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planemo upload for repository https://bitbucket.org/drosofff/gedtools/
author drosofff
date Sun, 21 Jun 2015 14:30:50 -0400
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children f7684171dab3
files cherry_pick_fasta.py cherry_pick_fasta.xml test-data/input.fa test-data/output.fa
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cherry_pick_fasta.py	Sun Jun 21 14:30:50 2015 -0400
@@ -0,0 +1,36 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+"""
+Chery pick of fasta sequences satisfying a query string in their header/name
+"""
+
+import argparse
+
+def Parser():
+    the_parser = argparse.ArgumentParser(
+        description="Cherry pick fasta sequences")
+    the_parser.add_argument(
+        '--input', action="store", type=str, help="input fasta file")
+    the_parser.add_argument(
+        '--query-string', dest="query_string", action="store", type=str,
+                            help="header containing the string will be extracted as well as the corresponding sequence")
+    the_parser.add_argument(
+        '--output', action="store", type=str, help="output fasta file")
+    args = the_parser.parse_args()
+    return args
+
+def __main__():
+    """ main function """
+    args = Parser()
+    search_term = args.query_string
+    CrudeFasta = open (args.input, "r").read()
+    Output = open (args.output, "w")
+    FastaListe = CrudeFasta.split(">")
+    for sequence in FastaListe:
+        if search_term in sequence:
+            print >> Output,  ">%s" % sequence.rstrip()
+    Output.close()
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    __main__()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/cherry_pick_fasta.xml	Sun Jun 21 14:30:50 2015 -0400
@@ -0,0 +1,48 @@
+<tool id="cherry_pick_fasta" name="Pick Fasta sequences" version="0.9.0">
+  <description>with header satisfying a query string</description>
+  <command interpreter="python">cherry_pick_fasta.py
+                                   --input $input
+                                   --query-string "$query"
+                                   --output $output
+  </command>
+
+  <inputs>
+    <param name="query" type="text" size="30" value="" label="Select sequences with this string in their header" help="exemple: gi|40557596">
+    <sanitizer>
+        <valid initial="string.printable">
+          <remove value="&quot;"/>
+          <remove value="\"/>
+        </valid>
+        <mapping initial="none">
+          <add source="&quot;" target="\&quot;"/>
+          <add source="\" target="\\"/>
+        </mapping>
+      </sanitizer>
+    </param>
+    <param format="fasta" label="Source file" name="input" type="data" />
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output" format="fasta" label="${tool.name} on ${on_string} including '${query.value}' in header" />
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+        <param ftype="fasta" name="input" value="input.fa" />
+        <param name="query" value="gi|81971654" />
+        <output name="output" ftype="fasta" file="output.fa" />
+    </test>
+  </tests>
+  <help>
+**What it does**
+
+This tool retrieves nucleotide/peptide sequences from a fasta file whose headers match a given query string
+
+It is Copyright © 2015 `CNRS and University Pierre et Marie Curie`_ and is released under the `MIT license`_.
+
