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changeset 0:42e64fbf4609 draft

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author tiagoantao
date Tue, 02 Feb 2016 21:15:50 -0500
parents
children b91ab894f6e0
files STACKS_clone_filter.py STACKS_clone_filter.xml test-data/1.fq test-data/1.fq.1.fq test-data/2.fq test-data/2.fq.2.fq tool_dependencies.xml
diffstat 7 files changed, 943 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/STACKS_clone_filter.py	Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf-8 -*-
+
+import shutil
+import subprocess
+import argparse
+
+
+def __main__():
+    parser = argparse.ArgumentParser()
+    parser.add_argument('-f', type=str)
+    parser.add_argument('-fwd', type=str)
+    parser.add_argument('-rev', type=str)
+
+    #parser.add_argument('-k', action='store_true')
+
+    options = parser.parse_args()
+
+    # create the working dir
+    os.mkdir('job_outputs')
+    os.chdir('job_outputs')
+
+    # STACKS_archive
+    # check if zipped files are into the tab
+    extract_compress_files(options.P, os.getcwd())
+
+    # create the populations command input line
+    cmd_line=['clone_filter']
+    if options.f is not None:
+        cmd_line.extend(['-f', options.f])
+    else:
+        cmd_line.extend(['-1', options.fwd])
+        cmd_line.extend(['-2', options.rev])
+
+    print "[CMD]:"+' '.join(cmd_line)
+    subprocess.call(cmd_line)
+
+    # postprocesses
+    clean_files = glob.glob('*.fq')
+    if options.f is not None:
+        shutil.copy(clean_files[0], 'clean.fq')
+    else:
+        shutil.copy(clean_files[0], 'fwd.fq')
+        shutil.copy(clean_files[1], 'rev.fq')
+
+
+if __name__ == '__main__':
+    __main__()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/STACKS_clone_filter.xml	Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,81 @@
+<tool id="STACKS_clone_filter" name="STACKS: clone_filter" version="0.9.0">
+  <description>Run the STACKS clone_filter program</description>
+
+
+<requirements>
+    <requirement type="package" version="1.18">stacks</requirement>
+</requirements>
+
+<stdio>
+   <exit_code range="1" level="fatal" description="Error in Stacks clone_filter" />
+</stdio>
+
+<command interpreter="python">
+STACKS_clone_filter.py
+#if $data_type.dt_select == 'single':
+  -f $data_type.fname
+#else
+  -1 $data_type.fwd
+  -2 $data_type.rev
+#end if
+</command>
+
+<inputs>
+    <conditional name="data_type">
+      <param name="dt_select" type="select" label="Single or Paired-end">
+          <option value="single">Single</option>
+          <option value="pair">Pair</option>
+      </param>
+      <when value="single">
+          <param name="fname" type="fastq" label="FASTQ" />
+      </when>
+      <when value="pair">
+          <param name="fwd" type="fastq" label="Forward FASTQ" />
+          <param name="rev" type="fastq" label="Reverse FASTQ" />
+      </when>
+  </conditional>
+</inputs>
+
+<outputs>
+    <data format="fastq" name="clean" from_work_dir="job_outputs/clean.fq">
+        <filter>data_type['dt_select'] == 'single' </filter>
+    </data>
+    <data format="fastq" name="clean_fwd" from_work_dir="job_outputs/fwd.fq">
+        <filter>data_type['dt_select'] == 'pair' </filter>
+    </data>
+    <data format="fastq" name="clean_rev" from_work_dir="job_outputs/rev.fq">
+        <filter>data_type['dt_select'] == 'pair' </filter>
+    </data>
+</outputs>
+
+<tests>
+    <test>
+        <param name="dt_select" value="pair" />
+        <param name="fwd" value="fwd.fq" />
+        <param name="rev" value="rev.fq" />
+        <output name="clean_fwd" />
+        <output name="clean_rev" />
+    </test>
+</tests>
+
+<help>
+--------
+
+**Project links:**
+
+`STACKS website &lt;http://creskolab.uoregon.edu/stacks/&gt;`_ .
+
+`STACKS manual &lt;http://creskolab.uoregon.edu/stacks/stacks_manual.pdf&gt;`_ .
+
+`STACKS google group &lt;https://groups.google.com/forum/#!forum/stacks-users&gt;`_ .
