Mercurial > repos > iuc > homer_annotatepeaks

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/homer_annotatePeaks.xml	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,133 @@
+<tool id="homer_annotatePeaks" name="annotatePeaks" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="20.05">
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <expand macro="requirements"/>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+annotatePeaks.pl
+## Peak file
+'$input'
+## Genome
+#if $CpG.bool == "true":
+    #if $CpG.genome.source == 'installed':
+        '${CpG.genome.all_fasta_source.fields.path}'
+    #else
+        '${CpG.genome.fasta}'
+    #end if
+    -CpG
+#else
+    none
+#end if
+#if $gtf_file:
+    -gtf '$gtf_file'
+#end if
+#if $ann_file:
+    -ann '$ann_file'
+#end if
+> '$output'
+        ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="input" type="data" format="bed,encodepeak,tabular" label="Peak file"/>
+        <!-- CpG -->
+        <conditional name="CpG">
+            <param name="bool" type="select" label="Do you want to compute CpG/GC content?">
+                <option value="true">Yes</option>
+                <option value="false">No</option>
+            </param>
+            <when value="true">
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" type="select" label="Will you select a reference genome from your history or use a installed genome?">
+                        <option value="installed">Installed</option>
+                        <option value="history">From History</option>
+                    </param>
+                    <when value="installed">
+                        <param name="all_fasta_source" type="select" label="Source FASTA Sequence">
+                            <options from_data_table="all_fasta">
+                                <filter type="sort_by" column="2"/>
+                                <validator type="no_options" message="No references are available"/>
+                            </options>
+                        </param>
+                    </when>
+                    <when value="history">
+                        <param name="fasta" type="data" format="fasta" label="Select reference genome"/>
+                    </when>
+                </conditional>
+            </when>
+            <when value="false"/>
+        </conditional>
+        <param name="gtf_file" type="data" format="gtf,gff,gff3" optional="True" label="GTF file" help="Must be of datatype &quot;gtf&quot; or &quot;gff&quot; or &quot;gff3&quot;" argument="-gtf"/>
+        <param name="ann_file" type="data" format="tabular" optional="True" label="Annotation data file for HOMER" help="This file can be generated from gtf with the tool 'Converts GTF to Annotations file for Homer" argument="-ann"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data format="tabular" name="output"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- first simple test with ann and gtf-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="ann_file" value="annotations_default_simplified.txt" ftype="tabular"/>
+            <param name="gtf_file" value="small_simplified.gtf" ftype="gtf"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_first.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- second simple test with ann only-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="ann_file" value="annotations_default.txt" ftype="tabular"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_second.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!-- third simple test with gtf only-->
+            <param name="input" value="CTCF_peaks.bed" ftype="bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <param name="gtf_file" value="small_simplified.gtf" ftype="gtf"/>
+            <output name="output" file="CTCF_peaks_third.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with CpG-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="true"/>
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" value="history"/>
+                    <param name="fasta" value="phiX174.fasta"/>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiXcpg.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with CpG from table-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="true"/>
+                <conditional name="genome">
+                    <param name="source" value="installed"/>
+                    <param name="all_fasta_source" value="phiX174"/>
+                </conditional>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiXcpg.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+        <test expect_num_outputs="1">
+            <!--test with nothing-->
+            <param name="input" value="fake_phix_peaks.bed"/>
+            <conditional name="CpG">
+                <param name="bool" value="false"/>
+            </conditional>
+            <output name="output" file="phiX_nothing.txt" ftype="tabular" compare="diff" lines_diff="2"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+This wrapper allow to annotate peaks with simple annotations with annotatePeaks.pl from HOMER.
+The annotation file and the GTF file may seem redundant but:
+- the use of gtf file only misses the UTR annotations and does not allow to set the desired offsets for TSS and TTS.
+- the use of annotation file only misses the distance to tss and the correspondance between id and classical gene name.
