220,0
1484 2491-ref 1267 . G C 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
1485 2491-ref 1328 . T C 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
1486 2491-ref 1329 . A T 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
1487 2491-ref 1339 . C T 858.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.19;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:892,69,0
1488 2491-ref 1380 . C G 2334.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8620;MQ=36.50;MQ0=0;QD=38.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2367,184,0
1489 2491-ref 1454 . C T 2295.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1115;MQ=35.20;MQ0=0;QD=36.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:63:99:2328,187,0
1490 2491-ref 1455 . A G 2142.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2174;MQ=35.08;MQ0=0;QD=36.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:58:99:2176,175,0
1491 2491-ref 1472 . G A 1285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9454;MQ=34.09;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1319,108,0
1492 2491-ref 1522 . A G 324.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=39.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:358,27,0
1493 2491-ref 1614 . A G 110.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0
1494 2519-ref 105 . G A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
1495 2519-ref 122 . T C 196.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:229,18,0
1496 2519-ref 169 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
1497 2519-ref 300 . A G 221.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:254,21,0
1498 2519-ref 390 . G A 156.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
1499 2519-ref 400 . G A 154.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
1500 2519-ref 412 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
1501 2519-ref 447 . C T 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
1502 2519-ref 490 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9608;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0
1503 2519-ref 491 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9608;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0
1504 2532-ref 41 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1505 2532-ref 80 . G T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1506 2532-ref 96 . A G 122.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
1507 2532-ref 97 . G T 86.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.61;SB=-0.01;sumGLbyD=29.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:11.98:119,12,0
1508 2532-ref 181 . G C 276.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:310,27,0
1509 2532-ref 185 . T A 250.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=27.85;SB=-0.01;sumGLbyD=31.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.07:284,24,0
1510 2532-ref 196 . G T 248.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=31.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.04:281,27,0
1511 2532-ref 290 . A G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
1512 2532-ref 293 . G A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
1513 2532-ref 403 . T C 118.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
1514 2532-ref 456 . G C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
1515 2532-ref 472 . T A 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
1516 2532-ref 525 . A G 118.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
1517 2532-ref 609 . G A 109.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0
1518 2532-ref 623 . G T 112.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
1519 2532-ref 680 . C A 231.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:265,21,0
1520 2532-ref 700 . G C 225.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
1521 2532-ref 789 . G T 375.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:408,33,0
1522 2532-ref 792 . G A 391.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:424,36,0
1523 2532-ref 824 . C T 250.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:283,24,0
1524 2532-ref 854 . T C 757.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.18:791,63,0
1525 2532-ref 906 . T C 737.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:771,60,0
1526 2532-ref 964 . G A 800.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.21:834,63,0
1527 2532-ref 1158 . G C 193.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
1528 2610-ref 8 . A G 33.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:63.53:64,0,104
1529 2610-ref 40 . C T 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
1530 2610-ref 78 . G C 78.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
1531 2610-ref 97 . G T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:71,0,30
1532 2610-ref 470 . C G 317.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:350,27,0
1533 2610-ref 665 . G A 191.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:224,18,0
1534 2610-ref 704 . A T 232.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:265,21,0
1535 2610-ref 735 . G T 68.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:98.08:98,0,98
1536 2610-ref 795 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1537 2610-ref 934 . G T 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.60;SB=-0.01;sumGLbyD=13.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:67.97:68,0,68
1538 2610-ref 938 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:4:12.04:160,12,0
1539 2610-ref 948 . C G 189.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:222,18,0
1540 2610-ref 995 . A G 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,175
1541 2610-ref 1103 . T A 268.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.81;SB=-0.01;sumGLbyD=29.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.92:298,0,10
1542 2610-ref 1370 . A G 585.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:619,48,0
1543 2610-ref 1529 . C T 491.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:524,42,0
1544 2610-ref 1550 . C T 470.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:503,42,0
1545 2610-ref 1568 . A T 220.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=19.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:250,0,151
1546 2610-ref 1592 . G T 276.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:310,24,0
1547 2610-ref 1822 . G A 751.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:785,60,0
1548 2610-ref 2081 . A T 1156.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.69;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:59.30:1190,59,0
1549 2610-ref 2213 . C G 432.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9654;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:465,36,0
1550 2610-ref 2222 . C T 504.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:538,42,0
1551 2610-ref 2477 . T C 662.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:695,54,0
1552 2610-ref 2510 . C T 834.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.22:867,66,0
1553 2610-ref 2591 . C T 923.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:957,75,0
1554 2610-ref 2618 . T C 1398.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0009;MQ=36.75;MQ0=0;QD=34.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:38:99:1431,114,0
1555 2610-ref 2675 . T C 1287.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.71;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1320,102,0
1556 2610-ref 2720 . A T 899.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=36.63;MQ0=0;QD=33.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:38.24:933,38,0
1557 2610-ref 2801 . T C 1202.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.31:1236,93,0
1558 2610-ref 2890 . A G 421.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=32.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.09:454,42,0
1559 2610-ref 2893 . A C 369.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.23;MQ0=0;QD=28.43;SB=-0.01;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:403,39,0
1560 2610-ref 2898 . T C 287.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.12;MQ0=0;QD=22.14;SB=-0.01;sumGLbyD=24.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.93:316,0,1
1561 2610-ref 2903 . T G 431.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=28.74;SB=-0.01;sumGLbyD=30.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.08:464,45,0
1562 2610-ref 2967 . A G 1730.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.34;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1764,138,0
1563 2610-ref 2968 . A T 1697.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.34;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1731,135,0
1564 2610-ref 3042 . G A 1145.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3305;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:32:96.28:1179,96,0
1565 2610-ref 3043 . T C 1193.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3305;MQ=34.01;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1226,99,0
1566 2610-ref 3073 . A G 1510.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=35.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1543,126,0
1567 2610-ref 3107 . A C 1815.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1849,150,0
1568 2610-ref 3161 . G A 1463.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6805;MQ=36.23;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=28.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:52:99:1496,117,0
1569 2610-ref 3204 . A G 1161.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2903;MQ=36.58;MQ0=0;QD=24.19;SB=-0.01;sumGLbyD=24.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,35:48:99:1191,0,357
1570 2610-ref 3269 . G C 2119.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1672;MQ=36.48;MQ0=0;QD=36.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:57:99:2153,135,0
1571 2610-ref 3312 . G C 2352.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8306;MQ=36.36;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2385,190,0
1572 2610-ref 3416 . G T 334.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8309;MQ=36.27;MQ0=0;QD=5.98;SB=-0.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,14:55:99:365,0,1396
1573 2610-ref 3422 . C T 2277.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5652;MQ=36.33;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:2310,181,0
1574 2610-ref 3467 . T C 2331.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9876;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:63:99:2365,190,0
1575 2610-ref 3488 . A T 787.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7312;MQ=36.73;MQ0=0;QD=10.50;SB=-0.01;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:818,0,1620
1576 2610-ref 3530 . T G 2354.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:62:99:2387,187,0
1577 2610-ref 3584 . A C 430.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5125;MQ=36.66;MQ0=0;QD=7.17;SB=-0.01;sumGLbyD=7.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,17:59:99:460,0,1461
1578 2610-ref 3602 . T C 548.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=15.8514;MQ=36.61;MQ0=0;QD=10.54;SB=-0.01;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:51:99:578,0,1085
1579 2610-ref 3678 . A C 710.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8320;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.92;SB=-0.01;sumGLbyD=14.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:50:99:740,0,842
1580 2610-ref 3699 . C T 1225.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9923;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1259,99,0
1581 2610-ref 3762 . G T 516.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.89;SB=-120.02;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:549,42,0
1582 2610-ref 3768 . C A 507.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.24;SB=-119.33;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:540,42,0
1583 2610-ref 3802 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-39.55;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
1584 2625-ref 105 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1585 2625-ref 106 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1586 2625-ref 305 . G T 40.57 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=24.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:72,6,0
1587 2625-ref 371 . G A 181.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.56:211,0,9
1588 2625-ref 451 . C T 117.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.48;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
1589 2625-ref 458 . G T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
1590 2625-ref 542 . A C 114.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
1591 2625-ref 550 . G A 111.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
1592 2625-ref 656 . T C 262.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:296,24,0
1593 2625-ref 1172 . T A 286.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
1594 2625-ref 1249 . A G 517.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:551,42,0
1595 2625-ref 1302 . A G 548.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:581,45,0
1596 2625-ref 1364 . G C 500.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:42.13:534,42,0
1597 2625-ref 1458 . G C 353.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:386,30,0
1598 2625-ref 1478 . A T 512.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:546,42,0
1599 2625-ref 1610 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0
1600 2635-ref 65 . A G 29.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=462;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=26.2821;MQ=36.83;MQ0=0;QD=0.06;SB=3.00;sumGLbyD=0.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:421,41:454:59.04:59,0,14798
1601 2635-ref 67 . G A 746.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=493;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=27.2819;MQ=36.84;MQ0=0;QD=1.52;SB=3.00;sumGLbyD=1.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:427,65:488:99:777,0,15065
1602 2635-ref 104 . T C 22769.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=600;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.8826;MQ=36.85;MQ0=0;QD=37.95;SB=-174.81;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,594:592:99:22626,1702,0
1603 2635-ref 225 . C T 29058.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=765;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.1596;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.99;SB=-815.89;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,761:759:99:28952,2180,0
1604 2635-ref 258 . C A 30788.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=819;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=41.2454;MQ=36.33;MQ0=0;QD=37.59;SB=-462.60;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,814:811:99:30677,2396,0
1605 2635-ref 303 . G C 34410.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=932;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=48.9688;MQ=36.26;MQ0=0;QD=36.92;SB=-969.94;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,918:917:99:34061,2501,0
1606 2635-ref 304 . C G 34464 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=942;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.8605;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.59;SB=-916.84;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,930:924:99:34209,2529,0
1607 2635-ref 373 . T C 26447.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=697;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.5957;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.94;SB=-9282.07;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,691:691:99:26250,1884,0
1608 2635-ref 397 . C G 16535.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=443;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=18.6284;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.33;SB=-6907.87;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,436:435:99:16348,1123,0
1609 2635-ref 465 . G A 4557.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7817;MQ=31.87;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=31.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:139:99:4520,383,0
1610 2635-ref 606 . C T 34150.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=895;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=53.6269;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.16;SB=-110.61;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,888:881:99:33999,2533,0
1611 2635-ref 753 . A G 33235.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=876;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=65.6312;MQ=36.92;MQ0=0;QD=37.94;SB=-40.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,869:861:99:33033,2412,0
1612 2635-ref 898 . T C 5051.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.7854;MQ=34.92;MQ0=0;QD=20.05;SB=-0.01;sumGLbyD=17.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,147:252:99:4292,0,3280
1613 2635-ref 900 . C T 3087.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=22.8050;MQ=34.62;MQ0=0;QD=14.23;SB=-0.01;sumGLbyD=14.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,112:214:99:3118,0,3238
1614 2635-ref 905 . T C 780.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=29.1953;MQ=33.56;MQ0=0;QD=5.24;SB=-0.01;sumGLbyD=5.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,45:147:99:811,0,3399
1615 2635-ref 911 . T A 2283.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5392;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.66;SB=-0.01;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,70:77:5.78:2313,0,6
1616 2635-ref 913 . T A 1027.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8105;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.34;SB=-0.01;sumGLbyD=27.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,32:39:99:1057,0,147
1617 2635-ref 914 . T A 180.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8231;MQ=36.56;MQ0=0;QD=7.85;SB=-0.01;sumGLbyD=9.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:211,0,500
1618 2635-ref 942 . C T 4101.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8588;MQ=32.97;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:4100,349,0
1619 2635-ref 983 . C T 4007.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.3734;MQ=32.85;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:113:99:4007,340,0
1620 2635-ref 994 . A T 1204.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4566;MQ=27.17;MQ0=0;QD=26.18;SB=-0.01;sumGLbyD=26.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:90.68:1237,91,0
1621 2635-ref 995 . T C 967.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9300;MQ=25.73;MQ0=0;QD=24.18;SB=-0.01;sumGLbyD=25.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,38:36:74.76:1000,75,0
1622 2635-ref 998 . A G 659.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4514;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:21:24.62:692,25,0
1623 2635-ref 1010 . G A 6783.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3827;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,180:177:99:6720,495,0
1624 2635-ref 1074 . A C 16638.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=428;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.3364;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,424:427:99:16496,1143,0
1625 2635-ref 1152 . A G 1291.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1325,102,0
1626 2663-ref 234 . G A 463.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:497,39,0
1627 2663-ref 489 . G A 383.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:416,33,0
1628 2663-ref 495 . G A 334.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:367,30,0
1629 2663-ref 672 . C G 72.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0
1630 2663-ref 682 . A T 33.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:63.55:64,0,68
1631 2663-ref 707 . G A 326.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
1632 2663-ref 813 . A G 544.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:578,48,0
1633 2663-ref 878 . T C 291.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.32;SB=-0.01;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:83.90:322,0,84
1634 2663-ref 998 . A T 940.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.3013;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:25:75.24:974,75,0
1635 2663-ref 1037 . C T 399.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=36.60;MQ0=0;QD=15.98;SB=-0.01;sumGLbyD=17.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:429,0,398
1636 2663-ref 1146 . G C 886.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:919,72,0
1637 2663-ref 1181 . A C 1000.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1034,81,0
1638 2663-ref 1349 . A T 1080.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1113,84,0
1639 2663-ref 1364 . A G 1101.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1134,87,0
1640 2663-ref 1544 . C T 1091.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.28:1125,87,0
1641 2663-ref 1595 . C G 963.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:997,78,0
1642 2663-ref 1637 . T C 493.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.45;SB=-0.01;sumGLbyD=22.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:523,0,238
1643 2663-ref 1736 . T A 309.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:343,27,0
1644 2663-ref 1747 . G T 87.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=17.54;SB=-0.01;sumGLbyD=23.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.76:118,0,23
1645 2672-ref 86 . G A 374.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=28.78;SB=-0.01;sumGLbyD=31.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.06:407,39,0
1646 2672-ref 97 . G A 390.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=30.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:423,39,0
1647 2672-ref 107 . A G 629.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.73;MQ0=0;QD=27.35;SB=-0.01;sumGLbyD=28.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:30.56:662,31,0
1648 2672-ref 119 . G A 1402.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.29;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1436,123,0
1649 2672-ref 150 . C T 2462.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8316;MQ=35.43;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:71:99:2496,134,0
1650 2672-ref 177 . C T 4547.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9243;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:4547,361,0
1651 2672-ref 323 . G T 6293.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7567;MQ=36.94;MQ0=0;QD=39.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,159:161:99:6214,479,0
1652 2672-ref 539 . G A 5674.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.9839;MQ=36.06;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:150:99:5639,416,0
1653 2672-ref 561 . C G 6783.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6551;MQ=36.14;MQ0=0;QD=38.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:176:99:6783,530,0
1654 2672-ref 575 . G A 5711.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2394;MQ=35.93;MQ0=0;QD=37.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:149:99:5711,448,0
1655 2672-ref 621 . G T 2453.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.6295;MQ=36.73;MQ0=0;QD=16.46;SB=-0.01;sumGLbyD=16.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,75:147:99:2483,0,2334
1656 2672-ref 688 . A G 1888.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.1975;MQ=36.72;MQ0=0;QD=17.48;SB=-0.01;sumGLbyD=17.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:106:99:1918,0,1585
1657 2672-ref 702 . T A 1809.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.6376;MQ=36.59;MQ0=0;QD=18.46;SB=-0.01;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,55:96:99:1839,0,1314
1658 2672-ref 710 . G T 1249.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.7794;MQ=36.23;MQ0=0;QD=11.79;SB=-0.01;sumGLbyD=12.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,42:105:99:1279,0,2126
1659 2672-ref 714 . C G 1092.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8784;MQ=36.19;MQ0=0;QD=10.82;SB=-0.01;sumGLbyD=11.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,38:100:99:1123,0,2111
1660 2672-ref 739 . G T 1090.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9963;MQ=36.01;MQ0=0;QD=11.72;SB=-0.01;sumGLbyD=12.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:92:99:1120,0,1880
1661 2672-ref 780 . T A 1462.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8630;MQ=35.33;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:43:93.88:1496,94,0
1662 2672-ref 781 . G C 644.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=35.24;MQ0=0;QD=15.72;SB=-0.01;sumGLbyD=16.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:674,0,616
1663 2672-ref 902 . A C 28.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9646;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.91:59,0,102
1664 2672-ref 903 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1665 2714-ref 125 . A T 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:64.80:65,0,171
1666 2714-ref 126 . A T 28.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:58.78:59,0,238
1667 2714-ref 151 . A T 342.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:375,33,0
1668 2714-ref 152 . A G 22.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.77:53,0,301
1669 2714-ref 184 . T C 300.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:334,30,0
1670 2714-ref 202 . C T 80.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=6.23;SB=-26.62;sumGLbyD=8.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:111,0,242
1671 2714-ref 209 . A G 371.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=0;QD=30.96;SB=-29.63;sumGLbyD=33.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:404,36,0
1672 2714-ref 213 . T C 145.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=13.26;SB=3.00;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:176,0,125
1673 2714-ref 231 . C T 432.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:466,39,0
1674 2714-ref 352 . A C 600.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=16.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:36:99:630,0,531
1675 2714-ref 385 . C T 1360.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:36:99:1393,108,0
1676 2714-ref 428 . T G 544.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.61;SB=-0.01;sumGLbyD=14.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:574,0,724
1677 2714-ref 470 . T A 480.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9621;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:510,0,715
1678 2714-ref 538 . C G 1897.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4518;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1931,150,0
1679 2714-ref 545 . G A 670.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7618;MQ=36.63;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=12.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:700,0,1047
1680 2714-ref 689 . C T 833.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3274;MQ=36.57;MQ0=0;QD=17.74;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:46:99:864,0,616
1681 2714-ref 710 . A G 957.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8625;MQ=36.79;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=20.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:48:99:987,0,573
1682 2714-ref 798 . C T 1276.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5210;MQ=36.73;MQ0=0;QD=17.02;SB=-0.01;sumGLbyD=17.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:74:99:1307,0,1153
1683 2714-ref 935 . G T 803.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9727;MQ=36.78;MQ0=0;QD=17.87;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:834,0,641
1684 2714-ref 986 . T C 607.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5599;MQ=36.79;MQ0=0;QD=12.40;SB=-0.01;sumGLbyD=13.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:638,0,939
1685 2714-ref 1087 . A G 1726.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.6221;MQ=36.81;MQ0=0;QD=16.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1757,0,1689
1686 2714-ref 1173 . A G 619.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.0482;MQ=36.66;MQ0=0;QD=10.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:56:99:650,0,1181
1687 2714-ref 1175 . C T 995.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0504;MQ=36.68;MQ0=0;QD=15.80;SB=-0.01;sumGLbyD=16.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,35:58:99:1025,0,803
1688 2714-ref 1348 . G A 1476.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7373;MQ=36.91;MQ0=0;QD=12.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,50:106:99:1507,0,1912
1689 2714-ref 1394 . T C 1114.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8296;MQ=35.64;MQ0=0;QD=11.38;SB=-0.01;sumGLbyD=11.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:97:99:1145,0,1881
1690 2714-ref 1427 . A T 201.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8329;MQ=34.99;MQ0=0;QD=3.01;SB=-0.01;sumGLbyD=3.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,14:67:99:232,0,1869
1691 2714-ref 1430 . A T 2366.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8329;MQ=34.99;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:66:99:2400,159,0
1692 2714-ref 1434 . C G 2130.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.03;HRun=0;HaplotypeScore=8.5931;MQ=34.86;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:60:99:2164,141,0
1693 2714-ref 1547 . A G 610.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9772;MQ=36.62;MQ0=0;QD=5.76;SB=-0.01;sumGLbyD=6.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,25:103:99:640,0,2625
1694 2714-ref 1558 . T C 265.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.3551;MQ=36.61;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=2.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,17:103:99:296,0,3057
1695 2714-ref 1565 . C T 66.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6153;MQ=36.68;MQ0=0;QD=0.71;SB=-0.01;sumGLbyD=1.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,10:90:96.61:97,0,2875
1696 2714-ref 1649 . G T 3220.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7694;MQ=36.53;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:85:99:3254,256,0
1697 2763-ref 17 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1698 2763-ref 61 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1699 2763-ref 112 . G A 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
1700 2763-ref 138 . T A 61.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.31;SB=-0.01;sumGLbyD=18.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.54:92,0,64
1701 2763-ref 157 . T C 123.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
1702 2763-ref 196 . C T 4220.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.1942;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,109:110:99:4180,291,0
1703 2763-ref 353 . G A 11817.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5702;MQ=36.48;MQ0=0;QD=38.00;SB=-154.38;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,308:306:99:11817,921,0
1704 2763-ref 363 . T C 13300.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=352;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.3649;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.79;SB=-139.26;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,351:348:99:13300,1047,0
1705 2763-ref 467 . C G 15570.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=414;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=21.0684;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.61;SB=-29.63;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,410:409:99:15531,1192,0
1706 2763-ref 507 . C T 17949.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=472;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.8927;MQ=36.68;MQ0=0;QD=38.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,469:469:99:17836,1299,0
1707 2763-ref 551 . C T 13768.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=435;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.1493;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.65;SB=-0.01;sumGLbyD=31.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,424:384:99:13694,1115,0
1708 2763-ref 737 . G T 16318.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=460;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.7256;MQ=36.76;MQ0=0;QD=35.47;SB=-38.58;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,454:434:99:16279,1303,0
1709 2763-ref 782 . T C 16712.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=438;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.8512;MQ=36.28;MQ0=0;QD=38.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,438:436:99:16711,1312,0
1710 2763-ref 822 . A G 15622.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=420;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.5062;MQ=36.37;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,417:411:99:15554,1194,0
1711 2763-ref 836 . A T 15141.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=398;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7820;MQ=36.47;MQ0=0;QD=38.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,396:395:99:15082,1162,0
1712 2763-ref 947 . A T 14745.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=383;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.0730;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,380:380:99:14632,1100,0
1713 2763-ref 992 . A T 14274.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7159;MQ=36.60;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,399:386:99:14273,1161,0
1714 2763-ref 1025 . A G 16406.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=425;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.2634;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,424:421:99:16365,1264,0
1715 2763-ref 1329 . G A 19056.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=505;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.4794;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,503:498:99:19015,1459,0
1716 2763-ref 1336 . C A 22285.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=586;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.6735;MQ=36.32;MQ0=0;QD=38.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,585:579:99:22248,1707,0
1717 2763-ref 1381 . T G 24753.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=644;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.3800;MQ=36.73;MQ0=0;QD=38.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,642:639:99:24674,1845,0
1718 2763-ref 1477 . C A 20166.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=524;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.4644;MQ=36.48;MQ0=0;QD=38.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,523:523:99:20125,1534,0
1719 2763-ref 1494 . G C 14508.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=394;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.7406;MQ=35.06;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,392:389:99:14507,1170,0
1720 2763-ref 1527 . C T 4969.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.30;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:142:99:4968,427,0
1721 2763-ref 1540 . G A 4625.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.10;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:134:99:4624,403,0
1722 2763-ref 1542 . A G 4503.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.24;MQ0=0;QD=34.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,131:129:99:4503,388,0
1723 2763-ref 1651 . A G 29.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=9.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:59.73:60,0,100
1724 2848-ref 127 . T A 244.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:278,21,0
1725 2848-ref 278 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1726 2848-ref 344 . T G 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
1727 2848-ref 346 . T G 67.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.36;SB=-0.01;sumGLbyD=33.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1728 2848-ref 354 . G T 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
1729 2848-ref 468 . G A 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0
1730 2848-ref 490 . A G 17.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=2.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:47.71:48,0,107
1731 2848-ref 493 . A G 164.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=23.55;SB=-0.01;sumGLbyD=28.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.04:198,18,0
1732 2848-ref 513 . T C 109.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:9:99:140,0,106
1733 2848-ref 523 . G A 281.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=31.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:314,27,0
1734 2848-ref 575 . A C 236.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.15;MQ0=0;QD=21.47;SB=-0.01;sumGLbyD=24.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:70.89:266,0,71
1735 2848-ref 590 . C T 12.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8104;MQ=34.69;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:42.55:43,0,243
1736 2848-ref 594 . A C 148.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9772;MQ=34.93;MQ0=0;QD=14.90;SB=-0.01;sumGLbyD=17.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:10:48.56:179,0,49
1737 2848-ref 620 . C T 311.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:345,27,0
1738 2848-ref 649 . G T 301.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.13;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27.06:334,27,0
1739 2848-ref 695 . C A 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,176
1740 2848-ref 796 . A T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1741 2848-ref 820 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1742 2848-ref 828 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1743 2848-ref 829 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1744 2848-ref 843 . G C 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
1745 2848-ref 849 . C G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
1746 2848-ref 917 . C T 92.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=10.28;SB=-0.01;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:123,0,173
1747 2848-ref 945 . C T 129.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=16.13;SB=-0.01;sumGLbyD=19.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.25:159,0,95
1748 2848-ref 969 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1749 2848-ref 1058 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1750 2872-ref 99 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1751 2872-ref 131 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1752 2872-ref 149 . A G 120.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
1753 2872-ref 161 . C G 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
1754 2872-ref 208 . T C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
1755 2872-ref 367 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1756 2872-ref 368 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1757 2872-ref 626 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1758 2872-ref 647 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1759 2872-ref 1106 . G T 160.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
1760 2872-ref 1216 . G T 75.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.31;SB=-0.01;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
1761 2872-ref 1316 . G T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
1762 2872-ref 1343 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1763 2872-ref 1541 . G T 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
1764 2872-ref 1544 . G T 74.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
1765 2872-ref 1568 . C A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
1766 2872-ref 1770 . A G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
1767 2872-ref 1953 . T G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
1768 2872-ref 2008 . G A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
1769 2872-ref 2153 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1770 2872-ref 2176 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1771 2872-ref 2220 . T C 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
1772 2872-ref 2298 . A G 28.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58:58,0,105
1773 2872-ref 2316 . T G 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
1774 2872-ref 2394 . A T 276.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:309,24,0
1775 2872-ref 2420 . A T 237.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
1776 2872-ref 2493 . T G 103.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:136,12,0
1777 2872-ref 2527 . C T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1778 2872-ref 2532 . A G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
1779 2939-ref 214 . G A 162.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
1780 2939-ref 227 . G T 316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:350,27,0
1781 2939-ref 294 . T A 309.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=36.07;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.92:339,0,7
1782 2939-ref 324 . T G 298 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.22:328,0,9
1783 2939-ref 419 . G A 564.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:598,45,0
1784 2939-ref 599 . C T 185.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:218,18,0
1785 2939-ref 662 . G C 424.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:457,36,0
1786 2939-ref 759 . C G 486.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:519,39,0
1787 2939-ref 824 . C T 557.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.19;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:591,45,0
1788 2939-ref 958 . C T 445.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.12:479,36,0
1789 2939-ref 1141 . T C 363.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:397,30,0
1790 2939-ref 1187 . T C 521.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:555,42,0
1791 2939-ref 1198 . A G 487.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:520,39,0
1792 2939-ref 1312 . G T 760.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.20:794,60,0
1793 2939-ref 1617 . G A 741.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:774,60,0
1794 2939-ref 1715 . G A 1012.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1046,81,0
1795 2939-ref 1730 . C G 1139.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1173,90,0
1796 2939-ref 1776 . C T 1086.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.67;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.28:1120,87,0
1797 2939-ref 1945 . A C 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
1798 2939-ref 1954 . T C 200.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0
1799 2939-ref 2033 . T A 598.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.43;SB=-0.01;sumGLbyD=39.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:632,48,0
1800 2939-ref 2091 . A C 246.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:280,24,0
1801 2939-ref 2110 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1802 2939-ref 2114 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1803 2939-ref 2116 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1804 2954-ref 80 . T C 1093.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:56.32:1127,56,0
1805 2954-ref 92 . A T 1308.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.72;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1342,108,0
1806 2954-ref 374 . G A 1870.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1903,150,0
1807 2954-ref 419 . A G 2117.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2991;MQ=36.66;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:56:99:2151,169,0
1808 2954-ref 533 . A G 1483.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9379;MQ=34.88;MQ0=0;QD=33.73;SB=-29.63;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1517,123,0
1809 2954-ref 539 . T C 1496.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8853;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.63;SB=-29.63;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1530,123,0
1810 2954-ref 575 . C T 1683.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.69;MQ0=0;QD=35.83;SB=-29.63;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1717,138,0
1811 2954-ref 602 . T A 1723.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.2558;MQ=36.42;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,49:52:38.67:1757,39,0
1812 2954-ref 662 . C A 2463.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3592;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:71:97.51:2497,98,0
1813 2954-ref 909 . G T 1309.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=33.14;MQ0=0;QD=29.76;SB=-0.01;sumGLbyD=30.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,41:44:23.96:1343,24,0
1814 2954-ref 916 . G A 1010 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.90;MQ0=0;QD=28.06;SB=-0.01;sumGLbyD=28.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:35:25.26:1043,25,0
1815 2954-ref 919 . T A 908.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.20;MQ0=0;QD=28.38;SB=-0.01;sumGLbyD=29.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:28.56:941,29,0
1816 2954-ref 947 . G A 779.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4629;MQ=29.55;MQ0=0;QD=25.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:11.61:812,12,0
1817 2954-ref 982 . G A 382.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.52;SB=-0.01;sumGLbyD=27.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:30.13:413,0,30
1818 2954-ref 986 . A T 356.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=34.01;MQ0=0;QD=25.49;SB=-0.01;sumGLbyD=27.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:36.46:387,0,36
1819 2954-ref 1002 . G A 165.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8653;MQ=34.39;MQ0=0;QD=20.65;SB=-77.23;sumGLbyD=24.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.25:195,0,55
1820 2954-ref 1018 . T A 996.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.21;SB=-116.79;sumGLbyD=34.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:10.28:1028,10,0
1821 2954-ref 1107 . C G 40.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
1822 2954-ref 1121 . T C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
1823 2954-ref 1224 . C G 161.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
1824 2999-ref 147 . T C 516.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.12:549,45,0
1825 2999-ref 705 . A G 788.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:822,63,0
1826 2999-ref 717 . G T 693.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.16:727,57,0
1827 2999-ref 818 . T C 1000.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.48;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.26:1033,78,0
1828 2999-ref 881 . C T 556.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:12.59:589,13,0
1829 2999-ref 935 . T C 775.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.20:808,63,0
1830 2999-ref 1033 . C T 1141.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1174,90,0
1831 2999-ref 1145 . A C 1000.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1033,81,0
1832 2999-ref 1205 . A C 1289.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1322,102,0
1833 2999-ref 1304 . C T 475.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:509,42,0
1834 2999-ref 1341 . C T 372.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:405,33,0
1835 2999-ref 1357 . G A 207.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=29.66;SB=-0.01;sumGLbyD=34.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:241,21,0
1836 2999-ref 1373 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1837 3005-ref 54 . A T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:59.53:74,0,60
1838 3005-ref 106 . T A 25.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.77:56,0,276
1839 3005-ref 114 . C G 25.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.77:56,0,285
1840 3005-ref 115 . G C 25.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.77:56,0,285
1841 3005-ref 132 . T G 14.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4426;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.59;SB=-0.01;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:44.12:44,0,213
1842 3005-ref 169 . C T 80.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.51:111,0,54
1843 3005-ref 176 . A G 74.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=9.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:105,0,123
1844 3005-ref 194 . C T 244.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=22.26;SB=-0.01;sumGLbyD=24.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:64.72:275,0,65
1845 3005-ref 227 . C T 300.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=30.05;SB=-0.01;sumGLbyD=33.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:2.78:329,0,0
1846 3005-ref 362 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1847 3005-ref 372 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1848 3005-ref 378 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
1849 3005-ref 445 . C A 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
1850 3005-ref 489 . T A 19.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.91:50,0,283
1851 3028-ref 17 . G A 154.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7884;MQ=34.69;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=20.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:86.86:184,0,87
1852 3028-ref 73 . G C 295.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.18;MQ0=0;QD=15.53;SB=3.00;sumGLbyD=17.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:325,0,201
1853 3028-ref 82 . A G 150.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4690;MQ=32.18;MQ0=0;QD=7.93;SB=-37.00;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:181,0,367
1854 3028-ref 85 . A G 577.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.89;MQ0=0;QD=32.09;SB=-40.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.13:611,54,0
1855 3028-ref 106 . G T 183.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.06;MQ0=0;QD=15.32;SB=3.00;sumGLbyD=17.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:214,0,124
1856 3028-ref 112 . A C 91.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.24;MQ0=0;QD=7.64;SB=-34.79;sumGLbyD=10.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:122,0,238
1857 3028-ref 121 . C T 369.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:402,33,0
1858 3028-ref 180 . A G 494.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:528,45,0
1859 3028-ref 208 . A G 129.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.16;SB=-0.01;sumGLbyD=19.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:45.58:159,0,46
1860 3028-ref 214 . C T 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:218,21,0
1861 3028-ref 221 . A G 97.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=18.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:48.59:127,0,49
1862 3028-ref 230 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1863 3028-ref 240 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1864 3028-ref 265 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1865 3028-ref 308 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1866 3028-ref 347 . A G 278.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:312,24,0
1867 3028-ref 359 . A G 286.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
1868 3028-ref 463 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1869 3028-ref 478 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1870 3028-ref 488 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1871 3028-ref 503 . G C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1872 3028-ref 617 . A G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
1873 3028-ref 630 . G A 308.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.57;MQ0=0;QD=28.06;SB=-0.01;sumGLbyD=31.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:342,33,0
1874 3028-ref 655 . C T 473.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:507,45,0
1875 3028-ref 662 . C G 473.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:507,45,0
1876 3028-ref 1138 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
1877 3028-ref 1140 . G C 187.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:220,18,0
1878 3028-ref 1187 . T G 847.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.31;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.21:880,69,0
1879 3028-ref 1218 . G A 424.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=30.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:7.77:456,8,0
1880 3028-ref 1254 . T G 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
1881 3058-ref 16 . C T 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0
1882 3058-ref 31 . A G 62.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.84;SB=-0.01;sumGLbyD=31.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:95,9,0
1883 3058-ref 65 . G A 547.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:581,45,0
1884 3058-ref 86 . T C 552.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:586,45,0
1885 3058-ref 249 . C T 575.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=36.00;SB=-29.63;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:609,48,0
1886 3058-ref 250 . T C 569.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=35.58;SB=-29.63;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:602,48,0
1887 3058-ref 254 . C T 482.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=34.46;SB=-29.63;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:515,42,0
1888 3058-ref 521 . G A 1028.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:55.71:1061,56,0
1889 3058-ref 569 . T C 745.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.90;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:26.21:779,26,0
1890 3058-ref 581 . T C 956.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:989,75,0
1891 3058-ref 711 . C A 1063.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.27:1097,84,0
1892 3058-ref 818 . C T 721.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:755,60,0
1893 3058-ref 893 . C G 859.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.23:892,35,0
1894 3058-ref 932 . A T 1473.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:41:84.06:1507,84,0
1895 3058-ref 1116 . A G 2668.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:70:99:2702,211,0
1896 3058-ref 1219 . T C 1913.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1947,150,0
1897 3058-ref 1407 . G A 1645.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:44:99:1679,132,0
1898 3058-ref 1485 . A G 624.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8286;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:657,54,0
1899 3058-ref 1489 . G C 540.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6175;MQ=34.55;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:574,48,0
1900 3058-ref 1509 . T C 333.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=31.12;MQ0=0;QD=25.68;SB=-0.01;sumGLbyD=28.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33.08:367,33,0
1901 3058-ref 1524 . C A 598.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.36;MQ0=0;QD=27.22;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:26.14:632,26,0
1902 3058-ref 1528 . A G 589.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=28.08;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:32.55:623,33,0
1903 3058-ref 1562 . G A 2240.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.7875;MQ=34.68;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:83:2273,83,0
1904 3058-ref 1571 . G C 1048.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7875;MQ=35.34;MQ0=0;QD=15.41;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,37:66:99:1078,0,1004
1905 3058-ref 1675 . A G 1253.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7698;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1286,102,0
1906 3058-ref 1713 . A T 586.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:619,48,0
1907 3058-ref 1754 . A T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
1908 3058-ref 1767 . G A 83.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
1909 3081-ref 125 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
1910 3081-ref 140 . T A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
1911 3081-ref 149 . G C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
1912 3081-ref 159 . G A 293.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:327,27,0
1913 3081-ref 344 . A G 890.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:924,72,0
1914 3081-ref 466 . A G 1148.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.39;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.28:1181,96,0
1915 3081-ref 511 . T C 1211.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=36.42;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:69.18:1244,69,0
1916 3081-ref 627 . G C 1882.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8165;MQ=36.80;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1915,113,0
1917 3081-ref 785 . A T 2041.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:54:99:2074,159,0
1918 3081-ref 1156 . T C 2879.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5158;MQ=35.69;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:77:99:2912,232,0
1919 3081-ref 1180 . A T 2158.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3343;MQ=35.59;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2192,175,0
1920 3081-ref 1213 . T A 1946.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=36.04;MQ0=0;QD=36.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1979,156,0
1921 3081-ref 1287 . C T 153.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
1922 3081-ref 1420 . G A 242.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0
1923 3081-ref 1423 . T C 161.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
1924 3081-ref 1526 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1925 3081-ref 1532 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
1926 3081-ref 1581 . G T 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
1927 3084-ref 7 . G C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
1928 3084-ref 36 . A G 849.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=35.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:882,72,0
1929 3084-ref 50 . A C 1191.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=33.38;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1224,102,0
1930 3084-ref 66 . C T 2111.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.11;MQ0=0;QD=36.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2145,175,0
1931 3084-ref 84 . C A 572.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0818;MQ=35.57;MQ0=0;QD=7.24;SB=-0.01;sumGLbyD=7.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,23:76:99:602,0,1773
1932 3084-ref 111 . G T 4254.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1033;MQ=35.57;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:113:99:4254,340,0
1933 3084-ref 162 . T C 3942.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5567;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,104:104:99:3942,313,0
1934 3084-ref 176 . A G 4226.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9506;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:109:99:4226,328,0
1935 3084-ref 225 . A G 3980.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4048;MQ=36.42;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:103:99:3980,310,0
1936 3084-ref 286 . T C 1176.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8998;MQ=36.67;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,38:91:99:1206,0,1789
1937 3084-ref 354 . A G 3104.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6919;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3137,250,0
1938 3084-ref 374 . A C 2718.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=35.87;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2751,217,0
1939 3084-ref 378 . T C 2437.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=35.76;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:65:99:2470,196,0
1940 3084-ref 445 . T C 3840.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9839;MQ=34.42;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:104:99:3840,313,0
1941 3084-ref 467 . A G 3042.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6956;MQ=33.77;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:86:99:3076,259,0
1942 3084-ref 481 . C T 2056.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5320;MQ=32.66;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:60:99:2089,180,0
1943 3084-ref 484 . A C 705.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5320;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.41;SB=-0.01;sumGLbyD=9.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:72:99:735,0,1429
1944 3084-ref 505 . A T 2886.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7552;MQ=35.42;MQ0=0;QD=37.01;SB=-40.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2920,235,0
1945 3084-ref 662 . A C 5525.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.8479;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:142:99:5525,427,0
1946 3084-ref 738 . A G 5871.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6636;MQ=36.67;MQ0=0;QD=38.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,152:151:99:5871,454,0
1947 3084-ref 759 . T A 6124.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.1469;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:161:99:6124,484,0
1948 3084-ref 883 . G A 6752.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=195;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2551;MQ=32.14;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,194:194:99:6712,580,0
1949 3084-ref 915 . G A 1481 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.8304;MQ=29.29;MQ0=0;QD=11.05;SB=-0.01;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,61:133:99:1511,0,1983
1950 3084-ref 924 . C T 3553.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7964;MQ=27.93;MQ0=0;QD=30.90;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:114:99:3476,301,0
1951 3084-ref 927 . A C 1417.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7634;MQ=28.26;MQ0=0;QD=11.81;SB=-0.01;sumGLbyD=12.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,58:117:99:1447,0,1508
1952 3084-ref 928 . C A 3749.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7987;MQ=28.37;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:118:99:3748,355,0
1953 3084-ref 981 . A C 4887.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ=34.55;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:134:99:4887,403,0
1954 3084-ref 1004 . C G 5152.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4241;MQ=34.62;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:141:99:5073,418,0
1955 3084-ref 1016 . T C 174.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9649;MQ=33.82;MQ0=0;QD=1.47;SB=-0.01;sumGLbyD=1.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,19:119:99:205,0,3395
1956 3084-ref 1017 . T A 4337.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9649;MQ=33.82;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:4337,358,0
1957 3084-ref 1044 . C T 4374.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5173;MQ=34.90;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:118:99:4374,355,0
1958 3084-ref 1077 . A G 2205.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.4020;MQ=35.56;MQ0=0;QD=11.92;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,77:182:99:2235,0,3488
1959 3084-ref 1094 . G A 7218.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8221;MQ=35.18;MQ0=0;QD=36.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:194:99:7218,584,0
1960 3084-ref 1131 . T G 5840.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4202;MQ=31.85;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,170:169:99:5839,508,0
1961 3084-ref 1148 . C T 6141.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=182;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9926;MQ=31.32;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=33.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,181:180:99:6111,538,0
1962 3084-ref 1161 . C T 5684 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8765;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.83;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:166:99:5683,499,0
1963 3084-ref 1185 . A G 6682.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=187;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9942;MQ=33.50;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,187:187:99:6681,563,0
1964 3084-ref 1358 . T C 10271.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=272;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=13.5276;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,269:266:99:10200,730,0
1965 3084-ref 1386 . C T 10808.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=282;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.1247;MQ=36.68;MQ0=0;QD=38.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,279:280:99:10748,811,0
1966 3084-ref 1447 . C T 8643.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=229;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4306;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,226:225:99:8573,634,0
1967 3084-ref 1464 . A G 4179.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=202;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.3376;MQ=36.30;MQ0=0;QD=20.69;SB=-0.01;sumGLbyD=17.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,110:201:99:3574,0,2906
1968 3084-ref 1507 . C T 9782.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=257;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.8302;MQ=36.41;MQ0=0;QD=38.06;SB=-40.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,251:255:99:9652,726,0
1969 3084-ref 1530 . C T 10591 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0977;MQ=36.50;MQ0=0;QD=37.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,279:275:99:10552,825,0
1970 3084-ref 1596 . A G 1248.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9602;MQ=35.57;MQ0=0;QD=29.04;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,37:42:63.28:1279,0,63
1971 3084-ref 1606 . T A 115.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=12.9812;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.13;SB=-0.01;sumGLbyD=5.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:146,0,729
1972 3084-ref 1607 . C T 746.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9812;MQ=35.48;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=28.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,23:27:41.79:776,0,42
1973 3084-ref 1608 . G T 22.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9831;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:52.30:52,0,610
1974 3084-ref 1648 . G A 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
1975 3084-ref 1658 . C T 158.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.49;MQ0=0;QD=8.36;SB=-0.01;sumGLbyD=9.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:189,0,358
1976 3084-ref 1687 . C A 2221.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.08;MQ0=0;QD=34.18;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:63:99:2255,190,0
1977 3084-ref 1693 . C A 657.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.29;MQ0=0;QD=9.00;SB=-0.01;sumGLbyD=9.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:72:99:687,0,1406
1978 3084-ref 1710 . G A 4026.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=31.19;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=32.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,121:120:99:3986,322,0
1979 3084-ref 1715 . C A 2180.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3010;MQ=31.62;MQ0=0;QD=16.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,77:130:99:2211,0,1491
1980 3084-ref 1744 . C T 2249.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9945;MQ=29.96;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2282,173,0
1981 3084-ref 1754 . G A 2250.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.09;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=33.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2284,207,0
1982 3084-ref 1791 . G A 61.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
1983 3084-ref 1792 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
1984 3085-ref 34 . A G 729.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ=36.80;MQ0=0;QD=14.59;SB=-0.01;sumGLbyD=15.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:48:99:759,0,714
1985 3085-ref 139 . G C 1992.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2025,156,0
1986 3085-ref 238 . G A 2553.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.85;MQ0=0;QD=38.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2586,202,0
1987 3085-ref 244 . T C 2778.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.86;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:73:99:2812,220,0
1988 3085-ref 312 . C T 2409.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8548;MQ=36.85;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:66:99:2443,160,0
1989 3085-ref 367 . G A 3012.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9813;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:80:99:3045,241,0
1990 3085-ref 385 . C T 2813.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=36.59;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:2846,223,0
1991 3085-ref 418 . G A 752.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ=36.66;MQ0=0;QD=12.76;SB=-0.01;sumGLbyD=13.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:58:99:783,0,1077
1992 3085-ref 463 . G T 881.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8920;MQ=35.78;MQ0=0;QD=19.59;SB=-0.01;sumGLbyD=20.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:44:99:911,0,485
1993 3085-ref 508 . A G 58.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=27.18;MQ0=0;QD=14.64;SB=-0.01;sumGLbyD=22.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.01:91,9,0
1994 3085-ref 710 . C G 115 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=24.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:21.93:145,0,22
1995 3085-ref 737 . C T 400.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9936;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.60;SB=-0.01;sumGLbyD=30.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:21.77:430,0,22
1996 3085-ref 738 . C A 160.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9936;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.48;SB=-0.01;sumGLbyD=13.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:191,0,257
1997 3085-ref 790 . T G 79.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:109,0,205
1998 3085-ref 792 . G A 152.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.34;SB=-0.01;sumGLbyD=30.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:17.19:182,0,17
1999 3091-ref 94 . C T 858.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6935;MQ=36.58;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:892,69,0
2000 3091-ref 275 . A C 1153.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1187,93,0
2001 3091-ref 410 . T A 1236.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1269,99,0
2002 3091-ref 646 . G A 1010.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.25:1044,81,0
2003 3091-ref 781 . C T 1942.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1975,153,0
2004 3091-ref 954 . C T 989.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.11;SB=-0.01;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:78.25:1022,78,0
2005 3091-ref 1415 . C T 2280.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.9653;MQ=36.17;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:60:99:2313,181,0
2006 3091-ref 1420 . T C 2454.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9653;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2487,199,0
2007 3091-ref 1660 . C T 2183.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.83;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:60:99:2216,141,0
2008 3091-ref 1921 . T C 4639.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2782;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:120:99:4640,361,0
2009 3091-ref 2002 . A G 2462.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5016;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2495,165,0
2010 3091-ref 2096 . G A 4327.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4534;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:4255,297,0
2011 3091-ref 2458 . T A 2774.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2460;MQ=36.89;MQ0=0;QD=14.68;SB=-0.01;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,89:188:99:2804,0,3225
2012 3091-ref 2629 . G C 1954.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.3313;MQ=36.53;MQ0=0;QD=12.94;SB=-0.01;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,64:149:99:1984,0,2861
2013 3091-ref 2653 . G A 300.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.0828;MQ=36.36;MQ0=0;QD=3.81;SB=3.00;sumGLbyD=4.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,16:79:99:331,0,2245
2014 3091-ref 2654 . A G 89.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.2941;MQ=36.30;MQ0=0;QD=1.23;SB=3.00;sumGLbyD=1.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,10:73:99:120,0,2271
2015 3091-ref 2655 . G C 54.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2941;MQ=36.30;MQ0=0;QD=0.76;SB=3.00;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,9:72:84.84:85,0,2256
2016 3091-ref 2657 . A T 2389.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3353;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.93;SB=-39.32;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:63:99:2422,152,0
2017 3091-ref 2663 . G A 2556.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4276;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.59;SB=-40.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2589,199,0
2018 3091-ref 2671 . C A 2839.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.36;SB=-40.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2873,193,0
2019 3091-ref 2748 . G C 3154.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0487;MQ=36.30;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:87:99:3188,253,0
2020 3091-ref 2805 . T C 908.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.65;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.21:942,81,0
2021 3091-ref 2810 . A T 549.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.29;MQ0=0;QD=26.15;SB=-0.01;sumGLbyD=27.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,19:21:8.18:579,0,8
2022 3091-ref 2811 . C A 606.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.63;MQ0=0;QD=31.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.14:640,57,0
2023 3188-ref 85 . A G 279.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:312,27,0
2024 3188-ref 111 . T G 1108.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.19;MQ0=0;QD=30.79;SB=-0.01;sumGLbyD=31.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1141,105,0
2025 3188-ref 114 . G A 1475.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=30.65;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=33.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1509,135,0
2026 3188-ref 164 . G A 6704.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5327;MQ=35.70;MQ0=0;QD=37.04;SB=-80.02;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,177:178:99:6585,470,0
2027 3188-ref 178 . G A 7258.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8573;MQ=35.75;MQ0=0;QD=36.84;SB=-80.02;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:192:99:7257,578,0
2028 3188-ref 262 . A G 7642.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9682;MQ=36.85;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,202:197:99:7642,593,0
2029 3188-ref 321 . G A 8142.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=223;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7754;MQ=36.91;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,221:212:99:8142,638,0
2030 3188-ref 397 . C T 7697.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.5738;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:199:99:7667,596,0
2031 3188-ref 462 . A G 2666.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8324;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:70:99:2699,211,0
2032 3259-ref 36 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2033 3259-ref 50 . A T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
2034 3259-ref 54 . C A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
2035 3259-ref 104 . T C 591.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.55;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:624,51,0
2036 3259-ref 116 . C T 636.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:669,54,0
2037 3259-ref 233 . G A 1307.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.45;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1340,102,0
2038 3259-ref 254 . G A 1270.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1303,99,0
2039 3259-ref 298 . T C 238.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
2040 3259-ref 322 . G A 65.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.09;SB=-0.01;sumGLbyD=19.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:95,0,65
2041 3259-ref 324 . A T 195.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
2042 3259-ref 393 . A G 683.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:20:25.84:716,26,0
2043 3259-ref 559 . A G 42.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=6.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:72.19:72,0,321
2044 3259-ref 696 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2045 3259-ref 710 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2046 3340-ref 46 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2047 3340-ref 77 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2048 3340-ref 80 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2049 3340-ref 83 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2050 3340-ref 132 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2051 3340-ref 219 . A G 315.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27.09:349,27,0
2052 3340-ref 224 . T G 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:49.92:50,0,227
2053 3340-ref 527 . C T 393.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:427,33,0
2054 3340-ref 679 . C A 16.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.97:46,0,231
2055 3340-ref 693 . C G 154.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
2056 3340-ref 698 . C G 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
2057 3340-ref 749 . G A 195.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.93;SB=-0.01;sumGLbyD=32.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:228,18,0
2058 3340-ref 826 . C T 746.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:779,60,0
2059 3340-ref 919 . A C 303.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.36;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:337,27,0
2060 3340-ref 931 . C A 32.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=10.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:62.13:62,0,86
2061 3340-ref 934 . A C 63.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.03;SB=-0.01;sumGLbyD=13.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:93.18:93,0,101
2062 3340-ref 1040 . C T 642 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8658;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:21.06:675,21,0
2063 3340-ref 1148 . G A 1121.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.28:1155,93,0
2064 3340-ref 1332 . T A 1344.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1377,108,0
2065 3340-ref 1345 . A G 980.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1013,78,0
2066 3340-ref 1391 . G T 24.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:54.49:54,0,169
2067 3340-ref 1405 . C T 218.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:12.90:249,0,13
2068 3340-ref 1417 . C T 128.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=12.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:158,0,268
2069 3340-ref 1476 . A G 921.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.19;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.22:955,78,0
2070 3340-ref 1499 . G A 647.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9921;MQ=33.02;MQ0=0;QD=26.97;SB=-0.01;sumGLbyD=28.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:22:36.53:680,37,0
2071 3340-ref 1504 . T C 638.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=32.83;MQ0=0;QD=27.75;SB=-0.01;sumGLbyD=29.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:2.96:667,0,3
2072 3340-ref 1532 . C G 795.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.28;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:828,69,0
2073 3340-ref 1673 . C T 1501.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9972;MQ=36.78;MQ0=0;QD=33.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:57.57:1534,58,0
2074 3340-ref 1685 . A G 1369.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.1334;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:78.23:1403,78,0
2075 3340-ref 1740 . G T 229.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:263,21,0
2076 3340-ref 1877 . G A 339.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=28.29;SB=-0.01;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:8.43:371,8,0
2077 3340-ref 1912 . A C 1465.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9883;MQ=36.19;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:88.12:1498,88,0
2078 3340-ref 1975 . T C 1027.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=32.75;MQ0=0;QD=30.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:32:96.17:1060,96,0
2079 3362-ref 317 . G A 814.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.19:848,72,0
2080 3362-ref 326 . G A 571.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=33.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.12:605,54,0
2081 3362-ref 347 . C T 292.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:326,33,0
2082 3362-ref 349 . T C 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.93;SB=-0.01;sumGLbyD=26.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.06:296,30,0
2083 3362-ref 379 . T C 590.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.86;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.13:624,54,0
2084 3362-ref 403 . C G 762.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9777;MQ=33.94;MQ0=0;QD=31.75;SB=-0.01;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:66.18:795,66,0
2085 3362-ref 496 . C T 743.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6173;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:26.20:777,26,0
2086 3362-ref 650 . G A 1753.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:46:99:1787,138,0
2087 3362-ref 799 . C T 1879.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:49:99:1913,147,0
2088 3362-ref 819 . C T 1834.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.79;MQ0=0;QD=38.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1867,144,0
2089 3362-ref 868 . G A 1274.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1307,102,0
2090 3362-ref 877 . C G 278.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4672;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.28;SB=-0.01;sumGLbyD=10.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:308,0,693
2091 3362-ref 941 . T A 632.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:665,54,0
2092 3362-ref 980 . G A 355.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=32.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:388,33,0
2093 3362-ref 982 . T C 101.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=9.19;SB=-0.01;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:131,0,191
2094 3362-ref 997 . C T 475.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.12:508,42,0
2095 3362-ref 1003 . G T 487.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:521,42,0
2096 3362-ref 1087 . T A 1548.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.77;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1581,123,0
2097 3362-ref 1105 . C T 1553.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1586,123,0
2098 3362-ref 1158 . C G 28.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31
2099 3362-ref 1179 . A G 105.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:136,0,25
2100 3362-ref 1185 . G A 223.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.91;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.93:253,0,16
2101 3362-ref 1212 . C T 871.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.28;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:6:903,6,0
2102 3362-ref 1278 . G T 466.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.08;SB=-0.01;sumGLbyD=33.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:15:39.12:499,39,0
2103 3362-ref 1363 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2104 3362-ref 1414 . T C 202.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
2105 3387-ref 343 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2106 3387-ref 768 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2107 3387-ref 779 . C T 110.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.55;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0
2108 3387-ref 809 . G A 186.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
2109 3387-ref 849 . C T 129.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.52;SB=-0.01;sumGLbyD=26.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:13.50:159,0,14
2110 3387-ref 853 . T A 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:87,0,28
2111 3387-ref 921 . T A 278.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:311,27,0
2112 3387-ref 925 . T C 315.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.26;SB=-0.01;sumGLbyD=29.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.08:348,30,0
2113 3387-ref 977 . T C 858.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=33.89;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:41.22:892,41,0
2114 3387-ref 981 . G C 701.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9994;MQ=33.32;MQ0=0;QD=30.50;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:30.61:734,31,0
2115 3387-ref 1072 . G A 1220.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9726;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:63.75:1254,64,0
2116 3387-ref 1105 . T C 984.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1018,78,0
2117 3387-ref 1140 . G A 1065.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1099,84,0
2118 3387-ref 1194 . C T 758.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:40.65:791,41,0
2119 3387-ref 1200 . T C 631.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=31.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:31.61:664,32,0
2120 3387-ref 1213 . G A 312.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.23;MQ0=0;QD=24.08;SB=-0.01;sumGLbyD=26.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:7.53:345,8,0
2121 3387-ref 1243 . A T 286.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=26.00;SB=-0.01;sumGLbyD=28.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:0.35:314,0,0
2122 3387-ref 1264 . G A 261.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=29.06;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24.07:295,24,0
2123 3387-ref 1371 . T C 692.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.17:726,57,0
2124 3387-ref 1380 . G T 704.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:738,57,0
2125 3387-ref 1481 . C G 561.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:595,45,0
2126 3387-ref 1489 . A T 529.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:13.80:562,14,0
2127 3387-ref 1512 . A G 872.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9953;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.22:905,72,0
2128 3387-ref 1693 . A C 585.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:16:48.15:619,48,0
2129 3387-ref 1726 . C T 477.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:510,39,0
2130 3471-ref 72 . T C 162.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
2131 3471-ref 114 . C T 136.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=6.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:166,0,524
2132 3471-ref 141 . A G 899.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3294;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:932,72,0
2133 3471-ref 197 . T C 631.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:664,51,0
2134 3471-ref 220 . G A 829.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:862,66,0
2135 3471-ref 348 . G T 1067.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.64;MQ0=0;QD=38.14;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1101,84,0
2136 3471-ref 468 . A T 1484.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:83.39:1518,83,0
2137 3471-ref 727 . G T 1292.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1326,102,0
2138 3471-ref 813 . C T 1398.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:40:81.24:1432,81,0
2139 3471-ref 875 . G C 1035.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8591;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.25:1068,87,0
2140 3471-ref 903 . C T 1011.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.25:1045,84,0
2141 3471-ref 1030 . A C 2117.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8652;MQ=36.65;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2151,135,0
2142 3471-ref 1058 . A G 1955.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8633;MQ=36.20;MQ0=0;QD=38.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1989,153,0
2143 3471-ref 1103 . A T 1624.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5873;MQ=36.29;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1658,129,0
2144 3471-ref 1145 . A G 1615.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3204;MQ=36.29;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1648,129,0
2145 3471-ref 1218 . T A 989.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1022,78,0
2146 3471-ref 1230 . C T 273.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:306,24,0
2147 3475-ref 42 . C G 553.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:587,45,0
2148 3475-ref 675 . T C 2959.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:77:99:2993,232,0
2149 3475-ref 712 . A C 3149.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.76;MQ0=0;QD=37.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3183,247,0
2150 3475-ref 935 . C T 3192.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7370;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:83:99:3225,250,0
2151 3475-ref 991 . C A 3891.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5191;MQ=36.90;MQ0=0;QD=38.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:100:99:3891,301,0
2152 3475-ref 1140 . T G 1388.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7439;MQ=36.65;MQ0=0;QD=16.15;SB=-0.01;sumGLbyD=16.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1419,0,1367
2153 3475-ref 1158 . C G 3845.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1920;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:100:99:3845,301,0
2154 3475-ref 1296 . A G 4902.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7206;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:127:99:4879,379,0
2155 3475-ref 1452 . T C 5002.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1314;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:129:99:4925,345,0
2156 3475-ref 1458 . G C 4622.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8285;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:121:99:4592,334,0
2157 3475-ref 1596 . T C 4497.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6171;MQ=36.06;MQ0=0;QD=37.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:117:99:4497,352,0
2158 3475-ref 1605 . C T 1459.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8266;MQ=36.15;MQ0=0;QD=12.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,49:117:99:1489,0,2168
2159 3475-ref 1606 . G A 4620.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7963;MQ=36.17;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:122:99:4620,367,0
2160 3475-ref 1944 . A G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
2161 3591-ref 56 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
2162 3591-ref 80 . G T 124.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:157,15,0
2163 3591-ref 92 . C T 334.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=30.40;SB=-0.01;sumGLbyD=33.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:367,33,0
2164 3591-ref 124 . G A 46.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=31.97;MQ0=0;QD=3.09;SB=-0.01;sumGLbyD=5.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:15:76.38:76,0,330
2165 3591-ref 128 . C T 487.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=31.97;MQ0=0;QD=32.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:521,45,0
2166 3591-ref 131 . A G 258.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=32.60;MQ0=0;QD=15.19;SB=-0.01;sumGLbyD=16.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:288,0,212
2167 3591-ref 143 . C T 69.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=33.71;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=6.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:100,0,387
2168 3591-ref 176 . A C 22.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.95:53,0,223
2169 3591-ref 196 . C G 226 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.29;SB=-74.17;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
2170 3591-ref 207 . G A 21.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.60;SB=6.01;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:51.57:52,0,137
2171 3591-ref 216 . G A 77.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.32;SB=-29.23;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:107,0,28
2172 3591-ref 291 . C G 109.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=23.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:140,0,62
2173 3591-ref 301 . A G 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,136
2174 3591-ref 307 . G A 204.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
2175 3591-ref 345 . T G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.97:68,0,68
2176 3591-ref 356 . C T 142.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9986;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.94;SB=-0.01;sumGLbyD=15.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:11:91.19:172,0,91
2177 3591-ref 413 . T C 155.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7334;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.66;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:186,0,390
2178 3591-ref 419 . A G 41.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7334;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.46;SB=-0.01;sumGLbyD=4.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:16:71.86:72,0,453
2179 3591-ref 430 . A G 45.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.26;SB=-0.01;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:75.67:76,0,387
2180 3591-ref 501 . G A 293.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7338;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.72;SB=-0.01;sumGLbyD=29.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:43.88:324,0,44
2181 3591-ref 509 . A C 33.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.32;MQ0=0;QD=2.20;SB=-0.01;sumGLbyD=4.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:63.06:63,0,426
2182 3591-ref 533 . A G 68.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=36.49;MQ0=0;QD=3.40;SB=-0.01;sumGLbyD=4.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:19:98.09:98,0,532
2183 3591-ref 554 . C T 13.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8496;MQ=35.91;MQ0=0;QD=0.69;SB=-0.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:43.53:44,0,575
2184 3591-ref 555 . G A 90.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8496;MQ=35.91;MQ0=0;QD=4.51;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:19:99:120,0,481
2185 3591-ref 566 . T C 111.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9956;MQ=36.01;MQ0=0;QD=5.08;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:142,0,561
2186 3591-ref 568 . G C 173.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9956;MQ=36.17;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:25:99:203,0,606
2187 3591-ref 572 . A G 169.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9942;MQ=36.17;MQ0=0;QD=6.52;SB=-0.01;sumGLbyD=7.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:200,0,654
2188 3591-ref 581 . T C 168.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9975;MQ=35.28;MQ0=0;QD=6.25;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:27:99:199,0,589
2189 3591-ref 645 . A G 147.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ=34.04;MQ0=0;QD=7.39;SB=-36.31;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:178,0,428
2190 3591-ref 662 . T A 245.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.34;MQ0=0;QD=17.56;SB=3.00;sumGLbyD=19.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:276,0,146
2191 3591-ref 678 . G A 125.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.18;MQ0=0;QD=8.98;SB=-37.00;sumGLbyD=11.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:156,0,303
2192 3591-ref 701 . C T 115.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9984;MQ=35.54;MQ0=0;QD=7.69;SB=3.00;sumGLbyD=9.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:99:145,0,296
2193 3591-ref 761 . C G 154.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9923;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.27;SB=-0.01;sumGLbyD=23.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:45.57:184,0,46
2194 3591-ref 762 . A C 186.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9923;MQ=32.22;MQ0=0;QD=20.76;SB=-0.01;sumGLbyD=24.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:9:15.94:217,0,16
2195 3591-ref 781 . C T 715.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=35.77;SB=-35.26;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:748,60,0
2196 3591-ref 840 . G A 462.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=35.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:496,39,0
2197 3591-ref 841 . T A 405.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.04;MQ0=0;QD=33.80;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:439,36,0
2198 3610-ref 48 . G T 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
2199 3610-ref 891 . C T 747.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=39.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:781,60,0
2200 3610-ref 1027 . A G 511.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:545,42,0
2201 3610-ref 1035 . G T 584.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:617,48,0
2202 3610-ref 1120 . G A 781.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:814,63,0
2203 3610-ref 1160 . T A 827.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:861,69,0
2204 3610-ref 1239 . G A 879.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.23:913,69,0
2205 3610-ref 1317 . A G 583.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9810;MQ=36.47;MQ0=0;QD=30.70;SB=-0.01;sumGLbyD=32.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:14.17:616,14,0
2206 3679-ref 89 . T C 520.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.12:554,45,0
2207 3679-ref 99 . T C 21.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=2.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:51.53:52,0,528
2208 3679-ref 153 . A G 626.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:660,51,0
2209 3679-ref 269 . G C 332.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:365,30,0
2210 3679-ref 276 . G A 460.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:493,39,0
2211 3679-ref 361 . A G 389.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:423,33,0
2212 3679-ref 389 . G A 78.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=8.72;SB=-0.01;sumGLbyD=12.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:108,0,170
2213 3679-ref 410 . A G 340.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:374,30,0
2214 3679-ref 420 . G T 36.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:66.25:66,0,203
2215 3679-ref 421 . T G 237.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=34.69;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.93:267,0,13
2216 3679-ref 463 . C G 101.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:98.95:131,0,99
2217 3679-ref 538 . T C 484.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.32;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:14:42.12:518,42,0
2218 3679-ref 585 . T C 366.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.20;SB=4.50;sumGLbyD=30.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:37.86:397,0,38
2219 3679-ref 648 . T C 322.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=32.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:0.33:351,0,0
2220 3679-ref 655 . T C 173.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.85;SB=-0.01;sumGLbyD=29.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:13.29:204,0,13
2221 3679-ref 731 . T C 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
2222 3907-ref 130 . G T 629.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:662,51,0
2223 3907-ref 197 . A G 2050.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9078;MQ=36.45;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:54:99:2084,163,0
2224 3907-ref 351 . G A 3673.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3352;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3674,289,0
2225 3907-ref 534 . C A 3140.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9312;MQ=35.78;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3174,250,0
2226 3907-ref 542 . G C 3768.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8898;MQ=35.87;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:3768,298,0
2227 3907-ref 568 . G C 3207.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7878;MQ=35.71;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:3240,226,0
2228 3907-ref 674 . G A 3321.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7296;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3321,265,0
2229 3907-ref 713 . T A 2564.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.1963;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:68:99:2598,165,0
2230 3907-ref 852 . A C 280.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
2231 3907-ref 872 . C T 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
2232 3907-ref 898 . C G 241.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
2233 3921-ref 82 . T C 440.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:2.07:470,2,0
2234 3921-ref 339 . A G 584.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:617,48,0
2235 3921-ref 343 . A G 603.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:636,51,0
2236 3921-ref 437 . G T 768.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7356;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:21:63.20:801,63,0
2237 3921-ref 908 . G A 983.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1016,78,0
2238 3921-ref 1052 . C T 1399.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1433,108,0
2239 3921-ref 1686 . T A 20.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=6.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:6:50.35:50,0,111
2240 3930-ref 16 . G C 68.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.95:99,0,138
2241 3930-ref 22 . G A 84.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.18;MQ0=0;QD=5.66;SB=-0.01;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:115,0,312
2242 3930-ref 24 . A G 308.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.83;MQ0=0;QD=19.28;SB=-0.01;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:339,0,104
2243 3930-ref 64 . C T 356.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9986;MQ=31.78;MQ0=0;QD=12.30;SB=-0.01;sumGLbyD=13.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:387,0,448
2244 3930-ref 65 . G A 30.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9986;MQ=31.78;MQ0=0;QD=1.07;SB=-0.01;sumGLbyD=2.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,5:29:60.90:61,0,757
2245 3930-ref 66 . A G 269.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9986;MQ=31.78;MQ0=0;QD=9.29;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:299,0,531
2246 3930-ref 86 . T A 303.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8654;MQ=31.36;MQ0=0;QD=11.24;SB=-0.01;sumGLbyD=12.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:334,0,430
2247 3930-ref 87 . G T 149.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9988;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.34;SB=-0.01;sumGLbyD=6.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:179,0,608
2248 3930-ref 98 . C G 51.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.64;MQ0=0;QD=2.36;SB=-0.01;sumGLbyD=3.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:22:81.92:82,0,614
2249 3930-ref 112 . C T 157.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9928;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.84;SB=-0.01;sumGLbyD=8.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:22:99:187,0,527
2250 3930-ref 117 . A G 443.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=15.28;SB=-0.01;sumGLbyD=16.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:473,0,471
2251 3930-ref 167 . G A 736.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9265;MQ=36.25;MQ0=0;QD=27.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,22:26:74.17:767,0,74
2252 3930-ref 187 . G C 328.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9779;MQ=35.72;MQ0=0;QD=20.56;SB=-0.01;sumGLbyD=22.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:16:2.47:358,0,2
2253 3930-ref 222 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
2254 3930-ref 238 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
2255 3930-ref 281 . C T 342.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=24.46;SB=-0.01;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:14:30.09:375,30,0
2256 3930-ref 285 . G A 66.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=4.75;SB=-0.01;sumGLbyD=6.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:96.45:96,0,331
2257 3930-ref 326 . G C 239.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:272,24,0
2258 3930-ref 348 . T C 79.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.97:109,0,62
2259 3930-ref 359 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2260 3930-ref 392 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2261 3938-ref 578 . G A 148.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.28;SB=-0.01;sumGLbyD=25.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.94:179,0,59
2262 3938-ref 651 . A C 61.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.31;SB=-0.01;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9:93,9,0
2263 3938-ref 678 . A C 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
2264 3938-ref 818 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2265 3938-ref 1091 . A G 123.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
2266 3943-ref 7 . T C 79.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.76;SB=-0.01;sumGLbyD=27.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12:112,12,0
2267 3943-ref 40 . C G 342.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:376,33,0
2268 3943-ref 51 . A G 506.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:539,45,0
2269 3943-ref 58 . G T 1792.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5048;MQ=35.91;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,53:55:54.98:1825,55,0
2270 3943-ref 130 . T A 4992.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9067;MQ=34.05;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,137:142:99:4803,238,0
2271 3943-ref 159 . G A 2319.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9986;MQ=31.33;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:71:99:2352,178,0
2272 3943-ref 167 . T C 1808.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.62;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1841,168,0
2273 3943-ref 178 . A G 885.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.56;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.17:918,93,0
2274 3943-ref 251 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2275 3943-ref 256 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2276 3943-ref 272 . C T 919.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.24:952,72,0
2277 3943-ref 495 . T G 5685.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6996;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:148:99:5685,445,0
2278 3943-ref 564 . C T 6075.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.6751;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,157:157:99:6016,448,0
2279 3943-ref 788 . T A 667.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.07;SB=-160.03;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:700,54,0
2280 3943-ref 791 . C T 724.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.52;SB=-160.03;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.19:758,57,0
2281 3943-ref 863 . T C 1895.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1928,150,0
2282 3943-ref 908 . A T 911.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.35;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:945,75,0
2283 3943-ref 926 . T C 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
2284 3943-ref 928 . T C 21.10 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=26.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.99:52,6,0
2285 3974-ref 122 . G A 128.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4265;MQ=35.87;MQ0=0;QD=14.30;SB=-0.01;sumGLbyD=17.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:159,0,114
2286 3974-ref 197 . C T 128.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:161,15,0
2287 3974-ref 218 . C T 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=34.39;MQ0=0;QD=11.22;SB=-0.01;sumGLbyD=19.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:2:6.02:76,6,0
2288 3974-ref 333 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
2289 3974-ref 353 . C G 29.94 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:61,6,0
2290 3974-ref 398 . T C 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
2291 3974-ref 449 . T C 114.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.86;SB=-0.01;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.93:144,0,22
2292 3974-ref 506 . G A 152.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.40;SB=-0.01;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:185,15,0
2293 3974-ref 558 . T C 134.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.86;SB=-0.01;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:52.89:165,0,53
2294 3974-ref 569 . T C 213.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6630;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.63;SB=-0.01;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.06:246,21,0
2295 3974-ref 582 . A G 92.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8308;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.34;SB=-37.00;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.58:122,0,52
2296 3974-ref 617 . T G 158.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.85;SB=-37.00;sumGLbyD=18.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:188,0,117
2297 3974-ref 787 . G A 200.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=20.01;SB=-0.01;sumGLbyD=23.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:70.95:230,0,71
2298 3974-ref 809 . C T 60.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.59;SB=-0.01;sumGLbyD=12.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:88.40:90,0,88
2299 3974-ref 817 . A G 97.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.87;MQ0=0;QD=10.79;SB=-0.01;sumGLbyD=14.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:7:95.24:127,0,95
2300 3974-ref 968 . C G 267.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:300,24,0
2301 3974-ref 971 . C T 168.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=21.07;SB=-0.01;sumGLbyD=24.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:53.73:199,0,54
2302 3974-ref 979 . C T 26.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.44;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:56.65:57,0,141
2303 3998-ref 43 . A T 122.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
2304 3998-ref 45 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2305 3998-ref 141 . T C 43.53 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
2306 3998-ref 389 . A G 191.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:224,18,0
2307 3998-ref 404 . T A 220.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:254,21,0
2308 3998-ref 431 . T C 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
2309 3998-ref 572 . A G 479.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:513,39,0
2310 3998-ref 600 . C T 596.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:630,48,0
2311 3998-ref 845 . A T 523.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:556,42,0
2312 3998-ref 934 . G A 741.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=32.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:22:26.20:774,26,0
2313 3998-ref 950 . G A 695.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:23.19:729,23,0
2314 3998-ref 992 . G T 461.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=30.79;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.11:495,42,0
2315 3998-ref 1009 . G T 436.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.78;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:39.11:469,39,0
2316 3998-ref 1026 . A G 518.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=35.06;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.13:552,45,0
2317 3998-ref 1188 . A T 546.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:579,45,0
2318 3998-ref 1261 . T A 306.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
2319 3998-ref 1337 . C T 170.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7981;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:201,0,236
2320 3998-ref 1400 . G A 589.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=32.76;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.15:623,48,0
2321 3998-ref 1452 . C G 83.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.15;MQ0=0;QD=6.96;SB=-0.01;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:114,0,279
2322 3998-ref 1482 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2323 3999-ref 184 . A G 749.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:783,60,0
2324 3999-ref 333 . A G 312.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:345,27,0
2325 3999-ref 413 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2326 3999-ref 414 . T G 160.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
2327 3999-ref 468 . A C 615.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.18;SB=-22.68;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:648,51,0
2328 3999-ref 652 . A G 879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.23:912,69,0
2329 3999-ref 671 . C T 17.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.83;SB=-0.01;sumGLbyD=2.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:21:47.40:47,0,648
2330 3999-ref 1026 . G A 1349.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8635;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:49.62:1382,50,0
2331 3999-ref 1301 . T C 1112.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1146,90,0
2332 4016-ref 17 . G C 273.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:307,24,0
2333 4016-ref 62 . T C 1706.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4540;MQ=36.50;MQ0=0;QD=27.97;SB=-0.01;sumGLbyD=28.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,51:60:99:1736,0,218
2334 4016-ref 103 . T C 2123.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=15.3077;MQ=36.33;MQ0=0;QD=27.94;SB=-0.01;sumGLbyD=28.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,62:75:99:2154,0,278
2335 4016-ref 141 . C G 291.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8055;MQ=36.43;MQ0=0;QD=4.11;SB=-0.01;sumGLbyD=4.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,14:70:99:322,0,1962
2336 4016-ref 172 . T A 815.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7369;MQ=36.72;MQ0=0;QD=7.55;SB=-0.01;sumGLbyD=7.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,30:106:99:846,0,2630
2337 4016-ref 183 . T C 409.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8365;MQ=36.82;MQ0=0;QD=3.72;SB=-0.01;sumGLbyD=3.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,20:109:99:439,0,3088
2338 4016-ref 189 . T C 287.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.4553;MQ=36.91;MQ0=0;QD=2.48;SB=-0.01;sumGLbyD=2.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,17:114:99:318,0,3448
2339 4016-ref 214 . C T 1353.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7548;MQ=36.92;MQ0=0;QD=10.92;SB=-0.01;sumGLbyD=11.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,45:121:99:1383,0,2620
2340 4016-ref 293 . T A 490.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4520;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.76;SB=-0.01;sumGLbyD=5.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,21:103:99:520,0,2865
2341 4016-ref 307 . C A 1613.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4278;MQ=36.81;MQ0=0;QD=15.36;SB=-0.01;sumGLbyD=15.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,50:104:99:1643,0,1740
2342 4016-ref 354 . G A 4328.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0347;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:113:99:4289,301,0
2343 4016-ref 422 . C T 3317.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7910;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:87:99:3277,222,0
2344 4016-ref 476 . T A 204.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9671;MQ=36.89;MQ0=0;QD=2.25;SB=-0.01;sumGLbyD=2.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,13:89:99:235,0,2706
2345 4016-ref 538 . G C 1775.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.98;MQ0=0;QD=34.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1809,153,0
2346 4016-ref 552 . G A 86.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7881;MQ=32.44;MQ0=0;QD=1.59;SB=-0.01;sumGLbyD=2.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,8:54:99:116,0,1443
2347 4016-ref 576 . A T 888.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.03;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=29.62;SB=-0.01;sumGLbyD=30.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.19:922,87,0
2348 4016-ref 586 . C T 830.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.97;MQ0=0;QD=28.65;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.17:864,84,0
2349 4016-ref 591 . G T 1194.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.99;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=32.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1228,114,0
2350 4016-ref 610 . A T 389.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=33.30;MQ0=0;QD=9.75;SB=-0.01;sumGLbyD=10.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:420,0,764
2351 4016-ref 644 . G A 2239.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7241;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2273,178,0
2352 4016-ref 717 . G C 429.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8658;MQ=31.92;MQ0=0;QD=12.63;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:33:99:459,0,488
2353 4016-ref 718 . C T 426.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8658;MQ=31.92;MQ0=0;QD=12.55;SB=-0.01;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:457,0,510
2354 4016-ref 723 . T C 34.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6507;MQ=31.92;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=1.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,4:21:64.25:64,0,589
2355 4016-ref 731 . T C 569.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.2528;MQ=32.49;MQ0=0;QD=14.99;SB=-0.01;sumGLbyD=15.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:37:99:600,0,482
2356 4016-ref 735 . A G 674.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.1476;MQ=33.05;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=16.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:40:99:704,0,498
2357 4016-ref 837 . G A 951.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7876;MQ=35.95;MQ0=0;QD=24.40;SB=-0.01;sumGLbyD=25.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,29:39:99:981,0,261
2358 4016-ref 861 . T A 466.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.82;MQ0=0;QD=24.56;SB=-0.01;sumGLbyD=26.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:99:497,0,101
2359 4016-ref 876 . A T 176.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.01;MQ0=0;QD=12.63;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:207,0,225
2360 4016-ref 878 . T A 116.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=33.77;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:146,0,245
2361 4079-ref 98 . A C 73.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:106,9,0
2362 4079-ref 99 . A C 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
2363 4079-ref 100 . A G 113.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0
2364 4079-ref 162 . A T 107.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.64;SB=-0.01;sumGLbyD=7.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:137,0,496
2365 4079-ref 288 . C G 492.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:525,42,0
2366 4079-ref 372 . T C 78.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:108,0,355
2367 4079-ref 391 . T G 822.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:855,66,0
2368 4079-ref 441 . A G 469.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.18;SB=-0.01;sumGLbyD=17.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:499,0,463
2369 4079-ref 506 . C A 965.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:999,78,0
2370 4079-ref 511 . C G 868.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:901,69,0
2371 4079-ref 731 . G A 760.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:794,63,0
2372 4079-ref 780 . A G 991.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.25;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1024,81,0
2373 4079-ref 819 . T G 546.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9085;MQ=35.09;MQ0=0;QD=20.22;SB=-0.01;sumGLbyD=21.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:576,0,262
2374 4079-ref 822 . C T 775.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9085;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.86;SB=-0.01;sumGLbyD=26.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:23:69.15:809,69,0
2375 4079-ref 849 . G A 595.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.26;SB=-0.01;sumGLbyD=16.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:625,0,624
2376 4116-ref 18 . G A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:71,0,29
2377 4116-ref 73 . G A 619.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=29.49;SB=-0.01;sumGLbyD=31.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.13:652,63,0
2378 4116-ref 90 . A G 533.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.77;MQ0=0;QD=28.09;SB=-0.01;sumGLbyD=29.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.11:567,57,0
2379 4116-ref 91 . A C 596.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.70;MQ0=0;QD=28.40;SB=-0.01;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.12:629,63,0
2380 4116-ref 94 . T G 599.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.70;MQ0=0;QD=28.55;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.12:632,63,0
2381 4116-ref 150 . A C 819.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.28;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:852,69,0
2382 4116-ref 163 . T C 294.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=12.29;SB=-0.01;sumGLbyD=13.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:325,0,412
2383 4116-ref 181 . C T 561.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=31.20;SB=-0.01;sumGLbyD=33.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:595,54,0
2384 4116-ref 187 . C T 323.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.94;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:12:33.07:356,33,0
2385 4116-ref 202 . C T 354.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=29.55;SB=-0.01;sumGLbyD=32.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.06:388,36,0
2386 4116-ref 214 . A T 412.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:445,39,0
2387 4116-ref 247 . A C 1138.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:31:93.28:1172,93,0
2388 4116-ref 333 . T G 765.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0436;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.96;SB=-0.01;sumGLbyD=16.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:47:99:796,0,762
2389 4116-ref 479 . G A 1602.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.29;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1635,129,0
2390 4116-ref 517 . T C 1544.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:41:99:1578,123,0
2391 4116-ref 535 . T G 1771.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:47:99:1805,141,0
2392 4116-ref 1027 . T C 2517.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5994;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:67:99:2550,178,0
2393 4116-ref 1081 . C T 2877.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8594;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:76:99:2910,226,0
2394 4228-ref 79 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2395 4228-ref 87 . T G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
2396 4228-ref 140 . A C 660.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:694,54,0
2397 4228-ref 152 . A C 867.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:901,72,0
2398 4228-ref 241 . G A 886.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:920,72,0
2399 4228-ref 268 . C T 727.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.19:760,57,0
2400 4228-ref 282 . G C 790.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:823,63,0
2401 4228-ref 341 . A G 436.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0
2402 4231-ref 961 . A C 742.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.34;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:775,60,0
2403 4231-ref 1272 . C G 1396.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2326;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1430,111,0
2404 4231-ref 1402 . G A 1377.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1411,108,0
2405 4231-ref 1422 . G C 1294.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7453;MQ=36.74;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,36:37:76.09:1328,76,0
2406 4231-ref 1529 . T C 768.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.60;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:24:11.96:801,12,0
2407 4231-ref 1576 . C G 357.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9326;MQ=36.22;MQ0=0;QD=27.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:37.86:388,0,38
2408 4231-ref 1699 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2409 4319-ref 90 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2410 4319-ref 106 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2411 4319-ref 270 . G C 120.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
2412 4319-ref 364 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2413 4319-ref 507 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
2414 4319-ref 530 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
2415 4319-ref 546 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
2416 4319-ref 631 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2417 4319-ref 670 . A G 122.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
2418 4319-ref 754 . A G 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
2419 4319-ref 789 . C T 240.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:274,21,0
2420 4319-ref 862 . C G 112.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
2421 4319-ref 1013 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:120,9,0
2422 4319-ref 1044 . G A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
2423 4319-ref 1220 . C T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
2424 4319-ref 1304 . C T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:71,0,29
2425 4319-ref 1312 . T C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:71,0,30
2426 4319-ref 1394 . T C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:108,0,27
2427 4319-ref 1408 . A G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
2428 4319-ref 1424 . T A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
2429 4319-ref 1499 . C T 94.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=27.82;MQ0=0;QD=18.83;SB=-0.01;sumGLbyD=25.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
2430 4319-ref 1523 . T C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
2431 4319-ref 1529 . T C 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
2432 4319-ref 1538 . G A 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
2433 4319-ref 1761 . G A 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
2434 4319-ref 1786 . T C 31.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ=34.39;MQ0=0;QD=7.76;SB=-0.01;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:61,0,58
2435 4319-ref 1836 . A C 234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
2436 4319-ref 1891 . T A 24.58 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.56:55,0,105
2437 4319-ref 1904 . C T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2438 4319-ref 1907 . A G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2439 4319-ref 2099 . A T 83.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
2440 4389-ref 179 . C T 2104.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5418;MQ=36.58;MQ0=0;QD=29.23;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,61:72:99:2135,0,215
2441 4389-ref 198 . G A 11.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6997;MQ=36.68;MQ0=0;QD=0.18;SB=-0.01;sumGLbyD=0.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,6:63:41.17:41,0,2004
2442 4389-ref 210 . A G 1927.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7952;MQ=36.55;MQ0=0;QD=28.34;SB=-37.00;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,58:67:99:1957,0,186
2443 4389-ref 237 . G A 2016.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8107;MQ=36.53;MQ0=0;QD=31.02;SB=-72.85;sumGLbyD=31.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,60:64:7.45:2046,0,7
2444 4389-ref 326 . A G 161.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7330;MQ=36.79;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=3.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,9:49:99:191,0,1409
2445 4389-ref 364 . C T 1821.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=9.1537;MQ=36.62;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:83.44:1855,83,0
2446 4389-ref 427 . C A 2254.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2566;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,62:66:50.43:2288,50,0
2447 4389-ref 744 . T C 103.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9491;MQ=36.87;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=1.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,10:76:99:134,0,2367
2448 4389-ref 760 . G C 65.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7322;MQ=36.87;MQ0=0;QD=0.84;SB=-0.01;sumGLbyD=1.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,9:74:95.15:95,0,2321
2449 4389-ref 841 . G T 1252.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1286,99,0
2450 4389-ref 930 . A G 92.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.1638;MQ=36.77;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=1.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,10:87:99:122,0,2706
2451 4389-ref 931 . G A 103.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1638;MQ=36.77;MQ0=0;QD=1.19;SB=-0.01;sumGLbyD=1.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,10:85:99:134,0,2661
2452 4389-ref 1041 . G C 231.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2248;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.10;SB=-37.00;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,15:109:99:261,0,3373
2453 4389-ref 1047 . T C 193.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6025;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.76;SB=-37.00;sumGLbyD=2.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,14:107:99:223,0,3296
2454 4389-ref 1412 . A T 56.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.14;SB=-0.01;sumGLbyD=21.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.55:87,0,27
2455 4389-ref 1488 . C G 236.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:269,21,0
2456 4389-ref 1499 . A G 270.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:303,24,0
2457 4389-ref 1524 . T C 179.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=19.92;SB=-0.01;sumGLbyD=23.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:82.55:209,0,83
2458 4389-ref 1574 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2459 4389-ref 1582 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2460 4395-ref 146 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2461 4395-ref 185 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2462 4395-ref 190 . T G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2463 4395-ref 342 . T C 200.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
2464 4395-ref 370 . A G 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8401;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.57:49,0,165
2465 4395-ref 414 . A T 77.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.47;SB=-0.01;sumGLbyD=21.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:17.59:107,0,18
2466 4395-ref 421 . C T 155.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
2467 4395-ref 457 . G T 19.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.36:49,0,141
2468 4395-ref 485 . A G 24.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=1.78;SB=-0.01;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:54.92:55,0,367
2469 4395-ref 500 . G T 173.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=34.78;MQ0=0;QD=12.41;SB=-0.01;sumGLbyD=14.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:204,0,230
2470 4395-ref 505 . C G 227 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=33.91;MQ0=0;QD=13.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:257,0,266
2471 4395-ref 529 . G A 219.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=13.73;SB=-0.01;sumGLbyD=15.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:250,0,220
2472 4395-ref 547 . A T 615.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=31.26;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.14:648,57,0
2473 4395-ref 552 . T A 218.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=30.07;MQ0=0;QD=13.63;SB=-0.01;sumGLbyD=15.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:248,0,192
2474 4395-ref 578 . G T 430.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.29;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:21:99:461,0,135
2475 4395-ref 593 . A G 345.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7881;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:18:99:375,0,109
2476 4395-ref 598 . A T 28.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7883;MQ=31.23;MQ0=0;QD=1.68;SB=-0.01;sumGLbyD=3.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:58.51:59,0,421
2477 4395-ref 639 . C A 79.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.00;SB=-0.01;sumGLbyD=11.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:110,0,173
2478 4395-ref 691 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2479 4395-ref 703 . C A 69.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
2480 4395-ref 704 . A G 74.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.90;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
2481 4395-ref 803 . A G 349.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:383,30,0
2482 4395-ref 854 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2483 4395-ref 872 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2484 4409-ref 190 . T A 1106.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.96;MQ0=0;QD=35.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1139,93,0
2485 4409-ref 224 . A C 873.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9983;MQ=33.63;MQ0=0;QD=34.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:906,75,0
2486 4409-ref 247 . C T 342.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:376,33,0
2487 4409-ref 260 . A C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
2488 4409-ref 295 . A C 470.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=33.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:503,42,0
2489 4409-ref 307 . C G 599.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.82;MQ0=0;QD=31.56;SB=-0.01;sumGLbyD=33.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:27.54:633,28,0
2490 4409-ref 333 . G A 986.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.59;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:65.57:1019,66,0
2491 4409-ref 415 . T C 1743.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1777,138,0
2492 4409-ref 446 . G C 1521.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1554,120,0
2493 4409-ref 581 . A G 1170.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:32:96.27:1204,96,0
2494 4409-ref 758 . A G 1750.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.47;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1783,141,0
2495 4409-ref 763 . G A 1828.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1862,147,0
2496 4409-ref 770 . G C 1791.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.56;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1825,116,0
2497 4409-ref 893 . A G 1819.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9827;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1853,144,0
2498 4409-ref 975 . C T 1858.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.17;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1892,147,0
2499 4409-ref 1007 . C T 1813.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.75;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1846,147,0
2500 4409-ref 1031 . C T 1864.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.01;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:51:99:1898,153,0
2501 4409-ref 1067 . C T 2364.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6444;MQ=35.88;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2398,187,0
2502 4409-ref 1113 . A G 2011.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.43;MQ0=0;QD=37.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2044,159,0
2503 4409-ref 1160 . C T 2705.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:72:99:2738,217,0
2504 4409-ref 1172 . T G 2721.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9153;MQ=36.04;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:74:99:2754,220,0
2505 4409-ref 1232 . G A 1091.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4967;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.10;SB=-0.01;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.26:1124,93,0
2506 4409-ref 1241 . C T 843.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:877,72,0
2507 4409-ref 1254 . T C 222.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=27.86;SB=-0.01;sumGLbyD=31.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:256,24,0
2508 4409-ref 1259 . T C 270.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:304,27,0
2509 4409-ref 1271 . G A 751.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:785,60,0
2510 4409-ref 1358 . T C 2165.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.7069;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:57:99:2199,172,0
2511 4409-ref 1376 . C T 1158.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.28:1191,93,0
2512 4461-ref 15 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2513 4461-ref 122 . T G 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.97;SB=-0.01;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:93.73:94,0,173
2514 4461-ref 162 . T C 92.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.23;SB=-0.01;sumGLbyD=12.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:122,0,210
2515 4461-ref 182 . G C 269.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:303,24,0
2516 4461-ref 210 . A T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2517 4461-ref 220 . A T 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.57;SB=-0.01;sumGLbyD=19.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.95:139,0,99
2518 4461-ref 265 . A G 151.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.71;SB=-0.01;sumGLbyD=26.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:182,0,22
2519 4461-ref 352 . C T 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.93:56,0,213
2520 4461-ref 361 . C T 203.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
2521 4461-ref 362 . G T 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
2522 4690-ref 30 . G T 283.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
2523 4690-ref 39 . G T 315.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:348,27,0
2524 4690-ref 189 . G A 845.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7005;MQ=36.64;MQ0=0;QD=30.20;SB=-0.01;sumGLbyD=31.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,25:28:35.06:876,0,35
2525 4690-ref 228 . A C 1199.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.30:1232,96,0
2526 4690-ref 464 . T C 941.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:25:75.24:974,75,0
2527 4690-ref 558 . T A 117.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9822;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.41;SB=-0.01;sumGLbyD=10.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:148,0,309
2528 4690-ref 708 . G A 438.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:471,36,0
2529 4690-ref 720 . T A 478.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:512,39,0
2530 4690-ref 750 . C T 425.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=32.70;SB=-0.01;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:458,39,0
2531 4690-ref 774 . C A 451.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:484,39,0
2532 4690-ref 801 . A G 68.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=4.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:14:98.13:98,0,300
2533 4690-ref 813 . C A 470.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.23;MQ0=0;QD=27.70;SB=-0.01;sumGLbyD=29.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45.11:504,45,0
2534 4690-ref 827 . C G 472.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=28.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.09:506,48,0
2535 4690-ref 840 . C A 466.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.05;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.09:500,48,0
2536 4690-ref 870 . T A 169.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=30.83;MQ0=0;QD=10.58;SB=-0.01;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:199,0,239
2537 4690-ref 883 . A G 509.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=0;QD=29.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.12:542,48,0
2538 4690-ref 901 . A G 496.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.06;SB=-0.01;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.12:530,45,0
2539 4690-ref 936 . A C 705.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.52;MQ0=0;QD=33.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.17:739,60,0
2540 4690-ref 945 . T C 832.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:865,72,0
2541 4690-ref 999 . C T 792 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:825,66,0
2542 4690-ref 1026 . T C 186.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.80;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:216,0,310
2543 4690-ref 1149 . T A 284.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.94;SB=-0.01;sumGLbyD=12.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:25:99:314,0,482
2544 4690-ref 1286 . T C 615.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:18.60:649,19,0
2545 4690-ref 1329 . A C 289.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9981;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:320,0,336
2546 4690-ref 1364 . G A 667.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:701,54,0
2547 4690-ref 1584 . C T 1213.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1247,96,0
2548 4755-ref 53 . C T 721.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7845;MQ=36.07;MQ0=0;QD=32.81;SB=-0.01;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.15:755,63,0
2549 4755-ref 233 . C T 932.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.09;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.23:965,78,0
2550 4755-ref 269 . T C 1143.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7875;MQ=34.87;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:62.29:1176,62,0
2551 4755-ref 272 . A C 1197.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=34.80;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1231,99,0
2552 4755-ref 402 . G A 954.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:988,78,0
2553 4755-ref 487 . A G 1161.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.3353;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.60;SB=-0.01;sumGLbyD=18.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:65:99:1192,0,944
2554 4755-ref 605 . T C 1995.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=38.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2028,156,0
2555 4755-ref 620 . C T 1547.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.52;MQ0=0;QD=36.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1581,123,0
2556 4755-ref 671 . G A 2024.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:54:99:2057,163,0
2557 4755-ref 679 . G A 1999.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.46;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:55:99:2032,165,0
2558 4755-ref 713 . C G 1738.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1771,138,0
2559 4816-ref 43 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2560 4816-ref 530 . G C 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
2561 4816-ref 557 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
2562 4816-ref 558 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
2563 4816-ref 824 . T G 319.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7876;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:352,27,0
2564 4816-ref 1019 . C T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
2565 4816-ref 1292 . A G 525.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.86;SB=-0.01;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:13.80:558,14,0
2566 4816-ref 1361 . C T 562.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=39.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:595,45,0
2567 4816-ref 1393 . C T 402.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:436,33,0
2568 4816-ref 1592 . C T 476 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:509,39,0
2569 4816-ref 1697 . A G 597.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:631,48,0
2570 4816-ref 1740 . G A 343.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:376,33,0
2571 4816-ref 1741 . T C 304.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=30.48;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:338,30,0
2572 4816-ref 1768 . T C 457.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:491,42,0
2573 4816-ref 1777 . A G 464.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:498,42,0
2574 4816-ref 1826 . C A 770.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:804,63,0
2575 4816-ref 2001 . A G 888.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:921,72,0
2576 4816-ref 2036 . A T 519.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:552,42,0
2577 4816-ref 2234 . A G 858.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:892,69,0
2578 4816-ref 2346 . A G 1096.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9633;MQ=34.93;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.27:1130,90,0
2579 4816-ref 2361 . A T 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.20:863,72,0
2580 4816-ref 2396 . G A 858.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.12;MQ0=0;QD=29.61;SB=-0.01;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:51.95:892,52,0
2581 4816-ref 2405 . A G 821.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.71;MQ0=0;QD=31.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.18:854,78,0
2582 4816-ref 2447 . G C 1067.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2579;MQ=31.41;MQ0=0;QD=30.50;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1101,99,0
2583 4816-ref 2453 . A T 954.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=32.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.22:987,87,0
2584 4816-ref 2485 . G A 620.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:654,54,0
2585 4816-ref 2621 . A T 638.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:671,51,0
2586 4816-ref 2675 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
2587 4816-ref 2679 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2588 4816-ref 2711 . G A 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
2589 4816-ref 2726 . C T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
2590 4816-ref 2757 . A G 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
2591 4890-ref 235 . T G 1064.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.27:1098,87,0
2592 4890-ref 374 . G T 596.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.37;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:630,48,0