+
+</help>
+<citations>
+    <citation type="doi">10.1111/mec.12354</citation>
+    <citation type="doi">10.1111/mec.12330</citation>
+    <citation type="doi">10.1534/g3.111.000240</citation>
+    <citation type="doi">10.1534/genetics.111.127324</citation>
+    <citation type="doi">10.1111/j.1755-0998.2010.02967.x</citation>
+    <citation type="doi">10.1073/pnas.1006538107</citation>
+</citations>
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/1.fq	Tue Feb 02 21:15:50 2016 -0500
@@ -0,0 +1,204 @@
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:18731:2054 1:N:0:1
+AAGGGTGCAGGAAGTCCCAAAATTTGAAGTTTCGTCGGCCGGACCTGGTTCTCCAGCAGTTCCACACGCCTTTGGAGGGCCACATTCGCTTTAACTACAGCAGACGCCGCTGCAGCAGCCTTATTTCCCACATCAGCAACAGAGTCACAATGACGTTGAAGATCTATAAACAGTAAGGTATGCGAGTCAATAGTATCTTCCACAGTCTTAACTCTAGCAGTTAATGTGTCAAATTTGGCATTGAGATCGC
++
+BAABBFBBFFFBGGGGGGGGGGHHHHHHHFGHFEHGEE2EAEEEGHFEEGHHHHFHHHFHHHHHGFGE@GFGFFFCFFGFFGGHHHHHGGHGHFFGHHHHHHHHHGGGGC@FGHHHHEFEHFHHHHHFHHHGHHHHFHB<GHHHGHGHHHFHHHGGGHGHHHBBGEGHHHHFGHHEFG0;GHGDGG9FFGFGG;FFGFGGGGGGGFFBFGBFGBFFBFBFBFGFFB;;;FFFFEFFFFFFFFFFFEFFF?
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:18415:2054 1:N:0:1
+CAACTTGCAGGGGGGCATACAGTTGTCTTCCCTACCCACCGGTTCTAGGGCAACACTACACTAAGTATTTCAGCTTCAATTGAATTCGCATTTCTGTATTGTTTGCCTCTGCGGGGGGACACACATTGTCTTCTCTCCCCACTGGTTCTAGGGCGGTGTGGCTAAGACTATAGCTGCCACAATCGAATCACTGACTTTTCGTATATTGCCATTTCTGGTTTTTCTCTCATCCACTGGCTCCAGTGCAACA
++
+BBBBBFFFFFFDECGGGGFGGGHHHHHHGFHGHHHHHHGGGGGGGHHHHEGGGHHGHGHHHHHHHGHHGHHGHHHHHHHHFHHHHHGGGGGGHHHHGHHHHGHHHFHHHHHFGGGGGFAFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF=@ADFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFBBFFFFFFFFFFFFFBF?EEFFFFFFFFFFFFFBEFFFFFFBFFFF.
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:15434:2054 1:N:0:1
+CGGCGTGCATCCAAATTGTTGTCCTATAGCGCAGAAGCTATATCAAAAATTTTGGGGATCCCTCAAGATCAAGCTACACTAGGGACCCCACAAACCCCTTGGGCTCCATACAACAGTGACATAATTTTGAGACTAAAGAAAAAGATAATACGCACGGAATATGATGGTAATTTCATGCGTGAATACATTAAAAATGGCATTATGCCTAATGGTTTAATTGTTAGAAATGCACCCAGAATCTATATCGCGT
++
+BCCCCBCCCFDFGGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGHHHGGGGHHGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHHHHHFHHHHGGHHHHHHHGGGGGFGGHHHGHHHHHHHHHHHHGHGFGGEBDHHHHHHHGHHHHGHHHGHHHHHHHGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGEGGGGGGGGGFFF:
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:11875:2054 1:N:0:1
+AAAAATGCAGGCAGAGGATTTGCTGCTCCCATAGCAATGGGAGGATGCTTACACCACAGCGCGCCATTGCTGAAGCCCCGTCCGGCCTGGATTTTACAGCTGCTTCAGGTGTTAGCAGCAGGGCATGGTGGTGATCTTTCACTGCATGGGCTGTCATCAGAACATGCCTTTCTGCTCAACGTCTTCGAATCAGGTATATTTACTTTGCTGTTCATCTTGGCACAATCTTTGCCTTTCATATTTGGCTTGA
++
+CBCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHGHHHHHHGGGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGHHHHHHHHHHHGGGGGGGGGGGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGFHHHFGGEGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHFHHHHFHHGHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHFGGHHHGHFHHHHHHGGGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFGGGGGFFFFFF.