+        ]]></help>
+    <expand macro="citation"/>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,49 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">4.11</token>
+    <!-- HOMER index version compatible with this version of HOMER
+    This is the HOMER version that introduced the preparsed structure expected
+    by the current version. -->
+    <token name="@IDX_VERSION@">4.11</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <xml name="xrefs">
+        <xrefs>
+            <xref type="bio.tools">homer</xref>
+        </xrefs>
+    </xml>
+    <xml name="requirements">
+        <requirements>
+            <requirement type="package" version="4.11">homer</requirement>
+        </requirements>
+    </xml>
+    <xml name="choose_center">
+        <conditional name="choose_center">
+            <param name="center" type="select" label="Do you want to center your sequence on the peak center?">
+                <option value="centered" selected="True">Yes</option>
+                <option value="manual">No, I want asymetric (raise an error if given was chosen above)</option>
+            </param>
+            <when value="centered"/>
+            <when value="manual">
+                <param name="sizes" type="integer" value="-100" label="sequence start relative to center"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="mask_size">
+        <param argument="-mask" type="boolean" truevalue="True" falsevalue="False" label="mask repeats/lower case sequence"/>
+        <conditional name="fixed_size">
+            <param name="size_fixed" type="select" label="Do you want a fixed fragment size?">
+                <option value="fixed" selected="True">Yes</option>
+                <option value="given">No, I want to keep the size of my peaks (-size given)</option>
+            </param>
+            <when value="given"/>
+            <when value="fixed">
+                <param argument="-size" type="integer" min="0" value="200" label="fragment size in bp"/>
+                <expand macro="choose_center"/>
+            </when>
+        </conditional>
+    </xml>
+    <xml name="citation">
+        <citations>
+            <citation type="doi">10.1016/j.molcel.2010.05.004</citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/CTCF_peaks.bed	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,66 @@
+chr10	95489848	95489849	chr10:95489648-95490124	9.37574	+	95489848	95489848	236,28,36
+chr10	95550657	95550658	chr10:95550458-95550913	22.4312	+	95550657	95550657	236,28,36
+chr10	95551883	95551884	chr10:95551647-95552156	9.8358	+	95551883	95551883	236,28,36
+chr10	95557476	95557477	chr10:95557210-95557760	15.8474	+	95557476	95557476	236,28,36
+chr10	95858373	95858374	chr10:95858061-95858620	8.91987	-	95858373	95858373	46,49,145
+chr10	95894941	95894942	chr10:95894657-95895156	14.5144	-	95894941	95894941	46,49,145
+chr10	95898656	95898657	chr10:95898384-95898961	12.5406	+	95898656	95898656	236,28,36
+chr10	96033867	96033868	chr10:96033562-96034101	20.0255	-	96033867	96033867	46,49,145
+chr10	96080634	96080635	chr10:96080279-96080903	6.11901	-	96080634	96080634	46,49,145
+chr10	96105359	96105360	chr10:96104999-96105605	12.8558	-	96105359	96105359	46,49,145
+chr10	96132305	96132306	chr10:96131980-96132540	14.3011	+	96132305	96132305	236,28,36
+chr10	96182451	96182452	chr10:96182221-96182632	9.96549	+	96182451	96182451	236,28,36
+chr10	96214052	96214053	chr10:96213797-96214300	26.3993	+	96214052	96214052	236,28,36
+chr10	96616854	96616855	chr10:96616623-96617093	4.72295	-	96616854	96616854	46,49,145
+chr10	96618518	96618519	chr10:96618332-96618740	7.7811	+	96618518	96618518	236,28,36
+chr10	96934833	96934834	chr10:96934538-96935160	10.7794	-	96934833	96934833	46,49,145
+chr10	97160696	97160697	chr10:97160138-97160734	9.26797	-	97160696	97160696	46,49,145
+chr10	97313143	97313144	chr10:97312750-97313424	16.1617	-	97313143	97313143	46,49,145
+chr10	97340069	97340070	chr10:97339748-97340355	8.23779	-	97340069	97340069	46,49,145
+chr10	97345534	97345535	chr10:97345244-97345845	21.9543	+	97345534	97345534	236,28,36