2593 4890-ref 403 . G A 16.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.35;SB=-0.01;sumGLbyD=6.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:46.36:46,0,173
2594 4890-ref 404 . T C 13.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:43.35:43,0,201
2595 4890-ref 426 . C T 232.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
2596 4890-ref 627 . T A 43.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.62;SB=-0.01;sumGLbyD=6.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:73.48:73,0,274
2597 4890-ref 666 . T C 111.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
2598 4890-ref 789 . C A 1099.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3809;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1132,87,0
2599 4890-ref 972 . G A 987.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9525;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.99;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1021,78,0
2600 4890-ref 1015 . G C 943.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:977,75,0
2601 4890-ref 1170 . T C 1368.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.20;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1402,114,0
2602 4890-ref 1232 . C G 1281.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4741;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1315,105,0
2603 4890-ref 1256 . G C 577.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:611,48,0
2604 4890-ref 1371 . T A 509.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.05;MQ0=0;QD=29.95;SB=-0.01;sumGLbyD=31.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.11:542,51,0
2605 4890-ref 1380 . T A 547.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.84;MQ0=0;QD=30.41;SB=-0.01;sumGLbyD=32.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.12:580,54,0
2606 4890-ref 1398 . G A 717.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=31.04;MQ0=0;QD=32.60;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.16:750,66,0
2607 4890-ref 1408 . G C 713.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.95;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.17:746,63,0
2608 4890-ref 1483 . T C 476.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:510,39,0
2609 4890-ref 1524 . G A 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
2610 4890-ref 1575 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2611 4890-ref 1655 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2612 4979-ref 67 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2613 4979-ref 71 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2614 4979-ref 90 . G T 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
2615 4979-ref 140 . T A 458.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.37;MQ0=0;QD=28.67;SB=-0.01;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.12:492,39,0
2616 4979-ref 185 . T A 356.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:390,30,0
2617 4979-ref 382 . A G 883.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.23:917,69,0
2618 4979-ref 449 . C G 424.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:457,36,0
2619 4979-ref 460 . T C 420.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:454,36,0
2620 4979-ref 465 . A T 343.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:376,30,0
2621 4979-ref 670 . A G 1089.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1122,87,0
2622 4979-ref 697 . A G 97.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.22;SB=-0.01;sumGLbyD=5.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:21:99:127,0,568
2623 4979-ref 833 . G A 802.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.48;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:836,66,0
2624 4979-ref 847 . C T 734.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:767,60,0
2625 4979-ref 958 . C T 309.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:342,27,0
2626 4979-ref 1072 . C G 400.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:434,33,0
2627 4979-ref 1212 . A G 556.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:589,45,0
2628 4979-ref 1255 . T C 435.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:13:36.12:469,36,0
2629 4979-ref 1371 . C T 534.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:568,48,0
2630 4979-ref 1450 . C A 280.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8646;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.67;SB=-0.01;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:311,0,671
2631 4979-ref 1480 . T A 872.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:906,69,0
2632 4979-ref 1695 . A G 1570.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1604,123,0
2633 4979-ref 1735 . C A 1753 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5993;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1786,138,0
2634 4979-ref 1836 . A C 1239.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.9960;MQ=36.07;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1272,99,0
2635 4979-ref 1844 . A G 1079.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1113,87,0
2636 4979-ref 1877 . C A 1061.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9224;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:87.27:1094,87,0
2637 4979-ref 1932 . T G 827.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:861,66,0
2638 4979-ref 1946 . T A 586.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:619,48,0
2639 5021-ref 135 . G T 12141.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3544;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.13;SB=-1074.72;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,327:314:99:12140,945,0
2640 5021-ref 146 . G A 15128.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=395;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.3645;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.30;SB=-1156.30;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,394:389:99:15127,1171,0
2641 5021-ref 312 . A G 10913.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=284;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.4462;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,283:281:99:10873,843,0
2642 5021-ref 418 . G T 12714.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3125;MQ=35.97;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,335:333:99:12678,999,0
2643 5021-ref 433 . G A 14197.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=8.3880;MQ=36.00;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,372:372:99:14128,1052,0
2644 5021-ref 460 . A G 15341.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.8070;MQ=36.19;MQ0=0;QD=38.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,400:398:99:15303,1195,0
2645 5046-ref 350 . A C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
2646 5046-ref 402 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2647 5046-ref 449 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2648 5046-ref 500 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2649 5046-ref 502 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2650 5046-ref 513 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2651 5046-ref 631 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2652 5046-ref 703 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
2653 5046-ref 926 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2654 5049-ref 48 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2655 5049-ref 114 . T C 71.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.88;SB=-0.01;sumGLbyD=26.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:104,9,0
2656 5049-ref 545 . A T 849.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:883,69,0
2657 5049-ref 641 . A T 1047.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:28:84.26:1080,84,0
2658 5049-ref 746 . T C 1921.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9912;MQ=36.62;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1955,153,0
2659 5049-ref 986 . A G 1549.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:86.41:1583,86,0
2660 5049-ref 1421 . A C 354.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7818;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.85;SB=-0.01;sumGLbyD=22.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:28.55:384,0,29
2661 5139-ref 121 . C T 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:71,0,21
2662 5139-ref 153 . T A 114.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.69;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
2663 5139-ref 208 . T A 99.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.38;SB=-0.01;sumGLbyD=16.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:129,0,135
2664 5139-ref 293 . A G 616.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6208;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:650,51,0
2665 5139-ref 360 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2666 5139-ref 419 . A G 306.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
2667 5139-ref 420 . A T 299.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:332,27,0
2668 5139-ref 471 . G A 842.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=36.63;SB=-40.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.21:876,69,0
2669 5139-ref 539 . A T 133.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.64;SB=-0.01;sumGLbyD=33.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:166,15,0
2670 5139-ref 565 . A G 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
2671 5139-ref 585 . A G 122.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.01;MQ0=0;QD=17.51;SB=-0.01;sumGLbyD=21.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.95:153,0,59
2672 5139-ref 595 . G T 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4687;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,114
2673 5139-ref 632 . G A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
2674 5139-ref 675 . A T 67.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.90;SB=-0.01;sumGLbyD=24.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:98,0,28
2675 5139-ref 726 . G A 432.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:465,36,0
2676 5139-ref 808 . C A 557.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:591,45,0
2677 5139-ref 988 . T G 423.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:457,36,0
2678 5139-ref 998 . A G 307.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=25.58;SB=-0.01;sumGLbyD=28.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:43.90:337,0,44
2679 5139-ref 1031 . T C 364.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=33.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:397,33,0
2680 5139-ref 1040 . C G 135.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=12.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:165,0,157
2681 5139-ref 1042 . G A 135.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=12.31;SB=-0.01;sumGLbyD=15.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:165,0,156
2682 5139-ref 1082 . T G 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:10:15.03:158,15,0
2683 5139-ref 1093 . T A 52.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=30.72;MQ0=0;QD=7.43;SB=-0.01;sumGLbyD=11.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:82.01:82,0,102
2684 5139-ref 1103 . A T 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
2685 5139-ref 1116 . G A 106.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
2686 5139-ref 1131 . G A 104.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:137,12,0
2687 5139-ref 1169 . G T 126 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=17.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:156,0,133
2688 5139-ref 1194 . C T 305.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
2689 5139-ref 1229 . T C 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
2690 5139-ref 1249 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2691 5139-ref 1288 . G T 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,141
2692 5139-ref 1310 . G C 19.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.91:50,0,283
2693 5139-ref 1355 . G C 309.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:343,27,0
2694 5139-ref 1364 . G T 194.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:228,18,0
2695 5139-ref 1473 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2696 5140-ref 55 . G C 42.72 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
2697 5140-ref 108 . G C 530.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:564,45,0
2698 5140-ref 189 . A G 562.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8888;MQ=36.29;MQ0=0;QD=13.08;SB=-0.01;sumGLbyD=13.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:39:99:592,0,640
2699 5140-ref 241 . T C 570.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=35.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:603,48,0
2700 5140-ref 245 . C T 443.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.09:477,39,0
2701 5140-ref 266 . C A 33.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.29;SB=-0.01;sumGLbyD=15.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:20.60:63,0,21
2702 5140-ref 274 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2703 5140-ref 275 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2704 5140-ref 281 . G A 123.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=24.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:156,15,0
2705 5140-ref 345 . G A 885.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.60;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.23:919,72,0
2706 5140-ref 407 . T C 1121.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1155,87,0
2707 5140-ref 429 . A G 1060.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1093,84,0
2708 5140-ref 514 . G T 1029.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9822;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:28:81.26:1063,81,0
2709 5140-ref 677 . G T 13.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.32;SB=-0.01;sumGLbyD=4.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:42.95:43,0,290
2710 5140-ref 733 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
2711 5161-ref 15 . T C 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
2712 5161-ref 19 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
2713 5161-ref 401 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
2714 5161-ref 422 . C A 298.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=36.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:332,27,0
2715 5161-ref 628 . A T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2716 5161-ref 706 . T C 114.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
2717 5161-ref 740 . A G 257.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:290,24,0
2718 5161-ref 934 . A G 237.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
2719 5161-ref 988 . A G 16.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.96:46,0,240
2720 5161-ref 1421 . G C 11.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.86;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.89:41,0,388
2721 5161-ref 1534 . G A 274.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
2722 5161-ref 1752 . G A 443.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.65;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:2.07:473,2,0
2723 5161-ref 1757 . G C 411.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.88:440,0,1
2724 5183-ref 31 . T C 19.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.36:49,0,137
2725 5183-ref 121 . T C 776.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:810,63,0
2726 5183-ref 174 . C T 326.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.90:356,0,7
2727 5183-ref 199 . C A 254.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.41;SB=-0.01;sumGLbyD=28.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:9:8.17:284,0,8
2728 5183-ref 319 . T C 125.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.48;SB=-0.01;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:156,0,234
2729 5183-ref 488 . C T 587.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.15:620,48,0
2730 5183-ref 523 . C T 203.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.57;SB=-0.01;sumGLbyD=15.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:233,0,256
2731 5183-ref 647 . T G 82.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
2732 5183-ref 661 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
2733 5183-ref 666 . T C 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
2734 5183-ref 947 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2735 5183-ref 972 . T C 25.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8662;MQ=34.04;MQ0=0;QD=6.41;SB=-0.01;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.64:56,0,68
2736 5195-ref 315 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2737 5205-ref 105 . T G 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:277,21,0
2738 5205-ref 179 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
2739 5205-ref 192 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
2740 5205-ref 226 . C G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=27.37;MQ0=0;QD=19.23;SB=-0.01;sumGLbyD=24.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15.03:148,15,0
2741 5205-ref 230 . C A 149.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=24.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:182,18,0
2742 5205-ref 252 . G A 214.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:247,21,0
2743 5205-ref 290 . T C 215.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:249,21,0
2744 5205-ref 315 . G A 191.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:224,21,0
2745 5205-ref 350 . T C 195.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.88;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:228,21,0
2746 5205-ref 363 . G A 153.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:187,18,0
2747 5205-ref 369 . G A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
2748 5205-ref 391 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2749 5205-ref 407 . G T 134.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:167,15,0
2750 5205-ref 408 . T G 142.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:175,15,0
2751 5205-ref 459 . T G 630.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.76;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.14:664,60,0
2752 5205-ref 469 . T A 592.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.32;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=32.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.13:625,57,0
2753 5205-ref 495 . T C 466.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.65;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.10:500,48,0
2754 5205-ref 504 . G A 322.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:355,36,0
2755 5205-ref 533 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2756 5205-ref 535 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2757 5205-ref 555 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2758 5205-ref 588 . A G 517.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:551,42,0
2759 5205-ref 609 . G A 882.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.23:916,69,0
2760 5205-ref 674 . T C 622.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ=34.25;MQ0=0;QD=32.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.15:656,54,0
2761 5205-ref 714 . T C 444.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:477,42,0
2762 5205-ref 736 . T G 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=23.10;SB=-0.01;sumGLbyD=27.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.04:218,21,0
2763 5205-ref 741 . G A 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
2764 5205-ref 751 . G C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
2765 5205-ref 814 . C T 335.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=33.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:369,30,0
2766 5205-ref 840 . T C 524.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:557,48,0
2767 5205-ref 872 . A G 531.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=33.22;SB=-40.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:565,48,0
2768 5205-ref 886 . A G 344.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.34;SB=-40.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:378,33,0
2769 5205-ref 894 . G C 275.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=30.57;SB=-40.00;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:308,27,0
2770 5205-ref 934 . G T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2771 5205-ref 975 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2772 5205-ref 1042 . A G 30.88 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.44;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:62,6,0
2773 5205-ref 1106 . A G 155.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0
2774 5205-ref 1111 . G T 118.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=23.65;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:151,15,0
2775 5205-ref 1112 . C T 122.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.55;SB=-0.01;sumGLbyD=31.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:155,15,0
2776 5205-ref 1131 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
2777 5205-ref 1185 . G C 78.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
2778 5205-ref 1186 . G A 75.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.04;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
2779 5205-ref 1289 . G T 461.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=31.18;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:495,45,0
2780 5205-ref 1293 . T A 349.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.19;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=29.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.08:383,36,0
2781 5205-ref 1295 . T G 316.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=28.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:349,33,0
2782 5205-ref 1298 . T C 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
2783 5205-ref 1348 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=10.75;SB=-0.01;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:4:12.02:118,12,0
2784 5205-ref 1377 . C A 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
2785 5205-ref 1383 . A G 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
2786 5205-ref 1393 . G T 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
2787 5205-ref 1423 . T C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
2788 5205-ref 1424 . T A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
2789 5205-ref 1441 . C A 272.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=31.04;MQ0=0;QD=24.81;SB=-0.01;sumGLbyD=27.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:306,27,0
2790 5205-ref 1442 . A G 340.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=30.99;SB=-0.01;sumGLbyD=33.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:374,33,0
2791 5205-ref 1508 . C T 1120.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=36.35;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1153,90,0
2792 5205-ref 1575 . G T 254.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.44;SB=-0.01;sumGLbyD=28.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.06:287,27,0
2793 5205-ref 1577 . G C 278.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=27.81;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:311,30,0
2794 5205-ref 1590 . C T 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
2795 5205-ref 1600 . A G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
2796 5214-ref 261 . A T 937.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:25:75.24:970,75,0
2797 5214-ref 290 . C T 230.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=8.55;SB=-0.01;sumGLbyD=9.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:261,0,607
2798 5214-ref 425 . G A 204.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8154;MQ=36.47;MQ0=0;QD=10.78;SB=-0.01;sumGLbyD=12.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:235,0,371
2799 5214-ref 429 . G T 131.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8154;MQ=36.40;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:161,0,383
2800 5214-ref 545 . G A 779.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.15;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=33.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:29.21:813,29,0
2801 5214-ref 547 . A G 766.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.15;MQ0=0;QD=31.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:24:29.20:799,29,0
2802 5214-ref 634 . A T 400.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33.11:434,33,0
2803 5214-ref 663 . A G 197.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.74;SB=-0.01;sumGLbyD=22.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:82.08:227,0,82
2804 5214-ref 710 . T A 414.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=34.21;MQ0=0;QD=27.67;SB=-0.01;sumGLbyD=29.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:2.08:445,2,0
2805 5214-ref 747 . C T 639.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.69;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:673,54,0
2806 5214-ref 750 . C T 725.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.12;MQ0=0;QD=32.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:31.84:759,32,0
2807 5263-ref 84 . T C 275.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0
2808 5263-ref 86 . G A 269.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:303,24,0
2809 5263-ref 148 . A G 387.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:421,33,0
2810 5263-ref 187 . T C 275.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0
2811 5263-ref 222 . A G 430.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:463,36,0
2812 5263-ref 232 . C T 422.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:456,36,0
2813 5263-ref 283 . C T 464.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:497,39,0
2814 5263-ref 303 . A T 433.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:466,36,0
2815 5263-ref 305 . A T 433.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:467,36,0
2816 5263-ref 371 . A C 315.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.67;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:5.42:346,5,0
2817 5263-ref 387 . T C 353.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.48;SB=-0.01;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.91:383,0,4
2818 5263-ref 470 . C T 607.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:51.15:640,51,0
2819 5263-ref 525 . G T 397.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:431,33,0
2820 5263-ref 621 . T C 435.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:468,39,0
2821 5263-ref 622 . C A 432.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:466,39,0
2822 5263-ref 653 . T G 510.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.71;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.09:544,48,0
2823 5263-ref 678 . C A 514.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.13:547,45,0
2824 5263-ref 787 . T A 239.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:272,21,0
2825 5263-ref 801 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
2826 5263-ref 812 . T G 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
2827 5263-ref 914 . T C 243.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0
2828 5263-ref 949 . A C 562.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=39.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:595,45,0
2829 5263-ref 954 . A T 477.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-0.01;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.14:508,5,0
2830 5263-ref 1040 . T A 322.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=32.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:356,30,0
2831 5263-ref 1042 . T C 284.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:318,27,0
2832 5263-ref 1049 . G A 237.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=29.69;SB=-0.01;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:270,24,0
2833 5375-ref 219 . A G 284.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
2834 5375-ref 583 . G A 146.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.46;SB=-0.01;sumGLbyD=29.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:177,0,22
2835 5375-ref 728 . T A 394.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:427,33,0
2836 5375-ref 780 . G C 280.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:314,24,0
2837 5375-ref 928 . C G 470.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.12:504,39,0
2838 5375-ref 1002 . T G 235.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:268,24,0
2839 5375-ref 1008 . G A 234.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:267,24,0
2840 5375-ref 1010 . G A 232.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.12;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:266,24,0
2841 5375-ref 1046 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
2842 5439-ref 120 . T A 146.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.35;SB=-0.01;sumGLbyD=29.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.92:176,0,19
2843 5439-ref 234 . T C 531.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:564,48,0
2844 5439-ref 256 . C A 301.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=27.43;SB=-0.01;sumGLbyD=30.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.07:335,30,0
2845 5439-ref 268 . C T 432.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:465,42,0
2846 5439-ref 277 . A C 396.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=30.72;MQ0=0;QD=28.31;SB=-0.01;sumGLbyD=30.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.09:429,39,0
2847 5439-ref 330 . T C 487.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.97;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:521,45,0
2848 5439-ref 332 . C T 412.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:445,39,0
2849 5439-ref 339 . C T 22.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.22;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=3.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:12:52.77:53,0,295
2850 5439-ref 353 . A C 452.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:486,42,0
2851 5439-ref 381 . T G 525.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=30.92;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:11.15:558,11,0
2852 5439-ref 382 . T C 645.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:679,54,0
2853 5439-ref 436 . G T 644.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.15:678,60,0
2854 5439-ref 457 . C A 260.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:293,30,0
2855 5439-ref 460 . T C 261.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.13;SB=-0.01;sumGLbyD=29.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:294,30,0
2856 5439-ref 470 . A C 328.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.21;MQ0=0;QD=27.34;SB=-0.01;sumGLbyD=30.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:361,36,0
2857 5439-ref 487 . G A 418.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.86;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:7.77:450,8,0
2858 5439-ref 570 . A G 714.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6251;MQ=36.54;MQ0=0;QD=32.48;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:35.60:748,36,0
2859 5439-ref 649 . G A 577.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:611,48,0
2860 5439-ref 794 . G C 678.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.68;MQ0=0;QD=21.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:709,0,335
2861 5439-ref 847 . A G 823.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4521;MQ=36.61;MQ0=0;QD=31.66;SB=-0.01;sumGLbyD=32.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:24:36.10:856,36,0
2862 5439-ref 959 . G A 1002.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:27:81.23:1035,81,0
2863 5439-ref 1039 . A G 863.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:897,72,0
2864 5439-ref 1075 . T C 1207.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.30:1240,96,0
2865 5439-ref 1237 . T C 1728.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7549;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1761,135,0
2866 5439-ref 1333 . T C 2516.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.39;MQ0=0;QD=38.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2549,199,0
2867 5439-ref 1336 . A G 2408.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.37;MQ0=0;QD=37.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:63:99:2442,190,0
2868 5439-ref 1373 . G A 1634.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1668,129,0
2869 5439-ref 1510 . C T 680.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=29.38;MQ0=0;QD=27.22;SB=-0.01;sumGLbyD=28.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:23:69.14:713,69,0
2870 5439-ref 1517 . C G 718.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.95;SB=-0.01;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.15:752,72,0
2871 5439-ref 1532 . A T 569.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.73;MQ0=0;QD=28.49;SB=-29.63;sumGLbyD=30.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:603,60,0
2872 5439-ref 1543 . G A 582.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.72;SB=-29.63;sumGLbyD=29.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.10:615,63,0
2873 5439-ref 1563 . A C 463.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:496,45,0
2874 5439-ref 1588 . T C 830.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.34;MQ0=0;QD=31.93;SB=-0.01;sumGLbyD=33.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:24:72.20:863,72,0
2875 5439-ref 1593 . G T 895.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.34;MQ0=0;QD=34.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.21:929,78,0
2876 5439-ref 1627 . C A 1479.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.33;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1512,123,0
2877 5439-ref 1735 . T A 70.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.72;SB=-0.01;sumGLbyD=25.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:103,9,0
2878 5439-ref 1737 . T A 39.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
2879 5461-ref 67 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2880 5461-ref 465 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2881 5461-ref 1208 . A T 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
2882 5461-ref 1257 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
2883 5461-ref 1292 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2884 5461-ref 1454 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2885 5510-ref 107 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
2886 5510-ref 126 . T A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
2887 5510-ref 153 . G A 101.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:132,0,62
2888 5510-ref 181 . T A 135.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=19.37;SB=-0.01;sumGLbyD=23.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.95:166,0,59
2889 5510-ref 293 . G T 26.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.95;SB=-0.01;sumGLbyD=18.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:57,0,31
2890 5510-ref 477 . C T 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
2891 5510-ref 685 . G T 32.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.78;SB=-0.01;sumGLbyD=20.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:22.52:62,0,23
2892 5510-ref 689 . G C 34.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.64;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.10:65,0,27
2893 5510-ref 1030 . T C 1273.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.74;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:36:69.03:1307,69,0
2894 5510-ref 1050 . C G 45.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5658;MQ=36.85;MQ0=0;QD=0.67;SB=-0.01;sumGLbyD=1.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,7:65:75.09:75,0,1964
2895 5510-ref 1111 . G A 2678.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5568;MQ=36.88;MQ0=0;QD=33.06;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,76:78:79.01:2711,79,0
2896 5510-ref 1263 . C A 812.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.8617;MQ=36.01;MQ0=0;QD=26.20;SB=-0.01;sumGLbyD=27.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,25:31:99:842,0,143
2897 5510-ref 1265 . A G 768.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8282;MQ=36.05;MQ0=0;QD=24.00;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,24:32:99:798,0,212
2898 5510-ref 1276 . C T 127.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:157,0,207
2899 5510-ref 1285 . C T 82.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=6.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:112,0,241
2900 5510-ref 1328 . C G 360.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.97;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=10.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:391,0,769
2901 5510-ref 1349 . C T 732.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=20.94;SB=-0.01;sumGLbyD=21.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,25:35:99:763,0,275
2902 5510-ref 1350 . A G 708.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=20.24;SB=-0.01;sumGLbyD=21.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,25:34:99:738,0,276
2903 5510-ref 1352 . G C 717.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=22.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,24:32:99:747,0,213
2904 5510-ref 1369 . G T 235.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=26.19;SB=-0.01;sumGLbyD=29.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.04:269,27,0
2905 5510-ref 1382 . A T 90.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.17;SB=-0.01;sumGLbyD=24.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:121,0,15
2906 5510-ref 1423 . G T 83.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.76;SB=-0.01;sumGLbyD=28.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:116,12,0
2907 5510-ref 1425 . G A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,59
2908 5510-ref 1448 . G T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
2909 5510-ref 1459 . T G 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
2910 5554-ref 94 . A C 351.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:385,30,0
2911 5554-ref 120 . C T 938.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:75.22:972,75,0
2912 5554-ref 127 . T G 280.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.78;SB=-0.01;sumGLbyD=11.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:310,0,552
2913 5554-ref 177 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:120,9,0
2914 5556-ref 94 . C G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
2915 5556-ref 165 . G C 199.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
2916 5556-ref 185 . C T 284.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:318,24,0
2917 5556-ref 186 . C T 284.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
2918 5556-ref 245 . C T 261.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:295,24,0
2919 5556-ref 300 . G T 583.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:616,48,0
2920 5556-ref 399 . G A 437.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.48;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:471,36,0
2921 5556-ref 710 . C G 592.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=34.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:14.17:626,14,0
2922 5556-ref 799 . A C 13.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:43.35:43,0,195
2923 5556-ref 800 . T A 13.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:43.35:43,0,201
2924 5556-ref 840 . G T 631.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9933;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:665,51,0
2925 5556-ref 909 . G A 179.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:213,18,0
2926 5556-ref 913 . C A 137.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.59;SB=-0.01;sumGLbyD=34.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:171,15,0
2927 5556-ref 915 . G T 99.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=24.95;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:132,12,0
2928 5556-ref 1129 . C T 1122.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1156,90,0
2929 5556-ref 1156 . C T 957.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:990,78,0
2930 5556-ref 1217 . C T 487.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=30.37;MQ0=0;QD=24.39;SB=-0.01;sumGLbyD=26.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:18:14.12:521,14,0
2931 5556-ref 1225 . G T 506.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5655;MQ=30.37;MQ0=0;QD=25.35;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:19:17.13:540,17,0
2932 5556-ref 1233 . G A 500.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5655;MQ=29.76;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:17.80:533,18,0
2933 5556-ref 1242 . C T 400.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=25.03;SB=-0.01;sumGLbyD=27.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:10.29:433,10,0
2934 5556-ref 1289 . G A 430.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:463,36,0
2935 5556-ref 1311 . G T 450.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:483,39,0
2936 5556-ref 1326 . A G 722.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:19:57.19:756,57,0
2937 5556-ref 1437 . T C 1125.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=36.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1159,90,0
2938 5556-ref 1466 . A C 1158.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1191,93,0
2939 5556-ref 1472 . T A 1159.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.68;MQ0=0;QD=37.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1193,93,0
2940 5556-ref 1638 . A G 17.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:10:47.06:47,0,271
2941 5556-ref 1655 . C A 40.36 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8050;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:11:70.36:70,0,264
2942 5556-ref 1656 . A G 34.11 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8050;MQ=35.42;MQ0=0;QD=2.62;SB=-0.01;sumGLbyD=4.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:11:64.10:64,0,271
2943 5556-ref 1809 . T A 1760.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1794,138,0
2944 5556-ref 1953 . A G 1962.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:52:99:1996,156,0
2945 5556-ref 2121 . A G 1653.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5050;MQ=36.78;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1686,99,0
2946 5556-ref 2207 . G C 2662.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6532;MQ=36.29;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2696,214,0
2947 5556-ref 2243 . A C 2382.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2971;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2416,166,0
2948 5556-ref 2280 . A G 2013.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1602;MQ=36.64;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:99:2047,130,0
2949 5556-ref 2350 . C T 1735.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7876;MQ=36.59;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:72.21:1769,72,0
2950 5556-ref 2374 . G A 1894.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2689;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:49:99:1928,147,0
2951 5556-ref 2413 . A G 1711.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1745,101,0
2952 5556-ref 2451 . A G 1382.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.39;SB=-36.14;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1416,111,0
2953 5556-ref 2473 . C T 1032.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9363;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.90;SB=-30.97;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,31:37:65.45:1062,0,65
2954 5556-ref 2576 . G A 435.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:468,36,0
2955 5561-ref 3 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
2956 5561-ref 40 . A C 1931.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:99:1965,119,0
2957 5561-ref 41 . G A 1912.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9623;MQ=36.81;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:92.09:1946,92,0
2958 5561-ref 116 . T C 507.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6617;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.69;SB=-0.01;sumGLbyD=13.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:537,0,704
2959 5561-ref 131 . A C 535.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=27.9839;MQ=34.07;MQ0=0;QD=21.42;SB=-0.01;sumGLbyD=22.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:565,0,181
2960 5561-ref 133 . C G 413.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.9736;MQ=34.66;MQ0=0;QD=13.33;SB=-0.01;sumGLbyD=14.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:24:99:443,0,301
2961 5561-ref 136 . G C 340.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9979;MQ=34.80;MQ0=0;QD=10.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:371,0,641
2962 5561-ref 138 . G T 50.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9979;MQ=34.66;MQ0=0;QD=1.64;SB=-0.01;sumGLbyD=2.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,5:31:80.89:81,0,866
2963 5561-ref 140 . T A 87.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9658;MQ=34.66;MQ0=0;QD=2.81;SB=-0.01;sumGLbyD=3.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:30:99:117,0,754
2964 5561-ref 148 . A G 1839.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1873,144,0
2965 5561-ref 181 . A C 3536.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7705;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.23;SB=-76.14;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:93:99:3537,280,0
2966 5561-ref 217 . A C 5280.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4758;MQ=34.99;MQ0=0;QD=36.67;SB=-40.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,143:142:99:5245,393,0
2967 5561-ref 259 . C G 2311.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.5625;MQ=33.10;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2345,202,0
2968 5561-ref 270 . C T 1004.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.16;MQ0=0;QD=30.44;SB=-0.01;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1038,99,0
2969 5561-ref 274 . T C 554.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.73;SB=-0.01;sumGLbyD=29.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.10:588,60,0
2970 5561-ref 319 . A G 436.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.70;MQ0=0;QD=12.85;SB=-0.01;sumGLbyD=13.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:33:99:467,0,605
2971 5561-ref 592 . T C 3638.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0798;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:94:99:3598,243,0
2972 5561-ref 749 . A T 2579.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2612,202,0
2973 5561-ref 788 . C A 741.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.60;MQ0=0;QD=29.65;SB=-0.01;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:23:29.19:774,29,0
2974 5561-ref 807 . A G 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.98:67,0,31
2975 5561-ref 850 . A G 1430.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:85.83:1463,86,0
2976 5561-ref 882 . G A 2758.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5937;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2792,214,0
2977 5561-ref 1045 . G A 1698.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5680;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,54:105:99:1728,0,1711
2978 5561-ref 1151 . C G 3014.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2084;MQ=36.12;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:3047,204,0
2979 5561-ref 1207 . G A 915.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7822;MQ=36.02;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=12.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,31:72:99:945,0,1390
2980 5561-ref 1209 . C G 2804.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7400;MQ=36.10;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:77:99:2837,192,0
2981 5561-ref 1369 . A G 885.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.69;MQ0=0;QD=13.42;SB=-0.01;sumGLbyD=13.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:65:99:916,0,1171
2982 5561-ref 1408 . C T 2496.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4949;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:65:99:2530,196,0
2983 5561-ref 1561 . C G 1845.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6795;MQ=36.26;MQ0=0;QD=33.56;SB=-0.01;sumGLbyD=34.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,52:54:90.33:1879,90,0
2984 5561-ref 1563 . A T 726.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6808;MQ=36.04;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=14.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:756,0,899
2985 5561-ref 1582 . G A 2076.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.04;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2109,174,0
2986 5561-ref 1616 . G A 1812.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.55;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1846,150,0
2987 5561-ref 1619 . T C 1589.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.51;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:44:99:1622,132,0
2988 5606-ref 445 . A G 1856.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2348;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1890,150,0
2989 5606-ref 544 . G A 1286.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1319,102,0
2990 5606-ref 810 . A G 1666.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1324;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1700,132,0
2991 5606-ref 953 . A T 1581.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1614,126,0
2992 5606-ref 1037 . C T 2388.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6511;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2421,187,0
2993 5606-ref 1454 . G A 2399.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9623;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2432,187,0
2994 5606-ref 1508 . T C 3527.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9951;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:92:99:3491,241,0
2995 5606-ref 1589 . G T 3901.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7184;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:103:99:3902,310,0
2996 5606-ref 1616 . T C 3936.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5281;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:103:99:3936,310,0
2997 5606-ref 1691 . T C 2963.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.75;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:77:99:2997,232,0
2998 5606-ref 1723 . C A 3014.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2823;MQ=36.88;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:82:99:3048,244,0
2999 5606-ref 1844 . C T 3553.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3103;MQ=36.38;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,95:96:99:3452,188,0
3000 5606-ref 1877 . T C 4172.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2983;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,112:112:99:4024,188,0
3001 5606-ref 1913 . T C 3167.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.81;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:85:99:3200,256,0
3002 5606-ref 1949 . C G 2576.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7293;MQ=33.91;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=33.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:75:99:2610,186,0
3003 5606-ref 1967 . T C 2461.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=0;QD=32.82;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:75:99:2495,186,0
3004 5606-ref 1972 . C G 2245.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.70;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2278,162,0
3005 5606-ref 2015 . A G 3470.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1358;MQ=35.79;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:92:99:3470,277,0
3006 5606-ref 2187 . C T 5133.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8364;MQ=36.55;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:132:99:5093,357,0
3007 5606-ref 2204 . C G 4945.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=8.6880;MQ=34.34;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:135:99:4904,366,0
3008 5606-ref 2249 . G A 2150.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.86;MQ0=0;QD=31.62;SB=-0.01;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2183,204,0
3009 5606-ref 2252 . G T 1884.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.95;MQ0=0;QD=30.39;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:61:99:1917,183,0
3010 5606-ref 2263 . A C 1739.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.26;MQ0=0;QD=29.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,58:60:99:1773,111,0
3011 5606-ref 2296 . C T 1615.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.79;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1648,150,0
3012 5606-ref 2343 . C T 997.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9984;MQ=31.42;MQ0=0;QD=26.95;SB=-0.01;sumGLbyD=27.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,34:37:2.27:1026,2,0
3013 5606-ref 2344 . A C 1151.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9984;MQ=31.42;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:71.27:1185,71,0
3014 5606-ref 2351 . G A 843.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.12;MQ0=0;QD=29.07;SB=-0.01;sumGLbyD=30.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:47.20:876,47,0
3015 5606-ref 2419 . C T 464.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4676;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:497,39,0
3016 5606-ref 2422 . A T 429.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:4.33:460,4,0
3017 5606-ref 2425 . T C 461 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:494,39,0
3018 5698-ref 28 . G A 192.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.48;MQ0=0;QD=8.76;SB=-71.79;sumGLbyD=10.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:223,0,488
3019 5698-ref 52 . G A 334.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.61;MQ0=0;QD=11.54;SB=-73.31;sumGLbyD=12.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:365,0,591
3020 5698-ref 59 . G A 629.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.67;MQ0=0;QD=17.98;SB=6.01;sumGLbyD=18.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:33:99:659,0,447
3021 5698-ref 147 . T C 702.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.77;MQ0=0;QD=16.33;SB=-0.01;sumGLbyD=17.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:732,0,697
3022 5698-ref 191 . A G 769.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.69;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=22.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:800,0,252
3023 5698-ref 208 . G T 258.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8931;MQ=32.30;MQ0=0;QD=8.07;SB=-0.01;sumGLbyD=9.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:288,0,645
3024 5698-ref 230 . T C 652.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.14;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=32.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.14:686,63,0
3025 5698-ref 232 . G A 582.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.32;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.13:615,57,0
3026 5698-ref 240 . C A 170.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=8.53;SB=-0.01;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:201,0,312
3027 5698-ref 271 . G A 34.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:64.82:65,0,124
3028 5698-ref 274 . T C 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
3029 5698-ref 282 . C G 73.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.71;SB=-0.01;sumGLbyD=20.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.59:103,0,15
3030 5698-ref 291 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9884;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.02:118,12,0
3031 5698-ref 305 . G A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3032 5698-ref 354 . G T 114.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:147,12,0
3033 5698-ref 391 . G A 19.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:49.92:50,0,279
3034 5698-ref 397 . T G 244.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=24.43;SB=-0.01;sumGLbyD=27.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.92:274,0,50
3035 5698-ref 415 . T C 15.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.98;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=4.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.17:45,0,279
3036 5714-ref 1112 . A G 599.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:632,48,0
3037 5714-ref 1536 . A T 737.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:771,60,0
3038 5714-ref 1648 . T C 392.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:425,33,0
3039 5714-ref 1698 . G T 11.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:41.25:41,0,68
3040 5714-ref 1737 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3041 5725-ref 58 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3042 5725-ref 87 . A T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
3043 5725-ref 299 . C G 38.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.73;SB=-0.01;sumGLbyD=22.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:17.66:68,0,18
3044 5725-ref 302 . T A 27.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.24;SB=-0.01;sumGLbyD=19.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.33:58,0,25
3045 5725-ref 394 . T A 24.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8649;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:54.18:54,0,127
3046 5725-ref 399 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3047 5725-ref 516 . C T 153.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0
3048 5725-ref 629 . G A 244.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
3049 5725-ref 730 . A G 404.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.81;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:438,33,0
3050 5725-ref 741 . C T 399.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:432,33,0
3051 5725-ref 891 . A G 469.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:503,39,0
3052 5725-ref 1054 . T A 165.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.60;SB=-0.01;sumGLbyD=27.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.96:195,0,19
3053 5725-ref 1296 . C A 366.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=39.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
3054 5738-ref 59 . C G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
3055 5738-ref 69 . G T 42.68 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
3056 5738-ref 103 . C G 138.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:171,15,0
3057 5738-ref 106 . A G 354.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3359;MQ=34.50;MQ0=0;QD=27.26;SB=-0.01;sumGLbyD=29.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:11:33.09:387,33,0
3058 5738-ref 122 . T C 51.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9674;MQ=30.34;MQ0=0;QD=1.61;SB=-0.01;sumGLbyD=2.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,6:32:81.54:82,0,789
3059 5738-ref 136 . A G 78.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=30.19;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=3.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:99:108,0,790
3060 5738-ref 143 . G C 1180.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4536;MQ=29.56;MQ0=0;QD=31.06;SB=-29.63;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1213,111,0
3061 5738-ref 181 . C T 309.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.8575;MQ=26.93;MQ0=0;QD=8.59;SB=-26.62;sumGLbyD=9.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:35:99:339,0,519
3062 5738-ref 186 . C T 529.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9850;MQ=25.64;MQ0=0;QD=18.92;SB=-26.62;sumGLbyD=19.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,22:27:86.80:560,0,87
3063 5738-ref 187 . G A 56.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.9850;MQ=25.64;MQ0=0;QD=2.03;SB=3.00;sumGLbyD=3.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:27:86.82:87,0,553
3064 5738-ref 188 . A C 522.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.9850;MQ=25.64;MQ0=0;QD=18.67;SB=-26.62;sumGLbyD=19.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,22:27:86.82:553,0,87
3065 5738-ref 218 . G A 1024.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.38;MQ0=0;QD=33.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.23:1058,93,0
3066 5738-ref 247 . A G 681.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.14:715,63,0
3067 5738-ref 281 . G T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.40:74,0,58
3068 5738-ref 282 . C G 43.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.67:74,0,50
3069 5738-ref 321 . T A 438.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:472,36,0
3070 5738-ref 345 . G C 604.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:637,51,0
3071 5738-ref 346 . G A 571.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:604,48,0
3072 5738-ref 397 . T C 294.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.75;SB=-40.00;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:328,27,0
3073 5738-ref 403 . T A 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-39.76;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
3074 5738-ref 425 . T C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-37.33;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
3075 5738-ref 526 . G A 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
3076 5738-ref 553 . C T 233.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
3077 5738-ref 603 . C G 776.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.06;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.18:810,69,0
3078 5738-ref 625 . A G 412.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.63;MQ0=0;QD=21.69;SB=-0.01;sumGLbyD=23.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:18:65.88:442,0,66
3079 5738-ref 649 . G A 638.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.47;MQ0=0;QD=27.76;SB=-29.63;sumGLbyD=29.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:47.46:672,47,0
3080 5738-ref 653 . G A 647.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.95;MQ0=0;QD=29.45;SB=-27.67;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.13:681,66,0
3081 5738-ref 665 . T C 477.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.18;MQ0=0;QD=31.86;SB=-29.63;sumGLbyD=34.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:511,45,0
3082 5738-ref 677 . C T 1040.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.67;SB=-29.63;sumGLbyD=35.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.25:1073,90,0
3083 5774-ref 138 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3084 5774-ref 189 . A T 260.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0
3085 5774-ref 356 . T G 54.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=7.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:84.06:84,0,268
3086 5774-ref 359 . C T 351.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:385,33,0
3087 5774-ref 377 . A G 226.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
3088 5774-ref 393 . A T 460.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:494,39,0
3089 5774-ref 494 . A T 476.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.14:508,5,0
3090 5774-ref 593 . G T 535.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:569,45,0
3091 5774-ref 613 . A G 14.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.89:44,0,362
3092 5774-ref 687 . T G 733.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:767,60,0
3093 5774-ref 702 . G A 631.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=35.93;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.14:664,54,0
3094 5774-ref 748 . T C 589.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:622,48,0
3095 5774-ref 822 . T A 986.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5838;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1020,78,0
3096 5774-ref 890 . G C 645.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:679,51,0
3097 5774-ref 943 . G C 35.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.99;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:65.87:66,0,517
3098 5774-ref 1201 . T G 484.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:518,42,0
3099 5774-ref 1202 . C A 496.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:529,42,0
3100 5774-ref 1223 . T C 262.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.47;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=15.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:292,0,335
3101 5774-ref 1305 . C G 357.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.72;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:390,30,0
3102 5774-ref 1513 . A T 117.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.53;SB=-0.01;sumGLbyD=30.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:150,12,0
3103 5774-ref 1584 . G T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
3104 5774-ref 1599 . T C 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
3105 5840-ref 185 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3106 5863-ref 119 . C G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
3107 5863-ref 191 . C G 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
3108 5863-ref 216 . A G 145.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.06;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0
3109 5863-ref 227 . C T 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
3110 5863-ref 247 . G A 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.75:105,0,63
3111 5863-ref 416 . C G 162.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
3112 5863-ref 465 . G A 159.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.57;SB=-0.01;sumGLbyD=32.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:192,15,0
3113 5863-ref 500 . T C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
3114 5863-ref 509 . C T 105.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.04;SB=-0.01;sumGLbyD=19.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:91.44:135,0,91
3115 5863-ref 621 . A G 165.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
3116 5863-ref 682 . C T 79.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=15.99;SB=-0.01;sumGLbyD=21.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.98:110,0,25
3117 5863-ref 721 . C T 273.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:306,27,0
3118 5863-ref 731 . A G 312.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:346,30,0
3119 5863-ref 737 . A G 144.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=17.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:175,0,116
3120 5863-ref 786 . G A 473.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:507,39,0
3121 5863-ref 892 . T A 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
3122 5863-ref 1014 . A G 836.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.54;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:869,66,0
3123 5863-ref 1102 . T G 569.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6624;MQ=35.80;MQ0=0;QD=33.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:603,48,0
3124 5863-ref 1134 . A G 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.42;SB=-0.01;sumGLbyD=29.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
3125 5863-ref 1143 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3126 5863-ref 1233 . C T 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
3127 5863-ref 1400 . G T 419.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:453,36,0
3128 5863-ref 1431 . G C 470.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:504,39,0
3129 5863-ref 1567 . A G 565.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=35.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:599,48,0
3130 5863-ref 1601 . A G 224.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:258,21,0
3131 5863-ref 1605 . A T 195.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
3132 5863-ref 1722 . T C 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
3133 5863-ref 1756 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3134 5863-ref 1769 . G A 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:70,0,30
3135 5863-ref 1797 . C T 498.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:531,42,0
3136 5863-ref 1820 . T C 319.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9982;MQ=34.28;MQ0=0;QD=13.89;SB=-0.01;sumGLbyD=15.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:349,0,363
3137 5863-ref 1863 . G C 492.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=31.97;MQ0=0;QD=32.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:525,45,0
3138 5863-ref 1870 . A G 380.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:413,36,0
3139 5863-ref 1873 . T C 16.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.9911;MQ=31.04;MQ0=0;QD=1.54;SB=-0.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:6:46.82:47,0,136
3140 5863-ref 1883 . G A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3141 5863-ref 1887 . T A 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3142 5872-ref 238 . G T 359.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.70;SB=-0.01;sumGLbyD=35.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.10:393,30,0
3143 5872-ref 281 . G A 305.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
3144 5872-ref 399 . G A 25.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:54.99:55,0,139
3145 5872-ref 493 . A G 256.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.4534;MQ=36.52;MQ0=0;QD=12.21;SB=-0.01;sumGLbyD=13.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:20:99:286,0,373
3146 5872-ref 817 . G A 629.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5309;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:18.61:662,19,0
3147 5872-ref 967 . C T 1044.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.01;MQ0=0;QD=33.70;SB=-0.01;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:30:50.28:1078,50,0
3148 5872-ref 1022 . C A 1563.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7884;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1597,123,0
3149 5872-ref 1167 . G T 553.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7313;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.87;SB=-0.01;sumGLbyD=18.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:584,0,455
3150 5872-ref 1313 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:80,6,0
3151 5872-ref 1355 . T G 474.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:507,39,0
3152 5872-ref 1470 . A C 124.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
3153 5872-ref 1565 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3154 5918-ref 85 . A G 5300.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6158;MQ=36.85;MQ0=0;QD=39.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,134:135:99:5260,403,0
3155 5918-ref 312 . C A 6606.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2604;MQ=36.59;MQ0=0;QD=38.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,172:171:99:6582,512,0
3156 5918-ref 347 . T A 8198.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=7.7997;MQ=36.53;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,212:213:99:8162,606,0
3157 5918-ref 371 . T A 8624.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0237;MQ=36.64;MQ0=0;QD=38.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,224:221:99:8624,665,0
3158 5918-ref 452 . C G 7549.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.7821;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,199:197:99:7549,593,0
3159 5918-ref 457 . A T 2389.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=175;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3597;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=13.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,76:174:99:2420,0,3341
3160 5918-ref 586 . A G 11275.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8646;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,290:290:99:11253,870,0
3161 5918-ref 658 . C G 11615.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=302;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.3121;MQ=36.19;MQ0=0;QD=38.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,301:301:99:11574,903,0
3162 5918-ref 699 . C T 10781.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=17.4212;MQ=35.88;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,310:293:99:10779,882,0
3163 5918-ref 706 . T C 7055.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=313;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.2215;MQ=35.89;MQ0=0;QD=22.54;SB=-0.01;sumGLbyD=19.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,194:306:99:6134,0,3592
3164 5918-ref 743 . A G 9731.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.3979;MQ=36.40;MQ0=0;QD=38.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,252:251:99:9731,755,0
3165 5918-ref 959 . C T 261.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:295,24,0
3166 5962-ref 362 . G T 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:66.54:67,0,67
3167 5962-ref 367 . G A 162.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
3168 5962-ref 385 . T C 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.94:59,0,173
3169 5962-ref 453 . A G 314.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:347,27,0
3170 5962-ref 485 . C G 512.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:545,42,0
3171 5962-ref 565 . C A 694.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:728,57,0
3172 5962-ref 615 . G A 513.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:547,45,0
3173 5962-ref 663 . T A 315.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:348,30,0
3174 5962-ref 671 . A G 315.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.51;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:348,30,0
3175 5962-ref 683 . T G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
3176 5962-ref 703 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3177 5962-ref 705 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3178 5962-ref 742 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3179 5984-ref 29 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3180 5984-ref 79 . C T 244.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.51;SB=-88.64;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:277,24,0
3181 5984-ref 97 . G T 37.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.07;MQ0=0;QD=6.32;SB=-20.59;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:67.90:68,0,71
3182 5984-ref 112 . A T 43.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=27.07;MQ0=0;QD=7.31;SB=-23.60;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:41.29:74,0,41
3183 5984-ref 136 . A G 15.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=24.52;MQ0=0;QD=3.85;SB=-17.61;sumGLbyD=11.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:45.27:45,0,47
3184 6011-ref 88 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3185 6011-ref 103 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3186 6011-ref 166 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0
3187 6011-ref 187 . G A 107.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=17.87;SB=-0.01;sumGLbyD=22.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:14.58:137,0,15
3188 6011-ref 190 . T C 107.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=17.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:14.58:137,0,15
3189 6011-ref 260 . G A 58.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=19.59;SB=-0.01;sumGLbyD=30.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:91,9,0
3190 6011-ref 263 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3191 6011-ref 264 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3192 6011-ref 266 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3193 6011-ref 376 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3194 6011-ref 391 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3195 6011-ref 646 . C A 78.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:111,12,0
3196 6011-ref 853 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3197 6011-ref 872 . A C 148.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:181,15,0
3198 6011-ref 937 . T G 22.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.93:53,0,236
3199 6011-ref 964 . G A 189.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0
3200 6011-ref 967 . G A 159.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
3201 6011-ref 1132 . G T 175.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7320;MQ=23.39;MQ0=0;QD=10.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:15:99:206,0,125
3202 6011-ref 1139 . A T 84.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3528;MQ=23.35;MQ0=0;QD=4.72;SB=-0.01;sumGLbyD=6.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:115,0,280
3203 6011-ref 1148 . G A 158.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.0900;MQ=25.05;MQ0=0;QD=7.54;SB=-0.01;sumGLbyD=8.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:188,0,276
3204 6011-ref 1154 . G T 159.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.0900;MQ=25.05;MQ0=0;QD=7.61;SB=-0.01;sumGLbyD=9.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:20:99:190,0,276
3205 6011-ref 1175 . T C 193.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.25;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=11.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:223,0,216
3206 6011-ref 1189 . G A 152.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=25.82;MQ0=0;QD=10.14;SB=-0.01;sumGLbyD=12.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:182,0,175
3207 6011-ref 1211 . A G 210.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.37;MQ0=0;QD=16.19;SB=-0.01;sumGLbyD=18.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:75.51:240,0,76
3208 6011-ref 1227 . T C 223.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.91;MQ0=0;QD=24.87;SB=-0.01;sumGLbyD=28.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.04:257,27,0
3209 6011-ref 1230 . A T 196.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=24.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.03:229,24,0
3210 6011-ref 1255 . A T 20.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.35;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.65:50,0,19
3211 6011-ref 1410 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3212 6011-ref 1425 . G T 77.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
3213 6011-ref 1467 . G A 180.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.85;SB=-0.01;sumGLbyD=30.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:0.62:209,0,1
3214 6011-ref 1471 . A G 42.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.54;MQ0=0;QD=1.95;SB=-0.01;sumGLbyD=3.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:21:72.83:73,0,512
3215 6011-ref 1521 . C T 1026.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.23:1059,84,0
3216 6011-ref 1534 . C T 72.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4641;MQ=36.64;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=3.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,5:27:99:102,0,787
3217 6011-ref 1579 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3218 6011-ref 1587 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3219 6011-ref 1599 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3220 6011-ref 1622 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3221 6011-ref 1656 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3222 6017-ref 59 . A T 42.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.57;SB=-0.01;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.98:73,0,65
3223 6017-ref 66 . T C 173.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=15.81;SB=-0.01;sumGLbyD=18.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:85.51:204,0,86
3224 6017-ref 78 . C T 224.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=14.94;SB=-0.01;sumGLbyD=16.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:14:99:254,0,118
3225 6017-ref 80 . A G 118.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.79;MQ0=0;QD=7.00;SB=-0.01;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:149,0,313
3226 6017-ref 109 . A G 781.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=0;QD=32.54;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.18:814,72,0
3227 6017-ref 134 . A T 794.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.49;SB=-0.01;sumGLbyD=27.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,26:30:56.30:825,0,56
3228 6017-ref 143 . A G 922.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.87;MQ0=0;QD=27.12;SB=-0.01;sumGLbyD=28.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,29:33:97.92:952,0,98
3229 6017-ref 145 . A C 89.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.18;MQ0=0;QD=2.65;SB=-0.01;sumGLbyD=3.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:34:99:120,0,945
3230 6017-ref 296 . C G 85.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8315;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.18;SB=-0.01;sumGLbyD=2.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,6:39:99:115,0,1189
3231 6017-ref 457 . T C 172.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9611;MQ=36.64;MQ0=0;QD=3.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,10:56:99:202,0,1661
3232 6017-ref 484 . T C 237.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7831;MQ=36.60;MQ0=0;QD=4.75;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:50:99:267,0,1375
3233 6017-ref 496 . T C 231.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7886;MQ=36.60;MQ0=0;QD=4.63;SB=-0.01;sumGLbyD=5.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,11:50:99:261,0,1369
3234 6017-ref 561 . G A 70.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.62;SB=-0.01;sumGLbyD=25.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:100,0,28
3235 6017-ref 562 . T A 70.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.55;SB=-0.01;sumGLbyD=25.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:100,0,28
3236 6017-ref 564 . T A 34.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.36;SB=-0.01;sumGLbyD=21.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:64,0,31
3237 6017-ref 569 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3238 6046-ref 213 . C A 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
3239 6046-ref 214 . C T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
3240 6046-ref 280 . C A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
3241 6046-ref 396 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3242 6046-ref 440 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3243 6046-ref 507 . G A 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
3244 6046-ref 527 . T C 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
3245 6046-ref 568 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3246 6046-ref 572 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3247 6084-ref 51 . A C 271.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:305,24,0
3248 6084-ref 201 . C T 142.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:175,15,0
3249 6084-ref 210 . C G 18.50 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.31;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:48.43:48,0,204
3250 6084-ref 279 . A G 423.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.63;MQ0=0;QD=28.26;SB=-0.01;sumGLbyD=30.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:2.08:453,2,0
3251 6084-ref 323 . G A 586.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:620,48,0
3252 6084-ref 336 . G T 556.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=34.81;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:590,48,0
3253 6084-ref 498 . T C 582.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:615,48,0
3254 6084-ref 626 . G T 129.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.22;SB=-0.01;sumGLbyD=11.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:159,0,264
3255 6084-ref 642 . A C 330.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:364,30,0
3256 6084-ref 761 . A T 821.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:854,69,0
3257 6084-ref 889 . C T 946.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:979,75,0
3258 6084-ref 954 . A T 406.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:2.40:435,1,0
3259 6139-ref 107 . A G 256.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=28.49;SB=-0.01;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:2.54:285,0,3
3260 6139-ref 129 . A C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
3261 6139-ref 152 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3262 6196-ref 501 . C A 21.15 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.55;MQ0=0;QD=10.57;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:52,6,0
3263 6196-ref 582 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
3264 6196-ref 586 . T G 81.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.85;MQ0=0;QD=20.27;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:114,12,0
3265 6196-ref 638 . C T 388.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.92;MQ0=0;QD=29.90;SB=-0.01;sumGLbyD=32.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:422,39,0
3266 6196-ref 654 . A G 242.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.92;MQ0=0;QD=18.64;SB=-0.01;sumGLbyD=20.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:70.55:272,0,71
3267 6196-ref 661 . G A 137.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=15.22;SB=-0.01;sumGLbyD=18.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:80.36:167,0,80
3268 6196-ref 668 . T C 15.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.72;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:45.60:46,0,144
3269 6196-ref 669 . G A 112.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.72;MQ0=0;QD=14.10;SB=-0.01;sumGLbyD=17.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:45.60:143,0,46
3270 6196-ref 698 . A G 53.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.37;MQ0=0;QD=10.75;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.01:84,0,25
3271 6196-ref 700 . G A 32.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.37;MQ0=0;QD=6.41;SB=-0.01;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:28.01:62,0,28
3272 6235-ref 152 . A G 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
3273 6235-ref 227 . T G 155.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
3274 6235-ref 237 . C A 146.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
3275 6235-ref 239 . T C 154.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
3276 6235-ref 1260 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3277 6235-ref 1280 . A G 44.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=3.00;SB=-0.01;sumGLbyD=4.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:74.92:75,0,310
3278 6235-ref 1305 . G A 280.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=18.69;SB=-0.01;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:74.92:310,0,75
3279 6235-ref 1308 . G A 442.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=31.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:475,45,0
3280 6235-ref 1325 . C G 288.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.12;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=24.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:2.77:317,0,0
3281 6235-ref 1333 . G A 322.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:355,36,0
3282 6235-ref 1681 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
3283 6235-ref 1722 . T C 133.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.29;SB=-0.01;sumGLbyD=27.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:164,0,22
3284 6235-ref 1734 . C G 152.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0
3285 6235-ref 1746 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3286 6281-ref 94 . G A 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
3287 6281-ref 106 . C T 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
3288 6281-ref 136 . G A 71.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0
3289 6281-ref 147 . G C 69.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.05;SB=-30.76;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:101,9,0
3290 6281-ref 213 . G T 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
3291 6281-ref 231 . G C 112.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
3292 6281-ref 256 . G C 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
3293 6281-ref 285 . G T 109.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0
3294 6281-ref 308 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
3295 6281-ref 309 . T C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
3296 6378-ref 75 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3297 6378-ref 197 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3298 6378-ref 204 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3299 6378-ref 228 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3300 6399-ref 47 . A G 13.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.51;SB=3.00;sumGLbyD=4.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:43.42:43,0,245
3301 6399-ref 76 . A C 556.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:590,45,0
3302 6399-ref 118 . T C 393.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:26:99:424,0,425
3303 6399-ref 170 . C A 577.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.7152;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=19.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:30:99:607,0,367
3304 6399-ref 240 . C T 277.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.47;SB=-0.01;sumGLbyD=20.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:14:99:307,0,150
3305 6399-ref 279 . C T 163.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=32.41;MQ0=0;QD=23.32;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.57:193,0,9
3306 6399-ref 296 . G A 57.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.32;SB=-0.01;sumGLbyD=21.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.60:87,0,18
3307 6399-ref 316 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
3308 6399-ref 318 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
3309 6465-ref 307 . G A 202.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.87;MQ0=0;QD=22.52;SB=-0.01;sumGLbyD=25.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:52.93:233,0,53
3310 6465-ref 348 . T A 203.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.07;MQ0=0;QD=18.52;SB=-0.01;sumGLbyD=21.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:234,0,123
3311 6465-ref 379 . A G 65.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.16;SB=-0.01;sumGLbyD=11.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.25:95,0,168
3312 6499-ref 74 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3313 6499-ref 78 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3314 6499-ref 158 . G C 306.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:340,27,0
3315 6499-ref 169 . C G 201.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=35.53;MQ0=0;QD=28.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
3316 6499-ref 227 . G C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
3317 6499-ref 324 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3318 6499-ref 745 . A G 79.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
3319 6499-ref 925 . A G 4488.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.2487;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:116:99:4462,346,0
3320 6499-ref 1038 . G T 2102.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9487;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2135,166,0
3321 6502-ref 100 . G A 565.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:15.58:599,16,0
3322 6502-ref 133 . C T 468.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ=33.71;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:20.46:502,20,0
3323 6502-ref 138 . G A 417.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:450,39,0
3324 6502-ref 186 . C T 494.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:528,42,0
3325 6502-ref 372 . T G 865.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.84;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:899,72,0
3326 6502-ref 402 . T G 617.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:651,54,0
3327 6502-ref 420 . A G 190.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.20;SB=-0.01;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:223,21,0
3328 6502-ref 423 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3329 6502-ref 435 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
3330 6502-ref 480 . A G 612.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:646,51,0
3331 6502-ref 482 . C G 623.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:656,51,0
3332 6502-ref 580 . A T 1624.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9654;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1658,129,0
3333 6502-ref 586 . A G 1459.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7973;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1492,117,0
3334 6502-ref 699 . G C 1337.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1371,105,0
3335 6502-ref 894 . T C 1501.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9330;MQ=36.24;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1534,120,0
3336 6502-ref 905 . C T 1523.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:42:99:1556,126,0
3337 6502-ref 1125 . T C 1499.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7337;MQ=36.76;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:86.38:1532,86,0
3338 6502-ref 1290 . C T 1241.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.10;MQ0=0;QD=36.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1275,99,0
3339 6502-ref 1320 . G A 1212.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.87;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1245,102,0
3340 6502-ref 1326 . G A 1204.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.99;MQ0=0;QD=33.45;SB=-0.01;sumGLbyD=34.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:35:77.64:1237,78,0
3341 6502-ref 1358 . G T 1177.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.64;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:33:99:1210,99,0
3342 6502-ref 1398 . T C 1633.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.77;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1667,132,0
3343 6502-ref 1428 . C T 2314.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9323;MQ=36.68;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:61:99:2348,184,0
3344 6502-ref 1547 . A C 1855.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7007;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1889,153,0
3345 6502-ref 1553 . A G 1819.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9667;MQ=36.59;MQ0=0;QD=37.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1852,144,0
3346 6502-ref 1639 . G A 3836.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5787;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:98:99:3837,295,0
3347 6502-ref 1706 . A G 2722.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0051;MQ=35.40;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:76:99:2756,194,0
3348 6502-ref 1726 . G A 3153.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8465;MQ=34.01;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:89:99:3187,244,0
3349 6502-ref 1734 . A T 3326.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3157;MQ=34.16;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:91:99:3326,274,0
3350 6502-ref 1795 . A G 3509.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.06;MQ0=0;QD=36.56;SB=-29.63;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,95:95:99:3473,250,0
3351 6502-ref 1796 . C T 3380.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.13;MQ0=0;QD=35.96;SB=-29.63;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:91:99:3380,274,0
3352 6502-ref 1927 . A G 5516.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7526;MQ=36.25;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,145:147:99:5396,322,0
3353 6502-ref 1935 . G A 4651.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6464;MQ=36.11;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,121:125:99:4500,226,0
3354 6502-ref 1978 . C T 3866.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6175;MQ=36.21;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:102:99:3866,307,0
3355 6502-ref 2025 . G A 3084.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3117,250,0
3356 6502-ref 2039 . C G 2816.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=33.07;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:80:99:2850,241,0
3357 6502-ref 2068 . A G 2804.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9576;MQ=32.81;MQ0=0;QD=33.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2838,216,0
3358 6502-ref 2094 . G C 3509.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.89;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:97:99:3509,292,0
3359 6502-ref 2096 . C T 3465.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.28;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:95:99:3465,286,0
3360 6502-ref 2170 . A G 4523.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4107;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,117:117:99:4443,272,0
3361 6544-ref 520 . G T 216.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.98;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:250,21,0
3362 6686-ref 75 . C T 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
3363 6686-ref 368 . A C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
3364 6686-ref 385 . A G 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
3365 6686-ref 439 . T G 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0
3366 6686-ref 547 . G A 112.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.58;SB=-0.01;sumGLbyD=28.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:12.62:143,0,13
3367 6686-ref 632 . G A 65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.83;SB=-0.01;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:95:95,0,95
3368 6686-ref 739 . G A 150.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:184,15,0
3369 6686-ref 742 . G A 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
3370 6686-ref 1085 . A G 253.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8930;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=23.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:283,0,122
3371 6686-ref 1135 . C T 394.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:428,33,0
3372 6686-ref 1275 . A G 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
3373 6686-ref 1310 . T C 196.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
3374 6686-ref 1459 . A G 345.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:379,30,0
3375 6686-ref 1476 . G T 242.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=24.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:86.91:272,0,87
3376 6686-ref 1707 . T C 557.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=36.37;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:590,45,0
3377 6686-ref 1790 . A C 689.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=36.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:723,57,0
3378 6686-ref 1820 . T A 729.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9953;MQ=36.03;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60.19:763,60,0
3379 6686-ref 1866 . C T 645.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:679,51,0
3380 6686-ref 1942 . T C 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
3381 6686-ref 1980 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3382 6769-ref 135 . C T 304.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:338,27,0
3383 6769-ref 169 . C G 542.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7480;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.83;SB=-0.01;sumGLbyD=27.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:21:84.50:573,0,84
3384 6769-ref 207 . T G 829.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.22:863,35,0
3385 6769-ref 222 . G T 516.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:550,45,0
3386 6769-ref 252 . T C 119.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=19.88;SB=-0.01;sumGLbyD=24.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.96:149,0,22
3387 6769-ref 255 . T C 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:21.57:50,0,22
3388 6769-ref 335 . A G 85.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.39;SB=-0.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
3389 6818-ref 22 . C G 14294.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.8334;MQ=36.22;MQ0=0;QD=14.29;SB=-0.01;sumGLbyD=11.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:619,378:996:99:11294,0,21103
3390 6818-ref 49 . A G 34820.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.2926;MQ=36.72;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:71,923:988:99:32031,297,0
3391 6818-ref 57 . G C 38254.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.5809;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.25;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,997:991:99:38200,2930,0
3392 6818-ref 167 . A G 8608.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=823;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=37.3516;MQ=35.41;MQ0=0;QD=10.46;SB=-0.01;sumGLbyD=7.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:595,227:811:99:6146,0,19391
3393 6818-ref 173 . T C 21830.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=819;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.3717;MQ=35.38;MQ0=0;QD=26.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,594:778:99:19487,0,5236
3394 6818-ref 174 . A G 8440.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=818;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.5047;MQ=35.38;MQ0=0;QD=10.32;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:594,224:809:99:6003,0,19669
3395 6818-ref 209 . G C 12354.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.8861;MQ=34.16;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,341:343:99:12212,958,0
3396 6818-ref 227 . T A 4277.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4518;MQ=30.34;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,134:134:99:4200,361,0
3397 6818-ref 231 . A G 1939.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7835;MQ=25.39;MQ0=0;QD=25.52;SB=-0.01;sumGLbyD=25.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,69:72:99:1972,144,0
3398 6818-ref 233 . T A 690.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.16;MQ0=0;QD=24.67;SB=-0.01;sumGLbyD=25.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:26:66.10:724,66,0
3399 6818-ref 244 . T A 4411.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7831;MQ=35.45;MQ0=0;QD=35.01;SB=22.67;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:122:99:4359,341,0
3400 6818-ref 268 . C A 143.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=4.8409;MQ=34.25;MQ0=0;QD=0.97;SB=-0.01;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,21:147:99:174,0,4315
3401 6818-ref 290 . A C 1909.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=216;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8308;MQ=31.74;MQ0=0;QD=8.84;SB=3.00;sumGLbyD=8.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,87:216:99:1940,0,4185
3402 6818-ref 308 . A G 1912.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=378;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.6834;MQ=28.08;MQ0=0;QD=5.06;SB=-31.35;sumGLbyD=5.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:290,88:374:99:1942,0,7401
3403 6818-ref 309 . T A 471.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.8175;MQ=26.62;MQ0=0;QD=1.40;SB=-0.01;sumGLbyD=1.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:293,45:336:99:502,0,7666
3404 6818-ref 311 . G C 9028.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=25.19;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=29.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,308:305:99:8990,882,0
3405 6818-ref 324 . A G 10573.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=358;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.96;MQ0=0;QD=29.53;SB=-0.01;sumGLbyD=28.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,345:358:99:10049,556,0
3406 6818-ref 344 . G A 12656.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=424;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=29.18;MQ0=0;QD=29.85;SB=-0.01;sumGLbyD=27.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,396:421:99:11663,298,0
3407 6818-ref 346 . T C 2866.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=535;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1126;MQ=30.60;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:411,124:527:99:2896,0,11582
3408 6818-ref 349 . A G 8654.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=684;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4915;MQ=32.14;MQ0=0;QD=12.65;SB=-0.01;sumGLbyD=9.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:454,227:678:99:6527,0,12962
3409 6818-ref 356 . A G 15580.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=808;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.5385;MQ=33.47;MQ0=0;QD=19.28;SB=-0.01;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:349,457:799:99:13151,0,10712
3410 6818-ref 394 . C A 21834.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=932;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.1224;MQ=36.04;MQ0=0;QD=23.43;SB=-26.62;sumGLbyD=20.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:357,575:924:99:19051,0,10898
3411 6818-ref 423 . A T 23739.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=632;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=94.4284;MQ=36.16;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,614:626:99:23194,1673,0
3412 6818-ref 434 . T C 5425.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=285;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.2169;MQ=35.82;MQ0=0;QD=19.04;SB=-0.01;sumGLbyD=15.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,141:281:99:4311,0,4057
3413 6818-ref 451 . G C 1477.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9662;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.58;SB=-0.01;sumGLbyD=17.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,48:83:99:1507,0,1133
3414 6818-ref 465 . G A 53.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.95:83,0,25
3415 6818-ref 471 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3416 6853-ref 104 . G C 2104.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:55:99:2138,166,0
3417 6853-ref 403 . G A 3201.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1789;MQ=30.00;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=29.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:104:99:3234,285,0
3418 6853-ref 1012 . C G 1636.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1670,129,0
3419 6853-ref 1027 . T G 109.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=27.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0
3420 6853-ref 1083 . G A 933.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:43.46:966,43,0
3421 6853-ref 1086 . A T 1263.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:36:68.32:1296,68,0
3422 6853-ref 1158 . T C 2338.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=31.16;MQ0=0;QD=32.93;SB=-0.01;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2371,210,0
3423 6853-ref 1161 . G A 2060.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=30.34;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2094,189,0
3424 6853-ref 1168 . G A 1596.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.24;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:50:99:1629,150,0
3425 6853-ref 1182 . T C 1092.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.75;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1126,114,0
3426 6853-ref 1202 . A G 890.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.20:923,84,0
3427 6853-ref 1213 . G C 892.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.20:925,84,0
3428 6853-ref 1228 . A G 900.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=0;QD=32.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.20:933,84,0
3429 6853-ref 1262 . T A 64.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=7.9624;MQ=28.11;MQ0=0;QD=7.16;SB=-0.01;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:9:94.44:94,0,105
3430 6896-ref 17 . A G 22.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.98:52,0,177
3431 6896-ref 143 . T A 722.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:755,57,0
3432 6896-ref 194 . C T 638.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:671,51,0
3433 6896-ref 207 . G C 575.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:608,48,0
3434 6896-ref 347 . A T 48.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:78.21:78,0,245
3435 6896-ref 510 . A T 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.48:42,0,327
3436 6896-ref 609 . A T 22.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.45;SB=-0.01;sumGLbyD=5.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:8:52.06:52,0,209
3437 6896-ref 728 . A G 81.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0
3438 6896-ref 729 . A T 75.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
3439 6896-ref 730 . G T 28.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=30.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:60,6,0
3440 6927-ref 63 . T A 432.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5774;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:465,36,0
3441 6927-ref 169 . T A 51.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9377;MQ=33.16;MQ0=0;QD=5.71;SB=-0.01;sumGLbyD=9.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:81.41:81,0,153
3442 6927-ref 187 . A G 12.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8652;MQ=32.65;MQ0=0;QD=1.60;SB=-0.01;sumGLbyD=5.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:42.54:43,0,191
3443 6927-ref 339 . C T 1272.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.06;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1306,102,0
3444 6927-ref 372 . G C 341.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.30;MQ0=0;QD=11.77;SB=-0.01;sumGLbyD=12.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:371,0,581
3445 6927-ref 380 . C G 566.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:599,48,0
3446 6927-ref 386 . C T 100.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.11;SB=-0.01;sumGLbyD=33.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:133,12,0
3447 6927-ref 423 . T C 30.76 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3460;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.25;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6:62,6,0
3448 6927-ref 460 . G A 371.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:404,33,0
3449 6927-ref 505 . G C 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
3450 6927-ref 506 . G C 25.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.62;SB=-0.01;sumGLbyD=18.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:56,0,29
3451 6927-ref 524 . G C 572.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4685;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:605,48,0
3452 6927-ref 574 . T C 733.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1612;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.29;SB=-0.01;sumGLbyD=16.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:763,0,699
3453 6927-ref 629 . C G 694 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.15;MQ0=0;QD=28.92;SB=-0.01;sumGLbyD=30.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:24:57.17:727,57,0
3454 6927-ref 669 . G A 769.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:802,63,0
3455 6927-ref 737 . C T 800.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8648;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:32.19:833,32,0
3456 6927-ref 856 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3457 6927-ref 859 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3458 6941-ref 249 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3459 6941-ref 307 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3460 6944-ref 72 . T G 202.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
3461 6944-ref 207 . A G 315.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:349,27,0
3462 6944-ref 225 . C T 156.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
3463 6944-ref 239 . T A 34.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:64,0,31
3464 6944-ref 398 . G A 215.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:249,21,0
3465 6944-ref 425 . T C 344.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0
3466 6944-ref 428 . A T 135.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=9.70;SB=-0.01;sumGLbyD=11.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:166,0,265
3467 6944-ref 448 . A G 498.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:532,42,0
3468 6944-ref 500 . T A 484.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:517,42,0
3469 6944-ref 506 . A C 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
3470 6985-ref 123 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3471 6985-ref 134 . A G 28.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:60,6,0
3472 6985-ref 377 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3473 6985-ref 429 . G T 98.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.74;SB=-0.01;sumGLbyD=25.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:129,0,25
3474 6985-ref 470 . T G 316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:350,27,0
3475 6985-ref 502 . G A 183.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0
3476 6985-ref 574 . G C 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
3477 6985-ref 586 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3478 7036-ref 36 . G A 204.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
3479 7036-ref 118 . A T 706.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.13:740,63,0
3480 7036-ref 172 . T C 874.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:907,72,0
3481 7036-ref 333 . G A 238.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.78;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:271,21,0
3482 7036-ref 340 . G A 180.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.58;SB=-0.01;sumGLbyD=26.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:6:18.04:214,18,0
3483 7036-ref 515 . G A 896.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:930,72,0
3484 7036-ref 583 . T A 1001.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1034,81,0
3485 7036-ref 710 . C G 758.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:33.06:791,33,0
3486 7036-ref 765 . A G 961.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:26:78.25:995,78,0
3487 7036-ref 804 . C T 1215.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1249,99,0
3488 7036-ref 873 . G T 874.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:24:72.22:907,72,0
3489 7036-ref 975 . C T 415.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:449,36,0
3490 7036-ref 1005 . G A 174.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:207,18,0
3491 7036-ref 1011 . T G 204.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:238,21,0
3492 7036-ref 1023 . T A 223.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.92;SB=-0.01;sumGLbyD=32.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:256,24,0
3493 7036-ref 1038 . C T 148.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.51;SB=-0.01;sumGLbyD=22.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:15.94:178,0,16
3494 7036-ref 1053 . C T 449.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.97;SB=-0.01;sumGLbyD=32.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.81:481,6,0
3495 7036-ref 1146 . G T 565.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:599,45,0
3496 7036-ref 1191 . T G 304.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.45;SB=-0.01;sumGLbyD=25.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:73.94:335,0,74
3497 7036-ref 1216 . G A 179.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.61;SB=-0.01;sumGLbyD=29.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:209,0,19
3498 7036-ref 1267 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3499 7036-ref 1270 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3500 7036-ref 1303 . T C 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
3501 7036-ref 1314 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3502 7036-ref 1334 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3503 7036-ref 1346 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3504 7064-ref 304 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
3505 7064-ref 478 . T C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28
3506 7064-ref 491 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:120,9,0
3507 7064-ref 510 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3508 7064-ref 595 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3509 7141-ref 82 . G A 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
3510 7141-ref 154 . G A 69.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.05;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:101,9,0
3511 7141-ref 159 . C A 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
3512 7141-ref 201 . T A 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
3513 7141-ref 225 . C T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
3514 7141-ref 230 . T A 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
3515 7141-ref 277 . C G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.43;SB=-0.01;sumGLbyD=29.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:150,12,0
3516 7275-ref 32 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3517 7275-ref 91 . T C 514.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.74;SB=-237.80;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:547,42,0
3518 7275-ref 114 . C T 522.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.33;SB=-236.98;sumGLbyD=39.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:556,42,0
3519 7275-ref 145 . C G 24.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=8.32;SB=-0.01;sumGLbyD=18.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:55,0,31
3520 7275-ref 146 . A G 65.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8643;MQ=34.93;MQ0=0;QD=13.02;SB=-0.01;sumGLbyD=19.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.97:95,0,28
3521 7275-ref 305 . A C 2934.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=9.3278;MQ=36.77;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,82:83:99:2967,141,0
3522 7275-ref 670 . C A 2382.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7878;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2416,156,0
3523 7275-ref 1030 . C T 1586.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.50;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1619,99,0
3524 7275-ref 1135 . A T 81.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=8.9933;MQ=36.42;MQ0=0;QD=2.34;SB=3.00;sumGLbyD=3.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:34:99:112,0,880
3525 7275-ref 1224 . A G 53.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.67;SB=-0.01;sumGLbyD=10.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:83.33:83,0,174
3526 7279-ref 297 . T C 24.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8214;MQ=36.28;MQ0=0;QD=0.53;SB=-0.01;sumGLbyD=1.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,5:45:54.54:55,0,1242
3527 7289-ref 619 . T C 5485.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:141:99:5485,424,0
3528 7289-ref 802 . C G 29.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9940;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.75;SB=-0.01;sumGLbyD=3.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:59.69:60,0,469
3529 7289-ref 809 . A T 36.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:66,0,31
3530 7289-ref 849 . G T 1010.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:52.90:1043,53,0
3531 7289-ref 1006 . T A 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.60;SB=-0.01;sumGLbyD=21.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.97:108,0,28
3532 7289-ref 1111 . T A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,102
3533 7289-ref 1112 . C A 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68
3534 7289-ref 1114 . T A 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,61
3535 7289-ref 1115 . G A 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,68
3536 7375-ref 485 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3537 7375-ref 754 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3538 7401-ref 106 . T A 223.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.34;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:257,21,0
3539 7401-ref 141 . T C 141.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.14;MQ0=0;QD=28.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:175,15,0
3540 7401-ref 352 . T A 362.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:12:30.10:396,30,0
3541 7401-ref 537 . C A 155.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
3542 7401-ref 664 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3543 7427-ref 234 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3544 7427-ref 236 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3545 7429-ref 99 . A C 57.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=19.21;SB=-0.01;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:90,9,0
3546 7429-ref 103 . C T 94.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.54;SB=-29.17;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
3547 7429-ref 141 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3548 7429-ref 300 . T A 4167.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4592;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.55;SB=-29.63;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:4101,306,0
3549 7429-ref 301 . C A 6967.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8655;MQ=31.13;MQ0=0;QD=32.56;SB=-1855.43;sumGLbyD=32.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,212:210:99:6935,628,0
3550 7429-ref 363 . G A 11883.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=46.4627;MQ=26.72;MQ0=0;QD=11.88;SB=-107.36;sumGLbyD=8.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:490,496:962:99:8909,0,13669
3551 7429-ref 375 . T G 1757.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=64.5448;MQ=25.03;MQ0=0;QD=1.76;SB=-287.63;sumGLbyD=1.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:849,147:992:99:1787,0,20531
3552 7429-ref 440 . G A 266.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7997;MQ=25.06;MQ0=0;QD=19.05;SB=-0.01;sumGLbyD=21.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:10:30.05:300,30,0
3553 7429-ref 441 . T C 231.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6439;MQ=23.89;MQ0=0;QD=17.82;SB=-0.01;sumGLbyD=20.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:11:5.39:263,5,0
3554 7429-ref 469 . A G 25917.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.0380;MQ=21.64;MQ0=0;QD=25.92;SB=-27.67;sumGLbyD=25.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,993:988:99:25772,2927,0
3555 7491-ref 148 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3556 7491-ref 172 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3557 7491-ref 247 . C T 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
3558 7491-ref 334 . T A 223.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.93:253,0,16
3559 7491-ref 336 . C A 224.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.07;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.93:255,0,16
3560 7491-ref 347 . C T 273.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
3561 7491-ref 380 . C T 132.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=18.98;SB=-0.01;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:5.64:162,0,6
3562 7491-ref 383 . T G 135.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.07;MQ0=0;QD=16.96;SB=-0.01;sumGLbyD=20.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:18.96:166,0,19
3563 7491-ref 413 . G T 353.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=32.16;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:387,33,0
3564 7491-ref 422 . A T 304.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:337,30,0
3565 7491-ref 479 . T C 412.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.60;MQ0=0;QD=31.76;SB=-0.01;sumGLbyD=34.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.11:446,36,0
3566 7491-ref 494 . T A 348.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.05;SB=-0.01;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:7.45:380,7,0
3567 7491-ref 530 . T A 242.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=24.26;SB=-0.01;sumGLbyD=27.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.05:276,27,0
3568 7491-ref 532 . T C 209.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=23.29;SB=-0.01;sumGLbyD=26.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.05:243,24,0
3569 7491-ref 544 . A G 230.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=25.59;SB=-0.01;sumGLbyD=29.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.05:263,24,0
3570 7491-ref 560 . A G 432.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.24;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:465,39,0
3571 7491-ref 686 . G A 441.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.81;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:475,36,0
3572 7491-ref 1147 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3573 7491-ref 1255 . T C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
3574 7491-ref 1264 . C T 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
3575 7492-ref 492 . C T 1185.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.23;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.30:1218,93,0
3576 7492-ref 657 . G A 2058.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6348;MQ=36.65;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:56:99:2092,132,0
3577 7492-ref 671 . G A 1754.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7875;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,49:50:70.47:1788,70,0
3578 7492-ref 744 . C T 2488.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6829;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2521,166,0
3579 7492-ref 795 . T C 1790.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9990;MQ=36.46;MQ0=0;QD=31.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,52:55:23.03:1824,23,0
3580 7492-ref 1275 . C T 3313.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4009;MQ=36.89;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:85:99:3314,256,0
3581 7492-ref 1443 . C T 4260.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.8821;MQ=36.43;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:116:99:4221,310,0
3582 7492-ref 1471 . T C 3951.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.3289;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:104:99:3876,239,0
3583 7492-ref 1763 . C G 4841.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4802;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:127:99:4841,382,0
3584 7492-ref 1830 . T C 5148.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4072;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:133:99:5148,400,0
3585 7492-ref 1864 . T C 5170.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9535;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,137:137:99:5018,261,0
3586 7492-ref 1936 . A G 4478.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.1941;MQ=35.63;MQ0=0;QD=37.32;SB=-117.81;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,118:120:99:4405,288,0
3587 7492-ref 1941 . A G 4465.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4304;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.60;SB=-120.02;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:118:99:4465,355,0
3588 7492-ref 1954 . C A 3808.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2282;MQ=35.85;MQ0=0;QD=35.59;SB=-120.02;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,102:105:99:3614,122,0
3589 7492-ref 2054 . C G 3643.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3972;MQ=35.77;MQ0=0;QD=36.44;SB=-38.58;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,98:99:99:3563,218,0
3590 7492-ref 2071 . C G 2188.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.3745;MQ=35.57;MQ0=0;QD=25.45;SB=-0.01;sumGLbyD=25.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,62:73:99:2218,0,168
3591 7492-ref 2073 . C A 153.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1863;MQ=35.46;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=2.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,14:80:99:184,0,2276
3592 7492-ref 2074 . A G 64.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.01;HRun=1;HaplotypeScore=10.1869;MQ=35.48;MQ0=0;QD=0.79;SB=-0.01;sumGLbyD=1.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,11:78:94.17:94,0,2288
3593 7492-ref 2274 . T C 272.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:305,24,0
3594 7492-ref 2386 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3595 7540-ref 321 . T C 1229.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5581;MQ=36.06;MQ0=0;QD=36.17;SB=-235.47;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1263,102,0
3596 7540-ref 339 . T C 1045.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.34;SB=-239.35;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.26:1078,84,0
3597 7540-ref 575 . C A 15.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9944;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:45.53:46,0,216
3598 7540-ref 576 . T A 13.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9944;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.73;SB=-0.01;sumGLbyD=5.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:43.68:44,0,213
3599 7540-ref 615 . A G 65.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.32;SB=-0.01;sumGLbyD=13.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.23:95,0,136
3600 7555-ref 136 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3601 7555-ref 311 . C T 595.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.55;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:628,51,0
3602 7555-ref 326 . A G 779.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:812,66,0
3603 7555-ref 329 . A T 715.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.12;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:60.18:749,60,0
3604 7555-ref 363 . A C 1107.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1141,90,0
3605 7555-ref 411 . A G 1330.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.96;SB=-29.63;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1364,108,0
3606 7555-ref 476 . G A 356.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:390,30,0
3607 7555-ref 482 . A G 277.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:311,24,0
3608 7555-ref 566 . G A 1006.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:48.15:1039,48,0
3609 7555-ref 797 . G A 508.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:542,42,0
3610 7555-ref 908 . C G 651.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9652;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:684,54,0
3611 7555-ref 951 . G A 585.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:618,48,0
3612 7555-ref 1037 . G A 828.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4608;MQ=33.24;MQ0=0;QD=26.74;SB=-0.01;sumGLbyD=27.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,27:31:23.59:859,0,24
3613 7555-ref 1066 . A C 502.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7219;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.10;SB=-0.01;sumGLbyD=26.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:18:14.13:535,14,0
3614 7555-ref 1067 . C T 437.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=30.91;MQ0=0;QD=24.31;SB=-0.01;sumGLbyD=25.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:18:25.19:468,0,25
3615 7555-ref 1073 . A G 329.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=21.95;SB=-0.01;sumGLbyD=23.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:34.93:359,0,35
3616 7555-ref 1295 . A C 2157.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9811;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:57:99:2191,172,0
3617 7615-ref 162 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3618 7686-ref 127 . G A 26860.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.5561;MQ=23.11;MQ0=0;QD=26.86;SB=-0.01;sumGLbyD=26.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,992:974:99:26672,2783,0
3619 7708-ref 93 . C G 270.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:10:7.71:300,0,8
3620 7708-ref 119 . C T 33.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:63,0,31
3621 7708-ref 128 . G A 2501.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.17;MQ0=0;QD=28.43;SB=34.35;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:2535,230,0
3622 7708-ref 131 . G A 3483.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=27.98;MQ0=0;QD=30.83;SB=34.35;sumGLbyD=30.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:113:99:3448,305,0
3623 7708-ref 137 . C T 27684.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=826;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.8708;MQ=35.67;MQ0=0;QD=33.52;SB=-13236.58;sumGLbyD=33.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,805:781:99:27514,2213,0
3624 7708-ref 140 . C A 34749.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=63.8044;MQ=36.51;MQ0=0;QD=34.75;SB=-8953.15;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,974:963:99:33956,2534,0
3625 7708-ref 415 . A G 36934.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.2710;MQ=36.16;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,991:973:99:36814,2892,0
3626 7708-ref 422 . T C 36911.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.5405;MQ=36.80;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,994:978:99:36880,2940,0
3627 7708-ref 512 . G A 37196.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=43.5887;MQ=36.95;MQ0=0;QD=37.20;SB=-71.24;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,994:972:99:37165,2896,0
3628 7708-ref 745 . C T 34930.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=66.7758;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,979:972:99:34516,2639,0
3629 7708-ref 792 . G A 36855.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1321;MQ=36.71;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,996:968:99:36776,2871,0
3630 7708-ref 796 . T G 35070.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.9523;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,991:946:99:34977,2757,0
3631 7708-ref 880 . T C 38058.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.7627;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,989:989:99:37738,2814,0
3632 7708-ref 997 . C G 34281.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=37.5039;MQ=36.63;MQ0=0;QD=34.28;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,988:935:99:34139,2705,0
3633 7708-ref 1030 . A G 34222.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=57.4135;MQ=36.84;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,992:933:99:34188,2804,0
3634 7708-ref 1191 . T C 23820.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=642;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.9307;MQ=36.92;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,639:626:99:23765,1878,0
3635 7761-ref 553 . T C 69.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.87;SB=-0.01;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51.81:99,0,52
3636 7761-ref 617 . G A 275.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0
3637 7767-ref 628 . T A 442.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:475,36,0
3638 7767-ref 679 . C A 124.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
3639 7777-ref 375 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3640 7860-ref 181 . C G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
3641 7860-ref 294 . C T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-0.01;sumGLbyD=29.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:119,9,0
3642 7860-ref 352 . A G 233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.12;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:266,21,0
3643 7860-ref 370 . A C 244.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.07:277,21,0
3644 7860-ref 483 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3645 7860-ref 506 . T A 45.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
3646 7860-ref 573 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3647 7860-ref 574 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3648 8030-ref 137 . C A 1483.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1517,117,0
3649 8030-ref 165 . C T 872.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.57;SB=-0.01;sumGLbyD=34.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.21:906,75,0
3650 8030-ref 530 . C G 1213.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=23.05;MQ0=0;QD=26.97;SB=-0.01;sumGLbyD=27.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1247,135,0
3651 8030-ref 626 . T C 573.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4440;MQ=36.40;MQ0=0;QD=10.83;SB=-0.01;sumGLbyD=11.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:52:99:604,0,1113
3652 8030-ref 684 . C T 631.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6777;MQ=36.60;MQ0=0;QD=12.62;SB=-0.01;sumGLbyD=13.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:661,0,973
3653 8030-ref 689 . G A 598.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6981;MQ=36.56;MQ0=0;QD=13.02;SB=-0.01;sumGLbyD=13.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:629,0,860
3654 8030-ref 779 . C T 424.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.48;MQ0=0;QD=26.55;SB=-0.01;sumGLbyD=28.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.06:458,48,0
3655 8030-ref 856 . A G 599.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=31.39;MQ0=0;QD=13.03;SB=-110.99;sumGLbyD=13.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:629,0,651
3656 8030-ref 901 . G A 226.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.95;MQ0=0;QD=25.12;SB=-0.01;sumGLbyD=28.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.03:259,27,0
3657 8030-ref 909 . A G 10.71 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=2.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:40.31:40,0,68
3658 8095-ref 193 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3659 8095-ref 337 . A T 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
3660 8095-ref 338 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:80,6,0
3661 8095-ref 361 . C A 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
3662 8095-ref 467 . G C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:99,9,0
3663 8095-ref 483 . C T 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
3664 8095-ref 490 . A G 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
3665 8095-ref 505 . T A 193.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:227,21,0
3666 8095-ref 533 . T G 400.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:434,36,0
3667 8095-ref 558 . G T 418.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:451,36,0
3668 8095-ref 662 . G A 235.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0
3669 8095-ref 689 . A C 274.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
3670 8095-ref 755 . T C 242.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
3671 8095-ref 756 . T G 233.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:267,21,0
3672 8095-ref 852 . C T 511.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:544,42,0
3673 8095-ref 876 . A G 559.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:593,45,0
3674 8095-ref 910 . G A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:159,12,0
3675 8095-ref 940 . T C 311.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:345,27,0
3676 8095-ref 1015 . G C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3677 8095-ref 1018 . C T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:71,0,29
3678 8095-ref 1050 . A T 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3679 8095-ref 1141 . A G 313.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
3680 8095-ref 1176 . T A 477.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:510,39,0
3681 8095-ref 1218 . A T 390.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:423,33,0
3682 8095-ref 1219 . A T 424.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:457,36,0
3683 8095-ref 1367 . C A 630.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4095;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:664,51,0
3684 8095-ref 1383 . G A 494.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:528,42,0
3685 8095-ref 1438 . A G 510.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=30.83;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:544,48,0
3686 8095-ref 1444 . C G 501.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=31.32;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:534,48,0
3687 8095-ref 1488 . A G 294.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:327,30,0
3688 8095-ref 1492 . T C 329.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:363,33,0
3689 8095-ref 1501 . A C 95.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=10.62;SB=-0.01;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:99:126,0,105
3690 8095-ref 1585 . T A 152.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0
3691 8095-ref 1604 . T G 103.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.93:134,0,22
3692 8095-ref 1680 . T A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
3693 8095-ref 1705 . T G 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
3694 8132-ref 103 . A T 679.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:712,54,0
3695 8132-ref 122 . G T 638.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:671,51,0
3696 8132-ref 185 . C T 236.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:269,21,0
3697 8132-ref 430 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3698 8132-ref 454 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3699 8158-ref 15 . G A 56.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.54;MQ0=0;QD=5.18;SB=6.01;sumGLbyD=7.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:86.94:87,0,238
3700 8158-ref 122 . A G 326.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4595;MQ=24.83;MQ0=0;QD=8.82;SB=-0.01;sumGLbyD=9.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:356,0,442
3701 8158-ref 132 . A T 393.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4569;MQ=25.28;MQ0=0;QD=10.64;SB=-0.01;sumGLbyD=11.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:424,0,436
3702 8158-ref 415 . T C 497.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:530,42,0
3703 8158-ref 421 . T A 538.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:571,45,0
3704 8158-ref 482 . T G 1611.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2758;MQ=34.08;MQ0=0;QD=33.57;SB=-394.14;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:45:99:1644,135,0
3705 8189-ref 149 . A G 430.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.71;SB=-0.01;sumGLbyD=30.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:34.87:461,0,35
3706 8189-ref 151 . T G 431.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.71;SB=6.00;sumGLbyD=24.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:461,0,160
3707 8189-ref 166 . A G 914.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.79;SB=-74.00;sumGLbyD=21.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:945,0,464
3708 8189-ref 167 . C G 963.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.90;SB=-74.00;sumGLbyD=22.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:42:99:994,0,425
3709 8189-ref 201 . A C 591.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6198;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.50;SB=-74.13;sumGLbyD=6.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,23:91:99:622,0,2406
3710 8189-ref 227 . A T 3137.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.4540;MQ=36.10;MQ0=0;QD=14.01;SB=-550.33;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,103:217:99:3168,0,3509
3711 8189-ref 229 . A G 4913.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=253;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.1545;MQ=36.21;MQ0=0;QD=19.42;SB=-1043.42;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,134:247:99:4170,0,3640
3712 8189-ref 263 . T C 2316.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.5281;MQ=36.36;MQ0=0;QD=7.45;SB=-571.26;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,88:304:99:2347,0,7548
3713 8189-ref 264 . C G 2320.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=307;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.5348;MQ=36.35;MQ0=0;QD=7.56;SB=-548.69;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:219,87:301:99:2351,0,7487
3714 8189-ref 321 . A T 482.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.37;SB=-108.50;sumGLbyD=26.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:48.47:512,0,48
3715 8189-ref 322 . T A 92.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.15;SB=3.00;sumGLbyD=17.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.90:122,0,86
3716 8189-ref 358 . G A 480.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.81;MQ0=0;QD=26.72;SB=-0.01;sumGLbyD=28.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.10:514,51,0
3717 8189-ref 367 . C T 83.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.16;MQ0=0;QD=2.69;SB=48.08;sumGLbyD=3.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:30:99:113,0,648
3718 8189-ref 386 . C T 1111.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.31;MQ0=0;QD=31.74;SB=-541.38;sumGLbyD=32.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1144,105,0
3719 8189-ref 389 . T G 1281.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.95;MQ0=0;QD=31.26;SB=-629.77;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1315,120,0
3720 8189-ref 391 . T C 1466.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9658;MQ=31.08;MQ0=0;QD=30.55;SB=-605.99;sumGLbyD=31.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:47:99:1499,104,0
3721 8189-ref 454 . G C 9052.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=345;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7994;MQ=34.47;MQ0=0;QD=26.24;SB=-74.00;sumGLbyD=23.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,238:341:99:8024,0,2546
3722 8189-ref 466 . A G 2044.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=385;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0968;MQ=34.76;MQ0=0;QD=5.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:287,98:376:99:2075,0,9641
3723 8189-ref 467 . C G 13667.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=376;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0772;MQ=34.71;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,376:372:99:13665,1119,0
3724 8189-ref 485 . A C 13080.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=360;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.8201;MQ=34.63;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,359:356:99:13039,1032,0
3725 8189-ref 501 . A T 1880.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=293;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.1353;MQ=34.84;MQ0=0;QD=6.42;SB=-0.01;sumGLbyD=6.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,82:292:99:1910,0,7110
3726 8189-ref 550 . A T 355.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.6947;MQ=36.61;MQ0=0;QD=2.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:132,24:156:99:385,0,4686
3727 8189-ref 554 . T A 202.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=18.1635;MQ=36.65;MQ0=0;QD=1.39;SB=-0.01;sumGLbyD=1.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,17:143:99:233,0,4401
3728 8189-ref 561 . A C 901.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.6889;MQ=36.82;MQ0=0;QD=5.43;SB=-0.01;sumGLbyD=5.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,39:160:99:931,0,4324
3729 8189-ref 600 . G A 5517.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=6.4613;MQ=36.79;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:142:99:5517,427,0
3730 8189-ref 640 . A G 1830.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1863,150,0
3731 8189-ref 644 . A T 441.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:475,39,0
3732 8189-ref 697 . T G 9577.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3402;MQ=36.96;MQ0=0;QD=38.01;SB=-2315.42;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,252:248:99:9577,746,0
3733 8189-ref 700 . T C 1820.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7083;MQ=36.96;MQ0=0;QD=6.82;SB=-537.10;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:199,68:263:99:1851,0,6735
3734 8189-ref 787 . G A 91.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=2.77;SB=6.01;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:99:121,0,932
3735 8189-ref 799 . A C 917.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-80.02;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:39.68:951,40,0
3736 8189-ref 800 . C T 912.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=32.61;SB=-77.97;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:9.01:945,9,0
3737 8189-ref 811 . A T 1591.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.10;MQ0=0;QD=35.37;SB=-80.02;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:95.41:1625,95,0
3738 8189-ref 837 . C T 625.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.28;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.16:658,20,0