+.. _CNRS and University Pierre et Marie Curie: http://www.upmc.fr/en/index.html
+.. _MIT license: http://opensource.org/licenses/MIT
+
+  </help>
+  <citations>
+      <citation></citation>
+  </citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/input.fa	Sun Jun 21 14:30:50 2015 -0400
@@ -0,0 +1,56346 @@
+>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122
+TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC
+TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA
+TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG
+CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG
+CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG
+TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT
+GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT
+TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC
+TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG
+CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT
+TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT
+ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG
+TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA
+AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
+GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
+GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG
+GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG
+TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
+TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA
+CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC
+GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
+GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC
+TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC
+>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_63_Transcript_1/2_Confidence_0.333_Length_1607_hit1_IdMatch=52.99,AligLength=536,E-val=0.0
+CTAGAATCACAGCTCAGATGAGTTTTGAGGCACCGAAGGACGCAATTGAAGGACCGTGTC
+AAACCCCGGAAGGATTGTTCGCCCCTATTGGCAAAGCGCCGATAGGCGTAGGGATGTCCA
+CCAAGACGGCTATACGACCTTCACGCTTGTATGGAAGAATAACTAAACCGACAACTGCAC
+CATCATACTTGGGTAAAGACGCGCTTTATCGTGGATTGACCAAGTGTGGTGTTCGCACAG
+TTAATATTCAACCAGAATACATAGACGCAGCGGCGAATGACGTCGCACGCTATGTGTTAA
+ACCAGCATGTTGGTCACGTGGATAGGGAACGATACACACGTATATTGTCGTACGAGGAGG
+CTGTTAAGGGCGTGCCGTACGATGATTTCATGAAGTCAGTGACTCGAGTCACTTCCCCTG
+GTTACCCCTATTGCTTGGATACTGGAAACATGCCAGGGAAAAGCAAATGGATGGGGCTCG
+AACAAGATTTCGATATGACAAGTCCAGCTGCTTTGGCTTTGAGGAAAGATGTTGAAAGTT
+TGTTGGAAGATTGCAAAAATGGCTTAGTCCGTGATGTGGTGTTTGTCGACACTCTCAAGG
+ATGAAAGGCGCGAGCTGATAAAGGTGGAAGCAAAGAAGACTCGAGTCTTTTCTGCTGGAC
+CACAGCATTTTGTAATAGCTTTCCGGCAATACTTTCTTCCATTCTCTGCCTGGGTCATGC
+ATAACAGAATCGAAAACGAAGTAGCCGTTGGAACAAACCCCTTCTCAATGGATTGGCACA
+ACATTGCTGTGCGTATGCGTAGTAAAGGGAGACACATTATTGCTGGAGATTTTAGCAATT
+TTGATGGATCCCTCAACGCCCAAGTTCTCTGGACAATATTTTGGAAGATATTTGTCCCGT
+GGCTTAATGATATTGAACCACTTGGTACACCCAAGAATGAGGAGAATCTGCGGGTCTGCA
+CGAGTCTATGGACGCACTTGGTGCACTCCGTGCACATTTGTGGAGATAACTTGTACATGT
+GGACACATTCTCAACCATCGGGCAATCCCTTCACGGTGATAATCAATAGTTTGTATAACT
+CAGTTATCATGCGTGTCGTGTGGCAATACATAATGGCGAAAGAAGAACCTAAGTTACGCA
+CAATGAACCATTTCAATCAACATGTTGCTATGGTTTCATATGGTGATGACAATCTACTTA
+ACATCTCGGAAGGGGTAATTGATATCTTCAACCAACTTACCATCTCGGAAGCCATGCGTT
+GGATAGGACACGAATACACAGATGAAACGAAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACAT
+TGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGGTTCAGAATGGATCACCTCTTGTGTCGGTGGG
+TAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTACGAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTA
+ACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATTGATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATCACG
+GAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGGCAGATACTTGAGCAGCGGGATGTGTTGGTTG
+AATATCCTCAA
+>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit1_IdMatch=24.95,AligLength=537,E-val=8e-47
+GAATTCGTGCGCATGCAAAGAATAAATGACCACCCTTCGGGTTGGAAAGCTACGGATGAA
+GTATATGGCTATGCAGAGTTCTCGAAACTAATGTGTGCTGAATGGAAGAGAAGGAAGACA
+GAACATCAGAATACTGTTGACTTCCTTAAGAAGTATGCAGAGCGACCCTTCGAGACCAAC
+CCCGGACCAGTGGAGGATATCCCAATAAGACACGATGATGTCGAGCAGGGGGTAGAAGCG
+CAGATGGGTCGAGATGCAGATTGGTTTAACAATGACATAGCGGAACGTATAGCGCGTGGA
+CAGGATATTACTGATATCTTGTATGAGTATGCTGAAGATGACGAGTTGCATGAGGATTAC
+ATGGCTTACAAGAAACAGCAGGCCCAGCCTAGTAAGTGGGACAAATACGCGCGCCGTCTC
+GAAAGTGCAATTACGGAAGGAAAGAATTTCCTTGCCCGTGTGGTTTCAAAAATAGCCAGC
+GTCATTCGGGAGAACCCATATTTGACCATGATGGCAACTGTGGGGAGCGTTCTCGCTCTG
+TATGGAGCTATGCGTTGGTTTTCGAAAGGAGTAACGGAGACTTTTGACGCTGAAGAAGTT
+ACTATTCCCAACGAAACCAAGGTAGAGAACGTTGTGCGTACGGAGGGTTTTGAATCTTAC
+GACCATCGGACTCCGCGCGCTCATCGAGCCAACAGGCAATATGTGCGAGCTGAGGCGATG
+ATAGATGAAACAGGGTACCTGGTAGCCAACAACAAAGTCACTGGCAACACGTATCGAATG
+TGTATCAAGAGGGATCCTGATGATTTGGTCGTTGGAAACGCTGTGTTTATCACAGGGTGG
+ACGCTCCTCATACCGTACCACTTCGTTTGTGGACTGGCGGGACGGAGAATAGCTGCTGAT
+TCCATCGTGACTTTGTCAAAGCCAGGCTTGGATAAGATTATTGAATTCCCGTTGTCACGA
+ATCTTCCGATACGATACCTCACCAGATGGTTTTACCACTAGTGAGTATTGTGCTCGAATG
+GAACATGAAGATGGAGAATTGGTTGATGCCATCCTGGTAAACCTGCATGGTTTGGGAGTG
+CGAATCCATCCTGACCTCCGGGGAAAAATTGTGACGGTACGAGACCAAGCGCACCTGAGT
+ACGACATTTCATGCGATTCTCACAACGATGTCCAGGAAGCCACCACTAACAACGTCACAA
+CAAGTGGTAAAAGGGGTCAAGCCAATGGATAAAATCCTGCACATCAATTTACCAGTTGGG
+GACAAAACAACGCAATACACCCAACGTGACTGTTACAAGTATTATTCCGTAACGGTCGTT
+GGAGATTGTGGTGCCTTGCTGGTAGCACAAAATCATGCAATTGTGAGGAAAATATTTGCA
+ATGCATATAGCAGGTGCGGAAGAAAATGGCTATGCTTGTCCAATCAATCAGGAAATGTTA
+G
+>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_63_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_343_hit1_IdMatch=50.86,AligLength=116,E-val=6e-30
+ACACAGTCCACAGTCCGAAGACCAAAGCGTTGGATAGGACACGAATACACAGATGAAACG
+AAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGG
+TTCAGAATGGATCACCTCTTGTGTCGGTGGGTAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTAC
+GAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTAACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATT
+GATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATCACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGG
+CAGATACTTGAGCAGCGGGATGTGTTGGTTGAATATCCTCAA
+>gi|81971654|sp|Q9IJX4.1|POLN_CRPVC_RecName:_Full_Replicase_polyprotein;_Contains:_RecName:_Full_Pro--Locus_65_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_1324_hit1_IdMatch=43.5,AligLength=446,E-val=1e-119
+CTTGAGGATACTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGCTCGTAGCACAAAATACATCC
+GCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAATGCTTTGCATTGTTTTGATT
+TGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCGCGGTACTTATAGTGGTTGCT
+CTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAGCTATGGACATGTATCGCGTA
+ATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCGTTTTCCATCCGTGGTTGAAC
+ACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGTGTCTCAAGAAATTACCAGGA
+AAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCTTACCCAAAGCTGTTAAGGGT
+GCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATCTCTCTTTGGATCACGTCAAG
+GCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGGCTGAATCATCAAGCGCCAAA
+GTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGATTGGAACAACGAAGTAAAATC
+GATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGTATCACACTGGATTGCAATTT
+GCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCGTGAACAGTGCGCTAAGACCA
+GCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAAAAGGAGGGAGTCGTAAGATG
+AGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTGGGAAAACCTCTATGGTGGAT
+CCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGGGACCTGAACATCTCCACTCG
+TTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATGGTTACAAAGCCCACAAGATA
+GTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTGTGAACAGGAATTTGGAGGTA
+TTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACCTTCATATGGCTTGTCTCTCG
+GATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACACTACCAACGAAATGAATGTC
+AAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACCGCATGAGTGAAAACGCGTTC
+ACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAGGATCAACCGGCAATAAGCAG
+TATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATCTCGATGTGTACGAATTCGTG
+CGC
+
+>gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_1324_hit1_IdMatch=43.5,AligLength=446,E-val=1e-119
+CTTGAGGATACTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGCTCGTAGCACAAAATACATCC
+GCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAATGCTTTGCATTGTTTTGATT
+TGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCGCGGTACTTATAGTGGTTGCT
+CTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAGCTATGGACATGTATCGCGTA
+ATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCGTTTTCCATCCGTGGTTGAAC
+ACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGTGTCTCAAGAAATTACCAGGA
+AAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCTTACCCAAAGCTGTTAAGGGT
+GCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATCTCTCTTTGGATCACGTCAAG
+GCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGGCTGAATCATCAAGCGCCAAA
+GTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGATTGGAACAACGAAGTAAAATC
+GATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGTATCACACTGGATTGCAATTT
+GCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCGTGAACAGTGCGCTAAGACCA
+GCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAAAAGGAGGGAGTCGTAAGATG
+AGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTGGGAAAACCTCTATGGTGGAT
+CCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGGGACCTGAACATCTCCACTCG
+TTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATGGTTACAAAGCCCACAAGATA
+GTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTGTGAACAGGAATTTGGAGGTA
+TTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACCTTCATATGGCTTGTCTCTCG
+GATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACACTACCAACGAAATGAATGTC
+AAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACCGCATGAGTGAAAACGCGTTC
+ACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAGGATCAACCGGCAATAAGCAG
+TATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATCTCGATGTGTACGAATTCGTG
+CGC
+>gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_65_Transcript_1/2_Confidence_0.667_Length_1344_hit1_IdMatch=43.46,AligLength=451,E-val=2e-122
+TAGATAAGGTTTGCTCATTTCTTGAGGATGCTTTACCAGGTATGGTCGAGCACGTTACGC
+TCGTAGCACAAAATACATCCGCGTCAGCCAAGGTGTTATCTGACGAGTTGATCAAATCAA
+TGCTTTGCATTGTTTTGATTTGCTTGTTGATTGAAACCAAGTTCTATAAGACCGCTTTCG
+CGGTACTTATAGTGGTTGCTCTACGTGTTTTCGGGTACAGTGAGCAAATAATTGAGACAG
+CTATGGACATGTATCGCGTAATTAGGGCTCCAAAGGCTCAAGGTAATATGGAAGATGTCG