+chr10	97375992	97375993	chr10:97375737-97376277	17.1427	+	97375992	97375992	236,28,36
+chr10	97670411	97670412	chr10:97670243-97670641	15.0213	-	97670411	97670411	46,49,145
+chr10	97689620	97689621	chr10:97689400-97689842	6.20282	-	97689620	97689620	46,49,145
+chr10	97704766	97704767	chr10:97704497-97705056	12.2858	-	97704766	97704766	46,49,145
+chr10	97712886	97712887	chr10:97712528-97713193	16.5834	+	97712886	97712886	236,28,36
+chr10	97768453	97768454	chr10:97768293-97768873	-1.29559	.	97768453	97768453	0,0,0
+chr2	73745858	73745859	chr2:73745562-73746116	15.583	-	73745858	73745858	46,49,145
+chr2	73792430	73792431	chr2:73792224-73792669	11.3969	+	73792430	73792430	236,28,36
+chr2	73868302	73868303	chr2:73868052-73868532	16.5297	-	73868302	73868302	46,49,145
+chr2	73925250	73925251	chr2:73924997-73925519	6.64944	+	73925250	73925250	236,28,36
+chr2	73947567	73947568	chr2:73947347-73947809	11.7	-	73947567	73947567	46,49,145
+chr2	73965796	73965797	chr2:73965501-73966069	18.8918	+	73965796	73965796	236,28,36
+chr2	73987358	73987359	chr2:73987054-73987519	5.75056	-	73987358	73987358	46,49,145
+chr2	73998748	73998749	chr2:73998449-73999023	4.45417	-	73998748	73998748	46,49,145
+chr2	74027927	74027928	chr2:74027638-74028176	17.1136	+	74027927	74027927	236,28,36
+chr2	74066830	74066831	chr2:74066544-74067106	4.26306	+	74066830	74066830	236,28,36
+chr2	74247701	74247702	chr2:74247519-74247926	19.6437	-	74247701	74247701	46,49,145
+chr2	74300454	74300455	chr2:74300183-74300724	21.3163	+	74300454	74300454	236,28,36
+chr2	74305972	74305973	chr2:74305723-74306142	15.4325	-	74305972	74305972	46,49,145
+chr2	74655531	74655532	chr2:74655214-74655823	11.0865	-	74655531	74655531	46,49,145
+chr2	74661783	74661784	chr2:74661581-74662231	6.32635	-	74661783	74661783	46,49,145
+chr2	74663751	74663752	chr2:74663455-74664030	5.5749	-	74663751	74663751	46,49,145
+chr2	74673182	74673183	chr2:74672881-74673432	11.6759	-	74673182	74673182	46,49,145
+chr2	74686486	74686487	chr2:74686220-74686785	8.18583	+	74686486	74686486	236,28,36
+chr2	74691769	74691770	chr2:74691505-74692018	10.8344	+	74691769	74691769	236,28,36
+chr2	74694233	74694234	chr2:74693923-74694529	6.49186	-	74694233	74694233	46,49,145
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+exon (ENSMUST00000059272, exon 1 of 2)	chr2	74698587	74698833	+	E	47
+intron (ENSMUST00000059272, intron 1 of 1)	chr2	74698834	74699179	+	I	88
+exon (ENSMUST00000059272, exon 2 of 2)	chr2	74699180	74699421	+	E	49
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_default_stats.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,8 @@
+Annotation	Number of peaks	Total size (bp)	Log2 Ratio (obs/exp)	LogP enrichment (+values depleted)
+3UTR	5.0	4601	8.659	-26.809
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_exon_start.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,110 @@
+Intergenic	chr2	1	74667309	+	N	1900000000
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+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2)	chr2	74703349	74703614	-	E	108
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+5' UTR (ENSMUST00000144544, exon 1 of 2)	chr2	74733014	74733040	+	5UTR	128
+intron (ENSMUST00000144544, intron 1 of 1)	chr2	74733041	74735514	+	I	145
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+promoter-TSS (ENSMUST00000047830)	chr2	74738619	74739719	+	P	4
+intron (ENSMUST00000047830, intron 1 of 2)	chr2	74739720	74743927	+	I	145
+5' UTR (ENSMUST00000047830, exon 2 of 3)	chr2	74743928	74744011	+	5UTR	68
+exon (ENSMUST00000047830, exon 2 of 3)	chr2	74744012	74744113	+	E	69
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+promoter-TSS (ENSMUST00000140666)	chr2	74744674	74745774	+	P	19
+promoter-TSS (ENSMUST00000190553)	chr2	74745775	74745822	+	P	27
+5' UTR (ENSMUST00000140666, exon 1 of 2)	chr2	74745823	74746156	+	5UTR	115
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+Intergenic--4	chr2	74749443	1500000000	+	N	1900000000
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_exon_start_stats.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,7 @@