3739 8189-ref 871 . C G 602.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.15:636,51,0
3740 8189-ref 932 . T C 180.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=18.03;SB=-26.81;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:9:7.30:210,0,7
3741 8189-ref 955 . G C 711.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.23;MQ0=0;QD=27.35;SB=-139.25;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:39.59:744,40,0
3742 8189-ref 964 . C T 960.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.90;MQ0=0;QD=28.24;SB=-168.89;sumGLbyD=29.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:66.96:993,67,0
3743 8189-ref 999 . T C 1400.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=28.31;MQ0=0;QD=23.73;SB=-73.84;sumGLbyD=24.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,52:59:99:1430,0,100
3744 8189-ref 1007 . T C 1570.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9736;MQ=28.61;MQ0=0;QD=31.41;SB=-139.26;sumGLbyD=32.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1604,150,0
3745 8189-ref 1014 . C G 823.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9683;MQ=29.66;MQ0=0;QD=21.66;SB=-20.60;sumGLbyD=22.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,32:36:99:853,0,130
3746 8189-ref 1043 . T G 307 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9983;MQ=26.80;MQ0=0;QD=19.19;SB=3.01;sumGLbyD=21.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:53.08:337,0,53
3747 8294-ref 1 . G C 18.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.00;MQ0=0;QD=9.10;SB=-0.01;sumGLbyD=25.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:5.99:49,6,0
3748 8294-ref 512 . C G 4765.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2209;MQ=22.96;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=26.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,176:175:99:4706,470,0
3749 8294-ref 587 . G T 11954.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=382;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.4886;MQ=36.08;MQ0=0;QD=31.30;SB=-320.57;sumGLbyD=30.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,351:331:99:11821,863,0
3750 8294-ref 643 . A G 23214.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=601;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7414;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.63;SB=-8345.41;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,600:599:99:23213,1803,0
3751 8318-ref 27 . A T 13.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=3.38;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:43.30:43,0,63
3752 8318-ref 28 . G T 13.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=3.38;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:43.31:43,0,54
3753 8318-ref 77 . C T 297.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.1188;MQ=33.70;MQ0=0;QD=16.52;SB=-0.01;sumGLbyD=18.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:15:64.11:327,0,64
3754 8318-ref 119 . G C 458.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3076;MQ=26.12;MQ0=0;QD=8.35;SB=-46.36;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:489,0,767
3755 8318-ref 139 . G T 1199.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8494;MQ=25.83;MQ0=0;QD=19.67;SB=-46.36;sumGLbyD=20.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,53:58:61.17:1230,0,61
3756 8318-ref 182 . A G 257.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7266;MQ=26.51;MQ0=0;QD=8.89;SB=3.00;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:288,0,376
3757 8318-ref 389 . T A 396.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8799;MQ=36.37;MQ0=0;QD=8.27;SB=-0.01;sumGLbyD=8.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:46:99:427,0,1032
3758 8318-ref 544 . G C 232.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.8380;MQ=33.18;MQ0=0;QD=1.66;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,22:131:99:263,0,3507
3759 8318-ref 614 . C T 4777.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4083;MQ=36.34;MQ0=0;QD=37.92;SB=-39.32;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,125:125:99:4737,336,0
3760 8318-ref 658 . G A 16.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9573;MQ=35.67;MQ0=0;QD=0.69;SB=-0.01;sumGLbyD=1.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:46.37:46,0,708
3761 8318-ref 808 . C G 710.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1314;MQ=23.60;MQ0=0;QD=7.11;SB=-0.01;sumGLbyD=7.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,38:98:99:741,0,1407
3762 8318-ref 846 . G T 827.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=3.9326;MQ=24.83;MQ0=0;QD=25.86;SB=-0.01;sumGLbyD=26.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.11:860,90,0
3763 8318-ref 1036 . G C 438.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.71;MQ0=0;QD=24.34;SB=-0.01;sumGLbyD=26.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.07:471,48,0
3764 8318-ref 1076 . G T 257.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=31.56;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=22.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:72.93:288,0,73
3765 8318-ref 1083 . A T 259.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=31.56;MQ0=0;QD=19.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:33.53:289,0,34
3766 8328-ref 307 . G C 275.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24.08:308,24,0
3767 8328-ref 316 . A G 394.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:427,33,0
3768 8328-ref 339 . A G 191.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=10.62;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:221,0,354
3769 8328-ref 351 . A G 476.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7884;MQ=36.07;MQ0=0;QD=21.64;SB=-0.01;sumGLbyD=23.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:506,0,209
3770 8328-ref 388 . G C 551.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.14:585,48,0
3771 8328-ref 415 . G C 300.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.07;SB=-0.01;sumGLbyD=27.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.92:330,0,4
3772 8328-ref 431 . G C 178.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=25.55;SB=-0.01;sumGLbyD=30.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.03:212,21,0
3773 8328-ref 445 . T C 46.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.39;SB=-0.01;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:13.67:77,0,14
3774 8328-ref 456 . G C 24.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.04;SB=-0.01;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:55,6,0
3775 8328-ref 487 . A G 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
3776 8328-ref 511 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3777 8328-ref 512 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3778 8403-ref 30 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3779 8403-ref 36 . C T 227.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:261,21,0
3780 8403-ref 63 . A T 1255.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.83;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1289,102,0
3781 8403-ref 119 . C G 16952.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=450;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7143;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,447:441:99:16951,1327,0
3782 8403-ref 125 . A G 19808.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=539;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=44.2125;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,528:524:99:19731,1534,0
3783 8403-ref 191 . C T 36754.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=54.5398;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,999:984:99:36711,2921,0
3784 8403-ref 232 . A G 35383.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=962;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=39.3207;MQ=35.33;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,957:949:99:35240,2743,0
3785 8403-ref 285 . G A 16820.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=489;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.9447;MQ=31.95;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,487:486:99:16789,1434,0
3786 8403-ref 298 . G C 12842.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=386;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.2035;MQ=30.55;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,385:385:99:12803,1122,0
3787 8403-ref 300 . C G 12122.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=366;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.8257;MQ=30.33;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,365:364:99:12079,1055,0
3788 8403-ref 316 . C G 2250.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.5539;MQ=26.08;MQ0=0;QD=21.23;SB=-0.01;sumGLbyD=21.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,88:101:79:2281,0,79
3789 8403-ref 352 . G T 3761.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.38;SB=-1469.32;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:97:99:3761,292,0
3790 8403-ref 355 . A G 6643.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0124;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.53;SB=-2349.51;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,176:172:99:6615,515,0
3791 8403-ref 442 . A G 37572.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=63.5248;MQ=36.90;MQ0=0;QD=37.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,995:985:99:37440,2920,0
3792 8403-ref 535 . T C 38190.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=55.1592;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.19;SB=-573.20;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,995:983:99:38108,2878,0
3793 8403-ref 792 . G A 37538.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=66.7458;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,994:981:99:37535,2952,0
3794 8403-ref 1161 . T C 36844.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.6235;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,996:971:99:36842,2922,0
3795 8403-ref 1188 . T A 20541.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=76.2888;MQ=36.91;MQ0=0;QD=20.54;SB=-0.01;sumGLbyD=17.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:465,531:982:99:17546,0,14807
3796 8403-ref 1258 . G A 37395.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=46.2038;MQ=36.91;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,990:968:99:37285,2873,0
3797 8403-ref 1400 . A G 35091.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=929;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=48.1084;MQ=35.91;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,926:921:99:35059,2742,0
3798 8403-ref 1443 . T C 2950.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=310;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=36.0645;MQ=33.92;MQ0=0;QD=9.52;SB=6.01;sumGLbyD=9.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:184,124:308:99:2981,0,6238
3799 8403-ref 1444 . C A 2501.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=297;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=35.1978;MQ=33.81;MQ0=0;QD=8.42;SB=3.00;sumGLbyD=8.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,111:294:99:2531,0,6211
3800 8403-ref 1445 . A C 1619.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=268;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.7344;MQ=33.70;MQ0=0;QD=6.04;SB=6.00;sumGLbyD=6.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:185,83:268:99:1650,0,6312
3801 8403-ref 1450 . A T 4038.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.1118;MQ=36.94;MQ0=0;QD=24.04;SB=12.03;sumGLbyD=21.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,111:158:99:3563,0,1359
3802 8403-ref 1451 . A T 3171.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.01;HRun=4;HaplotypeScore=28.9016;MQ=36.95;MQ0=0;QD=15.62;SB=12.03;sumGLbyD=15.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,103:192:99:3202,0,2684
3803 8403-ref 1534 . T A 37225.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=39.7585;MQ=36.57;MQ0=0;QD=37.23;SB=-40.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,992:968:99:37188,2910,0
3804 8403-ref 1588 . T A 18073.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=494;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.8258;MQ=35.76;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,486:482:99:18032,1447,0
3805 8403-ref 1594 . A T 10052.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=279;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7337;MQ=35.30;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,269:276:99:9691,536,0
3806 8403-ref 1633 . T A 12.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=109.4224;MQ=30.15;MQ0=0;QD=0.22;SB=-0.01;sumGLbyD=0.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,5:38:42:42,0,1027
3807 8403-ref 1635 . T C 1166.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9617;MQ=28.23;MQ0=0;QD=29.91;SB=-0.01;sumGLbyD=30.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1199,114,0
3808 8403-ref 1637 . T A 618.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9974;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.91;SB=-0.01;sumGLbyD=24.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:27:42.51:652,43,0
3809 8403-ref 1638 . G A 470.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.14;SB=-0.01;sumGLbyD=27.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:51.09:504,51,0
3810 8403-ref 1648 . C T 470.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.68;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.09:504,51,0
3811 8624-ref 181 . T C 363.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.78;MQ0=0;QD=25.99;SB=-0.01;sumGLbyD=28.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:11:33.10:397,33,0
3812 8624-ref 190 . G T 853.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=35.37;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:24:72.22:887,72,0
3813 8624-ref 211 . T C 1404.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=30.76;MQ0=0;QD=31.21;SB=-0.01;sumGLbyD=31.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:99:1438,108,0
3814 8624-ref 586 . T G 2364.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.84;MQ0=0;QD=27.17;SB=-0.01;sumGLbyD=27.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:85:99:2397,255,0
3815 8624-ref 601 . G A 2893.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4629;MQ=24.82;MQ0=0;QD=27.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:103:99:2926,309,0
3816 8624-ref 610 . C T 3737.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1644;MQ=24.88;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=28.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:129:99:3735,387,0
3817 8624-ref 685 . G A 289.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9561;MQ=23.43;MQ0=0;QD=6.89;SB=-0.01;sumGLbyD=7.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:41:99:319,0,568
3818 8624-ref 722 . C G 1936.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7260;MQ=36.58;MQ0=0;QD=18.27;SB=-0.01;sumGLbyD=18.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,61:104:99:1967,0,1390
3819 8624-ref 832 . T C 2473.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.4655;MQ=35.91;MQ0=0;QD=12.01;SB=-0.01;sumGLbyD=12.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,84:202:99:2504,0,3953
3820 8624-ref 841 . T C 2442.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0944;MQ=35.51;MQ0=0;QD=11.41;SB=-0.01;sumGLbyD=11.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,86:212:99:2472,0,4135
3821 8624-ref 853 . C T 7180.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.8855;MQ=34.97;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,202:203:99:6949,381,0
3822 8624-ref 889 . C T 7027.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.3552;MQ=35.56;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,189:198:99:6624,192,0
3823 8624-ref 913 . T C 7877.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=215;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2702;MQ=35.96;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,210:212:99:7762,523,0
3824 8624-ref 1027 . C T 9291.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1866;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=33.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,252:256:99:8913,392,0
3825 8624-ref 1075 . C T 9707.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=263;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.0520;MQ=36.42;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,256:259:99:9435,508,0
3826 8624-ref 1123 . T C 9499.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=267;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4295;MQ=35.93;MQ0=0;QD=35.58;SB=-0.01;sumGLbyD=33.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,254:263:99:9063,357,0
3827 8624-ref 1129 . T C 9018.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=252;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.5392;MQ=35.91;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=33.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,239:251:99:8527,294,0
3828 8624-ref 1195 . A G 7011.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6010;MQ=34.92;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,190:197:99:6672,254,0
3829 8624-ref 1201 . A T 7455.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=209;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.6427;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,202:207:99:7189,358,0
3830 8624-ref 1204 . A C 7857.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4918;MQ=35.32;MQ0=0;QD=34.61;SB=-0.01;sumGLbyD=32.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,214:223:99:7435,250,0
3831 8624-ref 1417 . T A 4695.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=301;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.7356;MQ=36.77;MQ0=0;QD=15.60;SB=-26.62;sumGLbyD=12.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,124:291:99:3818,0,5594
3832 8624-ref 1450 . T C 6886.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=306;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.4162;MQ=36.70;MQ0=0;QD=22.50;SB=-0.01;sumGLbyD=19.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:122,182:298:99:5954,0,3736
3833 8624-ref 1463 . G C 11257.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=311;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.5773;MQ=36.68;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,295:302:99:10733,485,0
3834 8624-ref 1587 . A G 3041.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3135;MQ=36.58;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,91:94:99:3074,135,0
3835 8624-ref 1605 . C T 150.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=4.7408;MQ=35.99;MQ0=0;QD=1.84;SB=9.01;sumGLbyD=2.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,12:80:99:181,0,2303
3836 8624-ref 1740 . C T 2887.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7313;MQ=35.89;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:82:99:2920,172,0
3837 8624-ref 1767 . G A 1911.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9323;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1944,122,0
3838 8624-ref 1802 . G C 754.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8326;MQ=33.14;MQ0=0;QD=34.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.18:788,66,0
3839 8624-ref 1818 . C T 344.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:378,30,0
3840 8769-ref 35 . G T 739.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.52;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:772,60,0
3841 8769-ref 97 . G T 1855.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1888,150,0
3842 8769-ref 279 . G T 1160.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0331;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-0.01;sumGLbyD=18.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:61:90.30:1194,90,0
3843 8769-ref 782 . G A 1031.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.28;SB=-198.17;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:20.54:1064,21,0
3844 8769-ref 815 . A G 711.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=18.72;SB=-0.01;sumGLbyD=19.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:741,0,478
3845 8769-ref 816 . T C 709.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=18.68;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:740,0,480
3846 8769-ref 866 . T G 478.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8649;MQ=32.73;MQ0=0;QD=31.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:512,45,0
3847 8826-ref 177 . C A 1625.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=25.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:62:99:1659,159,0
3848 8826-ref 192 . G A 2368.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=26.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:89:99:2402,240,0
3849 8826-ref 274 . G A 9012.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=271;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9394;MQ=32.36;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=32.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,265:265:99:8852,638,0
3850 8826-ref 396 . G C 8236.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=218;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,217:212:99:8196,635,0
3851 8826-ref 504 . C T 5838.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.5972;MQ=35.95;MQ0=0;QD=37.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,152:154:99:5751,429,0
3852 8826-ref 525 . A C 5387.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4864;MQ=35.95;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:142:99:5320,421,0
3853 8826-ref 550 . C T 4943.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7379;MQ=36.00;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,133:130:99:4943,391,0
3854 8826-ref 660 . G T 1012.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1045,81,0
3855 8983-ref 84 . C T 11.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:41.60:42,0,317
3856 8983-ref 98 . G T 355.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:389,30,0
3857 8983-ref 177 . C T 349.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.44;SB=-0.01;sumGLbyD=21.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:380,0,226
3858 8983-ref 301 . T C 114.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.17;SB=-0.01;sumGLbyD=10.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:144,0,279
3859 8983-ref 384 . C T 100.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.39;SB=-0.01;sumGLbyD=18.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:95.07:131,0,95
3860 8983-ref 485 . T A 102.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.48;SB=-0.01;sumGLbyD=26.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:132,0,25
3861 8983-ref 494 . A G 27.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.93;SB=-0.01;sumGLbyD=8.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:57.52:58,0,166
3862 8983-ref 500 . G A 185.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
3863 8983-ref 577 . T G 151.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=11.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:182,0,339
3864 8983-ref 655 . A G 353.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:386,30,0
3865 8983-ref 738 . C T 174.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:207,18,0
3866 8983-ref 765 . T C 215.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:249,21,0
3867 8983-ref 766 . C T 289.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:323,27,0
3868 8983-ref 783 . G T 42.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.69;SB=-0.01;sumGLbyD=8.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:72.17:72,0,211
3869 8983-ref 973 . C T 322.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.83;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:355,27,0
3870 8983-ref 1095 . A T 24.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.51;SB=-0.01;sumGLbyD=7.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:54.52:55,0,177
3871 8983-ref 1219 . A C 505.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:539,42,0
3872 9022-ref 117 . T C 372.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:405,33,0
3873 9022-ref 170 . T G 466.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:499,39,0
3874 9022-ref 287 . A G 504.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:537,42,0
3875 9022-ref 316 . T C 465.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:499,39,0
3876 9022-ref 441 . G A 319.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
3877 9114-ref 22 . T G 321.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:355,27,0
3878 9114-ref 100 . T C 684.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-40.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:717,54,0
3879 9114-ref 194 . C T 1596.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1629,126,0
3880 9114-ref 226 . G A 985.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:1019,78,0
3881 9114-ref 280 . T G 317.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.40;MQ0=0;QD=22.68;SB=-74.06;sumGLbyD=25.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:41.95:351,42,0
3882 9133-ref 64 . T G 1357.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1390,108,0
3883 9133-ref 80 . C A 1812.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.59;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1845,144,0
3884 9133-ref 198 . G C 2022.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.67;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2055,162,0
3885 9133-ref 217 . T G 2070.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.70;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2104,166,0
3886 9133-ref 242 . C A 1137.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:90.29:1171,90,0
3887 9133-ref 308 . G A 1605.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1639,129,0
3888 9133-ref 517 . A G 2053.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2086,160,0
3889 9133-ref 597 . A G 2170 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:58:99:2203,172,0
3890 9133-ref 616 . G A 1672.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1706,132,0
3891 9133-ref 724 . A G 983.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ=35.16;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1016,81,0
3892 9133-ref 736 . T C 987.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9825;MQ=35.09;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1021,81,0
3893 9183-ref 298 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3894 9183-ref 299 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3895 9183-ref 336 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3896 9224-ref 83 . G T 232.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.22;SB=-37.00;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:262,0,369
3897 9224-ref 223 . T G 518.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:552,42,0
3898 9224-ref 311 . A G 314.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=24.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:344,0,118
3899 9224-ref 312 . A G 654.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:688,54,0
3900 9224-ref 617 . T G 765.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.4569;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.27;SB=-0.01;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:796,0,397
3901 9224-ref 734 . C T 160.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.17;SB=-0.01;sumGLbyD=7.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:24:99:190,0,555
3902 9224-ref 812 . C G 765.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:798,63,0
3903 9224-ref 826 . A G 746.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.95;SB=-0.01;sumGLbyD=35.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:31.85:780,32,0
3904 9224-ref 982 . G T 1013.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9990;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:51.12:1047,51,0
3905 9224-ref 989 . A G 1044.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:50.28:1078,50,0
3906 9224-ref 1072 . G A 780.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:814,63,0
3907 9224-ref 1205 . G C 474.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:507,39,0
3908 9339-ref 28 . T C 101.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.21;SB=-0.01;sumGLbyD=26.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.75:131,0,23
3909 9339-ref 109 . G T 3526.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0038;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:93:99:3491,277,0
3910 9339-ref 133 . A G 1834.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9929;MQ=36.37;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,53:64:99:1865,0,237
3911 9339-ref 136 . G A 209.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9929;MQ=36.32;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=4.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,11:60:99:240,0,1716
3912 9339-ref 179 . A C 14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:43.82:44,0,167
3913 9339-ref 248 . T A 1572.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.2032;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1605,123,0
3914 9339-ref 381 . A C 973.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.59;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:26:78.24:1006,78,0
3915 9339-ref 452 . A C 2512.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8273;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.38;SB=-0.01;sumGLbyD=25.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,73:99:99:2543,0,721
3916 9339-ref 519 . A C 1077.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1111,84,0
3917 9339-ref 700 . T C 2711.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7333;MQ=36.55;MQ0=0;QD=20.09;SB=-0.01;sumGLbyD=20.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,82:133:99:2742,0,1673
3918 9339-ref 715 . C T 5753.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4985;MQ=36.53;MQ0=0;QD=38.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:5753,448,0
3919 9339-ref 839 . T G 6111.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2014;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:157:99:6111,472,0
3920 9339-ref 841 . A T 1178.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0672;MQ=36.75;MQ0=0;QD=7.37;SB=-0.01;sumGLbyD=7.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:116,44:159:99:1209,0,4045
3921 9339-ref 944 . G T 6474.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=165;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5721;MQ=37.00;MQ0=0;QD=39.24;SB=-0.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:164:99:6474,494,0
3922 9339-ref 968 . C T 1482.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6888;MQ=36.94;MQ0=0;QD=8.93;SB=-0.01;sumGLbyD=9.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,51:164:99:1512,0,3948
3923 9339-ref 1047 . A G 2790.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3670;MQ=34.73;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=18.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:147:99:2824,220,0
3924 9339-ref 1057 . G T 937.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.3698;MQ=33.55;MQ0=0;QD=9.28;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,40:99:99:967,0,1924
3925 9339-ref 1061 . G A 850.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6317;MQ=33.24;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,37:92:99:880,0,1843
3926 9339-ref 1065 . T C 1141.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1009;MQ=33.66;MQ0=0;QD=10.97;SB=-0.01;sumGLbyD=11.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,45:101:99:1171,0,1847
3927 9339-ref 1108 . G T 1731.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.6925;MQ=36.71;MQ0=0;QD=12.46;SB=-0.01;sumGLbyD=12.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,57:139:99:1762,0,2784
3928 9339-ref 1297 . T C 464.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.0929;MQ=36.42;MQ0=0;QD=8.14;SB=3.00;sumGLbyD=8.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,17:57:99:494,0,1347
3929 9339-ref 1330 . G C 2074.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4681;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.72;SB=-40.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2107,165,0
3930 9339-ref 1392 . G C 224.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.49;MQ0=0;QD=11.21;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:18:99:254,0,341
3931 9339-ref 1430 . A T 444.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.18;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:477,39,0
3932 9377-ref 42 . G A 4465.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3345;MQ=29.34;MQ0=0;QD=29.97;SB=-389.26;sumGLbyD=29.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:142:99:4434,397,0
3933 9377-ref 64 . G C 36692.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6711;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.69;SB=-115.99;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,986:969:99:36521,2821,0
3934 9377-ref 69 . C G 37929.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.8688;MQ=36.76;MQ0=0;QD=37.93;SB=-63.06;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,1000:992:99:37926,2985,0
3935 9377-ref 156 . T C 28184.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=811;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=56.0788;MQ=33.55;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,810:806:99:28149,2421,0
3936 9377-ref 161 . C G 25963.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=754;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.1087;MQ=33.34;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,752:750:99:25923,2222,0
3937 9377-ref 172 . G T 7949.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=265;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4661;MQ=26.68;MQ0=0;QD=30.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,262:264:99:7874,753,0
3938 9377-ref 173 . A C 6768.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=232;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2019;MQ=25.19;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=29.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,229:229:99:6765,688,0
3939 9377-ref 179 . C A 38.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.72;SB=-0.01;sumGLbyD=22.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:68,0,21
3940 9377-ref 358 . A G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
3941 9377-ref 361 . G A 29343.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=795;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=12.6562;MQ=35.16;MQ0=0;QD=36.91;SB=-5530.19;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,789:788:99:29285,2340,0
3942 9377-ref 367 . T A 36484.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.0994;MQ=35.78;MQ0=0;QD=36.48;SB=-12204.55;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,997:978:99:36457,2919,0
3943 9377-ref 398 . C G 35705.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.4945;MQ=33.70;MQ0=0;QD=35.71;SB=-11148.91;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,995:989:99:35642,2938,0
3944 9377-ref 444 . T A 20616.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=608;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.5451;MQ=32.44;MQ0=0;QD=33.91;SB=-24.90;sumGLbyD=33.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,597:594:99:20260,1700,0
3945 9377-ref 465 . T A 14681.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=445;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.5597;MQ=30.70;MQ0=0;QD=32.99;SB=-59.25;sumGLbyD=32.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,439:440:99:14612,1280,0
3946 9377-ref 472 . G T 6895.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=25.86;MQ0=0;QD=28.85;SB=29.62;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,234:238:99:6725,575,0
3947 9377-ref 475 . G T 500.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.10:533,54,0
3948 9378-ref 13 . A G 3084.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.9263;MQ=20.81;MQ0=0;QD=15.74;SB=-0.01;sumGLbyD=15.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,147:194:99:3115,0,612
3949 9378-ref 62 . A T 5050.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=201;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6291;MQ=20.91;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,200:199:99:5013,593,0
3950 9378-ref 80 . A C 4120.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7845;MQ=20.84;MQ0=0;QD=25.28;SB=-0.01;sumGLbyD=24.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,161:163:99:4064,461,0
3951 9378-ref 263 . T A 17752.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=606;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=25.05;MQ0=0;QD=29.30;SB=-269.09;sumGLbyD=29.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,601:604:99:17595,1666,0
3952 9378-ref 271 . A C 17927.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=608;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4667;MQ=25.10;MQ0=0;QD=29.49;SB=-473.96;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,605:605:99:17919,1818,0
3953 9378-ref 286 . A G 36428.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.4666;MQ=36.33;MQ0=0;QD=36.43;SB=-51.29;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,989:974:99:36093,2660,0
3954 9378-ref 288 . C A 34678.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=12.2552;MQ=35.54;MQ0=0;QD=34.68;SB=-23.69;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,991:943:99:34674,2837,0
3955 9378-ref 356 . G A 17458.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=567;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.6087;MQ=29.15;MQ0=0;QD=30.79;SB=-36.99;sumGLbyD=30.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,560:560:99:17248,1502,0
3956 9378-ref 377 . C T 17.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5075;MQ=30.41;MQ0=0;QD=2.90;SB=-0.01;sumGLbyD=7.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:3:30.99:47,0,31
3957 9378-ref 454 . A G 47.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=22.82;MQ0=0;QD=12.00;SB=-23.90;sumGLbyD=20.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9:80,9,0
3958 9378-ref 493 . C T 39.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=26.28;MQ0=0;QD=7.99;SB=2.99;sumGLbyD=13.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.67:70,0,50
3959 9399-ref 106 . A G 313.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.64;MQ0=0;QD=26.11;SB=-40.01;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.04:346,36,0
3960 9399-ref 112 . A G 381.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.76;MQ0=0;QD=27.25;SB=-37.80;sumGLbyD=29.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.06:415,42,0
3961 9399-ref 447 . G T 1147.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.24;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1180,90,0
3962 9399-ref 492 . T C 32.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.83;SB=-0.01;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:62.94:63,0,543
3963 9399-ref 561 . A C 796.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.5226;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.85;SB=-0.01;sumGLbyD=33.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:22:66.20:829,66,0
3964 9399-ref 585 . T C 679.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.16:713,57,0
3965 9399-ref 663 . C A 654.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:687,54,0
3966 9399-ref 723 . C G 308.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.83;SB=-0.01;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:341,27,0
3967 9399-ref 749 . T A 199.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:233,18,0
3968 9399-ref 829 . A G 221.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:254,21,0
3969 9399-ref 949 . G A 114.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:147,12,0
3970 9399-ref 1050 . T G 40.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
3971 9400-ref 660 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3972 9400-ref 693 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
3973 9400-ref 719 . C A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
3974 9400-ref 749 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3975 9445-ref 255 . T C 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.93:56,0,203
3976 9445-ref 268 . A G 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.27:64,0,105
3977 9445-ref 276 . G A 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,105
3978 9514-ref 294 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3979 9514-ref 513 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3980 9514-ref 525 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
3981 9514-ref 529 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
3982 9514-ref 547 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
3983 9518-ref 158 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
3984 9555-ref 48 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:89,9,0
3985 9555-ref 84 . G A 40.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=20.47;MQ0=0;QD=2.15;SB=-0.01;sumGLbyD=3.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:6:70.83:71,0,71
3986 9555-ref 89 . G C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8312;MQ=20.47;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:6:18.03:178,18,0
3987 9555-ref 99 . A G 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8307;MQ=20.47;MQ0=0;QD=0.61;SB=-0.01;sumGLbyD=2.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:6:41.21:41,0,100
3988 9555-ref 124 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9954;MQ=19.46;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,3:2:6.01:59,6,0
3989 9555-ref 347 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3990 9555-ref 355 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3991 9555-ref 384 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3992 9555-ref 398 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
3993 9591-ref 774 . T A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
3994 9591-ref 780 . C T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
3995 9591-ref 848 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3996 9591-ref 850 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
3997 9591-ref 897 . T C 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
3998 9591-ref 956 . C G 271.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.12;SB=-0.01;sumGLbyD=30.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:8.50:301,0,9
3999 9591-ref 973 . A C 298.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.87;SB=-0.01;sumGLbyD=32.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.91:329,0,10
4000 9591-ref 1019 . T C 265.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
4001 9591-ref 1045 . A G 416.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:450,36,0
4002 9591-ref 1066 . C T 498.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:531,42,0
4003 9591-ref 1177 . G T 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.04:157,12,0
4004 9591-ref 1178 . C T 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
4005 9591-ref 1212 . T C 162.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
4006 9591-ref 1240 . C T 364.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
4007 9591-ref 1339 . A G 161.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
4008 9591-ref 1351 . C T 164.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
4009 9591-ref 1364 . A G 121.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
4010 9591-ref 1486 . A G 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
4011 9591-ref 1575 . A C 161.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:195,18,0
4012 9591-ref 1584 . T C 165.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:199,18,0
4013 9591-ref 1614 . A G 235.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:268,24,0
4014 9591-ref 1626 . G A 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=17.97;SB=-0.01;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15.03:158,15,0
4015 9659-ref 196 . A G 76.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.14;SB=-0.01;sumGLbyD=26.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:107,0,28
4016 9659-ref 216 . G A 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
4017 9659-ref 277 . C G 202.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
4018 9659-ref 375 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4019 9659-ref 399 . G T 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
4020 9659-ref 413 . G A 59.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.92;SB=-0.01;sumGLbyD=22.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28:90,0,28
4021 9659-ref 498 . T A 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-36.74;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
4022 9659-ref 503 . C T 37.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.33;SB=-0.01;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:49.66:67,0,50
4023 9741-ref 169 . A C 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0
4024 9741-ref 198 . T A 26.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.82;MQ0=0;QD=3.83;SB=-0.01;sumGLbyD=8.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:56.76:57,0,130
4025 9741-ref 241 . C G 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:142,0,62
4026 9741-ref 261 . C T 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.96:65,0,105
4027 9741-ref 262 . G A 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:105,0,64
4028 9741-ref 265 . G T 30.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.08;SB=-0.01;sumGLbyD=12.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:60.40:60,0,105
4029 9741-ref 272 . T G 28.07 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.06:58,0,105
4030 9741-ref 346 . T C 321.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:354,27,0
4031 9741-ref 406 . T C 233.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
4032 9741-ref 412 . A C 221.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:255,21,0
4033 9741-ref 605 . T C 264.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:297,24,0
4034 9741-ref 647 . T C 19.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=8.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.37:49,0,128
4035 9741-ref 648 . C G 18.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:48.55:49,0,131
4036 9741-ref 654 . G C 107.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.79;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:140,12,0
4037 9741-ref 665 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4038 9741-ref 696 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4039 9741-ref 697 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4040 9741-ref 698 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4041 9741-ref 887 . A G 316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:350,27,0
4042 9741-ref 902 . A G 418.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:451,36,0
4043 9741-ref 1405 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4044 9785-ref 211 . T A 31.68 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=15.84;SB=-26.42;sumGLbyD=31.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0
4045 9804-ref 74 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4046 9804-ref 77 . A G 72.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0
4047 9804-ref 99 . G A 132.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.74;MQ0=0;QD=26.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:165,15,0
4048 9804-ref 146 . T G 59.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.44;MQ0=0;QD=19.81;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:91,9,0
4049 9804-ref 220 . A G 41.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=10.26;SB=-24.70;sumGLbyD=17.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15.65:71,0,16
4050 9804-ref 227 . C T 41.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=10.26;SB=-24.70;sumGLbyD=17.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:15.65:71,0,16
4051 9804-ref 354 . T G 184.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=27.40;MQ0=0;QD=23.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:217,21,0
4052 9804-ref 368 . G A 28.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.40;MQ0=0;QD=3.62;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:58.98:59,0,117
4053 9804-ref 374 . T C 187.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.98;MQ0=0;QD=26.76;SB=-0.01;sumGLbyD=31.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:220,21,0
4054 9804-ref 386 . T G 37.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=28.72;MQ0=0;QD=6.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:6:64.98:68,0,65
4055 9804-ref 501 . T C 445.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5441;MQ=28.84;MQ0=0;QD=10.36;SB=-53.04;sumGLbyD=11.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:41:99:475,0,562
4056 9804-ref 509 . C T 545.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7553;MQ=29.13;MQ0=0;QD=11.86;SB=-131.73;sumGLbyD=12.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:45:99:575,0,597
4057 9804-ref 522 . A G 223.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6661;MQ=31.07;MQ0=0;QD=4.38;SB=-15.98;sumGLbyD=4.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,12:49:99:254,0,1084
4058 9804-ref 565 . A G 1348.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.88;MQ0=0;QD=35.50;SB=-147.69;sumGLbyD=36.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1382,114,0
4059 9804-ref 585 . A G 1141.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.84;SB=-118.59;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.29:1175,90,0
4060 9804-ref 668 . C A 89.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=14.91;SB=-27.02;sumGLbyD=19.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:5:24.97:119,0,25
4061 9804-ref 669 . A C 86.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=17.29;SB=12.53;sumGLbyD=23.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:116,0,25
4062 9804-ref 670 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4063 9840-ref 755 . C G 35.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.16;SB=-0.01;sumGLbyD=13.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:43.21:66,0,43
4064 9840-ref 757 . A G 48.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.71;SB=-0.01;sumGLbyD=15.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:4:26.55:79,0,27
4065 9840-ref 1032 . G T 45.87 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
4066 9840-ref 1063 . G T 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.48;MQ0=0;QD=11.79;SB=-0.01;sumGLbyD=22.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.01:67,6,0
4067 9840-ref 1122 . G T 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=15.94;SB=-0.01;sumGLbyD=23.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23.22:94,0,23
4068 9840-ref 1125 . C T 71.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:104,9,0
4069 9840-ref 1258 . A G 37.41 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:69,6,0
4070 9840-ref 1470 . G C 16.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.35;SB=-0.01;sumGLbyD=6.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:46.36:46,0,170
4071 9901-ref 141 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4072 9901-ref 168 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4073 9901-ref 288 . C T 57.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.73;SB=-0.01;sumGLbyD=8.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:87.28:87,0,212
4074 9901-ref 324 . G C 125.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.55;SB=-0.01;sumGLbyD=15.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:155,0,167
4075 9901-ref 363 . C G 433.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.12:467,36,0
4076 9901-ref 414 . G A 277.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:310,24,0
4077 9901-ref 483 . C T 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
4078 9901-ref 573 . T C 52.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:82.53:83,0,200
4079 9901-ref 615 . A T 113.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.87;MQ0=0;QD=12.62;SB=-0.01;sumGLbyD=15.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:9:22.75:144,0,23
4080 9901-ref 633 . C T 120.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=12.06;SB=-0.01;sumGLbyD=15.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:151,0,145
4081 9901-ref 837 . G A 415.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:449,36,0
4082 9901-ref 867 . C G 211.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ=33.02;MQ0=0;QD=26.47;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:245,21,0
4083 9901-ref 873 . C T 88.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:120,12,0
4084 9901-ref 960 . C T 224.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:258,21,0
4085 9901-ref 966 . A G 232.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
4086 9901-ref 1221 . A G 327.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=36.52;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=17.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:357,0,299
4087 9901-ref 1248 . G A 593.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9350;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:627,48,0
4088 9901-ref 1314 . C T 486.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:10.79:519,11,0
4089 9901-ref 1320 . G A 477.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:10.79:510,11,0
4090 9901-ref 1361 . C A 13.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.20;SB=-0.01;sumGLbyD=3.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:42.95:43,0,275
4091 9901-ref 1423 . C T 562.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.59;SB=-0.01;sumGLbyD=31.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:20.63:592,0,21
4092 9901-ref 1461 . C T 512.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9265;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.26;SB=-0.01;sumGLbyD=23.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:21:67.29:542,0,67
4093 9901-ref 1530 . C T 351.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.14;SB=-0.01;sumGLbyD=27.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:75.76:382,0,76
4094 9901-ref 1554 . G A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
4095 9901-ref 1580 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4096 9907-ref 12 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9384;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:4:12.04:160,12,0
4097 9907-ref 184 . C A 660.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-316.17;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:694,54,0
4098 9907-ref 189 . C T 896.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.36;SB=-356.18;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:930,72,0
4099 9907-ref 262 . G A 1016.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.79;SB=-24.08;sumGLbyD=33.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:13.27:1049,13,0
4100 9907-ref 295 . A G 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,176
4101 10036-ref 341 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4102 10036-ref 356 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4103 10036-ref 359 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4104 10036-ref 385 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4105 10036-ref 683 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4106 10036-ref 692 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4107 10036-ref 714 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4108 10048-ref 370 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4109 10048-ref 399 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4110 10091-ref 19 . C A 66.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
4111 10091-ref 62 . C T 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,65
4112 10091-ref 64 . T C 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,62
4113 10091-ref 68 . A G 36.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:67,0,47
4114 10091-ref 83 . T C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
4115 10091-ref 87 . G A 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,110
4116 10091-ref 91 . T A 155.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
4117 10091-ref 122 . G A 461.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:495,39,0
4118 10091-ref 153 . A G 56.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9996;MQ=36.52;MQ0=0;QD=2.69;SB=-0.01;sumGLbyD=4.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,4:21:86.44:86,0,615
4119 10091-ref 192 . A G 78.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.38;SB=-0.01;sumGLbyD=6.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:17:99:109,0,433
4120 10091-ref 209 . T C 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.73;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:71:71,0,420
4121 10091-ref 220 . C A 127.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=3.00;sumGLbyD=11.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:158,0,315
4122 10091-ref 247 . G A 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-39.76;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
4123 10091-ref 251 . T C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=9.99;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28
4124 10091-ref 332 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4125 10091-ref 377 . G T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
4126 10091-ref 393 . G A 72.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=32.73;MQ0=0;QD=14.55;SB=-0.01;sumGLbyD=20.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.20:103,0,44
4127 10091-ref 452 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4128 10091-ref 454 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4129 10091-ref 563 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0
4130 10091-ref 601 . C G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
4131 10094-ref 95 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4132 10094-ref 284 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4133 10094-ref 290 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2032;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=23.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:3:9.03:119,9,0
4134 10094-ref 351 . A T 584.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.03;MQ0=0;QD=13.92;SB=-0.01;sumGLbyD=14.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:615,0,722
4135 10094-ref 383 . C G 2300.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0895;MQ=36.06;MQ0=0;QD=35.39;SB=-0.01;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:63:99:2334,190,0
4136 10094-ref 423 . A G 1827.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.17;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1861,147,0
4137 10094-ref 441 . A G 1438.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1472,117,0
4138 10094-ref 465 . A G 1037.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.24:1070,84,0
4139 10094-ref 546 . A G 788.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.32;MQ0=0;QD=34.27;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:821,69,0
4140 10094-ref 568 . A G 776.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.33;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:809,69,0
4141 10094-ref 572 . A G 658.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.15:692,60,0
4142 10094-ref 585 . C T 430.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:464,42,0
4143 10094-ref 721 . A G 12.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9735;MQ=36.58;MQ0=0;QD=0.54;SB=-0.01;sumGLbyD=1.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:42.72:43,0,734
4144 10094-ref 723 . G A 12.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=4.8401;MQ=36.58;MQ0=0;QD=0.51;SB=-0.01;sumGLbyD=1.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:41.91:42,0,741
4145 10094-ref 777 . G C 600.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:634,51,0
4146 10094-ref 861 . C T 289.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.25;SB=-0.01;sumGLbyD=24.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:12:43.93:319,0,44
4147 10094-ref 895 . C T 71.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.82;SB=-0.01;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
4148 10223-ref 52 . C T 796.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.44;SB=-355.47;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.16:829,84,0
4149 10223-ref 53 . C G 796.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.44;SB=-355.47;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.16:829,84,0
4150 10223-ref 56 . A G 1114.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.03;MQ0=0;QD=30.13;SB=-355.48;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1148,111,0
4151 10223-ref 57 . A T 1022.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.03;MQ0=0;QD=27.63;SB=-355.48;sumGLbyD=28.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:35:99:1055,105,0
4152 10223-ref 111 . A G 2455.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=31.11;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:73:99:2488,220,0
4153 10223-ref 145 . T C 3394.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.69;MQ0=0;QD=33.95;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:99:99:3394,298,0
4154 10223-ref 165 . A G 3920.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.94;MQ0=0;QD=34.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:112:99:3919,337,0
4155 10223-ref 166 . C T 3853.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.89;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,112:111:99:3853,334,0
4156 10223-ref 199 . A G 1587.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6152;MQ=35.77;MQ0=0;QD=14.70;SB=-0.01;sumGLbyD=14.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1618,0,1817
4157 10223-ref 261 . T A 1923.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1321;MQ=36.78;MQ0=0;QD=13.74;SB=-0.01;sumGLbyD=13.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,62:136:99:1954,0,2507
4158 10223-ref 295 . C G 2433.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.1998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-0.01;sumGLbyD=19.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,73:121:99:2464,0,1506
4159 10223-ref 424 . C T 7945.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.7725;MQ=36.95;MQ0=0;QD=38.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,204:204:99:7917,585,0
4160 10223-ref 492 . G C 7683 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=203;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6872;MQ=36.85;MQ0=0;QD=37.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,203:198:99:7682,596,0
4161 10223-ref 600 . T G 221 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9898;MQ=35.80;MQ0=0;QD=13.00;SB=-0.01;sumGLbyD=14.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:15:99:251,0,227
4162 10223-ref 601 . T C 592.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9921;MQ=35.82;MQ0=0;QD=22.78;SB=-0.01;sumGLbyD=24.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:26:17.17:625,17,0
4163 10223-ref 602 . G A 28.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.9954;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.04;SB=-0.01;sumGLbyD=2.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:27:58.03:58,0,772
4164 10223-ref 679 . A G 7551.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=197;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.9753;MQ=36.54;MQ0=0;QD=38.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,197:195:99:7551,587,0
4165 10223-ref 740 . T G 4515.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6342;MQ=34.18;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:124:99:4492,370,0
4166 10223-ref 746 . G T 4295.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6342;MQ=33.98;MQ0=0;QD=36.40;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:117:99:4295,352,0
4167 10223-ref 751 . A T 3961.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.05;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:109:99:3961,328,0
4168 10223-ref 785 . G C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
4169 10223-ref 804 . T C 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
4170 10223-ref 826 . G A 562.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:596,48,0
4171 10223-ref 865 . T C 1423.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7615;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1457,117,0
4172 10223-ref 921 . C G 556.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2997;MQ=35.06;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:589,48,0
4173 10223-ref 935 . A G 19.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=3.98;SB=-0.01;sumGLbyD=9.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:49.84:50,0,95
4174 10228-ref 236 . C T 1203.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.2389;MQ=36.08;MQ0=0;QD=13.37;SB=-0.01;sumGLbyD=13.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,41:86:99:1233,0,1539
4175 10228-ref 263 . T C 4456.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.45;SB=-29.63;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,118:117:99:4417,313,0
4176 10228-ref 290 . T C 1344.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8663;MQ=35.84;MQ0=0;QD=15.28;SB=-26.62;sumGLbyD=15.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:87:99:1374,0,1414
4177 10228-ref 296 . G A 3437.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8600;MQ=35.87;MQ0=0;QD=38.20;SB=-29.63;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3438,271,0
4178 10228-ref 365 . A G 2583.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.30;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:70:99:2616,211,0
4179 10228-ref 386 . A G 763.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.7112;MQ=35.26;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=12.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,27:63:99:793,0,1170
4180 10228-ref 418 . T G 1717.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7338;MQ=35.32;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1751,107,0
4181 10228-ref 424 . T C 13.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.25;MQ0=0;QD=0.29;SB=-0.01;sumGLbyD=0.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:47:43.66:44,0,1453
4182 10228-ref 450 . C T 1473.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9969;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:90.25:1506,90,0
4183 10228-ref 452 . T A 1374.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9969;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:83.92:1407,84,0
4184 10228-ref 504 . G C 137.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.47;SB=-0.01;sumGLbyD=34.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:170,15,0
4185 10228-ref 506 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4186 10283-ref 13 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4187 10283-ref 21 . A C 221.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:254,21,0
4188 10283-ref 64 . C T 571.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=31.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.15:604,48,0
4189 10283-ref 85 . A C 949.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:982,78,0
4190 10283-ref 201 . G A 537.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8652;MQ=35.46;MQ0=0;QD=26.87;SB=-26.62;sumGLbyD=28.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:20:41.26:567,0,41
4191 10283-ref 213 . C A 59.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.2579;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.47;SB=-0.01;sumGLbyD=12.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:86.35:89,0,86
4192 10283-ref 232 . G T 512.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.47;MQ0=0;QD=26.97;SB=-0.01;sumGLbyD=28.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:18:41.17:542,0,41
4193 10283-ref 281 . G A 1730.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6051;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:73.10:1763,73,0
4194 10283-ref 498 . C G 1009.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.40;SB=-80.02;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1043,81,0
4195 10283-ref 517 . G T 753.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.65;MQ0=0;QD=31.40;SB=-120.02;sumGLbyD=32.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.14:787,72,0
4196 10302-ref 210 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4197 10302-ref 572 . T C 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
4198 10302-ref 583 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4199 10364-ref 46 . G A 949.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:983,75,0
4200 10364-ref 136 . A T 1445.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7872;MQ=36.78;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=32.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:58.90:1479,59,0
4201 10364-ref 146 . A C 1545.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6949;MQ=36.78;MQ0=0;QD=33.60;SB=-0.01;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:90.83:1578,91,0
4202 10364-ref 208 . G A 1027.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.63;MQ0=0;QD=34.24;SB=-0.01;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:53.29:1060,53,0
4203 10364-ref 221 . C G 1024.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.66;MQ0=0;QD=33.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:58.01:1058,58,0
4204 10364-ref 241 . G C 803.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.28;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:837,69,0
4205 10364-ref 272 . A G 245.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:279,24,0
4206 10364-ref 311 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4207 10364-ref 375 . G T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
4208 10364-ref 384 . A G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8641;MQ=33.48;MQ0=0;QD=16.03;SB=-0.01;sumGLbyD=26.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:79,6,0
4209 10389-ref 270 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4210 10389-ref 368 . T G 72.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0
4211 10389-ref 481 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4212 10448-ref 73 . T G 88.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9972;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.82;SB=-0.01;sumGLbyD=11.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:118,0,206
4213 10448-ref 140 . T G 1322.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1356,105,0
4214 10448-ref 167 . T C 885.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.22:918,72,0
4215 10448-ref 299 . A C 1519.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1553,120,0
4216 10448-ref 314 . T C 1348.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.90;MQ0=0;QD=36.44;SB=-116.31;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1381,108,0
4217 10448-ref 330 . G C 939.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=32.38;SB=-116.15;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:26:78.23:972,78,0
4218 10448-ref 385 . A G 352.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.11;MQ0=0;QD=32.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:385,33,0
4219 10448-ref 387 . C G 285.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.55;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:319,27,0
4220 10448-ref 389 . A T 249.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:282,24,0
4221 10448-ref 411 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4222 10448-ref 433 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4223 10448-ref 473 . T C 213.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=12.56;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:244,0,257
4224 10448-ref 498 . A G 614.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.86;MQ0=0;QD=34.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:647,54,0
4225 10448-ref 515 . A G 670.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.30;MQ0=0;QD=33.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:703,60,0
4226 10448-ref 520 . T G 639.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.15:672,57,0
4227 10448-ref 582 . T A 163 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
4228 10480-ref 89 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4229 10571-ref 143 . C G 902.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:936,72,0
4230 10571-ref 160 . G A 626.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:659,51,0
4231 10571-ref 234 . C T 1862.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.6988;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1896,150,0
4232 10660-ref 740 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4233 10660-ref 821 . G C 15.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.52;SB=-0.01;sumGLbyD=7.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:45:45,0,141
4234 10660-ref 887 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4235 10660-ref 1680 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4236 10660-ref 1689 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4237 10683-ref 289 . A G 396.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:430,33,0
4238 10683-ref 322 . C T 139.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:172,15,0
4239 10683-ref 326 . C G 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
4240 10683-ref 373 . A C 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
4241 10683-ref 375 . A T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
4242 10683-ref 397 . A G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4243 10683-ref 479 . G T 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
4244 10683-ref 589 . A G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
4245 10764-ref 288 . C G 3425.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.69;MQ0=0;QD=30.31;SB=-0.01;sumGLbyD=30.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,113:110:99:3423,331,0
4246 10764-ref 307 . G C 5577.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=189;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6560;MQ=26.80;MQ0=0;QD=29.51;SB=-0.01;sumGLbyD=29.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,188:185:99:5574,556,0
4247 10764-ref 372 . G T 597.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.97;SB=-0.01;sumGLbyD=24.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:25:47.39:630,47,0
4248 10764-ref 373 . G T 575.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=26.16;SB=-0.01;sumGLbyD=27.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.06:609,66,0
4249 10764-ref 854 . T G 78.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:111,12,0
4250 10764-ref 969 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4251 10764-ref 1007 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4252 10764-ref 1252 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4253 10793-ref 100 . C G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
4254 10793-ref 128 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4255 10793-ref 218 . C G 305.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
4256 10793-ref 244 . G A 412.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:446,36,0
4257 10793-ref 262 . T G 346.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:380,30,0
4258 10793-ref 320 . A G 273.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.07:307,24,0
4259 10793-ref 345 . A G 354.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:387,30,0
4260 10793-ref 347 . A G 351.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:384,30,0
4261 10793-ref 439 . T C 609.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:643,51,0
4262 10793-ref 507 . C T 924.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.24:957,72,0
4263 10793-ref 571 . G C 670.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:704,54,0
4264 10793-ref 608 . G T 273.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
4265 10793-ref 634 . A G 441.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:474,36,0
4266 10793-ref 657 . G A 630.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:664,51,0
4267 10793-ref 899 . G T 600.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:16:48.16:634,48,0
4268 10793-ref 925 . T A 723.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,21:23:9.39:756,9,0
4269 10793-ref 1177 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
4270 10810-ref 280 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4271 10810-ref 317 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4272 10856-ref 41 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4273 10856-ref 180 . A G 78.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.62;SB=-0.01;sumGLbyD=27.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
4274 10856-ref 594 . T C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
4275 10856-ref 859 . A G 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
4276 10856-ref 1021 . A C 80.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
4277 10856-ref 1332 . T G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
4278 10856-ref 1359 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4279 10856-ref 1560 . G A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
4280 10856-ref 1561 . G T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
4281 10856-ref 1654 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4282 10856-ref 1666 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4283 10962-ref 107 . C T 45.87 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
4284 10962-ref 212 . C G 29.70 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.90;SB=-0.01;sumGLbyD=19.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.23:60,0,26
4285 10962-ref 272 . C T 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
4286 10962-ref 303 . T C 20.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.31;SB=-0.01;sumGLbyD=5.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:50.71:51,0,253
4287 10962-ref 453 . C T 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.27:64,0,97
4288 10962-ref 456 . G T 41.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.94;SB=-0.01;sumGLbyD=10.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:71.55:72,0,134
4289 10962-ref 486 . A T 272.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:305,24,0
4290 10962-ref 600 . G T 175.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.52;SB=-0.01;sumGLbyD=20.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:205,0,123
4291 10962-ref 639 . T C 125.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.49;SB=-0.01;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:156,0,233
4292 10962-ref 732 . G T 360.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=32.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.10:394,30,0
4293 10963-ref 115 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-38.07;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4294 10983-ref 122 . G T 200.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9974;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.32;SB=-0.01;sumGLbyD=16.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:230,0,232
4295 10983-ref 165 . A G 974.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1007,78,0
4296 10983-ref 281 . C T 432.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:465,36,0
4297 10983-ref 290 . C G 183.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
4298 10983-ref 301 . C T 183.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
4299 10983-ref 332 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4300 10983-ref 382 . C T 715.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.54;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.17:749,60,0
4301 10983-ref 439 . C T 881.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.04;HRun=2;HaplotypeScore=2.9420;MQ=33.77;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=35.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:915,75,0
4302 10983-ref 446 . T A 413.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9629;MQ=34.01;MQ0=0;QD=14.76;SB=-0.01;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:443,0,408
4303 10983-ref 481 . G A 722.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=34.39;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.17:755,63,0
4304 10983-ref 489 . G A 392.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7552;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:23:99:422,0,271
4305 10999-ref 122 . G A 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-28.38;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
4306 10999-ref 153 . A G 315.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.51;SB=-29.62;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:348,30,0
4307 10999-ref 154 . T A 314.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.45;SB=-29.62;sumGLbyD=34.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:347,30,0
4308 10999-ref 159 . A G 28.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=2.88;SB=3.00;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:58.79:59,0,229
4309 10999-ref 183 . A G 28.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=2.88;SB=3.00;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:58.79:59,0,229
4310 10999-ref 203 . T G 112.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
4311 10999-ref 323 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4312 10999-ref 334 . G A 358.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=0;QD=29.84;SB=-59.24;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:391,36,0
4313 10999-ref 374 . T G 426.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=28.44;SB=-59.25;sumGLbyD=30.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:42.10:460,42,0
4314 10999-ref 375 . T C 453.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.24;SB=-59.25;sumGLbyD=32.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:487,45,0
4315 10999-ref 404 . G A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
4316 10999-ref 408 . G C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
4317 10999-ref 564 . T C 78.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.41;MQ0=0;QD=15.63;SB=-27.21;sumGLbyD=22.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.01:111,12,0
4318 10999-ref 580 . G A 200.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.1335;MQ=25.16;MQ0=0;QD=22.30;SB=-27.64;sumGLbyD=25.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.03:234,24,0
4319 10999-ref 636 . T G 90.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.18;MQ0=0;QD=22.63;SB=-0.01;sumGLbyD=30.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:123,12,0
4320 11222-ref 78 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4321 11222-ref 107 . A C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
4322 11222-ref 112 . G C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
4323 11222-ref 127 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
4324 11222-ref 131 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
4325 11222-ref 188 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4326 11222-ref 197 . G C 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
4327 11222-ref 215 . G A 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
4328 11222-ref 294 . T C 254.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:287,24,0
4329 11222-ref 308 . T C 132.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=26.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:165,15,0
4330 11222-ref 316 . C T 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0
4331 11222-ref 346 . A C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
4332 11222-ref 361 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4333 11222-ref 363 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4334 11222-ref 466 . G A 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
4335 11222-ref 470 . A G 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
4336 11222-ref 585 . T C 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=35.28;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:199,15,0
4337 11222-ref 613 . C T 191.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
4338 11222-ref 671 . G T 392.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:426,33,0
4339 11222-ref 701 . T C 304.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:337,27,0
4340 11222-ref 719 . T C 115.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
4341 11222-ref 738 . T G 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
4342 11222-ref 757 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4343 11252-ref 214 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4344 11252-ref 548 . C A 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
4345 11252-ref 695 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4346 11365-ref 61 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4347 11365-ref 99 . C T 197.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
4348 11365-ref 235 . T C 930.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:964,75,0
4349 11365-ref 252 . A G 1049.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.25:1083,84,0
4350 11365-ref 253 . A G 1056.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1090,84,0
4351 11365-ref 396 . G A 697.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=36.22;MQ0=0;QD=26.84;SB=-0.01;sumGLbyD=28.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:40.50:731,41,0
4352 11365-ref 414 . G A 940.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:973,75,0
4353 11365-ref 444 . A G 998.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.25;MQ0=0;QD=36.97;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1031,81,0
4354 11365-ref 602 . G C 1591.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7879;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:42:99:1624,126,0
4355 11365-ref 891 . C T 2814.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3387;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:75:99:2848,223,0
4356 11365-ref 1013 . A T 3800.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=4.7963;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:98:99:3761,255,0
4357 11490-ref 88 . G A 579.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9149;MQ=33.68;MQ0=0;QD=30.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:613,54,0
4358 11490-ref 89 . C A 16.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9142;MQ=33.48;MQ0=0;QD=0.93;SB=-0.01;sumGLbyD=2.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:17:46.68:47,0,459
4359 11490-ref 91 . G A 327.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9645;MQ=32.73;MQ0=0;QD=21.82;SB=-0.01;sumGLbyD=23.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:13:2.08:357,2,0
4360 11490-ref 101 . T C 424.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:458,39,0
4361 11490-ref 134 . T C 14.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.85;SB=-0.01;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:44.61:45,0,215
4362 11490-ref 176 . T G 118.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:149,0,425
4363 11490-ref 299 . T G 889.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4502;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:51.54:923,52,0
4364 11490-ref 446 . C G 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:71,0,30
4365 11522-ref 68 . G A 753.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7324;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.33;SB=-0.01;sumGLbyD=20.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:784,0,499
4366 11522-ref 161 . G T 1148.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1181,93,0
4367 11522-ref 359 . T C 337.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.75;SB=-0.01;sumGLbyD=19.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:367,0,259
4368 11522-ref 389 . G A 628.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:661,51,0
4369 11522-ref 419 . G A 50.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.64;SB=-0.01;sumGLbyD=5.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:13:80.89:81,0,354
4370 11522-ref 530 . C T 622.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:655,51,0
4371 11522-ref 560 . A G 242.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:272,0,124
4372 11601-ref 52 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4373 11601-ref 56 . A G 201.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-39.88;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
4374 11601-ref 63 . G A 456.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7291;MQ=36.71;MQ0=0;QD=13.04;SB=3.00;sumGLbyD=13.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:486,0,651
4375 11601-ref 75 . T C 1138.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6633;MQ=36.66;MQ0=0;QD=19.30;SB=-27.59;sumGLbyD=19.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:1168,0,754
4376 11601-ref 155 . C T 3034.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9211;MQ=36.69;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=18.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,91:162:99:3065,0,2238
4377 11601-ref 157 . C T 2971.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=163;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9210;MQ=36.69;MQ0=0;QD=18.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,91:161:99:3001,0,2324
4378 11601-ref 281 . G A 4325.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=28.94;MQ0=0;QD=30.90;SB=-0.01;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:137:99:4288,409,0
4379 11601-ref 287 . A T 3879 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9936;MQ=28.07;MQ0=0;QD=30.30;SB=-0.01;sumGLbyD=29.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:124:99:3811,367,0
4380 11601-ref 297 . C T 4426.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.05;MQ0=0;QD=30.32;SB=-0.01;sumGLbyD=30.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,145:141:99:4425,424,0
4381 11601-ref 299 . T C 4565.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.11;MQ0=0;QD=31.70;SB=-0.01;sumGLbyD=31.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:143:99:4564,430,0
4382 11601-ref 331 . T C 6700.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2077;MQ=36.50;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,182:176:99:6672,527,0
4383 11893-ref 83 . T C 30.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9357;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.09;SB=-0.01;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:5:60.55:61,0,84
4384 11893-ref 177 . C T 726.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:20:60.19:760,60,0
4385 11893-ref 243 . A G 420 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.09;SB=-0.01;sumGLbyD=20.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:450,0,282
4386 11893-ref 298 . T C 353.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.73;MQ0=0;QD=9.30;SB=-0.01;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:383,0,862
4387 11893-ref 310 . T C 281.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=7.61;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:311,0,907
4388 11893-ref 350 . G A 1126.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:32:96.25:1159,96,0
4389 11893-ref 410 . A T 1369.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9998;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:74.36:1403,74,0
4390 11893-ref 414 . T A 1291.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9732;MQ=36.73;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:36:68.34:1325,68,0
4391 11893-ref 452 . G A 793.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:29.22:827,29,0
4392 11893-ref 527 . G A 1423.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.47;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1456,111,0
4393 11893-ref 759 . A C 888.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:921,72,0
4394 11893-ref 784 . T C 889.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8320;MQ=36.61;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:38.24:923,38,0
4395 11893-ref 847 . A G 626.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:659,51,0
4396 11893-ref 907 . C T 345.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:379,30,0
4397 11893-ref 1232 . A G 38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.38;SB=-0.01;sumGLbyD=4.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:67.99:68,0,449
4398 11947-ref 169 . G A 324.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:358,27,0
4399 11947-ref 320 . A G 14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:43.82:44,0,156
4400 11947-ref 327 . T A 196.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=28.06;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.02:229,21,0
4401 11947-ref 328 . T G 215.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:249,21,0
4402 11947-ref 365 . G A 155.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:188,15,0
4403 11947-ref 653 . C T 414.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8069;MQ=36.49;MQ0=0;QD=20.72;SB=-0.01;sumGLbyD=22.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:444,0,210
4404 11947-ref 680 . T A 930.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:964,75,0
4405 11947-ref 808 . C T 634.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.30;SB=-40.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:667,51,0
4406 11947-ref 826 . A G 192.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9288;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:223,0,379
4407 11947-ref 905 . A G 426.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:459,36,0
4408 11947-ref 930 . G A 464.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.81;SB=-0.01;sumGLbyD=27.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:97.22:494,0,97
4409 11947-ref 1130 . C G 285.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=12.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:24:99:315,0,455
4410 11947-ref 1271 . T C 437.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4537;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.83;SB=-0.01;sumGLbyD=17.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:468,0,372
4411 11947-ref 1349 . C T 1263.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1297,99,0
4412 11947-ref 1479 . G A 1337.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1371,105,0
4413 11947-ref 1763 . C T 394.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:424,0,509
4414 11947-ref 1947 . G A 485.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:519,39,0
4415 11947-ref 1966 . A G 145.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7876;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.60;SB=-0.01;sumGLbyD=17.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:84.58:176,0,85
4416 11947-ref 1969 . T A 15.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7876;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.56;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:45.50:45,0,279
4417 11961-ref 255 . A T 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0
4418 11961-ref 263 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4419 11961-ref 284 . A T 163.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:196,18,0
4420 11961-ref 323 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
4421 11961-ref 327 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
4422 11961-ref 330 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
4423 11993-ref 105 . G A 198.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
4424 11993-ref 111 . T C 257.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:291,24,0
4425 11993-ref 163 . T A 655.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=33.48;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:23:0.29:684,0,0
4426 11993-ref 178 . A G 662.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=33.02;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=28.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,22:24:6.39:692,0,6
4427 11993-ref 220 . C A 573.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=29.55;MQ0=0;QD=23.91;SB=-0.01;sumGLbyD=25.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,22:23:10.85:604,0,11
4428 11993-ref 223 . G A 627.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.58;MQ0=0;QD=26.14;SB=-0.01;sumGLbyD=27.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,22:24:5.63:657,0,6
4429 11993-ref 245 . C G 689.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.57;SB=-0.01;sumGLbyD=28.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:4.14:719,0,4
4430 11993-ref 263 . T C 795.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.19:829,69,0
4431 11993-ref 298 . T C 539.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.44;MQ0=0;QD=29.99;SB=-0.01;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:11.15:572,11,0
4432 11993-ref 372 . G A 901.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.1258;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:24:72.23:935,72,0
4433 11993-ref 556 . C T 1005.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1038,81,0
4434 11993-ref 557 . A G 1049.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.26:1083,84,0
4435 11993-ref 610 . G T 1150.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3569;MQ=36.47;MQ0=0;QD=30.28;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:33:99:1184,99,0
4436 11993-ref 634 . A G 1513.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4679;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1546,123,0
4437 11993-ref 798 . A G 379.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:413,33,0
4438 11993-ref 808 . T C 301.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:334,27,0
4439 12072-ref 218 . T A 2648.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:71:99:2682,214,0
4440 12072-ref 507 . T C 18.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3066;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.54;SB=-0.01;sumGLbyD=1.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,4:35:48.85:49,0,1101
4441 12072-ref 549 . G T 334.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:368,30,0
4442 12077-ref 12 . C A 203.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
4443 12077-ref 34 . G T 581.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:615,48,0
4444 12077-ref 64 . T A 394.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.75;SB=-0.01;sumGLbyD=22.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:19:33.11:427,33,0
4445 12077-ref 127 . G C 431.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9861;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:464,36,0
4446 12077-ref 135 . A T 232.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9861;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.50;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:15:99:263,0,194
4447 12077-ref 164 . G A 705.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.18:738,57,0
4448 12077-ref 475 . T A 1285.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=35.33;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:74.35:1319,74,0
4449 12077-ref 483 . A G 1177.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=35.18;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:65.33:1210,65,0
4450 12077-ref 488 . C A 54.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.23;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=2.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:84.33:84,0,1027
4451 12077-ref 527 . A G 1519.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:40:99:1552,120,0
4452 12077-ref 606 . C T 875.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8662;MQ=36.19;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.22:909,72,0
4453 12077-ref 798 . A G 810.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=35.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:844,69,0
4454 12077-ref 799 . C G 737.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.18:771,63,0
4455 12077-ref 816 . C T 625.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9982;MQ=36.03;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:21:21.60:659,22,0
4456 12077-ref 915 . C T 177.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.08;SB=-0.01;sumGLbyD=8.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:24:99:207,0,595
4457 12077-ref 934 . A G 1196.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.30:1229,96,0
4458 12077-ref 949 . A G 485.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.72;MQ0=0;QD=13.50;SB=-0.01;sumGLbyD=14.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:34:99:516,0,580
4459 12077-ref 981 . T A 430.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6616;MQ=36.58;MQ0=0;QD=17.92;SB=-0.01;sumGLbyD=19.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:460,0,312
4460 12077-ref 1043 . C T 580.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=29.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:613,60,0
4461 12077-ref 1048 . C G 578.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=28.94;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:612,60,0
4462 12077-ref 1052 . G A 575.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=28.77;SB=-0.01;sumGLbyD=30.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:608,60,0
4463 12077-ref 1053 . T A 540.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.77;MQ0=0;QD=28.43;SB=-0.01;sumGLbyD=30.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.11:573,57,0
4464 12077-ref 1128 . T C 47.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.32;SB=-0.01;sumGLbyD=7.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:77.52:78,0,264
4465 12077-ref 1140 . T G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
4466 12117-ref 823 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4467 12117-ref 845 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4468 12117-ref 847 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4469 12117-ref 849 . C T 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0
4470 12117-ref 900 . G A 385.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.19;MQ0=0;QD=29.65;SB=-0.01;sumGLbyD=32.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:418,39,0
4471 12117-ref 977 . A T 694.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9395;MQ=30.23;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:44.48:727,44,0
4472 12117-ref 1035 . G A 630.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=24.27;SB=-0.01;sumGLbyD=25.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:50.41:664,50,0
4473 12117-ref 1529 . T C 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:83,9,0
4474 12117-ref 1591 . C T 93.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.57;MQ0=0;QD=3.22;SB=-0.01;sumGLbyD=4.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:28:99:123,0,599
4475 12117-ref 1612 . C T 866.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.71;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.20:900,75,0
4476 12117-ref 1655 . C A 1193.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.39;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.30:1226,96,0
4477 12117-ref 1780 . A C 65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.83;SB=-0.01;sumGLbyD=15.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:95:95,0,102
4478 12117-ref 1781 . A G 68.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:94.18:98,0,94
4479 12117-ref 1783 . T A 74.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=14.86;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.20:104,0,44
4480 12117-ref 1784 . T G 145.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0
4481 12117-ref 1803 . A G 143.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.70;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:176,15,0
4482 12117-ref 1828 . T G 368.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:401,33,0
4483 12117-ref 1853 . C G 568.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:602,48,0
4484 12117-ref 1877 . T C 789.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:823,63,0
4485 12117-ref 1919 . C T 896.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:930,72,0
4486 12117-ref 1972 . G A 422.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:455,36,0
4487 12117-ref 2013 . G C 28.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=35.53;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.95:59,0,166
4488 12117-ref 2018 . A G 223.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:256,21,0
4489 12166-ref 668 . A G 195.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
4490 12166-ref 698 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:70,6,0
4491 12166-ref 728 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4492 12166-ref 791 . A T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
4493 12166-ref 872 . T A 184.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=30.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:16.73:214,0,17
4494 12166-ref 980 . A T 38.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:69,0,31
4495 12166-ref 1083 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4496 12200-ref 321 . T C 1233.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1267,99,0
4497 12200-ref 370 . C T 1032.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.25:1066,84,0
4498 12200-ref 475 . C T 1391.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=36.74;MQ0=0;QD=35.69;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1425,111,0
4499 12200-ref 674 . G T 1388.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6046;MQ=36.77;MQ0=0;QD=31.56;SB=-0.01;sumGLbyD=32.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:41:99:1421,120,0
4500 12200-ref 846 . G A 26.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.54;SB=-0.01;sumGLbyD=3.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:56.25:56,0,468
4501 12200-ref 864 . T G 119.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:152,12,0
4502 12229-ref 108 . T G 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0
4503 12229-ref 131 . T C 356.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:390,30,0
4504 12229-ref 624 . T A 354.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:388,30,0
4505 12229-ref 684 . C T 256.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8653;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.11;SB=-29.60;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:290,24,0
4506 12229-ref 685 . G C 105.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8653;MQ=35.72;MQ0=0;QD=13.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:98.95:135,0,99
4507 12229-ref 795 . G A 477.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:511,39,0
4508 12229-ref 828 . G A 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
4509 12229-ref 1054 . G A 15.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.57;SB=-0.01;sumGLbyD=4.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:8:45.53:46,0,215
4510 12248-ref 51 . A C 1954.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6972;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:53:99:1987,159,0
4511 12287-ref 151 . C T 117.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
4512 12287-ref 214 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4513 12287-ref 303 . A T 203.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
4514 12401-ref 30 . G A 145.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0
4515 12401-ref 44 . A G 224.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:258,21,0
4516 12401-ref 50 . A G 222.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:255,21,0
4517 12401-ref 85 . C T 553.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=30.76;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:51.12:587,51,0
4518 12401-ref 236 . G A 1135.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1169,90,0
4519 12401-ref 286 . A T 1255.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7464;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:65.33:1288,65,0
4520 12401-ref 448 . C A 809.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6540;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.81;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:843,66,0
4521 12401-ref 504 . C T 670.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.16:703,57,0
4522 12401-ref 512 . T G 936.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:970,78,0
4523 12401-ref 720 . A G 199.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
4524 12401-ref 894 . C G 2208.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8339;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2241,175,0
4525 12401-ref 1026 . T C 2243.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8326;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:59:99:2277,178,0
4526 12401-ref 1078 . C A 1642.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.89;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1675,132,0
4527 12401-ref 1133 . T C 297.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=27.06;SB=-0.01;sumGLbyD=30.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.07:331,30,0
4528 12401-ref 1134 . C A 334.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=31.04;MQ0=0;QD=30.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:367,33,0
4529 12401-ref 1144 . A C 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=27.04;MQ0=0;QD=17.97;SB=-0.01;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:5:15.03:158,15,0
4530 12401-ref 1157 . A G 351.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:384,30,0
4531 12401-ref 1160 . A G 346.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:379,30,0
4532 12458-ref 143 . C T 211.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:245,21,0
4533 12458-ref 258 . A G 570.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:603,48,0
4534 12458-ref 543 . A G 434.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:468,36,0
4535 12458-ref 650 . A G 589.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7273;MQ=36.40;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:622,48,0
4536 12458-ref 705 . A G 553.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:587,48,0
4537 12458-ref 711 . G T 455.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=32.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:9:487,9,0
4538 12458-ref 729 . A G 463.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8024;MQ=35.18;MQ0=0;QD=27.25;SB=-0.01;sumGLbyD=29.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:15:13.58:496,14,0
4539 12458-ref 906 . A C 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.09;SB=-0.01;sumGLbyD=29.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
4540 12518-ref 47 . G A 1499.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.24;MQ0=0;QD=32.59;SB=-0.01;sumGLbyD=33.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:43:99:1532,129,0
4541 12518-ref 53 . G C 416.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=25.6548;MQ=35.26;MQ0=0;QD=3.15;SB=-0.01;sumGLbyD=3.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,23:130:99:446,0,3622
4542 12518-ref 56 . T C 892.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=30.9522;MQ=35.37;MQ0=0;QD=5.01;SB=-0.01;sumGLbyD=5.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:138,39:176:99:922,0,4654
4543 12518-ref 64 . G A 8001.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1024;MQ=35.30;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,211:213:99:7948,607,0
4544 12518-ref 89 . C G 8283.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5309;MQ=35.31;MQ0=0;QD=37.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,222:219:99:8283,659,0
4545 12518-ref 130 . C T 1089.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9952;MQ=34.98;MQ0=0;QD=26.57;SB=-0.01;sumGLbyD=27.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,36:40:1.27:1118,0,1
4546 12518-ref 133 . A T 70.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ=28.94;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:7:55.01:100,0,55
4547 12518-ref 418 . G T 237.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.82;MQ0=0;QD=21.59;SB=-0.01;sumGLbyD=24.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:5.39:269,5,0
4548 12518-ref 425 . G A 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0
4549 12518-ref 443 . A T 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0
4550 12518-ref 445 . G A 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0
4551 12557-ref 468 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4552 12596-ref 61 . T A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=33.02;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,96
4553 12596-ref 63 . C G 274.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:308,27,0
4554 12596-ref 95 . C A 59.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.77;MQ0=0;QD=4.60;SB=-0.01;sumGLbyD=6.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:89.76:90,0,303
4555 12596-ref 109 . A G 16.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.12;SB=-0.01;sumGLbyD=3.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:14:46.75:47,0,382
4556 12596-ref 126 . T C 127.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=7.51;SB=-0.01;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:158,0,340
4557 12596-ref 142 . C G 154.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.02;MQ0=0;QD=19.35;SB=-0.01;sumGLbyD=23.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:53.74:185,0,54
4558 12596-ref 179 . T C 218.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=14.57;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:248,0,226
4559 12596-ref 329 . T A 381.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1955;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.29;SB=-0.01;sumGLbyD=4.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,17:84:99:411,0,2334
4560 12596-ref 341 . A T 1687.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.5310;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.54;SB=-0.01;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:100:99:1717,0,1586
4561 12596-ref 447 . A T 661.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9986;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.89;SB=-0.01;sumGLbyD=7.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,25:96:99:691,0,2467
4562 12596-ref 448 . T A 641.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9989;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.61;SB=-0.01;sumGLbyD=6.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,25:97:99:671,0,2489
4563 12596-ref 576 . T C 1371.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9962;MQ=36.90;MQ0=0;QD=13.06;SB=-0.01;sumGLbyD=13.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,46:102:99:1401,0,1943
4564 12596-ref 613 . C T 2804.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7204;MQ=36.83;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,89:178:99:2834,0,2903
4565 12596-ref 671 . T C 2832.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=156;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.6649;MQ=36.68;MQ0=0;QD=18.16;SB=-0.01;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,87:152:99:2863,0,2011
4566 12596-ref 738 . C T 5792.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=160;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.0410;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,159:153:99:5756,424,0
4567 12596-ref 740 . A G 211.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=158;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.0340;MQ=36.49;MQ0=0;QD=1.34;SB=-0.01;sumGLbyD=1.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:139,19:156:99:241,0,4837
4568 12596-ref 813 . C T 3228.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=23.3102;MQ=36.09;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=26.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,95:122:99:3259,0,700
4569 12596-ref 819 . A T 4706.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=131;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=47.3396;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,124:129:99:4457,139,0
4570 12596-ref 824 . C T 802.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2626;MQ=36.18;MQ0=0;QD=6.47;SB=-0.01;sumGLbyD=6.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,33:122:99:833,0,3106
4571 12596-ref 919 . C T 4520.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.48;MQ0=0;QD=38.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:116:99:4520,349,0
4572 12596-ref 944 . G A 3017.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.7770;MQ=36.40;MQ0=0;QD=25.35;SB=-0.01;sumGLbyD=25.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,88:117:99:3047,0,783
4573 12596-ref 1067 . C G 3338.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4757;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:88:99:3338,265,0
4574 12596-ref 1070 . T G 3164.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3462;MQ=35.96;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:85:99:3198,256,0
4575 12596-ref 1087 . A G 708.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4485;MQ=36.30;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=6.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:87,29:115:99:739,0,2967
4576 12596-ref 1119 . C T 5355.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=146;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9572;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:142:99:5355,427,0
4577 12596-ref 1181 . A G 3513.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8586;MQ=36.68;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:91:99:3513,274,0
4578 12596-ref 1212 . T A 11.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.52;SB=-0.01;sumGLbyD=1.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:41.63:42,0,693
4579 12636-ref 441 . T G 46.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9926;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.18;SB=-0.01;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:76.02:76,0,282
4580 12636-ref 444 . C G 27.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9985;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.89;SB=-0.01;sumGLbyD=8.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:7:57.20:57,0,142
4581 12636-ref 582 . T C 126.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7452;MQ=36.52;MQ0=0;QD=6.01;SB=-0.01;sumGLbyD=7.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:20:99:156,0,468
4582 12636-ref 624 . G A 19.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7884;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.81;SB=-0.01;sumGLbyD=4.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:10:49.91:50,0,289
4583 12636-ref 626 . T A 19.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7884;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.66;SB=-0.01;sumGLbyD=4.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:10:49.91:50,0,284
4584 12636-ref 627 . C G 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7884;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=3.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:42.49:42,0,315
4585 12701-ref 16 . A C 2376.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8008;MQ=32.81;MQ0=0;QD=28.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,78:84:63.20:2410,63,0
4586 12701-ref 19 . A G 12001.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=348;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9777;MQ=35.41;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,341:339:99:11940,987,0
4587 12701-ref 82 . G A 28761.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=794;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=218.6683;MQ=34.05;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,790:793:99:28597,2225,0
4588 12701-ref 88 . G C 10451.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=785;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=213.0876;MQ=34.04;MQ0=0;QD=13.31;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:493,292:780:99:8100,0,15572
4589 12701-ref 91 . T C 7133.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=700;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=215.5059;MQ=34.16;MQ0=0;QD=10.19;SB=-0.01;sumGLbyD=7.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:502,198:697:99:5032,0,16185
4590 12701-ref 99 . G A 7314.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=239;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.1974;MQ=29.42;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=30.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,234:234:99:7173,565,0
4591 12701-ref 124 . C G 14800.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=382;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.75;SB=-555.14;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,380:381:99:14721,1067,0
4592 12701-ref 203 . T A 263.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9701;MQ=32.91;MQ0=0;QD=6.75;SB=18.05;sumGLbyD=7.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:34:99:293,0,689
4593 12701-ref 208 . A T 978.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9701;MQ=32.11;MQ0=0;QD=29.65;SB=-29.62;sumGLbyD=30.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:30.73:1011,31,0
4594 12701-ref 213 . T A 600.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.6901;MQ=27.56;MQ0=0;QD=7.70;SB=-0.01;sumGLbyD=8.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:60:99:631,0,832
4595 12701-ref 222 . T C 782.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=16.1905;MQ=23.44;MQ0=0;QD=3.91;SB=-391.58;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,51:192:99:812,0,3391
4596 12701-ref 224 . C A 6628.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=247;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9818;MQ=23.37;MQ0=0;QD=26.84;SB=-470.29;sumGLbyD=26.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,243:240:99:6546,644,0
4597 12701-ref 252 . C G 471.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=818;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=71.5560;MQ=31.37;MQ0=0;QD=0.58;SB=1945.97;sumGLbyD=0.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:732,84:807:99:501,0,21411
4598 12701-ref 285 . A G 5863.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=844;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=67.1814;MQ=31.37;MQ0=0;QD=6.95;SB=333.75;sumGLbyD=4.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:649,191:783:99:3500,0,16999
4599 12701-ref 357 . G A 2013.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5843;MQ=22.98;MQ0=0;QD=23.14;SB=-335.76;sumGLbyD=23.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,83:82:99:2046,149,0
4600 12701-ref 408 . G A 9098.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=332;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.6467;MQ=24.67;MQ0=0;QD=27.40;SB=-502.72;sumGLbyD=27.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,325:316:99:8997,881,0
4601 12701-ref 424 . C A 7218.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.7093;MQ=25.21;MQ0=0;QD=28.20;SB=-182.67;sumGLbyD=27.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,245:249:99:7035,590,0
4602 12701-ref 426 . C G 6863.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=241;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=23.1489;MQ=25.44;MQ0=0;QD=28.48;SB=-0.01;sumGLbyD=27.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,233:235:99:6685,558,0
4603 12701-ref 429 . C T 5665.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=281;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1507;MQ=25.48;MQ0=0;QD=20.16;SB=-26.62;sumGLbyD=17.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,197:275:99:4835,0,1708
4604 12701-ref 475 . C A 9364.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=402;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3346;MQ=27.90;MQ0=0;QD=23.29;SB=-3650.56;sumGLbyD=20.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,292:392:99:8154,0,1847
4605 12701-ref 477 . C G 9265.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=422;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.2667;MQ=27.80;MQ0=0;QD=21.96;SB=-3576.27;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:130,292:412:99:8022,0,2440
4606 12701-ref 486 . A T 5085.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=482;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.8485;MQ=27.50;MQ0=0;QD=10.55;SB=-966.50;sumGLbyD=7.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:304,176:456:99:3660,0,7665
4607 12701-ref 500 . A C 14459.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=5.0404;MQ=27.48;MQ0=0;QD=30.50;SB=-5427.06;sumGLbyD=30.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,467:468:99:14311,1264,0
4608 12701-ref 517 . G A 9711.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=333;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5264;MQ=25.35;MQ0=0;QD=29.16;SB=-3211.84;sumGLbyD=28.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,329:328:99:9598,903,0
4609 12701-ref 531 . T A 5334.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=25.48;MQ0=0;QD=28.83;SB=-1461.89;sumGLbyD=28.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,182:180:99:5292,501,0
4610 12701-ref 703 . A C 929.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.4190;MQ=22.39;MQ0=0;QD=6.59;SB=-0.01;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,53:137:99:960,0,1852
4611 12701-ref 884 . G A 1098 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=238;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.9679;MQ=23.17;MQ0=0;QD=4.61;SB=-0.01;sumGLbyD=4.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:170,68:228:99:1128,0,3827
4612 12701-ref 919 . C T 3197.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=262;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5408;MQ=23.31;MQ0=0;QD=12.20;SB=-0.01;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,145:257:99:3227,0,2403
4613 12701-ref 934 . G A 3512.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4581;MQ=23.64;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=28.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:3510,375,0
4614 12701-ref 941 . G C 509.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=23.92;MQ0=0;QD=7.72;SB=-0.01;sumGLbyD=8.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:62:99:540,0,831
4615 12701-ref 952 . A T 547.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8318;MQ=24.23;MQ0=0;QD=15.22;SB=-0.01;sumGLbyD=16.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:578,0,239
4616 12701-ref 954 . G A 712.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8308;MQ=24.48;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.09:746,78,0
4617 12728-ref 74 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4618 12728-ref 150 . G A 3422.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4298;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3422,265,0
4619 12728-ref 207 . C A 3391.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0977;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:88:99:3392,265,0
4620 12728-ref 292 . C T 2808.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:74:99:2841,223,0
4621 12728-ref 309 . T C 3912.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3298;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,106:102:99:3873,267,0
4622 12728-ref 348 . A G 3003.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7878;MQ=35.38;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,85:89:99:3036,116,0
4623 12728-ref 362 . G T 3517.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2829;MQ=35.64;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,93:97:99:3358,133,0
4624 12728-ref 527 . T C 5303.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.0816;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,144:144:99:5182,313,0
4625 12728-ref 580 . A T 5216.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8331;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,136:138:99:5136,335,0
4626 12728-ref 587 . C T 5949.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7556;MQ=36.29;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,156:156:99:5909,429,0
4627 12728-ref 874 . C A 1146.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6788;MQ=36.20;MQ0=0;QD=30.17;SB=-0.01;sumGLbyD=30.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,35:37:4.81:1176,0,5
4628 12728-ref 875 . A G 57.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=14.8591;MQ=36.20;MQ0=0;QD=1.50;SB=-0.01;sumGLbyD=2.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,6:38:87.09:87,0,1114
4629 12728-ref 884 . T C 781.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.55;SB=-0.01;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,22:23:45.52:814,46,0
4630 12728-ref 886 . A G 680.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.15:714,57,0
4631 12728-ref 899 . T A 1525.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.78;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:44:92.40:1559,92,0
4632 12728-ref 916 . C G 2799.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7538;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:74:99:2832,223,0
4633 12728-ref 1091 . G T 2752.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3476;MQ=35.52;MQ0=0;QD=36.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:74:99:2785,223,0
4634 12728-ref 1118 . A G 2702.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6975;MQ=35.45;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:72:99:2736,217,0
4635 12728-ref 1121 . G T 2682.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6975;MQ=35.49;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:73:99:2715,217,0
4636 12728-ref 1235 . A G 2770.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1657;MQ=36.85;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:75:99:2804,186,0
4637 12728-ref 1263 . G A 16.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7137;MQ=36.72;MQ0=0;QD=0.40;SB=-0.01;sumGLbyD=1.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,5:40:45.97:46,0,1243
4638 12728-ref 1403 . T A 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
4639 12728-ref 1404 . T A 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
4640 12728-ref 1405 . T A 30.25 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.12;SB=-0.01;sumGLbyD=31.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:61,6,0
4641 12761-ref 70 . G A 625.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=32.91;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:17.18:658,17,0
4642 12761-ref 131 . A G 2273.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7437;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2306,178,0
4643 12761-ref 273 . C T 1438.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1472,114,0
4644 12761-ref 332 . C T 1931.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7831;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:1964,153,0
4645 12761-ref 542 . C T 1629.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7341;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:42:99:1663,126,0
4646 12761-ref 673 . C T 1766.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.40;SB=-0.01;sumGLbyD=39.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1800,138,0
4647 12761-ref 734 . G T 2156.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2189,169,0
4648 12761-ref 849 . G A 2956.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:77:99:2990,232,0
4649 12761-ref 914 . G T 3008.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9657;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,80:82:99:3041,167,0
4650 12761-ref 982 . C T 3836.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6001;MQ=36.90;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:99:99:3804,265,0
4651 12761-ref 1048 . A G 828.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7317;MQ=36.13;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:23:69.21:861,69,0
4652 12761-ref 1099 . A T 1665.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.72;SB=-0.01;sumGLbyD=39.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1698,129,0
4653 12761-ref 1163 . A C 680.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.16:713,57,0
4654 12761-ref 1173 . A T 527.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.13:560,45,0
4655 12795-ref 18 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
4656 12795-ref 54 . A G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
4657 12795-ref 62 . A C 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.96:50,0,28
4658 12795-ref 67 . A G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.78:50,0,29
4659 12795-ref 389 . T C 438.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:472,36,0
4660 12795-ref 405 . T G 316.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8662;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.42;SB=-0.01;sumGLbyD=28.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:40.26:347,0,40
4661 12795-ref 512 . G A 721.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=39.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:755,57,0
4662 12795-ref 528 . T G 638.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:17.18:671,17,0
4663 12795-ref 600 . T C 350.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:383,30,0
4664 12795-ref 640 . G T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9325;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:110,9,0
4665 12795-ref 648 . G A 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=15.93;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:94,0,25
4666 12795-ref 663 . G A 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
4667 12795-ref 815 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
4668 12795-ref 885 . C T 123.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
4669 12807-ref 13 . A T 43.46 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
4670 12807-ref 103 . T G 161.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
4671 12807-ref 260 . C G 1241.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0563;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1275,105,0
4672 12807-ref 270 . C T 662.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5983;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.57;SB=-0.01;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,25:37:99:693,0,425
4673 12807-ref 277 . G C 1412.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.52;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:40:99:1445,120,0
4674 12807-ref 304 . C A 1184.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1217,99,0
4675 12807-ref 379 . A G 1432.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.74;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1466,114,0
4676 12807-ref 395 . C G 1230.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1264,99,0
4677 12807-ref 562 . A T 2364.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.67;MQ0=0;QD=38.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2398,184,0
4678 12807-ref 631 . T C 1818.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.59;MQ0=0;QD=37.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1851,144,0
4679 12807-ref 661 . T A 685.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.08;SB=-39.32;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:719,57,0
4680 12807-ref 681 . T A 57.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=11.53;SB=3.01;sumGLbyD=17.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.54:88,0,64
4681 12965-ref 125 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4682 12965-ref 132 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4683 12965-ref 159 . T A 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
4684 12965-ref 232 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4685 12965-ref 445 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4686 12965-ref 475 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
4687 12965-ref 515 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4688 12965-ref 557 . G A 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4689 12965-ref 622 . G A 312.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.05;SB=-0.01;sumGLbyD=26.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:12:43.90:343,0,44
4690 12965-ref 665 . T A 53.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.43;SB=-0.01;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:12:83.19:83,0,275
4691 12965-ref 718 . T A 318.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=31.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:351,30,0
4692 12965-ref 739 . A G 71.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:102,0,149
4693 12965-ref 751 . G A 204.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:238,21,0
4694 12965-ref 754 . T C 80.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.59:111,0,52
4695 12965-ref 767 . C A 21.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.55;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:51.59:52,0,111
4696 12981-ref 82 . T C 1521.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5655;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1555,120,0
4697 12981-ref 347 . C T 1931.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9665;MQ=22.37;MQ0=0;QD=19.91;SB=-0.01;sumGLbyD=20.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,85:96:32.47:1961,0,32
4698 12981-ref 416 . A G 1015.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5856;MQ=28.76;MQ0=0;QD=24.76;SB=-0.01;sumGLbyD=25.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,37:40:17.25:1048,17,0
4699 12981-ref 418 . C T 65.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.4523;MQ=30.55;MQ0=0;QD=1.29;SB=-0.01;sumGLbyD=1.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,9:51:95.68:96,0,1267
4700 12981-ref 514 . T C 3950.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6827;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=33.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,114:110:99:3915,328,0
4701 12981-ref 613 . C G 6347.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5502;MQ=35.70;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:167:99:6286,472,0
4702 12981-ref 638 . G T 7772.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=204;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.2892;MQ=36.45;MQ0=0;QD=38.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,201:200:99:7742,599,0
4703 12981-ref 687 . T G 3146.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8469;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:82:99:3180,244,0
4704 12981-ref 698 . G A 1233.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1267,99,0
4705 12981-ref 713 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4706 12991-ref 210 . A G 2384.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.13;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,79:81:99:2418,188,0
4707 12991-ref 217 . G T 3652.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=123;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3662;MQ=27.36;MQ0=0;QD=29.70;SB=-0.01;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,121:122:99:3595,311,0
4708 12991-ref 264 . G A 4415.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8344;MQ=26.55;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=29.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,147:148:99:4358,389,0
4709 12991-ref 297 . A G 2264.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.5564;MQ=31.33;MQ0=0;QD=31.03;SB=-0.01;sumGLbyD=31.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:70:99:2298,188,0
4710 12991-ref 421 . A G 3188.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ=32.56;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:94:99:3222,243,0
4711 12991-ref 442 . C T 1694.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9984;MQ=28.54;MQ0=0;QD=30.81;SB=-0.01;sumGLbyD=31.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:55:99:1727,162,0
4712 12991-ref 448 . C T 1412.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.60;MQ0=0;QD=28.83;SB=-0.01;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1446,107,0
4713 12991-ref 474 . C T 1111.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.36;MQ0=0;QD=27.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:83.23:1145,83,0
4714 12991-ref 490 . G T 15.64 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.57;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:45.51:46,0,234
4715 12991-ref 491 . T C 37.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:68,0,47
4716 12991-ref 497 . T A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
4717 12991-ref 572 . T G 86.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.61;SB=-0.01;sumGLbyD=12.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:116,0,153
4718 12991-ref 590 . C T 164.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
4719 12991-ref 597 . A G 113.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7742;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.72;SB=-0.01;sumGLbyD=29.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:146,12,0
4720 12991-ref 614 . C T 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
4721 12991-ref 624 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4722 12991-ref 671 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4723 13033-ref 687 . G T 245.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
4724 13033-ref 688 . C T 246.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
4725 13064-ref 51 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4726 13064-ref 110 . G T 418.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:452,36,0
4727 13064-ref 155 . G A 817.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9085;MQ=36.30;MQ0=0;QD=28.18;SB=-0.01;sumGLbyD=29.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:25:35.21:850,35,0
4728 13064-ref 171 . C A 39.90 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=3.9977;MQ=36.63;MQ0=0;QD=1.48;SB=-0.01;sumGLbyD=2.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,4:27:69.89:70,0,802
4729 13064-ref 489 . G A 1694.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7128;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1728,138,0
4730 13064-ref 609 . G T 988.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7851;MQ=36.67;MQ0=0;QD=16.21;SB=-0.01;sumGLbyD=16.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:1019,0,985
4731 13064-ref 630 . C A 2093.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6132;MQ=36.29;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2127,172,0
4732 13064-ref 674 . A C 2397.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.38;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:63:99:2431,190,0
4733 13064-ref 789 . A G 3188.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8661;MQ=36.53;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:3221,220,0
4734 13064-ref 798 . C G 3292.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8321;MQ=36.53;MQ0=0;QD=38.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3292,259,0
4735 13064-ref 879 . C T 1026.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.9498;MQ=36.66;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,34:89:99:1056,0,1862
4736 13064-ref 1017 . A G 1030.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7230;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.17;SB=-0.01;sumGLbyD=17.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:58:99:1060,0,844
4737 13064-ref 1101 . A T 3083.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7575;MQ=36.76;MQ0=0;QD=36.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,82:84:99:3116,178,0
4738 13064-ref 1460 . G A 4077.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6168;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.11;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,103:107:99:3920,201,0
4739 13064-ref 1626 . C T 111.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=6.8274;MQ=31.58;MQ0=0;QD=3.99;SB=-0.01;sumGLbyD=5.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:142,0,652
4740 13064-ref 1627 . C T 928.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.8274;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=34.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.21:961,84,0
4741 13064-ref 1653 . C T 299.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.6229;MQ=33.88;MQ0=0;QD=8.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:330,0,769
4742 13064-ref 1671 . G T 2227.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.11;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2260,181,0
4743 13064-ref 1672 . A G 2274.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.14;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2307,184,0
4744 13064-ref 1775 . G T 1575.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4076;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:41:99:1609,123,0
4745 13064-ref 1851 . C T 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
4746 13064-ref 1855 . T A 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
4747 13064-ref 1928 . A G 31.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.97:62,0,123
4748 13064-ref 1974 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4749 13083-ref 76 . A G 1112.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:56.32:1146,56,0
4750 13083-ref 91 . A G 1169.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:70.67:1203,71,0
4751 13083-ref 678 . C T 887.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6671;MQ=35.14;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.21:920,75,0
4752 13083-ref 1064 . G A 365.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.55;MQ0=0;QD=26.13;SB=-0.01;sumGLbyD=28.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.05:399,42,0
4753 13083-ref 1099 . C T 770.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.17;MQ0=0;QD=30.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.15:803,75,0
4754 13083-ref 1107 . C G 697.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.17;MQ0=0;QD=27.91;SB=-0.01;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:23:69.13:731,69,0
4755 13083-ref 1163 . A G 136.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.29;SB=-0.01;sumGLbyD=33.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
4756 13168-ref 283 . T A 289.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:323,27,0
4757 13168-ref 324 . T G 197.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.28;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:231,18,0
4758 13168-ref 395 . A C 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
4759 13168-ref 559 . T A 232.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:265,21,0
4760 13168-ref 674 . G A 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:360,27,0
4761 13168-ref 707 . C T 266.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
4762 13168-ref 845 . T C 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
4763 13168-ref 979 . A C 380.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:414,33,0
4764 13168-ref 988 . G T 425.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:458,36,0
4765 13168-ref 1117 . A G 457.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:491,39,0
4766 13168-ref 1197 . T C 419.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=32.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:2.08:449,2,0
4767 13168-ref 1279 . C T 676.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.18:710,54,0
4768 13168-ref 1323 . G A 400.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:434,36,0
4769 13168-ref 1536 . A T 573.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.18;SB=-0.01;sumGLbyD=31.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:18.92:606,19,0
4770 13168-ref 1625 . C T 779.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:813,63,0
4771 13168-ref 1637 . C A 825.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.21:859,66,0
4772 13168-ref 1725 . C G 632.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:665,51,0
4773 13168-ref 2023 . A G 1899.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.19;MQ0=0;QD=37.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1932,150,0
4774 13168-ref 2062 . A G 907.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.22:941,78,0
4775 13168-ref 2067 . T G 891.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.91;MQ0=0;QD=34.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.21:925,78,0
4776 13168-ref 2102 . T C 773.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.25;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:32.20:807,32,0
4777 13168-ref 2103 . C G 966 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.86;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:48.68:999,49,0
4778 13168-ref 2209 . C T 1121.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1155,90,0
4779 13168-ref 2267 . T C 1275.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4355;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1309,102,0
4780 13168-ref 2302 . C T 1098.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9862;MQ=36.67;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:54.72:1132,55,0
4781 13168-ref 2369 . A G 924.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.24;SB=-0.01;sumGLbyD=35.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.23:958,75,0
4782 13247-ref 84 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4783 13247-ref 146 . A T 71.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:104,9,0
4784 13247-ref 182 . G T 30.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:60.54:61,0,100
4785 13247-ref 218 . G A 3716.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8295;MQ=36.90;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3716,289,0
4786 13247-ref 325 . A G 9981.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=270;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=20.4883;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.97;SB=-40.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,266:260:99:9880,773,0