+TTTTCCATCCGTGGTTGAACACGTGTGGAAAGTTGATTTTCCTACTTATCGCTGTCCTGT
+GTCTCAAGAAATTACCAGGAAAGAACGACGTAGACACTTTCATGCGCAGGCTCGACAGCT
+TACCCAAAGCTGTTAAGGGTGCGACACAACTACATGAATGGGTGTCAAAATACTTCGATC
+TCTCTTTGGATCACGTCAAGGCGATGATTGTTGGTAAATCTTGTGCCGAAATGAAGAAGG
+CTGAATCATCAAGCGCCAAAGTTTTGGCTTGGGCCGCTAGAGTTCAAGATTTCGTCAGAT
+TGGAACAACGAAGTAAAATCGATAGTGATATCGCTGTCGCCAACGAGGCTGAAGCCTTGT
+ATCACACTGGATTGCAATTTGCAGGAGACACTCTGTTACCTCCAGAATTGCACAAGGTCG
+TGAACAGTGCGCTAAGACCAGCCCGCGATATATATGAGTACGTCACCCGCTCCCCAATAA
+AAGGAGGGAGTCGTAAGATGAGACCCTTGATGATTTGGCTAGCTGGCCAGTCAGGAATTG
+GGAAAACCTCTATGGTGGATCCTCTATGTATCGATTTGCTTCGAGCAATGGGTTATGTGG
+GACCTGAACATCTCCACTCGTTGGTGTATGGCCGCCAAGTTGAGACGGAGTACTGGGATG
+GTTACAAAGCCCACAAGATAGTGATCTATGATGATGCTTTTCAGCTGAAAGATGATGCTG
+TGAACAGGAATTTGGAGGTATTTGAGGTTATACGTTCTTGCAACACGTATCCTCAACACC
+TTCATATGGCTTGTCTCTCGGATAAAAACACTTTTTCAGTAGCGGAAGTGTACATCTACA
+CTACCAACGAAATGAATGTCAAACTTGAGTCGCTGACTCATGAACAAGCATTCTACAACC
+GCATGAGTGAAAACGCGTTCACTGTGCGTCCAAAAGAGGCTTATCGTCTAGTCGAAGAAG
+GATCAACCGGCAATAAGCAGTATCGTTTGGACAAAACGAAAACCAAAGGAGCTATCGATC
+TCGATGTGTACGAATTCGTGCGC
+>gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_63_Transcript_2/2_Confidence_0.333_Length_343_hit1_IdMatch=50.86,AligLength=116,E-val=6e-30
+ACACAGTCCACAGTCCGAAGACCAAAGCGTTGGATAGGACACGAATACACAGATGAAACG
+AAAACAGGCGAGGCTGCGCCCTATCGGACATTGGAAGAAGTCCGTTTCCTTAAAAGAGGG
+TTCAGAATGGATCACCTCTTGTGTCGGTGGGTAGCTCCTTTGAAGAAGGATGTCATCTAC
+GAAATGCTTAATTGGACGCGCAAAGGGATTAACCCAGATGATGTGACGATGATGATCATT
+GATACAGCATTTAGGGAGATCTCTTATCACGGAAGGGAAGCTTTCGAGAAGCTGCGAGGG
+CAGATACTTGAGCAGCGGGATGTGTTGGTTGAATATCCTCAA
+>gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_63_Transcript_1/2_Confidence_0.333_Length_1607_hit1_IdMatch=52.99,AligLength=536,E-val=0.0
+CTAGAATCACAGCTCAGATGAGTTTTGAGGCACCGAAGGACGCAATTGAAGGACCGTGTC
+AAACCCCGGAAGGATTGTTCGCCCCTATTGGCAAAGCGCCGATAGGCGTAGGGATGTCCA
+CCAAGACGGCTATACGACCTTCACGCTTGTATGGAAGAATAACTAAACCGACAACTGCAC
+CATCATACTTGGGTAAAGACGCGCTTTATCGTGGATTGACCAAGTGTGGTGTTCGCACAG
+TTAATATTCAACCAGAATACATAGACGCAGCGGCGAATGACGTCGCACGCTATGTGTTAA
+ACCAGCATGTTGGTCACGTGGATAGGGAACGATACACACGTATATTGTCGTACGAGGAGG
+CTGTTAAGGGCGTGCCGTACGATGATTTCATGAAGTCAGTGACTCGAGTCACTTCCCCTG
+GTTACCCCTATTGCTTGGATACTGGAAACATGCCAGGGAAAAGCAAATGGATGGGGCTCG
+AACAAGATTTCGATATGACAAGTCCAGCTGCTTTGGCTTTGAGGAAAGATGTTGAAAGTT
+TGTTGGAAGATTGCAAAAATGGCTTAGTCCGTGATGTGGTGTTTGTCGACACTCTCAAGG
+ATGAAAGGCGCGAGCTGATAAAGGTGGAAGCAAAGAAGACTCGAGTCTTTTCTGCTGGAC
+CACAGCATTTTGTAATAGCTTTCCGGCAATACTTTCTTCCATTCTCTGCCTGGGTCATGC
+ATAACAGAATCGAAAACGAAGTAGCCGTTGGAACAAACCCCTTCTCAATGGATTGGCACA
+ACATTGCTGTGCGTATGCGTAGTAAAGGGAGACACATTATTGCTGGAGATTTTAGCAATT
+TTGATGGATCCCTCAACGCCCAAGTTCTCTGGACAATATTTTGGAAGATATTTGTCCCGT
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+>gi|21321709|ref|NP_647481.1|_nonstructural_polyprotein__Cricket_paralysis_virus--Locus_50_Transcript_1/1_Confidence_0.000_Length_1442_hit1_IdMatch=24.95,AligLength=537,E-val=8e-47
+GAATTCGTGCGCATGCAAAGAATAAATGACCACCCTTCGGGTTGGAAAGCTACGGATGAA
+GTATATGGCTATGCAGAGTTCTCGAAACTAATGTGTGCTGAATGGAAGAGAAGGAAGACA
+GAACATCAGAATACTGTTGACTTCCTTAAGAAGTATGCAGAGCGACCCTTCGAGACCAAC
+CCCGGACCAGTGGAGGATATCCCAATAAGACACGATGATGTCGAGCAGGGGGTAGAAGCG
+CAGATGGGTCGAGATGCAGATTGGTTTAACAATGACATAGCGGAACGTATAGCGCGTGGA
+CAGGATATTACTGATATCTTGTATGAGTATGCTGAAGATGACGAGTTGCATGAGGATTAC
+ATGGCTTACAAGAAACAGCAGGCCCAGCCTAGTAAGTGGGACAAATACGCGCGCCGTCTC
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