+Annotation	Number of peaks	Total size (bp)	Log2 Ratio (obs/exp)	LogP enrichment (+values depleted)
+TTS	41.0	16013	9.992	-250.473
+Exon	30.0	12152	9.939	-181.768
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+Intergenic	0.0	74668827	-17.395	1282.574
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--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/annotations_small_TSSTTS.txt	Sun Aug 08 11:03:29 2021 +0000
@@ -0,0 +1,164 @@
+Intergenic	chr2	1	74668259	+	N	1900000000
+promoter-TSS (ENSMUST00000001872)	chr2	74668260	74668360	+	P	1
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+promoter-TSS (ENSMUST00000136302)	chr2	74683396	74683496	+	P	17
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+promoter-TSS (ENSMUST00000061745)	chr2	74691874	74691974	+	P	9
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+exon (ENSMUST00000198895, exon 1 of 1)	chr2	74701057	74701091	-	E	158
+promoter-TSS (ENSMUST00000198895)	chr2	74701092	74701192	-	P	29
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+exon (ENSMUST00000132326, exon 2 of 2)	chr2	74703299	74703622	-	E	120
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+promoter-TSS (ENSMUST00000019749)	chr2	74704855	74704955	+	P	3
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+5' UTR (ENSMUST00000074721, exon 1 of 2)	chr2	74705152	74705202	+	5UTR	99
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+3' UTR (ENSMUST00000019749, exon 2 of 2)--2	chr2	74707358	74707882	+	3UTR	68
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+exon (ENSMUST00000156342, exon 1 of 2)	chr2	74712317	74712475	-	E	154
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+exon (ENSMUST00000139005, exon 1 of 2)	chr2	74715706	74715945	-	E	126
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+promoter-TSS (ENSMUST00000047904)	chr2	74721928	74722028	+	P	5
+5' UTR (ENSMUST00000047904, exon 1 of 6)	chr2	74722029	74722177	+	5UTR	75
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+GCCTGGTGAAAGTAGCTATGAGGTACTCAGAGCAATAGGGTGTCCTTCAG
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+ACAGCGGCTGATATTTGAGTGTCGTGCAGCTGGATGCTCCACACATCAGG
+GCAGGCCACGAGGCACTCAGGCCTTTATGGACACTGGCTTTCTTAAGGTT
+GGAAGTGAATGCTTTCCCTTGTGCAAACGCCTGCTCGGTTCGTGGCTTTT
+CCTTTTTTTCTTTCTTTCTTTTAAATGTGGCATATTACAGTTCTGAAAAT
+ATTACTGATGCAGATTTTATTCCCAGACCATTGAGTCAATTTAGATATGT
+CACGCTCATAAAAGCTCATGTTTATTGAAGAGGGTTATTAAATTTACTGT
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+AGTAGATGCGTTATAAACCTTTTACGAGCAGGAAAAAAAATTCTAAATGC
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+AGACAGTCGGCTAACATGAGGATGACAGATTTTGAGATCTATGAAATCAG
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+TGAACTCCCTGCTGGCTCAGTTTTCTTCCCACTCCACCTAGACACTAACT
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+TGCAGGGCCTGTACCAGAGCCTGGATTTAGCAGACACAGACCTTCTTGCC
+TCCCGAGCTTGTGCTCTGAGCCCGCAGAGAAGCCCACACATTCTCACCTG
+CTTTCTGTCCTAGACACCTAACACTTTCTGCTCCACGGCTTCCTGTCCTT
+TCCAGCTCTCCCCTTTTCCTGTAGTCCCGTTTCTTAGAACGTCAGTGGAC
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+CCCTTACCATCCTGCACTCATTTGAAAGTGTCTTATATTCTACAACTCAA
+CAGGACATGCAAATCAGCAGTTAAAATAAGAACTACTTCAGTTACAGGGG
+CTAACCTAGACTCCAGAACCCCTGCACCCTCTGGAGACTCAAAGTTATCT
+TTGTGTCTGAAGGGCTAATTGCTCTGTTCTGACTGACCTGACCCCCACTC
+ATTAGAAATCTCTTACTTACAAAACATGTTAAATCCCACTATGGTCTTCT
+GTCTATTCTAAGGTTCTGGGCTTATAATTTGGGCTGGGGCTCAATGTAAG
+ATCACCCAAGACATGACAGGAAGAAGAAAGGGACTTTGTTCTAAATTAGT
+TGTAAGATGTGCCACTGTTTATCAGCATGTGCAGGGAGCTTCAGGATTGG
+ATTCTGATGTCCCTGATCCAAGGCCATGCAGGGTTTAACATCTTCCCAGA
+AAACCCAGGAGGTTGTGCATTTCTAGACTGCTGAAATAGTGAAAATCTGA
+TTAGCCCCACTAAGTGATACTGAGGTCAGAGTTACAAGGTAGAGAGTAGA
+GGAAAGGGTCTAGGGCTCATAGGTACCAATGGGCTGGAACTGATGGACTG
+TGAAAATCCAGAGAGTGTACCATGTAACTATACCCCACTGAGACACCATT
+GACAGAGGCCATGCAGAATCCACCAGTGGAAGGGACACTGCTATCTCTGG
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+ATATCAGAGTCCTGGACAGTGAGCTGTGGAGAACTGGTGGTGACTCTCGG
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+CTATCAAAAGAAACCCAGGAGGGATGACACAtttgctggaggactccagt
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