4787 13247-ref 356 . T C 8525.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=222;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.3128;MQ=36.31;MQ0=0;QD=38.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,221:222:99:8497,665,0
4788 13247-ref 397 . G A 7216.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6422;MQ=35.57;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,192:191:99:7192,551,0
4789 13247-ref 423 . G A 5540.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8229;MQ=34.72;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,150:149:99:5539,448,0
4790 13247-ref 434 . T C 4634.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3325;MQ=34.67;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:4634,376,0
4791 13247-ref 466 . T G 1979.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7312;MQ=34.01;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2013,168,0
4792 13247-ref 498 . A T 985.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9954;MQ=36.66;MQ0=0;QD=32.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:22.84:1018,23,0
4793 13247-ref 554 . C T 457 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.64;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:490,42,0
4794 13247-ref 572 . G T 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:218,21,0
4795 13247-ref 573 . A T 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:218,21,0
4796 13247-ref 585 . G T 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:218,21,0
4797 13247-ref 664 . C T 137.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:171,15,0
4798 13247-ref 678 . A G 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0
4799 13247-ref 680 . G A 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
4800 13247-ref 707 . A G 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:27.11:50,0,27
4801 13247-ref 830 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4802 13285-ref 169 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-28.38;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
4803 13285-ref 196 . A C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-39.22;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
4804 13285-ref 202 . G T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-39.22;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
4805 13285-ref 274 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4806 13291-ref 239 . A T 706.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9977;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.64;SB=-115.74;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60.17:739,60,0
4807 13291-ref 396 . C T 324.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:358,30,0
4808 13291-ref 433 . C G 650.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:684,54,0
4809 13291-ref 453 . C T 704.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:738,57,0
4810 13291-ref 517 . C T 1482.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1515,117,0
4811 13291-ref 522 . T C 1524.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1558,120,0
4812 13291-ref 649 . G A 24.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:54.18:54,0,122
4813 13291-ref 1111 . G A 1489.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=22.5113;MQ=29.82;MQ0=0;QD=27.08;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:53:84.93:1522,85,0
4814 13291-ref 1112 . T A 27.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=40.4867;MQ=30.55;MQ0=0;QD=0.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,6:36:57.73:58,0,930
4815 13291-ref 1113 . A G 509.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8648;MQ=25.49;MQ0=0;QD=20.39;SB=-0.01;sumGLbyD=21.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,21:25:5.24:539,0,5
4816 13291-ref 1114 . C G 433.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=25.94;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=22.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:19.91:463,0,20
4817 13291-ref 1115 . G C 310.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=26.91;MQ0=0;QD=20.67;SB=-0.01;sumGLbyD=22.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:34.92:340,0,35
4818 13291-ref 1119 . G T 78.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
4819 13291-ref 1189 . C A 726.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=20.77;SB=-0.01;sumGLbyD=21.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,30:34:86.46:757,0,86
4820 13291-ref 1191 . G A 1021.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.21;SB=-0.01;sumGLbyD=23.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,39:43:65.09:1051,0,65
4821 13291-ref 1242 . G A 15572.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=410;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.3419;MQ=35.75;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,409:409:99:15549,1209,0
4822 13291-ref 1254 . T A 17569.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=463;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2238;MQ=35.90;MQ0=0;QD=37.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,463:460:99:17568,1384,0
4823 13291-ref 1378 . C G 14754 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=393;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=25.0085;MQ=36.38;MQ0=0;QD=37.54;SB=-160.03;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,391:386:99:14718,1159,0
4824 13291-ref 1390 . A G 12095.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=322;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=29.4620;MQ=36.24;MQ0=0;QD=37.57;SB=-160.03;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,318:319:99:11980,845,0
4825 13291-ref 1407 . C T 13119.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=346;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=11.1242;MQ=36.56;MQ0=0;QD=37.92;SB=-592.32;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,343:341:99:13118,1026,0
4826 13291-ref 1466 . C T 4660.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8711;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.20;SB=-435.78;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:120:99:4660,361,0
4827 13291-ref 1479 . T A 21.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.69;SB=22.81;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:51.52:52,0,187
4828 13291-ref 1527 . A C 52.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.12;SB=-26.63;sumGLbyD=20.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.77:82,0,26
4829 13291-ref 1548 . C T 2209.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9652;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.83;SB=-68.21;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2243,178,0
4830 13291-ref 1562 . A T 3008.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.48;MQ0=0;QD=38.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:3041,235,0
4831 13291-ref 1617 . T C 12025.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=309;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2647;MQ=36.54;MQ0=0;QD=38.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,308:307:99:11987,921,0
4832 13291-ref 1674 . G A 1063.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8894;MQ=33.82;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:59.27:1097,59,0
4833 13291-ref 1677 . G A 1078.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9953;MQ=33.71;MQ0=0;QD=33.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1111,96,0
4834 13291-ref 1683 . A T 160.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9953;MQ=27.57;MQ0=0;QD=14.61;SB=-0.01;sumGLbyD=17.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:42.57:191,0,43
4835 13360-ref 26 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4836 13360-ref 123 . A T 16.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5572;MQ=23.00;MQ0=0;QD=4.11;SB=-0.01;sumGLbyD=11.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:18.66:46,0,19
4837 13360-ref 473 . A C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
4838 13360-ref 476 . C T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
4839 13360-ref 501 . C G 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
4840 13360-ref 569 . G A 155.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:189,15,0
4841 13360-ref 594 . G T 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
4842 13360-ref 763 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4843 13407-ref 100 . G A 3294.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4681;MQ=36.88;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:85:99:3295,256,0
4844 13407-ref 184 . G C 102.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=25.54;SB=-54.09;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:135,12,0
4845 13407-ref 235 . T A 4454.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7334;MQ=30.13;MQ0=0;QD=31.37;SB=-114.07;sumGLbyD=31.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:140:99:4451,421,0
4846 13407-ref 273 . T C 1791.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=137;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3699;MQ=31.35;MQ0=0;QD=13.07;SB=-65.07;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,66:137:99:1821,0,1987
4847 13407-ref 306 . C A 563.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9014;MQ=28.86;MQ0=0;QD=11.50;SB=-0.01;sumGLbyD=12.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:48:99:594,0,554
4848 13407-ref 307 . C T 1316.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=28.40;MQ0=0;QD=29.27;SB=-0.01;sumGLbyD=30.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1350,132,0
4849 13473-ref 115 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4850 13473-ref 351 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4851 13473-ref 372 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4852 13511-ref 18 . A G 2517.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3256;MQ=36.55;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2551,202,0
4853 13511-ref 45 . T A 5809.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.1185;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,149:149:99:5810,448,0
4854 13511-ref 151 . C T 2393.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5707;MQ=34.85;MQ0=0;QD=35.20;SB=-29.63;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:67:99:2427,199,0
4855 13511-ref 156 . A G 1595.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7871;MQ=34.14;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=33.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1629,138,0
4856 13511-ref 169 . G A 773.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.19;MQ0=0;QD=29.73;SB=-0.01;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.16:806,78,0
4857 13511-ref 179 . C G 629.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.64;MQ0=0;QD=27.35;SB=-0.01;sumGLbyD=28.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.13:662,66,0
4858 13511-ref 224 . G A 927.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.15;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.21:961,84,0
4859 13511-ref 230 . C T 528.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.15;MQ0=0;QD=18.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,20:28:99:559,0,232
4860 13511-ref 244 . T C 248.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.09;MQ0=0;QD=13.78;SB=-0.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:17:99:278,0,221
4861 13511-ref 259 . A G 76.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=7.70;SB=-0.01;sumGLbyD=10.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:107,0,195
4862 13511-ref 269 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:110,9,0
4863 13511-ref 514 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4864 13511-ref 515 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4865 13511-ref 516 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4866 13511-ref 547 . T A 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4995;MQ=24.95;MQ0=0;QD=5.66;SB=-0.01;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,3:3:9.01:83,9,0
4867 13511-ref 578 . T G 918.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=32.7866;MQ=20.34;MQ0=0;QD=0.92;SB=1291.28;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:841,157:979:99:948,0,17545
4868 13511-ref 579 . G A 24046.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.1592;MQ=20.31;MQ0=0;QD=24.05;SB=-5109.97;sumGLbyD=23.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,992:968:99:23945,2894,0
4869 13511-ref 672 . A G 24221.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=866;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.0312;MQ=24.41;MQ0=0;QD=27.97;SB=-248.98;sumGLbyD=27.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,861:849:99:24148,2544,0
4870 13511-ref 693 . G A 24026.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=856;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=38.2051;MQ=24.24;MQ0=0;QD=28.07;SB=-248.98;sumGLbyD=28.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,851:845:99:23986,2515,0
4871 13559-ref 55 . A G 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=26.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:107,9,0
4872 13559-ref 64 . G T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
4873 13559-ref 91 . A T 442.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:476,36,0
4874 13559-ref 194 . T C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-79.31;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
4875 13559-ref 272 . G A 821.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8583;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.35;SB=-40.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:855,66,0
4876 13559-ref 380 . T C 716.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:749,57,0
4877 13626-ref 83 . T C 15.69 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:45.57:46,0,155
4878 13626-ref 127 . T G 623.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8549;MQ=36.66;MQ0=0;QD=20.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:29:99:653,0,300
4879 13626-ref 139 . C A 791.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9882;MQ=36.71;MQ0=0;QD=22.61;SB=-0.01;sumGLbyD=23.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,25:34:99:821,0,291
4880 13626-ref 202 . G T 341.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.93;MQ0=0;QD=22.75;SB=-0.01;sumGLbyD=24.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:14:74.17:371,0,74
4881 13626-ref 204 . A C 371.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.78;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=28.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:33.14:401,0,33
4882 13626-ref 232 . C A 246.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:279,24,0
4883 13626-ref 239 . C A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.80;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.82:71,0,102
4884 13626-ref 275 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4885 13626-ref 276 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4886 13626-ref 380 . G A 400.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2987;MQ=34.64;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=19.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:21:99:431,0,217
4887 13626-ref 421 . T C 672.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.22;MQ0=0;QD=24.91;SB=-0.01;sumGLbyD=26.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,23:27:78.81:703,0,79
4888 13626-ref 437 . C G 372.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.79;MQ0=0;QD=21.93;SB=-0.01;sumGLbyD=23.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:17:39.08:406,39,0
4889 13626-ref 439 . C A 271.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=18.10;SB=-0.01;sumGLbyD=20.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:302,0,115
4890 13626-ref 465 . G C 334.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=30.40;SB=-0.01;sumGLbyD=33.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:367,33,0
4891 13626-ref 520 . C G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
4892 13626-ref 529 . G T 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=1.65;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:41.19:41,0,138
4893 13626-ref 550 . G T 64.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=8.05;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:94.43:94,0,124
4894 13626-ref 584 . T A 158.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:191,18,0
4895 13626-ref 592 . G C 70.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=11.74;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:56.32:100,0,56
4896 13626-ref 622 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4897 13638-ref 677 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4898 13659-ref 71 . T A 255.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.22;MQ0=0;QD=31.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:289,24,0
4899 13659-ref 107 . C T 170.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.24;MQ0=0;QD=28.45;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:204,18,0
4900 13659-ref 141 . C G 35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=17.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0
4901 13659-ref 328 . A T 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0
4902 13659-ref 359 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4903 13659-ref 390 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4904 13659-ref 404 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4905 13792-ref 68 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4906 13792-ref 89 . G A 120.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
4907 13792-ref 176 . T C 672.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9732;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:20:54.17:705,54,0
4908 13792-ref 242 . G T 494.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:527,42,0
4909 13792-ref 340 . T C 667.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:701,57,0
4910 13792-ref 366 . G A 872.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.22:905,72,0
4911 13792-ref 376 . A C 806.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.21:840,66,0
4912 13792-ref 481 . C T 422.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:455,39,0
4913 13792-ref 513 . A G 157.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.31;SB=-0.01;sumGLbyD=31.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:191,18,0
4914 13792-ref 518 . G T 75.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=15.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:87.15:106,0,87
4915 13792-ref 583 . A C 616.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=34.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:650,51,0
4916 13792-ref 938 . C T 1066.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1099,84,0
4917 13792-ref 1196 . G A 1064.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3345;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:36.82:1097,37,0
4918 13792-ref 1527 . G T 855.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.69;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,25:27:2.44:885,1,0
4919 13792-ref 1535 . C T 1303.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1337,102,0
4920 13792-ref 1555 . G A 1375.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4685;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:77.39:1408,77,0
4921 13792-ref 1665 . A C 2268.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2302,178,0
4922 13798-ref 277 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4923 13798-ref 290 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4924 13985-ref 333 . T C 12.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9998;MQ=36.07;MQ0=0;QD=1.13;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.16:42,0,308
4925 13985-ref 498 . C T 244.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:278,21,0
4926 13985-ref 718 . G C 215.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.59;SB=-0.01;sumGLbyD=22.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:246,0,122
4927 13985-ref 927 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4928 14057-ref 114 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4929 14057-ref 260 . A G 159.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
4930 14057-ref 311 . G A 370.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8579;MQ=35.24;MQ0=0;QD=9.04;SB=-0.01;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:40:99:400,0,850
4931 14057-ref 321 . A G 323.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4601;MQ=35.47;MQ0=0;QD=6.89;SB=-0.01;sumGLbyD=7.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:46:99:354,0,1091
4932 14057-ref 339 . G C 150.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9819;MQ=35.60;MQ0=0;QD=3.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,10:43:99:180,0,1137
4933 14057-ref 420 . G A 766.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:799,63,0
4934 14057-ref 434 . C T 1058.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.27:1091,87,0
4935 14057-ref 503 . A C 822.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.12;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:856,69,0
4936 14057-ref 528 . G A 196.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:229,18,0
4937 14057-ref 545 . A G 31.82 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:63,6,0
4938 14067-ref 160 . G C 3551.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.2908;MQ=23.88;MQ0=0;QD=27.53;SB=-0.01;sumGLbyD=27.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:126:99:3549,378,0
4939 14067-ref 231 . T G 11771.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=318;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.2780;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,316:309:99:11708,904,0
4940 14067-ref 397 . G A 11767.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=319;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.6131;MQ=36.46;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,316:312:99:11726,899,0
4941 14067-ref 415 . C A 11143.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=292;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.7827;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,288:289:99:11040,767,0
4942 14067-ref 482 . G A 3581.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7936;MQ=36.47;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:94:99:3581,283,0
4943 14067-ref 505 . C T 1285.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9774;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1318,105,0
4944 14067-ref 515 . A T 102.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=30.07;MQ0=0;QD=12.78;SB=-0.01;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:77.80:132,0,78
4945 14067-ref 516 . T C 94.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.54;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
4946 14067-ref 531 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
4947 14093-ref 25 . G A 297.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:330,27,0
4948 14093-ref 153 . T A 118 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
4949 14114-ref 491 . T G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
4950 14121-ref 1102 . G A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
4951 14121-ref 1103 . A C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
4952 14121-ref 1108 . G A 136.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=22.82;SB=-0.01;sumGLbyD=28.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.01:170,18,0
4953 14121-ref 1114 . G A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
4954 14121-ref 1151 . T A 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
4955 14121-ref 1184 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
4956 14122-ref 283 . C G 75.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=26.28;MQ0=0;QD=15.02;SB=-21.73;sumGLbyD=21.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.61:105,0,15
4957 14122-ref 428 . G A 73.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.39;SB=-0.01;sumGLbyD=25.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:104,0,28
4958 14122-ref 496 . G C 65.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.14;SB=-0.01;sumGLbyD=19.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.53:96,0,64
4959 14122-ref 501 . G T 33.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:63.54:64,0,90
4960 14122-ref 583 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4961 14122-ref 607 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4962 14122-ref 621 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4963 14123-ref 67 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4964 14123-ref 79 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4965 14123-ref 316 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
4966 14123-ref 429 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4967 14123-ref 443 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4968 14123-ref 450 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
4969 14281-ref 59 . T A 320.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:354,27,0
4970 14281-ref 111 . A G 380.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:414,33,0
4971 14281-ref 116 . T G 407.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:440,33,0
4972 14281-ref 120 . G C 64.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.58;SB=-0.01;sumGLbyD=5.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:94.47:94,0,473
4973 14281-ref 121 . C T 129.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.18;SB=-0.01;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:160,0,500
4974 14281-ref 837 . C T 1292.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=24.19;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1325,138,0
4975 14281-ref 853 . A T 1292.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.19;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1325,138,0
4976 14281-ref 854 . C G 1292.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.19;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1325,138,0
4977 14281-ref 882 . G A 583.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.77;SB=-0.01;sumGLbyD=29.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.10:616,63,0
4978 14282-ref 33 . T G 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
4979 14282-ref 69 . G A 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
4980 14282-ref 78 . A G 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0
4981 14282-ref 103 . T G 132.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:165,15,0
4982 14282-ref 107 . A G 27.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.54;SB=-0.01;sumGLbyD=9.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:57.21:57,0,121
4983 14282-ref 114 . G C 184.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
4984 14282-ref 267 . G C 541.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:575,45,0
4985 14282-ref 325 . T C 174.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=19.37;SB=-0.01;sumGLbyD=22.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:81.12:204,0,81
4986 14282-ref 335 . A C 184.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0
4987 14282-ref 354 . T C 153.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0
4988 14282-ref 380 . G A 458.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:492,39,0
4989 14282-ref 383 . T C 495.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:529,42,0
4990 14282-ref 447 . G C 761.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.18:795,66,0
4991 14282-ref 456 . A T 602.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.86;MQ0=0;QD=33.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:635,54,0
4992 14282-ref 477 . G A 684.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.30;MQ0=0;QD=34.24;SB=-0.01;sumGLbyD=35.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.15:718,60,0
4993 14282-ref 497 . A C 806.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.19:840,69,0
4994 14282-ref 569 . A T 333.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:366,30,0
4995 14282-ref 589 . A G 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
4996 14282-ref 593 . C A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:50,0,30
4997 14282-ref 681 . G C 126.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=18.11;SB=-0.01;sumGLbyD=22.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:15.09:157,0,15
4998 14282-ref 694 . T G 126.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=18.10;SB=-0.01;sumGLbyD=22.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.96:157,0,19
4999 14282-ref 716 . G T 180.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=20.00;SB=-0.01;sumGLbyD=23.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.95:210,0,13
5000 14282-ref 727 . T G 180.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=20.01;SB=-0.01;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:10.74:210,0,11
5001 14282-ref 743 . G A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.56:50,0,30
5002 14282-ref 748 . G C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
5003 14282-ref 790 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5004 14282-ref 805 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5005 14282-ref 810 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5006 14282-ref 838 . T A 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9658;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.10;SB=-0.01;sumGLbyD=27.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21.04:218,21,0
5007 14282-ref 857 . G C 163.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:196,18,0
5008 14335-ref 132 . G C 827.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:860,66,0
5009 14335-ref 263 . T C 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:360,27,0
5010 14335-ref 317 . G T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5011 14335-ref 327 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5012 14335-ref 333 . A T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5013 14335-ref 337 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5014 14390-ref 200 . C G 800.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9963;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:834,66,0
5015 14390-ref 291 . G A 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:662,51,0
5016 14390-ref 408 . T G 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.9968;MQ=32.83;MQ0=0;QD=1.80;SB=-0.01;sumGLbyD=5.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:5:44.21:44,0,93
5017 14390-ref 438 . G T 112.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
5018 14390-ref 538 . A C 112.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
5019 14390-ref 560 . G T 112.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=36.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:145,12,0
5020 14394-ref 37 . A G 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
5021 14394-ref 48 . T G 391.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:424,33,0
5022 14410-ref 426 . T C 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.84;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=23.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:3:9.03:119,9,0
5023 14410-ref 430 . C A 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
5024 14410-ref 682 . G A 266.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.51;MQ0=0;QD=14.81;SB=-43.38;sumGLbyD=16.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:64.52:297,0,65
5025 14410-ref 683 . C T 436.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.51;MQ0=0;QD=24.22;SB=-49.38;sumGLbyD=26.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:53.97:469,54,0
5026 14410-ref 684 . T C 61.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.70;MQ0=0;QD=3.22;SB=5.98;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:91.14:91,0,294
5027 14410-ref 717 . A G 261.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9787;MQ=31.18;MQ0=0;QD=6.08;SB=5.98;sumGLbyD=6.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:43:99:292,0,874
5028 14410-ref 747 . A G 1936.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ=31.29;MQ0=0;QD=27.67;SB=-76.99;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:55:99:1970,165,0
5029 14410-ref 756 . C T 482.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6938;MQ=31.07;MQ0=0;QD=6.99;SB=-68.35;sumGLbyD=7.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:43:99:512,0,892
5030 14410-ref 1110 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5031 14410-ref 1133 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5032 14410-ref 1147 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5033 14488-ref 71 . A T 235.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.10;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:266,0,344
5034 14488-ref 76 . T G 783.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:816,63,0
5035 14488-ref 167 . G A 866.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:899,69,0
5036 14488-ref 230 . T C 1066.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4022;MQ=36.65;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1099,87,0
5037 14488-ref 287 . T C 336.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3011;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.02;SB=-0.01;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:366,0,441
5038 14488-ref 320 . C T 837.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.22:870,66,0
5039 14488-ref 360 . A G 838.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.22:871,66,0
5040 14488-ref 385 . G A 555.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:589,45,0
5041 14488-ref 422 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
5042 14488-ref 493 . G C 312.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
5043 14488-ref 494 . G A 299.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:332,27,0
5044 14488-ref 582 . A G 684.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.17:717,57,0
5045 14488-ref 589 . A G 186.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.80;MQ0=0;QD=10.96;SB=-0.01;sumGLbyD=12.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:216,0,313
5046 14488-ref 689 . C T 733.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:767,60,0
5047 14488-ref 743 . C T 226.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:260,21,0
5048 14488-ref 746 . C G 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
5049 14493-ref 98 . G T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
5050 14493-ref 105 . A T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
5051 14493-ref 143 . C T 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0
5052 14493-ref 150 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5053 14493-ref 152 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5054 14493-ref 181 . A G 417.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:451,36,0
5055 14493-ref 207 . G A 360.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:393,30,0
5056 14493-ref 268 . A C 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
5057 14493-ref 271 . C T 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
5058 14493-ref 337 . A G 243.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9713;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:273,0,233
5059 14493-ref 343 . T A 472.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:505,39,0
5060 14493-ref 371 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5061 14493-ref 383 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5062 14493-ref 432 . T G 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
5063 14493-ref 452 . T C 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:230,18,0
5064 14493-ref 489 . A G 337.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.67;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.90:367,0,7
5065 14493-ref 509 . A T 673.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.19:707,20,0
5066 14493-ref 566 . T C 912.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:945,75,0
5067 14493-ref 611 . T C 481.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.45;SB=-0.01;sumGLbyD=12.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:41:99:511,0,831
5068 14493-ref 613 . T G 597.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.00;SB=-0.01;sumGLbyD=13.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:628,0,840
5069 14493-ref 720 . G A 12421.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=323;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.9961;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,320:319:99:12348,887,0
5070 14493-ref 769 . C T 10320.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=295;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=9.2251;MQ=36.23;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,290:279:99:10262,807,0
5071 14493-ref 808 . G A 9820.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9495;MQ=36.12;MQ0=0;QD=38.07;SB=-229.66;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,258:256:99:9820,770,0
5072 14493-ref 827 . A G 7320.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=190;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=36.14;MQ0=0;QD=38.53;SB=-240.04;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,189:189:99:7320,569,0
5073 14493-ref 871 . C T 32.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=23.9884;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.73;SB=12.02;sumGLbyD=3.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,3:19:62.84:63,0,547
5074 14493-ref 882 . A T 1164.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.30:1198,93,0
5075 14493-ref 972 . T A 2260.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.60;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2294,193,0
5076 14493-ref 987 . C T 1394.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=31.72;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1428,123,0
5077 14493-ref 995 . G A 1263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5210;MQ=31.42;MQ0=0;QD=32.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1296,114,0
5078 14493-ref 1002 . T C 137.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6548;MQ=29.55;MQ0=0;QD=5.74;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:23:99:168,0,456
5079 14493-ref 1029 . G A 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
5080 14493-ref 1049 . C T 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
5081 14594-ref 14 . G C 217.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.04;SB=-91.45;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:247,0,602
5082 14594-ref 15 . A G 350.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=8.55;SB=-171.30;sumGLbyD=9.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:40:99:380,0,561
5083 14594-ref 43 . C A 1534.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.69;MQ0=0;QD=30.08;SB=-640.50;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1567,153,0
5084 14594-ref 49 . T C 524.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.69;MQ0=0;QD=10.29;SB=-87.99;sumGLbyD=10.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:50:99:555,0,674
5085 14594-ref 51 . T A 651.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.69;MQ0=0;QD=12.77;SB=-244.34;sumGLbyD=13.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:48:99:681,0,497
5086 14594-ref 77 . T G 494.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=26.69;MQ0=0;QD=9.69;SB=-61.37;sumGLbyD=10.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:524,0,698
5087 14594-ref 78 . C T 501.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=26.69;MQ0=0;QD=9.82;SB=-61.37;sumGLbyD=10.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:50:99:531,0,702
5088 14594-ref 89 . A G 469.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=30.37;MQ0=0;QD=31.29;SB=-127.45;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:502,45,0
5089 14594-ref 93 . A T 46.86 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.72;SB=9.97;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22.33:77,0,22
5090 14594-ref 278 . C A 1527.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9951;MQ=36.20;MQ0=0;QD=38.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1560,120,0
5091 14594-ref 298 . A T 21.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9984;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=3.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:17:51.75:52,0,456
5092 14594-ref 312 . T C 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
5093 14594-ref 334 . C T 245.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
5094 14594-ref 354 . A G 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
5095 14597-ref 612 . T C 684.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7860;MQ=22.45;MQ0=0;QD=20.74;SB=-83.00;sumGLbyD=21.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:26:78.07:717,78,0
5096 14597-ref 822 . T G 3663.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8946;MQ=36.04;MQ0=0;QD=37.77;SB=-1594.63;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:97:99:3663,292,0
5097 14597-ref 842 . G C 2620.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6414;MQ=35.01;MQ0=0;QD=31.96;SB=-1094.26;sumGLbyD=32.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,77:82:67.24:2653,67,0
5098 14597-ref 906 . T C 363.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=32.24;MQ0=0;QD=24.25;SB=-0.01;sumGLbyD=26.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:28.72:394,0,29
5099 14602-ref 36 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5100 14602-ref 46 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5101 14602-ref 48 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5102 14602-ref 49 . G C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5103 14602-ref 333 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
5104 14602-ref 359 . T A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
5105 14602-ref 377 . G A 103.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:136,12,0
5106 14602-ref 400 . A G 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0
5107 14602-ref 435 . A G 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0
5108 14643-ref 26 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5109 14643-ref 200 . G C 623.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:656,51,0
5110 14643-ref 427 . T A 309.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:343,27,0
5111 14643-ref 428 . G C 305.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:338,27,0
5112 14643-ref 533 . G T 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21.07:280,21,0
5113 14643-ref 567 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5114 14643-ref 668 . C A 733.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:766,60,0
5115 14643-ref 807 . G C 551.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:585,45,0
5116 14643-ref 845 . C T 710.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:744,60,0
5117 14643-ref 870 . T C 795.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4930;MQ=35.66;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.20:828,66,0
5118 14643-ref 1053 . T C 1280.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8633;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1314,102,0
5119 14643-ref 1125 . T C 1939.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.80;MQ0=0;QD=38.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1972,153,0
5120 14643-ref 1152 . T C 1859.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3988;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1892,147,0
5121 14643-ref 1211 . A C 1513.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1547,120,0
5122 14643-ref 1278 . C T 1355.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.05;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1389,111,0
5123 14643-ref 1302 . G A 1118.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=33.82;MQ0=0;QD=33.90;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.27:1152,96,0
5124 14643-ref 1309 . G C 1067.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.46;MQ0=0;QD=32.34;SB=-0.01;sumGLbyD=33.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:69.64:1100,70,0
5125 14643-ref 1348 . C T 1073.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.25:1106,93,0
5126 14643-ref 1365 . G A 1359 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.88;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1392,114,0
5127 14643-ref 1372 . A C 1327.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.33;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1360,111,0
5128 14643-ref 1565 . A G 14.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:44.70:45,0,316
5129 14643-ref 1566 . T A 14.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:44.70:45,0,317
5130 14676-ref 52 . G A 80.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.03;SB=-0.01;sumGLbyD=28.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:112,9,0
5131 14676-ref 113 . G C 431.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:464,36,0
5132 14676-ref 159 . A G 628.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:662,54,0
5133 14676-ref 161 . C T 552.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:585,48,0
5134 14676-ref 221 . T A 506.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:540,45,0
5135 14676-ref 222 . A C 506.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=33.76;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:539,45,0
5136 14676-ref 270 . G C 210.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.00;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:243,21,0
5137 14676-ref 291 . C A 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
5138 14676-ref 316 . A T 107.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:140,12,0
5139 14676-ref 381 . G C 231.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:264,21,0
5140 14676-ref 385 . C G 231.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:264,21,0
5141 14676-ref 395 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5142 14694-ref 70 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5143 14694-ref 116 . G A 2065.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.2996;MQ=36.46;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:54:99:2098,162,0
5144 14694-ref 205 . G T 4682.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2090;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.46;SB=-40.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:121:99:4654,336,0
5145 14694-ref 411 . C G 2268.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8553;MQ=24.33;MQ0=0;QD=27.33;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:81:99:2301,243,0
5146 14723-ref 309 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5147 14723-ref 318 . G C 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
5148 14723-ref 327 . C A 70.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
5149 14723-ref 328 . A C 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
5150 14723-ref 588 . G C 6519.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8364;MQ=24.39;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=27.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,234:230:99:6487,663,0
5151 14723-ref 599 . A G 7316.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=259;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.3073;MQ=24.39;MQ0=0;QD=28.25;SB=-0.01;sumGLbyD=28.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,258:258:99:7283,747,0
5152 14723-ref 681 . C T 1315.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=2.9122;MQ=23.59;MQ0=0;QD=27.41;SB=-0.01;sumGLbyD=28.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1349,144,0
5153 14723-ref 683 . C T 50.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9122;MQ=23.25;MQ0=0;QD=1.23;SB=-0.01;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,7:41:80.31:80,0,817
5154 14723-ref 686 . G C 64.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ=23.38;MQ0=0;QD=2.40;SB=-0.01;sumGLbyD=3.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:94.68:95,0,500
5155 14723-ref 871 . C G 1231.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7329;MQ=34.25;MQ0=0;QD=31.59;SB=-148.12;sumGLbyD=32.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:86.60:1265,87,0
5156 14723-ref 875 . C G 1832.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7329;MQ=34.44;MQ0=0;QD=33.94;SB=-148.12;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:52:99:1866,156,0
5157 14723-ref 894 . G C 2795.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8676;MQ=34.96;MQ0=0;QD=32.13;SB=-148.12;sumGLbyD=32.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:78:99:2828,235,0
5158 14723-ref 935 . C T 1757.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6794;MQ=34.85;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:52:99:1791,118,0
5159 14723-ref 960 . G A 337.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=26.00;SB=-0.01;sumGLbyD=28.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:2.76:367,1,0
5160 14723-ref 966 . G C 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.69;SB=-0.01;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:103,0,25
5161 14723-ref 968 . C G 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
5162 14764-ref 80 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5163 14764-ref 97 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5164 14764-ref 110 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5165 14764-ref 167 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5166 14764-ref 211 . A T 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
5167 14764-ref 239 . C A 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
5168 14764-ref 320 . T C 4156.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.5659;MQ=36.91;MQ0=0;QD=39.21;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:106:99:4156,319,0
5169 14764-ref 527 . T A 2483.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4860;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2516,196,0
5170 14764-ref 555 . T C 259.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3348;MQ=36.07;MQ0=0;QD=23.59;SB=-0.01;sumGLbyD=26.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:45.48:289,0,45
5171 14764-ref 559 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5172 14764-ref 568 . C T 90.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=18.12;SB=-0.01;sumGLbyD=24.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:121,0,25
5173 14764-ref 608 . C T 2422.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.53;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2456,193,0
5174 14764-ref 626 . G A 3997.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8563;MQ=36.71;MQ0=0;QD=38.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:104:99:3893,274,0
5175 14764-ref 722 . G A 3794.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6340;MQ=36.63;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=34.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,108:105:99:3764,286,0
5176 14764-ref 755 . T C 5078.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=132;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.62;MQ0=0;QD=38.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,132:132:99:5078,397,0
5177 14764-ref 767 . C T 1441.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.0288;MQ=36.60;MQ0=0;QD=11.44;SB=-0.01;sumGLbyD=11.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,50:123:99:1472,0,2487
5178 14764-ref 881 . G A 3395.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6095;MQ=36.89;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,90:91:99:3276,154,0
5179 14764-ref 1074 . A T 1019.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.87;MQ0=0;QD=13.08;SB=-0.01;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:77:99:1050,0,1477
5180 14764-ref 1106 . C T 3011.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8661;MQ=36.87;MQ0=0;QD=38.13;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:78:99:3045,235,0
5181 14764-ref 1343 . T C 321.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.25;MQ0=0;QD=11.89;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:25:99:351,0,466
5182 14764-ref 1354 . C T 42.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2551;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,5:33:72.37:72,0,934
5183 14764-ref 1361 . T C 933.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:967,78,0
5184 14764-ref 1384 . C T 429.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.60;MQ0=0;QD=11.00;SB=-0.01;sumGLbyD=11.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:459,0,767
5185 14764-ref 1385 . A G 1419.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.60;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1452,117,0
5186 14764-ref 1434 . T C 3144.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5934;MQ=36.14;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:83:99:3178,250,0
5187 14764-ref 1443 . G T 2889.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6236;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:81:99:2923,218,0
5188 14764-ref 1542 . C A 641.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9646;MQ=36.49;MQ0=0;QD=32.10;SB=-0.01;sumGLbyD=33.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.12:675,57,0
5189 14765-ref 143 . A G 113.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0
5190 14765-ref 179 . C T 303.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:336,27,0
5191 14765-ref 212 . G A 184.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0
5192 14765-ref 220 . G A 148.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.69;SB=-0.01;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:181,15,0
5193 14765-ref 347 . G A 541.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=33.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:575,48,0
5194 14765-ref 389 . C G 574.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.12:607,54,0
5195 14765-ref 398 . C A 552.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.72;SB=-0.01;sumGLbyD=32.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.13:586,51,0
5196 14765-ref 409 . A G 725.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.63;MQ0=0;QD=32.96;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.15:758,66,0
5197 14765-ref 461 . C A 717.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.16:751,66,0
5198 14765-ref 471 . C T 692.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.50;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.16:726,63,0
5199 14765-ref 491 . C T 714.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=28.58;SB=-0.01;sumGLbyD=29.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.13:747,72,0
5200 14765-ref 506 . T C 529.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.89;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.11:563,57,0
5201 14765-ref 524 . T C 529.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8675;MQ=30.91;MQ0=0;QD=29.42;SB=-0.01;sumGLbyD=31.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:51.12:563,51,0
5202 14765-ref 525 . C A 541.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.26;MQ0=0;QD=28.49;SB=-0.01;sumGLbyD=30.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:35.45:574,35,0
5203 14765-ref 849 . T C 824.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9897;MQ=36.58;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:66.21:858,66,0
5204 14765-ref 1065 . C G 133.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.28;SB=-57.45;sumGLbyD=27.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:164,0,22
5205 14765-ref 1067 . A T 30.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.18;SB=-0.01;sumGLbyD=20.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
5206 14768-ref 66 . T A 31.45 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.72;SB=-0.01;sumGLbyD=31.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:63,6,0
5207 14768-ref 140 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5208 14849-ref 19 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5209 14849-ref 44 . A G 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
5210 14849-ref 60 . T C 227.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:260,21,0
5211 14849-ref 128 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5212 14849-ref 192 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5213 14849-ref 357 . G T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
5214 14849-ref 361 . A T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
5215 14849-ref 364 . G T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
5216 14849-ref 365 . C T 145.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
5217 14849-ref 459 . T C 36.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.14;SB=-0.01;sumGLbyD=16.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:66.54:67,0,68
5218 14892-ref 191 . A T 360.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.10:393,30,0
5219 14892-ref 281 . G A 1213.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.69;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1246,96,0
5220 14892-ref 306 . A G 882.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.65;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=31.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,26:29:26.70:912,0,27
5221 14892-ref 391 . C T 1461.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=38.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1495,114,0
5222 14892-ref 401 . C T 1034.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.26:1067,84,0
5223 14892-ref 512 . T G 1035.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9218;MQ=36.35;MQ0=0;QD=33.39;SB=-0.01;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:30:50.28:1068,50,0
5224 14892-ref 572 . A G 899.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:932,72,0
5225 14892-ref 758 . T A 859.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:38.25:892,38,0
5226 14892-ref 929 . T C 575.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.64;MQ0=0;QD=35.95;SB=-156.15;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:608,48,0
5227 14892-ref 977 . A T 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0
5228 14907-ref 19 . G T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
5229 14907-ref 124 . G A 635.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:668,51,0
5230 14907-ref 125 . T A 632.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=37.19;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:665,51,0
5231 14907-ref 238 . G T 30.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23.48:61,0,23
5232 14907-ref 239 . C T 30.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23.48:61,0,23
5233 14907-ref 253 . C A 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,63
5234 14907-ref 310 . T C 25.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.24;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.93:56,0,214
5235 14907-ref 374 . C T 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.27;SB=-0.01;sumGLbyD=29.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:117,9,0
5236 14907-ref 445 . G A 852.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:885,69,0
5237 14907-ref 479 . A T 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.57;SB=-0.01;sumGLbyD=19.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.84:139,0,94
5238 14914-ref 5 . A G 178.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:212,18,0
5239 14914-ref 21 . G C 466.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:499,39,0
5240 14914-ref 45 . C G 474.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:507,39,0
5241 14979-ref 171 . G A 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
5242 14979-ref 361 . G A 263.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.94;SB=-0.01;sumGLbyD=26.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.05:296,27,0
5243 14979-ref 513 . G A 150.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.10;SB=-0.01;sumGLbyD=30.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.26:181,0,21
5244 14979-ref 616 . A G 228.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:262,21,0
5245 14979-ref 745 . C T 433.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:466,36,0
5246 14979-ref 843 . G A 550.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:584,45,0
5247 14979-ref 881 . A G 650.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:684,54,0
5248 14979-ref 899 . T G 582 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:615,48,0
5249 14979-ref 1048 . G A 810.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=2.9570;MQ=34.28;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.20:843,69,0
5250 14979-ref 1060 . A C 985.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8618;MQ=34.49;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=35.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.24:1019,84,0
5251 14979-ref 1066 . A T 861.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.84;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:895,72,0
5252 14979-ref 1117 . A G 368.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9989;MQ=36.61;MQ0=0;QD=14.18;SB=-0.01;sumGLbyD=15.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:399,0,468
5253 14979-ref 1229 . C T 352.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=32.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:8.44:384,8,0
5254 14979-ref 1267 . C T 78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22.31:108,0,22
5255 14979-ref 1299 . A G 543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:577,45,0
5256 14979-ref 1389 . C T 159.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
5257 14979-ref 1404 . G A 204.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
5258 14979-ref 1463 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5259 15024-ref 21 . C T 120.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
5260 15024-ref 51 . G T 615.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:648,51,0
5261 15024-ref 156 . A G 796.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.21:830,63,0
5262 15024-ref 376 . C A 698.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.6218;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60.18:731,60,0
5263 15069-ref 146 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5264 15124-ref 57 . A C 34.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:5:64.97:65,0,87
5265 15124-ref 86 . G A 521.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.13:555,45,0
5266 15124-ref 121 . A G 491.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8311;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.76;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:524,42,0
5267 15124-ref 145 . T C 307.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.87;MQ0=0;QD=17.07;SB=-0.01;sumGLbyD=18.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:337,0,178
5268 15124-ref 215 . T G 363.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=33.03;SB=-40.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:396,33,0
5269 15124-ref 225 . G A 363.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=33.03;SB=-40.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:396,33,0
5270 15124-ref 233 . A C 355.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=32.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:389,33,0
5271 15124-ref 271 . T A 590.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:623,48,0
5272 15124-ref 304 . A C 359.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.84;SB=-0.01;sumGLbyD=13.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:26:99:390,0,464
5273 15124-ref 326 . A C 537.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.90;SB=-0.01;sumGLbyD=18.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:567,0,378
5274 15124-ref 400 . A G 933.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:967,75,0
5275 15124-ref 490 . G C 1036.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5973;MQ=35.94;MQ0=0;QD=35.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1069,87,0
5276 15124-ref 532 . C T 1123.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.01;MQ0=0;QD=36.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1157,90,0
5277 15124-ref 586 . C T 1122.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.28:1156,90,0
5278 15124-ref 590 . C T 1157.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1191,93,0
5279 15124-ref 634 . C A 928.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:962,75,0
5280 15124-ref 708 . A T 911.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.82;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.23:945,75,0
5281 15124-ref 1013 . A G 1339.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1373,108,0
5282 15124-ref 1155 . C T 1489.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7845;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:96.76:1523,97,0
5283 15124-ref 1156 . G A 1481.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:86.38:1514,86,0
5284 15124-ref 1214 . C T 891.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.89;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.22:925,78,0
5285 15124-ref 1219 . C T 801.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.94;MQ0=0;QD=33.38;SB=-0.01;sumGLbyD=34.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.19:834,69,0
5286 15124-ref 1234 . C T 839.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.35;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:38.25:872,38,0
5287 15124-ref 1363 . T G 867.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9751;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.27;SB=-0.01;sumGLbyD=19.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:897,0,554
5288 15124-ref 1407 . G A 396.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7873;MQ=36.75;MQ0=0;QD=9.91;SB=-0.01;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:427,0,884
5289 15124-ref 1477 . T G 1256.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1289,99,0
5290 15124-ref 1590 . G A 1297.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.83;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1331,105,0
5291 15124-ref 1603 . G C 1435.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.66;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1468,123,0
5292 15124-ref 1624 . C T 1481.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.52;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1514,129,0
5293 15124-ref 1645 . T A 1444.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ=32.68;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1478,126,0
5294 15124-ref 1654 . A G 1334.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=33.30;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:99:1368,114,0
5295 15124-ref 1916 . A C 1602.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3548;MQ=36.34;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:43:99:1635,129,0
5296 15124-ref 1921 . C T 332.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.42;MQ0=0;QD=6.40;SB=-0.01;sumGLbyD=6.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:48:99:363,0,1136
5297 15124-ref 1941 . T C 1902.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5281;MQ=36.23;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:53:99:1935,156,0
5298 15124-ref 1989 . C T 3391.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3535;MQ=36.46;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,92:91:99:3321,231,0
5299 15124-ref 2014 . A G 875.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5976;MQ=36.59;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,34:95:99:906,0,2157
5300 15124-ref 2106 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5301 15124-ref 2173 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5302 15124-ref 2193 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5303 15135-ref 119 . A G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
5304 15135-ref 144 . T C 143.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8643;MQ=36.49;MQ0=0;QD=7.15;SB=-0.01;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:20:99:173,0,362
5305 15135-ref 148 . C T 846.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8643;MQ=36.58;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:880,69,0
5306 15135-ref 205 . T A 1120.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.64;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.29:1154,87,0
5307 15135-ref 222 . C A 394.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:428,33,0
5308 15224-ref 62 . A G 1341.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1375,108,0
5309 15224-ref 99 . G A 122.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9992;MQ=32.41;MQ0=0;QD=17.46;SB=-0.01;sumGLbyD=21.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:6:11.58:152,0,12
5310 15224-ref 100 . G A 129.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.59;SB=-0.01;sumGLbyD=26.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:11.57:159,0,12
5311 15304-ref 36 . C T 663.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.30;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:57.16:696,57,0
5312 15304-ref 52 . G A 662.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4076;MQ=33.30;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:57.16:696,57,0
5313 15304-ref 64 . A G 657.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4062;MQ=33.30;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:57.16:690,57,0
5314 15304-ref 101 . C G 46.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=11.72;SB=-0.01;sumGLbyD=19.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:17.60:77,0,18
5315 15304-ref 116 . C T 220.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:253,21,0
5316 15304-ref 130 . T A 401.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.40;MQ0=0;QD=30.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:435,39,0
5317 15304-ref 166 . G C 640.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.55;MQ0=0;QD=33.72;SB=-40.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.14:674,57,0
5318 15304-ref 199 . G A 2255.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.59;SB=-80.02;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2289,178,0
5319 15304-ref 266 . G C 1295.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9979;MQ=36.01;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1329,105,0
5320 15304-ref 290 . C T 42.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.64;MQ0=0;QD=2.49;SB=-0.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:72.36:72,0,364
5321 15304-ref 361 . C T 991.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=145;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.5027;MQ=23.03;MQ0=0;QD=6.84;SB=2.99;sumGLbyD=7.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,53:140:99:1021,0,1982
5322 15304-ref 552 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5323 15359-ref 99 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5324 15359-ref 104 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5325 15359-ref 157 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5326 15359-ref 165 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5327 15407-ref 120 . C T 6261.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=28.8721;MQ=36.91;MQ0=0;QD=19.15;SB=-0.01;sumGLbyD=16.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,161:325:99:5251,0,5306
5328 15407-ref 348 . C A 8839.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=240;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=11.9381;MQ=36.87;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,237:234:99:8764,629,0
5329 15407-ref 736 . A G 4357.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=117;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.8236;MQ=36.91;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:116:99:4357,349,0
5330 15419-ref 21 . G C 1925.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1958,150,0
5331 15429-ref 183 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5332 15429-ref 188 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5333 15429-ref 192 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5334 15478-ref 121 . G A 286.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.46;SB=-0.01;sumGLbyD=22.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:316,0,152
5335 15478-ref 146 . A C 478.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6418;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:39.13:511,39,0
5336 15478-ref 315 . T A 184.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
5337 15478-ref 379 . A G 4224.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3975;MQ=36.73;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:109:99:4224,328,0
5338 15478-ref 550 . T C 3601.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.4448;MQ=35.21;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:97:99:3562,252,0
5339 15478-ref 567 . C T 3715.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1258;MQ=35.28;MQ0=0;QD=36.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,101:101:99:3675,264,0
5340 15478-ref 568 . A G 3681.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2937;MQ=35.27;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,100:100:99:3641,261,0
5341 15478-ref 664 . G A 3574.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.75;MQ0=0;QD=36.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:95:99:3574,286,0
5342 15478-ref 668 . A G 3703.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.79;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:98:99:3703,295,0
5343 15478-ref 689 . T C 3604.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.31;MQ0=0;QD=35.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,101:97:99:3604,292,0
5344 15478-ref 735 . G A 3380.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=34.34;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,94:91:99:3380,274,0
5345 15478-ref 750 . T C 2834.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.80;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=34.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:79:99:2868,238,0
5346 15478-ref 751 . T C 2879.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.75;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=35.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:80:99:2912,241,0
5347 15566-ref 192 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5348 15566-ref 282 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5349 15566-ref 418 . G A 1414.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.73;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1447,111,0
5350 15577-ref 120 . A G 270.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.03;SB=-0.01;sumGLbyD=30.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.93:300,0,10
5351 15577-ref 151 . C T 241.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
5352 15577-ref 191 . G A 293.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:7.70:323,0,8
5353 15577-ref 429 . T C 384.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9681;MQ=35.63;MQ0=0;QD=25.62;SB=-0.01;sumGLbyD=27.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:15:26.53:414,0,27
5354 15577-ref 435 . A G 416.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9681;MQ=35.63;MQ0=0;QD=27.77;SB=-0.01;sumGLbyD=29.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:14:2.08:446,2,0
5355 15577-ref 455 . G T 496.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.80;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:16:8.14:529,8,0
5356 15604-ref 615 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5357 15605-ref 64 . A G 823.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5341;MQ=36.63;MQ0=0;QD=30.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,24:26:1.08:852,0,1
5358 15605-ref 166 . C T 1723.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9985;MQ=36.35;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1756,138,0
5359 15605-ref 213 . G C 1333.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1366,108,0
5360 15611-ref 73 . C G 8082.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3875;MQ=36.95;MQ0=0;QD=38.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:207:99:8082,623,0
5361 15611-ref 210 . T A 8453.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8706;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:220:99:8453,662,0
5362 15611-ref 405 . A G 1144.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9466;MQ=36.37;MQ0=0;QD=17.88;SB=3.00;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:64:99:1174,0,847
5363 15611-ref 410 . G C 1779.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.13;MQ0=0;QD=37.86;SB=-39.32;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1812,141,0
5364 15611-ref 429 . T G 472.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9633;MQ=35.60;MQ0=0;QD=21.49;SB=-37.00;sumGLbyD=22.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,16:21:99:503,0,152
5365 15611-ref 459 . T C 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
5366 15618-ref 19 . A G 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-88.04;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
5367 15618-ref 42 . G T 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-88.04;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
5368 15618-ref 43 . C A 180.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=25.72;SB=-88.43;sumGLbyD=30.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:213,21,0
5369 15618-ref 44 . C T 182.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.08;SB=-88.43;sumGLbyD=30.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:216,21,0
5370 15618-ref 96 . C G 782.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.20:815,63,0
5371 15618-ref 264 . T G 804.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.97;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.20:837,66,0
5372 15618-ref 430 . C T 90.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6730;MQ=26.44;MQ0=0;QD=1.85;SB=-0.01;sumGLbyD=2.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,10:49:99:121,0,1047
5373 15618-ref 439 . G T 22.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5950;MQ=26.86;MQ0=0;QD=0.47;SB=-0.01;sumGLbyD=1.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,7:47:52.44:52,0,1076
5374 15618-ref 554 . G C 21.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4650;MQ=34.04;MQ0=0;QD=2.70;SB=-0.01;sumGLbyD=6.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:51.53:52,0,180
5375 15618-ref 1403 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5376 15618-ref 1461 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5377 15618-ref 1523 . G C 31.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,132
5378 15618-ref 1561 . A G 70.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.55;SB=-0.01;sumGLbyD=34.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
5379 15643-ref 39 . C A 123.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.71;SB=-0.01;sumGLbyD=31.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:156,15,0
5380 15643-ref 47 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5381 15643-ref 58 . G C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
5382 15643-ref 71 . G T 2411.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.50;SB=-59.25;sumGLbyD=26.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,89:83:99:2445,249,0
5383 15643-ref 74 . C T 2750.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=26.04;MQ0=0;QD=28.06;SB=-59.25;sumGLbyD=28.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,96:97:99:2783,232,0
5384 15643-ref 102 . G T 7641.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=226;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=32.14;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,224:220:99:7640,662,0
5385 15643-ref 109 . T G 7977.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5671;MQ=32.25;MQ0=0;QD=33.95;SB=-0.01;sumGLbyD=33.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,234:229:99:7976,689,0
5386 15643-ref 167 . T C 8111.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.3396;MQ=34.05;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,226:229:99:7967,546,0
5387 15643-ref 182 . T G 6055.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6883;MQ=33.68;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:6055,505,0
5388 15643-ref 183 . T C 6075.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7223;MQ=33.68;MQ0=0;QD=36.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:168:99:5965,496,0
5389 15643-ref 208 . C A 1776.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.74;MQ0=0;QD=28.20;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,60:63:79.79:1809,80,0
5390 15643-ref 212 . T A 1656.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=30.46;MQ0=0;QD=30.67;SB=-0.01;sumGLbyD=31.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:51:99:1689,153,0
5391 15643-ref 232 . T C 3799.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6155;MQ=29.48;MQ0=0;QD=31.14;SB=-0.01;sumGLbyD=30.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,119:119:99:3689,248,0
5392 15643-ref 271 . A T 3692.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8295;MQ=27.93;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=30.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:118:99:3634,324,0
5393 15643-ref 286 . G T 2571.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ=27.93;MQ0=0;QD=28.26;SB=-0.01;sumGLbyD=28.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,88:90:99:2605,161,0
5394 15643-ref 290 . G A 1924.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8651;MQ=25.41;MQ0=0;QD=26.74;SB=-0.01;sumGLbyD=27.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,69:71:99:1958,133,0
5395 15643-ref 297 . A C 2545.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=34.03;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=31.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,77:81:99:2579,104,0
5396 15643-ref 316 . G T 4832.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5118;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:125:99:4832,376,0
5397 15643-ref 374 . A C 23392.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=631;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.4087;MQ=35.47;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,631:623:99:23390,1875,0
5398 15643-ref 409 . A G 25149.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=677;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.0911;MQ=35.45;MQ0=0;QD=37.15;SB=-80.02;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,675:671:99:25097,2013,0
5399 15643-ref 416 . A G 23280.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=628;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=33.5118;MQ=35.38;MQ0=0;QD=37.07;SB=-80.02;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,625:624:99:23197,1797,0
5400 15643-ref 471 . C G 6514 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4548;MQ=36.31;MQ0=0;QD=36.80;SB=-29.63;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:174:99:6513,523,0
5401 15643-ref 499 . A T 671.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:704,54,0
5402 15643-ref 500 . G T 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:230,18,0
5403 15643-ref 513 . C A 260.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:294,24,0
5404 15643-ref 518 . T A 574.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:607,48,0
5405 15643-ref 675 . C T 911.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:944,72,0
5406 15663-ref 57 . G A 1040.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.26:1073,84,0
5407 15663-ref 106 . G A 1723.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4612;MQ=36.55;MQ0=0;QD=38.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1757,135,0
5408 15663-ref 255 . T A 66.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8083;MQ=36.44;MQ0=0;QD=3.67;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:17:96.13:96,0,445
5409 15663-ref 257 . A T 27.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.5948;MQ=36.37;MQ0=0;QD=1.72;SB=-0.01;sumGLbyD=3.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:15:57.54:58,0,404
5410 15663-ref 258 . G A 33.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6762;MQ=36.40;MQ0=0;QD=1.95;SB=-0.01;sumGLbyD=3.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:14:63.09:63,0,379
5411 15663-ref 260 . G A 389.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:11:33.10:422,33,0
5412 15663-ref 488 . A G 227.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.32;SB=-0.01;sumGLbyD=28.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:8:2.83:256,0,0
5413 15663-ref 500 . A G 480.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:513,39,0
5414 15697-ref 50 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5415 15697-ref 52 . A C 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
5416 15697-ref 138 . G C 485.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.14:516,5,0
5417 15697-ref 207 . C A 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
5418 15711-ref 132 . T A 793.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:826,63,0
5419 15711-ref 138 . T C 939.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:973,75,0
5420 15711-ref 350 . C T 115.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.49;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:31:99:145,0,885
5421 15711-ref 414 . G C 1348.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1381,105,0
5422 15711-ref 419 . T C 1306.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1340,102,0
5423 15711-ref 635 . A G 891.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:925,72,0
5424 15792-ref 211 . G T 384.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:418,33,0
5425 15792-ref 212 . C T 384.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:417,33,0
5426 15792-ref 229 . C T 178.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=29.82;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:212,18,0
5427 15792-ref 246 . C T 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
5428 15792-ref 264 . T A 190.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
5429 15792-ref 401 . G C 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
5430 15796-ref 26 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5431 15796-ref 41 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5432 15796-ref 47 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5433 15796-ref 112 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5434 15796-ref 118 . A T 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9997;MQ=28.48;MQ0=0;QD=5.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:29.56:50,0,30
5435 15796-ref 120 . C T 24.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=10.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:54.59:55,0,82
5436 15796-ref 125 . A C 14.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=2.00;SB=-0.01;sumGLbyD=6.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:43.83:44,0,137
5437 15796-ref 137 . T A 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
5438 15796-ref 167 . G A 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0
5439 15796-ref 183 . A C 266.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=29.63;SB=-0.01;sumGLbyD=33.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:300,27,0
5440 15796-ref 194 . T C 327.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=32.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:361,30,0
5441 15796-ref 244 . G A 913.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:946,72,0
5442 15796-ref 279 . T A 31.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.97;SB=-0.01;sumGLbyD=3.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:61.48:61,0,468
5443 15796-ref 290 . A T 362 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:395,30,0
5444 15796-ref 353 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5445 15796-ref 452 . G A 823.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.19:856,69,0
5446 15796-ref 489 . A C 956.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:990,75,0
5447 15811-ref 65 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5448 15811-ref 109 . T C 64.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.17;SB=-0.01;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:94.20:94,0,139
5449 15811-ref 298 . A C 650.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7485;MQ=36.54;MQ0=0;QD=26.01;SB=-0.01;sumGLbyD=27.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:25:99:680,0,112
5450 15811-ref 324 . C T 623.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=29.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:22:83.92:654,0,84
5451 15811-ref 809 . T C 692.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=23.00;MQ0=0;QD=15.39;SB=-0.01;sumGLbyD=16.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:722,0,248
5452 15829-ref 122 . A C 76.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
5453 15829-ref 132 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5454 15846-ref 50 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5455 15846-ref 63 . C T 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
5456 15846-ref 171 . C T 288.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:322,27,0
5457 15846-ref 180 . T C 28.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=3.50;SB=-0.01;sumGLbyD=7.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:5:58:58,0,104
5458 15846-ref 185 . T C 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
5459 15846-ref 188 . T C 105.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0
5460 15846-ref 193 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5461 15846-ref 230 . C A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5462 15846-ref 261 . G A 1593.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:1627,132,0
5463 15846-ref 281 . C T 2044.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.66;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2077,177,0
5464 15846-ref 292 . G C 3076.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5873;MQ=33.86;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3110,262,0
5465 15846-ref 331 . T C 4469.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.40;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:119:99:4469,358,0
5466 15846-ref 337 . G A 5011.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=134;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.2579;MQ=35.70;MQ0=0;QD=37.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,133:132:99:5011,397,0
5467 15846-ref 423 . G A 2478.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=35.49;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2511,205,0
5468 15846-ref 426 . T C 2409.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2442,199,0
5469 15846-ref 428 . G A 2357.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8328;MQ=35.06;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2390,193,0
5470 15846-ref 473 . G A 3751.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.2579;MQ=36.59;MQ0=0;QD=38.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3751,289,0
5471 15846-ref 523 . C T 7073.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=184;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2325;MQ=36.84;MQ0=0;QD=38.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:181:99:7073,545,0
5472 15846-ref 678 . A C 5246.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2178;MQ=36.93;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,138:137:99:5214,381,0
5473 15846-ref 786 . T G 1798.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1832,144,0
5474 15846-ref 789 . G A 1442.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.75;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1476,114,0
5475 15908-ref 82 . G C 340.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.17;SB=-0.01;sumGLbyD=13.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:27:99:371,0,506
5476 15908-ref 355 . T C 2499.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.85;MQ0=0;QD=36.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:66:99:2533,199,0
5477 15908-ref 394 . C T 2394.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9993;MQ=36.84;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:63:99:2428,190,0
5478 15908-ref 413 . C G 1455.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9637;MQ=36.86;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=20.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:70:99:1485,0,756
5479 15908-ref 462 . A C 1745.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7652;MQ=36.88;MQ0=0;QD=20.54;SB=-0.01;sumGLbyD=20.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,52:84:99:1776,0,985
5480 15908-ref 482 . G C 748.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.86;MQ0=0;QD=10.40;SB=-0.01;sumGLbyD=10.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,26:72:99:779,0,1553
5481 15945-ref 99 . T G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5482 15945-ref 192 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5483 16009-ref 35 . T C 231.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.00;SB=-0.01;sumGLbyD=33.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:265,21,0
5484 16009-ref 59 . C T 266.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.21;SB=-0.01;sumGLbyD=24.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:11:46.91:296,0,47
5485 16009-ref 153 . T A 391.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:424,33,0
5486 16009-ref 158 . T G 284.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
5487 16009-ref 206 . G A 503.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:536,42,0
5488 16009-ref 218 . C A 421.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.13;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:455,36,0
5489 16009-ref 344 . A T 289.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=28.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.22:320,0,9
5490 16009-ref 356 . T C 252.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=28.09;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:9.05:283,0,9
5491 16009-ref 359 . A G 347.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.15;MQ0=0;QD=28.99;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:377,0,4
5492 16009-ref 448 . G T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
5493 16040-ref 49 . C A 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5494 16040-ref 53 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5495 16040-ref 139 . A G 24.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9976;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=7.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:54.22:54,0,154
5496 16040-ref 140 . G C 50.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9976;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.21;SB=-0.01;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:80.43:80,0,134
5497 16040-ref 142 . T C 80.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9976;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:110,0,364
5498 16040-ref 162 . G A 727.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.8604;MQ=36.78;MQ0=0;QD=16.17;SB=-0.01;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:758,0,736
5499 16040-ref 167 . G A 1229.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.9937;MQ=36.80;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=24.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,36:51:99:1259,0,431
5500 16040-ref 193 . A T 421 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8323;MQ=36.87;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=5.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,18:80:99:451,0,2173
5501 16040-ref 218 . G A 2418.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8310;MQ=36.90;MQ0=0;QD=25.19;SB=-0.01;sumGLbyD=25.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,71:94:99:2448,0,653
5502 16040-ref 236 . T A 446.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6874;MQ=36.88;MQ0=0;QD=5.14;SB=-0.01;sumGLbyD=5.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,22:82:99:477,0,2192
5503 16040-ref 321 . T G 793.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.1142;MQ=36.56;MQ0=0;QD=8.62;SB=-0.01;sumGLbyD=8.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,28:91:99:823,0,2068
5504 16040-ref 360 . G A 143.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.6603;MQ=36.77;MQ0=0;QD=1.67;SB=-0.01;sumGLbyD=2.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,12:85:99:174,0,2626
5505 16040-ref 366 . A G 597.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8200;MQ=36.79;MQ0=0;QD=6.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,24:94:99:628,0,2470
5506 16040-ref 431 . T C 2355.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9899;MQ=36.76;MQ0=0;QD=27.71;SB=-0.01;sumGLbyD=28.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,68:83:99:2385,0,335
5507 16040-ref 468 . A G 2704.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6912;MQ=34.39;MQ0=0;QD=25.04;SB=-0.01;sumGLbyD=25.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,86:108:99:2735,0,521
5508 16040-ref 479 . A T 811.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.7812;MQ=33.73;MQ0=0;QD=7.65;SB=-0.01;sumGLbyD=7.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,35:104:99:841,0,2247
5509 16040-ref 489 . C A 190.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.7724;MQ=33.33;MQ0=0;QD=1.88;SB=-0.01;sumGLbyD=2.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,13:99:99:220,0,2747
5510 16040-ref 494 . C T 22.66 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=13.9859;MQ=33.26;MQ0=0;QD=0.23;SB=-0.01;sumGLbyD=0.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,9:99:52.63:53,0,2863
5511 16040-ref 508 . C T 402.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=29.2419;MQ=32.27;MQ0=0;QD=5.36;SB=-0.01;sumGLbyD=5.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,22:73:99:432,0,1656
5512 16040-ref 509 . A G 1605.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=29.2419;MQ=32.21;MQ0=0;QD=21.70;SB=-0.01;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,56:74:99:1636,0,468
5513 16040-ref 512 . A G 88.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.9874;MQ=32.12;MQ0=0;QD=1.38;SB=-0.01;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,8:64:99:118,0,1714
5514 16040-ref 527 . G C 238.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=30.63;MQ0=0;QD=12.56;SB=-0.01;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:269,0,261
5515 16040-ref 529 . C T 641.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=30.37;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.15:675,60,0
5516 16040-ref 535 . G T 160.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9964;MQ=32.03;MQ0=0;QD=6.18;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:191,0,565
5517 16040-ref 547 . T C 131.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=32.73;MQ0=0;QD=5.27;SB=-0.01;sumGLbyD=6.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:162,0,563
5518 16040-ref 563 . T G 437.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=35.46;MQ0=0;QD=21.86;SB=-0.01;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:467,0,163
5519 16040-ref 569 . T C 413.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8656;MQ=35.46;MQ0=0;QD=20.65;SB=-0.01;sumGLbyD=22.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:18:99:443,0,135
5520 16040-ref 582 . C T 50.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8655;MQ=35.66;MQ0=0;QD=2.19;SB=-0.01;sumGLbyD=3.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:80.43:80,0,658
5521 16040-ref 611 . C T 812.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=35.34;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.21:846,66,0
5522 16040-ref 633 . C T 17.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.72;SB=-0.01;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:47.09:47,0,749
5523 16040-ref 678 . T A 379.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:413,33,0
5524 16040-ref 717 . C T 589.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:623,48,0
5525 16040-ref 825 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5526 16051-ref 573 . T C 354.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:387,30,0
5527 16051-ref 666 . A G 1089.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1122,87,0
5528 16051-ref 705 . G A 1318.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.73;MQ0=0;QD=35.62;SB=-80.02;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:74.37:1351,74,0
5529 16051-ref 708 . A G 1300.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.72;MQ0=0;QD=36.12;SB=-80.02;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:74.91:1333,75,0
5530 16051-ref 864 . C T 1358.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1806;MQ=36.77;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:43:70.46:1391,70,0
5531 16051-ref 942 . C T 829.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.25;MQ0=0;QD=30.73;SB=-0.01;sumGLbyD=31.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,25:27:2.44:859,1,0
5532 16051-ref 990 . G A 863.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5763;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:39.98:897,40,0
5533 16051-ref 1228 . C A 164.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.42;SB=-0.01;sumGLbyD=32.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.01:197,18,0
5534 16107-ref 231 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5535 16107-ref 246 . T G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5536 16227-ref 103 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5537 16227-ref 113 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5538 16227-ref 115 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5539 16263-ref 121 . T A 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
5540 16263-ref 149 . C T 420.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:453,36,0
5541 16263-ref 291 . G T 277.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=19.82;SB=-0.01;sumGLbyD=21.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:308,0,155
5542 16263-ref 313 . A G 243.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=24.35;SB=-0.01;sumGLbyD=27.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:9:12.92:273,0,13
5543 16263-ref 451 . T A 133.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.66;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:166,15,0
5544 16263-ref 484 . G C 667.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:701,57,0
5545 16263-ref 582 . G A 30.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.20;SB=-0.01;sumGLbyD=20.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
5546 16300-ref 209 . T C 1228.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8595;MQ=31.56;MQ0=0;QD=29.25;SB=-0.01;sumGLbyD=30.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:42:99:1261,117,0
5547 16300-ref 218 . G T 466.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.20;MQ0=0;QD=23.32;SB=-0.01;sumGLbyD=24.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.02:499,54,0
5548 16300-ref 223 . C G 468.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.23;MQ0=0;QD=26.05;SB=-0.01;sumGLbyD=27.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.06:502,54,0
5549 16300-ref 239 . T C 295.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.16;MQ0=0;QD=22.76;SB=-0.01;sumGLbyD=25.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.02:329,36,0
5550 16300-ref 311 . C A 2423.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8666;MQ=23.44;MQ0=0;QD=26.34;SB=-0.01;sumGLbyD=26.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:89:99:2457,264,0
5551 16300-ref 425 . A G 907.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=23.00;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=27.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:941,102,0
5552 16300-ref 440 . G C 381.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=23.00;MQ0=0;QD=23.87;SB=-0.01;sumGLbyD=25.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.04:415,45,0
5553 16300-ref 452 . T C 78.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=19.54;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:111,12,0
5554 16345-ref 461 . A T 232.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ=36.47;MQ0=0;QD=12.22;SB=-0.01;sumGLbyD=13.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:262,0,366
5555 16345-ref 493 . C T 699.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:732,57,0
5556 16345-ref 530 . C A 221.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.66;SB=-0.01;sumGLbyD=31.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.24:251,0,15
5557 16345-ref 537 . G C 21.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.39;SB=-0.01;sumGLbyD=5.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:51.49:51,0,249
5558 16345-ref 607 . G T 872.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:905,69,0
5559 16383-ref 7 . A T 81.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
5560 16383-ref 61 . T G 711.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:57.18:744,57,0
5561 16383-ref 114 . A C 71.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8625;MQ=34.93;MQ0=0;QD=14.38;SB=-0.01;sumGLbyD=20.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.97:102,0,28
5562 16405-ref 39 . A C 62.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:92.93:93,0,197
5563 16405-ref 69 . C A 436.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0
5564 16405-ref 97 . C T 334.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:1.25:363,0,1
5565 16405-ref 123 . G A 131.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:162,0,230
5566 16405-ref 165 . T A 337.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:371,30,0
5567 16405-ref 286 . G A 173.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.21;SB=-0.01;sumGLbyD=8.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:23:99:203,0,544
5568 16405-ref 423 . A C 616.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.33;SB=-0.01;sumGLbyD=15.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:646,0,736
5569 16405-ref 523 . A G 48.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4675;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:78.21:78,0,236
5570 16405-ref 524 . A G 27.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.44;SB=-0.01;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:57.18:57,0,105
5571 16405-ref 528 . T G 73.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:106,9,0
5572 16405-ref 529 . A G 78.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
5573 16411-ref 314 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5574 16411-ref 365 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5575 16424-ref 175 . C A 74.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
5576 16424-ref 501 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5577 16424-ref 504 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5578 16424-ref 556 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5579 16424-ref 570 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5580 16424-ref 996 . A G 43.33 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
5581 16424-ref 1075 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5582 16424-ref 1091 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5583 16424-ref 1113 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5584 16452-ref 80 . C G 9437.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=258;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=17.4065;MQ=36.88;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,252:250:99:9263,578,0
5585 16452-ref 169 . A G 9731.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=262;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.1471;MQ=36.85;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,258:255:99:9622,658,0
5586 16452-ref 319 . A G 897.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4586;MQ=36.81;MQ0=0;QD=17.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:51:99:927,0,735
5587 16452-ref 321 . G C 1936.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.4586;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:53:99:1969,130,0
5588 16452-ref 360 . T C 352.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7510;MQ=33.97;MQ0=0;QD=7.83;SB=-0.01;sumGLbyD=8.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:382,0,948
5589 16452-ref 366 . A C 253.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7510;MQ=33.74;MQ0=0;QD=6.03;SB=-0.01;sumGLbyD=6.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:40:99:283,0,951
5590 16452-ref 396 . A G 1087.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.94;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1121,96,0
5591 16452-ref 409 . T C 1097.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=32.30;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1130,96,0
5592 16452-ref 455 . T C 272.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:306,24,0
5593 16452-ref 459 . G A 269.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:302,24,0
5594 16452-ref 519 . T C 302.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=21.62;SB=-0.01;sumGLbyD=23.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:333,0,116
5595 16452-ref 526 . C T 499.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:533,42,0
5596 16452-ref 535 . G A 77.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.42;MQ0=0;QD=5.98;SB=-0.01;sumGLbyD=8.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:108,0,293
5597 16452-ref 560 . C T 180.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.53;MQ0=0;QD=12.90;SB=-0.01;sumGLbyD=15.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:211,0,196
5598 16452-ref 585 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5599 16452-ref 594 . C G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5600 16452-ref 630 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5601 16452-ref 638 . T C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:71,0,30
5602 16465-ref 45 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5603 16465-ref 47 . A G 436.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0
5604 16465-ref 168 . G C 6447.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2244;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:6447,503,0
5605 16465-ref 266 . A C 1570.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1603,123,0
5606 16465-ref 322 . C T 1077.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.25:1111,87,0
5607 16465-ref 336 . C T 2260.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9621;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2293,178,0
5608 16465-ref 371 . G A 2177.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.29;MQ0=0;QD=38.20;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2210,172,0
5609 16465-ref 414 . T C 1078.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9455;MQ=35.94;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1112,87,0
5610 16465-ref 466 . C A 123.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=30.37;MQ0=0;QD=12.37;SB=-0.01;sumGLbyD=15.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:154,0,118
5611 16465-ref 467 . A C 123.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8646;MQ=26.80;MQ0=0;QD=15.46;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:37.44:154,0,37
5612 16465-ref 485 . A C 780.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9454;MQ=30.86;MQ0=0;QD=31.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.18:813,72,0
5613 16465-ref 514 . G A 1199.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.42;MQ0=0;QD=32.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1232,108,0
5614 16465-ref 524 . A T 1277.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.28;MQ0=0;QD=31.95;SB=-0.01;sumGLbyD=32.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1311,114,0
5615 16465-ref 583 . C G 652.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=34.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.16:685,57,0
5616 16465-ref 584 . G A 692.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.30;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:725,60,0
5617 16465-ref 592 . C A 604.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.55;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:637,51,0
5618 16465-ref 622 . C T 522.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3285;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:555,42,0
5619 16485-ref 24 . C T 270.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:303,24,0
5620 16485-ref 26 . G C 272.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:305,24,0
5621 16485-ref 54 . A C 465.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=19.38;SB=-0.01;sumGLbyD=20.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:495,0,281
5622 16485-ref 55 . G A 919.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3348;MQ=36.63;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:26:75.24:953,75,0
5623 16485-ref 92 . T C 1512.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6545;MQ=34.84;MQ0=0;QD=16.63;SB=-0.01;sumGLbyD=16.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,46:90:99:1543,0,1270
5624 16485-ref 148 . G T 403.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.12;MQ0=0;QD=5.85;SB=-0.01;sumGLbyD=6.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:68:99:433,0,1657
5625 16485-ref 149 . A C 403.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.12;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=6.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,21:69:99:433,0,1668
5626 16485-ref 150 . A T 331.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.03;MQ0=0;QD=4.94;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,19:67:99:361,0,1670
5627 16485-ref 151 . C G 304.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=4.62;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,18:66:99:335,0,1681
5628 16485-ref 172 . C T 919.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:953,75,0
5629 16485-ref 189 . A G 432.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:9.62:464,10,0
5630 16485-ref 244 . G A 632.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.36;SB=-0.01;sumGLbyD=27.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:23:57.13:666,57,0
5631 16485-ref 271 . C G 2553.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.93;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:69:99:2586,208,0
5632 16485-ref 277 . T C 2744.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=33.99;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:77:99:2777,232,0
5633 16485-ref 317 . G C 3195.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.88;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:92:99:3229,271,0
5634 16485-ref 346 . T A 1554.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.61;MQ0=0;QD=31.09;SB=-0.01;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1588,150,0
5635 16485-ref 347 . G C 1536.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=28.41;MQ0=0;QD=31.35;SB=-0.01;sumGLbyD=32.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1569,147,0
5636 16485-ref 365 . A C 2311.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2344,202,0
5637 16485-ref 372 . C T 2238.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:61:99:2272,184,0
5638 16485-ref 401 . T C 1954.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9622;MQ=36.52;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=18.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,60:105:99:1985,0,1456
5639 16485-ref 508 . T C 4484.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=121;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8377;MQ=35.30;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,120:120:99:4444,321,0
5640 16485-ref 513 . G T 4292.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.7299;MQ=35.25;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,117:116:99:4252,309,0
5641 16485-ref 539 . G A 4175.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8313;MQ=35.62;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,110:111:99:4135,294,0
5642 16485-ref 685 . T C 2723.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6520;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2757,214,0
5643 16485-ref 761 . G A 2538.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2027;MQ=36.42;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:67:99:2571,202,0
5644 16485-ref 767 . A G 2378.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6907;MQ=36.39;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:63:99:2412,190,0
5645 16485-ref 839 . C A 2878.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8054;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:75:99:2911,226,0
5646 16485-ref 881 . T C 2983.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6936;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:77:99:3017,232,0
5647 16485-ref 980 . A C 2678.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.2950;MQ=35.31;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2711,217,0
5648 16485-ref 997 . C G 2260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.00;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=37.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:61:99:2294,184,0
5649 16485-ref 998 . A G 2237.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.97;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2271,184,0
5650 16485-ref 1142 . A T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
5651 16485-ref 1160 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5652 16485-ref 1161 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5653 16491-ref 58 . T C 6090.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0886;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,160:157:99:6090,472,0
5654 16491-ref 126 . A G 2859.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6980;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:78:99:2892,232,0
5655 16491-ref 127 . T C 2835.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8313;MQ=35.79;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:75:99:2868,226,0
5656 16491-ref 146 . C A 1941.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=36.06;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1975,122,0
5657 16491-ref 241 . G A 181.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:214,18,0
5658 16491-ref 242 . C T 190.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
5659 16548-ref 65 . T G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
5660 16548-ref 81 . G A 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
5661 16548-ref 580 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5662 16548-ref 591 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5663 16548-ref 679 . G A 165.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
5664 16548-ref 688 . T G 28.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58:58,0,104
5665 16548-ref 1157 . A T 207.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.86;SB=-0.01;sumGLbyD=15.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:14:99:238,0,229
5666 16548-ref 1187 . G A 280.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.70;SB=-0.01;sumGLbyD=20.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:310,0,193
5667 16548-ref 1286 . A G 25.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:55.46:55,0,101
5668 16548-ref 1304 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5669 16548-ref 1319 . G A 118.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
5670 16548-ref 1419 . T C 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.57;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:61.95:62,0,138
5671 16548-ref 1456 . G A 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:230,18,0
5672 16548-ref 1586 . G A 102.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.87;SB=-0.01;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:133,0,136
5673 16548-ref 1605 . C T 100.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=16.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:130,0,136
5674 16548-ref 1610 . G T 102.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.44;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:133,0,171
5675 16548-ref 1758 . T A 21.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:51.57:52,0,142
5676 16548-ref 1762 . C T 18.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.10;SB=-0.01;sumGLbyD=8.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:48.55:49,0,141
5677 16548-ref 1812 . C T 35.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=16.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.07:65,0,68
5678 16548-ref 1819 . C T 106.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.66;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
5679 16548-ref 1841 . C A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
5680 16548-ref 1924 . G A 114.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
5681 16548-ref 1936 . G T 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:71,0,21
5682 16548-ref 1952 . T C 112.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=22.57;SB=-0.01;sumGLbyD=28.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:143,0,15
5683 16548-ref 2012 . C T 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
5684 16683-ref 19 . T C 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
5685 16683-ref 74 . A G 326.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
5686 16683-ref 106 . A G 522.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:556,45,0
5687 16683-ref 137 . A G 1055.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.25:1089,90,0
5688 16683-ref 163 . G A 1404.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=34.12;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1438,117,0
5689 16683-ref 204 . C A 2269.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8653;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2303,181,0
5690 16683-ref 216 . G A 2056.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.25;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2090,163,0
5691 16683-ref 257 . A T 3545.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8318;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:90:99:3545,271,0
5692 16683-ref 379 . G C 13424.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=363;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.3672;MQ=35.18;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,363:358:99:13423,1077,0
5693 16683-ref 405 . G A 17124.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=463;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.6484;MQ=34.85;MQ0=0;QD=36.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,461:458:99:17123,1378,0
5694 16683-ref 432 . G A 13794.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3408;MQ=34.10;MQ0=0;QD=36.40;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,379:376:99:13792,1131,0
5695 16683-ref 444 . T C 13340.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=379;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3475;MQ=32.75;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,378:378:99:13338,1137,0
5696 16683-ref 495 . G A 6883.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=196;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6462;MQ=32.29;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,195:195:99:6852,584,0
5697 16683-ref 496 . C A 6989.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=199;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6464;MQ=32.36;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:198:99:6948,593,0
5698 16683-ref 497 . C T 6749.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6475;MQ=32.96;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,191:191:99:6724,551,0
5699 16683-ref 587 . G T 20991.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=553;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=31.5031;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.96;SB=-6073.38;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,550:541:99:20962,1600,0
5700 16683-ref 834 . C G 1892.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.02;MQ0=0;QD=33.80;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:56:99:1926,165,0
5701 16683-ref 835 . C T 1084.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.16;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=32.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1117,102,0
5702 16683-ref 836 . C T 769.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=27.71;MQ0=0;QD=29.58;SB=-0.01;sumGLbyD=30.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.16:802,78,0
5703 16683-ref 837 . A G 500.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9652;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=28.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.10:533,54,0
5704 16751-ref 57 . T A 281.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:315,24,0
5705 16751-ref 117 . T C 319.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
5706 16751-ref 219 . C T 57.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=7.14;SB=-0.01;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:87.14:87,0,136
5707 16751-ref 222 . G A 296.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:329,27,0
5708 16751-ref 288 . G A 144.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5522;MQ=35.72;MQ0=0;QD=18.11;SB=-0.01;sumGLbyD=21.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:175,0,22
5709 16751-ref 324 . T C 160.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=16.09;SB=-65.32;sumGLbyD=19.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:191,0,122
5710 16751-ref 386 . T C 15.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4687;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.73;SB=3.00;sumGLbyD=5.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:45.40:45,0,205
5711 16751-ref 390 . T G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:160,12,0
5712 16751-ref 402 . C T 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
5713 16751-ref 426 . C T 201.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0
5714 16751-ref 508 . T C 239.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:273,21,0
5715 16751-ref 553 . C T 151.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=30.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:17.19:181,0,17
5716 16751-ref 560 . A G 103.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.73;SB=-0.01;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:134,0,25
5717 16751-ref 628 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5718 16751-ref 635 . T C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5719 16751-ref 805 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5720 16751-ref 840 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5721 16751-ref 940 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5722 16751-ref 987 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
5723 16751-ref 996 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5724 16751-ref 1041 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5725 16786-ref 209 . C T 279.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:312,24,0
5726 16786-ref 278 . T A 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
5727 16786-ref 359 . C T 30.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.36;SB=-0.01;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:6:60.52:61,0,140
5728 16786-ref 387 . G C 95.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.54;SB=-0.01;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:125,0,144
5729 16786-ref 407 . C T 151.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4328;MQ=36.15;MQ0=0;QD=12.60;SB=-0.01;sumGLbyD=15.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:181,0,198
5730 16786-ref 545 . T C 583.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:616,48,0
5731 16786-ref 635 . T C 386.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:420,33,0
5732 16786-ref 761 . C T 555.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:589,45,0
5733 16786-ref 962 . G C 300.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.02;SB=-0.01;sumGLbyD=16.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:330,0,335
5734 16786-ref 1163 . A G 383.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=23.99;SB=-0.01;sumGLbyD=25.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:15:74.88:414,0,75
5735 16786-ref 1361 . C T 95.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.59;SB=-0.01;sumGLbyD=13.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:125,0,173
5736 16786-ref 1403 . T C 224.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:258,21,0
5737 16786-ref 1404 . T A 81.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.63;SB=-0.01;sumGLbyD=18.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:112,0,62
5738 16786-ref 1643 . C T 366.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.27;SB=-0.01;sumGLbyD=16.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:397,0,343
5739 16786-ref 1693 . G A 894.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:927,72,0
5740 16786-ref 1794 . T C 501.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9162;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:27:99:532,0,357
5741 16786-ref 1855 . G C 364.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4373;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.50;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:394,0,495
5742 16786-ref 1883 . T C 1169.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.30:1203,93,0
5743 16786-ref 1946 . C T 1574.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.7284;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1608,123,0
5744 16786-ref 2036 . C G 860.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4657;MQ=36.72;MQ0=0;QD=23.90;SB=-0.01;sumGLbyD=24.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,28:34:99:890,0,216
5745 16786-ref 2093 . A G 485.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7337;MQ=35.87;MQ0=0;QD=17.98;SB=-0.01;sumGLbyD=19.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:516,0,308
5746 16786-ref 2120 . T C 776.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7719;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.34;SB=-0.01;sumGLbyD=33.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.19:809,66,0
5747 16786-ref 2141 . A G 969.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.59;MQ0=0;QD=33.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.23:1002,81,0
5748 16786-ref 2254 . G A 1019.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.64;MQ0=0;QD=36.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.26:1053,81,0
5749 16786-ref 2278 . C T 139.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5216;MQ=36.56;MQ0=0;QD=6.06;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:169,0,574
5750 16890-ref 274 . C T 699.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.42;SB=-0.01;sumGLbyD=31.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,21:22:6.54:731,7,0
5751 16890-ref 331 . C T 587.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.40;MQ0=0;QD=34.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:620,48,0
5752 16899-ref 639 . A G 25.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=6.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:55.97:56,0,139
5753 16916-ref 138 . A G 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
5754 16916-ref 211 . A G 152.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0
5755 16916-ref 447 . C T 202.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
5756 16916-ref 582 . A T 468.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:502,39,0
5757 16916-ref 609 . T C 383.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:417,33,0
5758 16916-ref 633 . G T 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:239,18,0
5759 16916-ref 708 . T A 324.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:357,27,0
5760 16916-ref 710 . G A 323.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:356,27,0
5761 16916-ref 756 . A T 196.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.05;SB=-0.01;sumGLbyD=32.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:229,18,0
5762 16916-ref 1103 . A C 539.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:572,45,0
5763 16916-ref 1229 . A C 16.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9379;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.96:46,0,253
5764 16916-ref 1231 . T A 15.60 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9379;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:45.47:45,0,320
5765 16916-ref 1853 . C T 750.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7273;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:783,60,0
5766 16938-ref 834 . A T 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0
5767 16955-ref 51 . G C 412.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.41;SB=-139.23;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:446,36,0
5768 16955-ref 61 . T C 385.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9991;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.13;SB=-109.61;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:11:33.10:419,33,0
5769 16955-ref 92 . A G 445.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.72;SB=-109.87;sumGLbyD=31.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.50:479,15,0
5770 16955-ref 118 . A G 155.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.87;SB=-29.50;sumGLbyD=31.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:188,18,0
5771 16955-ref 133 . T C 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-29.38;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
5772 16955-ref 145 . C T 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.15;SB=-29.38;sumGLbyD=31.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
5773 16994-ref 109 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
5774 16994-ref 147 . T C 147.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:180,15,0
5775 16994-ref 315 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5776 16994-ref 454 . T A 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9916;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:105,0,65
5777 16994-ref 606 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5778 16994-ref 639 . T C 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
5779 16994-ref 654 . G C 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
5780 16994-ref 801 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5781 16994-ref 811 . A G 199.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.25;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
5782 16994-ref 849 . G A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
5783 17004-ref 34 . A G 229.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.15;MQ0=0;QD=19.14;SB=-0.01;sumGLbyD=21.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:260,0,107
5784 17004-ref 56 . G A 518.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7987;MQ=36.37;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:14:42.14:552,42,0
5785 17004-ref 98 . T A 630.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:664,51,0
5786 17004-ref 162 . G C 306.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.32;SB=-0.01;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:19:99:336,0,296
5787 17004-ref 285 . G A 37.93 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
5788 17024-ref 111 . C T 115 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20.20:145,0,20
5789 17024-ref 138 . T A 19.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=8.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.70:50,0,135
5790 17024-ref 141 . A G 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
5791 17024-ref 156 . G C 325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
5792 17024-ref 198 . C T 720.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:753,57,0
5793 17024-ref 257 . T C 604.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:637,51,0
5794 17024-ref 268 . C T 658 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:691,54,0
5795 17024-ref 339 . C T 911.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.19;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:944,75,0
5796 17024-ref 361 . C T 752.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.5968;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.18:785,63,0
5797 17024-ref 398 . G C 277.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:310,24,0
5798 17024-ref 446 . G T 400.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.43;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:434,33,0
5799 17024-ref 497 . C G 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
5800 17024-ref 520 . A G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
5801 17058-ref 108 . T C 280.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:314,24,0
5802 17058-ref 147 . G A 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
5803 17058-ref 170 . G A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5804 17058-ref 346 . G C 259.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:292,24,0
5805 17058-ref 387 . T A 349.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.10:382,30,0
5806 17058-ref 519 . G A 509.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:542,42,0
5807 17058-ref 649 . C T 229.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:263,21,0
5808 17058-ref 679 . A C 219.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.40;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:253,21,0
5809 17058-ref 684 . A G 220.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=31.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:253,21,0
5810 17058-ref 694 . T C 313.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=31.30;SB=-0.01;sumGLbyD=34.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:346,27,0
5811 17058-ref 796 . G A 417.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:451,36,0
5812 17058-ref 829 . T C 259.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=25.93;SB=-0.01;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.05:292,27,0
5813 17058-ref 841 . T C 266.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=29.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:300,27,0
5814 17058-ref 862 . G T 94.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
5815 17058-ref 889 . G A 111.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
5816 17058-ref 979 . T C 467.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:501,39,0
5817 17058-ref 1153 . G T 699.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.81;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:732,57,0
5818 17058-ref 1162 . C T 740.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:774,60,0
5819 17058-ref 1187 . T C 927.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:961,75,0
5820 17058-ref 1238 . T C 975.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1008,78,0
5821 17058-ref 1328 . A C 616.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:650,51,0
5822 17058-ref 1544 . C T 303.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:337,30,0
5823 17058-ref 1558 . T G 304 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.40;SB=-0.01;sumGLbyD=33.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:337,30,0
5824 17058-ref 1571 . A T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
5825 17058-ref 1573 . T A 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.22:44,0,74
5826 17058-ref 1582 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5827 17060-ref 23 . A G 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
5828 17060-ref 83 . G C 52.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9576;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.37;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:82.47:82,0,317
5829 17060-ref 120 . G A 99.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.10;SB=-0.01;sumGLbyD=14.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:130,0,162
5830 17060-ref 137 . A G 98.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:95.08:129,0,95
5831 17060-ref 158 . A G 73.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.31;SB=-0.01;sumGLbyD=25.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:103,0,28
5832 17152-ref 68 . A G 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
5833 17152-ref 133 . C T 715.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:57.19:749,57,0
5834 17152-ref 279 . G T 454.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:487,39,0
5835 17152-ref 288 . G A 605.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:638,51,0
5836 17152-ref 289 . A G 618.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.15:651,54,0
5837 17152-ref 393 . A T 1112.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.39;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1145,96,0
5838 17152-ref 413 . T G 925.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.01;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:959,78,0
5839 17152-ref 416 . C T 729.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=34.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:762,60,0
5840 17152-ref 461 . A G 544.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:577,45,0
5841 17152-ref 772 . A G 2254.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3266;MQ=36.84;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:61:99:2287,184,0
5842 17152-ref 840 . C A 1974.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0461;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:2007,156,0
5843 17216-ref 41 . A G 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
5844 17216-ref 65 . T A 112.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=17.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:93.74:143,0,94
5845 17216-ref 78 . T C 114.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=14.35;SB=-0.01;sumGLbyD=18.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91.20:145,0,91
5846 17216-ref 98 . G C 184.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=16.76;SB=-0.01;sumGLbyD=19.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:214,0,121
5847 17216-ref 198 . C T 63.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.31;MQ0=0;QD=3.37;SB=3.00;sumGLbyD=4.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:18:93.98:94,0,477
5848 17216-ref 199 . G A 476.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.31;MQ0=0;QD=25.07;SB=-37.00;sumGLbyD=26.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:99:506,0,100
5849 17216-ref 211 . T C 369.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:403,33,0
5850 17216-ref 234 . C A 25.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.38:55,0,68
5851 17216-ref 267 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5852 17216-ref 333 . G A 101.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.93;SB=-0.01;sumGLbyD=21.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.53:132,0,61
5853 17216-ref 371 . T C 90.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=35.53;MQ0=0;QD=12.89;SB=-0.01;sumGLbyD=17.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.59:120,0,89
5854 17216-ref 386 . T C 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:148,12,0
5855 17291-ref 54 . C G 201.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
5856 17291-ref 86 . C G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.89;SB=-0.01;sumGLbyD=26.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:6:12.04:158,12,0
5857 17291-ref 87 . T C 45.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.65;SB=-0.01;sumGLbyD=9.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:75.21:75,0,166
5858 17291-ref 124 . C T 1741.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.0884;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,47:47:99:1774,101,0
5859 17291-ref 236 . T C 2182.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=37.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2216,175,0
5860 17291-ref 250 . T C 3062.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.26;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:80:99:3095,241,0
5861 17291-ref 251 . G A 3132.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3165,247,0
5862 17291-ref 313 . A G 4174.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.8040;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:109:99:4174,328,0
5863 17317-ref 71 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5864 17317-ref 85 . A T 30.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.20;SB=-0.01;sumGLbyD=20.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
5865 17317-ref 189 . G A 545.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:579,45,0
5866 17317-ref 201 . A G 604.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=39.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:637,48,0
5867 17317-ref 251 . T A 717.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:750,60,0
5868 17317-ref 367 . T A 761.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:795,63,0
5869 17317-ref 512 . G C 714.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.19:747,57,0
5870 17335-ref 12 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5871 17335-ref 69 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5872 17335-ref 71 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5873 17335-ref 235 . A G 436.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.40;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:470,36,0
5874 17335-ref 237 . G A 431.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:465,36,0
5875 17335-ref 391 . G C 13.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=34.93;MQ0=0;QD=0.93;SB=-0.01;sumGLbyD=2.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:43.73:44,0,431
5876 17335-ref 526 . A G 696.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:730,57,0
5877 17335-ref 688 . A T 853.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=37.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:887,69,0
5878 17335-ref 689 . T C 858.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:892,69,0
5879 17335-ref 747 . T A 630.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:663,51,0
5880 17335-ref 814 . C T 789.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.64;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:823,66,0
5881 17335-ref 848 . A G 489.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=32.65;SB=-0.01;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:523,45,0
5882 17335-ref 849 . A C 475.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:509,45,0
5883 17335-ref 865 . T A 409.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:442,39,0
5884 17335-ref 934 . T A 714.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:748,57,0
5885 17335-ref 952 . G A 750.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:783,60,0
5886 17335-ref 1333 . T C 1102.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:90.28:1136,90,0
5887 17335-ref 1341 . C G 1037.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.94;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.25:1070,87,0
5888 17335-ref 1402 . C G 1420.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4069;MQ=36.51;MQ0=0;QD=34.65;SB=-103.07;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1454,117,0
5889 17335-ref 1548 . T C 1305.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8633;MQ=36.45;MQ0=0;QD=35.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1338,108,0
5890 17335-ref 1585 . A G 1358.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1392,108,0
5891 17335-ref 1682 . A G 343.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=34.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:377,30,0
5892 17345-ref 17 . A T 504.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:537,42,0
5893 17345-ref 27 . G A 524.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=34.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:557,45,0
5894 17345-ref 49 . C G 981.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1014,78,0
5895 17345-ref 119 . A G 3204.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3238,253,0
5896 17345-ref 332 . T A 4447.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.8063;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:114:99:4448,343,0
5897 17345-ref 463 . T C 2675.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.3379;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:70:99:2708,211,0
5898 17373-ref 614 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5899 17373-ref 644 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5900 17373-ref 645 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5901 17373-ref 731 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5902 17373-ref 831 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5903 17373-ref 851 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5904 17373-ref 866 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5905 17373-ref 1014 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5906 17373-ref 1035 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5907 17373-ref 1147 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5908 17373-ref 1241 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5909 17373-ref 1247 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5910 17373-ref 1344 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
5911 17373-ref 1357 . A G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
5912 17373-ref 1457 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
5913 17373-ref 1766 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
5914 17373-ref 1790 . T A 33.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.30;SB=-0.01;sumGLbyD=15.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:30.98:63,0,31
5915 17373-ref 1830 . C T 223.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:257,21,0
5916 17442-ref 16 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
5917 17442-ref 33 . T C 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
5918 17442-ref 116 . G A 574.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=31.93;SB=-0.01;sumGLbyD=33.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:16:48.15:608,48,0
5919 17442-ref 133 . T C 798.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6543;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:32.22:831,32,0
5920 17442-ref 262 . A T 509.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:543,42,0
5921 17442-ref 282 . C G 569.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=28.49;SB=-0.01;sumGLbyD=29.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,17:19:22.83:600,0,23
5922 17442-ref 308 . C A 457.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.47;MQ0=0;QD=24.07;SB=-0.01;sumGLbyD=25.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:487,0,132
5923 17442-ref 345 . C G 446.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.42;SB=-0.01;sumGLbyD=20.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:22:99:477,0,250
5924 17442-ref 643 . G A 674.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.47;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:708,54,0
5925 17442-ref 698 . A T 442.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9664;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.25;SB=-0.01;sumGLbyD=16.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:472,0,456
5926 17442-ref 766 . C A 198.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
5927 17659-ref 58 . C T 2240.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1647;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:59:99:2274,178,0
5928 17659-ref 150 . T C 2186.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5740;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=33.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,63:64:73.28:2220,73,0
5929 17659-ref 192 . G C 2478.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4862;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.95;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:72:96.64:2512,97,0
5930 17688-ref 104 . T C 271.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=27.19;SB=-0.01;sumGLbyD=30.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:8:24.07:305,24,0
5931 17698-ref 96 . G A 158.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:191,15,0
5932 17698-ref 171 . C T 189.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0
5933 17698-ref 210 . A G 241.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:274,24,0
5934 17698-ref 244 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5935 17698-ref 248 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
5936 17698-ref 337 . T A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5937 17698-ref 353 . C G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5938 17698-ref 384 . G C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5939 17698-ref 387 . C A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
5940 17698-ref 433 . G A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
5941 17698-ref 434 . A T 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
5942 17698-ref 464 . G A 217.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.12;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:251,21,0
5943 17698-ref 508 . C G 398.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:432,33,0
5944 17698-ref 593 . T A 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
5945 17698-ref 601 . A G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
5946 17698-ref 607 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5947 17698-ref 611 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5948 17698-ref 790 . G A 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
5949 17698-ref 799 . A C 235.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0
5950 17698-ref 931 . G A 476.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9979;MQ=32.86;MQ0=0;QD=26.47;SB=-0.01;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:18:16.36:506,0,16
5951 17698-ref 941 . G C 441.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:9.55:474,10,0
5952 17698-ref 951 . C T 518.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=30.24;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=30.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.12:552,51,0
5953 17698-ref 986 . G A 827.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.20:860,69,0
5954 17698-ref 993 . C A 981 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.48;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.23:1014,81,0
5955 17698-ref 1083 . A G 1224.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1257,96,0
5956 17698-ref 1145 . A G 1573.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8223;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1606,126,0
5957 17698-ref 1249 . C T 1337.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1370,105,0
5958 17698-ref 1427 . T G 1737.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.79;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1770,141,0
5959 17698-ref 1474 . A G 1417.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=36.45;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1451,111,0
5960 17698-ref 1502 . C G 1293.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6401;MQ=36.36;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1327,102,0
5961 17698-ref 1631 . A G 389.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=35.95;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:423,33,0
5962 17733-ref 9 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5963 17733-ref 24 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5964 17733-ref 53 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5965 17733-ref 70 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
5966 17785-ref 678 . T C 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
5967 17785-ref 769 . G A 457.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.4165;MQ=31.49;MQ0=0;QD=10.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,21:42:99:488,0,692
5968 17785-ref 846 . A G 439.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.3348;MQ=30.34;MQ0=0;QD=10.72;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:470,0,632
5969 17785-ref 858 . T C 36.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.09;MQ0=0;QD=1.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,4:29:66.99:67,0,741
5970 17785-ref 897 . T C 135.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=23.35;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=28.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:168,18,0
5971 17785-ref 907 . T C 135.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=23.35;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=28.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:168,18,0
5972 17861-ref 133 . G A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
5973 17898-ref 246 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
5974 17905-ref 68 . T C 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
5975 17905-ref 276 . T C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
5976 17905-ref 283 . T C 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
5977 17905-ref 326 . C T 259.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=25.93;SB=-0.01;sumGLbyD=28.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.92:289,0,10
5978 17905-ref 354 . G A 216.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.94:246,0,13
5979 17905-ref 377 . A G 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4070;MQ=29.55;MQ0=0;QD=12.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:24.97:103,0,25
5980 17905-ref 379 . G T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.0647;MQ=29.55;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=12.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:62.77:74,0,63
5981 17905-ref 402 . A G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
5982 17905-ref 414 . G A 63.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=15.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:93,0,28
5983 17905-ref 429 . T C 139.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=23.24;SB=-0.01;sumGLbyD=28.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:19.74:169,0,20
5984 17905-ref 488 . T G 360.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:394,30,0
5985 17905-ref 540 . G T 1037.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.59;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.26:1070,84,0
5986 17905-ref 564 . T C 993.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.09;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1026,81,0
5987 17905-ref 571 . T C 935.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.60;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:969,78,0
5988 17905-ref 627 . C T 307.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=25.60;SB=-0.01;sumGLbyD=28.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:11:1.26:336,0,1
5989 17905-ref 645 . T C 311.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=28.29;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:4.70:341,0,5
5990 17905-ref 718 . A G 1050.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.26:1084,84,0
5991 17905-ref 785 . T G 44.17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=10.8311;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.40;SB=-0.01;sumGLbyD=5.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:74.16:74,0,339
5992 17905-ref 786 . G A 40.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.8294;MQ=36.22;MQ0=0;QD=3.12;SB=-0.01;sumGLbyD=5.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:70.54:71,0,330
5993 17905-ref 792 . C G 67.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.8247;MQ=36.27;MQ0=0;QD=4.86;SB=-0.01;sumGLbyD=7.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:13:97.99:98,0,311
5994 17905-ref 871 . A C 362.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=30.19;MQ0=0;QD=27.89;SB=-0.01;sumGLbyD=30.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.08:396,36,0
5995 17905-ref 876 . C T 361.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.15;SB=-0.01;sumGLbyD=32.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:395,36,0
5996 17905-ref 887 . T C 244 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=27.11;SB=-0.01;sumGLbyD=30.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:277,27,0
5997 17905-ref 893 . A T 203.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=25.38;SB=-0.01;sumGLbyD=29.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.03:236,24,0
5998 17905-ref 992 . A G 506.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:539,42,0
5999 17905-ref 1044 . A G 795.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.21:828,63,0
6000 17905-ref 1133 . A G 25.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:55.46:55,0,105
6001 17905-ref 1153 . G T 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
6002 17905-ref 1154 . T A 34.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.34;SB=-0.01;sumGLbyD=21.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:64,0,31
6003 17905-ref 1155 . A T 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
6004 17907-ref 53 . A G 311.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:344,27,0
6005 17907-ref 1310 . T C 1231.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6113;MQ=36.63;MQ0=0;QD=22.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:1261,0,502
6006 17907-ref 1419 . C T 644.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8315;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.89;SB=-0.01;sumGLbyD=18.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:35:99:674,0,490
6007 17907-ref 1862 . C T 48.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9942;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.02;SB=-0.01;sumGLbyD=6.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:78.25:78,0,313
6008 17986-ref 83 . C T 231.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=28.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:264,21,0
6009 17986-ref 129 . T C 267.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:301,24,0
6010 17986-ref 260 . G A 257.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:290,24,0
6011 17986-ref 272 . G C 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
6012 17986-ref 285 . C A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,103
6013 17986-ref 288 . G A 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,105
6014 17986-ref 380 . A G 225.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
6015 17986-ref 405 . C A 188.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0
6016 17986-ref 532 . G A 190.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:224,18,0
6017 17986-ref 637 . T A 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
6018 17986-ref 669 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6019 17986-ref 832 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6020 17986-ref 892 . G A 102.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=25.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:135,12,0
6021 17986-ref 1000 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6022 17989-ref 125 . A T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
6023 17989-ref 126 . T A 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
6024 17989-ref 140 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6025 18056-ref 216 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6026 18056-ref 224 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6027 18056-ref 229 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6028 18056-ref 318 . T C 57.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.16;SB=-0.01;sumGLbyD=12.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:87.14:87,0,125
6029 18056-ref 344 . C A 16.94 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=11;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.82;SB=-0.01;sumGLbyD=7.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:46.85:47,0,114
6030 18056-ref 765 . T C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:200,15,0
6031 18056-ref 990 . T A 466.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.32;MQ0=0;QD=31.12;SB=-0.01;sumGLbyD=33.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:8.16:499,8,0
6032 18056-ref 1007 . C T 426.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.32;MQ0=0;QD=28.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,14:14:2.08:456,2,0
6033 18056-ref 1104 . T A 139.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.72;SB=-0.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:99:170,0,169
6034 18143-ref 27 . A T 110.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:143,12,0
6035 18143-ref 61 . C G 224.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.02;SB=-29.56;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:257,21,0
6036 18143-ref 90 . A T 210.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=30.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.93:241,0,16
6037 18143-ref 102 . T C 15.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.69;SB=-0.01;sumGLbyD=5.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.06:45,0,250
6038 18143-ref 188 . A C 573.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:607,48,0
6039 18143-ref 308 . T C 22.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.1680;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.93:53,0,242
6040 18143-ref 323 . C T 218.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.32;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.24:249,0,15
6041 18143-ref 443 . T A 246.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
6042 18143-ref 484 . C T 204.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
6043 18143-ref 601 . C T 234.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:267,21,0
6044 18143-ref 636 . C T 371.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:405,33,0
6045 18143-ref 672 . A T 120.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=20.14;SB=-0.01;sumGLbyD=25.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.96:151,0,22
6046 18143-ref 678 . A C 116.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=24.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.96:147,0,22
6047 18143-ref 684 . G A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
6048 18202-ref 135 . A C 16.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=5.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:45.96:46,0,253
6049 18202-ref 167 . G T 96.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3542;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=11.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:126,0,239
6050 18202-ref 258 . C T 390.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.98;SB=-0.01;sumGLbyD=24.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:421,0,110
6051 18202-ref 344 . C T 317.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:348,0,127
6052 18202-ref 410 . T C 740.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:774,60,0
6053 18202-ref 412 . A G 173.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.20;SB=-0.01;sumGLbyD=11.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:203,0,346
6054 18202-ref 495 . A T 567.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:600,48,0
6055 18202-ref 532 . A C 41.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.32;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:52.40:72,0,52
6056 18202-ref 533 . A G 23.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.17:53,0,89
6057 18202-ref 631 . A G 515.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:548,45,0
6058 18202-ref 637 . C A 562.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=35.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:596,48,0
6059 18202-ref 664 . G A 132.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.9987;MQ=34.78;MQ0=0;QD=9.43;SB=-0.01;sumGLbyD=11.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:162,0,271
6060 18202-ref 689 . A G 440.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:474,39,0
6061 18202-ref 916 . T A 270.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:304,24,0
6062 18202-ref 1003 . C T 359.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:393,30,0
6063 18202-ref 1097 . C G 402.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:435,33,0
6064 18202-ref 1212 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6065 18220-ref 113 . G A 1398 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.83;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1431,108,0
6066 18245-ref 180 . C T 118.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
6067 18245-ref 219 . A G 315.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:348,27,0
6068 18245-ref 238 . T C 370.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:404,33,0
6069 18273-ref 24 . C T 277.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:310,24,0
6070 18273-ref 80 . T C 1300.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=38.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1334,102,0
6071 18273-ref 114 . A T 980.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1014,78,0
6072 18273-ref 399 . G A 1261.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1294,99,0
6073 18273-ref 413 . A G 1034.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.26:1068,81,0
6074 18273-ref 464 . A C 1491.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1524,120,0
6075 18273-ref 632 . T G 14.23 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9610;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.29;SB=-0.01;sumGLbyD=4.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:44.06:44,0,299
6076 18296-ref 140 . T C 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
6077 18296-ref 204 . C T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.52;SB=-0.01;sumGLbyD=26.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:78,6,0
6078 18296-ref 278 . C G 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
6079 18296-ref 287 . A G 25.07 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0
6080 18296-ref 297 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6081 18296-ref 312 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6082 18296-ref 753 . C G 226.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.27;SB=-0.01;sumGLbyD=32.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:10.28:256,0,10
6083 18296-ref 801 . G C 244.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
6084 18296-ref 899 . A C 385.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:419,33,0
6085 18296-ref 919 . A T 93.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:12:99:123,0,275
6086 18296-ref 926 . T C 243.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=18.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:273,0,233
6087 18296-ref 1330 . C T 182.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0296;MQ=36.47;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:212,0,413
6088 18296-ref 1639 . T A 203.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7552;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.56;SB=-0.01;sumGLbyD=15.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:233,0,268
6089 18296-ref 1819 . C A 490.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9985;MQ=36.61;MQ0=0;QD=18.86;SB=-0.01;sumGLbyD=20.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:520,0,335
6090 18296-ref 1834 . C T 245.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.54;MQ0=0;QD=11.17;SB=-0.01;sumGLbyD=12.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:276,0,436
6091 18296-ref 1855 . T C 670.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=35.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:704,54,0
6092 18300-ref 223 . C T 1405.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:37:99:1439,111,0
6093 18300-ref 312 . C A 148.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:181,15,0
6094 18300-ref 313 . C G 147.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:180,15,0
6095 18368-ref 81 . T C 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:142,0,62
6096 18368-ref 125 . G A 284.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
6097 18368-ref 143 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
6098 18440-ref 159 . C T 78.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
6099 18440-ref 196 . T A 236.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:270,21,0
6100 18440-ref 205 . C A 235.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:269,21,0
6101 18440-ref 584 . G A 795.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:32.21:828,32,0
6102 18440-ref 619 . C T 823.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=31.66;SB=-0.01;sumGLbyD=32.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.18:856,75,0
6103 18440-ref 646 . C T 800.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.18:834,75,0
6104 18440-ref 656 . A G 766.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=31.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.17:799,72,0
6105 18440-ref 671 . C A 541.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=28.32;MQ0=0;QD=25.80;SB=-0.01;sumGLbyD=27.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.12:575,54,0
6106 18440-ref 684 . G A 567.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.26;MQ0=0;QD=29.85;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.13:600,54,0
6107 18440-ref 724 . T A 987.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1021,81,0
6108 18440-ref 851 . T C 1375.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1408,108,0
6109 18440-ref 1046 . A G 810.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.19:844,72,0
6110 18440-ref 1058 . C A 916.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.65;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.22:950,81,0
6111 18440-ref 1067 . C T 623.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.26;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=34.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.14:656,57,0
6112 18440-ref 1094 . T C 989.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7873;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:29:87.21:1022,87,0
6113 18440-ref 1280 . G A 980.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9623;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.22:1013,81,0
6114 18440-ref 1691 . A G 230.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.58;SB=-39.95;sumGLbyD=29.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.06:263,21,0
6115 18440-ref 2077 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
6116 18444-ref 88 . G A 388.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7334;MQ=36.68;MQ0=0;QD=12.13;SB=-0.01;sumGLbyD=13.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:31:99:418,0,589
6117 18444-ref 112 . C T 560.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6855;MQ=36.42;MQ0=0;QD=16.03;SB=-0.01;sumGLbyD=16.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:34:99:591,0,525
6118 18444-ref 116 . C T 493.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3958;MQ=36.10;MQ0=0;QD=14.53;SB=-0.01;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:524,0,527
6119 18444-ref 186 . C A 1413.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8771;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1446,114,0
6120 18444-ref 211 . G A 519.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8656;MQ=36.67;MQ0=0;QD=16.76;SB=-0.01;sumGLbyD=17.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:549,0,451
6121 18444-ref 243 . T C 828.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.36;SB=-0.01;sumGLbyD=25.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,25:34:99:858,0,258
6122 18444-ref 278 . T C 162.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9954;MQ=35.78;MQ0=0;QD=3.88;SB=-0.01;sumGLbyD=4.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,9:41:99:193,0,1108
6123 18444-ref 290 . G T 57.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9996;MQ=35.62;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=2.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,6:37:87.17:87,0,1066
6124 18444-ref 302 . A G 59.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=35.58;MQ0=0;QD=1.65;SB=-0.01;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,6:36:89.49:89,0,1037
6125 18444-ref 338 . G T 1319.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.9992;MQ=35.87;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1353,108,0
6126 18444-ref 377 . T G 220.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.7844;MQ=36.42;MQ0=0;QD=6.29;SB=-0.01;sumGLbyD=7.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:35:99:250,0,895
6127 18444-ref 388 . A C 805.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.78;SB=-0.01;sumGLbyD=22.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:36:99:836,0,357
6128 18444-ref 448 . G A 1243.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.71;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1276,102,0
6129 18444-ref 501 . C A 749.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.75;MQ0=0;QD=18.28;SB=-0.01;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:780,0,548
6130 18444-ref 521 . T C 357.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3204;MQ=36.35;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:29:99:388,0,532
6131 18444-ref 547 . G T 108.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7857;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.78;SB=-0.01;sumGLbyD=8.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:138,0,374
6132 18444-ref 549 . A C 217.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7857;MQ=35.63;MQ0=0;QD=14.51;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:13:99:248,0,141
6133 18492-ref 107 . C G 4266.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=110;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.1970;MQ=36.63;MQ0=0;QD=38.79;SB=-31.56;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,110:110:99:4266,331,0
6134 18492-ref 312 . T A 4688.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.5527;MQ=36.92;MQ0=0;QD=37.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,124:122:99:4653,332,0
6135 18492-ref 381 . C G 2152.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.83;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:57:99:2186,172,0
6136 18492-ref 637 . T C 2488.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.7812;MQ=36.57;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:68:99:2521,199,0
6137 18536-ref 257 . C A 750.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:784,63,0
6138 18549-ref 47 . A T 92.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.62;MQ0=0;QD=23.12;SB=-0.01;sumGLbyD=31.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:125,12,0
6139 18549-ref 85 . T C 91.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.62;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:124,12,0
6140 18549-ref 263 . C T 4429.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=13.5389;MQ=35.77;MQ0=0;QD=37.23;SB=-1591.87;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,118:117:99:4429,352,0
6141 18549-ref 278 . C T 6716.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=178;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1042;MQ=36.01;MQ0=0;QD=37.73;SB=-3210.21;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,177:176:99:6716,530,0
6142 18549-ref 346 . A G 12558.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=327;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6251;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.41;SB=-136.32;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,327:324:99:12558,975,0
6143 18549-ref 352 . A G 12548.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=328;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.1324;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,326:321:99:12548,966,0
6144 18549-ref 425 . A G 9283.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=242;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=15.9604;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,241:241:99:9283,725,0
6145 18549-ref 459 . T G 10674.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=283;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.7167;MQ=36.89;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,278:278:99:10533,723,0
6146 18549-ref 556 . C T 8141.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=212;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8847;MQ=36.43;MQ0=0;QD=38.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,212:211:99:8141,635,0
6147 18549-ref 578 . C T 7802.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=206;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.0584;MQ=36.21;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,205:204:99:7765,611,0
6148 18549-ref 610 . A G 8565.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.2782;MQ=36.46;MQ0=0;QD=38.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:221:99:8564,665,0
6149 18549-ref 703 . C T 7272.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3214;MQ=35.23;MQ0=0;QD=36.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,196:195:99:7204,581,0
6150 18549-ref 726 . T A 7691.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=208;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2501;MQ=34.81;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,208:207:99:7691,623,0
6151 18549-ref 751 . A C 7871.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=214;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7858;MQ=34.97;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,214:211:99:7871,635,0
6152 18549-ref 768 . A C 7158.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=193;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8288;MQ=35.40;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,192:190:99:7128,541,0
6153 18549-ref 832 . A G 2961.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.88;MQ0=0;QD=35.69;SB=-270.63;sumGLbyD=36.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,80:82:99:2995,145,0
6154 18549-ref 838 . C T 2638.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.85;MQ0=0;QD=38.24;SB=-262.51;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2672,208,0
6155 18641-ref 46 . G C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
6156 18641-ref 186 . C T 283.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=39.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
6157 18641-ref 311 . G A 597.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:16.38:630,16,0
6158 18641-ref 390 . A T 1839.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1872,147,0
6159 18641-ref 430 . G T 838.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.58;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.18:872,72,0
6160 18641-ref 458 . C T 368.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=20.46;SB=-0.01;sumGLbyD=22.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:398,0,176
6161 18666-ref 114 . A C 303.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:336,27,0
6162 18666-ref 195 . T G 545.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:579,45,0
6163 18666-ref 511 . A G 528.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=37.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:561,45,0
6164 18666-ref 583 . T C 715.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:749,57,0
6165 18666-ref 724 . G A 833.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:866,66,0
6166 18666-ref 788 . G C 623.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=34.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:656,51,0
6167 18666-ref 812 . G A 704.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.18:738,57,0
6168 18666-ref 835 . A C 581.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:614,48,0
6169 18666-ref 936 . A G 1088.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.54;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1122,87,0
6170 18666-ref 1168 . C A 687.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:720,54,0
6171 18666-ref 1351 . T C 1415.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.45;MQ0=0;QD=38.24;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1448,111,0
6172 18666-ref 1413 . T A 20.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4687;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.65;SB=-0.01;sumGLbyD=1.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,4:31:50.25:50,0,974
6173 18666-ref 1570 . G A 967.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1001,78,0
6174 18666-ref 1621 . T G 341.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:375,30,0
6175 18666-ref 1811 . A T 593.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:626,48,0
6176 18680-ref 222 . G A 187.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.30;SB=-0.01;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:221,18,0
6177 18680-ref 279 . C T 240.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.37;SB=-79.82;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:274,21,0
6178 18680-ref 281 . A C 236.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-79.82;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:270,21,0
6179 18680-ref 298 . T G 329.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.98;SB=-150.97;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:363,30,0
6180 18680-ref 345 . G A 694.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.74;SB=-239.35;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.18:728,57,0
6181 18680-ref 351 . T A 732.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=36.62;SB=-280.05;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:765,60,0
6182 18680-ref 410 . C T 156.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
6183 18680-ref 411 . G A 191.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.85;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
6184 18680-ref 438 . A G 306.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.98;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:339,27,0
6185 18680-ref 564 . C T 70.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.74;SB=-0.01;sumGLbyD=25.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.01:103,9,0
6186 18680-ref 614 . A G 583.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.44;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:14.17:617,14,0
6187 18680-ref 1754 . C T 749.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:783,60,0
6188 18711-ref 216 . G A 865.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:69.22:899,69,0
6189 18711-ref 229 . A C 1004.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1038,81,0
6190 18711-ref 348 . C T 690.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7356;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.17:723,57,0
6191 18711-ref 632 . C G 1332.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1365,105,0
6192 18711-ref 704 . G A 1215.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.99;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1249,96,0
6193 18711-ref 820 . C T 786.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:819,63,0
6194 18711-ref 926 . G A 1063.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.27:1097,84,0
6195 18726-ref 38 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6196 18726-ref 43 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6197 18726-ref 177 . A G 841.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8319;MQ=35.82;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=33.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:25:35.22:874,35,0
6198 18726-ref 191 . G T 819.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.77;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=34.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.22:853,35,0
6199 18726-ref 209 . G C 958.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=33.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:50.26:992,50,0
6200 18797-ref 254 . C G 275.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=35.28;MQ0=0;QD=22.98;SB=-0.01;sumGLbyD=25.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:12:9.92:306,0,10
6201 18797-ref 284 . C T 335.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.94;SB=-0.01;sumGLbyD=30.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.90:364,0,4
6202 18797-ref 318 . T C 151.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.41;MQ0=0;QD=21.69;SB=-0.01;sumGLbyD=25.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:16.74:182,0,17
6203 18797-ref 455 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6204 18797-ref 485 . T G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6205 18797-ref 488 . T A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6206 18797-ref 493 . A T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6207 18849-ref 111 . C T 156.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=26.12;SB=-0.01;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:190,18,0
6208 18849-ref 152 . C T 356.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.75;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:390,33,0
6209 18849-ref 153 . T G 356.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.75;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:390,33,0
6210 18849-ref 203 . T C 28.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23.48:58,0,23
6211 18869-ref 450 . C A 1111.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7614;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.28:1145,87,0
6212 18869-ref 705 . G A 474.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4639;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.24;SB=-0.01;sumGLbyD=19.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:504,0,350
6213 18869-ref 781 . G A 1225.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.68;MQ0=0;QD=38.31;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1259,96,0
6214 18869-ref 992 . A T 1532.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1566,123,0
6215 18869-ref 1086 . A T 44.14 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.83;SB=-0.01;sumGLbyD=14.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.11:74,0,61
6216 18869-ref 1087 . T G 12.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=3.14;SB=-0.01;sumGLbyD=10.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:42.29:42,0,66
6217 18869-ref 1088 . T G 45.87 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.29;SB=-0.01;sumGLbyD=26.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:77,6,0
6218 18869-ref 1089 . C G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:73,6,0
6219 18869-ref 1288 . T C 193 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:226,18,0
6220 18869-ref 1303 . T C 536.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.71;MQ0=0;QD=33.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:569,48,0
6221 18869-ref 1346 . A G 732.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ=33.93;MQ0=0;QD=17.86;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:762,0,479
6222 18869-ref 1362 . C T 1537.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4960;MQ=33.90;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1570,129,0
6223 18869-ref 1411 . G C 1431.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.78;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:88.57:1465,89,0
6224 18869-ref 1415 . T G 1305.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.05;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1339,108,0
6225 18869-ref 1475 . G A 1292.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1326,105,0
6226 18869-ref 1544 . G T 210.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.72;MQ0=0;QD=26.26;SB=-0.01;sumGLbyD=30.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:12.91:240,0,13
6227 18869-ref 1550 . T A 89.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.87;MQ0=0;QD=9.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:120,0,164
6228 18869-ref 1608 . C A 1784.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1817,144,0
6229 18869-ref 1629 . A G 747.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.7981;MQ=35.50;MQ0=0;QD=15.58;SB=-0.01;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:47:99:778,0,713
6230 18869-ref 1642 . T C 631.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7987;MQ=35.72;MQ0=0;QD=15.79;SB=-0.01;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:662,0,626
6231 18869-ref 1662 . T C 450.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=35.59;MQ0=0;QD=15.53;SB=-0.01;sumGLbyD=16.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:480,0,441
6232 18869-ref 1712 . C T 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
6233 18922-ref 61 . A C 1011.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8253;MQ=36.84;MQ0=0;QD=16.05;SB=-0.01;sumGLbyD=16.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:62:99:1041,0,1015
6234 18922-ref 73 . T C 876.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9925;MQ=36.84;MQ0=0;QD=13.49;SB=-0.01;sumGLbyD=13.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:63:99:907,0,1192
6235 18922-ref 145 . C T 75.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=26.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:106,0,26
6236 18956-ref 37 . T C 105.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.16;SB=-0.01;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:135,0,134
6237 18956-ref 106 . T C 503.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.44;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:537,42,0
6238 19035-ref 48 . G T 27.59 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.20;SB=-0.01;sumGLbyD=19.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31
6239 19035-ref 75 . C A 40.83 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.72;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:70.83:71,0,89
6240 19035-ref 84 . T A 134.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.72;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=23.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.27:164,0,18
6241 19035-ref 104 . G C 104.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=27.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15:137,15,0
6242 19035-ref 131 . C A 114.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.57;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
6243 19035-ref 157 . C G 69.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.63;SB=-0.01;sumGLbyD=16.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:100,0,102
6244 19035-ref 173 . G T 241.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.47;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:274,21,0
6245 19035-ref 206 . A G 451.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=30.12;SB=-0.01;sumGLbyD=32.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:13:39.12:485,39,0
6246 19035-ref 245 . C A 733.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=33.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.18:767,63,0
6247 19035-ref 302 . A G 219.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.27;MQ0=0;QD=15.67;SB=-0.01;sumGLbyD=17.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:249,0,170
6248 19035-ref 318 . A G 175.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.72;MQ0=0;QD=21.95;SB=-0.01;sumGLbyD=25.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:51.19:206,0,51
6249 19035-ref 339 . C G 19.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=4.80;SB=-0.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:49.14:49,0,68
6250 19035-ref 362 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6251 19035-ref 709 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6252 19035-ref 779 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6253 19056-ref 141 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
6254 19056-ref 221 . T C 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
6255 19056-ref 273 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6256 19056-ref 282 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6257 19056-ref 287 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6258 19056-ref 296 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
6259 19056-ref 374 . A G 455.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ=36.32;MQ0=0;QD=30.36;SB=-0.01;sumGLbyD=32.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.13:486,5,0
6260 19056-ref 464 . C T 543.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.18;SB=-0.01;sumGLbyD=32.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:11.16:576,11,0
6261 19056-ref 465 . C G 513.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.19;SB=-0.01;sumGLbyD=32.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:16:8.15:545,8,0
6262 19056-ref 598 . G A 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
6263 19056-ref 665 . G C 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
6264 19056-ref 671 . G T 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
6265 19067-ref 468 . C T 39.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
6266 19071-ref 51 . A G 1647.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:61.44:1681,61,0
6267 19071-ref 72 . A G 2022.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7329;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,54:56:89.23:2056,89,0
6268 19071-ref 166 . A T 2327.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4615;MQ=36.25;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,65:67:88.19:2360,88,0
6269 19071-ref 174 . G A 2300.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.8300;MQ=36.14;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=32.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,66:69:62.75:2334,63,0
6270 19071-ref 192 . A G 2068.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.09;MQ0=0;QD=30.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,61:66:29.66:2098,0,30
6271 19071-ref 312 . A T 5379.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8760;MQ=36.86;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,140:146:99:5119,180,0
6272 19071-ref 620 . G A 2065.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.6935;MQ=31.30;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2098,158,0
6273 19071-ref 629 . G T 2037.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=31.09;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=33.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2071,183,0
6274 19071-ref 650 . G T 1513.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=30.24;MQ0=0;QD=28.03;SB=-0.01;sumGLbyD=28.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,52:51:77.23:1546,77,0
6275 19071-ref 662 . A G 2045.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.38;MQ0=0;QD=32.99;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2078,186,0
6276 19097-ref 42 . A C 124.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
6277 19097-ref 97 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6278 19097-ref 99 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6279 19113-ref 318 . T C 190.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:223,18,0
6280 19113-ref 385 . T C 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
6281 19113-ref 412 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6282 19127-ref 127 . G A 17.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9330;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.79;SB=-0.01;sumGLbyD=4.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,2:10:47.79:48,0,281
6283 19127-ref 129 . A C 471.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:504,39,0
6284 19127-ref 163 . C T 677.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:710,54,0
6285 19401-ref 47 . T A 718.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:752,57,0
6286 19401-ref 66 . T C 787.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=39.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:820,63,0
6287 19401-ref 147 . T A 627.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:660,51,0
6288 19401-ref 156 . G C 524.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:557,42,0
6289 19401-ref 179 . T G 53.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.63;SB=-0.01;sumGLbyD=10.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:83.07:83,0,176
6290 19401-ref 188 . A C 39.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
6291 19417-ref 57 . G C 2079.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9956;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,59:62:66.50:2112,67,0
6292 19417-ref 512 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6293 19474-ref 203 . C T 804.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.50;SB=-40.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:22:66.19:837,66,0
6294 19474-ref 230 . T C 315.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.57;MQ0=0;QD=10.52;SB=-33.99;sumGLbyD=11.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:346,0,529
6295 19474-ref 232 . T A 319.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=32.14;MQ0=0;QD=10.64;SB=-33.99;sumGLbyD=11.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:349,0,522
6296 19474-ref 291 . T C 102.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=25.37;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:132,0,377
6297 19474-ref 537 . C T 433.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:466,36,0
6298 19524-ref 160 . A C 4356.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2554;MQ=36.65;MQ0=0;QD=38.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,113:112:99:4356,337,0
6299 19524-ref 203 . C T 3327.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9664;MQ=36.41;MQ0=0;QD=38.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:86:99:3328,259,0
6300 19524-ref 228 . G A 2816.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.2728;MQ=36.49;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:77:99:2850,208,0
6301 19524-ref 339 . T A 155.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
6302 19524-ref 341 . G A 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=25.06;SB=-0.01;sumGLbyD=31.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:158,12,0
6303 19524-ref 343 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6304 19535-ref 82 . C T 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
6305 19535-ref 125 . A T 187.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:220,18,0
6306 19535-ref 156 . G A 271.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.93;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:304,24,0
6307 19535-ref 210 . G C 338.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:372,30,0
6308 19535-ref 211 . T C 346.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:379,30,0
6309 19535-ref 280 . C T 454.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=32.45;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:487,39,0
6310 19535-ref 361 . A T 311.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:345,27,0
6311 19535-ref 392 . T C 301.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:335,27,0
6312 19535-ref 516 . T C 618.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:652,51,0
6313 19535-ref 526 . T C 549.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:582,45,0
6314 19535-ref 587 . G C 201.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.64;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
6315 19535-ref 640 . G C 266.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:8:24.07:300,24,0
6316 19535-ref 775 . T A 643.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:676,54,0
6317 19535-ref 802 . A C 768.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:801,63,0
6318 19535-ref 841 . T C 691.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.16:724,57,0
6319 19535-ref 877 . C T 628.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:661,51,0
6320 19535-ref 907 . T C 553.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:587,45,0
6321 19535-ref 1007 . G A 479.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:512,39,0
6322 19535-ref 1115 . C G 626.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:660,51,0
6323 19535-ref 1137 . A G 387.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.27;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:420,33,0
6324 19535-ref 1148 . G A 373.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=33.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0
6325 19535-ref 1265 . T A 741.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:774,60,0
6326 19535-ref 1288 . A G 644.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.47;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:54.15:678,54,0
6327 19535-ref 1346 . C T 355.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:388,30,0
6328 19545-ref 80 . T C 2174.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9830;MQ=35.53;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,62:62:99:2208,147,0
6329 19545-ref 125 . T G 986.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=27.61;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:34.22:1020,34,0
6330 19545-ref 130 . T G 1038.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.65;MQ0=0;QD=29.66;SB=-0.01;sumGLbyD=30.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1071,105,0
6331 19545-ref 140 . G A 1050.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.79;MQ0=0;QD=28.38;SB=-0.01;sumGLbyD=29.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1083,108,0
6332 19545-ref 158 . A C 1283.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.03;MQ0=0;QD=31.31;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1317,123,0
6333 19545-ref 184 . C T 1379.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.15;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:38:99:1412,114,0
6334 19545-ref 185 . G A 1415.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.15;MQ0=0;QD=36.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1449,117,0
6335 19545-ref 245 . G A 4034.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.42;MQ0=0;QD=38.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:104:99:4034,313,0
6336 19545-ref 286 . A G 3550.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.1226;MQ=35.48;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:97:99:3455,197,0
6337 19545-ref 294 . A G 3215 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.1170;MQ=35.39;MQ0=0;QD=33.49;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,93:93:99:3248,162,0
6338 19545-ref 320 . G A 3367.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=35.88;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,89:90:99:3287,191,0
6339 19545-ref 372 . G A 2999.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5922;MQ=36.76;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:82:99:3033,216,0
6340 19545-ref 393 . A G 3602.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=94;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6267;MQ=36.89;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,93:93:99:3563,241,0
6341 19545-ref 470 . A T 54.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=4.6621;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.60;SB=-0.01;sumGLbyD=2.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:34:84.50:85,0,1040
6342 19599-ref 152 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6343 19599-ref 292 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6344 19736-ref 20 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6345 19736-ref 135 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6346 19736-ref 140 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6347 19736-ref 201 . T C 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
6348 19833-ref 70 . G C 153.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.96:183,0,16
6349 19833-ref 78 . T G 153.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=19.17;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.96:183,0,16
6350 19833-ref 114 . A C 302.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.36;MQ0=0;QD=11.21;SB=-0.01;sumGLbyD=12.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:333,0,420
6351 19833-ref 119 . T C 300.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=31.58;MQ0=0;QD=10.73;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:330,0,468
6352 19833-ref 137 . T G 114.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.44;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:144,0,469
6353 19833-ref 145 . T G 522.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=33.65;MQ0=0;QD=23.76;SB=-0.01;sumGLbyD=25.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:21:42.14:556,42,0
6354 19833-ref 195 . A G 267.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:300,24,0
6355 19833-ref 243 . T C 233.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
6356 19833-ref 314 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6357 19839-ref 42 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6358 19839-ref 246 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
6359 19839-ref 263 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
6360 19839-ref 277 . A C 80.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.76:111,0,60
6361 19839-ref 282 . G T 80.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.47;SB=-0.01;sumGLbyD=18.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.46:111,0,54
6362 19839-ref 315 . A G 27.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.54;SB=-0.01;sumGLbyD=9.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:57.20:57,0,142
6363 19839-ref 393 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6364 19839-ref 394 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6365 19839-ref 401 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6366 19896-ref 30 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6367 19896-ref 64 . C T 286.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
6368 19896-ref 174 . A G 280.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
6369 19896-ref 217 . G T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6370 19896-ref 291 . G A 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
6371 19924-ref 170 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6372 20071-ref 53 . T C 36.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:68,6,0
6373 20071-ref 138 . G A 286.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
6374 20071-ref 149 . A T 10.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4676;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:39.94:40,0,325
6375 20124-ref 46 . C T 311.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:344,27,0
6376 20124-ref 270 . G A 863.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4875;MQ=36.61;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:23:69.22:897,69,0
6377 20124-ref 452 . G A 680.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:714,54,0
6378 20124-ref 502 . G T 542.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8665;MQ=35.80;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.12:575,48,0
6379 20124-ref 509 . C G 78.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8643;MQ=35.72;MQ0=0;QD=4.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:14:99:109,0,306
6380 20124-ref 739 . C T 867.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:901,69,0
6381 20131-ref 155 . C G 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
6382 20131-ref 173 . C T 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
6383 20131-ref 893 . G C 352.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:385,30,0
6384 20131-ref 944 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6385 20131-ref 1440 . A T 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
6386 20131-ref 1447 . G A 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
6387 20131-ref 1535 . G A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-0.01;sumGLbyD=29.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:119,9,0
6388 20131-ref 1539 . T C 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.56;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:155,12,0
6389 20131-ref 1577 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6390 20209-ref 39 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6391 20209-ref 141 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6392 20209-ref 163 . A C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
6393 20209-ref 179 . A C 359.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:392,30,0
6394 20209-ref 206 . A T 617.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:651,51,0
6395 20209-ref 264 . G A 1324.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6634;MQ=36.42;MQ0=0;QD=37.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1357,105,0
6396 20209-ref 354 . T C 68.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7886;MQ=35.43;MQ0=0;QD=1.85;SB=-0.01;sumGLbyD=2.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:37:98.37:98,0,1010
6397 20209-ref 356 . G T 74.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.43;MQ0=0;QD=2.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:36:99:105,0,999
6398 20209-ref 357 . A G 42.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=35.34;MQ0=0;QD=1.23;SB=-0.01;sumGLbyD=2.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:34:72.89:73,0,935
6399 20209-ref 376 . A G 141.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:175,15,0
6400 20302-ref 315 . A T 274.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0
6401 20302-ref 340 . C T 156.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=35.72;MQ0=0;QD=19.53;SB=-0.01;sumGLbyD=23.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:5:15.04:189,15,0
6402 20302-ref 363 . C T 71.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.68;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
6403 20302-ref 766 . T A 118.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
6404 20302-ref 777 . C T 111.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.25;SB=-0.01;sumGLbyD=28.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:141,0,25
6405 20302-ref 821 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6406 20302-ref 864 . C T 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
6407 20302-ref 938 . A C 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.28;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:238,18,0
6408 20302-ref 982 . A T 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
6409 20302-ref 989 . C T 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
6410 20302-ref 1000 . A T 175.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:208,18,0
6411 20302-ref 1035 . G T 147.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
6412 20302-ref 1036 . A T 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
6413 20302-ref 1089 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6414 20302-ref 1158 . C T 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:105,0,65
6415 20302-ref 1214 . A T 424.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:458,36,0
6416 20355-ref 85 . A G 241.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.12;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:272,0,262
6417 20355-ref 86 . C T 598.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:632,48,0
6418 20355-ref 140 . G A 487.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:520,39,0
6419 20355-ref 194 . A C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
6420 20355-ref 205 . A G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
6421 20355-ref 229 . G A 273.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
6422 20355-ref 251 . A G 55.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:8:85.56:86,0,166
6423 20355-ref 265 . G T 279.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:312,24,0
6424 20356-ref 66 . G A 543.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.98;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:13.36:576,13,0
6425 20356-ref 88 . C T 1277.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.72;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:69.77:1311,70,0
6426 20356-ref 220 . T C 592.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4308;MQ=36.81;MQ0=0;QD=11.18;SB=-0.01;sumGLbyD=11.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,21:52:99:622,0,1106
6427 20356-ref 431 . G T 2102.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8472;MQ=36.26;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2135,166,0
6428 20356-ref 492 . A T 2614.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.31;SB=-0.01;sumGLbyD=36.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,71:70:99:2647,211,0
6429 20356-ref 493 . A G 2680.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:72:99:2714,217,0
6430 20356-ref 574 . G A 3644.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0432;MQ=35.85;MQ0=0;QD=37.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,98:96:99:3644,289,0
6431 20356-ref 589 . A G 3480.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9751;MQ=35.71;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:93:99:3480,280,0
6432 20356-ref 613 . A T 2549.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6023;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:68:99:2582,205,0
6433 20356-ref 673 . T C 2500.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2534,202,0
6434 20356-ref 707 . A C 2543.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8839;MQ=35.51;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:68:99:2577,205,0
6435 20356-ref 712 . T G 2419.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.76;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2453,199,0
6436 20356-ref 823 . T C 1236.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=30.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1269,123,0
6437 20356-ref 826 . T A 1049.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=25.79;MQ0=0;QD=28.37;SB=-0.01;sumGLbyD=29.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1083,108,0
6438 20356-ref 832 . A G 1369.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=28.27;MQ0=0;QD=29.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:45:99:1403,135,0
6439 20356-ref 835 . A T 1552.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4665;MQ=29.12;MQ0=0;QD=31.04;SB=-0.01;sumGLbyD=31.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:50:99:1585,147,0
6440 20356-ref 917 . C G 3897.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5501;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.48;SB=-40.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:102:99:3858,267,0
6441 20356-ref 1101 . A G 504.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:537,42,0
6442 20399-ref 61 . G C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15.05:200,15,0
6443 20399-ref 72 . G A 316.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:349,27,0
6444 20399-ref 159 . T A 176.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.62;SB=-0.01;sumGLbyD=20.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:206,0,129
6445 20399-ref 167 . T C 148.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.74;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:178,0,22
6446 20399-ref 184 . G A 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9655;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.95:62,0,139
6447 20399-ref 194 . A G 24.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=8.26;SB=-0.01;sumGLbyD=18.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:55,0,31
6448 20399-ref 287 . G A 688.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=33.63;MQ0=0;QD=27.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,22:25:41.78:718,0,42
6449 20399-ref 300 . C T 195.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9778;MQ=34.31;MQ0=0;QD=6.32;SB=-0.01;sumGLbyD=7.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:30:99:226,0,672
6450 20399-ref 382 . A C 23.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.0551;MQ=36.20;MQ0=0;QD=0.63;SB=-0.01;sumGLbyD=1.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,5:36:53.92:54,0,1100
6451 20399-ref 400 . G C 939.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=7.9881;MQ=35.78;MQ0=0;QD=22.36;SB=-0.01;sumGLbyD=23.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,30:40:99:969,0,299
6452 20399-ref 401 . C T 86.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.9881;MQ=35.78;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=2.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:41:99:117,0,1179
6453 20399-ref 444 . C T 20.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.02;SB=-0.01;sumGLbyD=2.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,4:20:50.38:50,0,560
6454 20399-ref 459 . A T 145.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=13.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:175,0,209
6455 20399-ref 460 . G A 76.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=6.95;SB=-0.01;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:106,0,215
6456 20399-ref 463 . T A 184.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0
6457 20399-ref 464 . T G 186.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
6458 20399-ref 579 . C T 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
6459 20399-ref 592 . G A 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
6460 20399-ref 602 . A G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.23;SB=-0.01;sumGLbyD=24.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15.03:148,15,0
6461 20399-ref 612 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
6462 20399-ref 646 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6463 20399-ref 652 . A G 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6464 20399-ref 699 . G C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6465 20399-ref 704 . T C 107.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.34;SB=-0.01;sumGLbyD=19.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:7:52.54:137,0,53
6466 20399-ref 738 . G A 140.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=12.7851;MQ=35.38;MQ0=0;QD=3.70;SB=-24.96;sumGLbyD=4.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:32:99:170,0,871
6467 20399-ref 748 . T C 720.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.7840;MQ=35.28;MQ0=0;QD=17.16;SB=-325.44;sumGLbyD=17.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:41:99:751,0,537
6468 20399-ref 749 . T C 37.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=12.9968;MQ=35.24;MQ0=0;QD=0.92;SB=57.61;sumGLbyD=1.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,6:40:67.78:68,0,1177
6469 20399-ref 751 . C T 927.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.9968;MQ=35.24;MQ0=0;QD=22.61;SB=-364.76;sumGLbyD=23.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:41:99:957,0,311
6470 20399-ref 821 . T C 164.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.7584;MQ=35.59;MQ0=0;QD=5.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:28:99:194,0,699
6471 20399-ref 822 . C G 160.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6251;MQ=35.59;MQ0=0;QD=5.54;SB=-0.01;sumGLbyD=6.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:191,0,751
6472 20399-ref 823 . C A 126.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6251;MQ=35.91;MQ0=0;QD=4.51;SB=-0.01;sumGLbyD=5.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:156,0,744
6473 20432-ref 166 . C A 162.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
6474 20432-ref 222 . A T 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
6475 20432-ref 249 . T A 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
6476 20432-ref 325 . A T 194.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
6477 20432-ref 418 . T C 516.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:550,42,0
6478 20432-ref 544 . T C 471.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=33.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:5.14:502,5,0
6479 20511-ref 220 . A G 160.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
6480 20511-ref 234 . G A 204.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
6481 20511-ref 305 . T C 469.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=31.32;SB=-0.01;sumGLbyD=33.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:7.35:501,7,0
6482 20511-ref 335 . G C 429.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:462,36,0
6483 20511-ref 358 . A G 111.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
6484 20529-ref 149 . G A 73.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=18.43;SB=-0.01;sumGLbyD=26.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:106,9,0
6485 20529-ref 225 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6486 20529-ref 284 . T G 390.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ=35.66;MQ0=0;QD=16.98;SB=-0.01;sumGLbyD=18.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:22:99:421,0,291
6487 20529-ref 324 . T C 629.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=33.14;SB=-117.81;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:663,54,0
6488 20529-ref 330 . C G 84.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=4.99;SB=9.02;sumGLbyD=6.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:115,0,410
6489 20529-ref 331 . T C 84.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=4.95;SB=9.02;sumGLbyD=6.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:114,0,410
6490 20529-ref 343 . A G 118.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.91;SB=9.02;sumGLbyD=12.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:149,0,219
6491 20529-ref 401 . G A 1210.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1243,105,0
6492 20529-ref 428 . T C 2298.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0723;MQ=36.35;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:61:99:2331,184,0
6493 20529-ref 438 . T C 490.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.0730;MQ=36.31;MQ0=0;QD=8.31;SB=-0.01;sumGLbyD=8.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:53:99:520,0,1075
6494 20529-ref 544 . A C 1662.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9984;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1695,135,0
6495 20529-ref 555 . G A 272.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.07;MQ0=0;QD=8.26;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:302,0,728
6496 20529-ref 621 . G A 168.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.63;SB=-0.01;sumGLbyD=6.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:99:199,0,701
6497 20529-ref 622 . C A 169.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.64;SB=-0.01;sumGLbyD=6.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:29:99:199,0,687
6498 20529-ref 648 . A C 1415.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1448,114,0
6499 20529-ref 672 . C T 466.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.62;MQ0=0;QD=12.61;SB=-0.01;sumGLbyD=13.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:496,0,645
6500 20529-ref 803 . G A 1451.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.4408;MQ=36.54;MQ0=0;QD=21.99;SB=-0.01;sumGLbyD=22.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,45:65:99:1481,0,581
6501 20529-ref 855 . C T 935.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.8571;MQ=36.66;MQ0=0;QD=15.59;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:965,0,983
6502 20529-ref 864 . C A 825.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.74;SB=-0.01;sumGLbyD=15.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:54:99:855,0,927
6503 20529-ref 935 . T G 742.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9944;MQ=36.81;MQ0=0;QD=14.28;SB=-0.01;sumGLbyD=14.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:51:99:773,0,822
6504 20529-ref 1334 . G A 3384.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2569;MQ=36.55;MQ0=0;QD=37.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:88:99:3384,265,0
6505 20529-ref 1419 . G A 1072.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.2573;MQ=36.85;MQ0=0;QD=15.55;SB=-0.01;sumGLbyD=15.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:68:99:1103,0,1111
6506 20529-ref 1442 . A T 1411.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8237;MQ=36.88;MQ0=0;QD=16.23;SB=-0.01;sumGLbyD=16.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:1442,0,1419
6507 20529-ref 1607 . A G 410.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.7994;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.53;SB=-0.01;sumGLbyD=20.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:440,0,251
6508 20529-ref 1616 . A G 40.99 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
6509 20529-ref 1617 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6510 20529-ref 1797 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6511 20655-ref 38 . C A 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6512 20655-ref 46 . T C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6513 20655-ref 70 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6514 20709-ref 49 . T C 1104.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1137,87,0
6515 20709-ref 760 . T G 111.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.55;SB=-0.01;sumGLbyD=23.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:141,0,62
6516 20709-ref 761 . T A 65.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.09;SB=-0.01;sumGLbyD=19.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.09:95,0,61
6517 20709-ref 764 . T C 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:60.71:68,0,61
6518 20731-ref 145 . A G 66.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8653;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.52;SB=-0.01;sumGLbyD=5.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:19:96.78:97,0,539
6519 20731-ref 158 . A C 226.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9654;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.20;SB=-0.01;sumGLbyD=18.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:257,0,188
6520 20731-ref 178 . T C 315.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:349,27,0
6521 20731-ref 202 . T G 270.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.87;MQ0=0;QD=30.02;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.07:303,24,0
6522 20731-ref 284 . G A 74.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=20.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:104,0,25
6523 20731-ref 288 . T C 203.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=29.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:237,21,0
6524 20731-ref 289 . G A 62.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=8.88;SB=-0.01;sumGLbyD=13.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92.19:92,0,108
6525 20731-ref 299 . C A 131.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.91;MQ0=0;QD=14.56;SB=-0.01;sumGLbyD=17.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:92.26:161,0,92
6526 20731-ref 334 . C A 61.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=6.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:91.42:91,0,169
6527 20731-ref 461 . G A 397.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.90;SB=-37.00;sumGLbyD=17.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:428,0,392
6528 20731-ref 469 . T C 701.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.04;SB=-37.00;sumGLbyD=20.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:34:99:731,0,376
6529 20731-ref 522 . A G 72.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4878;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.77;SB=3.00;sumGLbyD=1.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,10:94:99:103,0,2958
6530 20731-ref 565 . C A 2601.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5279;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=30.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,75:85:99:2631,0,179
6531 20731-ref 667 . T C 2279.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3259;MQ=36.83;MQ0=0;QD=38.00;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:60:99:2313,181,0
6532 20731-ref 753 . T C 1097.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1131,87,0
6533 20731-ref 768 . A G 742.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:775,60,0
6534 20731-ref 819 . C A 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=23.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
6535 20788-ref 391 . G C 750.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:784,60,0
6536 20788-ref 881 . G A 1239.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9899;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1272,99,0
6537 20788-ref 915 . C T 1364.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.73;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1398,108,0
6538 20788-ref 987 . G C 1055.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=35.18;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:50.28:1088,50,0
6539 20806-ref 192 . C T 4627.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5189;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,120:119:99:4628,358,0
6540 20806-ref 408 . A G 2269.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2303,190,0
6541 20806-ref 409 . T A 2237.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2270,187,0
6542 20806-ref 410 . G T 2210.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2244,187,0
6543 20806-ref 435 . T C 1522.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9830;MQ=28.94;MQ0=0;QD=31.06;SB=-0.01;sumGLbyD=31.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:48:99:1555,144,0
6544 20806-ref 439 . A G 644.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7717;MQ=29.72;MQ0=0;QD=13.16;SB=-0.01;sumGLbyD=13.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:675,0,630
6545 20806-ref 471 . T A 3743.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.45;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:3743,313,0
6546 20806-ref 492 . G A 4235.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.83;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,116:116:99:4235,349,0
6547 20806-ref 511 . G C 5055.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=136;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.2357;MQ=35.80;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,136:134:99:5055,403,0
6548 20806-ref 691 . T G 5911.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.4494;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,154:153:99:5911,460,0
6549 20806-ref 742 . A T 5577.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=147;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4306;MQ=36.93;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,147:144:99:5577,433,0
6550 20806-ref 784 . G T 6635.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5653;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,171:170:99:6635,512,0
6551 20806-ref 849 . C G 8639.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1815;MQ=36.87;MQ0=0;QD=38.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,224:222:99:8639,668,0
6552 20806-ref 934 . C T 4993.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2937;MQ=33.77;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:139:99:4993,418,0
6553 20806-ref 948 . G C 5389.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=151;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.4160;MQ=33.43;MQ0=0;QD=35.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,151:150:99:5388,451,0
6554 20806-ref 975 . T A 5815.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=162;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.3174;MQ=34.03;MQ0=0;QD=35.90;SB=-199.35;sumGLbyD=35.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,162:160:99:5815,481,0
6555 20806-ref 986 . C T 6720.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=183;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2537;MQ=34.56;MQ0=0;QD=36.72;SB=-200.04;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,183:182:99:6719,548,0
6556 20806-ref 1056 . G A 8485.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.7832;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,223:220:99:8372,549,0
6557 20806-ref 1104 . A G 9553.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6514;MQ=35.76;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,253:255:99:9445,660,0
6558 20806-ref 1129 . A C 7560.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6135;MQ=35.59;MQ0=0;QD=35.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,210:203:99:7523,575,0
6559 20806-ref 1134 . C T 8369.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=225;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4285;MQ=35.73;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,224:222:99:8369,668,0
6560 20806-ref 1248 . T C 1316.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6972;MQ=33.38;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1350,114,0
6561 20806-ref 1256 . G C 785.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.16:819,72,0
6562 20806-ref 1267 . C A 245.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.01;MQ0=0;QD=17.56;SB=-0.01;sumGLbyD=19.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:75.09:276,0,75
6563 20806-ref 1268 . A C 253.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.01;MQ0=0;QD=18.13;SB=-0.01;sumGLbyD=20.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:72.62:284,0,73
6564 20896-ref 38 . G A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
6565 20896-ref 196 . C G 309.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:343,27,0
6566 20896-ref 207 . T C 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
6567 20896-ref 242 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6568 20896-ref 305 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6569 20896-ref 355 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6570 21013-ref 231 . T G 156.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=37.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:189,15,0
6571 21013-ref 260 . A T 233.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
6572 21013-ref 306 . G A 322.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:356,27,0
6573 21013-ref 357 . G A 274.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
6574 21013-ref 443 . C T 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
6575 21013-ref 479 . T C 163.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
6576 21013-ref 534 . T C 115.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:148,12,0
6577 21013-ref 732 . C T 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
6578 21013-ref 783 . A G 37.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.66;SB=-0.01;sumGLbyD=22.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:68,0,29
6579 21013-ref 840 . A T 158.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
6580 21013-ref 914 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6581 21013-ref 917 . G T 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
6582 21013-ref 920 . C T 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
6583 21013-ref 981 . T A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
6584 21013-ref 1119 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6585 21013-ref 1145 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6586 21026-ref 38 . A C 1454.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1487,117,0
6587 21026-ref 192 . T C 3179.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.6606;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:82:99:3213,247,0
6588 21026-ref 413 . G T 4970.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.9250;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,127:129:99:4897,350,0
6589 21026-ref 509 . A T 3699.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1706;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,96:95:99:3700,286,0
6590 21026-ref 528 . C T 1314.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0917;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.77;SB=-0.01;sumGLbyD=15.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,43:88:99:1344,0,1402
6591 21026-ref 648 . A C 193.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.69;MQ0=0;QD=21.45;SB=-0.01;sumGLbyD=24.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:44.48:223,0,44
6592 21026-ref 649 . T G 126.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=18.00;SB=-0.01;sumGLbyD=22.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:46.62:156,0,47
6593 21026-ref 655 . G T 64.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.40:95,0,58
6594 21050-ref 23 . G A 344.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:378,30,0
6595 21050-ref 233 . G T 775.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.51;SB=-0.01;sumGLbyD=24.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:33:99:806,0,298
6596 21050-ref 263 . G A 237 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9352;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.78;SB=-0.01;sumGLbyD=9.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:26:99:267,0,586
6597 21050-ref 335 . A G 199.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
6598 21050-ref 345 . T A 28.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.12;SB=-0.01;sumGLbyD=14.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:58.47:58,0,68
6599 21050-ref 360 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6600 21050-ref 380 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6601 21084-ref 219 . A G 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
6602 21084-ref 262 . A G 193.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
6603 21084-ref 276 . A C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6604 21084-ref 315 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6605 21084-ref 386 . G A 349.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:382,30,0
6606 21084-ref 424 . T C 114.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
6607 21084-ref 439 . G A 114.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
6608 21084-ref 450 . G A 114.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.56;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
6609 21084-ref 517 . T A 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6610 21084-ref 529 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6611 21084-ref 666 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6612 21084-ref 700 . A C 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-39.55;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
6613 21084-ref 719 . G T 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-77.10;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
6614 21084-ref 770 . C A 200.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
6615 21084-ref 783 . A G 158.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:191,15,0
6616 21084-ref 925 . G A 48.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=12.14;SB=-0.01;sumGLbyD=19.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:79,0,28
6617 21084-ref 967 . T C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
6618 21084-ref 968 . A C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
6619 21084-ref 1093 . T C 88.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=27.62;MQ0=0;QD=11.03;SB=-33.33;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:83.63:118,0,84
6620 21084-ref 1101 . T A 91.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.22;MQ0=0;QD=13.03;SB=-36.33;sumGLbyD=17.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.97:121,0,59
6621 21084-ref 1120 . C T 28.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.22;MQ0=0;QD=4.14;SB=9.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.97:59,0,121
6622 21084-ref 1150 . C T 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=10.78;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,67
6623 21084-ref 1174 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6624 21084-ref 1357 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6625 21084-ref 1677 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6626 21084-ref 1686 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6627 21114-ref 153 . G C 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.87;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:82.55:83,0,213
6628 21114-ref 173 . C G 46.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9953;MQ=35.12;MQ0=0;QD=4.23;SB=-0.01;sumGLbyD=6.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:76.53:77,0,277
6629 21114-ref 181 . C G 82.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.8911;MQ=34.60;MQ0=0;QD=6.32;SB=-0.01;sumGLbyD=8.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:13:99:112,0,160
6630 21114-ref 194 . G A 37.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8928;MQ=34.93;MQ0=0;QD=2.50;SB=-0.01;sumGLbyD=4.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:15:67.51:68,0,375
6631 21114-ref 214 . A G 83.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.34;SB=-0.01;sumGLbyD=11.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:10:99:113,0,150
6632 21114-ref 255 . A C 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:130,0,188
6633 21114-ref 301 . C T 41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23.47:71,0,23
6634 21114-ref 335 . T A 54.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8664;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.97;SB=-0.01;sumGLbyD=7.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:84.70:85,0,283
6635 21114-ref 342 . C G 132.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8664;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.04;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:10:99:162,0,169
6636 21114-ref 362 . G C 125 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.93;SB=-0.01;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:155,0,307
6637 21114-ref 363 . G A 122.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.18;SB=-0.01;sumGLbyD=10.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:153,0,336
6638 21114-ref 388 . C T 180.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.19;SB=-0.01;sumGLbyD=9.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:210,0,520
6639 21114-ref 454 . A G 36.65 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:66.64:67,0,507
6640 21114-ref 455 . A G 36.65 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:66.64:67,0,507
6641 21114-ref 456 . T A 36.65 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:66.64:67,0,509
6642 21114-ref 491 . T C 133.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9892;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=13.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:164,0,230
6643 21114-ref 494 . C T 59.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9681;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:89.92:90,0,248
6644 21114-ref 495 . C T 77.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9681;MQ=36.27;MQ0=0;QD=5.54;SB=-0.01;sumGLbyD=7.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:108,0,358
6645 21114-ref 507 . C T 50.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=34.60;MQ0=0;QD=3.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:80.90:81,0,328
6646 21114-ref 532 . A T 181.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.9904;MQ=34.15;MQ0=0;QD=16.53;SB=-0.01;sumGLbyD=19.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:212,0,127
6647 21114-ref 533 . G A 17.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.9891;MQ=34.15;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:46.92:47,0,279
6648 21114-ref 608 . C T 177.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=8.86;SB=-0.01;sumGLbyD=10.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:207,0,445
6649 21134-ref 67 . T C 69.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.05;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:101,9,0
6650 21134-ref 70 . C T 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
6651 21134-ref 100 . C T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
6652 21134-ref 199 . A G 71.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.92;SB=-0.01;sumGLbyD=25.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:18.56:102,0,19
6653 21134-ref 200 . C G 111.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.79;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:144,12,0
6654 21134-ref 363 . T C 1710.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7880;MQ=36.80;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,48:51:33.46:1743,33,0
6655 21134-ref 376 . C T 1890.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6972;MQ=36.29;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,54:56:59.35:1923,59,0
6656 21134-ref 418 . C G 1627.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=37.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1661,129,0
6657 21134-ref 436 . G A 1597.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.05;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1631,126,0
6658 21134-ref 517 . C A 563.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:596,51,0
6659 21134-ref 526 . T G 290.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.09;SB=-0.01;sumGLbyD=32.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:324,30,0
6660 21134-ref 531 . C A 153.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:186,18,0
6661 21134-ref 538 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.20;SB=-0.01;sumGLbyD=23.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.02:118,12,0
6662 21134-ref 549 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6663 21134-ref 577 . A G 234.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.31;SB=-0.01;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:267,24,0
6664 21134-ref 592 . A G 425.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=32.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:459,39,0
6665 21134-ref 593 . T C 501.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.91;MQ0=0;QD=29.49;SB=-0.01;sumGLbyD=31.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:15.89:534,16,0
6666 21134-ref 643 . T A 1355.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7086;MQ=36.75;MQ0=0;QD=33.90;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:38:78.23:1389,78,0
6667 21134-ref 726 . G A 951.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.70;SB=-0.01;sumGLbyD=32.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:29:51.12:984,51,0
6668 21134-ref 738 . C T 824.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9811;MQ=34.69;MQ0=0;QD=30.53;SB=-0.01;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78.15:857,78,0
6669 21134-ref 757 . C T 525.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=32.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.12:559,48,0
6670 21134-ref 773 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
6671 21134-ref 833 . G T 63.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=21.02;SB=-0.01;sumGLbyD=31.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:95,9,0
6672 21134-ref 850 . T C 70.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
6673 21149-ref 29 . G A 1131.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.72;SB=-117.00;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1165,90,0
6674 21149-ref 38 . G T 1280.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.42;MQ0=0;QD=36.58;SB=-120.02;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1313,102,0
6675 21149-ref 95 . C G 1751.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.09;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=31.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,51:56:22.34:1781,0,22
6676 21149-ref 104 . G A 2125.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9973;MQ=36.00;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:60:99:2158,105,0
6677 21149-ref 147 . T C 2939.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.21;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2972,232,0
6678 21149-ref 173 . A C 3348.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7348;MQ=36.31;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:87:99:3349,262,0
6679 21149-ref 221 . T C 2527.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.25;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2560,202,0
6680 21149-ref 244 . C G 2183.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.43;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2217,178,0
6681 21149-ref 250 . G A 2079.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.31;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,59:59:99:2113,108,0
6682 21149-ref 311 . T C 2609.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9996;MQ=35.66;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2642,208,0
6683 21149-ref 314 . C T 2537.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9661;MQ=35.68;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2570,171,0
6684 21149-ref 358 . A G 2287.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8054;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.14;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,64:67:81.60:2320,82,0
6685 21149-ref 389 . T A 1519.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.85;MQ0=0;QD=28.66;SB=-0.01;sumGLbyD=29.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,49:49:27.40:1552,27,0
6686 21149-ref 415 . C T 1233.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.63;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=33.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1266,114,0
6687 21149-ref 428 . C G 639.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.32;MQ0=0;QD=29.07;SB=-0.01;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.13:672,66,0
6688 21149-ref 430 . G A 469.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.32;MQ0=0;QD=21.35;SB=-0.01;sumGLbyD=22.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,20:21:16.89:500,0,17
6689 21149-ref 450 . A T 1465.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=33.40;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1499,126,0
6690 21149-ref 488 . T C 2131.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:56:99:2164,169,0
6691 21149-ref 517 . A T 1854.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.1630;MQ=36.42;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:51:99:1888,126,0
6692 21149-ref 577 . T G 1848.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1881,147,0
6693 21149-ref 649 . G C 835.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.27;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.17:869,75,0
6694 21149-ref 676 . A G 499.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.50;MQ0=0;QD=29.38;SB=-0.01;sumGLbyD=31.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.11:533,51,0
6695 21149-ref 677 . A C 522.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=29.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.11:555,54,0
6696 21149-ref 686 . G A 662.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=30.13;SB=-0.01;sumGLbyD=31.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.15:696,63,0
6697 21149-ref 715 . C A 1124.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.16;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.26:1158,93,0
6698 21149-ref 758 . G T 1306.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.70;MQ0=0;QD=38.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1339,102,0
6699 21149-ref 793 . C T 1196.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1229,105,0
6700 21149-ref 798 . A G 959.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=32.36;MQ0=0;QD=25.94;SB=-0.01;sumGLbyD=26.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,32:37:80.28:990,0,80
6701 21149-ref 819 . A C 1039.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.84;MQ0=0;QD=25.35;SB=-0.01;sumGLbyD=26.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,35:40:99:1069,0,116
6702 21149-ref 846 . T C 1211.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.73;MQ0=0;QD=26.92;SB=-0.01;sumGLbyD=27.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,39:44:99:1241,0,106
6703 21149-ref 929 . T C 1168.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1201,93,0
6704 21149-ref 935 . G A 1205.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1239,96,0
6705 21149-ref 953 . C T 782.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:815,63,0
6706 21149-ref 1009 . T A 310.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:343,27,0
6707 21149-ref 1019 . A G 281.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:314,24,0
6708 21149-ref 1075 . C G 336.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.05;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:16:11.16:367,0,11
6709 21149-ref 1107 . G A 384.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=21.35;SB=-0.01;sumGLbyD=23.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:17:8.14:414,0,8
6710 21149-ref 1109 . A G 520.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.60;MQ0=0;QD=28.94;SB=-0.01;sumGLbyD=30.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.11:554,54,0
6711 21149-ref 1115 . A C 671.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=30.53;SB=-0.01;sumGLbyD=32.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.14:705,66,0
6712 21149-ref 1169 . A G 633.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.18;SB=-0.01;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:23.16:667,23,0
6713 21149-ref 1182 . T G 850.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=34.00;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.18:883,75,0
6714 21149-ref 1201 . C A 476.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.26;MQ0=0;QD=25.07;SB=-0.01;sumGLbyD=26.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:22.87:506,0,23
6715 21149-ref 1209 . T C 578.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.16;MQ0=0;QD=28.91;SB=-0.01;sumGLbyD=30.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.14:611,20,0
6716 21149-ref 1310 . C A 790.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=30.41;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:8.60:823,9,0
6717 21149-ref 1319 . T A 971.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.24:1005,84,0
6718 21149-ref 1349 . G A 1037.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.48;MQ0=0;QD=31.45;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:31.08:1071,31,0
6719 21149-ref 1355 . A T 1060.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.48;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,31:33:38.11:1093,38,0
6720 21149-ref 1525 . G C 971.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.64;MQ0=0;QD=34.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1004,78,0
6721 21149-ref 1585 . T A 493.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:526,42,0
6722 21149-ref 1607 . C G 469.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.11:502,42,0
6723 21149-ref 1612 . T C 679.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:713,57,0
6724 21149-ref 1645 . G A 977.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.25;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.25:1010,78,0
6725 21149-ref 1697 . A C 532.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:566,45,0
6726 21149-ref 1831 . C G 974.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1008,78,0
6727 21149-ref 1974 . G T 321.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:354,27,0
6728 21149-ref 2016 . C G 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
6729 21149-ref 2017 . C T 215.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:249,21,0
6730 21149-ref 2057 . T C 541.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.40;MQ0=0;QD=31.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:11.15:574,11,0
6731 21149-ref 2083 . A C 935.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:968,75,0
6732 21149-ref 2159 . A G 842.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.56;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.21:876,69,0
6733 21149-ref 2161 . C A 794.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.19:828,66,0
6734 21149-ref 2239 . C T 264.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:298,24,0
6735 21149-ref 2258 . C A 379.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:413,33,0
6736 21149-ref 2260 . T A 381.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0
6737 21149-ref 2334 . G C 192.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:225,18,0
6738 21149-ref 2337 . C T 188.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:221,18,0
6739 21149-ref 2406 . C T 265.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
6740 21149-ref 2407 . G A 265.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
6741 21149-ref 2442 . C T 291.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=36.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:325,27,0
6742 21149-ref 2448 . A T 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
6743 21149-ref 2564 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6744 21262-ref 53 . A G 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
6745 21262-ref 114 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6746 21298-ref 70 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6747 21298-ref 202 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6748 21298-ref 204 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6749 21298-ref 393 . C T 1081.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:29:87.25:1114,87,0
6750 21298-ref 404 . A G 1508.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1542,117,0
6751 21298-ref 483 . C T 748.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60.19:781,60,0
6752 21298-ref 489 . G T 603.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:637,48,0
6753 21298-ref 510 . A T 364.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
6754 21298-ref 525 . T C 1183.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.30:1216,93,0
6755 21298-ref 646 . C G 1194.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8561;MQ=36.05;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.30:1228,96,0
6756 21298-ref 662 . G C 463.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:496,39,0
6757 21298-ref 695 . G A 236.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:270,21,0
6758 21298-ref 730 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6759 21304-ref 39 . G A 241.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
6760 21304-ref 47 . A T 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.49:42,0,319
6761 21304-ref 196 . A G 542.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.61;MQ0=0;QD=20.86;SB=-0.01;sumGLbyD=22.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,18:25:99:572,0,229
6762 21304-ref 382 . A C 369.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2276;MQ=36.73;MQ0=0;QD=9.98;SB=-0.01;sumGLbyD=10.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:35:99:399,0,745
6763 21304-ref 418 . C T 249.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5946;MQ=36.65;MQ0=0;QD=8.61;SB=-0.01;sumGLbyD=9.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:28:99:280,0,605
6764 21304-ref 595 . T C 466.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:500,39,0
6765 21304-ref 638 . A G 388.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=24.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:419,0,149
6766 21304-ref 689 . G A 138.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.85;SB=-0.01;sumGLbyD=16.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:169,0,154
6767 21358-ref 149 . A G 196.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
6768 21358-ref 222 . C A 476.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.78;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=36.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:509,42,0
6769 21358-ref 225 . T C 473.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.78;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:507,42,0
6770 21358-ref 238 . C T 460.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:493,39,0
6771 21358-ref 278 . T G 139.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=35.98;MQ0=0;QD=13.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:170,0,139
6772 21358-ref 317 . C T 398.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:432,33,0
6773 21358-ref 431 . G A 276.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ=35.87;MQ0=0;QD=30.74;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:310,24,0
6774 21358-ref 538 . C T 447.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.12:480,36,0
6775 21358-ref 618 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
6776 21358-ref 625 . C T 125.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=25.01;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:158,15,0
6777 21358-ref 637 . T C 165.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:199,18,0
6778 21358-ref 679 . A T 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.72;MQ0=0;QD=24.60;SB=-0.01;sumGLbyD=28.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:18.05:230,18,0
6779 21358-ref 732 . G A 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
6780 21358-ref 801 . G A 443.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.57;SB=-0.01;sumGLbyD=31.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:34.86:474,0,35
6781 21358-ref 821 . T C 30.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=12.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:60.55:61,0,93
6782 21358-ref 825 . A G 113.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.27;SB=-0.01;sumGLbyD=36.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:146,12,0
6783 21358-ref 963 . C G 404.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.11;SB=-0.01;sumGLbyD=33.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:0.88:433,0,1
6784 21358-ref 1020 . T C 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.49:42,0,317
6785 21358-ref 1110 . C G 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
6786 21358-ref 1127 . A T 109.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:142,12,0
6787 21358-ref 1142 . T C 68.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9497;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.38;SB=-0.01;sumGLbyD=16.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:91.58:98,0,92
6788 21358-ref 1164 . A C 74.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.86;SB=-0.01;sumGLbyD=20.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:104,0,65
6789 21358-ref 1263 . A G 152.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.34;SB=-0.01;sumGLbyD=30.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:17.19:182,0,17
6790 21358-ref 1318 . A G 196.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
6791 21358-ref 1374 . G T 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
6792 21358-ref 1515 . A G 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
6793 21538-ref 46 . T C 958.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5317;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.51;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:25:75.25:992,75,0
6794 21538-ref 100 . C A 2112.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.07;MQ0=0;QD=38.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2146,166,0
6795 21538-ref 117 . A T 2152.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=36.12;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:57:99:2185,172,0
6796 21538-ref 139 . C T 2711.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2745,214,0
6797 21538-ref 306 . G A 2535.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8178;MQ=36.57;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2569,173,0
6798 21538-ref 342 . C G 2037.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4160;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:54:99:2070,163,0
6799 21538-ref 364 . T G 1854.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7963;MQ=36.81;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:51:99:1888,116,0
6800 21538-ref 430 . A C 2283.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9459;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:59:99:2317,178,0
6801 21538-ref 459 . C T 1779.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.37;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1812,141,0
6802 21538-ref 509 . C T 2251.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.31;MQ0=0;QD=38.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2284,178,0
6803 21538-ref 513 . A G 2488.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2522,166,0
6804 21538-ref 618 . T A 2947.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4963;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.31;SB=-0.01;sumGLbyD=37.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:78:99:2981,235,0
6805 21538-ref 674 . C T 3982.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9338;MQ=36.81;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:105:99:3907,310,0
6806 21538-ref 698 . A G 3554.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8329;MQ=36.67;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:92:99:3514,274,0
6807 21538-ref 787 . A G 2575.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8444;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2609,202,0
6808 21538-ref 845 . T C 3724.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9825;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:95:99:3725,286,0
6809 21538-ref 924 . G A 3173.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7622;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:82:99:3206,247,0
6810 21538-ref 937 . G T 3147.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3181,247,0
6811 21538-ref 988 . C A 2727.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.01;MQ0=0;QD=37.88;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2760,217,0
6812 21538-ref 1002 . G A 2866.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.10;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,78:78:99:2899,199,0
6813 21538-ref 1038 . G A 3370.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8212;MQ=36.08;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3333,262,0
6814 21538-ref 1089 . T A 3760.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.2715;MQ=35.58;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,97:100:99:3648,292,0
6815 21538-ref 1128 . C T 2878.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8110;MQ=30.49;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:87:99:2912,262,0
6816 21538-ref 1134 . G A 2543.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7801;MQ=30.07;MQ0=0;QD=28.91;SB=-0.01;sumGLbyD=29.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,84:82:99:2577,207,0
6817 21538-ref 1155 . C T 2387.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.66;MQ0=0;QD=31.41;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:74:99:2421,223,0
6818 21538-ref 1164 . T C 3183.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ=31.76;MQ0=0;QD=34.23;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:93:99:3216,280,0
6819 21538-ref 1215 . G A 4899.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6977;MQ=36.68;MQ0=0;QD=39.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:125:99:4899,376,0
6820 21538-ref 1283 . T C 1977.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.03;SB=-160.03;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:51:99:2010,153,0
6821 21538-ref 1329 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.4666;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=26.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.02:80,6,0
6822 21538-ref 1330 . G C 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:70,0,30
6823 21538-ref 1517 . T A 1590.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.51;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:44:99:1624,132,0
6824 21538-ref 1521 . A C 1456.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=34.69;SB=-0.01;sumGLbyD=35.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1490,123,0
6825 21538-ref 1524 . C T 1365.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.97;MQ0=0;QD=35.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1399,114,0
6826 21538-ref 1569 . G A 553.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=32.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:15:45.14:587,45,0
6827 21538-ref 1581 . G T 670.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:703,54,0
6828 21544-ref 67 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6829 21544-ref 512 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
6830 21544-ref 534 . C T 108.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.78;SB=-0.01;sumGLbyD=27.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:139,0,24
6831 21544-ref 601 . T C 224.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.13;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:258,21,0
6832 21544-ref 644 . C T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
6833 21544-ref 661 . G A 60.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.15;SB=-0.01;sumGLbyD=15.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.65:91,0,83
6834 21544-ref 671 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6835 21544-ref 718 . G C 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6836 21544-ref 720 . A T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6837 21574-ref 30 . G A 84.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
6838 21574-ref 179 . A T 434.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:468,36,0
6839 21574-ref 183 . T A 91.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:122,0,272
6840 21574-ref 191 . A C 235.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:265,0,220
6841 21584-ref 477 . G A 41.87 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
6842 21584-ref 688 . A C 315.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:348,27,0
6843 21584-ref 707 . T C 22.92 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.86;SB=-0.01;sumGLbyD=6.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:52.89:53,0,178
6844 21584-ref 712 . A G 234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
6845 21584-ref 766 . T C 203.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
6846 21584-ref 789 . A G 80.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
6847 21604-ref 45 . G A 1274.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.73;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:35:82.64:1308,83,0
6848 21604-ref 90 . A G 2400.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2483;MQ=36.55;MQ0=0;QD=35.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,65:67:99:2434,129,0
6849 21604-ref 138 . G A 2024.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8324;MQ=30.81;MQ0=0;QD=32.65;SB=-0.01;sumGLbyD=33.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2057,183,0
6850 21604-ref 146 . T C 1929.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8664;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,60:61:99:1963,143,0
6851 21604-ref 168 . A G 2026.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9648;MQ=31.02;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2060,156,0
6852 21604-ref 171 . C A 1872 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.7321;MQ=30.98;MQ0=0;QD=31.20;SB=-0.01;sumGLbyD=31.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:60:99:1905,138,0
6853 21604-ref 272 . G A 2479.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2512,199,0
6854 21604-ref 275 . C G 1241.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8651;MQ=36.36;MQ0=0;QD=19.71;SB=-0.01;sumGLbyD=20.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,38:63:99:1272,0,775
6855 21604-ref 327 . T C 613.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9829;MQ=35.72;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=20.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:644,0,360
6856 21676-ref 301 . A T 29.94 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:61,6,0
6857 21676-ref 370 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6858 21716-ref 50 . C G 23.19 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=32.73;MQ0=0;QD=4.64;SB=-0.01;sumGLbyD=10.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:53.16:53,0,89
6859 21716-ref 69 . G C 337.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.1567;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:371,30,0
6860 21716-ref 88 . G C 303.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.33;SB=-0.01;sumGLbyD=33.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.08:336,27,0
6861 21716-ref 180 . C G 477.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:511,39,0
6862 21716-ref 232 . G C 652.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:686,54,0
6863 21716-ref 285 . G A 689.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.49;MQ0=0;QD=34.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.15:722,57,0
6864 21716-ref 382 . A T 809.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:842,66,0
6865 21716-ref 544 . C A 211.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=35.87;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=13.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:17:99:241,0,298
6866 21716-ref 555 . C A 775.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.03;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:808,63,0
6867 21716-ref 556 . A G 276.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6219;MQ=36.03;MQ0=0;QD=13.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:307,0,340
6868 21716-ref 629 . T A 788.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:821,63,0
6869 21716-ref 705 . C T 383.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:416,33,0
6870 21716-ref 726 . T C 545.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:579,45,0
6871 21716-ref 1198 . A C 1447.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9575;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:81.07:1481,81,0
6872 21743-ref 234 . A G 1855.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.2551;MQ=36.23;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,51:53:89.86:1889,90,0
6873 21743-ref 297 . G A 1724.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3000;MQ=32.47;MQ0=0;QD=33.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1758,153,0
6874 21743-ref 301 . C T 1451.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.95;MQ0=0;QD=30.88;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:45:99:1485,101,0
6875 21743-ref 339 . C A 1308.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.16;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1341,117,0
6876 21743-ref 341 . A G 1279.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.32;MQ0=0;QD=32.81;SB=-0.01;sumGLbyD=33.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1312,117,0
6877 21743-ref 383 . T C 1090.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5184;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:30:90.28:1124,90,0
6878 21743-ref 485 . T C 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
6879 21777-ref 87 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6880 21784-ref 45 . A G 110.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.42;SB=-0.01;sumGLbyD=23.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.52:141,0,61
6881 21784-ref 71 . C T 53.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:83.90:84,0,323
6882 21784-ref 83 . G A 213.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.83;SB=-0.01;sumGLbyD=20.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:244,0,157
6883 21784-ref 125 . G A 128.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6998;MQ=35.98;MQ0=0;QD=12.81;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:158,0,157
6884 21784-ref 162 . A G 134.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.53;MQ0=0;QD=19.16;SB=-0.01;sumGLbyD=23.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:56.74:164,0,57
6885 21784-ref 168 . A G 234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
6886 21784-ref 224 . C T 53.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.49;SB=-0.01;sumGLbyD=6.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:83.90:84,0,313
6887 21784-ref 282 . G A 318.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.38;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:351,27,0
6888 21784-ref 318 . C G 479.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:512,39,0
6889 21784-ref 369 . C G 472.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:506,39,0
6890 21784-ref 400 . C T 376.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:410,33,0
6891 21784-ref 490 . A G 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:71,0,21
6892 21784-ref 495 . A G 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
6893 21784-ref 496 . A G 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
6894 21824-ref 138 . G C 159.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
6895 21824-ref 222 . T G 39.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
6896 21824-ref 223 . T A 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
6897 21824-ref 490 . G T 283.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:316,27,0
6898 21824-ref 502 . C T 478.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.12:512,42,0
6899 21824-ref 526 . C A 595.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:628,51,0
6900 21824-ref 584 . A T 62.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.76;SB=-0.01;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:94,9,0
6901 21824-ref 588 . C G 57.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=19.27;SB=-0.01;sumGLbyD=30.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:90,9,0
6902 21824-ref 603 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6903 21824-ref 607 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
6904 21824-ref 622 . C G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
6905 21824-ref 649 . G A 252.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:285,24,0
6906 21824-ref 651 . C T 85.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=10.65;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:115,0,123
6907 21824-ref 691 . G A 306.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=27.87;SB=-7.67;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:10.40:339,10,0
6908 21824-ref 700 . C T 326.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.70;SB=-69.61;sumGLbyD=36.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:360,30,0
6909 21824-ref 709 . A G 184.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=26.31;SB=-69.26;sumGLbyD=31.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.05:217,18,0
6910 21824-ref 977 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
6911 21824-ref 1149 . C T 276.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.74;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.04:310,27,0
6912 21824-ref 1666 . T C 31.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:61.96:62,0,128
6913 21834-ref 54 . A G 469.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.8314;MQ=36.60;MQ0=0;QD=18.78;SB=-0.01;sumGLbyD=19.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:499,0,318
6914 21834-ref 95 . A G 1128.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1162,90,0
6915 21834-ref 137 . A T 1311.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1345,105,0
6916 21834-ref 332 . C T 2205.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4336;MQ=36.12;MQ0=0;QD=38.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,58:58:99:2239,175,0
6917 21834-ref 352 . C T 1817.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=35.96;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1850,144,0
6918 21834-ref 384 . T A 1461.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7067;MQ=35.87;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=33.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:20.55:1494,21,0
6919 21834-ref 412 . T C 1285.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.42;MQ0=0;QD=36.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:34:99:1318,102,0
6920 21834-ref 443 . C T 913.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.23:946,72,0
6921 21834-ref 505 . A G 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
6922 21846-ref 52 . T C 635.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.14:668,54,0
6923 21846-ref 73 . G C 850.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:884,69,0
6924 21846-ref 109 . C T 1118.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1152,90,0
6925 21846-ref 158 . G T 333.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:366,30,0
6926 21846-ref 182 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
6927 21846-ref 187 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6928 21846-ref 188 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6929 21846-ref 199 . C T 38.66 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.33;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
6930 21846-ref 212 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6931 21846-ref 277 . A G 324.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:358,27,0
6932 21967-ref 80 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6933 21967-ref 101 . C G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
6934 21967-ref 146 . A G 230.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:264,21,0
6935 21967-ref 239 . T A 37.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.37;SB=-0.01;sumGLbyD=22.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
6936 21967-ref 367 . G A 204.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
6937 21967-ref 389 . C A 108.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:98.95:139,0,99
6938 21967-ref 926 . A G 253.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.18;SB=-0.01;sumGLbyD=31.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.92:284,0,13
6939 21967-ref 1039 . A T 56.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.61;SB=-0.01;sumGLbyD=8.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:86.04:86,0,249
6940 21967-ref 1159 . T A 18.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.54:49,0,176
6941 21967-ref 1170 . T C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
6942 21967-ref 1216 . C A 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
6943 21967-ref 1318 . G T 120.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.61;SB=-0.01;sumGLbyD=10.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:14:99:151,0,271
6944 21967-ref 1372 . G T 391.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:424,33,0
6945 21967-ref 1600 . A G 382.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0
6946 21967-ref 1624 . A T 341.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:374,30,0
6947 21967-ref 1737 . C A 93.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.46;SB=-0.01;sumGLbyD=11.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,243
6948 21967-ref 1795 . G T 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=23.82;SB=-0.01;sumGLbyD=27.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.05:247,24,0
6949 21967-ref 1798 . A T 283.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.93;MQ0=0;QD=25.73;SB=-0.01;sumGLbyD=28.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30.07:316,30,0
6950 21967-ref 1805 . C T 276.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=27.61;SB=-0.01;sumGLbyD=30.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.05:309,30,0
6951 22097-ref 36 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6952 22097-ref 130 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
6953 22097-ref 574 . A G 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
6954 22097-ref 740 . G A 420.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.04;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:454,36,0
6955 22097-ref 757 . A G 412.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.04;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:445,36,0
6956 22252-ref 33 . C T 233.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
6957 22252-ref 47 . A G 291.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:324,27,0
6958 22252-ref 60 . C A 284.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:317,27,0
6959 22252-ref 118 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
6960 22252-ref 130 . C G 123.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.97;SB=-75.13;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
6961 22252-ref 139 . G T 203.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-79.64;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
6962 22252-ref 174 . T C 161.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=8.51;SB=-47.22;sumGLbyD=10.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:192,0,406
6963 22252-ref 191 . G C 465.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.95;MQ0=0;QD=12.94;SB=-47.22;sumGLbyD=13.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:496,0,618
6964 22252-ref 199 . C T 652.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=14.19;SB=-47.22;sumGLbyD=14.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:45:99:683,0,666
6965 22252-ref 246 . G C 695.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=33.69;MQ0=0;QD=12.88;SB=-53.24;sumGLbyD=13.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:725,0,862
6966 22252-ref 262 . C G 394.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6204;MQ=33.57;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=10.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:424,0,766
6967 22252-ref 265 . C T 373.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6204;MQ=33.58;MQ0=0;QD=10.09;SB=-0.01;sumGLbyD=10.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:403,0,710
6968 22252-ref 269 . C G 660.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6204;MQ=34.01;MQ0=0;QD=18.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:691,0,343
6969 22252-ref 273 . G T 676.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8320;MQ=34.24;MQ0=0;QD=19.90;SB=-0.01;sumGLbyD=20.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:707,0,323
6970 22252-ref 286 . G T 84.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=33.65;MQ0=0;QD=3.84;SB=-0.01;sumGLbyD=5.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:21:99:115,0,514
6971 22252-ref 326 . G A 408.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=29.16;SB=-184.81;sumGLbyD=31.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:4.33:439,4,0
6972 22252-ref 334 . T C 455.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=35.02;SB=-199.31;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:488,39,0
6973 22252-ref 375 . G C 68.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9573;MQ=34.93;MQ0=0;QD=3.42;SB=-14.59;sumGLbyD=4.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:98.32:98,0,527
6974 22252-ref 394 . C T 74.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=4.13;SB=-26.62;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:104,0,465
6975 22252-ref 410 . C T 59.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6646;MQ=35.21;MQ0=0;QD=2.58;SB=-26.62;sumGLbyD=3.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,5:23:89.29:89,0,640
6976 22252-ref 415 . T C 31.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6646;MQ=34.82;MQ0=0;QD=1.65;SB=-26.62;sumGLbyD=3.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,4:19:61.32:61,0,539
6977 22252-ref 493 . C T 574.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7768;MQ=36.47;MQ0=0;QD=30.23;SB=-0.01;sumGLbyD=31.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:24.54:607,25,0
6978 22252-ref 537 . C A 109.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9935;MQ=36.47;MQ0=0;QD=2.89;SB=-0.01;sumGLbyD=3.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,7:38:99:140,0,1085
6979 22252-ref 542 . A G 286.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8602;MQ=36.59;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,12:49:99:316,0,1276
6980 22252-ref 559 . T C 1194.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7686;MQ=36.37;MQ0=0;QD=24.89;SB=-0.01;sumGLbyD=25.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,36:47:99:1225,0,325
6981 22252-ref 576 . A T 607.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5787;MQ=36.04;MQ0=0;QD=13.82;SB=-0.01;sumGLbyD=14.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:43:99:638,0,742
6982 22252-ref 611 . A G 176.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.9972;MQ=35.86;MQ0=0;QD=9.27;SB=-0.01;sumGLbyD=10.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:206,0,404
6983 22252-ref 612 . G A 119.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.9976;MQ=35.64;MQ0=0;QD=7.48;SB=-0.01;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:150,0,354
6984 22252-ref 622 . T C 18.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9996;MQ=29.00;MQ0=0;QD=6.11;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.99:48,0,31
6985 22283-ref 105 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6986 22283-ref 117 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
6987 22283-ref 182 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6988 22283-ref 192 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
6989 22283-ref 219 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
6990 22283-ref 273 . C T 197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
6991 22283-ref 416 . T C 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
6992 22283-ref 419 . A G 81.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
6993 22283-ref 527 . G A 28.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.72;SB=-0.01;sumGLbyD=9.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:58.31:58,0,141
6994 22283-ref 562 . G T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
6995 22283-ref 566 . A G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
6996 22283-ref 584 . A T 94.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
6997 22283-ref 602 . G A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
6998 22283-ref 614 . C T 25.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55:55,0,121
6999 22283-ref 636 . T G 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:105,0,65
7000 22283-ref 738 . A C 93.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:124,0,283
7001 22283-ref 768 . C T 393.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:426,33,0
7002 22283-ref 778 . T C 218.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.85;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:89.92:249,0,90
7003 22283-ref 858 . A G 237.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
7004 22283-ref 894 . G C 107.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.93;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:140,12,0
7005 22283-ref 903 . T C 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
7006 22283-ref 933 . A G 334.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:368,30,0
7007 22283-ref 993 . G A 564.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.26;SB=-0.01;sumGLbyD=37.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.15:597,45,0
7008 22283-ref 1023 . A G 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.24;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.10:399,30,0
7009 22283-ref 1048 . G A 29.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.95;SB=-0.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:59.75:60,0,86
7010 22283-ref 1059 . C T 123.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
7011 22283-ref 1110 . A T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7012 22283-ref 1122 . A T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7013 22283-ref 1139 . C T 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
7014 22283-ref 1179 . G A 228.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:262,21,0
7015 22283-ref 1218 . C T 55.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1764;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:9:85.56:86,0,176
7016 22283-ref 1341 . T A 22.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.98:52,0,171
7017 22283-ref 1389 . A T 325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
7018 22283-ref 1434 . A C 79.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
7019 22283-ref 1563 . T C 777.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9634;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:810,63,0
7020 22283-ref 1614 . T C 313.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
7021 22302-ref 43 . T C 1091.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=36.65;MQ0=0;QD=37.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1124,87,0
7022 22302-ref 101 . T C 1100.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.27:1134,90,0
7023 22302-ref 140 . C A 777.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:811,63,0
7024 22302-ref 265 . C G 735.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:768,60,0
7025 22302-ref 290 . T G 362.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.15;MQ0=0;QD=30.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.10:396,30,0
7026 22302-ref 399 . A T 1511.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1545,120,0
7027 22302-ref 412 . G C 1320.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8401;MQ=36.72;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1354,105,0
7028 22302-ref 710 . A G 1610.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1644,126,0
7029 22320-ref 20 . C G 21.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.07;SB=-0.01;sumGLbyD=7.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.44:51,0,167
7030 22320-ref 23 . A T 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,174
7031 22320-ref 89 . A G 476.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6974;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:506,0,395
7032 22320-ref 106 . C T 93.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6102;MQ=34.39;MQ0=0;QD=5.86;SB=-0.01;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:124,0,350
7033 22320-ref 115 . T C 66.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ=34.69;MQ0=0;QD=3.68;SB=-0.01;sumGLbyD=5.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:96.20:96,0,459
7034 22320-ref 229 . T G 678.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6551;MQ=36.07;MQ0=0;QD=20.57;SB=-0.01;sumGLbyD=21.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:32:99:709,0,323
7035 22320-ref 244 . G A 299.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6983;MQ=35.94;MQ0=0;QD=10.31;SB=-0.01;sumGLbyD=11.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:329,0,602
7036 22320-ref 252 . C T 993.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.6640;MQ=35.91;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1026,81,0
7037 22320-ref 262 . G T 334.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7983;MQ=36.27;MQ0=0;QD=11.93;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:28:99:364,0,457
7038 22320-ref 445 . T C 322.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=15.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:352,0,409
7039 22320-ref 469 . C T 442.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.39;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:472,0,429
7040 22320-ref 531 . G A 210.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.22;SB=-0.01;sumGLbyD=18.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:241,0,198
7041 22320-ref 614 . G C 525.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.05;SB=-79.33;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:559,42,0
7042 22320-ref 630 . A G 211.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.65;SB=-72.57;sumGLbyD=20.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:242,0,164
7043 22320-ref 694 . T C 272.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-36.95;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:306,24,0
7044 22320-ref 718 . T A 171.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.28;SB=-33.98;sumGLbyD=14.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:202,0,223
7045 22320-ref 793 . T C 592.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=34.87;SB=-29.63;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:626,48,0
7046 22320-ref 811 . A C 697.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.93;MQ0=0;QD=36.70;SB=-29.63;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:730,57,0
7047 22320-ref 819 . C T 582.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=36.42;SB=-29.63;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:616,48,0
7048 22320-ref 882 . C T 292.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=29.22;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:325,30,0
7049 22320-ref 885 . A G 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
7050 22320-ref 887 . A T 322.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.93;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=32.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:356,33,0
7051 22320-ref 906 . C G 543.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:576,48,0
7052 22320-ref 972 . T G 218.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7842;MQ=36.25;MQ0=0;QD=8.10;SB=-0.01;sumGLbyD=9.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:249,0,626
7053 22320-ref 976 . A T 218.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9618;MQ=36.27;MQ0=0;QD=7.79;SB=-0.01;sumGLbyD=8.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:248,0,619
7054 22320-ref 1006 . C G 587.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:621,48,0
7055 22320-ref 1080 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7056 22320-ref 1082 . T G 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
7057 22360-ref 134 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7058 22422-ref 195 . T C 320.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
7059 22475-ref 116 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7060 22475-ref 155 . A G 145.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.22;SB=-0.01;sumGLbyD=29.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:175,0,22
7061 22475-ref 217 . G A 186.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.09;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:219,18,0
7062 22475-ref 328 . T C 1155.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8645;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.23;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:36:28.28:1189,28,0
7063 22475-ref 391 . G A 2743.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.87;MQ0=0;QD=36.59;SB=-116.39;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:72:99:2777,217,0
7064 22475-ref 405 . G A 2741.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5481;MQ=36.74;MQ0=0;QD=35.15;SB=-118.59;sumGLbyD=35.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:75:99:2775,191,0
7065 22475-ref 466 . C G 1159.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.74;MQ0=0;QD=33.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1192,105,0
7066 22475-ref 476 . A G 891.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.29;MQ0=0;QD=31.83;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.20:924,84,0
7067 22475-ref 479 . G C 836.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.18:870,81,0
7068 22475-ref 489 . C T 578.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.38;MQ0=0;QD=27.53;SB=-0.01;sumGLbyD=29.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.12:611,60,0
7069 22475-ref 521 . G A 726.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=30.46;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=28.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:69.15:759,69,0
7070 22475-ref 525 . C T 1058.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9984;MQ=31.20;MQ0=0;QD=33.07;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.23:1091,96,0
7071 22475-ref 568 . G A 1926.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.54;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:53:99:1960,159,0
7072 22475-ref 580 . C G 2160.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2193,186,0
7073 22475-ref 625 . C T 1195.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.65;MQ0=0;QD=29.17;SB=-0.01;sumGLbyD=29.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,39:40:85.01:1229,85,0
7074 22475-ref 636 . G A 935.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.31;MQ0=0;QD=25.29;SB=-0.01;sumGLbyD=26.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,34:37:33.86:969,34,0
7075 22475-ref 637 . A G 973.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.89;MQ0=0;QD=24.96;SB=-0.01;sumGLbyD=25.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:37:31.22:1006,31,0
7076 22475-ref 663 . T A 994.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9926;MQ=32.98;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=27.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:27.45:1027,27,0
7077 22475-ref 688 . G A 1325.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7335;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:75.77:1359,76,0
7078 22475-ref 729 . G T 2067.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=36.26;MQ0=0;QD=37.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:54:99:2101,163,0
7079 22475-ref 771 . C T 2358.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7979;MQ=36.23;MQ0=0;QD=35.74;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:64:99:2392,193,0
7080 22475-ref 790 . G A 2184.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5291;MQ=36.29;MQ0=0;QD=38.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:2217,172,0
7081 22475-ref 890 . T C 2168.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9918;MQ=36.83;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,59:60:99:2201,142,0
7082 22475-ref 911 . T C 2360.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3021;MQ=36.68;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:62:99:2393,187,0
7083 22475-ref 953 . T C 2404.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6639;MQ=36.84;MQ0=0;QD=36.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:64:99:2437,153,0
7084 22475-ref 1096 . C T 1803.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.58;SB=-40.01;sumGLbyD=38.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1837,144,0
7085 22475-ref 1405 . A G 1338.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1372,108,0
7086 22475-ref 1519 . A C 923.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2244;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=31.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:25.56:956,26,0
7087 22475-ref 1636 . T A 649.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.08;SB=-0.01;sumGLbyD=17.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:37:99:679,0,564
7088 22475-ref 1823 . G A 293.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.47;SB=-0.01;sumGLbyD=17.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:324,0,301
7089 22475-ref 2011 . C T 578.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:612,48,0
7090 22475-ref 2128 . T C 826.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:860,66,0
7091 22475-ref 2413 . A T 516.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:549,42,0
7092 22475-ref 2431 . C T 396.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:430,33,0
7093 22475-ref 2475 . T C 444.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:477,36,0
7094 22475-ref 2561 . G A 703.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:737,57,0
7095 22475-ref 2623 . G A 284.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:318,24,0
7096 22475-ref 2750 . C A 275.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=34.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.07:308,24,0
7097 22475-ref 2760 . T G 243.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0
7098 22605-ref 747 . G A 355.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:389,33,0
7099 22605-ref 749 . A G 382.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0
7100 22605-ref 792 . C T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.28;MQ0=0;QD=26.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
7101 22605-ref 855 . G C 39.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
7102 22605-ref 901 . T A 459.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:493,39,0
7103 22605-ref 964 . T A 314.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:347,27,0
7104 22605-ref 969 . T C 235.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:269,21,0
7105 22605-ref 1008 . T G 474.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:508,39,0
7106 22605-ref 1104 . G A 116.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.25;SB=-0.01;sumGLbyD=29.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:149,12,0
7107 22605-ref 1177 . A G 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7108 22627-ref 72 . A C 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7109 22627-ref 132 . T A 355.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:388,30,0
7110 22627-ref 140 . C T 313.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:347,27,0
7111 22627-ref 164 . G A 354.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:388,30,0
7112 22627-ref 258 . A T 25985.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=790;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=34.9504;MQ=30.56;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=32.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,786:783:99:25949,2351,0
7113 22627-ref 345 . T C 25693.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=670;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=27.8057;MQ=36.74;MQ0=0;QD=38.35;SB=-194.38;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,667:661:99:25692,1989,0
7114 22627-ref 454 . C G 18940.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=508;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.3275;MQ=36.92;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,505:491:99:18939,1478,0
7115 22627-ref 624 . T C 21252.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=553;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=28.8729;MQ=36.89;MQ0=0;QD=38.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,551:544:99:21251,1637,0
7116 22627-ref 646 . A G 21596.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=568;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=42.2699;MQ=36.79;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,564:557:99:21557,1673,0
7117 22627-ref 700 . G A 20871.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=548;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.7817;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,546:540:99:20800,1582,0
7118 22627-ref 830 . T C 16360.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=422;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=21.8824;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,420:420:99:16320,1224,0
7119 22627-ref 908 . A G 15075.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=390;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7930;MQ=36.95;MQ0=0;QD=38.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,389:387:99:15035,1125,0
7120 22627-ref 1036 . G A 18600.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=483;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=31.5205;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,479:479:99:18470,1334,0
7121 22713-ref 175 . A C 118.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
7122 22713-ref 215 . T A 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7123 22713-ref 249 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7124 22713-ref 396 . T C 125.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
7125 22713-ref 469 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7126 22713-ref 470 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7127 22713-ref 484 . T A 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
7128 22713-ref 627 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7129 22800-ref 136 . C T 693.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:727,57,0
7130 22800-ref 223 . T C 945.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.84;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:979,75,0
7131 22800-ref 239 . G A 915.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:948,72,0
7132 22800-ref 302 . T G 986.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.93;SB=-40.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1019,78,0
7133 22800-ref 371 . T A 1192.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93.30:1225,93,0
7134 22800-ref 434 . C T 473.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:507,39,0
7135 22800-ref 456 . C T 234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
7136 22800-ref 457 . A G 234.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:267,21,0
7137 22800-ref 723 . T C 288.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.02;SB=-29.61;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:321,27,0
7138 22800-ref 724 . G A 328.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.83;SB=-39.31;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:361,30,0
7139 22800-ref 745 . C T 260.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.52;SB=-39.98;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0
7140 22800-ref 805 . C T 130.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.41;MQ0=0;QD=26.05;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:163,15,0
7141 22800-ref 917 . G C 214.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=29.26;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:248,24,0
7142 22800-ref 950 . C T 157.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.98;MQ0=0;QD=22.51;SB=-0.01;sumGLbyD=27.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.03:190,18,0
7143 22800-ref 988 . A T 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
7144 22801-ref 107 . G T 300.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:333,27,0
7145 22801-ref 119 . T C 155.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:188,15,0
7146 22801-ref 149 . G A 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.04;SB=-0.01;sumGLbyD=27.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:108,9,0
7147 22817-ref 77 . T C 1943.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:51:99:1977,153,0
7148 22817-ref 263 . C T 1519.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1552,120,0
7149 22817-ref 497 . A G 3078.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.39;MQ0=0;QD=37.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:81:99:3112,244,0
7150 22817-ref 512 . G A 2856.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3247;MQ=36.32;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2889,226,0
7151 22817-ref 671 . G A 125.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=15.65;SB=-0.01;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:87.44:155,0,87
7152 22817-ref 672 . T A 123.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=17.64;SB=-0.01;sumGLbyD=21.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:55.31:153,0,55
7153 22817-ref 673 . G A 54.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=10.84;SB=-0.01;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.52:84,0,61
7154 22817-ref 674 . T G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,58
7155 22817-ref 690 . A G 135.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=27.20;SB=-0.01;sumGLbyD=33.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
7156 22817-ref 717 . G A 338.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=32.41;MQ0=0;QD=24.15;SB=-0.01;sumGLbyD=26.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:37.92:368,0,38
7157 22817-ref 755 . G A 340.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.33;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:373,33,0
7158 22817-ref 758 . T C 263.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9326;MQ=31.58;MQ0=0;QD=21.97;SB=-0.01;sumGLbyD=24.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:43.92:294,0,44
7159 22817-ref 768 . G T 34.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.35;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:64.81:65,0,156
7160 22853-ref 140 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7161 22853-ref 232 . C T 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
7162 22853-ref 239 . G C 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
7163 22853-ref 251 . T C 197.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
7164 22853-ref 335 . C T 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
7165 22853-ref 365 . T C 200.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
7166 22853-ref 512 . C G 238.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:272,21,0
7167 22853-ref 575 . T C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.82;SB=-0.01;sumGLbyD=29.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:119,9,0
7168 22853-ref 942 . A G 160.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
7169 22861-ref 12 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7170 22861-ref 174 . C G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
7171 22861-ref 183 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7172 22886-ref 137 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7173 22886-ref 150 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7174 22886-ref 229 . C T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
7175 22892-ref 49 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7176 22903-ref 163 . G T 154.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=25.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:188,15,0
7177 22903-ref 210 . A C 69.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.83;SB=-0.01;sumGLbyD=19.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:99,0,65
7178 22903-ref 211 . G T 66.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.32;SB=-0.01;sumGLbyD=19.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:97,0,65
7179 22903-ref 333 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7180 22903-ref 417 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7181 22917-ref 152 . C G 53.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:12:83.92:84,0,280
7182 22917-ref 172 . A G 132.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=10.22;SB=-0.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:163,0,234
7183 22917-ref 175 . A T 130.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=8.71;SB=-0.01;sumGLbyD=10.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:14:99:161,0,264
7184 22917-ref 194 . C A 1188.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.05;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.30:1222,96,0
7185 22917-ref 304 . A G 1256.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4402;MQ=36.81;MQ0=0;QD=23.27;SB=-0.01;sumGLbyD=23.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,38:53:99:1287,0,426
7186 22917-ref 323 . C A 233.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.9889;MQ=36.27;MQ0=0;QD=16.69;SB=-0.01;sumGLbyD=18.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:264,0,176
7187 22917-ref 325 . T G 73.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.9615;MQ=36.27;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=7.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:104,0,317
7188 22917-ref 338 . T C 619.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.43;SB=-29.63;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:652,51,0
7189 22917-ref 358 . C T 1454.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.79;MQ0=0;QD=30.30;SB=-23.56;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,43:47:49.21:1484,0,49
7190 22917-ref 431 . A G 237.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.94;SB=-0.01;sumGLbyD=19.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:267,0,185
7191 22917-ref 444 . C T 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:73,6,0
7192 22920-ref 26 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7193 22920-ref 37 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7194 22920-ref 42 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7195 22920-ref 43 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7196 22920-ref 140 . C A 635.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:668,51,0
7197 22920-ref 291 . G A 341.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.99;SB=-0.01;sumGLbyD=20.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:372,0,224
7198 22935-ref 60 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7199 22935-ref 119 . T C 119.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:152,12,0
7200 22935-ref 123 . G C 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
7201 22935-ref 182 . C T 167.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:201,18,0
7202 22935-ref 299 . C T 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
7203 22935-ref 422 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7204 22935-ref 428 . C T 233.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:267,27,0
7205 22935-ref 452 . A G 353.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.47;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:387,36,0
7206 22935-ref 458 . A G 353.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.47;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:387,36,0
7207 22935-ref 496 . T A 528.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=33.05;SB=-0.01;sumGLbyD=35.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:562,48,0
7208 22935-ref 525 . A G 482.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.32;MQ0=0;QD=32.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:515,39,0
7209 22935-ref 629 . A C 281.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:314,24,0
7210 22935-ref 688 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7211 22946-ref 67 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7212 22946-ref 91 . G A 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:155,15,0
7213 22946-ref 105 . G C 381.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.04;MQ0=0;QD=27.27;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.08:415,42,0
7214 22946-ref 113 . C A 467.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.29;MQ0=0;QD=27.47;SB=-0.01;sumGLbyD=29.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.10:500,48,0
7215 22946-ref 145 . A C 2729.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.49;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,74:73:99:2763,220,0
7216 22946-ref 159 . T A 2952.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5295;MQ=35.77;MQ0=0;QD=35.57;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:81:99:2986,206,0
7217 22946-ref 276 . G C 4201.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9861;MQ=35.04;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:113:99:4201,340,0
7218 22946-ref 323 . C T 2800.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1979;MQ=32.79;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:83:99:2834,244,0
7219 22946-ref 326 . G A 2866.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=32.68;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:2899,250,0
7220 22946-ref 332 . G A 3016.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4689;MQ=33.14;MQ0=0;QD=34.28;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:87:99:3049,262,0
7221 22946-ref 473 . G A 3934.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=103;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ=36.71;MQ0=0;QD=38.20;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,103:102:99:3934,307,0
7222 22946-ref 482 . A T 4080.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5566;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.78;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,107:106:99:4080,319,0
7223 23029-ref 19 . A G 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
7224 23029-ref 73 . A G 487.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=36.40;MQ0=0;QD=28.65;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:20.86:517,0,21
7225 23029-ref 86 . G T 578.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:611,48,0
7226 23029-ref 120 . G A 306.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.60;SB=-35.24;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:339,27,0
7227 23029-ref 131 . C T 316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.19;SB=-40.00;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:350,27,0
7228 23029-ref 254 . T A 631.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.08;SB=-280.04;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.16:664,51,0
7229 23029-ref 302 . A G 188.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.41;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:221,18,0
7230 23046-ref 369 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7231 23092-ref 135 . A G 276.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:310,24,0
7232 23092-ref 142 . T A 317.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:351,27,0
7233 23092-ref 270 . A C 621.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:655,51,0
7234 23092-ref 371 . G A 300.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:334,27,0
7235 23092-ref 390 . A G 323.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:356,27,0
7236 23092-ref 928 . G A 146.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7741;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:177,0,508
7237 23092-ref 1123 . T C 1259.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7849;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1292,99,0
7238 23092-ref 1237 . A T 472.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9912;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.24;SB=-0.01;sumGLbyD=16.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:30:99:502,0,464
7239 23092-ref 1296 . G A 1454 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.24;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1487,117,0
7240 23092-ref 1327 . T C 1075.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1108,87,0
7241 23092-ref 1336 . G A 972.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:1005,78,0
7242 23092-ref 1425 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7243 23092-ref 1442 . T G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
7244 23092-ref 1480 . C T 354.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=32.20;SB=-0.01;sumGLbyD=35.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:387,33,0
7245 23092-ref 1497 . T G 362.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=32.95;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:396,33,0
7246 23092-ref 1523 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7247 23092-ref 1524 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7248 23092-ref 1546 . C T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
7249 23092-ref 1574 . A G 638.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:672,51,0
7250 23092-ref 1614 . G A 875.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:909,69,0
7251 23092-ref 1684 . A C 1215.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.68;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.31:1248,96,0
7252 23092-ref 1707 . T C 1110.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.65;MQ0=0;QD=38.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.28:1143,87,0
7253 23092-ref 1754 . G C 1144.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.14;SB=-0.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.29:1177,90,0
7254 23092-ref 1819 . A T 246.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
7255 23100-ref 75 . C G 1170.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3633;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.30:1204,93,0
7256 23100-ref 181 . C T 1099.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8643;MQ=34.06;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93.27:1132,93,0
7257 23100-ref 190 . G A 184.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8634;MQ=33.61;MQ0=0;QD=6.59;SB=-0.01;sumGLbyD=7.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:214,0,606
7258 23100-ref 202 . A G 301.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9978;MQ=33.85;MQ0=0;QD=10.04;SB=-0.01;sumGLbyD=11.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:331,0,578
7259 23100-ref 212 . A G 1090.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.08;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.26:1124,93,0
7260 23100-ref 375 . A G 314.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6170;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=11.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:345,0,583
7261 23103-ref 36 . C A 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28
7262 23131-ref 752 . T C 620.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:654,51,0
7263 23131-ref 772 . T C 499.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:533,42,0
7264 23131-ref 817 . G C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7265 23131-ref 889 . A G 698.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7837;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.76;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:21:27.94:732,28,0
7266 23131-ref 961 . C A 1079.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.67;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:29:87.27:1113,87,0
7267 23131-ref 1003 . T A 958.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:992,78,0
7268 23131-ref 1030 . A T 1169.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.29:1203,96,0
7269 23211-ref 70 . T G 158.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
7270 23211-ref 305 . C T 430.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:464,36,0
7271 23211-ref 1000 . A G 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
7272 23215-ref 111 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7273 23215-ref 131 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7274 23276-ref 27 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7275 23276-ref 29 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7276 23276-ref 144 . G A 445.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.14;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:479,36,0
7277 23276-ref 177 . A T 123.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=5.35;SB=-0.01;sumGLbyD=6.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:22:99:153,0,563
7278 23276-ref 204 . G A 729.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=34.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.17:763,66,0
7279 23276-ref 240 . A G 673.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=30.72;MQ0=0;QD=32.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.15:707,63,0
7280 23276-ref 246 . T C 372.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.19;MQ0=0;QD=28.68;SB=-0.01;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:406,39,0
7281 23276-ref 248 . G T 343.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=28.60;SB=-0.01;sumGLbyD=31.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:376,36,0
7282 23276-ref 288 . T C 314.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=31.44;SB=-0.01;sumGLbyD=34.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:347,30,0
7283 23276-ref 308 . A G 536 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.52;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:569,51,0
7284 23276-ref 312 . T A 493.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=30.52;MQ0=0;QD=29.05;SB=-0.01;sumGLbyD=30.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.07:527,51,0
7285 23276-ref 362 . C T 271.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.17;SB=-0.01;sumGLbyD=30.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:305,30,0
7286 23276-ref 369 . G A 273.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.36;SB=-0.01;sumGLbyD=30.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:307,30,0
7287 23276-ref 396 . A T 65.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.93;SB=-0.01;sumGLbyD=32.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:98,9,0
7288 23276-ref 402 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7289 23276-ref 533 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7290 23276-ref 543 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7291 23304-ref 139 . A T 516.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:550,42,0
7292 23304-ref 148 . A C 516.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:549,42,0
7293 23304-ref 170 . C T 195.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
7294 23389-ref 222 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7295 23389-ref 223 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7296 23389-ref 303 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7297 23389-ref 304 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7298 23460-ref 157 . C T 706.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:739,57,0
7299 23460-ref 355 . A T 401.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:435,33,0
7300 23460-ref 538 . T C 517.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:550,42,0
7301 23460-ref 646 . A T 672.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.5106;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:705,54,0
7302 23460-ref 1076 . A G 184.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=26.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:54.50:215,0,55
7303 23460-ref 1114 . G T 32.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.08;SB=-0.01;sumGLbyD=15.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:62.32:62,0,68
7304 23460-ref 1204 . C T 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
7305 23465-ref 62 . A C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7306 23465-ref 129 . T C 103.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:136,12,0
7307 23465-ref 201 . C T 281.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:314,24,0
7308 23465-ref 251 . C A 405.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:439,33,0
7309 23465-ref 330 . T A 235.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:268,24,0
7310 23465-ref 332 . C G 298.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.86;SB=-0.01;sumGLbyD=33.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:332,30,0
7311 23465-ref 336 . C A 300.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:334,30,0
7312 23465-ref 365 . G T 545.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:579,45,0
7313 23465-ref 431 . A C 871.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:905,69,0
7314 23465-ref 495 . C T 973.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.1680;MQ=36.64;MQ0=0;QD=34.78;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.24:1007,81,0
7315 23465-ref 569 . A G 854.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=28.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:28:4.24:886,4,0
7316 23465-ref 574 . T C 986.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.09;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.24:1019,81,0
7317 23465-ref 582 . T C 1046.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.22;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.26:1079,87,0
7318 23465-ref 629 . T A 950.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:983,78,0
7319 23465-ref 746 . A C 1425.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1459,114,0
7320 23465-ref 917 . A T 385.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:419,33,0
7321 23465-ref 953 . G T 516.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=34.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:15:42.13:550,42,0
7322 23465-ref 957 . C A 627.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:660,51,0
7323 23465-ref 1100 . T C 636.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:669,51,0
7324 23487-ref 105 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7325 23487-ref 113 . T C 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
7326 23487-ref 182 . A T 155.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:188,15,0
7327 23487-ref 333 . C T 226.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:259,21,0
7328 23487-ref 394 . C T 264.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:297,24,0
7329 23487-ref 398 . G A 259.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0
7330 23487-ref 413 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7331 23487-ref 616 . T C 82.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:115,12,0
7332 23487-ref 634 . T A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7333 23487-ref 644 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7334 23487-ref 657 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7335 23502-ref 101 . A G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
7336 23502-ref 282 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7337 23504-ref 182 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7338 23504-ref 199 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7339 23521-ref 234 . C T 388.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1233;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.37;SB=-0.01;sumGLbyD=15.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:418,0,469
7340 23526-ref 1 . A T 147.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
7341 23526-ref 79 . T C 1702.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3871;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.74;SB=-0.01;sumGLbyD=35.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:67.43:1735,67,0
7342 23526-ref 284 . G A 1499.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9806;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1532,120,0
7343 23526-ref 318 . C T 1403.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.52;MQ0=0;QD=33.41;SB=-0.01;sumGLbyD=34.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:40:80.34:1436,80,0
7344 23720-ref 149 . T G 22.06 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.23;SB=-0.01;sumGLbyD=2.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:52.02:52,0,502
7345 23720-ref 154 . A T 590.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=35.80;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.15:624,48,0
7346 23720-ref 178 . C T 543.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.80;MQ0=0;QD=31.96;SB=-0.01;sumGLbyD=33.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.09:576,51,0
7347 23720-ref 365 . G A 507.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:541,42,0
7348 23720-ref 367 . A C 586.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:620,48,0
7349 23720-ref 469 . T G 669.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:703,54,0
7350 23720-ref 510 . A T 535.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:569,45,0
7351 23720-ref 522 . C A 413.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:446,36,0
7352 23720-ref 549 . A G 224.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=32.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:258,21,0
7353 23839-ref 97 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7354 23839-ref 149 . T C 183.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
7355 23839-ref 188 . C A 69.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
7356 23839-ref 200 . G T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=10;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
7357 23864-ref 35 . C T 144.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:177,15,0
7358 23864-ref 52 . G A 415.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=31.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:449,36,0
7359 23864-ref 90 . C T 929.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=35.82;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.24:962,75,0
7360 23864-ref 162 . A T 524.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:558,42,0
7361 23864-ref 176 . C A 638.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6999;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:672,51,0
7362 23864-ref 285 . T C 27.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.93;SB=-0.01;sumGLbyD=8.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:57.51:58,0,179
7363 23864-ref 288 . A G 21.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.02;SB=-0.01;sumGLbyD=7.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.08:51,0,179
7364 23891-ref 506 . A C 40.14 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
7365 23891-ref 559 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7366 23891-ref 673 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7367 23891-ref 1021 . T C 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7368 23891-ref 1078 . C T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
7369 23891-ref 1510 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7370 23902-ref 56 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7371 23902-ref 128 . A C 588.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:48.15:622,48,0
7372 23902-ref 137 . G A 428.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:461,36,0
7373 23965-ref 19 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7374 23965-ref 23 . T G 42.59 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
7375 23965-ref 214 . A G 310.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=24.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:340,0,108
7376 23965-ref 269 . C T 864.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:898,69,0
7377 23965-ref 270 . A G 907.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:941,72,0
7378 23965-ref 373 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9997;MQ=30.37;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=9.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:4:47.21:47,0,68
7379 23965-ref 390 . C T 91.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=15.20;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.96:121,0,62
7380 24032-ref 60 . A G 1032.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.88;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=34.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:31:90.24:1065,90,0
7381 24032-ref 67 . A T 1103.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.26:1136,96,0
7382 24032-ref 75 . T G 1202.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.38;MQ0=0;QD=34.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1236,102,0
7383 24032-ref 93 . G A 902.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ=33.07;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:27:78.21:936,78,0
7384 24032-ref 186 . G A 609.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.28;MQ0=0;QD=33.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:51.16:643,51,0
7385 24032-ref 198 . G A 325.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=29.59;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.08:359,30,0
7386 24032-ref 247 . G T 344.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0
7387 24032-ref 285 . T A 25.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:54.99:55,0,134
7388 24178-ref 89 . T G 77.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.33;SB=-0.01;sumGLbyD=26.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:19.51:107,0,20
7389 24178-ref 90 . C G 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.66;SB=-0.01;sumGLbyD=22.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:22.52:68,0,23
7390 24178-ref 193 . A G 588.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:622,48,0
7391 24178-ref 261 . G A 490.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:523,42,0
7392 24178-ref 263 . C T 102.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8658;MQ=35.53;MQ0=0;QD=7.31;SB=-0.01;sumGLbyD=9.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:132,0,318
7393 24178-ref 295 . G T 316.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:350,27,0
7394 24178-ref 332 . T C 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
7395 24178-ref 468 . C T 660.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.44;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:694,54,0
7396 24178-ref 481 . C G 124.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.32;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:155,0,335
7397 24178-ref 508 . A C 17 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.55;SB=-0.01;sumGLbyD=4.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:46.90:47,0,317
7398 24178-ref 567 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7399 24178-ref 581 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7400 24206-ref 252 . T G 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
7401 24206-ref 264 . T C 188.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=23.54;SB=-0.01;sumGLbyD=27.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.02:221,24,0
7402 24206-ref 338 . C T 189.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.46;SB=-0.01;sumGLbyD=10.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:219,0,434
7403 24207-ref 125 . C A 888.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.19:922,75,0
7404 24207-ref 126 . G T 857.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:24:72.21:890,72,0
7405 24207-ref 144 . C G 657.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=32.88;SB=-0.01;sumGLbyD=34.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:20:57.12:691,57,0
7406 24227-ref 114 . A T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.78;SB=-0.01;sumGLbyD=26.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:79,6,0
7407 24227-ref 119 . A T 30.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.11;SB=-0.01;sumGLbyD=20.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:60,0,31
7408 24305-ref 76 . A T 316.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.1991;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.60;SB=-0.01;sumGLbyD=10.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:347,0,693
7409 24305-ref 126 . G A 2054.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6175;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.36;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2088,166,0
7410 24305-ref 159 . T A 2566.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.55;MQ0=0;QD=37.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2600,205,0
7411 24305-ref 222 . T C 4067.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8546;MQ=36.61;MQ0=0;QD=38.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4068,313,0
7412 24305-ref 251 . T C 3344.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.0258;MQ=36.42;MQ0=0;QD=38.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,87:87:99:3345,262,0
7413 24333-ref 7 . G C 41.69 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
7414 24333-ref 109 . T C 1156.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4659;MQ=36.74;MQ0=0;QD=15.02;SB=-0.01;sumGLbyD=15.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:74:99:1187,0,1202
7415 24333-ref 118 . A G 940.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1994;MQ=36.74;MQ0=0;QD=12.06;SB=-0.01;sumGLbyD=12.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:76:99:971,0,1486
7416 24333-ref 178 . A C 796.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6274;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.44;SB=-0.01;sumGLbyD=12.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:826,0,1251
7417 24333-ref 391 . A G 2396.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.3107;MQ=36.84;MQ0=0;QD=38.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2430,190,0
7418 24333-ref 494 . C A 962.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.22;MQ0=0;QD=37.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:996,78,0
7419 24333-ref 501 . C T 13.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=0.73;SB=-0.01;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:42.88:43,0,526
7420 24333-ref 525 . C T 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
7421 24368-ref 155 . T C 203.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
7422 24368-ref 539 . T A 19.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=8.28 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:49.70:50,0,142
7423 24368-ref 689 . G C 120.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
7424 24368-ref 753 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7425 24368-ref 754 . G C 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
7426 24368-ref 823 . T G 204.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
7427 24368-ref 920 . C T 342.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:376,30,0
7428 24368-ref 958 . A C 120.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
7429 24424-ref 169 . C T 340.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.09;SB=-40.00;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:374,30,0
7430 24424-ref 179 . T A 43.44 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=6.21;SB=3.00;sumGLbyD=10.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:73.44:73,0,139
7431 24424-ref 180 . A G 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=3.00;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.19:41,0,141
7432 24424-ref 182 . G T 11.52 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.92;SB=3.00;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.19:41,0,142
7433 24424-ref 234 . A C 193.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
7434 24424-ref 255 . A G 193.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
7435 24424-ref 280 . T C 68.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.70;SB=-0.01;sumGLbyD=33.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:100,9,0
7436 24532-ref 132 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7437 24532-ref 172 . C T 243.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0
7438 24532-ref 214 . C T 196.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.41;SB=-0.01;sumGLbyD=18.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:227,0,162
7439 24532-ref 271 . C T 93.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:124,0,284
7440 24532-ref 326 . T C 590.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:624,48,0
7441 24532-ref 378 . G T 354.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:387,30,0
7442 24532-ref 410 . C G 393.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:427,33,0
7443 24532-ref 419 . C T 473.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:507,39,0
7444 24532-ref 466 . C G 524.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=39.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:557,42,0
7445 24532-ref 601 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.6651;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.01:59,6,0
7446 24532-ref 602 . A G 49.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=16.63;SB=-0.01;sumGLbyD=27.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9:82,9,0
7447 24532-ref 613 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7448 24532-ref 624 . C T 199.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:233,21,0
7449 24532-ref 631 . A G 209.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:243,21,0
7450 24532-ref 724 . T A 853.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:887,69,0
7451 24532-ref 775 . T C 668.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:702,54,0
7452 24532-ref 798 . T C 580.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.37;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:613,48,0
7453 24532-ref 832 . T C 468.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:502,39,0
7454 24532-ref 886 . G A 359.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.90;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:392,30,0
7455 24532-ref 1087 . C G 142.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.75;SB=-0.01;sumGLbyD=29.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.04:175,15,0
7456 24532-ref 1096 . A C 184.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
7457 24532-ref 1105 . A G 184.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:217,18,0
7458 24532-ref 1138 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7459 24654-ref 1 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7460 24654-ref 79 . C T 427.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:460,36,0
7461 24654-ref 88 . A G 212.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.41;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:246,21,0
7462 24654-ref 132 . G A 148.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.66;MQ0=0;QD=29.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:181,15,0
7463 24654-ref 182 . A G 822.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=33.59;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=35.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.17:855,72,0
7464 24654-ref 226 . T C 384.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.62;MQ0=0;QD=10.38;SB=-132.64;sumGLbyD=11.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:414,0,596
7465 24654-ref 231 . A T 544.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.62;MQ0=0;QD=14.71;SB=-9.65;sumGLbyD=15.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:36:99:574,0,413
7466 24654-ref 255 . G A 586.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ=31.04;MQ0=0;QD=20.21;SB=-160.31;sumGLbyD=21.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,23:28:99:616,0,153
7467 24663-ref 184 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7468 24663-ref 213 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7469 24663-ref 220 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7470 24663-ref 303 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7471 24676-ref 116 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7472 24676-ref 196 . T C 71.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.68;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
7473 24676-ref 198 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7474 24676-ref 226 . G A 31.03 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.58;MQ0=0;QD=15.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:62,6,0
7475 24754-ref 19 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7476 24754-ref 41 . G A 149.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0
7477 24754-ref 43 . G C 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
7478 24754-ref 155 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7479 24754-ref 177 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7480 24754-ref 190 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7481 24812-ref 5 . C A 231.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.03;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:264,21,0
7482 24812-ref 100 . T C 20859.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=546;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=14.3675;MQ=36.65;MQ0=0;QD=38.20;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,545:538:99:20858,1619,0
7483 24812-ref 111 . A G 20761.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=541;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=26.9480;MQ=36.68;MQ0=0;QD=38.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,541:536:99:20760,1613,0
7484 24812-ref 244 . T C 19202.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=515;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.1246;MQ=35.53;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,514:511:99:19200,1538,0
7485 24812-ref 246 . G A 19879.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=533;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=13.7378;MQ=35.52;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,533:527:99:19877,1586,0
7486 24812-ref 287 . C T 17485.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=487;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1511;MQ=33.58;MQ0=0;QD=35.91;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,484:484:99:17448,1421,0
7487 24812-ref 305 . T A 4987.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=344;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=6.5146;MQ=32.69;MQ0=0;QD=14.50;SB=-0.01;sumGLbyD=11.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:194,149:341:99:3938,0,6112
7488 24812-ref 323 . C T 7883.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=227;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=14.4877;MQ=32.72;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=34.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,225:226:99:7804,602,0
7489 24812-ref 332 . G A 3905.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=120;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=29.65;MQ0=0;QD=32.54;SB=-0.01;sumGLbyD=32.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,119:119:99:3904,358,0
7490 24812-ref 350 . C T 974.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.65;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1007,102,0
7491 24812-ref 467 . G A 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0
7492 24812-ref 484 . T C 1893.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=34.43;SB=-0.01;sumGLbyD=35.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:1927,165,0
7493 24812-ref 511 . A T 2577.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=33.23;MQ0=0;QD=35.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2611,220,0
7494 24812-ref 522 . T A 2428.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8150;MQ=33.23;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:71:99:2461,211,0
7495 24812-ref 559 . C T 624.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=36.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:658,54,0
7496 24812-ref 578 . G A 232.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=29.12;SB=-77.71;sumGLbyD=33.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:266,24,0
7497 24812-ref 596 . G A 408.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.44;SB=-143.98;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:442,39,0
7498 24812-ref 599 . A G 49.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=3.80;SB=12.03;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:79.39:79,0,290
7499 24812-ref 613 . A G 414.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.12;MQ0=0;QD=31.88;SB=-149.63;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:447,39,0
7500 24812-ref 657 . C T 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-28.84;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
7501 24812-ref 659 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-28.38;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7502 24814-ref 116 . T A 374.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0
7503 24814-ref 135 . A G 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=1.9858;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:27.11:50,0,27
7504 24814-ref 136 . C G 20.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9858;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:3:25.33:50,0,25
7505 24814-ref 235 . G A 774.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6198;MQ=36.54;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.20:808,63,0
7506 24814-ref 390 . T C 434.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:468,36,0
7507 24814-ref 484 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7508 24816-ref 79 . C T 182.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
7509 24816-ref 101 . A G 49.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.10;SB=3.00;sumGLbyD=6.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:79.15:79,0,320
7510 24816-ref 113 . A C 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-39.98;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
7511 24816-ref 131 . C A 357.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.73;SB=-40.00;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:390,30,0
7512 24816-ref 139 . A G 295.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.87;SB=-37.00;sumGLbyD=29.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.90:326,0,47
7513 24816-ref 197 . G A 79.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.87;SB=-0.01;sumGLbyD=28.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
7514 24816-ref 623 . G A 356.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.15;MQ0=0;QD=25.45;SB=-0.01;sumGLbyD=27.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.04:389,42,0
7515 24816-ref 727 . T C 514.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.83;MQ0=0;QD=20.59;SB=-0.01;sumGLbyD=21.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,22:24:14.79:545,0,15
7516 24816-ref 746 . C T 443.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9978;MQ=25.61;MQ0=0;QD=24.64;SB=-28.63;sumGLbyD=26.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:26.42:476,26,0
7517 24816-ref 750 . T G 453.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8645;MQ=25.67;MQ0=0;QD=23.86;SB=-59.19;sumGLbyD=25.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:18:26.44:486,26,0
7518 24816-ref 753 . G C 520.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=26.96;MQ0=0;QD=24.80;SB=-128.81;sumGLbyD=26.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,19:20:32.45:554,32,0
7519 24816-ref 768 . C T 285.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.55;SB=-99.14;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.07:319,27,0
7520 24816-ref 806 . T C 294.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.77;SB=-109.52;sumGLbyD=36.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:328,27,0
7521 24816-ref 839 . G A 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
7522 24816-ref 868 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
7523 24816-ref 878 . T A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
7524 24881-ref 41 . C A 241.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8658;MQ=36.64;MQ0=0;QD=4.32;SB=-0.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,13:52:99:272,0,1418
7525 24881-ref 49 . T A 457.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3338;MQ=36.72;MQ0=0;QD=6.44;SB=-0.01;sumGLbyD=6.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,19:71:99:487,0,1810
7526 24881-ref 79 . T A 946.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.6516;MQ=35.52;MQ0=0;QD=8.52;SB=-0.01;sumGLbyD=8.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,37:110:99:976,0,2474
7527 24881-ref 128 . G T 1099.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=107;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1274;MQ=35.07;MQ0=0;QD=10.28;SB=-0.01;sumGLbyD=10.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,42:107:99:1130,0,2192
7528 24881-ref 135 . A G 890.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6915;MQ=35.05;MQ0=0;QD=8.40;SB=-0.01;sumGLbyD=8.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,36:103:99:921,0,2307
7529 24881-ref 140 . G A 915.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8248;MQ=35.04;MQ0=0;QD=9.15;SB=-0.01;sumGLbyD=9.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,36:99:99:945,0,2190
7530 24897-ref 39 . C T 1528.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1561,120,0
7531 24897-ref 53 . G C 2052.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.81;MQ0=0;QD=38.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2086,160,0
7532 24897-ref 256 . G C 1958.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8423;MQ=36.62;MQ0=0;QD=36.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:52:99:1991,156,0
7533 24897-ref 313 . G A 981.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.65;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=34.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.22:1014,84,0
7534 24897-ref 343 . C A 251.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.69;MQ0=0;QD=27.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:8:24.07:284,24,0
7535 24897-ref 353 . G T 120.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
7536 24943-ref 146 . T C 276.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:310,24,0
7537 24943-ref 174 . C T 341.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:374,30,0
7538 24943-ref 221 . G T 24.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.35;SB=-0.01;sumGLbyD=3.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:54.22:54,0,538
7539 24943-ref 369 . T C 342.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:375,30,0
7540 24943-ref 372 . T C 364.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:397,33,0
7541 24961-ref 103 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7542 24961-ref 130 . A T 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
7543 25032-ref 97 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7544 25033-ref 182 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7545 25033-ref 216 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7546 25033-ref 394 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7547 25049-ref 51 . G C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7548 25049-ref 62 . A T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7549 25049-ref 121 . C G 447.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:480,36,0
7550 25049-ref 138 . C T 567.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:600,45,0
7551 25049-ref 224 . T C 466.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:499,39,0
7552 25049-ref 239 . G A 309.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:342,27,0
7553 25049-ref 260 . T G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7554 25065-ref 128 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7555 25125-ref 4 . G A 124.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
7556 25125-ref 12 . G T 239.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:273,21,0
7557 25125-ref 70 . T C 1173.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.8055;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.30:1206,93,0
7558 25125-ref 140 . G A 1758.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9579;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1792,138,0
7559 25125-ref 247 . G A 1166.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.29:1199,93,0
7560 25125-ref 393 . G C 1493.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:39:99:1526,117,0
7561 25125-ref 481 . A G 1985.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:52:99:2018,156,0
7562 25125-ref 507 . T A 1870.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.59;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1903,147,0
7563 25125-ref 569 . C T 484.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.25;MQ0=0;QD=17.93;SB=-0.01;sumGLbyD=19.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:25:99:514,0,269
7564 25125-ref 592 . A G 886.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.35;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.22:920,75,0
7565 25125-ref 603 . A C 579.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.55;MQ0=0;QD=34.08;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:612,51,0
7566 25125-ref 631 . G T 970.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.66;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.23:1004,84,0
7567 25125-ref 670 . C T 669.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.16;MQ0=0;QD=33.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:702,60,0
7568 25125-ref 688 . A G 332.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.21;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=30.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.07:366,36,0
7569 25125-ref 696 . A G 372.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.19;MQ0=0;QD=28.63;SB=-0.01;sumGLbyD=31.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:405,39,0
7570 25125-ref 710 . C A 442.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=31.61;SB=-0.01;sumGLbyD=33.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:476,42,0
7571 25125-ref 743 . T A 401.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:435,36,0
7572 25408-ref 22 . G A 238.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:272,21,0
7573 25408-ref 41 . A G 437.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.64;SB=-0.01;sumGLbyD=36.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.12:470,36,0
7574 25408-ref 89 . T A 12.72 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.22;MQ0=0;QD=0.98;SB=-0.01;sumGLbyD=3.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:12:42.47:42,0,340
7575 25408-ref 92 . A G 302.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.15;MQ0=0;QD=25.23;SB=-0.01;sumGLbyD=27.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:42.48:333,0,42
7576 25446-ref 95 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7577 25446-ref 139 . T C 192.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:225,18,0
7578 25446-ref 175 . G A 185.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.25:215,0,18
7579 25446-ref 185 . C T 245.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
7580 25446-ref 210 . C T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
7581 25446-ref 334 . G A 95.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.95;SB=-0.01;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:126,0,124
7582 25446-ref 352 . C T 89.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=8.96;SB=-0.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:120,0,195
7583 25446-ref 357 . C T 137.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=36.07;MQ0=0;QD=12.46;SB=-0.01;sumGLbyD=15.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:99:167,0,158
7584 25446-ref 412 . C T 707.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9664;MQ=35.35;MQ0=0;QD=28.30;SB=-0.01;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,22:24:20.46:737,0,20
7585 25446-ref 442 . G A 612.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=34.39;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:27.54:645,28,0
7586 25446-ref 451 . T C 89.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9996;MQ=33.48;MQ0=0;QD=5.93;SB=-0.01;sumGLbyD=7.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:119,0,332
7587 25446-ref 459 . A C 55.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9998;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.62;SB=-0.01;sumGLbyD=7.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:11:85.40:85,0,247
7588 25446-ref 531 . T G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7589 25446-ref 535 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7590 25446-ref 544 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7591 25623-ref 596 . C T 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
7592 25623-ref 599 . T C 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
7593 25623-ref 636 . T C 75.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:107,9,0
7594 25623-ref 648 . C T 154.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
7595 25623-ref 696 . T G 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
7596 25623-ref 728 . C T 364.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:397,30,0
7597 25623-ref 765 . G A 312.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:345,27,0
7598 25623-ref 767 . C T 259.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0
7599 25623-ref 866 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7600 25623-ref 870 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7601 25623-ref 1089 . C A 200.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.64;SB=-0.01;sumGLbyD=33.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
7602 25623-ref 1122 . G T 162.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
7603 25623-ref 1164 . C A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7604 25626-ref 424 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7605 25654-ref 22 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7606 25654-ref 53 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7607 25654-ref 54 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7608 25733-ref 36 . T A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7609 25733-ref 67 . A C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7610 25733-ref 79 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7611 25733-ref 255 . A C 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7612 25789-ref 6 . C T 151.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=25.24;SB=-0.01;sumGLbyD=30.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:184,18,0
7613 25789-ref 7 . G T 40.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.83:71,0,77
7614 25789-ref 37 . A G 1938.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.61;MQ0=0;QD=34.61;SB=-0.01;sumGLbyD=35.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:1971,168,0
7615 25789-ref 72 . C T 6070.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=181;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5301;MQ=30.55;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=33.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,180:180:99:6069,541,0
7616 25789-ref 88 . G C 5657.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4796;MQ=28.98;MQ0=0;QD=31.43;SB=-0.01;sumGLbyD=31.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,178:176:99:5616,489,0
7617 25789-ref 99 . C T 7145.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=231;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=27.63;MQ0=0;QD=30.93;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,231:227:99:7143,682,0
7618 25789-ref 124 . G T 7941.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3626;MQ=28.93;MQ0=0;QD=31.02;SB=-0.01;sumGLbyD=30.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,252:248:99:7912,719,0
7619 25789-ref 147 . T C 13183.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=369;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7552;MQ=33.60;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,369:365:99:13182,1098,0
7620 25789-ref 154 . G T 13724.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=373;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4892;MQ=34.40;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,373:372:99:13723,1119,0
7621 25789-ref 265 . C T 12394.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.6146;MQ=36.23;MQ0=0;QD=37.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,327:327:99:12356,946,0
7622 25789-ref 301 . T C 10815.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=294;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.6085;MQ=36.10;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,293:285:99:10815,858,0
7623 25789-ref 326 . T G 6066.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8331;MQ=35.63;MQ0=0;QD=36.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,164:161:99:6066,484,0
7624 25859-ref 67 . G A 312.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
7625 25859-ref 70 . G C 198.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=19.82;SB=-0.01;sumGLbyD=22.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:85.18:228,0,85
7626 25859-ref 112 . C A 51.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.41;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:81.30:81,0,160
7627 25859-ref 130 . A G 195.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
7628 25859-ref 169 . T C 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=34.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:238,18,0
7629 25859-ref 182 . T G 201.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0
7630 25859-ref 300 . G A 324.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:358,27,0
7631 25859-ref 335 . T A 87.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9787;MQ=36.07;MQ0=0;QD=7.95;SB=-0.01;sumGLbyD=10.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:10:99:117,0,209
7632 25859-ref 351 . A G 236.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:270,21,0
7633 25859-ref 359 . C A 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.53;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18.05:230,18,0
7634 25859-ref 432 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7635 25859-ref 454 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7636 25859-ref 492 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
7637 25859-ref 513 . G T 74.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
7638 25859-ref 534 . A G 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:61,0,30
7639 25859-ref 571 . T C 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
7640 25859-ref 572 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7641 25859-ref 594 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7642 25859-ref 649 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7643 25859-ref 709 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7644 25859-ref 711 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7645 25859-ref 723 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7646 25881-ref 47 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7647 25881-ref 90 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7648 25881-ref 104 . A G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
7649 25881-ref 125 . A C 391.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:424,36,0
7650 25881-ref 140 . A T 604.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=35.58;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:638,51,0
7651 25881-ref 165 . G A 662.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:695,54,0
7652 25881-ref 206 . C T 219.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.43;SB=-0.01;sumGLbyD=31.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:12.05:249,0,12
7653 25881-ref 269 . T C 740.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=36.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:774,60,0
7654 25881-ref 370 . G A 829.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.21:863,66,0
7655 25881-ref 413 . C T 365.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.39;SB=-0.01;sumGLbyD=18.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:395,0,293
7656 25881-ref 497 . G C 283.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
7657 25881-ref 524 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7658 25911-ref 36 . A T 36.16 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=3.29;SB=-0.01;sumGLbyD=6.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:66.16:66,0,269
7659 25911-ref 47 . A G 30.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5773;MQ=34.60;MQ0=0;QD=2.32;SB=-0.01;sumGLbyD=4.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:60.14:60,0,341
7660 25911-ref 77 . G A 459.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.78;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=35.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:493,42,0
7661 25911-ref 130 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7662 25911-ref 137 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7663 25911-ref 142 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
7664 25911-ref 153 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.02:89,9,0
7665 25911-ref 192 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0
7666 25911-ref 229 . T C 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-29.60;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
7667 25911-ref 232 . C T 10.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=1.19;SB=3.00;sumGLbyD=4.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:40.36:40,0,191
7668 25911-ref 235 . G A 157.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=29.12;MQ0=0;QD=15.77;SB=-26.62;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:76.54:188,0,77
7669 25911-ref 254 . T C 87.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9988;MQ=32.73;MQ0=0;QD=5.86;SB=-34.00;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:14:99:118,0,304
7670 25911-ref 269 . G A 379.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=23.73;SB=-63.62;sumGLbyD=25.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:65.32:410,0,65
7671 25911-ref 284 . C T 70.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9999;MQ=33.26;MQ0=0;QD=4.12;SB=-23.61;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:16:99:100,0,361
7672 25911-ref 296 . T C 297.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.65;MQ0=0;QD=13.54;SB=3.00;sumGLbyD=14.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:328,0,325
7673 25911-ref 302 . A C 347.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=34.39;MQ0=0;QD=17.38;SB=3.00;sumGLbyD=18.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:378,0,249
7674 25911-ref 339 . G T 384.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:418,36,0
7675 25911-ref 362 . G C 118.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=14.85;SB=-0.01;sumGLbyD=18.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:53.76:149,0,54
7676 25911-ref 373 . G A 46.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=11.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.98:77,0,28
7677 25911-ref 380 . T C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
7678 25911-ref 419 . T A 28.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.60;SB=-0.01;sumGLbyD=11.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:58.01:58,0,95
7679 25911-ref 458 . G A 183.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:216,18,0
7680 25911-ref 468 . T A 153.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=21.92;SB=-0.01;sumGLbyD=26.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:16.74:183,0,17
7681 25911-ref 497 . A G 107.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=15.35;SB=-0.01;sumGLbyD=19.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.96:137,0,59
7682 25911-ref 500 . A T 61.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=7.69;SB=-0.01;sumGLbyD=11.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.50:92,0,134
7683 25911-ref 515 . G A 104.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.06;SB=-0.01;sumGLbyD=16.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.96:134,0,96
7684 25911-ref 539 . T C 101.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=11.27;SB=-0.01;sumGLbyD=14.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:131,0,131
7685 25911-ref 553 . T A 82.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=11.79;SB=-39.44;sumGLbyD=16.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:90.51:113,0,91
7686 25911-ref 563 . A G 133.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=16.67;SB=-71.79;sumGLbyD=20.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.25:163,0,95
7687 25911-ref 565 . G T 132.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=16.57;SB=-70.97;sumGLbyD=20.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.94:163,0,96
7688 25911-ref 697 . A G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
7689 25911-ref 758 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7690 25911-ref 780 . C A 33.49 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.16;SB=-0.01;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:63,0,30
7691 25911-ref 802 . G A 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=25.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:159,12,0
7692 25911-ref 829 . A G 22.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.76;SB=-0.01;sumGLbyD=6.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:52.07:52,0,193
7693 25911-ref 847 . T C 188.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=26.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.05:221,18,0
7694 25911-ref 854 . G A 58.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=8.37;SB=-0.01;sumGLbyD=12.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:88.57:89,0,136
7695 25911-ref 870 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7696 25911-ref 895 . A G 60.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.75;SB=-0.01;sumGLbyD=10.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:90.72:91,0,210
7697 25911-ref 899 . G A 68.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=14.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.95:99,0,138
7698 25911-ref 992 . T A 151.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:184,15,0
7699 25941-ref 7 . G A 47.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9940;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.41;SB=-0.01;sumGLbyD=5.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:14:77.74:78,0,275
7700 25941-ref 9 . A G 67.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.9924;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.35;SB=-0.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:20:97.02:97,0,478
7701 25941-ref 95 . A G 3496.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9892;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,92:90:99:3496,271,0
7702 25941-ref 98 . C G 3805.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4583;MQ=36.48;MQ0=0;QD=38.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:98:99:3765,292,0
7703 25941-ref 206 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7704 25967-ref 78 . T C 454.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.12:487,39,0
7705 25967-ref 128 . G A 627.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:660,51,0
7706 25967-ref 233 . G A 685.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.09;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.18:719,54,0
7707 25967-ref 422 . G A 934.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:968,75,0
7708 25967-ref 433 . T C 914.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.09;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:947,72,0
7709 25967-ref 580 . A G 947.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:981,75,0
7710 25967-ref 599 . A G 922.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.23:956,75,0
7711 25967-ref 708 . T C 25.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9962;MQ=31.58;MQ0=0;QD=6.35;SB=-0.01;sumGLbyD=13.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:55.39:55,0,56
7712 25967-ref 803 . G A 466.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:500,39,0
7713 25967-ref 835 . C T 424.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:457,36,0
7714 25967-ref 845 . G A 312.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:346,30,0
7715 25967-ref 889 . G A 120.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:153,12,0
7716 25967-ref 929 . T C 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
7717 25967-ref 946 . C T 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
7718 25979-ref 50 . T C 505.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:539,42,0
7719 25979-ref 58 . A T 503.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:536,42,0
7720 25979-ref 92 . G C 639.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=35.93;MQ0=0;QD=33.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:673,54,0
7721 25979-ref 363 . C G 564.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:597,45,0
7722 25979-ref 715 . G A 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
7723 25994-ref 223 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7724 25994-ref 252 . A C 139.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.29;SB=-0.01;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:15.38:170,0,15
7725 25994-ref 264 . T C 189 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.00;SB=-0.01;sumGLbyD=31.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:219,0,19
7726 25994-ref 306 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7727 26037-ref 37 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7728 26037-ref 122 . G A 464.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:498,39,0
7729 26037-ref 140 . A T 420.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:453,36,0
7730 26037-ref 154 . T C 373.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:406,33,0
7731 26037-ref 187 . A G 455.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:489,39,0
7732 26037-ref 208 . G A 312.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
7733 26037-ref 323 . T G 431.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:464,36,0
7734 26037-ref 406 . G T 364.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
7735 26037-ref 541 . G A 344.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0
7736 26037-ref 568 . A G 275.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:309,24,0
7737 26037-ref 580 . C T 324.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:357,27,0
7738 26076-ref 62 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7739 26076-ref 84 . G A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7740 26076-ref 92 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7741 26076-ref 101 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7742 26076-ref 144 . T C 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
7743 26076-ref 150 . A G 69.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=16.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.51:99,0,94
7744 26076-ref 162 . C T 187.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.85;SB=-0.01;sumGLbyD=31.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:2.63:217,0,3
7745 26076-ref 229 . G A 501.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=33.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:10.35:534,10,0
7746 26076-ref 382 . G A 817.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=36.76;MQ0=0;QD=19.46;SB=-0.01;sumGLbyD=20.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:41:99:847,0,506
7747 26076-ref 394 . G A 608.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1686;MQ=36.77;MQ0=0;QD=14.15;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:40:99:639,0,614
7748 26082-ref 55 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7749 26082-ref 60 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7750 26082-ref 134 . T C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
7751 26082-ref 153 . C A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7752 26082-ref 193 . G C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7753 26082-ref 212 . C T 66.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=33.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
7754 26082-ref 225 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7755 26082-ref 234 . A G 147.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=21.11;SB=-0.01;sumGLbyD=25.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.57:177,0,9
7756 26082-ref 244 . A G 195.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.94;MQ0=0;QD=27.88;SB=-0.01;sumGLbyD=32.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:228,21,0
7757 26082-ref 274 . T C 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.98:74,0,65
7758 26082-ref 298 . G C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
7759 26185-ref 157 . T C 356.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:389,30,0
7760 26207-ref 243 . T A 197.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.86;MQ0=0;QD=24.71;SB=-0.01;sumGLbyD=28.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.02:231,24,0
7761 26207-ref 396 . G A 164.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.88;SB=-78.62;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
7762 26207-ref 487 . G A 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.74;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.01:83,9,0
7763 26412-ref 65 . C A 743.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:776,60,0
7764 26412-ref 77 . T C 846.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:880,69,0
7765 26412-ref 194 . T G 1003.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1036,81,0
7766 26412-ref 489 . G T 294.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:328,27,0
7767 26412-ref 677 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
7768 26481-ref 38 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:120,9,0
7769 26481-ref 146 . A T 160.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
7770 26511-ref 69 . G T 351.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:384,30,0
7771 26511-ref 105 . C T 405.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:12:36.08:439,36,0
7772 26511-ref 133 . G A 452.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:485,39,0
7773 26511-ref 190 . T G 576.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=36.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:610,48,0
7774 26511-ref 197 . T C 571.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:604,48,0
7775 26511-ref 292 . G A 282.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:316,24,0
7776 26511-ref 478 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7777 26511-ref 490 . A T 161.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
7778 26511-ref 527 . C A 363.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:10:30.10:396,30,0
7779 26511-ref 619 . G A 284.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
7780 26541-ref 85 . C A 154.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
7781 26541-ref 86 . C G 180.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:213,18,0
7782 26541-ref 98 . G A 520.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.12:553,48,0
7783 26541-ref 153 . A G 528.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.79;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.11:561,51,0
7784 26541-ref 157 . C A 527.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.79;MQ0=0;QD=31.01;SB=-0.01;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:560,51,0
7785 26541-ref 168 . G T 313.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.57;MQ0=0;QD=28.51;SB=-0.01;sumGLbyD=31.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:347,33,0
7786 26541-ref 175 . A G 184.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=26.40;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:218,21,0
7787 26541-ref 194 . T C 381.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=34.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0
7788 26541-ref 231 . G A 1506.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4100;MQ=36.29;MQ0=0;QD=35.03;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:91.59:1539,92,0
7789 26541-ref 369 . A T 1814.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1847,147,0
7790 26783-ref 82 . T C 41.10 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.70;SB=-0.01;sumGLbyD=23.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:13.67:71,0,14
7791 26783-ref 223 . A T 195.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:228,18,0
7792 26783-ref 324 . C G 122.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
7793 26825-ref 50 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7794 26825-ref 78 . C T 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
7795 26825-ref 82 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7796 26825-ref 86 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7797 26825-ref 105 . C T 62.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=20.95;SB=-0.01;sumGLbyD=31.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:95,9,0
7798 26825-ref 183 . G A 461.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=28.83;SB=-0.01;sumGLbyD=30.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:15:6.56:493,7,0
7799 26825-ref 230 . A C 490.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9974;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:524,42,0
7800 26825-ref 249 . A G 581.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:615,48,0
7801 26825-ref 360 . G A 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
7802 26838-ref 110 . C T 2292.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=172;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.3885;MQ=36.77;MQ0=0;QD=13.33;SB=-0.01;sumGLbyD=13.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,74:170:99:2323,0,3266
7803 26838-ref 285 . G A 3514.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.5791;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3514,274,0
7804 26838-ref 411 . C T 997.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=36.81;MQ0=0;QD=18.81;SB=-0.01;sumGLbyD=19.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:51:99:1027,0,656
7805 26838-ref 431 . C T 855.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.1055;MQ=36.46;MQ0=0;QD=15.28;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,29:52:99:886,0,807
7806 26838-ref 500 . A C 1340.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=87;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=8.4926;MQ=36.65;MQ0=0;QD=15.40;SB=-0.01;sumGLbyD=15.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:83:99:1370,0,1307
7807 26838-ref 568 . C A 3013.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4597;MQ=36.87;MQ0=0;QD=37.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:3047,241,0
7808 26838-ref 666 . C T 1685.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.0347;MQ=36.37;MQ0=0;QD=35.12;SB=-0.01;sumGLbyD=35.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:46:99:1719,138,0
7809 26838-ref 716 . T C 685.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7158;MQ=36.76;MQ0=0;QD=16.31;SB=-0.01;sumGLbyD=17.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:715,0,631
7810 26838-ref 863 . G C 443.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=12.31;SB=-0.01;sumGLbyD=13.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:473,0,702
7811 26838-ref 873 . T G 1081.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.25:1114,87,0
7812 26838-ref 927 . T C 904.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.18;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,26:29:32.74:934,0,33
7813 26849-ref 80 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7814 26849-ref 149 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7815 26849-ref 180 . T C 245.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:279,21,0
7816 26849-ref 213 . G C 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
7817 26849-ref 236 . A G 283.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.49;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
7818 26849-ref 410 . G A 65.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.33;SB=-0.01;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.96:96,0,159
7819 26849-ref 454 . C T 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
7820 26849-ref 472 . C G 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
7821 26949-ref 110 . A G 1211.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.39;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1244,99,0
7822 26949-ref 130 . C T 1504.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.51;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=37.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:40:99:1537,120,0
7823 26949-ref 243 . A C 367.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:21:99:398,0,289
7824 26949-ref 353 . A G 1005.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.25:1038,84,0
7825 26949-ref 432 . C T 687.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.17;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:720,57,0
7826 26949-ref 454 . A G 272.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.17;SB=-0.01;sumGLbyD=16.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:303,0,295
7827 26949-ref 543 . A T 315.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:349,27,0
7828 26949-ref 648 . G A 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
7829 26949-ref 653 . T G 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
7830 26949-ref 657 . C G 204.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.16;SB=-0.01;sumGLbyD=33.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:237,21,0
7831 26993-ref 101 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7832 27059-ref 159 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7833 27059-ref 167 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7834 27176-ref 46 . T C 74.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
7835 27176-ref 61 . A T 41.01 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:71,0,21
7836 27176-ref 94 . C G 432.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:466,39,0
7837 27176-ref 126 . G A 509.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=31.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:21.51:542,22,0
7838 27176-ref 141 . A G 564.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.92;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:597,51,0
7839 27176-ref 173 . G C 69.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=6.96;SB=-0.01;sumGLbyD=9.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:9:99:100,0,144
7840 27176-ref 178 . T C 220.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=27.54;SB=-0.01;sumGLbyD=31.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:253,24,0
7841 27176-ref 181 . T C 153.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=25.64;SB=-0.01;sumGLbyD=31.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:187,18,0
7842 27176-ref 190 . A G 91.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9958;MQ=29.55;MQ0=0;QD=15.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:14.59:121,0,15
7843 27176-ref 204 . C T 18.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=2.66;SB=-0.01;sumGLbyD=6.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:48.57:49,0,167
7844 27195-ref 207 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7845 27195-ref 601 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7846 27208-ref 67 . C T 657.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.61;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:19:54.17:691,54,0
7847 27208-ref 100 . C T 1416.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.20;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1449,114,0
7848 27208-ref 112 . C T 1550.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.26;MQ0=0;QD=37.81;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1583,123,0
7849 27208-ref 237 . A T 2372.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.0466;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:62:99:2405,187,0
7850 27208-ref 312 . C T 1562.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7880;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.72;SB=-0.01;sumGLbyD=35.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:42:99:1595,126,0
7851 27208-ref 371 . G A 2953.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4260;MQ=36.62;MQ0=0;QD=37.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2987,235,0
7852 27208-ref 381 . A G 3383.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7316;MQ=36.55;MQ0=0;QD=37.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:89:99:3383,268,0
7853 27208-ref 428 . C T 3470.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5476;MQ=36.78;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,91:91:99:3470,274,0
7854 27208-ref 497 . C T 3195.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5439;MQ=35.81;MQ0=0;QD=37.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,86:85:99:3228,256,0
7855 27208-ref 500 . C T 3386.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5439;MQ=35.87;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3386,268,0
7856 27208-ref 544 . A G 3101.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7150;MQ=35.91;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3134,250,0
7857 27208-ref 621 . A G 3517.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.6473;MQ=36.78;MQ0=0;QD=39.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,90:90:99:3517,271,0
7858 27208-ref 659 . C T 2627.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.01;HRun=0;HaplotypeScore=2.7547;MQ=36.14;MQ0=0;QD=37.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2661,208,0
7859 27208-ref 704 . C T 695.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:728,60,0
7860 27208-ref 711 . C T 489.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:522,45,0
7861 27208-ref 727 . G A 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
7862 27280-ref 65 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
7863 27280-ref 168 . T C 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:186,15,0
7864 27280-ref 201 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7865 27280-ref 206 . C A 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
7866 27280-ref 295 . A T 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7867 27280-ref 387 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7868 27280-ref 391 . C T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
7869 27280-ref 441 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7870 27280-ref 448 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7871 27280-ref 470 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7872 27280-ref 483 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7873 27280-ref 612 . C A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
7874 27280-ref 630 . A G 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
7875 27280-ref 701 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7876 27415-ref 28 . A G 152.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0
7877 27415-ref 74 . G A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.60;SB=-0.01;sumGLbyD=34.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:240,18,0
7878 27415-ref 76 . A T 12.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:42.52:43,0,238
7879 27415-ref 123 . A G 490.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8640;MQ=34.49;MQ0=0;QD=16.90;SB=-0.01;sumGLbyD=17.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:520,0,393
7880 27415-ref 141 . C G 1055.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.24:1089,90,0
7881 27415-ref 144 . C T 508.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=34.69;MQ0=0;QD=14.13;SB=-0.01;sumGLbyD=14.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:34:99:539,0,514
7882 27415-ref 182 . C T 247.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=17.71;SB=-0.01;sumGLbyD=19.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:278,0,177
7883 27415-ref 191 . C G 466.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:499,39,0
7884 27415-ref 195 . A C 116.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=10.56;SB=-0.01;sumGLbyD=13.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:146,0,207
7885 27415-ref 258 . A T 162.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.81;SB=3.00;sumGLbyD=17.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:99:193,0,123
7886 27415-ref 262 . C A 490.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.04;SB=-40.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:524,42,0
7887 27415-ref 290 . C T 476.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.1659;MQ=36.78;MQ0=0;QD=10.58;SB=-37.00;sumGLbyD=11.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:42:99:506,0,860
7888 27415-ref 306 . C T 2625.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.0006;MQ=36.86;MQ0=0;QD=36.46;SB=-40.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2658,211,0
7889 27415-ref 353 . A C 1934.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4095;MQ=36.71;MQ0=0;QD=14.02;SB=-35.57;sumGLbyD=14.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,63:133:99:1965,0,2327
7890 27415-ref 386 . T G 1291.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9317;MQ=36.53;MQ0=0;QD=15.02;SB=-58.87;sumGLbyD=15.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:85:99:1322,0,1463
7891 27422-ref 118 . G A 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
7892 27424-ref 97 . A T 438.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:472,36,0
7893 27432-ref 224 . C A 1073.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6780;MQ=32.66;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.25:1107,96,0
7894 27432-ref 251 . C G 2117.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=31.85;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=34.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2151,186,0
7895 27432-ref 276 . C A 2133.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=31.95;MQ0=0;QD=34.40;SB=-0.01;sumGLbyD=34.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2166,186,0
7896 27432-ref 307 . G T 857.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.46;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.19:891,81,0
7897 27432-ref 313 . G A 352.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.08;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:385,39,0
7898 27432-ref 389 . A G 150.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9731;MQ=30.19;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=13.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:180,0,178
7899 27432-ref 393 . T C 12.12 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9731;MQ=30.19;MQ0=0;QD=0.93;SB=-0.01;sumGLbyD=3.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:41.84:42,0,309
7900 27432-ref 427 . C T 62.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9661;MQ=30.58;MQ0=0;QD=5.23;SB=-0.01;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:92.78:93,0,242
7901 27432-ref 431 . G A 122.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ=30.58;MQ0=0;QD=10.17;SB=-0.01;sumGLbyD=12.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:152,0,183
7902 27432-ref 442 . C T 62.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=30.58;MQ0=0;QD=5.23;SB=-0.01;sumGLbyD=7.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:92.80:93,0,236
7903 27432-ref 447 . G C 159.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9984;MQ=31.04;MQ0=0;QD=14.54;SB=-0.01;sumGLbyD=17.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:9:72.18:190,0,72
7904 27432-ref 452 . G T 123 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=30.07;MQ0=0;QD=15.38;SB=-0.01;sumGLbyD=19.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:64.81:153,0,65
7905 27432-ref 458 . T A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
7906 27432-ref 645 . A C 172.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:205,21,0
7907 27432-ref 646 . T G 251.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=27.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:284,27,0
7908 27432-ref 687 . G A 484.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.18;MQ0=0;QD=32.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:517,45,0
7909 27432-ref 695 . G C 484.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.18;MQ0=0;QD=32.27;SB=-0.01;sumGLbyD=34.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:517,45,0
7910 27432-ref 901 . C T 659.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.37;MQ0=0;QD=30.00;SB=-55.33;sumGLbyD=31.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.10:693,66,0
7911 27432-ref 925 . G T 428.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.82;MQ0=0;QD=30.60;SB=-55.33;sumGLbyD=32.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.08:461,42,0
7912 27432-ref 940 . G T 301.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=31.42;MQ0=0;QD=27.41;SB=-55.31;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:334,30,0
7913 27449-ref 434 . A G 114.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:145,0,25
7914 27449-ref 454 . T C 104.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=19.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:91.50:134,0,92
7915 27449-ref 459 . G A 111.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.40;SB=-0.01;sumGLbyD=28.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20.20:142,0,20
7916 27449-ref 564 . C G 147.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
7917 27519-ref 61 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7918 27519-ref 95 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
7919 27519-ref 141 . G A 48.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=33.02;MQ0=0;QD=6.03;SB=-0.01;sumGLbyD=9.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:7:78.20:78,0,124
7920 27519-ref 152 . A T 77.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=11.12;SB=-0.01;sumGLbyD=15.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.58:108,0,89
7921 27519-ref 166 . A G 71.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=29.55;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=11.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:102,0,142
7922 27519-ref 173 . A G 111.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=29.55;MQ0=0;QD=12.42;SB=-0.01;sumGLbyD=15.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:142,0,102
7923 27519-ref 191 . G C 173.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.78;SB=-0.01;sumGLbyD=29.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:206,21,0
7924 27519-ref 214 . C A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,47
7925 27519-ref 220 . G T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
7926 27519-ref 384 . C A 143.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.98;SB=-0.01;sumGLbyD=21.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:94.51:174,0,95
7927 27519-ref 436 . T C 93.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4357;MQ=35.06;MQ0=0;QD=7.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:124,0,256
7928 27519-ref 450 . G A 296.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:329,27,0
7929 27519-ref 486 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7930 27519-ref 528 . A T 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
7931 27519-ref 531 . G T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
7932 27519-ref 540 . G A 78.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
7933 27585-ref 68 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:120,9,0
7934 27585-ref 101 . C A 315.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:348,27,0
7935 27585-ref 149 . A C 406.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:439,33,0
7936 27585-ref 415 . G A 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
7937 27585-ref 462 . A G 517.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.99;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:551,42,0
7938 27585-ref 530 . T C 284.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.61;SB=-0.01;sumGLbyD=39.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:318,24,0
7939 27585-ref 696 . C T 402.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.57;SB=-0.01;sumGLbyD=39.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:435,33,0
7940 27585-ref 725 . G C 499.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:533,42,0
7941 27585-ref 860 . T C 676.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.18:709,54,0
7942 27585-ref 875 . T A 433.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:466,36,0
7943 27610-ref 267 . G A 76.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
7944 27610-ref 297 . T C 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
7945 27610-ref 343 . G A 161.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.26;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
7946 27610-ref 367 . G T 164.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
7947 27610-ref 391 . G C 218.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.25;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:252,21,0
7948 27610-ref 429 . A G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:99,9,0
7949 27610-ref 450 . C T 145.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.02;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0
7950 27610-ref 477 . G A 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7951 27610-ref 515 . A C 147.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.50;SB=-0.01;sumGLbyD=36.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
7952 27610-ref 553 . T C 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
7953 27610-ref 732 . T C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:3:30.29:71,0,30
7954 27610-ref 753 . A G 35.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:65,0,30
7955 27630-ref 186 . T A 123.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.95;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
7956 27630-ref 259 . C T 34.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.74;SB=-0.01;sumGLbyD=16.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:64.95:65,0,67
7957 27630-ref 275 . A C 69.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.91;SB=-0.01;sumGLbyD=19.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:100,0,65
7958 27630-ref 309 . C T 171.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.49;SB=-0.01;sumGLbyD=28.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:201,0,19
7959 27630-ref 380 . T C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:71,0,30
7960 27646-ref 22 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7961 27646-ref 49 . G A 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
7962 27646-ref 109 . G A 74.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.88;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
7963 27646-ref 157 . G C 202.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
7964 27686-ref 675 . G C 1210.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:32:96.31:1243,96,0
7965 27686-ref 824 . C T 877.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8827;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72.22:911,72,0
7966 27686-ref 1103 . T G 1392.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3107;MQ=36.48;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1426,114,0
7967 27705-ref 104 . A C 22.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9644;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.15;SB=-0.01;sumGLbyD=7.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:51.98:52,0,170
7968 27705-ref 105 . G A 26.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9644;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.82;SB=-0.01;sumGLbyD=8.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:56.73:57,0,171
7969 27705-ref 164 . A G 102.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.87;SB=-0.01;sumGLbyD=16.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:133,0,133
7970 27710-ref 98 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7971 27710-ref 169 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7972 27710-ref 281 . A G 36.42 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.14;SB=-0.01;sumGLbyD=22.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:66,0,31
7973 27710-ref 323 . C G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7974 27710-ref 439 . T A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:4:9.03:110,9,0
7975 27710-ref 457 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7976 27710-ref 461 . G A 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0
7977 27710-ref 487 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
7978 27790-ref 39 . G A 464.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:498,39,0
7979 27790-ref 50 . A G 569.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:603,48,0
7980 27790-ref 88 . T G 606.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.14:639,54,0
7981 27790-ref 106 . G A 341.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=28.46;SB=-0.01;sumGLbyD=31.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.06:374,36,0
7982 27790-ref 127 . T C 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
7983 27790-ref 129 . G T 231.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=28.91;SB=-0.01;sumGLbyD=33.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:264,24,0
7984 27790-ref 139 . C T 491.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:524,42,0
7985 27790-ref 165 . G A 759.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.20:792,60,0
7986 27838-ref 83 . A T 749.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=39.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:782,60,0
7987 27959-ref 172 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7988 27959-ref 174 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
7989 27959-ref 364 . T C 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
7990 27959-ref 470 . T C 106.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.64;SB=-0.01;sumGLbyD=34.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
7991 27959-ref 563 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
7992 27959-ref 791 . G C 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
7993 27959-ref 995 . C T 282.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
7994 27959-ref 1160 . A G 518.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:552,42,0
7995 27959-ref 1187 . T A 12.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.06;SB=-0.01;sumGLbyD=3.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:11:42.49:42,0,314
7996 27959-ref 1388 . T C 223.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:256,21,0
7997 27959-ref 1454 . C A 40.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
7998 27976-ref 9 . C T 39.83 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
7999 27976-ref 10 . A G 42.43 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
8000 27976-ref 50 . T C 322.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:356,27,0
8001 27976-ref 164 . T C 383.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:417,33,0
8002 27976-ref 296 . G A 486.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.74;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:519,39,0
8003 27976-ref 345 . C G 478.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.80;SB=-0.01;sumGLbyD=39.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:511,39,0
8004 27976-ref 359 . C A 451.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=34.75;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:485,39,0
8005 27976-ref 391 . T A 193.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:227,18,0
8006 27976-ref 417 . T C 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=13.96;SB=-0.01;sumGLbyD=22.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:88,9,0
8007 27976-ref 448 . G A 51.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=30.37;MQ0=0;QD=10.35;SB=-0.01;sumGLbyD=16.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:8.99:84,9,0
8008 27976-ref 465 . C T 162.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=27.07;SB=-0.01;sumGLbyD=32.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:195,18,0
8009 27976-ref 478 . C A 144.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:177,15,0
8010 27976-ref 514 . T C 109.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=21.88;SB=-0.01;sumGLbyD=28.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:142,12,0
8011 27976-ref 592 . A G 421.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=30.14;SB=-0.01;sumGLbyD=32.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:5.15:453,5,0
8012 27976-ref 644 . A G 390.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:423,33,0
8013 27976-ref 646 . C A 342.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=34.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:376,30,0
8014 27976-ref 730 . A T 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
8015 27976-ref 822 . A G 77.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:109,9,0
8016 27976-ref 1000 . G A 272.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:306,24,0
8017 27976-ref 1022 . G C 226.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:260,21,0
8018 28142-ref 112 . C G 154.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0
8019 28142-ref 198 . C A 35.48 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
8020 28142-ref 216 . C G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
8021 28234-ref 57 . T C 354.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.11;MQ0=0;QD=32.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:387,33,0
8022 28234-ref 73 . C T 384.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.06;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:418,36,0
8023 28234-ref 94 . T G 195.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.07;MQ0=0;QD=24.46;SB=-38.52;sumGLbyD=28.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.05:229,21,0
8024 28234-ref 109 . C A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
8025 28245-ref 101 . T A 196.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2160;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.57;SB=-0.01;sumGLbyD=13.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:227,0,337
8026 28263-ref 70 . G A 1230.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9984;MQ=28.11;MQ0=0;QD=27.96;SB=-0.01;sumGLbyD=28.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,42:44:76.89:1263,77,0
8027 28263-ref 74 . G A 1275.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9946;MQ=28.11;MQ0=0;QD=28.99;SB=-0.01;sumGLbyD=29.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:93.66:1309,94,0
8028 28263-ref 101 . T C 198.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=22.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.93:228,0,50
8029 28263-ref 103 . G A 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.98:74,0,65
8030 28263-ref 134 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8031 28263-ref 207 . G A 352.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=27.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:14:39.07:385,39,0
8032 28263-ref 212 . T C 586.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.14;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.12:620,60,0
8033 28263-ref 263 . G C 1083.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.09;SB=-0.01;sumGLbyD=27.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:39:77.23:1117,77,0
8034 28263-ref 264 . A C 1113.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.45;MQ0=0;QD=27.84;SB=-0.01;sumGLbyD=28.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:80.23:1146,80,0
8035 28263-ref 284 . G C 389.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8663;MQ=25.59;MQ0=0;QD=15.60;SB=-0.01;sumGLbyD=16.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:24:15.52:420,0,16
8036 28263-ref 287 . A C 549.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8663;MQ=25.67;MQ0=0;QD=24.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:26.12:582,26,0
8037 28263-ref 302 . A C 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
8038 28263-ref 312 . C G 267.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=35.12;MQ0=0;QD=24.31;SB=-0.01;sumGLbyD=27.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:36.53:297,0,37
8039 28263-ref 313 . T G 272.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.12;MQ0=0;QD=24.82;SB=-0.01;sumGLbyD=27.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:10:7.71:303,0,8
8040 28263-ref 331 . A T 117.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ=36.53;MQ0=0;QD=2.74;SB=-0.01;sumGLbyD=3.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,7:43:99:148,0,1273
8041 28263-ref 402 . T C 3197.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1718;MQ=33.69;MQ0=0;QD=35.93;SB=-0.01;sumGLbyD=36.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,89:89:99:3231,268,0
8042 28263-ref 407 . C A 1536.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=85;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=11.3398;MQ=33.52;MQ0=0;QD=18.07;SB=-0.01;sumGLbyD=18.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,51:85:99:1566,0,955
8043 28263-ref 425 . T A 1293.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9974;MQ=27.63;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=30.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1326,129,0
8044 28263-ref 428 . C T 979.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9963;MQ=27.37;MQ0=0;QD=23.31;SB=-0.01;sumGLbyD=24.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,37:42:48.25:1009,0,48
8045 28263-ref 432 . A G 74.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9962;MQ=27.26;MQ0=0;QD=1.70;SB=-0.01;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,8:44:99:105,0,1006
8046 28263-ref 454 . T C 402.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=30.27;MQ0=0;QD=17.48;SB=-0.01;sumGLbyD=18.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:432,0,199
8047 28263-ref 486 . C A 297.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.32;MQ0=0;QD=15.68;SB=-0.01;sumGLbyD=17.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:328,0,183
8048 28263-ref 499 . C T 194.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9990;MQ=33.02;MQ0=0;QD=24.36;SB=-0.01;sumGLbyD=28.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.94:225,0,16
8049 28263-ref 502 . T C 37.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9974;MQ=33.02;MQ0=0;QD=4.73;SB=-0.01;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:8:67.81:68,0,137
8050 28263-ref 508 . A G 36.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:67,0,31
8051 28263-ref 527 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8052 28263-ref 528 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8053 28263-ref 580 . T A 732.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.46;MQ0=0;QD=36.65;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:766,60,0
8054 28263-ref 583 . T G 19.51 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.46;MQ0=0;QD=0.98;SB=-0.01;sumGLbyD=2.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,3:20:49.45:49,0,599
8055 28263-ref 612 . A G 344.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:377,30,0
8056 28263-ref 624 . A G 211.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.28;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:245,21,0
8057 28305-ref 231 . G A 124.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
8058 28305-ref 232 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8059 28305-ref 253 . C A 84.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
8060 28305-ref 300 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8061 28305-ref 348 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8062 28305-ref 365 . G C 305.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:339,27,0
8063 28305-ref 407 . A G 396.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=39.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:429,33,0
8064 28305-ref 532 . A G 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
8065 28305-ref 543 . C T 389.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:423,33,0
8066 28305-ref 603 . C T 425.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:459,36,0
8067 28305-ref 611 . T C 425.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:458,36,0
8068 28305-ref 715 . A G 243.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:276,21,0
8069 28305-ref 865 . T C 688.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:722,57,0
8070 28305-ref 913 . T A 666.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.82;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:699,57,0
8071 28305-ref 920 . T G 428.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=32.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.11:461,39,0
8072 28305-ref 954 . A T 213.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.44;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:246,21,0
8073 28305-ref 966 . A G 201.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=28.80;SB=-0.01;sumGLbyD=33.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:235,21,0
8074 28305-ref 1085 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8075 28305-ref 1089 . G A 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8076 28391-ref 22 . T A 40.57 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
8077 28391-ref 23 . A G 40.57 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
8078 28391-ref 60 . T C 340.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:373,30,0
8079 28391-ref 100 . T C 405.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.15;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:438,36,0
8080 28427-ref 240 . T G 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:142,0,62
8081 28427-ref 669 . A G 191.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=14.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:222,0,249
8082 28427-ref 676 . T C 153.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.97;SB=-0.01;sumGLbyD=13.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:13:99:184,0,216
8083 28471-ref 92 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8084 28471-ref 115 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8085 28471-ref 130 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8086 28471-ref 132 . T G 61.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=31.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
8087 28471-ref 876 . T C 440.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:474,36,0
8088 28471-ref 896 . G A 549.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:583,45,0
8089 28471-ref 946 . G C 315.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9330;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:348,27,0
8090 28492-ref 63 . G A 135.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.04;MQ0=0;QD=9.66;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:165,0,186
8091 28492-ref 78 . T C 83.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.82;MQ0=0;QD=5.56;SB=-0.01;sumGLbyD=7.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:113,0,272
8092 28492-ref 81 . A T 101.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=27.82;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=8.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:9:99:131,0,107
8093 28492-ref 85 . A T 440.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=29.35;SB=-0.01;sumGLbyD=31.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:473,45,0
8094 28492-ref 89 . G A 372.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.19;MQ0=0;QD=28.68;SB=-0.01;sumGLbyD=31.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.08:406,39,0
8095 28492-ref 99 . T G 259.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.66;SB=-0.01;sumGLbyD=24.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:30.52:290,0,31
8096 28492-ref 153 . A T 294.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.77;SB=-0.01;sumGLbyD=12.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:324,0,495
8097 28492-ref 213 . T G 600.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.1421;MQ=36.67;MQ0=0;QD=19.37;SB=-0.01;sumGLbyD=20.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:631,0,366
8098 28492-ref 219 . A C 634.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6127;MQ=36.67;MQ0=0;QD=20.48;SB=-0.01;sumGLbyD=21.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:29:51.16:668,51,0
8099 28492-ref 310 . C G 279.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:312,24,0
8100 28492-ref 335 . C G 155.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:188,15,0
8101 28503-ref 8 . A G 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
8102 28503-ref 17 . C A 262.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.83;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:296,24,0
8103 28503-ref 48 . G C 704.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:737,60,0
8104 28503-ref 81 . T C 1246.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1280,102,0
8105 28503-ref 111 . A T 940.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.8631;MQ=35.72;MQ0=0;QD=29.38;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,29:31:7.67:970,0,8
8106 28503-ref 112 . A T 404.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.94;MQ0=0;QD=13.96;SB=-0.01;sumGLbyD=15.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:435,0,502
8107 28503-ref 164 . G C 238.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:272,21,0
8108 28521-ref 51 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8109 28521-ref 69 . G A 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
8110 28521-ref 137 . A G 200.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
8111 28521-ref 230 . G C 321.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:354,27,0
8112 28521-ref 241 . C T 316.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:350,27,0
8113 28521-ref 242 . A G 277.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:311,24,0
8114 28521-ref 535 . T C 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
8115 28521-ref 544 . A G 164.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.88;SB=-0.01;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
8116 28527-ref 23 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8117 28527-ref 26 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0
8118 28527-ref 43 . T C 474.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:508,39,0
8119 28593-ref 20 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8120 28593-ref 220 . C T 315.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:348,27,0
8121 28593-ref 278 . A G 42.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.80;SB=6.01;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:72.02:72,0,412
8122 28593-ref 290 . G A 234.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.64;SB=-74.00;sumGLbyD=17.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:265,0,233
8123 28593-ref 430 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8124 28595-ref 10 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8125 28595-ref 21 . A T 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
8126 28595-ref 71 . C T 93.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.49;SB=-0.01;sumGLbyD=31.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:126,12,0
8127 28595-ref 81 . T G 55.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:88,9,0
8128 28595-ref 83 . G T 53.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=17.96;SB=-0.01;sumGLbyD=28.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:86,9,0
8129 28595-ref 96 . G T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
8130 28595-ref 142 . G A 153.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:186,15,0
8131 28595-ref 165 . T C 124.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
8132 28620-ref 32 . A T 1055.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.41;SB=-40.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.24:1089,87,0
8133 28620-ref 177 . G T 2277.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2311,178,0
8134 28620-ref 517 . C A 1100.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9726;MQ=36.02;MQ0=0;QD=21.17;SB=-0.01;sumGLbyD=21.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,34:51:99:1131,0,506
8135 28620-ref 536 . T A 1736.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4070;MQ=34.45;MQ0=0;QD=32.76;SB=-0.01;sumGLbyD=33.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:52:99:1769,127,0
8136 28620-ref 578 . A G 1779.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.50;MQ0=0;QD=35.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:49:99:1813,147,0
8137 28620-ref 581 . A T 1774.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.55;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1808,113,0
8138 28674-ref 61 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8139 28674-ref 80 . G A 83.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.84;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
8140 28739-ref 30 . T G 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,98
8141 28739-ref 31 . G C 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,98
8142 28739-ref 63 . T A 466.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=31.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:15.51:499,16,0
8143 28739-ref 74 . G A 431.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.63;MQ0=0;QD=28.79;SB=-0.01;sumGLbyD=30.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:14:7.78:464,8,0
8144 28739-ref 128 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8145 28775-ref 92 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8146 28775-ref 163 . C A 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
8147 28836-ref 23 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8148 28836-ref 125 . A T 658.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8319;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:20.18:692,20,0
8149 28836-ref 150 . A G 524.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:557,45,0
8150 28836-ref 161 . C T 389.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.54;MQ0=0;QD=32.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:422,36,0
8151 28836-ref 193 . C T 454.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8453;MQ=31.58;MQ0=0;QD=32.46;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:487,42,0
8152 28836-ref 220 . G T 512.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.17;SB=-146.99;sumGLbyD=36.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.12:546,45,0
8153 28836-ref 239 . C T 417.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.82;SB=-158.57;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:451,36,0
8154 28836-ref 271 . G C 202.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-76.61;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
8155 28862-ref 27 . C T 32.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0
8156 28862-ref 57 . G A 37.70 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=34.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:69,6,0
8157 28862-ref 65 . G T 28.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:60,6,0
8158 28862-ref 108 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8159 28862-ref 127 . C T 193.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.32;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:227,18,0
8160 28862-ref 156 . A G 442.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:476,36,0
8161 28862-ref 197 . G A 656.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.17:689,54,0
8162 28862-ref 340 . A G 1001.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.52;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.26:1034,78,0
8163 28862-ref 434 . T G 1128.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1162,90,0
8164 28862-ref 456 . A G 1276.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1309,102,0
8165 28862-ref 491 . T C 1169.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.73;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.28:1202,96,0
8166 28862-ref 529 . G A 1235.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5992;MQ=34.51;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1268,102,0
8167 28862-ref 539 . T A 1037.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.5009;MQ=34.57;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:30:87.25:1071,87,0
8168 28862-ref 708 . A G 1453.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2032;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,39:38:99:1486,114,0
8169 28922-ref 179 . T A 14.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:44.07:44,0,135
8170 28922-ref 181 . A T 14.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.28;MQ0=0;QD=2.37;SB=-0.01;sumGLbyD=7.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:44.07:44,0,141
8171 28922-ref 183 . T A 20.93 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.6208;MQ=35.28;MQ0=0;QD=3.49;SB=-0.01;sumGLbyD=8.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:50.88:51,0,133
8172 28922-ref 214 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8173 29175-ref 53 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8174 29175-ref 98 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8175 29175-ref 101 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8176 29175-ref 131 . A G 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
8177 29175-ref 140 . C G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
8178 29175-ref 203 . T C 152.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.43;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:185,15,0
8179 29175-ref 212 . G A 162.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.51;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
8180 29331-ref 30 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
8181 29331-ref 47 . A G 161.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:195,18,0
8182 29331-ref 54 . C T 174.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=30.72;MQ0=0;QD=24.94;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:207,18,0
8183 29331-ref 86 . T C 173.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:207,18,0
8184 29357-ref 105 . G A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
8185 29357-ref 107 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8186 29426-ref 84 . A C 78.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
8187 29426-ref 97 . G T 43.46 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
8188 29426-ref 98 . C G 42.68 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.34;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
8189 29584-ref 57 . G C 47.89 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ=36.27;MQ0=0;QD=3.42;SB=-0.01;sumGLbyD=5.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:77.88:78,0,386
8190 29584-ref 96 . G A 304.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.37;MQ0=0;QD=19.06;SB=-0.01;sumGLbyD=20.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:335,0,188
8191 29584-ref 106 . T G 304.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.37;MQ0=0;QD=19.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:334,0,190
8192 29584-ref 137 . G A 306.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=21.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:337,0,180
8193 29584-ref 159 . T C 552.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:585,45,0
8194 29584-ref 223 . T G 49.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=4.96;SB=-0.01;sumGLbyD=7.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:79.54:80,0,240
8195 29584-ref 227 . A T 52.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=5.26;SB=-0.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:82.55:83,0,203
8196 29584-ref 228 . A T 198.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=19.82;SB=-0.01;sumGLbyD=22.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:79.55:228,0,80
8197 29584-ref 241 . T C 212.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9332;MQ=34.69;MQ0=0;QD=23.62;SB=-0.01;sumGLbyD=26.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:42.55:243,0,43
8198 29584-ref 271 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8199 29623-ref 14 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8200 29623-ref 64 . C A 76.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=5.47;SB=-0.01;sumGLbyD=7.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:107,0,337
8201 29623-ref 94 . T C 454.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=34.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:487,39,0
8202 29623-ref 104 . C A 282.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:316,27,0
8203 29623-ref 108 . A T 125.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=15.65;SB=-0.01;sumGLbyD=19.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:85.57:155,0,86
8204 29623-ref 115 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8205 29652-ref 90 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8206 29652-ref 288 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8207 29652-ref 332 . C T 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
8208 29652-ref 511 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8209 29745-ref 50 . C T 179.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.69;SB=-0.01;sumGLbyD=29.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:210,0,19
8210 29745-ref 123 . A G 360.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:393,30,0
8211 29745-ref 294 . T C 235.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.68;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:269,21,0
8212 29745-ref 348 . A G 434.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7341;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.39;SB=-0.01;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:12:36.12:467,36,0
8213 29745-ref 409 . C T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
8214 29745-ref 424 . T A 163.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
8215 29745-ref 493 . A T 579.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.19;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:612,48,0
8216 29745-ref 510 . C T 317.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.86;SB=-0.01;sumGLbyD=31.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:4.70:347,0,5
8217 29745-ref 599 . A G 174.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:208,18,0
8218 29745-ref 615 . A G 71.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.81;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
8219 29745-ref 727 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-39.22;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8220 29745-ref 829 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8221 29774-ref 15 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=7.8620;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8222 29774-ref 240 . C T 54.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=6.77;SB=-0.01;sumGLbyD=10.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:84.18:84,0,171
8223 29774-ref 243 . T G 262.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:295,24,0
8224 29774-ref 300 . C T 301.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:334,27,0
8225 29774-ref 366 . G C 197.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.28;SB=-0.01;sumGLbyD=32.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:7:18.06:231,18,0
8226 29774-ref 390 . C G 154.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:187,15,0
8227 29774-ref 511 . G A 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
8228 29774-ref 517 . G C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8229 29774-ref 648 . G C 118.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.60;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
8230 29774-ref 765 . C T 350.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:384,30,0
8231 29774-ref 831 . T A 98.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.85;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:128,0,204
8232 29774-ref 843 . G A 138.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.32;SB=-0.01;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:48.54:169,0,49
8233 29774-ref 933 . T A 22.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7324;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.75;SB=-0.01;sumGLbyD=6.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:7:51.98:52,0,177
8234 29832-ref 11 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8235 29832-ref 38 . G T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8236 29832-ref 42 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8237 29832-ref 45 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8238 29832-ref 80 . T C 183.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:216,18,0
8239 29832-ref 94 . A C 230.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:263,21,0
8240 29832-ref 190 . T C 436.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:469,36,0
8241 29832-ref 204 . A G 242.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
8242 29832-ref 298 . T C 374.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=34.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:407,33,0
8243 29832-ref 301 . T A 333.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=30.29;SB=-0.01;sumGLbyD=33.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:366,30,0
8244 29832-ref 350 . C A 388.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:421,33,0
8245 29832-ref 361 . A G 393.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:427,33,0
8246 29832-ref 426 . G A 431.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:464,36,0
8247 29832-ref 497 . C T 319.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:353,27,0
8248 29832-ref 509 . T C 318.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:27.09:351,27,0
8249 29832-ref 699 . T G 510.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:543,42,0
8250 29832-ref 763 . A G 103.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.72;SB=-0.01;sumGLbyD=26.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:134,0,24
8251 29832-ref 774 . A G 202.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
8252 29832-ref 814 . C T 475.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.58;SB=-0.01;sumGLbyD=39.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:509,39,0
8253 29832-ref 907 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8254 29832-ref 910 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8255 29838-ref 10 . C T 218.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:251,21,0
8256 29838-ref 63 . C T 1402.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=26.76;MQ0=0;QD=28.63;SB=-0.01;sumGLbyD=29.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:99:1436,114,0
8257 29838-ref 76 . G A 1362.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.54;MQ0=0;QD=29.00;SB=-0.01;sumGLbyD=29.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1396,138,0
8258 29838-ref 79 . C T 1212.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.34;MQ0=0;QD=28.21;SB=-0.01;sumGLbyD=28.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1246,126,0
8259 29838-ref 82 . C T 1432.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8660;MQ=27.97;MQ0=0;QD=27.55;SB=-0.01;sumGLbyD=28.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:50:99:1466,113,0
8260 29838-ref 127 . T C 1093.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.01;MQ0=0;QD=35.27;SB=-169.68;sumGLbyD=36.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.27:1126,90,0
8261 29838-ref 163 . C T 581.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.18;MQ0=0;QD=34.22;SB=-174.70;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:615,51,0
8262 29838-ref 165 . G T 400.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.37;SB=-174.75;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:433,36,0
8263 29847-ref 52 . C A 241.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:21.07:274,21,0
8264 29847-ref 139 . A G 242.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
8265 29955-ref 111 . C G 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
8266 29955-ref 112 . T C 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
8267 29955-ref 117 . C G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8268 29955-ref 249 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8269 30063-ref 213 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8270 30072-ref 43 . A C 41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:25.32:71,0,25
8271 30072-ref 109 . C A 37.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9999;MQ=31.58;MQ0=0;QD=9.50;SB=-0.01;sumGLbyD=17.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:68,0,47
8272 30072-ref 114 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9998;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:110,9,0
8273 30083-ref 179 . C G 108.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.24;SB=-0.01;sumGLbyD=35.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:141,12,0
8274 30083-ref 231 . G A 114.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:147,12,0
8275 30083-ref 305 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8276 30083-ref 508 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8277 30083-ref 586 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8278 30083-ref 588 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8279 30083-ref 628 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8280 30118-ref 177 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8281 30129-ref 9 . A C 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
8282 30129-ref 43 . T A 238.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:272,21,0
8283 30129-ref 113 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8284 30129-ref 142 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8285 30129-ref 156 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8286 30129-ref 275 . T C 305.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=37.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
8287 30179-ref 87 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8288 30179-ref 150 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8289 30179-ref 324 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8290 30179-ref 342 . G T 34.51 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.26;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:66,6,0
8291 30179-ref 348 . G T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8292 30179-ref 741 . A G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.81;SB=-0.01;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
8293 30179-ref 743 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8294 30181-ref 10 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8295 30203-ref 75 . T C 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
8296 30203-ref 115 . C G 392.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:425,33,0
8297 30203-ref 140 . C G 470.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:503,39,0
8298 30203-ref 204 . C T 439.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=39.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:473,36,0
8299 30203-ref 234 . T C 496.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:529,42,0
8300 30203-ref 247 . A T 424.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.36;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:457,36,0
8301 30203-ref 387 . C T 523.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.14:556,42,0
8302 30205-ref 73 . A G 117.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.48;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
8303 30205-ref 100 . T C 148.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.65;SB=-0.01;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:181,15,0
8304 30205-ref 145 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8305 30205-ref 345 . A C 115.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=23.01;SB=-0.01;sumGLbyD=29.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:145,0,15
8306 30205-ref 350 . T C 115.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.76;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
8307 30205-ref 369 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8308 30211-ref 259 . G T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8309 30211-ref 267 . A G 71.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:102,0,101
8310 30211-ref 314 . G T 585.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.62;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:619,48,0
8311 30211-ref 366 . T C 1611.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.77;MQ0=0;QD=37.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1644,126,0
8312 30211-ref 367 . G T 1651.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.77;MQ0=0;QD=38.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1684,129,0
8313 30211-ref 454 . G T 546.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:580,45,0
8314 30211-ref 461 . G A 315.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=26.25;SB=-0.01;sumGLbyD=28.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:39.15:345,0,39
8315 30211-ref 474 . A C 26.18 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.55;SB=-0.01;sumGLbyD=14.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:56.16:56,0,68
8316 30211-ref 504 . G A 861.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.03;MQ0=0;QD=33.15;SB=-0.01;sumGLbyD=34.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.20:895,78,0
8317 30211-ref 517 . C T 1139.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1172,99,0
8318 30211-ref 536 . G A 1277.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=33.38;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1310,111,0
8319 30211-ref 554 . G A 391.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.97;MQ0=0;QD=8.71;SB=-0.01;sumGLbyD=9.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:422,0,914
8320 30211-ref 645 . G C 1559.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=46;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.08;MQ0=0;QD=33.91;SB=-59.25;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1593,138,0
8321 30211-ref 682 . C A 1546.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9752;MQ=31.81;MQ0=0;QD=30.93;SB=-59.25;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:49:99:1579,141,0
8322 30211-ref 694 . C T 1434.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.71;MQ0=0;QD=31.88;SB=-59.25;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:43:99:1468,129,0
8323 30211-ref 704 . T A 1263.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.58;MQ0=0;QD=33.26;SB=-0.01;sumGLbyD=34.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1297,114,0
8324 30249-ref 84 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8325 30262-ref 50 . T A 347.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=31.56;SB=-0.01;sumGLbyD=34.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:380,33,0
8326 30262-ref 81 . G C 353.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=29.47;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:387,36,0
8327 30262-ref 106 . A G 685.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.66;SB=-0.01;sumGLbyD=34.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.16:719,63,0
8328 30262-ref 113 . A T 667.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.16;MQ0=0;QD=33.38;SB=-0.01;sumGLbyD=35.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.16:701,60,0
8329 30262-ref 129 . T A 999.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.23:1033,84,0
8330 30262-ref 186 . C T 1979.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:52:99:2012,156,0
8331 30262-ref 219 . C T 649.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4625;MQ=36.09;MQ0=0;QD=11.60;SB=-0.01;sumGLbyD=12.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:679,0,1096
8332 30262-ref 246 . C T 1435.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ=34.72;MQ0=0;QD=35.00;SB=-29.63;sumGLbyD=35.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:40:99:1468,120,0
8333 30262-ref 273 . C T 1201.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.59;MQ0=0;QD=35.35;SB=-29.63;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1235,102,0
8334 30262-ref 274 . A G 1196.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.59;MQ0=0;QD=35.19;SB=-29.63;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1230,102,0
8335 30262-ref 483 . C A 824.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=28.94;MQ0=0;QD=29.46;SB=-0.01;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:27:81.18:858,81,0
8336 30262-ref 486 . T G 719.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=31.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.15:752,72,0
8337 30262-ref 489 . A C 677.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.87;MQ0=0;QD=29.45;SB=-0.01;sumGLbyD=30.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.14:710,69,0
8338 30262-ref 500 . G C 529.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.89;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.11:563,57,0
8339 30262-ref 522 . C G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
8340 30262-ref 523 . G A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
8341 30262-ref 525 . T G 123.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=24.71;SB=-37.55;sumGLbyD=31.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:156,15,0
8342 30262-ref 528 . G C 153.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=25.51;SB=-73.98;sumGLbyD=30.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:186,18,0
8343 30262-ref 639 . C G 1606.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=28.94;MQ0=0;QD=30.90;SB=-27.67;sumGLbyD=31.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,52:52:99:1640,156,0
8344 30262-ref 787 . A G 105.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=23.00;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:138,15,0
8345 30262-ref 928 . G A 133.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=22.19;SB=-0.01;sumGLbyD=27.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:166,18,0
8346 30395-ref 28 . C A 387.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:421,33,0
8347 30395-ref 31 . C T 311.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=28.29;SB=-0.01;sumGLbyD=31.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:9:27.08:344,27,0
8348 30395-ref 76 . G A 652.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:685,54,0
8349 30395-ref 154 . T C 510.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:544,42,0
8350 30521-ref 91 . A G 82.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
8351 30521-ref 221 . T C 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
8352 30521-ref 274 . G A 252.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:286,24,0
8353 30521-ref 447 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8354 30521-ref 485 . C T 204.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
8355 30521-ref 735 . C T 198.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8356 30521-ref 737 . G A 154.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0
8357 30521-ref 939 . G T 321.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.76;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:355,27,0
8358 30521-ref 974 . T C 282.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:315,24,0
8359 30521-ref 998 . C A 398.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.11:432,33,0
8360 30521-ref 1067 . T C 374.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=31.22;SB=-0.01;sumGLbyD=33.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:6.49:406,6,0
8361 30521-ref 1147 . A G 510.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:544,42,0
8362 30521-ref 1155 . T C 479.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.92;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:513,39,0
8363 30521-ref 1265 . G T 625.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.27;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:18:54.15:658,54,0
8364 30551-ref 139 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8365 30551-ref 175 . A C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:71,0,30
8366 30551-ref 187 . T A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
8367 30551-ref 260 . A C 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
8368 30551-ref 263 . T G 201.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
8369 30551-ref 356 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8370 30620-ref 90 . T A 195.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
8371 30721-ref 50 . C T 82.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
8372 30721-ref 77 . G A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8373 30739-ref 99 . T C 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
8374 30745-ref 23 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
8375 30745-ref 68 . A T 64.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.40;SB=-0.01;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:96,9,0
8376 30745-ref 75 . A G 91.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=22.92;SB=-0.01;sumGLbyD=31.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:124,12,0
8377 30745-ref 89 . C T 180.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.01;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:213,18,0
8378 30745-ref 144 . T C 232.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:265,21,0
8379 30745-ref 166 . A G 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8380 30745-ref 182 . T C 33.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.07;SB=-0.01;sumGLbyD=21.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:63,0,30
8381 30745-ref 191 . C G 118.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
8382 30745-ref 210 . A G 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
8383 30745-ref 243 . C A 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
8384 30752-ref 12 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8385 30752-ref 182 . G A 123.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
8386 30752-ref 189 . G A 81.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
8387 30891-ref 91 . A C 350.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:384,30,0
8388 30891-ref 151 . G T 325.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
8389 30891-ref 185 . T C 457.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:491,39,0
8390 30891-ref 189 . T G 188.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=14.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:12:99:219,0,164
8391 30891-ref 233 . C T 222.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.78;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:255,21,0
8392 30891-ref 240 . G A 223.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=36.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:256,21,0
8393 30891-ref 262 . T G 64.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=12.92;SB=-0.01;sumGLbyD=18.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.28:95,0,64
8394 30891-ref 276 . G C 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
8395 30891-ref 350 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8396 30891-ref 617 . A T 441.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.12:475,36,0
8397 30891-ref 652 . C A 276.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.78;SB=-0.01;sumGLbyD=21.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:307,0,148
8398 30891-ref 722 . T A 70.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:101,0,100
8399 30891-ref 728 . C T 27.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.49;SB=-0.01;sumGLbyD=11.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:57.46:57,0,100
8400 30891-ref 792 . C T 283.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
8401 30891-ref 807 . A G 366.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=39.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
8402 30891-ref 851 . A C 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
8403 30891-ref 915 . T C 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.81;SB=-0.01;sumGLbyD=28.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:115,9,0
8404 30891-ref 938 . T C 293.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.72;SB=-0.01;sumGLbyD=29.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:40.82:324,0,41
8405 30891-ref 1009 . A G 192.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:225,18,0
8406 30891-ref 1028 . A G 200.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
8407 30891-ref 1224 . C G 268.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:302,24,0
8408 31010-ref 290 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8409 31010-ref 336 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8410 31165-ref 132 . T G 45.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
8411 31248-ref 91 . T G 887.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.58;MQ0=0;QD=36.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.21:920,72,0
8412 31248-ref 171 . T A 592.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=39.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:626,48,0
8413 31248-ref 299 . T A 85.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.37;SB=-0.01;sumGLbyD=39.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
8414 31257-ref 32 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8415 31257-ref 133 . A T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8416 31257-ref 163 . T C 125.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.03:158,15,0
8417 31257-ref 188 . C T 233.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=29.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:266,24,0
8418 31257-ref 207 . A G 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.22;MQ0=0;QD=22.84;SB=-0.01;sumGLbyD=26.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.05:239,21,0
8419 31257-ref 225 . G A 210.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:243,21,0
8420 31257-ref 310 . C T 296.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=32.95;SB=-0.01;sumGLbyD=36.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:330,27,0
8421 31257-ref 347 . C A 180.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.12;SB=-0.01;sumGLbyD=35.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:214,18,0
8422 31405-ref 2 . T G 32.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.77;SB=-0.01;sumGLbyD=20.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:29.55:62,0,30
8423 31405-ref 149 . T C 367.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.60;SB=-0.01;sumGLbyD=33.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:0.01:395,0,0
8424 31405-ref 278 . C G 36.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.18;SB=-0.01;sumGLbyD=22.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.22:67,0,26
8425 31405-ref 301 . G T 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
8426 31405-ref 330 . T A 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
8427 31558-ref 107 . A G 58.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.44;MQ0=0;QD=19.52;SB=-0.01;sumGLbyD=30.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:91,9,0
8428 31558-ref 153 . G T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
8429 31558-ref 553 . C T 194.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=32.47;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
8430 31558-ref 784 . T C 240.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.07:273,21,0
8431 31624-ref 5 . C T 126.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-77.34;sumGLbyD=39.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
8432 31624-ref 132 . G A 271.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.72;MQ0=0;QD=30.18;SB=-0.01;sumGLbyD=33.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:305,27,0
8433 31624-ref 138 . G T 264.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.29;MQ0=0;QD=26.49;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:10:27.06:298,27,0
8434 31624-ref 187 . C T 323.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=29.45;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.06:357,30,0
8435 31624-ref 204 . G A 40.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.53;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:70.46:70,0,441
8436 31624-ref 296 . A G 1249.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:34:99:1283,102,0
8437 31624-ref 299 . T C 1277.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8326;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1311,105,0
8438 31624-ref 332 . G A 570.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.68;MQ0=0;QD=30.05;SB=-0.01;sumGLbyD=31.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.11:604,54,0
8439 31624-ref 387 . C T 254.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:287,24,0
8440 31624-ref 392 . C G 243.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=30.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:277,24,0
8441 31624-ref 402 . A C 144.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=24.05;SB=-0.01;sumGLbyD=29.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:15.04:177,15,0
8442 31675-ref 16 . A C 498.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:532,42,0
8443 31675-ref 79 . G C 3476.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.89;MQ0=0;QD=39.50;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3476,265,0
8444 31675-ref 147 . C G 2645.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3660;MQ=34.76;MQ0=0;QD=35.75;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2678,217,0
8445 31675-ref 163 . C A 2026.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.25;MQ0=0;QD=35.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:56:99:2059,168,0
8446 31675-ref 203 . C T 668.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=31.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.15:702,63,0
8447 31675-ref 207 . G T 260.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.66;SB=-0.01;sumGLbyD=26.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.05:293,30,0
8448 31767-ref 23 . A G 161.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.85;SB=-0.01;sumGLbyD=32.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:194,15,0
8449 31767-ref 53 . A T 185.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:215,0,485
8450 31767-ref 84 . A G 989.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=38.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.25:1022,78,0
8451 31767-ref 173 . C G 786.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.2971;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.57;SB=-0.01;sumGLbyD=25.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,23:32:99:816,0,212
8452 31767-ref 377 . C T 824.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.56;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:23:66.21:857,66,0
8453 31767-ref 455 . A T 1003.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1036,81,0
8454 31767-ref 563 . A G 967.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ=32.58;MQ0=0;QD=33.35;SB=-0.01;sumGLbyD=34.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.23:1000,87,0
8455 31767-ref 570 . G A 743.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.98;SB=-0.01;sumGLbyD=32.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.17:777,69,0
8456 31767-ref 594 . G A 624.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.76;MQ0=0;QD=31.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.14:658,60,0
8457 31767-ref 605 . A T 529.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=29.41;SB=-0.01;sumGLbyD=31.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.12:562,51,0
8458 31767-ref 633 . A G 536.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=35.73;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.14:569,45,0
8459 31767-ref 761 . G A 1236.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1270,99,0
8460 31767-ref 936 . A T 363.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.35;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:397,30,0
8461 31775-ref 268 . G A 1038.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.64;MQ0=0;QD=37.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.26:1072,84,0
8462 31775-ref 341 . G C 467.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:501,39,0
8463 31794-ref 36 . T G 92.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.13;SB=-0.01;sumGLbyD=31.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:125,12,0
8464 31794-ref 79 . G A 179.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=34.60;MQ0=0;QD=13.78;SB=-0.01;sumGLbyD=16.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:99:209,0,164
8465 31794-ref 83 . C A 246.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.06;MQ0=0;QD=15.41;SB=-0.01;sumGLbyD=17.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:14:99:277,0,156
8466 31794-ref 101 . T A 351.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=20.66;SB=-0.01;sumGLbyD=22.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:13:10.26:381,0,10
8467 31794-ref 178 . C A 25.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.16;SB=-0.01;sumGLbyD=6.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:55.24:55,0,209
8468 31794-ref 190 . T C 22.96 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.94:53,0,235
8469 31794-ref 196 . G C 90.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:121,0,196
8470 31794-ref 301 . G A 239.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.87;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.92:269,0,13
8471 31794-ref 363 . A G 259.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=35.63;MQ0=0;QD=17.29;SB=-0.01;sumGLbyD=19.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:14:99:289,0,154
8472 31794-ref 385 . A C 188.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=36.22;MQ0=0;QD=14.53;SB=-0.01;sumGLbyD=16.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:219,0,192
8473 31794-ref 415 . C T 142.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:8:94.51:173,0,95
8474 31838-ref 233 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8475 31840-ref 9 . G T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
8476 31840-ref 33 . G A 261 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.72;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:294,24,0
8477 31840-ref 60 . T C 428.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=32.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:12:36.11:462,36,0
8478 31840-ref 88 . T G 37.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4346;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.20;SB=-0.01;sumGLbyD=3.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:67.42:67,0,494
8479 31840-ref 175 . C T 225.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.04;SB=-0.01;sumGLbyD=7.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:255,0,794
8480 31840-ref 191 . G A 1241.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.48;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:33:99:1275,99,0
8481 31840-ref 349 . C G 315.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:349,27,0
8482 31854-ref 49 . A G 952.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.61;MQ0=0;QD=36.63;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:985,78,0
8483 31854-ref 55 . C T 1583.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.98;SB=-0.01;sumGLbyD=36.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1616,129,0
8484 31854-ref 106 . G A 4680.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2267;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.00;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:124:99:4642,370,0
8485 31854-ref 124 . G T 6723.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=177;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.5500;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.99;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,177:176:99:6723,530,0
8486 31854-ref 349 . G A 4391.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.2203;MQ=36.83;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,116:114:99:4357,309,0
8487 31854-ref 388 . G T 5516.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=9.6111;MQ=36.86;MQ0=0;QD=38.85;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:142:99:5481,424,0
8488 31854-ref 453 . A T 5345.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=35.72;MQ0=0;QD=37.12;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,144:144:99:5345,433,0
8489 31854-ref 472 . G A 5202.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=144;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6035;MQ=34.62;MQ0=0;QD=36.13;SB=-0.01;sumGLbyD=35.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,142:141:99:5172,421,0
8490 31854-ref 501 . A G 5465.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=149;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.4889;MQ=34.56;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:148:99:5464,445,0
8491 31854-ref 524 . A T 4112.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.80;MQ0=0;QD=36.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,112:111:99:4112,334,0
8492 31854-ref 537 . A G 4166.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.2579;MQ=35.33;MQ0=0;QD=37.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,111:111:99:4166,334,0
8493 31854-ref 625 . T C 5492.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5319;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.95;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,141:140:99:5492,421,0
8494 31854-ref 747 . A T 43.53 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
8495 31910-ref 121 . C A 142.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:173,0,129
8496 31910-ref 160 . G A 390.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:423,33,0
8497 31910-ref 204 . T C 549.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:583,45,0
8498 31910-ref 269 . A G 174.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.83;SB=-0.01;sumGLbyD=18.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:204,0,161
8499 31913-ref 36 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8500 31944-ref 133 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8501 32021-ref 186 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8502 32021-ref 200 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8503 32021-ref 206 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8504 32038-ref 83 . G T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
8505 32038-ref 85 . G C 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
8506 32044-ref 108 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8507 32044-ref 126 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8508 32047-ref 196 . A G 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
8509 32047-ref 333 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8510 32047-ref 342 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8511 32086-ref 15 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8512 32086-ref 73 . G T 266.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
8513 32086-ref 240 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8514 32086-ref 455 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8515 32176-ref 90 . A T 1302.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1335,108,0
8516 32176-ref 107 . G A 1650.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=36.68;SB=-0.01;sumGLbyD=37.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1684,135,0
8517 32176-ref 108 . A G 1775.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=35.10;MQ0=0;QD=36.23;SB=-0.01;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1808,147,0
8518 32176-ref 147 . C A 1899.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9778;MQ=34.89;MQ0=0;QD=35.17;SB=-79.33;sumGLbyD=35.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,53:54:99:1932,127,0
8519 32176-ref 183 . C A 1218.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.87;MQ0=0;QD=35.84;SB=-80.02;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1251,102,0
8520 32176-ref 185 . G A 1221.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.87;MQ0=0;QD=35.94;SB=-80.02;sumGLbyD=36.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1255,102,0
8521 32196-ref 208 . T C 659.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=34.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.16:693,54,0
8522 32196-ref 250 . G T 36.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.19;SB=-0.01;sumGLbyD=22.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:67,0,21
8523 32396-ref 84 . T A 1881.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=36.38;MQ0=0;QD=38.39;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1914,147,0
8524 32396-ref 147 . T G 4116.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9241;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,107:109:99:4044,256,0
8525 32396-ref 155 . T G 4472.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.7160;MQ=36.66;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,116:119:99:4352,238,0
8526 32396-ref 236 . T A 2473.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9905;MQ=36.70;MQ0=0;QD=36.38;SB=-0.01;sumGLbyD=36.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,66:68:99:2507,125,0
8527 32396-ref 416 . T C 4733.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=124;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0062;MQ=36.51;MQ0=0;QD=38.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,123:122:99:4733,367,0
8528 32396-ref 486 . T A 3067.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7870;MQ=33.44;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=32.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,90:95:99:3100,128,0
8529 32396-ref 487 . G A 3416.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2562;MQ=33.37;MQ0=0;QD=35.59;SB=-0.01;sumGLbyD=35.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,96:95:99:3416,286,0
8530 32396-ref 521 . T A 2835.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8071;MQ=32.95;MQ0=0;QD=33.76;SB=-0.01;sumGLbyD=34.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:84:99:2869,247,0
8531 32396-ref 537 . C T 1737.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.02;HRun=3;HaplotypeScore=4.7182;MQ=32.51;MQ0=0;QD=28.02;SB=-0.01;sumGLbyD=28.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,56:61:2.64:1766,1,0
8532 32396-ref 585 . C G 118.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=14.79;SB=-0.01;sumGLbyD=18.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91.20:148,0,91
8533 32396-ref 586 . A T 14.37 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=2.87;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.20:44,0,103
8534 32396-ref 600 . C T 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
8535 32396-ref 615 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8536 32396-ref 638 . C T 924.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.30;MQ0=0;QD=31.89;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,27:29:12.01:957,12,0
8537 32396-ref 659 . A G 1678.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.6983;MQ=36.38;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,47:49:67.42:1711,67,0
8538 32396-ref 718 . C G 760.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8661;MQ=32.83;MQ0=0;QD=33.04;SB=-0.01;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.18:793,69,0
8539 32396-ref 734 . G T 283.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=28.77;MQ0=0;QD=25.78;SB=-0.01;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:317,30,0
8540 32396-ref 735 . C T 318.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.77;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:352,33,0
8541 32396-ref 743 . C G 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
8542 32594-ref 9 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8543 32594-ref 13 . A T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8544 32594-ref 60 . C T 303.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.32;MQ0=0;QD=27.57;SB=-0.01;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:336,33,0
8545 32594-ref 74 . T G 303.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.32;MQ0=0;QD=27.57;SB=-0.01;sumGLbyD=30.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.07:336,33,0
8546 32594-ref 90 . A G 294.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=29.44;SB=-0.01;sumGLbyD=32.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:327,30,0
8547 32594-ref 92 . C T 254.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.11;MQ0=0;QD=28.26;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:287,27,0
8548 32594-ref 114 . C T 516.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:549,42,0
8549 32594-ref 166 . T A 643.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:676,51,0
8550 32594-ref 199 . C A 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
8551 32594-ref 239 . C A 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=21.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:119,9,0
8552 32594-ref 254 . A T 722.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6553;MQ=35.98;MQ0=0;QD=36.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:755,60,0
8553 32594-ref 289 . A T 789.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.20:823,66,0
8554 32638-ref 48 . C T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
8555 32638-ref 88 . T C 229.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=32.86;SB=-0.01;sumGLbyD=37.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:263,21,0
8556 32638-ref 97 . A G 151.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=30.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:184,15,0
8557 32638-ref 213 . C A 153.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.67;SB=-0.01;sumGLbyD=37.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:186,15,0
8558 32638-ref 287 . C A 202.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
8559 32638-ref 330 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8560 32638-ref 346 . G C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8561 32725-ref 137 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8562 32725-ref 138 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8563 32725-ref 155 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8564 32725-ref 206 . C T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
8565 32725-ref 232 . A T 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
8566 32725-ref 298 . A T 223.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.80;SB=-0.01;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:8:13.72:253,0,14
8567 32725-ref 330 . C A 352.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:386,30,0
8568 32725-ref 603 . A T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
8569 32725-ref 605 . G T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
8570 32725-ref 659 . G T 100.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=33.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:133,12,0
8571 32807-ref 180 . C T 411.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.69;SB=-0.01;sumGLbyD=15.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:26:99:441,0,390
8572 32807-ref 344 . T C 369.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=19.46;SB=-0.01;sumGLbyD=21.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:400,0,211
8573 32807-ref 438 . G A 314.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.68;SB=-0.01;sumGLbyD=21.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:345,0,136
8574 32807-ref 530 . C A 71.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.99;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.33:102,0,93
8575 32807-ref 553 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8576 32807-ref 574 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8577 32807-ref 664 . T C 199.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8578 32807-ref 732 . A C 138.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=13.85;SB=-0.01;sumGLbyD=16.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:169,0,157
8579 32807-ref 773 . A C 74.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.90;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
8580 32863-ref 148 . C T 94.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9928;MQ=34.93;MQ0=0;QD=18.85;SB=-0.01;sumGLbyD=24.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.76:124,0,23
8581 32863-ref 149 . A G 105.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.33;SB=-0.01;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:138,12,0
8582 32879-ref 76 . A C 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
8583 32910-ref 71 . A C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8584 32910-ref 139 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8585 32910-ref 211 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8586 32910-ref 214 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8587 32910-ref 328 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8588 33001-ref 223 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8589 33001-ref 239 . T C 119.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:152,12,0
8590 33001-ref 255 . C A 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
8591 33001-ref 348 . G A 616.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:650,51,0
8592 33001-ref 477 . G A 164.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.89;SB=-0.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:197,15,0
8593 33030-ref 53 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8594 33039-ref 373 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8595 33260-ref 32 . C A 220.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.87;MQ0=0;QD=24.53;SB=5.70;sumGLbyD=27.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:24.23:251,0,24
8596 33260-ref 81 . G A 258.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4688;MQ=35.98;MQ0=0;QD=25.85;SB=-0.01;sumGLbyD=28.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:10:3.51:288,0,4
8597 33260-ref 118 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8598 33260-ref 177 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8599 33315-ref 66 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8600 33315-ref 462 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8601 33353-ref 189 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8602 33434-ref 12 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8603 33434-ref 14 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8604 33434-ref 60 . G T 1272.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:73.98:1306,74,0
8605 33506-ref 100 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8606 33537-ref 211 . G A 65.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.87;SB=-0.01;sumGLbyD=15.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.51:95,0,94
8607 33537-ref 238 . A T 42.59 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
8608 33537-ref 239 . C G 42.59 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
8609 33537-ref 251 . A T 44.35 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
8610 33537-ref 270 . C G 112.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.56;SB=-0.01;sumGLbyD=28.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:143,0,25
8611 33537-ref 373 . C T 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=35.87;MQ0=0;QD=31.90;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:24.08:320,24,0
8612 33537-ref 413 . T A 73.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0
8613 33537-ref 442 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=19.40;SB=-0.01;sumGLbyD=27.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.03:110,9,0
8614 33537-ref 466 . G T 198.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8615 33537-ref 540 . C G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8616 33605-ref 50 . A G 229.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.49;SB=-0.01;sumGLbyD=15.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:259,0,302
8617 33605-ref 63 . A G 624.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=34.72;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:18:51.16:658,51,0
8618 33605-ref 103 . A G 132.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=36.07;MQ0=0;QD=6.00;SB=-0.01;sumGLbyD=7.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:162,0,517
8619 33605-ref 110 . A T 491.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ=36.19;MQ0=0;QD=19.65;SB=-0.01;sumGLbyD=20.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:24:99:521,0,229
8620 33605-ref 122 . C T 236.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=35.72;MQ0=0;QD=9.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:267,0,488
8621 33605-ref 159 . A G 495.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9946;MQ=35.28;MQ0=0;QD=16.52;SB=-0.01;sumGLbyD=17.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:526,0,423
8622 33605-ref 182 . C A 274.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8600;MQ=34.75;MQ0=0;QD=11.94;SB=-0.01;sumGLbyD=13.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:305,0,399
8623 33605-ref 203 . T C 180.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7206;MQ=35.87;MQ0=0;QD=10.02;SB=-0.01;sumGLbyD=11.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:17:99:210,0,335
8624 33605-ref 248 . T C 365.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9985;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.52;SB=-0.01;sumGLbyD=23.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:396,0,147
8625 33605-ref 464 . C T 165.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.84;SB=-0.01;sumGLbyD=13.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:196,0,273
8626 33605-ref 481 . C T 227.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.98;SB=-0.01;sumGLbyD=13.56 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:258,0,357
8627 33605-ref 586 . A G 892.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:46.67:925,47,0
8628 33605-ref 674 . A G 479.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5667;MQ=36.67;MQ0=0;QD=15.48;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:30:99:510,0,462
8629 33605-ref 710 . A T 762.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.14;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.20:796,60,0
8630 33605-ref 722 . T C 152.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.05;SB=-0.01;sumGLbyD=9.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:183,0,461
8631 33605-ref 773 . T C 72.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.63;MQ0=0;QD=4.82;SB=-0.01;sumGLbyD=6.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:102,0,357
8632 33605-ref 779 . T C 471.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9654;MQ=35.63;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.10:505,42,0
8633 33605-ref 834 . G C 237.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9056;MQ=35.28;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=22.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:268,0,109
8634 33605-ref 860 . C T 160.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9968;MQ=35.98;MQ0=0;QD=16.01;SB=-0.01;sumGLbyD=19.01 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:190,0,128
8635 33605-ref 1166 . A C 131.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.92;SB=-0.01;sumGLbyD=13.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:161,0,234
8636 33605-ref 1210 . T C 200.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.45;SB=-0.01;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:231,0,201
8637 33605-ref 1250 . T A 93.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:124,0,245
8638 33605-ref 1406 . A G 98.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.52:129,0,98
8639 33605-ref 1416 . G A 95.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.95;SB=-0.01;sumGLbyD=15.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:126,0,136
8640 33605-ref 1487 . C G 201.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:235,18,0
8641 33654-ref 38 . G A 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
8642 33654-ref 128 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8643 33655-ref 230 . A G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8644 33655-ref 343 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8645 33655-ref 364 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8646 33655-ref 391 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8647 33730-ref 35 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8648 33730-ref 42 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8649 33730-ref 196 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8650 33904-ref 84 . C A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
8651 33904-ref 139 . A G 103.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8666;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.46;SB=-0.01;sumGLbyD=14.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:9:99:133,0,136
8652 33904-ref 216 . G C 282.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=39.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:315,24,0
8653 33904-ref 408 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8654 33904-ref 467 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8655 33904-ref 468 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8656 33979-ref 264 . T A 352.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:386,30,0
8657 33979-ref 360 . C G 119.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:152,12,0
8658 34100-ref 100 . G A 438.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:472,36,0
8659 34100-ref 139 . A T 27.15 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.60;SB=-0.01;sumGLbyD=3.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,3:17:57.14:57,0,505
8660 34100-ref 158 . A G 834.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:868,66,0
8661 34100-ref 206 . A G 812.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=36.91;SB=-0.01;sumGLbyD=38.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:845,66,0
8662 34100-ref 239 . C A 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
8663 34100-ref 243 . T A 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
8664 34139-ref 70 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8665 34139-ref 128 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8666 34139-ref 158 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8667 34208-ref 177 . A T 131.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=26.34;SB=-0.01;sumGLbyD=32.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:164,15,0
8668 34208-ref 178 . C G 134.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=26.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:167,15,0
8669 34208-ref 190 . T C 83.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=16.77;SB=-0.01;sumGLbyD=22.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:114,0,25
8670 34208-ref 211 . C T 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
8671 34208-ref 251 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8672 34208-ref 417 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
8673 34208-ref 442 . T G 30.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=10.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:61,0,31
8674 34208-ref 512 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8675 34208-ref 528 . C T 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:71,0,30
8676 34208-ref 537 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8677 34208-ref 582 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8678 34235-ref 96 . G C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8679 34235-ref 135 . G A 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
8680 34271-ref 144 . A T 30.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.03;SB=-0.01;sumGLbyD=10.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:60.19:60,0,66
8681 34271-ref 186 . T A 22.26 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.47;SB=-0.01;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.23:52,0,252
8682 34341-ref 80 . T C 69.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.86;SB=-0.01;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.10:99,0,57
8683 34350-ref 33 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8684 34350-ref 118 . T A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
8685 34350-ref 132 . T A 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
8686 34350-ref 225 . G A 139.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.19;SB=-0.01;sumGLbyD=28.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.02:172,15,0
8687 34350-ref 271 . G C 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
8688 34350-ref 281 . A G 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
8689 34350-ref 284 . C T 212.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.52;SB=-37.77;sumGLbyD=30.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:245,24,0
8690 34350-ref 288 . A C 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-39.98;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
8691 34350-ref 354 . T G 316.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=38.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:349,27,0
8692 34350-ref 452 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8693 34350-ref 455 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8694 34368-ref 148 . T G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
8695 34368-ref 234 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8696 34452-ref 22 . A T 81.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0
8697 34452-ref 75 . A T 70.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.36;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
8698 34452-ref 232 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8699 34452-ref 233 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8700 34461-ref 27 . T C 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:230,18,0
8701 34461-ref 54 . C T 233 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=38.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
8702 34461-ref 72 . G A 274.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:308,24,0
8703 34461-ref 207 . C A 122.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
8704 34469-ref 75 . C A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8705 34469-ref 164 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
8706 34469-ref 197 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8707 34494-ref 84 . G A 124.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.93;SB=-0.01;sumGLbyD=31.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:157,12,0
8708 34494-ref 339 . G C 122.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.57;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:155,12,0
8709 34516-ref 191 . G A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8710 34527-ref 37 . A C 114.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
8711 34527-ref 65 . T A 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
8712 34527-ref 82 . T C 114.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:147,12,0
8713 34538-ref 82 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8714 34553-ref 45 . A C 233.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:266,21,0
8715 34553-ref 67 . T C 287.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:320,24,0
8716 34553-ref 124 . C G 237.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
8717 34655-ref 84 . A T 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8718 34698-ref 426 . G C 23.09 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=11.55;SB=-0.01;sumGLbyD=27.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:54,6,0
8719 34698-ref 436 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8720 34698-ref 547 . C T 71.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.81;SB=-0.01;sumGLbyD=34.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
8721 34698-ref 589 . C T 50.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=10.10;SB=-0.01;sumGLbyD=16.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.54:80,0,64
8722 34698-ref 595 . A G 146.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=35.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
8723 34736-ref 23 . T C 25.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:55.46:55,0,103
8724 34736-ref 30 . T C 198.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8725 34736-ref 80 . T G 470.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:503,39,0
8726 34736-ref 137 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8727 34736-ref 160 . G C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8728 34736-ref 207 . A G 265.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.12;MQ0=0;QD=24.16;SB=-0.01;sumGLbyD=26.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:46.92:296,0,47
8729 34736-ref 218 . T C 340.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:374,30,0
8730 34736-ref 229 . G A 11.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.42;MQ0=0;QD=0.87;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.91:41,0,360
8731 34736-ref 232 . G A 336.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.42;MQ0=0;QD=25.89;SB=-0.01;sumGLbyD=28.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:40.89:367,0,41
8732 34736-ref 339 . A C 204.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.57;SB=-0.01;sumGLbyD=16.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:234,0,217
8733 34736-ref 658 . T C 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
8734 34736-ref 708 . C A 28.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.14;SB=-0.01;sumGLbyD=8.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:58.94:59,0,179
8735 34857-ref 97 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8736 34857-ref 254 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8737 34857-ref 273 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8738 34900-ref 322 . C T 350.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:384,30,0
8739 34900-ref 352 . A T 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-40.00;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
8740 34900-ref 373 . C T 632.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.20;SB=-40.01;sumGLbyD=39.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:665,51,0
8741 34900-ref 436 . C T 736.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:769,60,0
8742 34900-ref 484 . G A 832.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.66;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.21:865,69,0
8743 34900-ref 526 . A G 727.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9989;MQ=36.52;MQ0=0;QD=34.63;SB=-36.98;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:33.58:760,34,0
8744 34900-ref 530 . G A 19.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.21;MQ0=0;QD=0.84;SB=3.00;sumGLbyD=2.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,4:23:49.28:49,0,671
8745 34900-ref 531 . C T 22.33 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=35.12;MQ0=0;QD=1.01;SB=3.00;sumGLbyD=2.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,4:22:52.29:52,0,639
8746 34900-ref 564 . A C 504.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8664;MQ=35.38;MQ0=0;QD=13.28;SB=3.00;sumGLbyD=14.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:535,0,668
8747 34900-ref 578 . G C 1125.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=34.73;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=36.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:32:93.27:1159,93,0
8748 34900-ref 610 . C G 187.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9284;MQ=34.93;MQ0=0;QD=9.39;SB=-0.01;sumGLbyD=10.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:19:99:218,0,381
8749 34900-ref 616 . G C 97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.9952;MQ=34.69;MQ0=0;QD=5.39;SB=-0.01;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:127,0,394
8750 34900-ref 620 . G C 161.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=26.96;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:195,18,0
8751 34900-ref 633 . G A 100.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.17;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:133,12,0
8752 34900-ref 652 . A T 65.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.67;SB=-0.01;sumGLbyD=32.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:97,9,0
8753 35043-ref 13 . C G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
8754 35043-ref 38 . G A 371.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.94;SB=-0.01;sumGLbyD=33.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:404,33,0
8755 35043-ref 199 . C T 623.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.71;SB=-0.01;sumGLbyD=31.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,19:21:13.12:654,0,13
8756 35043-ref 202 . C T 794.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:827,63,0
8757 35043-ref 316 . T A 275.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=32.22;MQ0=0;QD=30.65;SB=-0.01;sumGLbyD=34.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:309,27,0
8758 35043-ref 318 . A G 96.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.06;SB=-0.01;sumGLbyD=15.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:85.60:127,0,86
8759 35043-ref 325 . A C 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
8760 35043-ref 334 . A C 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,58
8761 35043-ref 353 . T C 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
8762 35043-ref 367 . A G 233.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.05:267,27,0
8763 35043-ref 384 . A G 388.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=29.91;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:422,39,0
8764 35043-ref 394 . A T 433.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.84;MQ0=0;QD=30.97;SB=-0.01;sumGLbyD=33.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:467,42,0
8765 35043-ref 420 . A G 568.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.60;MQ0=0;QD=25.86;SB=-0.01;sumGLbyD=27.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:22:93.83:599,0,94
8766 35043-ref 433 . G A 45.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.27;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=2.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:28:75.76:76,0,825
8767 35043-ref 463 . T C 989.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1022,81,0
8768 35043-ref 690 . G A 1436.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.73;MQ0=0;QD=37.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:38:99:1469,114,0
8769 35043-ref 705 . A T 119.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.66;MQ0=0;QD=4.00;SB=-0.01;sumGLbyD=5.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:29:99:150,0,821
8770 35043-ref 710 . G A 1082.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.5661;MQ=36.65;MQ0=0;QD=37.32;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1115,87,0
8771 35051-ref 21 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8772 35051-ref 128 . T C 12.74 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.16;SB=-0.01;sumGLbyD=3.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:42.49:42,0,307
8773 35051-ref 139 . C A 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
8774 35153-ref 108 . A G 89.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9748;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.95;SB=-0.01;sumGLbyD=11.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:120,0,210
8775 35153-ref 295 . G A 815.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7756;MQ=36.65;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=29.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,25:26:1.77:845,3,0
8776 35153-ref 362 . T C 1562.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.76;MQ0=0;QD=37.20;SB=-0.01;sumGLbyD=37.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1595,123,0
8777 35153-ref 414 . A G 564.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:598,48,0
8778 35153-ref 419 . C T 46.88 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=4.69;SB=-0.01;sumGLbyD=7.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:9:76.87:77,0,211
8779 35153-ref 435 . G C 70.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=23.55;SB=-0.01;sumGLbyD=34.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:103,9,0
8780 35447-ref 6 . A C 104.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=26.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:137,12,0
8781 35447-ref 24 . G A 468.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:501,39,0
8782 35447-ref 50 . T G 1380.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9612;MQ=34.67;MQ0=0;QD=28.17;SB=-0.01;sumGLbyD=28.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,41:49:89.56:1410,0,90
8783 35447-ref 58 . G C 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6077;MQ=34.89;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=1.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,8:52:80.51:81,0,1563
8784 35447-ref 68 . C T 59.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5347;MQ=34.53;MQ0=0;QD=1.00;SB=-0.01;sumGLbyD=1.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,9:59:89.08:89,0,1764
8785 35447-ref 83 . G T 114.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9662;MQ=34.49;MQ0=0;QD=2.11;SB=-0.01;sumGLbyD=2.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,10:54:99:144,0,1516
8786 35447-ref 100 . T C 1759.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.29;MQ0=0;QD=35.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:50:99:1792,150,0
8787 35447-ref 158 . A T 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
8788 35690-ref 426 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8789 35690-ref 734 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8790 35701-ref 21 . A G 84.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.11;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
8791 35701-ref 54 . T C 199.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8792 35702-ref 61 . G A 345.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.57;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:379,30,0
8793 35887-ref 70 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8794 35887-ref 126 . A T 622.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:656,51,0
8795 35887-ref 183 . T C 508.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:542,42,0
8796 35887-ref 349 . T C 232.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:265,21,0
8797 35887-ref 426 . C T 432.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.03;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:465,36,0
8798 35887-ref 575 . G A 399.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:433,33,0
8799 35887-ref 605 . C T 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.40;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
8800 35887-ref 653 . T G 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
8801 35887-ref 699 . T C 10.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.94;SB=-0.01;sumGLbyD=3.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,2:11:39.96:40,0,302
8802 35887-ref 711 . C T 360.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=30.06;SB=-0.01;sumGLbyD=32.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:390,0,4
8803 35887-ref 717 . G A 322.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.07;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=32.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:6.90:352,0,7
8804 35887-ref 750 . G C 497.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:530,42,0
8805 35887-ref 864 . T C 401.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.54;SB=-0.01;sumGLbyD=39.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:435,33,0
8806 35887-ref 924 . A T 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
8807 35929-ref 163 . T C 420.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.07;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:454,36,0
8808 35965-ref 31 . G T 35.76 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.92;SB=-0.01;sumGLbyD=21.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.22:66,0,26
8809 35965-ref 40 . C G 104.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.93;MQ0=0;QD=20.92;SB=-0.01;sumGLbyD=26.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:135,0,25
8810 35965-ref 196 . A C 394.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4076;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:427,33,0
8811 35965-ref 260 . A G 451.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=33.22;MQ0=0;QD=32.24;SB=-0.01;sumGLbyD=34.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:484,42,0
8812 35965-ref 295 . A G 306.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.62;SB=-0.01;sumGLbyD=33.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:339,30,0
8813 35965-ref 296 . A G 307.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:340,30,0
8814 36057-ref 82 . T A 502.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=31.40;SB=-0.01;sumGLbyD=33.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:14:42.13:535,42,0
8815 36057-ref 115 . C T 418.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.84;SB=-0.01;sumGLbyD=37.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:451,36,0
8816 36057-ref 147 . G A 419.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.95;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:452,36,0
8817 36057-ref 216 . A G 93.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=11.73;SB=-0.01;sumGLbyD=15.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:7:61.59:124,0,62
8818 36131-ref 154 . A G 149.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.81;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0
8819 36131-ref 290 . A T 84.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.09;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:116,9,0
8820 36131-ref 376 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8821 36210-ref 102 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-39.55;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8822 36210-ref 124 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8823 36210-ref 126 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-38.76;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8824 36247-ref 30 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8825 36294-ref 51 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8826 36316-ref 127 . G A 37.41 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.71;SB=-0.01;sumGLbyD=34.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:69,6,0
8827 36316-ref 293 . T G 123.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
8828 36316-ref 330 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8829 36316-ref 526 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8830 36316-ref 544 . A C 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
8831 36413-ref 103 . A G 80.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0
8832 36536-ref 183 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8833 36536-ref 225 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8834 36536-ref 232 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8835 36536-ref 271 . T A 157.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
8836 36536-ref 307 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8837 36536-ref 335 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8838 36607-ref 178 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8839 36607-ref 208 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8840 36607-ref 219 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8841 36607-ref 220 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8842 36680-ref 138 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8843 36680-ref 292 . G T 107.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.89;SB=-0.01;sumGLbyD=35.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:140,12,0
8844 36785-ref 108 . G C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8845 36785-ref 119 . C T 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
8846 36810-ref 22 . A G 199.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.23;SB=-0.01;sumGLbyD=38.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
8847 36810-ref 76 . T C 541.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.26;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=33.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.13:575,48,0
8848 36810-ref 90 . A G 561.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.60;MQ0=0;QD=33.05;SB=-0.01;sumGLbyD=34.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.14:595,51,0
8849 36810-ref 124 . T C 393.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.22;MQ0=0;QD=30.28;SB=-0.01;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.09:427,39,0
8850 36810-ref 136 . A G 473.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=31.58;SB=-0.01;sumGLbyD=33.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:507,45,0
8851 36810-ref 175 . A G 213.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=14.25;SB=-0.01;sumGLbyD=16.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:244,0,233
8852 36810-ref 176 . G T 526.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=35.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:559,45,0
8853 36810-ref 283 . G T 416.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.83;SB=-0.01;sumGLbyD=21.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:446,0,253
8854 36810-ref 292 . A C 155.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.13;SB=-0.01;sumGLbyD=10.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:185,0,389
8855 36810-ref 294 . G A 606.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.90;SB=-0.01;sumGLbyD=39.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:639,48,0
8856 36810-ref 316 . T G 182.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.33;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:90.81:213,0,91
8857 36810-ref 331 . C T 31.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.95;SB=-0.01;sumGLbyD=15.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:61.79:62,0,67
8858 36908-ref 52 . A G 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
8859 36908-ref 68 . A T 519.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:552,45,0
8860 36908-ref 90 . T C 475.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=33.96;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.12:508,42,0
8861 36908-ref 108 . C T 439.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:473,39,0
8862 36908-ref 270 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8863 36908-ref 285 . C G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8864 36908-ref 311 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8865 36908-ref 325 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8866 36908-ref 370 . C T 155.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
8867 36908-ref 435 . C G 186.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
8868 36908-ref 452 . T C 165.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.18;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
8869 36908-ref 454 . A G 158.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.70;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:191,15,0
8870 36928-ref 80 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8871 36928-ref 96 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8872 36928-ref 359 . C T 121.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.47;SB=-0.01;sumGLbyD=38.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
8873 36928-ref 547 . G A 155.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.18;SB=-0.01;sumGLbyD=37.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:189,15,0
8874 36928-ref 745 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8875 36928-ref 835 . G T 154.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.82;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0
8876 36928-ref 951 . C G 103.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.73;SB=-0.01;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:134,0,25
8877 36928-ref 1002 . A C 365.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.56;SB=-0.01;sumGLbyD=39.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:399,30,0
8878 36928-ref 1091 . T C 317.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:351,27,0
8879 36928-ref 1107 . T C 197.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.24;SB=-0.01;sumGLbyD=32.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:231,18,0
8880 36928-ref 1229 . C G 150.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.09;SB=-0.01;sumGLbyD=30.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:181,0,22
8881 36928-ref 1252 . T C 163.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
8882 37006-ref 69 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8883 37006-ref 91 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8884 37006-ref 109 . A G 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ=25.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,47
8885 37006-ref 132 . G T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.21;SB=-0.01;sumGLbyD=22.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8886 37006-ref 163 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8887 37063-ref 12 . A G 189.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:222,18,0
8888 37063-ref 33 . G A 2372.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6553;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.66;SB=-0.01;sumGLbyD=38.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2405,187,0
8889 37063-ref 120 . A T 64.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.40;SB=-0.01;sumGLbyD=32.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:96,9,0
8890 37063-ref 121 . G T 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
8891 37063-ref 122 . A T 62.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=20.82;SB=-0.01;sumGLbyD=31.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:94,9,0
8892 37099-ref 27 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8893 37099-ref 40 . T C 33.91 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.30;SB=-0.01;sumGLbyD=21.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:64,0,31
8894 37099-ref 61 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8895 37099-ref 136 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8896 37099-ref 140 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8897 37220-ref 278 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8898 37273-ref 93 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8899 37273-ref 136 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8900 37273-ref 181 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8901 37273-ref 182 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8902 37273-ref 196 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8903 37273-ref 240 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8904 37413-ref 55 . T C 725.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.20;SB=-80.02;sumGLbyD=39.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.19:759,57,0
8905 37454-ref 129 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8906 37454-ref 130 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8907 37454-ref 164 . C A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=10.77;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,47
8908 37454-ref 180 . A G 73.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.61;MQ0=0;QD=14.72;SB=-45.59;sumGLbyD=20.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:12.64:103,0,13
8909 37454-ref 192 . G A 14.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.61;MQ0=0;QD=2.88;SB=6.03;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.22:44,0,72
8910 37454-ref 193 . A G 14.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.61;MQ0=0;QD=2.88;SB=6.03;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.22:44,0,72
8911 37454-ref 194 . A C 14.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.61;MQ0=0;QD=2.88;SB=6.03;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.22:44,0,72
8912 37462-ref 66 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
8913 37462-ref 68 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0
8914 37462-ref 103 . G A 433.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.91;MQ0=0;QD=33.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.11:466,39,0
8915 37462-ref 135 . G C 675.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ=32.11;MQ0=0;QD=30.72;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:36.55:709,37,0
8916 37462-ref 141 . A G 605.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=32.41;MQ0=0;QD=28.84;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:20:30.53:639,31,0
8917 37462-ref 185 . C T 457.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=32.66;SB=-40.01;sumGLbyD=35.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:490,42,0
8918 37462-ref 195 . C A 245.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=30.69;SB=-39.98;sumGLbyD=34.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:279,24,0
8919 37462-ref 199 . T C 156.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.24;SB=-39.76;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
8920 37462-ref 404 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8921 37462-ref 417 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-28.84;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
8922 37462-ref 440 . T G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-29.17;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
8923 37462-ref 464 . T C 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-29.17;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
8924 37506-ref 50 . G T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8925 37506-ref 152 . G A 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:130,0,196
8926 37506-ref 272 . G A 1254.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=36.69;MQ0=0;QD=38.01;SB=-0.01;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1287,99,0
8927 37506-ref 357 . T C 678.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9952;MQ=36.39;MQ0=0;QD=13.58;SB=-0.01;sumGLbyD=14.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:49:99:709,0,881
8928 37506-ref 390 . G C 234.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4665;MQ=36.20;MQ0=0;QD=6.18;SB=-0.01;sumGLbyD=6.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,10:38:99:265,0,963
8929 37506-ref 410 . C T 1006.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=35.63;MQ0=0;QD=33.54;SB=-0.01;sumGLbyD=34.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:29:57.65:1039,58,0
8930 37506-ref 416 . A G 1258.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.9991;MQ=35.23;MQ0=0;QD=35.94;SB=-29.63;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1291,105,0
8931 37506-ref 430 . C T 1198.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.83;MQ0=0;QD=34.23;SB=-29.63;sumGLbyD=35.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:33:99:1231,99,0
8932 37506-ref 462 . C T 644.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2574;MQ=35.94;MQ0=0;QD=13.42;SB=-0.01;sumGLbyD=14.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:46:99:674,0,790
8933 37506-ref 492 . T C 704.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.57;MQ0=0;QD=14.99;SB=-0.01;sumGLbyD=15.63 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:734,0,743
8934 37506-ref 503 . A G 1534.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.51;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=38.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1567,123,0
8935 37506-ref 683 . A G 1147.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9980;MQ=36.68;MQ0=0;QD=35.87;SB=29.62;sumGLbyD=36.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:66.68:1181,67,0
8936 37506-ref 794 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8937 37506-ref 1096 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8938 37506-ref 1141 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8939 37506-ref 1209 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8940 37506-ref 1273 . G A 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
8941 37523-ref 86 . C A 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
8942 37523-ref 94 . T C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
8943 37550-ref 14 . C G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8944 37550-ref 18 . A G 204.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0
8945 37550-ref 55 . C T 942.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.60;MQ0=0;QD=37.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.24:975,75,0
8946 37550-ref 106 . C T 790.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9979;MQ=33.02;MQ0=0;QD=32.92;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:24:69.19:823,69,0
8947 37550-ref 119 . A T 480.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.18;MQ0=0;QD=32.07;SB=-0.01;sumGLbyD=34.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:514,45,0
8948 37550-ref 126 . T C 364 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=30.33;SB=-0.01;sumGLbyD=33.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:397,36,0
8949 37550-ref 152 . C G 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=29.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:148,15,0
8950 37565-ref 96 . G A 1990.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.30;MQ0=0;QD=34.32;SB=-0.01;sumGLbyD=34.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:57:99:2023,136,0
8951 37565-ref 125 . T C 83.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.02;HRun=1;HaplotypeScore=13.6698;MQ=35.59;MQ0=0;QD=1.63;SB=-0.01;sumGLbyD=2.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,7:50:99:113,0,1487
8952 37565-ref 144 . G T 1617.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8665;MQ=35.67;MQ0=0;QD=29.95;SB=-0.01;sumGLbyD=30.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,48:54:72.79:1647,0,73
8953 37565-ref 309 . T C 22.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.93:53,0,240
8954 37568-ref 162 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8955 37662-ref 124 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
8956 37662-ref 271 . T C 109.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.87;SB=-0.01;sumGLbyD=27.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:139,0,25
8957 37663-ref 15 . A G 950.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.82;MQ0=0;QD=36.54;SB=-462.82;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:983,78,0
8958 37663-ref 19 . T C 600.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.83;MQ0=0;QD=17.17;SB=-270.51;sumGLbyD=18.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:34:99:631,0,420
8959 37663-ref 47 . A G 775.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=36.07;MQ0=0;QD=14.10;SB=-113.53;sumGLbyD=14.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:54:99:805,0,943
8960 37663-ref 64 . C T 2696.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.20;MQ0=0;QD=35.48;SB=-468.31;sumGLbyD=35.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,74:75:99:2729,146,0
8961 37663-ref 104 . A T 2685.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3639;MQ=36.74;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2718,109,0
8962 37663-ref 187 . A T 4915.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=129;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.8644;MQ=36.92;MQ0=0;QD=38.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,128:127:99:4878,379,0
8963 37663-ref 322 . G A 2199.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9311;MQ=36.84;MQ0=0;QD=34.37;SB=-80.02;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,62:61:99:2232,104,0
8964 37691-ref 162 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8965 37691-ref 175 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8966 37691-ref 193 . G T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8967 37691-ref 264 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8968 37691-ref 266 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8969 37730-ref 32 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8970 37730-ref 116 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8971 37730-ref 128 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8972 37761-ref 240 . T C 32.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.37;SB=-0.01;sumGLbyD=32.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:64,6,0
8973 37761-ref 277 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8974 37761-ref 282 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8975 37804-ref 13 . A T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
8976 37804-ref 154 . A G 414.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:447,36,0
8977 37804-ref 156 . A G 141.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=34.39;MQ0=0;QD=11.82;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:172,0,204
8978 37804-ref 177 . G A 215.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=30.75;SB=-0.01;sumGLbyD=35.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:248,21,0
8979 37804-ref 205 . A G 263.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.06:296,30,0
8980 37804-ref 214 . G T 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
8981 37804-ref 227 . A G 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
8982 37804-ref 233 . C T 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
8983 38010-ref 55 . A T 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
8984 38010-ref 224 . G A 74.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.53:105,0,64
8985 38010-ref 248 . T C 501.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.79;SB=-0.01;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:534,42,0
8986 38010-ref 331 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
8987 38010-ref 421 . G A 190.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
8988 38010-ref 697 . G A 135.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.52;SB=-0.01;sumGLbyD=16.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,167
8989 38010-ref 701 . T C 364.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
8990 38010-ref 772 . T C 389.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:423,33,0
8991 38010-ref 780 . A G 16.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.8645;MQ=35.72;MQ0=0;QD=2.07;SB=-0.01;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:46.44:46,0,194
8992 38010-ref 790 . A T 24.22 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.53;MQ0=0;QD=3.46;SB=-0.01;sumGLbyD=7.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,2:7:54.20:54,0,164
8993 38010-ref 808 . A C 10.73 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=1.19;SB=-0.01;sumGLbyD=4.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:40.34:40,0,235
8994 38010-ref 872 . G C 239.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:272,21,0
8995 38255-ref 56 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
8996 38301-ref 50 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8997 38301-ref 88 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8998 38301-ref 97 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
8999 38348-ref 85 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9000 38348-ref 109 . G T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9001 38376-ref 16 . T C 196.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.14;SB=-0.01;sumGLbyD=32.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:230,18,0
9002 38376-ref 86 . G C 1243.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.69;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1277,99,0
9003 38376-ref 87 . C T 1240.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.69;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1274,99,0
9004 38376-ref 136 . A G 1124.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.35;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:30:90.26:1158,90,0
9005 38376-ref 174 . C T 1127.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.59;SB=-0.01;sumGLbyD=38.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1161,90,0
9006 38376-ref 176 . T G 1123.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.98;MQ0=0;QD=37.46;SB=-0.01;sumGLbyD=38.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.28:1157,90,0
9007 38376-ref 250 . A G 1544.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.60;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1577,120,0
9008 38376-ref 274 . C A 1523.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4681;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1556,120,0
9009 38376-ref 323 . T A 711.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.42;SB=-0.01;sumGLbyD=39.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:744,57,0
9010 38376-ref 362 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9011 38376-ref 369 . G A 161.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.40;SB=-35.89;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
9012 38376-ref 371 . C T 161.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-39.76;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:194,15,0
9013 38376-ref 421 . G A 445.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.14;SB=-40.01;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:479,36,0
9014 38376-ref 443 . A T 326.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:359,27,0
9015 38376-ref 474 . T C 358.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-39.31;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:392,30,0
9016 38376-ref 480 . T A 356.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.69;SB=-40.00;sumGLbyD=38.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:390,30,0
9017 38376-ref 530 . C T 598.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.40;SB=-40.01;sumGLbyD=39.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:631,48,0
9018 38376-ref 618 . A T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
9019 38450-ref 113 . G A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
9020 38450-ref 114 . C T 118.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:151,12,0
9021 38450-ref 139 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9022 38450-ref 199 . C T 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:160,12,0
9023 38450-ref 202 . T C 120.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:153,12,0
9024 38450-ref 227 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9025 38450-ref 276 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9026 38450-ref 287 . T A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:120,9,0
9027 38450-ref 361 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9028 38531-ref 34 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9029 38531-ref 99 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9030 38614-ref 20 . A T 268.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=33.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:301,24,0
9031 38614-ref 74 . T G 810.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:843,66,0
9032 38614-ref 113 . A T 739.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:772,60,0
9033 38614-ref 187 . T G 603.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.72;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:636,48,0
9034 38614-ref 227 . C T 677.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.15:710,57,0
9035 38614-ref 278 . T C 820.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:853,66,0
9036 38614-ref 362 . C T 278.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:312,24,0
9037 38614-ref 404 . G A 404.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.75;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:437,33,0
9038 38614-ref 476 . G A 315.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:349,27,0
9039 38614-ref 524 . G A 165.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:198,15,0
9040 38614-ref 581 . A G 622.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=36.60;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:655,51,0
9041 38641-ref 93 . G A 641.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.16:674,54,0
9042 38641-ref 108 . G T 290.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.29;SB=-0.01;sumGLbyD=35.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:324,27,0
9043 38641-ref 118 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9044 38641-ref 123 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9045 38645-ref 12 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9046 38754-ref 19 . A G 184.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=14.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:215,0,269
9047 38754-ref 23 . T C 741.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=37.05;SB=-0.01;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.19:774,60,0
9048 38754-ref 70 . A G 2626.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.56;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=38.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:68:99:2659,205,0
9049 38754-ref 94 . G A 2372.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6289;MQ=36.71;MQ0=0;QD=33.89;SB=-0.01;sumGLbyD=34.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,68:65:99:2405,157,0
9050 38830-ref 49 . T A 926.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.65;MQ0=0;QD=34.31;SB=-0.01;sumGLbyD=35.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.22:959,81,0
9051 38830-ref 51 . G T 922.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.65;MQ0=0;QD=34.16;SB=-0.01;sumGLbyD=35.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.22:955,81,0
9052 38830-ref 86 . C G 946.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.97;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=33.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:28:84.20:979,84,0
9053 38830-ref 101 . G C 869.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.07;MQ0=0;QD=32.20;SB=-0.01;sumGLbyD=33.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:26:78.19:902,78,0
9054 38830-ref 255 . C A 1420.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1454,117,0
9055 38830-ref 270 . C A 1291.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.38;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:74.33:1324,74,0
9056 38830-ref 271 . T C 1259.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.03;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.33;MQ0=0;QD=34.03;SB=-0.01;sumGLbyD=34.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1292,105,0
9057 38830-ref 341 . A T 1568.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1601,126,0
9058 38830-ref 410 . C T 2041.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=36.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:54:99:2075,163,0
9059 38830-ref 411 . A C 2080.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.26;MQ0=0;QD=37.82;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2113,166,0
9060 38830-ref 460 . C T 2209.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=60;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.9629;MQ=36.15;MQ0=0;QD=36.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,60:59:99:2243,178,0
9061 38830-ref 505 . G A 1904.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.35;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1938,150,0
9062 38830-ref 566 . G A 1013.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.63;MQ0=0;QD=37.55;SB=-0.01;sumGLbyD=38.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.25:1047,81,0
9063 38830-ref 569 . T C 1113.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.00;MQ0=0;QD=35.92;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.26:1146,93,0
9064 38830-ref 601 . T C 1122.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=34.31;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=37.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:31:93.27:1156,93,0
9065 38830-ref 612 . G T 1045.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.49;MQ0=0;QD=36.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.25:1079,87,0
9066 38830-ref 616 . C T 1263.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1297,105,0
9067 38830-ref 690 . C T 2143.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6635;MQ=36.49;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,57:58:99:2177,172,0
9068 38830-ref 695 . G C 2124.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9961;MQ=36.46;MQ0=0;QD=37.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2158,169,0
9069 38830-ref 811 . T C 2481.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.49;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=36.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:67:99:2515,202,0
9070 38830-ref 830 . G A 2812.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.16;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=35.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:79:99:2845,238,0
9071 38830-ref 847 . G C 2866.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=32.27;MQ0=0;QD=34.12;SB=-0.01;sumGLbyD=34.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:82:99:2899,247,0
9072 38830-ref 874 . T C 2375.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.17;MQ0=0;QD=32.54;SB=-77.16;sumGLbyD=32.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:72:99:2409,217,0
9073 38830-ref 889 . C G 2621.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.26;MQ0=0;QD=34.05;SB=-77.16;sumGLbyD=34.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2655,232,0
9074 38830-ref 907 . T C 2802.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8316;MQ=34.68;MQ0=0;QD=36.88;SB=-80.02;sumGLbyD=37.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,76:76:99:2836,229,0
9075 38830-ref 964 . G A 2096.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.09;MQ0=0;QD=37.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2129,169,0
9076 38830-ref 985 . A T 2081.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=61;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.67;MQ0=0;QD=34.13;SB=-0.01;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2115,183,0
9077 38830-ref 1003 . C T 1703.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=30.98;SB=-0.01;sumGLbyD=31.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:53:99:1737,159,0
9078 38830-ref 1026 . C T 806.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.53;MQ0=0;QD=28.81;SB=-0.01;sumGLbyD=29.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.16:840,84,0
9079 38830-ref 1027 . C T 803.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.53;MQ0=0;QD=28.71;SB=-0.01;sumGLbyD=29.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.16:837,84,0
9080 38974-ref 93 . A G 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9081 39077-ref 89 . T C 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
9082 39077-ref 121 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9083 39077-ref 143 . A G 165.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:198,15,0
9084 39077-ref 170 . A G 25.02 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.17;SB=-0.01;sumGLbyD=9.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:55:55,0,128
9085 39077-ref 184 . G C 198.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
9086 39077-ref 261 . G C 301.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=35.87;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:335,27,0
9087 39077-ref 263 . T C 189.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0
9088 39077-ref 334 . C T 28.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=4.68;SB=-0.01;sumGLbyD=9.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:58.08:58,0,138
9089 39117-ref 48 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9090 39232-ref 462 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9091 39232-ref 471 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9092 39269-ref 38 . C T 191.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.91;SB=-0.01;sumGLbyD=37.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:224,18,0
9093 39269-ref 83 . C G 564.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.14:598,48,0
9094 39269-ref 148 . C T 811.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=33.81;SB=-0.01;sumGLbyD=35.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.20:844,69,0
9095 39405-ref 50 . A G 107.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.58;SB=-0.01;sumGLbyD=27.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:138,0,25
9096 39405-ref 100 . C T 358.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.90;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:388,0,4
9097 39405-ref 233 . A G 521.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.26;SB=-0.01;sumGLbyD=39.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:555,42,0
9098 39405-ref 299 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9099 39532-ref 51 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9100 39532-ref 58 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9101 39532-ref 81 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9102 39532-ref 134 . G A 74.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.86;SB=-0.01;sumGLbyD=35.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:107,9,0
9103 39532-ref 164 . A G 134.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:167,15,0
9104 39532-ref 202 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9105 39532-ref 203 . C A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9106 39630-ref 505 . A C 107.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6946;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.45;SB=-0.01;sumGLbyD=17.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:74.98:138,0,75
9107 39739-ref 134 . C T 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9108 39964-ref 101 . C G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9109 40056-ref 50 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9110 40067-ref 106 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9111 40100-ref 85 . A G 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9112 40100-ref 119 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9113 40116-ref 108 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9114 40116-ref 128 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9115 40116-ref 131 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9116 40116-ref 165 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9117 40116-ref 180 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9995;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.01:59,6,0
9118 40116-ref 182 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9996;MQ=25.00;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,2:2:6.01:59,6,0
9119 40116-ref 207 . A G 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21
9120 40116-ref 240 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9121 40155-ref 93 . C T 72.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.41;SB=-0.01;sumGLbyD=20.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:24.09:102,0,24
9122 40155-ref 128 . G A 71.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.95;SB=-0.01;sumGLbyD=34.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:104,9,0
9123 40155-ref 163 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9124 40155-ref 280 . A T 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
9125 40155-ref 388 . A T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
9126 40155-ref 466 . C G 194.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
9127 40155-ref 500 . T A 237.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.86;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:270,21,0
9128 40155-ref 627 . C T 325.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.53;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:358,30,0
9129 40155-ref 655 . A G 135.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=19.38;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:48.57:166,0,49
9130 40155-ref 676 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ=29.55;MQ0=0;QD=9.34;SB=-0.01;sumGLbyD=20.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.01:59,6,0
9131 40155-ref 677 . G A 24.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=18.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.60:55,0,21
9132 40155-ref 765 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9133 40155-ref 790 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9134 40172-ref 127 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9135 40172-ref 159 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9136 40172-ref 182 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9137 40172-ref 202 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9138 40174-ref 26 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9139 40174-ref 31 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9140 40174-ref 49 . T A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
9141 40174-ref 67 . C G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
9142 40174-ref 741 . T C 38.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.18;SB=-0.01;sumGLbyD=35.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9143 40174-ref 774 . C G 159.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:193,15,0
9144 40174-ref 812 . T A 155.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
9145 40174-ref 832 . T C 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
9146 40174-ref 1054 . A G 34.28 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.86;SB=-0.01;sumGLbyD=12.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.27:64,0,101
9147 40174-ref 1075 . A G 44.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3359;MQ=36.27;MQ0=0;QD=3.20;SB=-0.01;sumGLbyD=5.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:74.86:75,0,378
9148 40174-ref 1087 . T G 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.27;MQ0=0;QD=1.01;SB=-0.01;sumGLbyD=3.14 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:43.90:44,0,345
9149 40174-ref 1136 . A G 382.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=34.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.08:416,36,0
9150 40174-ref 1157 . G A 39.65 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=3.30;SB=-0.01;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:69.65:70,0,318
9151 40174-ref 1174 . G A 11.24 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=0.86;SB=-0.01;sumGLbyD=3.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,2:13:40.89:41,0,379
9152 40174-ref 1188 . G T 339.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9779;MQ=36.27;MQ0=0;QD=24.27;SB=-0.01;sumGLbyD=26.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:13:38.69:370,0,39
9153 40174-ref 1198 . A T 14.08 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.17;SB=-0.01;sumGLbyD=3.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,2:12:43.90:44,0,345
9154 40174-ref 1228 . T C 89.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.43;SB=-0.01;sumGLbyD=9.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:119,0,275
9155 40174-ref 1258 . A G 348.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:381,30,0
9156 40174-ref 1285 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9157 40359-ref 76 . C T 81.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
9158 40359-ref 139 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9159 40359-ref 179 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9160 40374-ref 56 . T A 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9161 40374-ref 404 . C T 45.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
9162 40402-ref 383 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9163 40402-ref 402 . T C 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
9164 40402-ref 421 . C T 35.48 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
9165 40517-ref 20 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9166 40517-ref 84 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9167 40517-ref 646 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9168 40517-ref 706 . A T 221.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.60;SB=-0.01;sumGLbyD=36.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:254,21,0
9169 40517-ref 756 . C T 165.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
9170 40517-ref 877 . C A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
9171 40517-ref 880 . A C 65.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=21.93;SB=-0.01;sumGLbyD=32.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:98,9,0
9172 40517-ref 884 . C A 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=1.8653;MQ=29.55;MQ0=0;QD=12.32;SB=-0.01;sumGLbyD=23.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9173 40629-ref 95 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9174 40647-ref 226 . G C 22.95 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:52.92:53,0,251
9175 40647-ref 261 . A G 359.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:393,30,0
9176 40841-ref 6 . C G 28.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:28.77:58,0,29
9177 40841-ref 27 . C T 270.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=30.09;SB=-0.01;sumGLbyD=33.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:304,24,0
9178 40841-ref 49 . G C 427.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=35.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:461,36,0
9179 40841-ref 127 . T A 364.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.49;SB=-0.01;sumGLbyD=39.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:398,30,0
9180 40841-ref 177 . C G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
9181 40841-ref 233 . C T 322.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.86;SB=-0.01;sumGLbyD=39.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:356,27,0
9182 40841-ref 251 . A C 326.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.64;SB=-0.01;sumGLbyD=35.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:359,27,0
9183 40841-ref 378 . T C 273.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.21;SB=-0.01;sumGLbyD=38.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:307,24,0
9184 40853-ref 104 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9185 40897-ref 92 . G A 29.94 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:61,6,0
9186 40897-ref 94 . T C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9187 40897-ref 258 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9188 40954-ref 205 . A G 39.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:71,6,0
9189 40954-ref 211 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9190 40954-ref 524 . C A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:68,0,66
9191 40954-ref 556 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9192 40986-ref 102 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9193 40986-ref 113 . A C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9194 41002-ref 257 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9195 41002-ref 270 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9196 41017-ref 39 . G A 895.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.31;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:928,72,0
9197 41017-ref 58 . T G 1799.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.8321;MQ=36.57;MQ0=0;QD=38.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1833,141,0
9198 41017-ref 123 . G A 2797.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8653;MQ=36.33;MQ0=0;QD=36.81;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:75:99:2831,226,0
9199 41017-ref 145 . A G 3378.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=93;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=34.89;MQ0=0;QD=36.33;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,93:91:99:3378,274,0
9200 41017-ref 191 . G C 1425.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9658;MQ=32.95;MQ0=0;QD=33.93;SB=-0.01;sumGLbyD=34.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:41:99:1458,123,0
9201 41017-ref 203 . T C 1022.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=32.30;MQ0=0;QD=31.97;SB=-0.01;sumGLbyD=33.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:93.24:1056,93,0
9202 41017-ref 213 . G T 262.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=21.88;SB=-0.01;sumGLbyD=24.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:1.89:292,3,0
9203 41019-ref 44 . G A 280.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.05;SB=-38.55;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
9204 41244-ref 56 . A G 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
9205 41244-ref 287 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9206 41244-ref 294 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9207 41245-ref 80 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9208 41245-ref 131 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9209 41248-ref 100 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9210 41248-ref 131 . G A 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.90;SB=-0.01;sumGLbyD=31.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:5:12.04:157,12,0
9211 41248-ref 226 . G C 434.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.18;SB=-0.01;sumGLbyD=38.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:467,36,0
9212 41248-ref 279 . G A 251.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=31.50;SB=-0.01;sumGLbyD=35.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:285,24,0
9213 41248-ref 282 . G A 301.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=33.55;SB=-0.01;sumGLbyD=37.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:335,27,0
9214 41248-ref 306 . C G 326.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=32.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:360,30,0
9215 41248-ref 345 . C A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9216 41385-ref 40 . G T 467.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:500,39,0
9217 41385-ref 89 . C G 828.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7853;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.21:861,66,0
9218 41385-ref 205 . C T 827.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ=36.15;MQ0=0;QD=34.48;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:23:69.21:861,69,0
9219 41385-ref 253 . T C 892.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3013;MQ=34.93;MQ0=0;QD=35.70;SB=-0.01;sumGLbyD=37.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.22:926,75,0
9220 41385-ref 271 . G A 929.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4679;MQ=35.09;MQ0=0;QD=34.42;SB=-0.01;sumGLbyD=35.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.23:962,78,0
9221 41385-ref 513 . G C 205.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3633;MQ=34.78;MQ0=0;QD=14.65;SB=-0.01;sumGLbyD=16.79 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:235,0,194
9222 41385-ref 559 . G A 418.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.6649;MQ=35.28;MQ0=0;QD=34.88;SB=-0.01;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.10:452,36,0
9223 41385-ref 566 . A G 36.09 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ=35.53;MQ0=0;QD=2.58;SB=-0.01;sumGLbyD=4.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,3:14:66.08:66,0,371
9224 41385-ref 636 . G T 62.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.87;SB=-0.01;sumGLbyD=11.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.92:93,0,164
9225 41385-ref 639 . T G 56.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.10;SB=-0.01;sumGLbyD=10.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:86.77:87,0,172
9226 41442-ref 38 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9227 41494-ref 25 . T C 163.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
9228 41494-ref 67 . T G 321.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:355,27,0
9229 41494-ref 84 . A C 236.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.78;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:269,21,0
9230 41494-ref 135 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9231 41494-ref 167 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-28.38;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9232 41494-ref 179 . T G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-39.22;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
9233 41494-ref 219 . T A 253.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.48;MQ0=0;QD=28.22;SB=-0.01;sumGLbyD=31.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:287,24,0
9234 41494-ref 222 . T C 291.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=32.35;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:324,27,0
9235 41494-ref 238 . T C 266.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=33.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:299,24,0
9236 41494-ref 357 . C A 552.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.71;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=36.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.13:586,48,0
9237 41494-ref 361 . C T 560.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.91;MQ0=0;QD=32.97;SB=-0.01;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:16:48.14:593,48,0
9238 41494-ref 398 . A G 205.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.37;SB=-0.01;sumGLbyD=34.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.05:239,21,0
9239 41494-ref 412 . A G 253.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=31.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:286,24,0
9240 41494-ref 454 . T C 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.34;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:360,27,0
9241 41494-ref 500 . C T 274.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:308,24,0
9242 41549-ref 12 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9243 41549-ref 34 . T A 49.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.47;SB=-0.01;sumGLbyD=20.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9:82,9,0
9244 41549-ref 68 . G T 209.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=29.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:243,21,0
9245 41549-ref 84 . C T 60.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=34.01;MQ0=0;QD=8.70;SB=-0.01;sumGLbyD=12.98 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:6:90.89:91,0,101
9246 41549-ref 85 . G A 61.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ=34.01;MQ0=0;QD=8.80;SB=-0.01;sumGLbyD=13.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:90.15:92,0,90
9247 41549-ref 86 . C T 98.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=1.9995;MQ=34.01;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:80.12:129,0,80
9248 41549-ref 120 . C G 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=9.99;SB=-0.01;sumGLbyD=12.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:130,0,198
9249 41549-ref 157 . T C 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.55:142,0,52
9250 41597-ref 235 . C T 82.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=38.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
9251 41618-ref 111 . G T 244.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:277,21,0
9252 41618-ref 130 . C T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9253 41618-ref 190 . G A 518.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:552,42,0
9254 41618-ref 194 . T C 632.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.21;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:666,51,0
9255 41626-ref 41 . C G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9256 41626-ref 74 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9257 41635-ref 178 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9258 41668-ref 16 . A T 109.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=27.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.01:142,12,0
9259 41668-ref 154 . G A 25.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=2.34;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.77:56,0,277
9260 41668-ref 182 . G T 22.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.76:53,0,318
9261 41668-ref 185 . C G 22.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.76:53,0,323
9262 41668-ref 186 . T C 22.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.76:53,0,323
9263 41668-ref 295 . A G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
9264 41674-ref 51 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9265 41674-ref 64 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9266 41700-ref 107 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9267 41767-ref 102 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9268 41767-ref 130 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9269 41794-ref 23 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9270 41794-ref 32 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9271 41794-ref 51 . A G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
9272 41794-ref 62 . T A 233.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=29.15;SB=-0.01;sumGLbyD=33.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:266,24,0
9273 41794-ref 92 . T G 807.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=38.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.18:841,66,0
9274 41801-ref 19 . T A 104.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.89;SB=-0.01;sumGLbyD=19.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:90.17:134,0,90
9275 41801-ref 39 . G A 558.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.22;SB=-0.01;sumGLbyD=39.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.15:591,45,0
9276 41801-ref 63 . T A 481.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.95;SB=-0.01;sumGLbyD=22.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:22:99:512,0,201
9277 41801-ref 102 . G A 630.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7067;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:17:51.16:663,51,0
9278 41801-ref 225 . C T 10.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9989;MQ=36.56;MQ0=0;QD=0.47;SB=-0.01;sumGLbyD=1.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:40.42:40,0,702
9279 41801-ref 240 . C T 290.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.7533;MQ=36.54;MQ0=0;QD=13.20;SB=3.00;sumGLbyD=14.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:21:99:320,0,341
9280 41801-ref 256 . C A 247.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9997;MQ=36.49;MQ0=0;QD=12.39;SB=-37.00;sumGLbyD=13.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:278,0,375
9281 41801-ref 313 . A T 121.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.37;MQ0=0;QD=7.62;SB=-0.01;sumGLbyD=9.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:152,0,371
9282 41801-ref 330 . A T 136.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.87;MQ0=0;QD=7.59;SB=-0.01;sumGLbyD=9.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:99:167,0,382
9283 41801-ref 344 . T G 360.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=24.03;SB=-0.01;sumGLbyD=26.03 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:72.68:390,0,73
9284 41801-ref 369 . A G 342.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=34.09;MQ0=0;QD=19.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:372,0,182
9285 41801-ref 393 . C T 61.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=32.22;MQ0=0;QD=6.82;SB=-0.01;sumGLbyD=10.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:91.42:91,0,173
9286 41801-ref 413 . C T 88.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9467;MQ=33.02;MQ0=0;QD=11.03;SB=-0.01;sumGLbyD=14.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:7:85.55:118,0,86
9287 41931-ref 57 . A T 747.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.24;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=25.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,25:31:99:777,0,147
9288 41931-ref 68 . G C 107.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.14;MQ0=0;QD=3.27;SB=-0.01;sumGLbyD=4.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,6:33:99:138,0,837
9289 41931-ref 95 . A G 899.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=32.26;MQ0=0;QD=26.46;SB=-0.01;sumGLbyD=27.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,30:34:55.55:930,0,56
9290 41931-ref 117 . C T 597.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ=31.15;MQ0=0;QD=21.34;SB=-0.01;sumGLbyD=22.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,24:26:81.15:628,0,81
9291 41931-ref 124 . C A 304.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9664;MQ=26.80;MQ0=0;QD=19.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:59.33:334,0,59
9292 41931-ref 131 . A G 25.82 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=27.57;MQ0=0;QD=2.35;SB=-0.01;sumGLbyD=5.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:55.80:56,0,214
9293 41931-ref 146 . C T 360.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8105;MQ=26.60;MQ0=0;QD=20.01;SB=-0.01;sumGLbyD=21.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,15:18:38.22:390,0,38
9294 41931-ref 153 . C T 472.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8086;MQ=26.01;MQ0=0;QD=16.29;SB=-0.01;sumGLbyD=17.32 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:502,0,200
9295 41931-ref 162 . T A 38.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.8312;MQ=25.84;MQ0=0;QD=1.10;SB=-0.01;sumGLbyD=1.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,6:34:68.61:69,0,742
9296 41931-ref 172 . G A 75.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.8311;MQ=25.43;MQ0=0;QD=2.21;SB=-0.01;sumGLbyD=3.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:34:99:105,0,700
9297 41931-ref 189 . T C 888.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.92;SB=-0.01;sumGLbyD=27.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:72.50:921,73,0
9298 41931-ref 194 . C T 640.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.00;SB=-0.01;sumGLbyD=20.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,26:32:75.64:670,0,76
9299 41931-ref 217 . C T 527.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.18;MQ0=0;QD=23.98;SB=-0.01;sumGLbyD=25.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,20:22:13.87:557,0,14
9300 41931-ref 229 . C T 477.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.09;MQ0=0;QD=25.12;SB=-0.01;sumGLbyD=26.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,16:19:60.66:507,0,61
9301 41931-ref 237 . C T 391.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=26.11;SB=-0.01;sumGLbyD=28.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:74.87:422,0,75
9302 41931-ref 247 . C G 128.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.9996;MQ=35.34;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=5.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,7:30:99:159,0,784
9303 41931-ref 249 . G A 118.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.44;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=4.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,7:33:99:149,0,902
9304 41931-ref 275 . C A 327.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=8.4931;MQ=32.55;MQ0=0;QD=3.68;SB=-26.62;sumGLbyD=4.02 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,21:88:99:357,0,2212
9305 41931-ref 299 . A T 198.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=133;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=60.1884;MQ=32.49;MQ0=0;QD=1.49;SB=-23.61;sumGLbyD=1.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:111,21:131:99:228,0,3606
9306 41931-ref 301 . T C 3233.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.2254;MQ=32.70;MQ0=0;QD=23.26;SB=-23.61;sumGLbyD=23.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,109:138:99:3264,0,733
9307 41931-ref 302 . G A 217.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=140;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=49.3933;MQ=32.73;MQ0=0;QD=1.55;SB=-23.61;sumGLbyD=1.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,22:136:99:247,0,3685
9308 41931-ref 304 . C A 557.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=150;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.9236;MQ=32.96;MQ0=0;QD=3.71;SB=-34.00;sumGLbyD=3.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,27:148:99:587,0,3717
9309 41931-ref 318 . G A 1737.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9982;MQ=32.84;MQ0=0;QD=12.33;SB=6.01;sumGLbyD=12.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:140:99:1768,0,2106
9310 41931-ref 319 . T C 1666.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.4680;MQ=32.91;MQ0=0;QD=12.07;SB=6.01;sumGLbyD=12.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,61:136:99:1696,0,2311
9311 41931-ref 341 . A G 624.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.9870;MQ=33.97;MQ0=0;QD=7.52;SB=-37.00;sumGLbyD=7.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,23:83:99:654,0,1883
9312 41931-ref 342 . C T 732.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=50.9870;MQ=33.93;MQ0=0;QD=8.93;SB=3.00;sumGLbyD=9.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:81:99:762,0,1629
9313 41931-ref 343 . G A 440.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=50.9870;MQ=33.93;MQ0=0;QD=5.37;SB=3.00;sumGLbyD=5.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,18:82:99:471,0,2015
9314 41931-ref 374 . G A 13.04 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.12;MQ0=0;QD=0.57;SB=-0.01;sumGLbyD=1.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,3:23:42.81:43,0,662
9315 42032-ref 98 . A T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9316 42032-ref 151 . T A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9317 42033-ref 138 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9318 42083-ref 151 . A G 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9319 42083-ref 158 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9320 42109-ref 187 . T G 41.69 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9321 42308-ref 16 . A G 320.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.65;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:354,27,0
9322 42308-ref 23 . C G 54.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.05;SB=-0.01;sumGLbyD=9.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:84.48:84,0,213
9323 42308-ref 75 . T G 245.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.33;SB=-0.01;sumGLbyD=25.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:11:21.07:279,21,0
9324 42383-ref 44 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9325 42383-ref 84 . C T 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
9326 42383-ref 125 . A G 470.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:504,39,0
9327 42383-ref 145 . G C 471.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8164;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.51;SB=-0.01;sumGLbyD=12.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:502,0,835
9328 42383-ref 231 . T C 4683.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.2428;MQ=35.96;MQ0=0;QD=36.59;SB=-0.01;sumGLbyD=36.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,127:123:99:4683,370,0
9329 42383-ref 255 . C T 4692.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.8056;MQ=35.35;MQ0=0;QD=37.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:125:99:4632,349,0
9330 42383-ref 282 . G A 4936.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4959;MQ=35.74;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=37.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,130:130:99:4936,391,0
9331 42383-ref 306 . C T 4698.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=126;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9987;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,124:123:99:4623,364,0
9332 42383-ref 485 . C G 5002.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.0324;MQ=36.84;MQ0=0;QD=39.08;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,126:128:99:4922,379,0
9333 42383-ref 668 . A T 1875.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=128;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2081;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.66;SB=-0.01;sumGLbyD=14.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,59:127:99:1906,0,2285
9334 42383-ref 885 . T G 5264.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=141;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=18.3793;MQ=36.86;MQ0=0;QD=37.34;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,137:138:99:5192,343,0
9335 42383-ref 939 . A C 6431.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=166;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=10.9453;MQ=36.82;MQ0=0;QD=38.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,165:165:99:6431,497,0
9336 42383-ref 1011 . G T 6658.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.01;HRun=2;HaplotypeScore=11.0825;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.49;SB=-0.01;sumGLbyD=38.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,170:171:99:6626,482,0
9337 42383-ref 1093 . T C 8069.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.3779;MQ=36.57;MQ0=0;QD=38.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,209:208:99:8041,623,0
9338 42383-ref 1128 . A G 7338.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.4388;MQ=36.47;MQ0=0;QD=38.22;SB=-0.01;sumGLbyD=38.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,192:190:99:7338,572,0
9339 42383-ref 1339 . A C 8331.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=217;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.1751;MQ=36.95;MQ0=0;QD=38.39;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,216:215:99:8301,644,0
9340 42383-ref 1402 . A T 7565.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=211;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7368;MQ=33.34;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=35.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,211:210:99:7564,632,0
9341 42383-ref 1413 . G A 8290.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=235;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.5418;MQ=33.40;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=35.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,235:232:99:8289,698,0
9342 42383-ref 1438 . G A 7822.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=6.1165;MQ=33.06;MQ0=0;QD=35.40;SB=-0.01;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,220:219:99:7821,659,0
9343 42383-ref 1452 . T C 8294.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=8.1189;MQ=33.53;MQ0=0;QD=35.45;SB=-0.01;sumGLbyD=35.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,232:233:99:8256,664,0
9344 42383-ref 1521 . G C 9288.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=248;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0368;MQ=36.72;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,246:243:99:9287,731,0
9345 42383-ref 1573 . G A 5547.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=255;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.9455;MQ=36.44;MQ0=0;QD=21.75;SB=-0.01;sumGLbyD=18.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:109,145:250:99:4794,0,3413
9346 42383-ref 1587 . T C 4962.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=221;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.7257;MQ=36.45;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=19.51 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,131:216:99:4312,0,2778
9347 42383-ref 1620 . T C 8978.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.3915;MQ=36.74;MQ0=0;QD=37.89;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,236:234:99:8978,704,0
9348 42383-ref 1731 . G A 8636.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=224;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=8.7922;MQ=36.91;MQ0=0;QD=38.56;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,222:222:99:8600,632,0
9349 42401-ref 72 . C A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9350 42401-ref 78 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9351 42401-ref 83 . T C 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
9352 42401-ref 150 . T G 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9353 42401-ref 151 . G A 115.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:148,12,0
9354 42401-ref 161 . C T 29.94 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.97;SB=-0.01;sumGLbyD=31.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:61,6,0
9355 42401-ref 177 . G A 34.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ=34.93;MQ0=0;QD=7.00;SB=-0.01;sumGLbyD=13.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:64.98:65,0,81
9356 42401-ref 239 . C T 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=11.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.94:96,0,173
9357 42401-ref 270 . G C 71.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.98;SB=-0.01;sumGLbyD=25.48 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:102,0,28
9358 42463-ref 84 . T C 136.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=27.39;SB=-0.01;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:170,15,0
9359 42463-ref 118 . G A 67.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=22.57;SB=-0.01;sumGLbyD=33.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:100,9,0
9360 42463-ref 219 . A G 85.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
9361 42463-ref 256 . A G 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
9362 42463-ref 337 . C A 25.07 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.54;SB=-0.01;sumGLbyD=28.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:56,6,0
9363 42463-ref 346 . G T 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9364 42463-ref 347 . C G 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9365 42463-ref 387 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9366 42463-ref 390 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9367 42493-ref 124 . T C 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9368 42493-ref 275 . C G 197.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:231,18,0
9369 42510-ref 73 . A T 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
9370 42510-ref 119 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9371 42560-ref 112 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9372 42560-ref 120 . C T 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
9373 42560-ref 162 . T C 218.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.01;MQ0=0;QD=31.26;SB=-0.01;sumGLbyD=35.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:252,21,0
9374 42560-ref 187 . T C 239.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=23.96;SB=-0.01;sumGLbyD=27.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:2.79:268,0,0
9375 42560-ref 214 . A G 258.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.12;MQ0=0;QD=25.81;SB=-0.01;sumGLbyD=29.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.06:291,27,0
9376 42560-ref 223 . C T 214.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=30.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:247,24,0
9377 42560-ref 234 . C A 149.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.37;MQ0=0;QD=24.88;SB=-0.01;sumGLbyD=30.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:182,18,0
9378 42560-ref 252 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9379 42565-ref 87 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9380 42565-ref 101 . A C 197.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=25.00;MQ0=0;QD=15.20;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:79.42:228,0,79
9381 42565-ref 120 . C G 351.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.01;sumGLbyD=29.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.07:384,39,0
9382 42565-ref 127 . A G 197.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=25.00;MQ0=0;QD=15.20;SB=-0.01;sumGLbyD=17.50 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:79.42:228,0,79
9383 42565-ref 131 . T C 19.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=25.00;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:49.79:50,0,257
9384 42565-ref 157 . A C 19.85 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=1.53;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:49.79:50,0,257
9385 42565-ref 161 . T C 292.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:326,33,0
9386 42669-ref 110 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9387 42669-ref 124 . A G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9388 42669-ref 127 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9389 42669-ref 135 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9390 42669-ref 231 . T C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.77;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.05:199,15,0
9391 42669-ref 242 . A C 184.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
9392 42669-ref 286 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9393 42669-ref 295 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9394 42669-ref 324 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9395 42694-ref 25 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9396 42694-ref 102 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9397 42694-ref 110 . T G 83.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
9398 42694-ref 112 . A G 81.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0
9399 42694-ref 184 . G A 76.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.54;SB=-0.01;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:109,9,0
9400 42694-ref 208 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9401 42694-ref 250 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9402 42694-ref 280 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9403 42697-ref 78 . T C 153.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.77;SB=-39.76;sumGLbyD=37.35 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:187,15,0
9404 42697-ref 181 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9405 42697-ref 231 . A G 206.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.41;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
9406 42697-ref 260 . G C 200.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
9407 42709-ref 139 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9408 42709-ref 237 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9409 42709-ref 258 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9410 42709-ref 278 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9411 42709-ref 334 . G A 40.91 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.45;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:72,6,0
9412 42778-ref 23 . T C 440.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.69;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:473,36,0
9413 42778-ref 135 . A T 267.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:300,24,0
9414 42778-ref 139 . C T 204.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.28;SB=-0.01;sumGLbyD=33.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:238,18,0
9415 42778-ref 224 . G A 699.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.18:733,57,0
9416 42778-ref 236 . A T 103.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.98;SB=-0.01;sumGLbyD=10.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:134,0,279
9417 42778-ref 295 . A T 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.74;SB=-0.01;sumGLbyD=35.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:8:24.08:319,24,0
9418 42846-ref 105 . T A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9419 42846-ref 184 . A C 25.48 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.10;SB=-0.01;sumGLbyD=11.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:55.47:55,0,81
9420 42846-ref 187 . T C 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
9421 42866-ref 86 . G T 33.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.71;SB=-0.01;sumGLbyD=12.71 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:63.53:64,0,105
9422 42866-ref 127 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9423 42866-ref 136 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9424 42866-ref 496 . T A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
9425 42866-ref 509 . T A 37.98 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67.97:68,0,68
9426 42866-ref 804 . G C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
9427 42899-ref 221 . C T 161.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.37;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:195,15,0
9428 42899-ref 256 . A T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9429 42899-ref 452 . C T 220.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.48;SB=-0.01;sumGLbyD=28.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:7:21.05:253,21,0
9430 42899-ref 472 . T C 353.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:386,30,0
9431 42899-ref 559 . T G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9432 42931-ref 173 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9433 42931-ref 185 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9434 43067-ref 61 . G C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.51;SB=-0.01;sumGLbyD=32.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:160,12,0
9435 43067-ref 63 . T C 166.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.32;SB=-39.07;sumGLbyD=39.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:199,15,0
9436 43067-ref 92 . G C 158.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.77;SB=-31.31;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
9437 43103-ref 73 . C T 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9438 43103-ref 141 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9439 43103-ref 191 . A G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9440 43103-ref 201 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9441 43103-ref 216 . T A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9442 43103-ref 248 . C T 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9443 43163-ref 83 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9444 43163-ref 217 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9445 43256-ref 33 . G A 44.31 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.16;SB=-0.01;sumGLbyD=38.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
9446 43256-ref 96 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9447 43309-ref 227 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9448 43309-ref 244 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9449 43309-ref 245 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9450 43399-ref 147 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9451 43399-ref 187 . C T 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
9452 43399-ref 211 . C A 106.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
9453 43399-ref 225 . T C 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
9454 43399-ref 239 . A G 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9455 43399-ref 332 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9456 43399-ref 345 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9457 43399-ref 367 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9458 43399-ref 412 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9459 43399-ref 417 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9460 43491-ref 96 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9461 43512-ref 15 . G A 498.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.21;SB=-0.01;sumGLbyD=35.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:531,42,0
9462 43512-ref 21 . C G 32.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=1.82;SB=-0.01;sumGLbyD=3.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,3:18:62.83:63,0,508
9463 43512-ref 45 . G A 1369.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.72;MQ0=0;QD=38.04;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:36:99:1402,108,0
9464 43512-ref 99 . A G 3038.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8656;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,80:81:99:3072,207,0
9465 43527-ref 10 . T C 78.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:111,9,0
9466 43626-ref 125 . C T 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9467 43683-ref 104 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9468 43683-ref 256 . T C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9469 43683-ref 273 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9470 43882-ref 59 . C T 280.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=39.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:313,24,0
9471 43882-ref 134 . T A 511.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.51;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:544,42,0
9472 43887-ref 106 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9473 43887-ref 110 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9474 43892-ref 94 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9475 43911-ref 43 . T C 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
9476 43911-ref 156 . A T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
9477 43930-ref 73 . A C 483.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.27;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.11:516,42,0
9478 43930-ref 76 . G A 381.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.22;MQ0=0;QD=29.34;SB=-0.01;sumGLbyD=31.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:11:33.10:414,33,0
9479 43930-ref 158 . A G 282.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:316,24,0
9480 43945-ref 191 . C T 226.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=32.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:5.55:256,0,6
9481 43945-ref 257 . G T 158.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:191,15,0
9482 43945-ref 280 . T G 163.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
9483 43945-ref 310 . A G 205.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=39.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:238,18,0
9484 43945-ref 464 . A G 85.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.18;SB=-0.01;sumGLbyD=16.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.75:115,0,97
9485 43945-ref 555 . G T 599.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:17:48.16:632,48,0
9486 43945-ref 562 . G A 603.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.70;SB=-0.01;sumGLbyD=39.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:636,48,0
9487 43945-ref 617 . C T 404.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.74;SB=-0.01;sumGLbyD=39.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:437,33,0
9488 44074-ref 67 . G A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9489 44074-ref 97 . G A 82.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:115,9,0
9490 44074-ref 109 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9491 44074-ref 194 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9492 44074-ref 218 . T G 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
9493 44167-ref 55 . C A 42.20 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.10;SB=-0.01;sumGLbyD=37.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9494 44300-ref 60 . A C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9495 44300-ref 82 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9496 44300-ref 92 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,1:1:1.76:40,3,0
9497 44300-ref 120 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9498 44389-ref 161 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9499 44389-ref 169 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9500 44389-ref 252 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9501 44538-ref 120 . A T 41.26 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9502 44544-ref 41 . T A 178.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=25.52;SB=-0.01;sumGLbyD=29.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:209,0,19
9503 44544-ref 58 . G A 174.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.96;SB=-0.01;sumGLbyD=29.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:205,0,19
9504 44544-ref 92 . C A 346.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ=36.22;MQ0=0;QD=26.64;SB=-0.01;sumGLbyD=29.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:12:3.90:376,0,4
9505 44544-ref 126 . G T 363.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=32.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.89:392,0,4
9506 44544-ref 194 . G A 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9507 44544-ref 196 . T C 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9508 44544-ref 200 . G A 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9509 44603-ref 54 . A G 312.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
9510 44603-ref 68 . G A 372.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:405,33,0
9511 44603-ref 75 . G A 372.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:405,33,0
9512 44603-ref 116 . G A 94.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:127,12,0
9513 44603-ref 130 . G A 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
9514 44794-ref 193 . G C 187.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=31.08 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:218,0,19
9515 44794-ref 227 . A T 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.60;SB=-0.01;sumGLbyD=21.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:4:27.97:108,0,28
9516 44794-ref 325 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9517 44794-ref 488 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9518 44794-ref 562 . G A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9519 44794-ref 592 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9520 44799-ref 17 . A C 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
9521 44799-ref 101 . A C 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9522 44799-ref 125 . A T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9523 44799-ref 126 . C T 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9524 44800-ref 28 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9525 44800-ref 79 . A G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
9526 44858-ref 101 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9527 44919-ref 31 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9528 44919-ref 47 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9529 44919-ref 72 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9530 44919-ref 89 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9531 44919-ref 103 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9532 44999-ref 50 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9533 44999-ref 87 . T G 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
9534 44999-ref 108 . G A 85.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.59;SB=-0.01;sumGLbyD=39.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:118,9,0
9535 44999-ref 149 . T C 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.90;SB=-0.01;sumGLbyD=37.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:73,6,0
9536 45178-ref 18 . T C 736.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.03;MQ0=0;QD=35.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:20:60.19:769,60,0
9537 45178-ref 25 . G C 1004.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.30;MQ0=0;QD=34.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:47.27:1038,47,0
9538 45178-ref 117 . T C 3706.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8278;MQ=36.37;MQ0=0;QD=38.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:96:99:3666,286,0
9539 45178-ref 123 . C T 2938.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.6980;MQ=35.81;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=34.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,84:83:99:2972,182,0
9540 45178-ref 190 . G T 37.35 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4444;MQ=33.48;MQ0=0;QD=2.08;SB=-0.01;sumGLbyD=3.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:67.34:67,0,452
9541 45178-ref 191 . G T 63.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4444;MQ=33.48;MQ0=0;QD=3.55;SB=-0.01;sumGLbyD=5.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:93.96:94,0,440
9542 45178-ref 192 . G C 469.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8660;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.36;SB=-0.01;sumGLbyD=31.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:11.15:502,11,0
9543 45252-ref 126 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9544 45289-ref 161 . A G 121.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.34;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:154,12,0
9545 45384-ref 69 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9546 45418-ref 36 . T A 155.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.04;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:188,15,0
9547 45424-ref 26 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9548 45424-ref 166 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9549 45493-ref 50 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9550 45493-ref 106 . T A 158.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=38.34 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:192,15,0
9551 45493-ref 133 . G T 123.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.91;SB=-0.01;sumGLbyD=39.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
9552 45496-ref 36 . A T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
9553 45496-ref 47 . C T 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
9554 45496-ref 67 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
9555 45496-ref 90 . T C 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
9556 45556-ref 51 . G A 113.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:146,12,0
9557 45556-ref 83 . C T 491.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=35.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:525,42,0
9558 45556-ref 124 . T A 652.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=34.34;SB=-0.01;sumGLbyD=36.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:18:54.17:685,54,0
9559 45556-ref 160 . G A 823.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.54;MQ0=0;QD=37.41;SB=-120.02;sumGLbyD=38.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.21:856,66,0
9560 45556-ref 167 . C A 708.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.27;SB=-120.02;sumGLbyD=39.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:741,57,0
9561 45591-ref 51 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9562 45724-ref 85 . A T 349.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=34.98;SB=-0.01;sumGLbyD=38.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:383,30,0
9563 45724-ref 96 . C G 356.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:390,30,0
9564 45724-ref 110 . G A 129.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=35.72;MQ0=0;QD=16.24;SB=-0.01;sumGLbyD=19.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91.19:160,0,91
9565 45724-ref 147 . G C 74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.67;SB=-0.01;sumGLbyD=35.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:106,9,0
9566 45724-ref 156 . T C 86.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.87;SB=-0.01;sumGLbyD=39.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
9567 45724-ref 272 . A C 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9568 45927-ref 80 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9569 45927-ref 204 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9570 45927-ref 249 . T G 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
9571 45927-ref 256 . A T 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
9572 45927-ref 280 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9573 45935-ref 46 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9574 45935-ref 73 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9575 45935-ref 76 . A G 94.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.74;SB=-0.01;sumGLbyD=31.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:127,12,0
9576 45935-ref 91 . C T 133.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=26.79;SB=-0.01;sumGLbyD=33.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:167,15,0
9577 45935-ref 179 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9578 45935-ref 192 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9579 45979-ref 39 . C T 151.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=25.33;SB=-0.01;sumGLbyD=30.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:182,0,22
9580 46035-ref 12 . C G 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
9581 46035-ref 54 . T G 320.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.19;MQ0=0;QD=24.62;SB=-65.68;sumGLbyD=27.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:11:33.07:353,33,0
9582 46035-ref 57 . C T 436.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=31.17;SB=-108.21;sumGLbyD=33.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:469,42,0
9583 46035-ref 58 . C T 418.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.72;MQ0=0;QD=29.90;SB=-94.34;sumGLbyD=32.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.09:452,42,0
9584 46035-ref 159 . C A 686.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.93;MQ0=0;QD=36.14;SB=-0.01;sumGLbyD=37.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:720,57,0
9585 46035-ref 168 . C G 185.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=30.84;SB=-0.01;sumGLbyD=36.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:218,18,0
9586 46126-ref 89 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9587 46299-ref 116 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9588 46344-ref 132 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9589 46344-ref 165 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9590 46344-ref 173 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9591 46369-ref 121 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9592 46535-ref 47 . G A 502.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:535,42,0
9593 46535-ref 115 . T C 185.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ=35.28;MQ0=0;QD=31.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
9594 46535-ref 155 . G T 219.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8640;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.36;SB=-0.01;sumGLbyD=27.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:45.84:249,0,46
9595 46535-ref 157 . A G 12.79 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8640;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:42.54:43,0,249
9596 46535-ref 211 . A G 135.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.02;SB=-0.01;sumGLbyD=18.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:165,0,124
9597 46535-ref 255 . T C 68.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.49;SB=-0.01;sumGLbyD=16.49 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:95.39:99,0,95
9598 46535-ref 330 . C T 595.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.10;SB=-0.01;sumGLbyD=34.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:15.60:629,16,0
9599 46535-ref 438 . C G 163.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.73;SB=-0.01;sumGLbyD=39.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:196,15,0
9600 46687-ref 72 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9601 46836-ref 38 . C A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
9602 46836-ref 53 . G C 192.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.05;SB=-0.01;sumGLbyD=37.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:225,18,0
9603 46836-ref 104 . G A 213.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=30.46;SB=-0.01;sumGLbyD=35.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:246,21,0
9604 46836-ref 121 . T C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=28.97;SB=-0.01;sumGLbyD=35.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:178,15,0
9605 46948-ref 72 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9606 46948-ref 99 . A C 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9607 46948-ref 362 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9608 47047-ref 43 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9609 47047-ref 65 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9610 47047-ref 237 . G A 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
9611 47047-ref 421 . C G 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9612 47047-ref 422 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9613 47047-ref 423 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9614 47047-ref 424 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9615 47095-ref 248 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9616 47095-ref 252 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9617 47095-ref 275 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9618 47159-ref 75 . C T 189.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.32;MQ0=0;QD=12.61;SB=-0.01;sumGLbyD=14.61 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:219,0,275
9619 47159-ref 102 . G A 126.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6311;MQ=36.15;MQ0=0;QD=10.55;SB=-0.01;sumGLbyD=13.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:11:99:157,0,198
9620 47159-ref 252 . T C 77.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=19.50;SB=-0.01;sumGLbyD=27.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:108,0,28
9621 47193-ref 38 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9622 47246-ref 7 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9623 47246-ref 173 . T C 124.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.13;SB=-0.01;sumGLbyD=39.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:157,12,0
9624 47379-ref 28 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9625 47379-ref 33 . C T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9626 47379-ref 52 . G A 106.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
9627 47379-ref 57 . A T 142.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=28.58;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:176,15,0
9628 47400-ref 73 . T C 355.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4687;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.32;SB=-0.01;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:389,30,0
9629 47400-ref 128 . G C 16.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.07;SB=-0.01;sumGLbyD=5.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:46.43:46,0,207
9630 47400-ref 190 . C A 105.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.16;SB=-0.01;sumGLbyD=16.91 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:135,0,129
9631 47400-ref 205 . G C 67.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.65;SB=-0.01;sumGLbyD=13.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:97.52:98,0,133
9632 47400-ref 257 . G C 110.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7319;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.43;SB=-0.01;sumGLbyD=23.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:5:22.75:141,0,23
9633 47400-ref 262 . T A 41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.67;SB=-0.01;sumGLbyD=23.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:23.47:71,0,23
9634 47559-ref 13 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
9635 47559-ref 25 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9636 47746-ref 56 . G A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9637 47746-ref 85 . C T 207.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=40.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0
9638 47977-ref 77 . G A 38.78 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.93;SB=-0.01;sumGLbyD=22.93 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:69,0,31
9639 47977-ref 128 . G A 114.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.73;SB=-0.01;sumGLbyD=36.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:147,12,0
9640 47978-ref 88 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9641 47994-ref 133 . T C 476.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.06;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:13:39.13:510,39,0
9642 47994-ref 160 . T A 353.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.16;SB=-0.01;sumGLbyD=35.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:10:30.09:387,30,0
9643 48012-ref 213 . G T 309.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:342,27,0
9644 48018-ref 71 . A G 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:71,0,31
9645 48018-ref 78 . G A 35.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=16.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:65.76:66,0,67
9646 48018-ref 88 . T G 117.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9647 48080-ref 78 . G A 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:76,6,0
9648 48080-ref 132 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9649 48132-ref 25 . C T 11.53 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=29.55;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.20:41,0,119
9650 48132-ref 61 . A G 285.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=32.22;MQ0=0;QD=31.73;SB=-0.01;sumGLbyD=35.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:319,27,0
9651 48132-ref 91 . C G 260.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0
9652 48132-ref 129 . T C 149.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.81;SB=-0.01;sumGLbyD=36.38 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0
9653 48132-ref 151 . G A 44.89 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=14.96;SB=-0.01;sumGLbyD=25.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:76,6,0
9654 48132-ref 184 . C T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:2:6.02:70,6,0
9655 48170-ref 130 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9656 48181-ref 181 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9657 48379-ref 131 . T A 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.66;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.29:71,0,30
9658 48379-ref 153 . C T 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-0.01;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
9659 48379-ref 155 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9660 48397-ref 141 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9661 48480-ref 127 . G T 115.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=28.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:148,12,0
9662 48480-ref 131 . C T 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9663 48498-ref 105 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9664 48498-ref 308 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9665 48498-ref 429 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9666 48690-ref 23 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9667 48690-ref 50 . T G 82.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.44;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:114,9,0
9668 48690-ref 113 . T A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9669 48690-ref 189 . A G 65.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.90;SB=-0.01;sumGLbyD=32.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:98,9,0
9670 48690-ref 233 . T C 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9671 48798-ref 105 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9672 48798-ref 204 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9673 48798-ref 264 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9674 48828-ref 72 . T G 155.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.19;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:189,15,0
9675 48828-ref 99 . T C 193.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.33;SB=-0.01;sumGLbyD=37.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:227,18,0
9676 48828-ref 101 . G A 200.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.38;SB=-0.01;sumGLbyD=38.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:233,18,0
9677 48829-ref 29 . G T 237.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9971;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:17:99:267,0,265
9678 48829-ref 137 . C T 1235.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.45;SB=-0.01;sumGLbyD=38.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:99:1269,99,0
9679 48829-ref 257 . G A 286.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9968;MQ=36.58;MQ0=0;QD=11.95;SB=-0.01;sumGLbyD=13.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:317,0,403
9680 48855-ref 57 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:2:1.76:40,3,0
9681 48855-ref 59 . T C 28.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31
9682 48855-ref 93 . G C 199.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.42;MQ0=0;QD=15.37;SB=-0.01;sumGLbyD=17.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:230,0,189
9683 48855-ref 142 . A G 142.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.88;SB=-0.01;sumGLbyD=19.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:173,0,133
9684 48908-ref 105 . T C 248.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.76;SB=-0.01;sumGLbyD=19.90 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:12:99:279,0,109
9685 49051-ref 89 . G A 65.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.35;SB=-0.01;sumGLbyD=23.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:95,0,28
9686 49051-ref 133 . A G 67.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.39;MQ0=0;QD=16.90;SB=-0.01;sumGLbyD=24.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:98,0,28
9687 49071-ref 89 . T C 127.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.88;SB=-0.01;sumGLbyD=40.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:160,12,0
9688 49088-ref 21 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9689 49088-ref 66 . G A 233.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.30;SB=-0.01;sumGLbyD=38.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:266,21,0
9690 49088-ref 89 . T A 198.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.12;SB=-0.01;sumGLbyD=38.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:232,18,0
9691 49088-ref 142 . C T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
9692 49088-ref 149 . T A 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=16.80;SB=-0.01;sumGLbyD=24.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:3:9.02:99,9,0
9693 49088-ref 187 . T C 219.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.02;MQ0=0;QD=27.47;SB=-0.01;sumGLbyD=31.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:7:21.06:253,21,0
9694 49088-ref 189 . T C 327.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=32.71;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:360,30,0
9695 49111-ref 127 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9696 49111-ref 130 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9697 49111-ref 169 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9698 49136-ref 117 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9699 49137-ref 121 . A G 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9700 49145-ref 96 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9701 49318-ref 47 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9702 49318-ref 69 . C G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9703 49318-ref 84 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9704 49341-ref 93 . A G 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
9705 49341-ref 109 . G A 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9706 49341-ref 192 . G C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
9707 49341-ref 213 . C G 96.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=24.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.28 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:129,12,0
9708 49341-ref 255 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9709 49341-ref 262 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9710 49342-ref 170 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9711 49342-ref 213 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9712 49380-ref 90 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.00;SB=-0.01;sumGLbyD=30.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:3:9.03:120,9,0
9713 49535-ref 83 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9714 49535-ref 103 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9715 49607-ref 101 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9716 49747-ref 97 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9717 49753-ref 61 . T C 160.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.10;SB=-0.01;sumGLbyD=38.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:193,15,0
9718 49753-ref 65 . T G 203.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.94;SB=-0.01;sumGLbyD=39.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:236,18,0
9719 49753-ref 177 . G T 85.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.36;SB=-0.01;sumGLbyD=39.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
9720 49764-ref 80 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9721 49854-ref 31 . C A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9722 49854-ref 52 . T C 69.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.22;SB=-0.01;sumGLbyD=34.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:102,9,0
9723 49854-ref 98 . G A 242.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.62;SB=-0.01;sumGLbyD=39.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:275,21,0
9724 50008-ref 133 . C A 429.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9627;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.49;SB=-0.01;sumGLbyD=22.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:20:99:460,0,140
9725 50055-ref 4 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9726 50055-ref 84 . A C 243.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.06;SB=-0.01;sumGLbyD=30.41 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:11.50:273,0,11
9727 50055-ref 99 . T C 284.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.53;SB=-0.01;sumGLbyD=39.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:317,24,0
9728 50055-ref 130 . G A 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
9729 50355-ref 131 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9730 50355-ref 195 . G A 39.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.23;SB=-0.01;sumGLbyD=23.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:13.67:70,0,14
9731 50355-ref 197 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
9732 50355-ref 221 . A G 84.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.32;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:117,9,0
9733 50464-ref 101 . G A 186.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
9734 50464-ref 123 . A C 132.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=26.57;SB=-0.01;sumGLbyD=33.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:166,15,0
9735 50464-ref 135 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9736 50464-ref 136 . A T 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9737 50464-ref 162 . A C 43.12 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:74,6,0
9738 50464-ref 163 . T A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9739 50500-ref 164 . G T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9740 50802-ref 17 . T C 195.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:229,18,0
9741 50802-ref 121 . A G 35.05 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9972;MQ=24.17;MQ0=0;QD=5.84;SB=-0.01;sumGLbyD=10.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:4:22.35:65,0,22
9742 50802-ref 122 . A G 40.99 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9804;MQ=24.17;MQ0=0;QD=6.83;SB=-0.01;sumGLbyD=11.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:4:22.34:71,0,22
9743 50808-ref 353 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9744 50808-ref 372 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9745 50808-ref 414 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
9746 50808-ref 455 . T C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9747 50808-ref 456 . G A 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9748 50816-ref 124 . C A 105.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=21.12;SB=-0.01;sumGLbyD=27.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:138,15,0
9749 50816-ref 206 . A G 145.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.87;MQ0=0;QD=24.24;SB=-0.01;sumGLbyD=29.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:178,18,0
9750 50816-ref 466 . A C 16.45 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=5.48;SB=-0.01;sumGLbyD=15.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:18.66:46,0,19
9751 50816-ref 471 . C A 169.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=28.24;SB=-82.16;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:202,18,0
9752 50816-ref 499 . G A 328.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.42;MQ0=0;QD=32.86;SB=-119.97;sumGLbyD=36.16 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:362,30,0
9753 50816-ref 546 . A G 345.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:378,30,0
9754 50816-ref 926 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9755 50816-ref 1389 . T G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9756 50816-ref 1405 . C G 317.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.28;SB=-0.01;sumGLbyD=38.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:351,27,0
9757 50816-ref 1473 . T C 652.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=32.61;SB=-0.01;sumGLbyD=34.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:30.54:685,31,0
9758 50816-ref 1485 . C A 504.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.32;MQ0=0;QD=33.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:14:42.13:537,42,0
9759 50838-ref 464 . C T 1026 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.5774;MQ=22.45;MQ0=0;QD=20.12;SB=-54.28;sumGLbyD=20.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,47:49:29.54:1059,30,0
9760 50838-ref 560 . T G 462.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=33.0183;MQ=30.77;MQ0=0;QD=7.01;SB=3.00;sumGLbyD=7.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:493,0,1256
9761 50838-ref 620 . T C 4631.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=122;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8914;MQ=36.67;MQ0=0;QD=37.96;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,122:119:99:4631,358,0
9762 50838-ref 625 . A G 4491.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=118;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.66;MQ0=0;QD=38.06;SB=-0.01;sumGLbyD=37.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,117:116:99:4460,346,0
9763 50880-ref 111 . C T 988.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1799;MQ=36.69;MQ0=0;QD=29.96;SB=-0.01;sumGLbyD=30.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:30:14.70:1021,15,0
9764 50880-ref 292 . A G 5322.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=200;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.8982;MQ=36.75;MQ0=0;QD=26.61;SB=-0.01;sumGLbyD=23.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,139:200:99:4720,0,1814
9765 50880-ref 332 . A G 1751.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=68.1230;MQ=36.87;MQ0=0;QD=10.88;SB=-0.01;sumGLbyD=11.07 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,59:156:99:1782,0,3361
9766 50880-ref 393 . G C 401.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.6508;MQ=36.88;MQ0=0;QD=4.77;SB=-0.01;sumGLbyD=5.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,18:84:99:431,0,2329
9767 50880-ref 395 . C A 3269.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.6508;MQ=36.88;MQ0=0;QD=38.92;SB=-0.01;sumGLbyD=38.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:83:99:3269,250,0
9768 50915-ref 271 . T C 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=28.44;MQ0=0;QD=8.04;SB=-0.01;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
9769 50915-ref 308 . A G 102.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.14;MQ0=0;QD=20.57;SB=-0.01;sumGLbyD=27.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.03:135,12,0
9770 50915-ref 328 . A G 260.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=32.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:294,24,0
9771 51001-ref 67 . T C 1125.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.06;MQ0=0;QD=35.17;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.27:1158,96,0
9772 51001-ref 90 . A G 2503.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.0064;MQ=34.69;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,70:69:99:2536,208,0
9773 51001-ref 100 . C G 1009.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.4771;MQ=35.18;MQ0=0;QD=8.94;SB=-0.01;sumGLbyD=9.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,41:112:99:1040,0,2435
9774 51001-ref 130 . T C 6775.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=213;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6508;MQ=35.85;MQ0=0;QD=31.81;SB=-0.01;sumGLbyD=28.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,182:210:99:6116,0,548
9775 51001-ref 155 . C T 8294.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=286;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.5092;MQ=36.22;MQ0=0;QD=29.00;SB=-793.13;sumGLbyD=26.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,217:285:99:7436,0,1832
9776 51001-ref 170 . G A 207.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=18.9512;MQ=36.43;MQ0=0;QD=0.83;SB=35.23;sumGLbyD=0.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:223,26:247:99:237,0,7790
9777 51001-ref 209 . G A 600.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=111;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.1752;MQ=36.36;MQ0=0;QD=5.41;SB=-177.93;sumGLbyD=5.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,27:108:99:630,0,2829
9778 51001-ref 210 . G T 636.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=98;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=6.5746;MQ=36.27;MQ0=0;QD=6.50;SB=-178.28;sumGLbyD=6.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,27:96:99:667,0,2419
9779 51001-ref 222 . A C 195.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9309;MQ=36.10;MQ0=0;QD=5.76;SB=-0.01;sumGLbyD=6.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,9:34:99:226,0,878
9780 51001-ref 287 . T G 37.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.1008;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.31;SB=-0.01;sumGLbyD=2.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,4:26:67.86:68,0,747
9781 51001-ref 364 . C T 549.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6308;MQ=36.35;MQ0=0;QD=17.73;SB=-0.01;sumGLbyD=18.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:580,0,415
9782 51001-ref 368 . C A 1095.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=29;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ=36.30;MQ0=0;QD=37.76;SB=-0.01;sumGLbyD=38.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,29:29:87.27:1128,87,0
9783 51001-ref 543 . T G 428.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8311;MQ=35.28;MQ0=0;QD=23.81;SB=-0.01;sumGLbyD=25.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:53.55:459,0,54
9784 51001-ref 565 . G A 753.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.21;MQ0=0;QD=32.78;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:29.20:787,29,0
9785 51001-ref 588 . G C 354.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=13.14;SB=-0.01;sumGLbyD=14.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:385,0,496
9786 51001-ref 605 . C T 495.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5017;MQ=35.98;MQ0=0;QD=16.52;SB=-0.01;sumGLbyD=17.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:29:99:526,0,407
9787 51001-ref 690 . C T 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
9788 51001-ref 723 . A T 46.56 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.28;SB=-0.01;sumGLbyD=39.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:78,6,0
9789 51115-ref 463 . T G 107.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.41;MQ0=0;QD=21.51;SB=-0.01;sumGLbyD=28.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:140,15,0
9790 51201-ref 388 . A G 1528.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7876;MQ=36.21;MQ0=0;QD=36.40;SB=-27.67;sumGLbyD=37.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,41:41:99:1562,123,0
9791 51284-ref 344 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9792 51412-ref 794 . T C 12025.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=330;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=21.3896;MQ=35.86;MQ0=0;QD=36.44;SB=-109.64;sumGLbyD=35.87 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,325:324:99:11836,787,0
9793 51412-ref 832 . C G 12242.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=338;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=16.6414;MQ=35.68;MQ0=0;QD=36.22;SB=-109.64;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,335:330:99:12170,987,0
9794 51412-ref 858 . G C 8266.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=234;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.0686;MQ=34.16;MQ0=0;QD=35.33;SB=-29.63;sumGLbyD=35.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,233:228:99:8265,686,0
9795 51412-ref 943 . C G 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.9228;MQ=23.00;MQ0=0;QD=8.04;SB=-0.01;sumGLbyD=18.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
9796 51460-ref 635 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9797 51487-ref 20 . G T 123.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.64;SB=-0.01;sumGLbyD=31.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:156,12,0
9798 51487-ref 32 . T C 111.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.00;SB=-0.01;sumGLbyD=17.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:6:61.95:142,0,62
9799 51487-ref 44 . A G 96.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.75;SB=-0.01;sumGLbyD=11.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:126,0,244
9800 51487-ref 53 . A G 99.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=9.08;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:10:99:130,0,209
9801 51487-ref 112 . G A 459.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.42;MQ0=0;QD=35.37;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.12:493,39,0
9802 51487-ref 129 . C G 461.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.63;MQ0=0;QD=30.77;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:6.56:493,7,0
9803 51487-ref 175 . T C 307.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ=34.60;MQ0=0;QD=23.65;SB=-0.01;sumGLbyD=25.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:30.54:337,0,31
9804 51487-ref 226 . T C 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9805 51487-ref 237 . A G 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9806 51487-ref 250 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9807 51487-ref 382 . T G 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
9808 51529-ref 11 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9809 51529-ref 12 . C A 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9810 51529-ref 13 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
9811 51529-ref 396 . C G 440.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8311;MQ=31.03;MQ0=0;QD=31.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.09:473,42,0
9812 51529-ref 446 . C T 109.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.82;MQ0=0;QD=21.90;SB=-0.01;sumGLbyD=28.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:142,15,0
9813 51600-ref 23 . A G 20250.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=36.6181;MQ=25.27;MQ0=0;QD=20.25;SB=-0.01;sumGLbyD=17.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:289,710:994:99:17240,0,5255
9814 51600-ref 51 . G A 28176.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=52.4948;MQ=25.27;MQ0=0;QD=28.20;SB=-0.01;sumGLbyD=28.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,988:987:99:28009,2844,0
9815 51600-ref 89 . A G 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:118,12,0
9816 51600-ref 90 . A C 82.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=20.52;SB=-0.01;sumGLbyD=28.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:115,12,0
9817 51600-ref 319 . G T 41.20 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=130;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.7373;MQ=19.22;MQ0=0;QD=0.32;SB=3.00;sumGLbyD=0.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,5:25:71.19:71,0,443
9818 51600-ref 372 . G A 1336.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=476;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=80.2034;MQ=18.84;MQ0=0;QD=2.81;SB=2.97;sumGLbyD=2.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:57,419:56:60.49:1370,60,0
9819 51600-ref 381 . G A 1298.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=474;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=20.5946;MQ=18.82;MQ0=0;QD=2.74;SB=-1.01;sumGLbyD=2.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,468:54:78.37:1332,78,0
9820 51688-ref 196 . A G 35.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.81;MQ0=0;QD=17.87;SB=-26.42;sumGLbyD=33.97 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
9821 51688-ref 293 . T A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
9822 51688-ref 331 . G A 47.34 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=23.67;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
9823 51688-ref 442 . C A 34.97 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=28.44;MQ0=0;QD=5.83;SB=-0.01;sumGLbyD=10.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.96:65,0,79
9824 51688-ref 480 . T C 28269.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=44.0840;MQ=24.73;MQ0=0;QD=28.30;SB=-0.01;sumGLbyD=28.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,995:983:99:28194,2922,0
9825 51688-ref 530 . G T 1148.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.7303;MQ=34.34;MQ0=0;QD=20.50;SB=-0.01;sumGLbyD=21.04 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,39:56:99:1178,0,416
9826 51688-ref 532 . G A 34.34 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.69;MQ0=0;QD=1.91;SB=-0.01;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:64.34:64,0,476
9827 51688-ref 573 . T C 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=29.39;SB=-0.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:6:18.06:239,18,0
9828 51688-ref 606 . T G 73.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.65;SB=-0.01;sumGLbyD=35.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:106,9,0
9829 51750-ref 242 . A G 589.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.29;MQ0=0;QD=32.74;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:54.13:622,54,0
9830 51750-ref 423 . C T 212.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=27.18;MQ0=0;QD=26.50;SB=-0.01;sumGLbyD=30.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:245,24,0
9831 51750-ref 497 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9832 51798-ref 1 . G C 73.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=24.39;SB=-0.01;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:105,9,0
9833 51798-ref 2 . A G 181.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=30.26;SB=-0.01;sumGLbyD=35.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:214,18,0
9834 51798-ref 72 . A G 8521.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.7788;MQ=34.64;MQ0=0;QD=34.09;SB=-0.01;sumGLbyD=32.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,234:246:99:8021,241,0
9835 51798-ref 95 . T G 6670.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=198;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9822;MQ=31.23;MQ0=0;QD=33.69;SB=-88.87;sumGLbyD=33.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,198:197:99:6668,592,0
9836 51798-ref 118 . A G 3727.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=119;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.29;MQ0=0;QD=31.32;SB=-88.87;sumGLbyD=31.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,119:119:99:3726,358,0
9837 51798-ref 123 . C G 2541.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.16;MQ0=0;QD=27.93;SB=-88.87;sumGLbyD=28.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,90:89:99:2574,238,0
9838 51798-ref 139 . G A 1470.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.28;SB=-88.87;sumGLbyD=28.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:51:99:1504,153,0
9839 51798-ref 190 . T A 766.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=28.40;SB=-59.25;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,27:27:81.15:800,81,0
9840 51798-ref 198 . G T 1619.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.04;MQ0=0;QD=31.76;SB=-535.98;sumGLbyD=32.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:50:99:1653,150,0
9841 51798-ref 215 . C G 2408.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=30.39;MQ0=0;QD=32.11;SB=-1045.30;sumGLbyD=32.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:73:99:2441,220,0
9842 51798-ref 239 . A G 2474.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.39;MQ0=0;QD=33.00;SB=-1072.49;sumGLbyD=33.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2508,226,0
9843 51798-ref 271 . C A 663.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9945;MQ=30.70;MQ0=0;QD=25.50;SB=-213.71;sumGLbyD=26.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:24:39.53:696,40,0
9844 51846-ref 264 . G A 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9845 51846-ref 286 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9846 51846-ref 287 . T G 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9847 51846-ref 288 . T C 56.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=29.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:89,9,0
9848 51846-ref 442 . A G 253.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.16;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:284,0,119
9849 51846-ref 679 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9850 51943-ref 121 . C T 126.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9762;MQ=25.00;MQ0=0;QD=18.14;SB=-0.01;sumGLbyD=22.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:8.58:157,0,9
9851 51943-ref 140 . G A 171.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=17;HaplotypeScore=6.7141;MQ=26.60;MQ0=0;QD=19.02;SB=-35.20;sumGLbyD=22.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.97:201,0,13
9852 52035-ref 3 . T G 41.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.94;SB=-0.01;sumGLbyD=24.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:73,6,0
9853 52035-ref 16 . C T 137.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7988;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.77;SB=3.00;sumGLbyD=16.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:168,0,159
9854 52035-ref 113 . G A 460.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.91;SB=-74.00;sumGLbyD=23.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:20:99:490,0,179
9855 52035-ref 131 . T C 852.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.51;SB=-76.99;sumGLbyD=36.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:885,69,0
9856 52035-ref 171 . A G 770.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.67;SB=-0.01;sumGLbyD=38.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:803,63,0
9857 52035-ref 212 . G A 643.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.67;MQ0=0;QD=30.64;SB=-0.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:23.16:676,23,0
9858 52035-ref 260 . A G 276.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.72;MQ0=0;QD=30.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.06:309,27,0
9859 52035-ref 274 . G C 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0
9860 52035-ref 410 . C T 38.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.96;SB=-0.01;sumGLbyD=22.96 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:69,0,31
9861 52035-ref 418 . A G 65.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.09;SB=-0.01;sumGLbyD=19.09 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:95,0,65
9862 52035-ref 420 . C T 71.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=14.25;SB=-0.01;sumGLbyD=20.25 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:101,0,64
9863 52194-ref 1 . G A 114.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.63;SB=-0.01;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:147,12,0
9864 52194-ref 63 . G T 1764.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=51;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.94;MQ0=0;QD=34.60;SB=-0.01;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,51:49:99:1798,147,0
9865 52194-ref 125 . G T 122.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.45;SB=-39.55;sumGLbyD=31.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.04:155,12,0
9866 52194-ref 132 . A G 86.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.85;SB=-39.22;sumGLbyD=39.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
9867 52194-ref 143 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9868 52497-ref 179 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9869 52639-ref 54 . G A 322.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=25.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.46:355,12,0
9870 52639-ref 86 . A C 411.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8318;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.42;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.08:444,45,0
9871 52639-ref 88 . G T 352.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.15;SB=-0.01;sumGLbyD=27.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:13:39.07:385,39,0
9872 52639-ref 89 . T A 322.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=25.00;MQ0=0;QD=23.07;SB=-0.01;sumGLbyD=25.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:12.46:355,12,0
9873 52639-ref 110 . G A 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
9874 52639-ref 128 . T A 117.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.29;SB=-0.01;sumGLbyD=37.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:150,12,0
9875 52639-ref 565 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9876 52652-ref 20 . G A 1170.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9663;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.47;SB=-0.01;sumGLbyD=36.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:59.31:1203,59,0
9877 52652-ref 94 . A G 5705.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=155;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.5166;MQ=36.21;MQ0=0;QD=36.81;SB=-80.02;sumGLbyD=36.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,155:152:99:5705,457,0
9878 52652-ref 101 . G T 5023.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=138;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=36.40;SB=-71.56;sumGLbyD=36.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,138:137:99:5022,412,0
9879 52652-ref 114 . G C 3106.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.78;MQ0=0;QD=36.98;SB=-76.99;sumGLbyD=37.37 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,84:84:99:3139,253,0
9880 52652-ref 439 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9881 52652-ref 524 . A G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9882 52652-ref 540 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9883 52656-ref 26 . G A 77.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.87;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:110,9,0
9884 52656-ref 44 . G A 103.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ=32.73;MQ0=0;QD=20.80;SB=-0.01;sumGLbyD=26.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:134,0,15
9885 52656-ref 60 . A C 146.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.73;MQ0=0;QD=29.30;SB=-0.01;sumGLbyD=35.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:179,15,0
9886 52656-ref 92 . T G 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
9887 52656-ref 96 . T A 20.27 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:50,0,31
9888 52792-ref 330 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9889 52792-ref 490 . T A 254.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.04;MQ0=0;QD=31.77;SB=-0.01;sumGLbyD=35.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.06:287,24,0
9890 52792-ref 561 . T C 834.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=34.39;MQ0=0;QD=34.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.18:867,72,0
9891 52792-ref 569 . A T 766.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.65;MQ0=0;QD=34.82;SB=-0.01;sumGLbyD=36.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:22:66.18:799,66,0
9892 52792-ref 593 . G T 343.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.04;MQ0=0;QD=31.21;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:376,33,0
9893 52792-ref 610 . A C 204.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.50;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.04:237,24,0
9894 52792-ref 623 . A T 73.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=27.82;MQ0=0;QD=14.69;SB=-0.01;sumGLbyD=20.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:103,0,25
9895 52792-ref 642 . G A 494.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.55;MQ0=0;QD=29.12;SB=-0.01;sumGLbyD=31.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:16:8.14:527,8,0
9896 52792-ref 643 . G T 484.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=34.55;MQ0=0;QD=28.52;SB=-0.01;sumGLbyD=30.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:16:8.14:517,8,0
9897 52792-ref 669 . A G 1317.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=36.45;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=36.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:71.34:1351,71,0
9898 52792-ref 732 . T G 1590.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.05;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.76 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:42:99:1624,126,0
9899 52792-ref 750 . A G 710.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=35.54;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:744,60,0
9900 52792-ref 758 . T C 517.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=34.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:551,45,0
9901 52801-ref 684 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9902 52861-ref 149 . G T 47.63 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=23.00;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=7.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:77.62:78,0,161
9903 52861-ref 297 . C A 1101.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4530;MQ=23.00;MQ0=0;QD=25.03;SB=-0.01;sumGLbyD=25.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:43:99:1134,101,0
9904 52861-ref 375 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9905 52861-ref 376 . G C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9906 52861-ref 377 . G A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9907 52861-ref 378 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
9908 52881-ref 25 . T C 435.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=54;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=23.50;MQ0=0;QD=8.06;SB=-0.01;sumGLbyD=8.62 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:465,0,713
9909 52881-ref 37 . T C 2313.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.57;MQ0=0;QD=28.91;SB=-0.01;sumGLbyD=29.33 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:79:99:2346,237,0
9910 52881-ref 57 . A T 3426.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7864;MQ=28.25;MQ0=0;QD=29.80;SB=-0.01;sumGLbyD=29.54 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:111:99:3397,330,0
9911 52881-ref 58 . C A 1310.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.7864;MQ=28.25;MQ0=0;QD=11.40;SB=-0.01;sumGLbyD=11.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,55:112:99:1341,0,1447
9912 53021-ref 37 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9913 53021-ref 305 . C T 27.61 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9967;MQ=34.39;MQ0=0;QD=6.90;SB=-0.01;sumGLbyD=14.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:57.59:58,0,65
9914 53021-ref 326 . C G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=12.80;SB=-0.01;sumGLbyD=23.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:3:6.02:70,6,0
9915 53021-ref 530 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
9916 53328-ref 41 . G T 2247.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=35.68;SB=-0.01;sumGLbyD=36.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:61:99:2281,184,0
9917 53328-ref 71 . C A 2565.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ=34.43;MQ0=0;QD=33.32;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:75:99:2598,184,0
9918 53328-ref 84 . C A 1654.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.87;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:1688,147,0
9919 53328-ref 102 . A C 440.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=27.56;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.09:474,48,0
9920 53328-ref 103 . C T 411.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=25.71;SB=-0.01;sumGLbyD=27.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.08:444,45,0
9921 53329-ref 1 . C T 662.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.89;SB=-0.01;sumGLbyD=36.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:696,57,0
9922 53329-ref 3 . G C 631.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=35.73;MQ0=0;QD=30.08;SB=-0.01;sumGLbyD=31.65 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.14:665,57,0
9923 53329-ref 79 . C A 983.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=21.62;MQ0=0;QD=24.58;SB=-0.01;sumGLbyD=25.40 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:39:99:1016,117,0
9924 53329-ref 80 . C G 786.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.01;MQ0=0;QD=24.58;SB=-0.01;sumGLbyD=25.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:31:92.97:820,93,0
9925 53329-ref 81 . T A 638.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=22.34;MQ0=0;QD=25.54;SB=-0.01;sumGLbyD=26.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75:671,75,0
9926 53329-ref 82 . T A 292.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=26.62;SB=-0.01;sumGLbyD=29.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:326,33,0
9927 53349-ref 129 . G A 273.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.17;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:306,24,0
9928 53388-ref 67 . G C 238.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:271,21,0
9929 53388-ref 137 . A G 17.87 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.4357;MQ=37.00;MQ0=0;QD=0.74;SB=-0.01;sumGLbyD=1.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:47.79:48,0,748
9930 53388-ref 139 . C T 857.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.27;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.22:890,69,0
9931 53388-ref 174 . G A 378.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.44;MQ0=0;QD=21.00;SB=-0.01;sumGLbyD=22.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:17:99:408,0,138
9932 53388-ref 227 . T C 276.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=36.15;MQ0=0;QD=23.04;SB=-0.01;sumGLbyD=25.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:69.12:306,0,69
9933 53388-ref 251 . A C 94.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ=37.00;MQ0=0;QD=18.95;SB=-0.01;sumGLbyD=24.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:125,0,25
9934 53388-ref 315 . G A 51.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=29.55;MQ0=0;QD=8.54;SB=-0.01;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:81.21:81,0,81
9935 53388-ref 318 . A G 11.54 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=29.55;MQ0=0;QD=1.92;SB=-0.01;sumGLbyD=6.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,2:6:41.22:41,0,115
9936 53388-ref 353 . T A 48.21 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9965;MQ=30.72;MQ0=0;QD=6.89;SB=-0.01;sumGLbyD=11.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:78.20:78,0,117
9937 53388-ref 355 . G A 147.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9977;MQ=30.72;MQ0=0;QD=21.07;SB=-0.01;sumGLbyD=25.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17.52:177,0,18
9938 53388-ref 362 . C T 43.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.9967;MQ=30.37;MQ0=0;QD=8.77;SB=-0.01;sumGLbyD=14.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.98:74,0,65
9939 53388-ref 407 . C T 39.56 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.19;SB=-0.01;sumGLbyD=23.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:70,0,31
9940 53388-ref 518 . G C 36.96 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.48;SB=-0.01;sumGLbyD=34.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:68,6,0
9941 53388-ref 519 . T C 26.81 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=13.40;SB=-0.01;sumGLbyD=29.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6:58,6,0
9942 53388-ref 522 . G C 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
9943 53414-ref 20 . G C 21175.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=94.2182;MQ=36.68;MQ0=0;QD=21.18;SB=-21.95;sumGLbyD=18.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:446,553:991:99:18165,0,13895
9944 53414-ref 76 . G A 691.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=6;HaplotypeScore=204.2119;MQ=34.59;MQ0=0;QD=0.69;SB=971.35;sumGLbyD=0.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:887,109:964:99:721,0,27383
9945 53414-ref 112 . C G 37305.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=995;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.4162;MQ=35.55;MQ0=0;QD=37.49;SB=-3071.70;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,993:989:99:37271,2945,0
9946 53414-ref 154 . G C 3791.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=112;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=15.5602;MQ=34.55;MQ0=0;QD=33.85;SB=-0.01;sumGLbyD=33.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,111:112:99:3754,300,0
9947 53414-ref 158 . G A 2582.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=77;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ=33.70;MQ0=0;QD=33.53;SB=-0.01;sumGLbyD=33.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2615,197,0
9948 53414-ref 159 . C A 260.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.21;MQ0=0;QD=21.72;SB=-0.01;sumGLbyD=24.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:3.93:290,0,4
9949 53414-ref 199 . G C 79.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=26.51;SB=-0.01;sumGLbyD=37.36 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:112,9,0
9950 53414-ref 423 . C T 44.02 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.01;SB=-0.01;sumGLbyD=38.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:75,6,0
9951 53414-ref 437 . G C 4365.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=116;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.3024;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.64;SB=-1573.31;sumGLbyD=37.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,114:113:99:4365,340,0
9952 53414-ref 439 . A C 8448.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=276;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.0118;MQ=29.25;MQ0=0;QD=30.61;SB=-3231.01;sumGLbyD=29.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,269:275:99:8230,672,0
9953 53414-ref 498 . C T 34980.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=999;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=58.9229;MQ=33.82;MQ0=0;QD=35.02;SB=-5497.81;sumGLbyD=34.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,984:978:99:34817,2866,0
9954 53414-ref 533 . C T 9525.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=320;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=19.7735;MQ=29.34;MQ0=0;QD=29.77;SB=-2133.26;sumGLbyD=28.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,304:308:99:9265,789,0
9955 53414-ref 557 . G C 18034.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=711;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.4513;MQ=21.30;MQ0=0;QD=25.36;SB=-4.94;sumGLbyD=25.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,702:705:99:17838,1944,0
9956 53414-ref 570 . G A 24883.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=992;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=11.8956;MQ=20.82;MQ0=0;QD=25.08;SB=-29.63;sumGLbyD=25.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,990:978:99:24845,2931,0
9957 53414-ref 587 . G A 24836.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=34.1572;MQ=20.78;MQ0=0;QD=24.84;SB=-0.01;sumGLbyD=24.77 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,998:984:99:24771,2924,0
9958 53414-ref 608 . A C 389.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=45.4659;MQ=24.69;MQ0=0;QD=0.39;SB=-37.00;sumGLbyD=0.42 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:902,97:995:99:419,0,21350
9959 53414-ref 648 . A G 14166.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=781;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=53.5581;MQ=31.30;MQ0=0;QD=18.14;SB=-23.61;sumGLbyD=15.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:316,465:780:99:11810,0,9772
9960 53414-ref 664 . G T 19041.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=501;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=22.8741;MQ=35.51;MQ0=0;QD=38.01;SB=-80.02;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,499:500:99:19010,1502,0
9961 53414-ref 678 . G T 5240.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=464;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=35.6299;MQ=35.47;MQ0=0;QD=11.29;SB=6.01;sumGLbyD=8.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:316,146:459:99:3831,0,10642
9962 53414-ref 698 . C T 5999.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=230;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=57.7677;MQ=35.25;MQ0=0;QD=26.08;SB=-0.01;sumGLbyD=22.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,156:227:99:5245,0,1819
9963 53414-ref 706 . C A 255.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=24.4530;MQ=34.46;MQ0=0;QD=6.23;SB=-0.01;sumGLbyD=6.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:41:99:286,0,927
9964 53414-ref 707 . T A 146.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.9910;MQ=35.03;MQ0=0;QD=7.00;SB=-0.01;sumGLbyD=8.43 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:21:99:177,0,389
9965 53414-ref 715 . T A 98.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=14.08;SB=-0.01;sumGLbyD=18.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:82.39:129,0,82
9966 53439-ref 95 . G A 123.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=30.81;SB=-39.55;sumGLbyD=39.00 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:156,12,0
9967 53439-ref 1055 . T C 564.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.04;MQ0=0;QD=26.87;SB=-0.01;sumGLbyD=28.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.07:597,63,0
9968 53439-ref 1082 . C T 92.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.05;MQ0=0;QD=23.12;SB=-0.01;sumGLbyD=31.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:125,12,0
9969 53439-ref 1083 . G A 94.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.05;MQ0=0;QD=23.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:127,12,0
9970 53460-ref 492 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9971 53460-ref 511 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9972 53460-ref 561 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9973 53460-ref 634 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9974 53460-ref 635 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9975 53491-ref 202 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9976 53491-ref 207 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9977 53491-ref 213 . A T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9978 53628-ref 99 . A G 674.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.47;MQ0=0;QD=35.52;SB=-0.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:708,57,0
9979 53638-ref 124 . C G 531.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=35.42;SB=-0.01;sumGLbyD=37.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:564,45,0
9980 53638-ref 142 . C G 365.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.15;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=36.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:398,33,0
9981 53638-ref 144 . A G 321.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.85;MQ0=0;QD=32.14;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.08:354,30,0
9982 53638-ref 153 . G T 40.75 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.53;SB=-0.01;sumGLbyD=7.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:70.75:71,0,200
9983 53638-ref 186 . T C 33.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.35;SB=-0.01;sumGLbyD=15.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:63.41:63,0,65
9984 53638-ref 231 . C T 306.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=34.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:339,27,0
9985 53638-ref 233 . C G 336.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.98;MQ0=0;QD=33.69;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:370,30,0
9986 53638-ref 282 . G T 602.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.99;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=33.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.14:636,57,0
9987 53638-ref 292 . G T 511.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.05;MQ0=0;QD=30.07;SB=-0.01;sumGLbyD=32.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.11:544,51,0
9988 53638-ref 325 . G C 481.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=30.11;SB=-0.01;sumGLbyD=32.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:515,48,0
9989 53638-ref 326 . G A 480.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.28;MQ0=0;QD=30.02;SB=-0.01;sumGLbyD=32.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.11:513,48,0
9990 53638-ref 432 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
9991 53650-ref 124 . T C 289.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.5980;MQ=25.30;MQ0=0;QD=4.03;SB=6.41;sumGLbyD=4.44 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,18:71:99:320,0,1303
9992 53650-ref 146 . T C 347.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=329;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=24.4274;MQ=25.16;MQ0=0;QD=1.05;SB=459.83;sumGLbyD=1.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:283,46:326:99:377,0,7271
9993 53650-ref 152 . T A 6754.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=387;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.8095;MQ=26.83;MQ0=0;QD=17.45;SB=-2401.47;sumGLbyD=14.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,267:334:99:5643,0,2080
9994 53650-ref 155 . T A 7511.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=418;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=44.1029;MQ=26.89;MQ0=0;QD=17.97;SB=-2780.19;sumGLbyD=15.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:120,288:372:99:6310,0,2369
9995 53650-ref 158 . A G 2668.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=476;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=43.6055;MQ=26.60;MQ0=0;QD=5.61;SB=-61.64;sumGLbyD=5.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:346,126:416:99:2698,0,7159
9996 53650-ref 176 . G A 16488.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=571;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=10.0839;MQ=26.21;MQ0=0;QD=28.88;SB=-7067.98;sumGLbyD=28.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,571:553:99:16480,1662,0
9997 53650-ref 197 . C T 12634.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=521;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=9.2118;MQ=26.28;MQ0=0;QD=24.25;SB=-4631.63;sumGLbyD=21.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,418:519:99:11040,0,1464
9998 53650-ref 227 . G A 4459.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=170;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=22.0897;MQ=24.32;MQ0=0;QD=26.23;SB=-1690.96;sumGLbyD=24.31 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,159:164:99:4133,276,0
9999 53650-ref 243 . C A 115.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.15;MQ0=0;QD=23.18;SB=-0.01;sumGLbyD=29.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:149,15,0
10000 53650-ref 245 . C G 91.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.15;MQ0=0;QD=18.29;SB=-0.01;sumGLbyD=24.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:4:12.02:124,12,0
10001 53650-ref 248 . C T 14.40 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.15;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.23:44,0,74
10002 53703-ref 110 . C G 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-28.84;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
10003 53703-ref 122 . C G 92.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=23.12;SB=-28.19;sumGLbyD=31.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.02:125,12,0
10004 53703-ref 139 . G A 17.31 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=28.48;MQ0=0;QD=4.33;SB=3.00;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.22:47,0,58
10005 53871-ref 196 . T G 14.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.06;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.22:44,0,77
10006 53871-ref 207 . T C 134.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.06;MQ0=0;QD=26.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.03:167,15,0
10007 53871-ref 210 . T C 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.06;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,90
10008 53871-ref 213 . T C 14.38 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=30.06;MQ0=0;QD=2.88;SB=-0.01;sumGLbyD=8.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,2:5:44.21:44,0,89
10009 53871-ref 247 . A G 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.00;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
10010 53871-ref 438 . G T 660.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.08;MQ0=0;QD=25.41;SB=-0.01;sumGLbyD=26.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:25:75.07:694,75,0
10011 53871-ref 518 . A C 188.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ=23.00;MQ0=0;QD=23.54;SB=-0.01;sumGLbyD=27.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.02:221,24,0
10012 53923-ref 96 . G T 50.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=16.99;SB=-0.01;sumGLbyD=27.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.01:83,9,0
10013 53923-ref 175 . A C 26.06 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.02;MQ0=0;QD=13.03;SB=-0.01;sumGLbyD=29.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:57,6,0
10014 53923-ref 224 . G A 312.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.29;MQ0=0;QD=31.22;SB=-40.00;sumGLbyD=34.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:345,30,0
10015 53923-ref 235 . T C 353.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.12;MQ0=0;QD=29.46;SB=-40.01;sumGLbyD=32.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.08:387,33,0
10016 53923-ref 575 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10017 53950-ref 108 . G A 24.11 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.00;MQ0=0;QD=12.05;SB=-0.01;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:55,6,0
10018 53950-ref 137 . G C 109.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.82;MQ0=0;QD=21.90;SB=-0.01;sumGLbyD=28.47 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.02:142,15,0
10019 53950-ref 193 . T C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
10020 53950-ref 194 . C A 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
10021 53950-ref 195 . A C 28.01 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=14.01;SB=-0.01;sumGLbyD=30.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:59,6,0
10022 54031-ref 155 . A G 222.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.60;MQ0=0;QD=31.77;SB=-39.95;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:255,21,0
10023 54050-ref 139 . C T 48.08 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.04;SB=-0.01;sumGLbyD=40.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:79,6,0
10024 54050-ref 167 . G C 167.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.46;SB=-0.01;sumGLbyD=40.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:200,15,0
10025 54111-ref 121 . T G 312.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.72;SB=-0.01;sumGLbyD=38.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.08:346,27,0
10026 54111-ref 135 . G A 353.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.85;MQ0=0;QD=35.33;SB=-0.01;sumGLbyD=38.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:386,30,0
10027 54111-ref 222 . C T 1342.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=36.45;MQ0=0;QD=36.28;SB=-0.01;sumGLbyD=37.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:36:99:1375,108,0
10028 54111-ref 335 . T C 345.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.53;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:378,30,0
10029 54222-ref 12 . A G 384.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=35.95;MQ0=0;QD=34.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:417,33,0
10030 54222-ref 36 . T G 172.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.95;MQ0=0;QD=15.65;SB=-0.01;sumGLbyD=18.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:202,0,155
10031 54237-ref 434 . T C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10032 54237-ref 470 . A G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
10033 54237-ref 496 . T C 87.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.10;SB=-0.01;sumGLbyD=39.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:119,9,0
10034 54312-ref 507 . T C 3815.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.3439;MQ=36.04;MQ0=0;QD=38.16;SB=-1738.49;sumGLbyD=38.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,100:100:99:3815,301,0
10035 54312-ref 531 . G A 3778.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=102;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5220;MQ=35.94;MQ0=0;QD=37.05;SB=-1727.23;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,102:99:99:3779,298,0
10036 54312-ref 578 . T G 6076.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=157;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4195;MQ=36.93;MQ0=0;QD=38.71;SB=-2599.09;sumGLbyD=38.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,157:156:99:6076,469,0
10037 54450-ref 94 . C T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
10038 54450-ref 110 . A T 48.77 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.38;SB=-0.01;sumGLbyD=40.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:80,6,0
10039 54450-ref 205 . G A 194.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.39;SB=-0.01;sumGLbyD=37.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:227,18,0
10040 54450-ref 301 . A T 356.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.95;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=35.44 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:390,33,0
10041 54450-ref 414 . G A 285.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:319,24,0
10042 54450-ref 450 . A G 205.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.29;SB=-0.01;sumGLbyD=39.78 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:239,18,0
10043 54450-ref 519 . G T 373.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.88;MQ0=0;QD=33.99;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.09:407,33,0
10044 54450-ref 544 . A G 47.03 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.12;MQ0=0;QD=3.62;SB=6.01;sumGLbyD=5.92 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:77.02:77,0,338
10045 54450-ref 564 . G A 126.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=15.80;SB=-74.00;sumGLbyD=19.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.96:156,0,96
10046 54450-ref 588 . A T 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.33;SB=12.03;sumGLbyD=10.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:95.94:96,0,165
10047 54450-ref 627 . A G 101.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=12.65;SB=6.01;sumGLbyD=16.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:131,0,135
10048 54450-ref 727 . C T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10049 54495-ref 457 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10050 54495-ref 473 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10051 54668-ref 40 . T A 235.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=38.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:268,21,0
10052 54668-ref 49 . G A 255.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.33;MQ0=0;QD=28.37;SB=-0.01;sumGLbyD=31.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:1.98:285,2,0
10053 54668-ref 54 . A G 47.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.9997;MQ=32.25;MQ0=0;QD=3.96;SB=-0.01;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:77.47:77,0,271
10054 54668-ref 61 . C A 16.62 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8661;MQ=30.02;MQ0=0;QD=0.79;SB=-0.01;sumGLbyD=2.22 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,3:21:46.52:47,0,521
10055 54668-ref 98 . C T 164.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.3518;MQ=31.35;MQ0=0;QD=7.84;SB=-0.01;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:19:99:195,0,339
10056 54668-ref 112 . T C 19.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9598;MQ=34.60;MQ0=0;QD=1.52;SB=-0.01;sumGLbyD=3.83 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,3:13:49.75:50,0,350
10057 54668-ref 173 . T C 99.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9999;MQ=37.00;MQ0=0;QD=11.01;SB=-0.01;sumGLbyD=14.34 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:129,0,163
10058 54668-ref 207 . C A 226.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.33;SB=-0.01;sumGLbyD=32.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:7:21.06:260,21,0
10059 54668-ref 241 . T C 396.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=39.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:429,33,0
10060 54668-ref 308 . T A 371.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=30.92;SB=-0.01;sumGLbyD=33.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:11:33.10:404,33,0
10061 54668-ref 326 . A G 54.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=35.87;MQ0=0;QD=6.02;SB=-0.01;sumGLbyD=9.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:8:84.14:84,0,158
10062 54668-ref 341 . G A 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
10063 54701-ref 330 . G A 6846.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.5831;MQ=23.11;MQ0=0;QD=26.74;SB=-1067.91;sumGLbyD=26.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,255:248:99:6840,744,0
10064 54701-ref 331 . G A 6799.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.5814;MQ=23.11;MQ0=0;QD=26.56;SB=-1037.47;sumGLbyD=26.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,253:248:99:6734,712,0
10065 54701-ref 333 . G C 6876.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=256;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7874;MQ=23.11;MQ0=0;QD=26.86;SB=-1041.02;sumGLbyD=26.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,256:249:99:6870,747,0
10066 54701-ref 350 . A C 2074.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=261;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.7226;MQ=23.39;MQ0=0;QD=7.95;SB=93.64;sumGLbyD=8.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:165,96:248:99:2104,0,3270
10067 54701-ref 382 . G T 305.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.9722;MQ=31.58;MQ0=0;QD=25.44;SB=-69.34;sumGLbyD=28.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:8.42:337,8,0
10068 54701-ref 400 . G A 163.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=20.49;SB=-0.01;sumGLbyD=24.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:10.30:194,0,10
10069 54701-ref 401 . T G 224.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=28.10;SB=-0.01;sumGLbyD=32.22 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:258,24,0
10070 54701-ref 405 . T A 195.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.7298;MQ=26.14;MQ0=0;QD=19.52;SB=-0.01;sumGLbyD=22.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:7:21.05:228,21,0
10071 54701-ref 410 . C T 451.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=142;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=11.5416;MQ=26.78;MQ0=0;QD=3.18;SB=3.00;sumGLbyD=3.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,38:60:99:482,0,1290
10072 54701-ref 457 . T A 15698.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=38.5117;MQ=28.90;MQ0=0;QD=15.70;SB=-61.97;sumGLbyD=13.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:382,616:726:99:13451,0,7003
10073 54701-ref 468 . G C 15776.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1000;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=40.7777;MQ=28.90;MQ0=0;QD=15.78;SB=-61.97;sumGLbyD=13.53 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:381,618:732:99:13532,0,7064
10074 54701-ref 499 . A G 6778.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=451;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=30.3586;MQ=20.12;MQ0=0;QD=15.03;SB=34.77;sumGLbyD=14.72 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,447:267:99:6637,700,0
10075 54745-ref 33 . C T 2736.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4406;MQ=23.55;MQ0=0;QD=27.64;SB=-0.01;sumGLbyD=27.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,99:99:99:2770,297,0
10076 54745-ref 102 . G A 635.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.05;MQ0=0;QD=25.43;SB=-109.62;sumGLbyD=26.75 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.10:669,35,0
10077 54745-ref 111 . G T 1292.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9660;MQ=30.01;MQ0=0;QD=32.31;SB=-429.69;sumGLbyD=33.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1325,120,0
10078 54745-ref 120 . T C 1516.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9660;MQ=32.31;MQ0=0;QD=33.70;SB=-421.23;sumGLbyD=34.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:45:99:1549,135,0
10079 54745-ref 188 . G A 778.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.52;MQ0=0;QD=37.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.64 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.20:811,63,0
10080 54745-ref 226 . A G 633.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=37.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:17:51.17:667,51,0
10081 54745-ref 229 . T C 629.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.02;SB=-0.01;sumGLbyD=38.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:662,51,0
10082 54745-ref 391 . A T 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
10083 54745-ref 393 . A G 38.39 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=19.19;SB=-0.01;sumGLbyD=35.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:70,6,0
10084 54745-ref 411 . A G 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
10085 54745-ref 517 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.21;SB=-0.01;sumGLbyD=20.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,2:1:1.76:40,3,0
10086 54766-ref 203 . C A 126.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.71;SB=-0.01;sumGLbyD=39.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:159,12,0
10087 54841-ref 111 . A C 5126.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=152;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.6475;MQ=32.86;MQ0=0;QD=33.73;SB=-1540.33;sumGLbyD=33.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,149:149:99:5090,413,0
10088 54841-ref 130 . A G 669.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=483;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=12.1243;MQ=35.77;MQ0=0;QD=1.39;SB=-294.32;sumGLbyD=1.45 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:416,67:442:99:699,0,12342
10089 54841-ref 149 . G C 18567.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=493;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.8842;MQ=35.73;MQ0=0;QD=37.66;SB=-5835.85;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,490:486:99:18504,1438,0
10090 54841-ref 151 . G C 2927.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=493;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.2049;MQ=35.73;MQ0=0;QD=5.94;SB=-946.11;sumGLbyD=6.00 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:379,114:493:99:2958,0,12879
10091 54841-ref 176 . A G 15384.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=407;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.2201;MQ=36.85;MQ0=0;QD=37.80;SB=-4789.51;sumGLbyD=37.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,398:398:99:15177,1177,0
10092 54841-ref 203 . A T 856.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.96;SB=-0.01;sumGLbyD=34.23 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:25:47.57:890,48,0
10093 55010-ref 228 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10094 55236-ref 9 . A T 730.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.92;MQ0=0;QD=31.76;SB=-0.01;sumGLbyD=33.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69.15:764,69,0
10095 55236-ref 32 . A G 1163.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.65;MQ0=0;QD=30.61;SB=-0.01;sumGLbyD=31.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,38:36:99:1196,108,0
10096 55236-ref 69 . C G 1437.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=50;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.3322;MQ=28.40;MQ0=0;QD=28.75;SB=-0.01;sumGLbyD=29.41 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,50:49:99:1470,147,0
10097 55236-ref 84 . C T 739.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.77;MQ0=0;QD=26.43;SB=-0.01;sumGLbyD=27.61 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:27:81.09:773,81,0
10098 55236-ref 98 . T A 535.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=23.82;MQ0=0;QD=26.80;SB=-0.01;sumGLbyD=28.45 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.08:569,60,0
10099 55236-ref 120 . A G 20.29 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=6.76;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:20.61:50,0,21
10100 55236-ref 329 . C T 115.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=19.23;SB=-0.01;sumGLbyD=24.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:5:15.03:148,15,0
10101 55236-ref 335 . T C 144.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.14;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.03:178,18,0
10102 55236-ref 388 . G A 2892.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ=33.75;MQ0=0;QD=34.85;SB=-239.35;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,83:81:99:2926,244,0
10103 55236-ref 393 . C T 3400.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=95;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.2306;MQ=34.17;MQ0=0;QD=35.80;SB=-228.82;sumGLbyD=35.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,95:94:99:3400,283,0
10104 55236-ref 443 . A T 3108.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2082;MQ=35.24;MQ0=0;QD=29.89;SB=-0.01;sumGLbyD=30.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,95:99:48.86:3142,49,0
10105 55236-ref 586 . C G 3763.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6187;MQ=33.64;MQ0=0;QD=35.84;SB=-0.01;sumGLbyD=35.84 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:105:99:3763,316,0
10106 55236-ref 609 . G A 3308.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ=33.23;MQ0=0;QD=34.11;SB=-40.01;sumGLbyD=34.10 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:93:99:3308,280,0
10107 55236-ref 633 . C T 2574.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=33.28;MQ0=0;QD=34.80;SB=-40.01;sumGLbyD=35.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:73:99:2608,220,0
10108 55279-ref 210 . G T 276.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=34.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:310,24,0
10109 55279-ref 255 . C G 62.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=6.99;SB=-0.01;sumGLbyD=10.33 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:92.93:93,0,201
10110 55279-ref 273 . A T 96.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.81;SB=-0.01;sumGLbyD=11.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:127,0,239
10111 55279-ref 287 . A T 207.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.28;SB=-0.01;sumGLbyD=19.78 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:237,0,164
10112 55279-ref 361 . G A 247.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.30;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:280,21,0
10113 55279-ref 416 . G A 195.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9732;MQ=35.28;MQ0=0;QD=10.85;SB=-0.01;sumGLbyD=12.52 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:225,0,330
10114 55279-ref 418 . C G 191.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9732;MQ=35.28;MQ0=0;QD=10.63;SB=-0.01;sumGLbyD=12.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:221,0,346
10115 55279-ref 474 . T A 28.98 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=14.49;SB=-0.01;sumGLbyD=30.59 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:60,6,0
10116 55279-ref 519 . G A 210.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.4536;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.08;SB=-24.67;sumGLbyD=9.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:240,0,561
10117 55279-ref 608 . A T 26.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.68;SB=-0.01;sumGLbyD=3.55 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:15:56.80:57,0,430
10118 55505-ref 39 . G T 174.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=25.00;MQ0=0;QD=24.92;SB=-0.01;sumGLbyD=29.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.04:207,21,0
10119 55505-ref 42 . G C 206.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=26.80;MQ0=0;QD=25.78;SB=-0.01;sumGLbyD=29.90 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.03:239,24,0
10120 55505-ref 61 . T C 364.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.58;MQ0=0;QD=30.36;SB=-0.01;sumGLbyD=33.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:397,36,0
10121 55505-ref 78 . G A 1161.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.05;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=32.27 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,36:35:99:1194,102,0
10122 55505-ref 188 . A G 1473.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ=36.87;MQ0=0;QD=18.65;SB=-0.01;sumGLbyD=19.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:77:85.58:1507,86,0
10123 55505-ref 201 . C T 2548.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.6862;MQ=35.16;MQ0=0;QD=33.98;SB=-0.01;sumGLbyD=34.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,73:73:99:2582,197,0
10124 55505-ref 270 . G A 105.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ=23.00;MQ0=0;QD=9.63;SB=-0.01;sumGLbyD=12.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:10:80.63:136,0,81
10125 55505-ref 395 . C T 1578.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.6799;MQ=22.79;MQ0=0;QD=26.76;SB=-0.01;sumGLbyD=27.32 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:1612,177,0
10126 55505-ref 596 . C T 2379.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.05;SB=-0.01;sumGLbyD=36.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:63:99:2412,190,0
10127 55505-ref 690 . C T 3328.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=88;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.2010;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=37.39 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:86:99:3290,220,0
10128 55505-ref 951 . A G 3874.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8633;MQ=36.70;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=37.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:101:99:3874,304,0
10129 55505-ref 1041 . A G 1815.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=37.81;SB=-0.01;sumGLbyD=38.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1848,144,0
10130 55505-ref 1045 . C G 1738.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ=36.13;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=37.70 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:46:99:1772,138,0
10131 55505-ref 1080 . C A 1564.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.27;MQ0=0;QD=37.25;SB=-0.01;sumGLbyD=38.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1598,126,0
10132 55519-ref 53 . C G 234.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.43;SB=-0.01;sumGLbyD=38.14 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:267,21,0
10133 55519-ref 135 . A T 3871.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=106;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=3.4338;MQ=35.18;MQ0=0;QD=36.52;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,106:104:99:3871,313,0
10134 55519-ref 182 . C T 5330.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=164;DS;Dels=0.02;HRun=0;HaplotypeScore=8.2188;MQ=32.00;MQ0=0;QD=32.50;SB=-55.33;sumGLbyD=32.49 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,161:156:99:5329,469,0
10135 55519-ref 801 . A G 1550.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2380;MQ=36.47;MQ0=0;QD=36.06;SB=-29.63;sumGLbyD=36.82 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,42:42:99:1583,123,0
10136 55607-ref 115 . G T 130.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.07;SB=-0.01;sumGLbyD=12.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:161,0,256
10137 55607-ref 152 . C T 116.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.25;SB=-0.01;sumGLbyD=9.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:146,0,383
10138 55607-ref 196 . C T 480.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.96;SB=-0.01;sumGLbyD=39.50 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:514,39,0
10139 55607-ref 219 . A T 312.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.81;SB=-0.01;sumGLbyD=22.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:342,0,149
10140 55607-ref 235 . T G 23.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=1.57;SB=-0.01;sumGLbyD=3.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:53.54:54,0,404
10141 55607-ref 318 . A G 304.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=37.00;MQ0=0;QD=33.80;SB=-0.01;sumGLbyD=37.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.07:337,27,0
10142 55607-ref 347 . A T 59.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.99;SB=-0.01;sumGLbyD=8.99 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:89.92:90,0,242
10143 55607-ref 365 . G A 123.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.24;SB=-0.01;sumGLbyD=10.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:154,0,297
10144 55607-ref 489 . C T 190.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7549;MQ=35.53;MQ0=0;QD=27.24;SB=-0.01;sumGLbyD=31.95 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:6:18.05:224,18,0
10145 55607-ref 557 . C T 318.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.82;SB=-0.01;sumGLbyD=35.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:351,27,0
10146 55607-ref 638 . C G 454.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.80;MQ0=0;QD=32.50;SB=-69.63;sumGLbyD=34.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:488,42,0
10147 55607-ref 658 . C T 385.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.05;MQ0=0;QD=32.16;SB=-69.63;sumGLbyD=34.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.09:419,36,0
10148 55607-ref 686 . A T 28.84 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.90;MQ0=0;QD=2.88;SB=-26.62;sumGLbyD=5.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:58.83:59,0,193
10149 55607-ref 695 . C G 303.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.19;MQ0=0;QD=25.30;SB=-29.62;sumGLbyD=28.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:10:30.07:337,30,0
10150 55607-ref 704 . T C 79.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.60;MQ0=0;QD=6.09;SB=-26.62;sumGLbyD=8.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:10:99:109,0,203
10151 55607-ref 707 . A G 137.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.78;MQ0=0;QD=9.83;SB=-26.62;sumGLbyD=11.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:13:99:168,0,234
10152 55607-ref 767 . C T 407.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=20.38;SB=-0.01;sumGLbyD=21.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:19:99:438,0,177
10153 55607-ref 783 . G T 14.25 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.58;MQ0=0;QD=0.59;SB=-0.01;sumGLbyD=1.84 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,3:24:44.07:44,0,725
10154 55607-ref 794 . A T 570.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=36.54;MQ0=0;QD=25.93;SB=-0.01;sumGLbyD=27.29 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:21:80.79:600,0,81
10155 55607-ref 815 . T C 604.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=36.56;MQ0=0;QD=26.29;SB=-0.01;sumGLbyD=27.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:99:635,0,122
10156 55607-ref 860 . T C 322.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.81;SB=-0.01;sumGLbyD=39.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:355,27,0
10157 55607-ref 887 . T A 227.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.40;SB=-0.01;sumGLbyD=15.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:258,0,308
10158 55607-ref 895 . G A 237.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=13.97;SB=-0.01;sumGLbyD=15.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:267,0,300
10159 55607-ref 911 . T C 91.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ=37.00;MQ0=0;QD=3.53;SB=3.00;sumGLbyD=4.68 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:26:99:122,0,739
10160 55607-ref 984 . G T 42.77 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.8300;MQ=36.24;MQ0=0;QD=2.85;SB=6.01;sumGLbyD=4.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,3:15:72.76:73,0,404
10161 55607-ref 1021 . A T 138.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.31;SB=-0.01;sumGLbyD=21.05 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.94:168,0,96
10162 55607-ref 1034 . T A 367.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.71;SB=-0.01;sumGLbyD=40.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:400,30,0
10163 55607-ref 1181 . T A 109.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ=37.00;MQ0=0;QD=5.78;SB=-0.01;sumGLbyD=7.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:140,0,491
10164 55607-ref 1194 . A G 150.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.9986;MQ=37.00;MQ0=0;QD=7.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:180,0,434
10165 55607-ref 1301 . A G 194.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=16.20;SB=-0.01;sumGLbyD=18.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:224,0,162
10166 55607-ref 1586 . A T 366.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9660;MQ=36.58;MQ0=0;QD=15.29;SB=-0.01;sumGLbyD=16.54 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:23:99:397,0,358
10167 55607-ref 1595 . C T 820.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9243;MQ=36.56;MQ0=0;QD=35.66;SB=-0.01;sumGLbyD=37.09 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:22:66.21:853,66,0
10168 55607-ref 1601 . T C 143.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.44;MQ0=0;QD=7.99;SB=-0.01;sumGLbyD=9.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:99:174,0,370
10169 55607-ref 1639 . T C 260.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=32.58;SB=-0.01;sumGLbyD=36.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:294,24,0
10170 55607-ref 1656 . A G 73.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.41;MQ0=0;QD=10.56;SB=-0.01;sumGLbyD=14.85 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.66:104,0,94
10171 55607-ref 1662 . T C 67.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=29.55;MQ0=0;QD=22.41;SB=-0.01;sumGLbyD=33.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:99,9,0
10172 55607-ref 1695 . T C 148.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=33.02;MQ0=0;QD=18.62;SB=-0.01;sumGLbyD=22.37 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:7:38.18:179,0,38
10173 55607-ref 1724 . C T 196.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.80;SB=-0.01;sumGLbyD=38.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:230,18,0
10174 55607-ref 1769 . A G 36.18 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=18.09;SB=-0.01;sumGLbyD=34.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:67,6,0
10175 55657-ref 135 . G C 582.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=34.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.13:615,51,0
10176 55657-ref 157 . G A 762.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.54;MQ0=0;QD=34.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,22:21:63.20:796,63,0
10177 55657-ref 190 . C T 679.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.77;SB=-0.01;sumGLbyD=37.51 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.18:713,57,0
10178 55657-ref 354 . A G 847.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=36.58;MQ0=0;QD=35.32;SB=-0.01;sumGLbyD=36.69 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:23:69.22:881,69,0
10179 55657-ref 527 . C G 758.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.53;MQ0=0;QD=36.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.68 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,21:21:63.19:791,63,0
10180 55657-ref 529 . G C 722.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=36.15;SB=-0.01;sumGLbyD=37.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.18:756,60,0
10181 55657-ref 530 . G A 703.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.46;MQ0=0;QD=35.15;SB=-0.01;sumGLbyD=36.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.17:736,60,0
10182 55657-ref 744 . G A 1093.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.45;SB=-0.01;sumGLbyD=37.55 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.28:1126,87,0
10183 55657-ref 870 . C T 1655.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6207;MQ=36.78;MQ0=0;QD=36.79;SB=-0.01;sumGLbyD=37.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:95.43:1689,95,0
10184 55657-ref 910 . A T 881.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.25;SB=-0.01;sumGLbyD=36.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.24:914,35,0
10185 55657-ref 940 . T A 1531.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.75;MQ0=0;QD=38.30;SB=-0.01;sumGLbyD=39.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1565,120,0
10186 55657-ref 990 . G C 1631.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.3990;MQ=36.77;MQ0=0;QD=37.08;SB=-0.01;sumGLbyD=37.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:43:99:1665,129,0
10187 55657-ref 1118 . G T 1614.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.44;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.05 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1647,141,0
10188 55657-ref 1120 . G T 1648.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9989;MQ=32.30;MQ0=0;QD=34.35;SB=-0.01;sumGLbyD=35.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1682,144,0
10189 55657-ref 1151 . C G 1554.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ=30.32;MQ0=0;QD=32.38;SB=-0.01;sumGLbyD=33.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:48:99:1587,144,0
10190 55657-ref 1162 . G T 1049.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.29;MQ0=0;QD=30.88;SB=-0.01;sumGLbyD=31.85 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1083,102,0
10191 55657-ref 1192 . G T 1080.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=32.30;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.24:1114,96,0
10192 55657-ref 1201 . C G 1120.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.37;MQ0=0;QD=35.00;SB=-0.01;sumGLbyD=36.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.27:1153,96,0
10193 55657-ref 1231 . G A 1780 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.57;MQ0=0;QD=37.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1813,141,0
10194 55657-ref 1270 . A G 2436.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.68;SB=-0.01;sumGLbyD=39.20 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2470,190,0
10195 55657-ref 1339 . G A 1407.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.0910;MQ=35.28;MQ0=0;QD=29.32;SB=-0.01;sumGLbyD=29.94 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,44:46:17.15:1437,0,17
10196 55657-ref 1366 . A T 1535.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8614;MQ=33.82;MQ0=0;QD=35.72;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1569,129,0
10197 55657-ref 1399 . A G 1297.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=33.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,40:40:99:1331,120,0
10198 55657-ref 1400 . A C 1018.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=40;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.37;MQ0=0;QD=25.46;SB=-0.01;sumGLbyD=26.23 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,36:39:2.77:1047,0,3
10199 55657-ref 1431 . A C 1654.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=48;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8300;MQ=33.25;MQ0=0;QD=34.47;SB=-0.01;sumGLbyD=35.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,48:47:99:1687,141,0
10200 55657-ref 1455 . A T 1553.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.45;MQ0=0;QD=34.51;SB=-0.01;sumGLbyD=35.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,45:44:99:1586,132,0
10201 55657-ref 1476 . A G 1705.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=1.7987;MQ=36.57;MQ0=0;QD=36.29;SB=-0.01;sumGLbyD=36.99 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:45:99:1739,135,0
10202 55657-ref 1570 . G A 1957.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.8665;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.94;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:51:99:1991,153,0
10203 55657-ref 1931 . G A 3737.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=97;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.4490;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.53;SB=-0.01;sumGLbyD=38.53 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,97:96:99:3738,289,0
10204 55657-ref 2160 . T C 3944.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=104;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=36.81;MQ0=0;QD=37.93;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,103:101:99:3945,304,0
10205 55657-ref 2192 . G A 3714.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=99;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4843;MQ=36.80;MQ0=0;QD=37.52;SB=-40.01;sumGLbyD=37.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,98:98:99:3674,255,0
10206 55657-ref 2236 . A T 3842.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=3.5760;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.42;SB=-40.01;sumGLbyD=37.26 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,97:100:99:3726,185,0
10207 55657-ref 2262 . A G 3421.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=90;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.6275;MQ=37.00;MQ0=0;QD=38.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,87:89:99:3347,194,0
10208 55657-ref 2362 . C G 4436.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.3187;MQ=36.91;MQ0=0;QD=38.58;SB=-0.01;sumGLbyD=38.58 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,115:114:99:4436,343,0
10209 55657-ref 2530 . G A 3383.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9124;MQ=36.89;MQ0=0;QD=38.02;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,87:88:99:3343,225,0
10210 55657-ref 2588 . T C 2636.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=72;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.5290;MQ=37.00;MQ0=0;QD=36.61;SB=-0.01;sumGLbyD=37.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,70:72:99:2669,138,0
10211 55657-ref 2807 . G C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10212 55657-ref 2810 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10213 55657-ref 2821 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10214 55685-ref 159 . G C 115.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=28.77;SB=-0.01;sumGLbyD=36.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:148,12,0
10215 55685-ref 450 . C T 718.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=24.76;MQ0=0;QD=23.93;SB=-0.01;sumGLbyD=25.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:34.78:751,35,0
10216 55685-ref 463 . G A 722.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=24.76;MQ0=0;QD=24.09;SB=-0.01;sumGLbyD=25.19 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,28:30:34.78:756,35,0
10217 55685-ref 499 . T G 87.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.33;SB=-0.01;sumGLbyD=40.18 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:120,9,0
10218 55819-ref 237 . G A 139.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=17.42;SB=-0.01;sumGLbyD=21.17 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:84.87:169,0,85
10219 55819-ref 304 . C T 67.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=11.20;SB=-0.01;sumGLbyD=16.20 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.55:97,0,89
10220 55819-ref 314 . T C 194.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.28;MQ0=0;QD=32.44;SB=-0.01;sumGLbyD=37.93 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:228,18,0
10221 55819-ref 344 . G T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
10222 55819-ref 395 . A G 17.30 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.21:47,0,67
10223 55819-ref 399 . G T 106.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.69;SB=-0.01;sumGLbyD=34.88 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
10224 55819-ref 444 . G A 183.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=22.98;SB=-0.01;sumGLbyD=26.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:45.55:214,0,46
10225 55819-ref 453 . C T 15.68 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=1.96;SB=-0.01;sumGLbyD=5.69 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,2:8:45.55:46,0,216
10226 55819-ref 458 . A G 276 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.72;MQ0=0;QD=34.50;SB=-0.01;sumGLbyD=38.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:309,24,0
10227 55819-ref 630 . G T 75.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.06 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.02:108,9,0
10228 55819-ref 677 . A G 76.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=25.39;SB=-0.01;sumGLbyD=36.24 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:108,9,0
10229 55819-ref 706 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10230 55827-ref 123 . C A 744.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;DS;Dels=0.00;HRun=4;HaplotypeScore=0.9967;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.46;SB=-0.01;sumGLbyD=37.04 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:21:60.19:778,60,0
10231 55827-ref 152 . A C 760.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9817;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.17;SB=-0.01;sumGLbyD=28.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,22:28:99:791,0,153
10232 55827-ref 180 . G A 1211.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.71;MQ0=0;QD=34.63;SB=-0.01;sumGLbyD=35.57 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:34:74.66:1245,75,0
10233 55827-ref 240 . T A 2079.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=58;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.9203;MQ=36.65;MQ0=0;QD=35.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.42 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:2113,147,0
10234 55827-ref 673 . C G 2161.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.4206;MQ=36.84;MQ0=0;QD=33.77;SB=-0.01;sumGLbyD=34.29 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:60:99:2194,145,0
10235 55827-ref 755 . A G 1178.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=36.13;MQ0=0;QD=33.67;SB=-0.01;sumGLbyD=34.62 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:34:67.05:1212,67,0
10236 55827-ref 771 . A T 1041.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ=36.35;MQ0=0;QD=33.61;SB=-0.01;sumGLbyD=34.67 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:53.96:1075,54,0
10237 55827-ref 811 . G C 1010.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=5.4445;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.60;SB=-0.01;sumGLbyD=33.66 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:54.78:1044,55,0
10238 55827-ref 860 . A G 1063.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4960;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.97;SB=-0.01;sumGLbyD=39.15 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1096,84,0
10239 55827-ref 894 . T G 393.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.49;MQ0=0;QD=19.66;SB=-0.01;sumGLbyD=21.16 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:423,0,202
10240 55827-ref 921 . C T 393.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=36.07;MQ0=0;QD=35.74;SB=-0.01;sumGLbyD=38.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:426,33,0
10241 55877-ref 118 . C T 106.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=26.52;SB=-0.01;sumGLbyD=34.71 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.03:139,12,0
10242 55877-ref 161 . A G 508.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=33.91;SB=-0.01;sumGLbyD=36.11 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.13:542,45,0
10243 55877-ref 173 . T C 660.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.38;MQ0=0;QD=34.79;SB=-0.01;sumGLbyD=36.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:694,57,0
10244 55877-ref 369 . G C 1726.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=52;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.1213;MQ=36.81;MQ0=0;QD=33.20;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:48:99:1759,110,0
10245 55877-ref 567 . T A 1462.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9996;MQ=37.00;MQ0=0;QD=35.67;SB=-0.01;sumGLbyD=36.48 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:83.35:1496,83,0
10246 55877-ref 909 . T A 2461.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=39.07;SB=-0.01;sumGLbyD=39.60 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,63:63:99:2494,190,0
10247 55877-ref 1365 . A C 2950.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=78;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.5747;MQ=36.61;MQ0=0;QD=37.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.25 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,78:78:99:2983,235,0
10248 55877-ref 1392 . A T 3067.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=1.9172;MQ=36.75;MQ0=0;QD=37.41;SB=-0.01;sumGLbyD=37.81 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,82:82:99:3100,247,0
10249 55877-ref 1762 . A G 3699.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=100;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.0979;MQ=37.00;MQ0=0;QD=37.00;SB=-0.01;sumGLbyD=35.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,97:97:99:3586,216,0
10250 55877-ref 1945 . A G 147.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.55;SB=-0.01;sumGLbyD=36.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:180,15,0
10251 55877-ref 1946 . T A 149.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=29.85;SB=-0.01;sumGLbyD=36.43 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:182,15,0
10252 55877-ref 1948 . T A 33.64 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=16.82;SB=-0.01;sumGLbyD=32.92 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:65,6,0
10253 55877-ref 1957 . G A 119.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=29.83;SB=-0.01;sumGLbyD=38.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:152,12,0
10254 55877-ref 2008 . A G 3543.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.9575;MQ=36.89;MQ0=0;QD=38.94;SB=-0.01;sumGLbyD=38.94 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,91:91:99:3543,274,0
10255 55877-ref 2169 . T A 5485.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=154;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.1981;MQ=36.93;MQ0=0;QD=35.62;SB=-0.01;sumGLbyD=34.21 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,148:151:99:5268,238,0
10256 55877-ref 2251 . A G 6533.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=168;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=8.9782;MQ=36.76;MQ0=0;QD=38.89;SB=-0.01;sumGLbyD=38.89 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,168:168:99:6533,506,0
10257 55877-ref 2365 . C T 6526.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=10.4169;MQ=36.52;MQ0=0;QD=39.08;SB=-0.01;sumGLbyD=39.08 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,167:167:99:6527,503,0
10258 55877-ref 2393 . A G 6014.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=167;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.4532;MQ=33.79;MQ0=0;QD=36.02;SB=-0.01;sumGLbyD=36.01 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,165:165:99:6014,496,0
10259 55877-ref 2431 . T C 4217.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.4692;MQ=30.96;MQ0=0;QD=33.74;SB=-0.01;sumGLbyD=33.73 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,125:124:99:4216,373,0
10260 55877-ref 2443 . T C 4703.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=139;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.70;MQ0=0;QD=33.84;SB=-0.01;sumGLbyD=33.83 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,139:138:99:4703,415,0
10261 55877-ref 2446 . A G 4555.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=135;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.62;MQ0=0;QD=33.75;SB=-0.01;sumGLbyD=33.74 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,135:132:99:4555,397,0
10262 55877-ref 2486 . T C 4149.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=109;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.7779;MQ=36.25;MQ0=0;QD=38.07;SB=-0.01;sumGLbyD=38.07 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,108:108:99:4149,325,0
10263 55877-ref 2528 . T C 5777.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=148;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.3092;MQ=36.86;MQ0=0;QD=39.04;SB=-0.01;sumGLbyD=39.03 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,148:147:99:5777,442,0
10264 55877-ref 2585 . T C 5371.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=143;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=5.8928;MQ=36.79;MQ0=0;QD=37.56;SB=-0.01;sumGLbyD=37.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,143:138:99:5371,415,0
10265 55877-ref 2731 . T G 18.57 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=2.06;SB=-0.01;sumGLbyD=5.39 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:48.50:49,0,250
10266 55877-ref 2750 . A G 125.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=31.33;SB=-0.01;sumGLbyD=39.52 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:158,12,0
10267 55877-ref 2766 . A G 45.74 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.87;SB=-0.01;sumGLbyD=38.98 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.02:77,6,0
10268 55877-ref 2987 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10269 55889-ref 224 . T C 170.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.9998;MQ=35.53;MQ0=0;QD=24.31;SB=-0.01;sumGLbyD=28.60 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:200,0,19
10270 55889-ref 246 . G A 290.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7199;MQ=33.85;MQ0=0;QD=29.00;SB=-0.01;sumGLbyD=32.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:9:27.08:323,27,0
10271 55889-ref 257 . C A 162.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=10;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ=33.85;MQ0=0;QD=16.26;SB=-0.01;sumGLbyD=19.26 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:193,0,109
10272 55889-ref 288 . G A 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
10273 55889-ref 293 . A G 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
10274 55889-ref 389 . C T 28.47 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.37;MQ0=0;QD=1.78;SB=-0.01;sumGLbyD=3.65 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,3:16:58.46:58,0,453
10275 55889-ref 392 . G T 67.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.40;MQ0=0;QD=3.99;SB=-0.01;sumGLbyD=5.75 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,4:17:97.79:98,0,464
10276 55889-ref 443 . A T 230.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=19;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=34.82;MQ0=0;QD=12.14;SB=-0.01;sumGLbyD=13.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:261,0,318
10277 55889-ref 472 . T A 99.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=14;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=34.78;MQ0=0;QD=7.13;SB=-0.01;sumGLbyD=9.27 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:13:99:130,0,276
10278 55889-ref 481 . G C 22.80 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=12;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=1.90;SB=-0.01;sumGLbyD=4.40 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:52.77:53,0,300
10279 55889-ref 483 . T A 49.39 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=13;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.77;MQ0=0;QD=3.80;SB=-0.01;sumGLbyD=6.11 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:79.39:79,0,291
10280 55889-ref 527 . C T 198.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.3990;MQ=31.58;MQ0=0;QD=12.43;SB=-0.01;sumGLbyD=14.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:229,0,210
10281 55889-ref 542 . G C 225.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=16;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=30.83;MQ0=0;QD=14.10;SB=-0.01;sumGLbyD=15.97 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:256,0,192
10282 55889-ref 544 . G A 265.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=17;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.23;MQ0=0;QD=15.62;SB=-0.01;sumGLbyD=17.38 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:295,0,189
10283 55889-ref 568 . G A 405.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=26;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=33.77;MQ0=0;QD=15.61;SB=-0.01;sumGLbyD=16.76 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:436,0,356
10284 55889-ref 599 . A G 304.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=20;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.9994;MQ=33.85;MQ0=0;QD=15.22;SB=-26.62;sumGLbyD=16.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:334,0,272
10285 55889-ref 627 . T C 257.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=15;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.21;MQ0=0;QD=17.15;SB=-0.01;sumGLbyD=19.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:287,0,171
10286 55889-ref 640 . T A 16.46 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ=33.48;MQ0=0;QD=1.83;SB=-0.01;sumGLbyD=5.15 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:7:46.36:46,0,159
10287 55889-ref 644 . G C 94.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=30.37;MQ0=0;QD=18.86;SB=-0.01;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.59:124,0,15
10288 55889-ref 645 . G C 136.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=30.37;MQ0=0;QD=27.23;SB=-0.01;sumGLbyD=33.80 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:169,15,0
10289 55889-ref 728 . C A 65.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=3.64;SB=-0.01;sumGLbyD=5.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:95.47:95,0,489
10290 55889-ref 729 . T A 512.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=35.87;MQ0=0;QD=28.46;SB=-0.01;sumGLbyD=30.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:18:42.13:545,42,0
10291 55889-ref 744 . T C 599.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=24;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.15;MQ0=0;QD=24.96;SB=-0.01;sumGLbyD=26.21 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:629,0,153
10292 55889-ref 751 . G T 815.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=30;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=36.66;MQ0=0;QD=27.18;SB=-0.01;sumGLbyD=28.18 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,24:30:99:846,0,135
10293 55889-ref 797 . C T 1173.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=2.6547;MQ=36.77;MQ0=0;QD=26.68;SB=-0.01;sumGLbyD=27.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,35:43:99:1204,0,202
10294 55889-ref 801 . G T 102.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=45;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=4.4815;MQ=36.78;MQ0=0;QD=2.28;SB=-0.01;sumGLbyD=2.95 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,9:43:99:133,0,1240
10295 55889-ref 804 . C G 144.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=43;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8262;MQ=36.77;MQ0=0;QD=3.36;SB=-0.01;sumGLbyD=4.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,8:43:99:174,0,1234
10296 55889-ref 921 . T G 1064.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8312;MQ=37.00;MQ0=0;QD=24.19;SB=-0.01;sumGLbyD=24.87 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,33:43:99:1094,0,291
10297 55889-ref 962 . G A 800.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=36;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=22.22;SB=-0.01;sumGLbyD=23.06 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:830,0,358
10298 55889-ref 992 . C A 601.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=28;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.50;SB=-0.01;sumGLbyD=22.57 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:632,0,310
10299 55889-ref 1051 . C A 798.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=35;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ=36.71;MQ0=0;QD=22.81;SB=-0.01;sumGLbyD=23.66 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:828,0,332
10300 55889-ref 1224 . T C 817.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=38;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=4.5721;MQ=37.00;MQ0=0;QD=21.51;SB=-0.01;sumGLbyD=22.30 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:36:99:848,0,355
10301 55889-ref 1320 . T C 516.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=63;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7953;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.20;SB=-37.00;sumGLbyD=8.67 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,19:61:99:546,0,1441
10302 55889-ref 1353 . C T 2120.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=56;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.2233;MQ=36.82;MQ0=0;QD=37.87;SB=-63.69;sumGLbyD=38.46 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,56:56:99:2154,169,0
10303 55889-ref 1461 . C T 847.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=42;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.9452;MQ=37.00;MQ0=0;QD=20.18;SB=-0.01;sumGLbyD=20.89 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:42:99:877,0,467
10304 55889-ref 1671 . T G 420.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=44;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.7328;MQ=36.54;MQ0=0;QD=9.56;SB=-0.01;sumGLbyD=10.24 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,15:44:99:451,0,984
10305 55889-ref 1685 . G T 1443.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=41;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7219;MQ=36.51;MQ0=0;QD=35.21;SB=-0.01;sumGLbyD=36.02 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:38:99:1477,114,0
10306 55889-ref 1695 . G T 2043.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=53;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ=36.62;MQ0=0;QD=38.55;SB=-0.01;sumGLbyD=39.17 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2076,160,0
10307 55889-ref 1907 . C G 656.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=80;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8298;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.21;SB=-0.01;sumGLbyD=8.59 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,24:79:99:687,0,1879
10308 55889-ref 1908 . T C 674.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=81;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.8298;MQ=37.00;MQ0=0;QD=8.33;SB=-0.01;sumGLbyD=8.70 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,25:80:99:705,0,1919
10309 55889-ref 2073 . T C 1061.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=114;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ=36.73;MQ0=0;QD=9.31;SB=-0.01;sumGLbyD=9.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,38:112:99:1092,0,2572
10310 55889-ref 2079 . C G 2378.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=113;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=3.6536;MQ=36.73;MQ0=0;QD=21.05;SB=-0.01;sumGLbyD=21.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,72:110:99:2408,0,1193
10311 55889-ref 2082 . C T 3981.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=105;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.3817;MQ=36.71;MQ0=0;QD=37.92;SB=-0.01;sumGLbyD=37.91 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,105:104:99:3981,313,0
10312 55889-ref 2223 . C T 1511.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=71;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=2.4440;MQ=36.72;MQ0=0;QD=21.30;SB=-0.01;sumGLbyD=21.72 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,46:70:99:1542,0,763
10313 55889-ref 2240 . G A 578.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=65;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.3268;MQ=36.69;MQ0=0;QD=8.90;SB=-0.01;sumGLbyD=9.36 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,21:63:99:608,0,1462
10314 55889-ref 2247 . G C 1384.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=62;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.2802;MQ=36.67;MQ0=0;QD=22.34;SB=-0.01;sumGLbyD=22.82 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,41:62:99:1415,0,626
10315 55889-ref 2272 . A C 552.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=55;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=36.45;MQ0=0;QD=10.04;SB=-0.01;sumGLbyD=10.58 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:99:582,0,1233
10316 55889-ref 2290 . C G 1377.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=37;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=36.45;MQ0=0;QD=37.24;SB=-0.01;sumGLbyD=38.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1411,111,0
10317 55889-ref 2300 . T A 250.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=23;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=2.7551;MQ=36.12;MQ0=0;QD=10.89;SB=-0.01;sumGLbyD=12.19 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:280,0,476
10318 55889-ref 2348 . G A 81.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=27.01;SB=-0.01;sumGLbyD=37.86 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:3:9.03:113,9,0
10319 55889-ref 2352 . A C 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10320 55938-ref 253 . A T 35.36 LowQual AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;DS;Dels=0.00;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=17.68;SB=-0.01;sumGLbyD=33.79 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,2:2:6.01:67,6,0
10321 56072-ref 38 . G A 195.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=37.00;MQ0=0;QD=32.63;SB=-0.01;sumGLbyD=38.12 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:229,18,0
10322 56072-ref 637 . T C 622.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=101;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=1.4625;MQ=34.93;MQ0=0;QD=6.16;SB=-0.01;sumGLbyD=6.46 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,25:100:99:652,0,2441
10323 56072-ref 658 . G A 2005.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=161;DS;Dels=0.00;HRun=2;HaplotypeScore=4.8173;MQ=34.86;MQ0=0;QD=12.46;SB=-0.01;sumGLbyD=12.64 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,73:159:99:2036,0,2914
10324 56072-ref 693 . C A 1074.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=180;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=6.7343;MQ=35.11;MQ0=0;QD=5.97;SB=-0.01;sumGLbyD=6.13 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:129,50:177:99:1104,0,4432
10325 56072-ref 696 . T C 855.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=173;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=7.6010;MQ=35.03;MQ0=0;QD=4.95;SB=-0.01;sumGLbyD=5.12 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,45:172:99:885,0,4463
10326 56072-ref 697 . C G 6378.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=171;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=7.6010;MQ=35.01;MQ0=0;QD=37.30;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,171:171:99:6378,514,0
10327 56072-ref 721 . A T 797.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=192;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=17.0331;MQ=36.42;MQ0=0;QD=4.15;SB=-0.01;sumGLbyD=4.31 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,37:187:99:828,0,5212
10328 56072-ref 810 . T G 5569.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=244;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=5.6274;MQ=36.69;MQ0=0;QD=22.82;SB=-0.01;sumGLbyD=19.86 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,142:240:99:4846,0,3094
10329 56072-ref 868 . A G 90.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=25;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=6.7593;MQ=34.71;MQ0=0;QD=3.60;SB=-0.01;sumGLbyD=4.80 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:99:120,0,614
10330 56072-ref 874 . G A 12.81 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=9;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.8318;MQ=30.22;MQ0=0;QD=1.42;SB=-0.01;sumGLbyD=4.73 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:42.57:43,0,199
10331 56130-ref 486 . T C 12.55 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=4.18;SB=-0.01;sumGLbyD=14.10 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:26.26:42,0,26
10332 56130-ref 498 . A T 116.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.39;MQ0=0;QD=29.11;SB=-0.01;sumGLbyD=37.30 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:4:12.04:149,12,0
10333 56130-ref 599 . G A 28.41 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=3;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=33.48;MQ0=0;QD=9.47;SB=-0.01;sumGLbyD=19.47 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2:3:30.98:58,0,31
10334 56130-ref 612 . G A 17.32 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=4;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=31.58;MQ0=0;QD=4.33;SB=-0.01;sumGLbyD=11.81 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:47.24:47,0,51
10335 56130-ref 657 . T C 224.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=28.48;MQ0=0;QD=28.01;SB=-0.01;sumGLbyD=32.13 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.05:257,24,0
10336 56130-ref 672 . C A 86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=27.04;MQ0=0;QD=12.29;SB=-0.01;sumGLbyD=16.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,4:7:12.02:118,12,0
10337 56130-ref 687 . A C 70.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=2.9994;MQ=28.94;MQ0=0;QD=10.06;SB=-0.01;sumGLbyD=14.35 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:6:61.97:100,0,62
10338 56130-ref 691 . A G 137.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=7;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.9999;MQ=28.94;MQ0=0;QD=19.59;SB=-0.01;sumGLbyD=23.88 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.96:167,0,19
10339 56130-ref 705 . A G 165.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=11;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ=32.11;MQ0=0;QD=15.01;SB=-0.01;sumGLbyD=17.74 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:195,0,125
10340 56130-ref 785 . C T 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=3.9989;MQ=33.48;MQ0=0;QD=26.15;SB=-0.01;sumGLbyD=31.63 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:5:15.05:190,15,0
10341 56130-ref 789 . A G 186.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=33.48;MQ0=0;QD=31.07;SB=-0.01;sumGLbyD=36.56 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:219,18,0
10342 56130-ref 798 . A G 156.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=34.93;MQ0=0;QD=31.38;SB=-0.01;sumGLbyD=37.96 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:190,15,0
10343 56130-ref 952 . G A 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10344 56130-ref 957 . T G 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0
10345 56130-ref 961 . G T 10.43 LowQual AC=1;AF=0.50;AN=2;DP=1;DS;Dels=0.00;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=37.00;MQ0=0;QD=10.43;SB=-0.01;sumGLbyD=41.77 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,1:1:1.76:40,3,0