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:12645:2054 1:N:0:1
+TCAACTTGCAGGTTGATCTAGGACTACAATCTTACCCCCATATAATAACCACTTCGAACTGGATAAGACTGACTTGTGTTGCACGTTTGTCTGGGTCATTCATCATCTGGCACTTGTGTGACATATCATTGTAGCTCTAGGCTACCACTAACATGGCGTCCTGCCATACTGAGCCCGGCTGTCTGGGCTCCAAGGGTCATTTTTTCGGCCTAATCAGATGGTCTAGCATATTCTAAAGCACTGATCGCGT
++
+BBAABFFBFFFFBFGFGBGFGFHHHHHFHHHHHHHHFHEGHFHHHHHHHHHEGHFFGHHHFHFHHHHHHHEEGHHFHHHHHHHHGGHGGHHHGHHHHGHFDFHGHGHHHHHHHHHFGHGHHHHHHHHGHHHHHHHH4GHGGHHGGFHHHHGGHHHHGGDGCFHB<CFFBGFHHHHE@@DCCFGHHHHHHAFFHHFGGCGHHFFHGC@--:EGCH0;FBFFF;FGGFFGGGGGGE09CFGGGEFFFG?DB9
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:15773:2054 1:N:0:1
+GCATTTGCAGGCACAGAAAACAGAAGTGGCTTTGCTTCTTCAAAAGAGGCAATTGTAAAGAGTACCACGTTCCAGCAGAAATCAAGGAGTGTACTCTCCTTTCTTTGTCATCAGAAAGAAGAAGGGAGGTTTTCGACCAATCATAGACCTTCGCTTGCTCAACAAGCAGATCCGCAAGCAGACATTCAAGATGGTCACGATAAGAACCATTCTCCCTACACTTCGACAAGGCGAGTTCTTGGCATCGCGT
++
+CDBCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGHGGEHHGHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGFHGGHHHHHGHHHHHHHHHHHGGGGGGGFGGEGGGGGFFGGFFFFFFFFF9
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:12812:2055 1:N:0:1
+AACCCTGCAGGTGGGAGGGGCTTGTGACCCCTGTGAGGTGAGAGGAAGAGAGCACGTGGAAATGTCTGGAGGCTGTGATGGAGGGTCCTGGATAATGGACTGGGACAGTTGTCCCAGGCCTTGAGCCTGGTTTTGCGCTCATTAAAAGTACTAATAATAATAATAATAAATCGAGGTGTGGAGGAACACAATGGGGCACTGATTGTGTAAGATCGCCAGGAGGAGGAGGAGTATGTACCTTAATTGGAAA
++
+BBCCCFFBFFFFGGGGGGGGGGHGHHHHHFGGGHFHFFAG5FGGGGFGHHHGHHHEGGGAFGGHHHHHHBGFEHGHH4BGFFGGGGFFHHHHGHHHHGFHHHHHGGFFFGHHDGFHHGGEHHCHFFGHHHFGHGHGCCGGGHHFFF<F?FGH1=GGHGFFGGGHHHGH1GGHGCCCEGHGGHHDCGFHFEFGHFFGA@DFGBGFGGFFGGGFGGEAADAEEEDDGDFFDFB;9/BFFF/;/B9BFFFF//
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:17778:2055 1:N:0:1
+CTAGGTGCAGGTAGTAAATCCACCAGGGTGGCCCCGTGGCTGTCTTTAAGCCATGTTTCGGTGACAAAACCTGAACACCTGAGCACCTGAATAGCGAAGATAGCACAAGGATAAGTATGATTGGCAGGTCTGCCTTGCGTTCAACGCAAAGTTCTGCAGCTGTGTGTCTGCCTAGCGTTGCGCTTTCCCATTCGCACAAGGAAATCTTATACACGGACAGGAATGTGTATATGTATTGTCTGAATATGTT
++
+CCBCCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHGGHGGHHHGGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHGHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHGGGGGGGGGGHHHHHHHHGGGGFGGGGGFFGGGGFGFFGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:BFFFFFF
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:19953:2055 1:N:0:1
+AACCCTGCAGGGACACAAGATTAGAGAAGGAGCTCTCTCTAATTCCCGAATTACCTCATGGATGTTGGCCATGCAAGGGTTACCTCTAGAAGTACATTACAAACAAGACAGGAAATGCCCCTTAGCACAGGGACTAGCAGACCTTCATTCTTGTGAAGAGGAGATAACATCACTACCCAAGAGGGGGAGGGGGACTTCGAACCCAAAAACCACCTGCCCTATAATGAGAGGCAATGTCATGACCTACCCA
++
+AA>>AFFBFFFBGGGGGFGGGGGHFHHHHHGHHHFHHFHHHBGHFHHGEEGGHFGHHCGHHFFHHFEHGGFHHHHHHGGFGAGFGDHFHHGHGFGHHFHFFFGHFEHHFCGAGHHFHFHHAHFHHHBE0EEGGGHHFEBGCGHHHGHHGHHHHGGFHGHHGHDHGHE1GHGFHBGHFHG/<0<GD?-AC??DC-9.CFG.;.@..9.9AEAEGGGFFFFFFFFFFF9FFFFFEFFFFF/BFFFFFFFFF/
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:18808:2055 1:N:0:1
+AAGGGTGCAGGAAGTAGTTCAATGTTCACATGCTTTTTCTGGCAGAACAGTGTGCAGCTATCACAGATAATATTAAAAGCAACTTATCTATGGAGCTCTTCTCTTCTCTCTAACAGGCAATGCATGCCGTGCTGGTCACTGCATCCTTAGCAAATATCATATTATGAGAAATGTACAAATCGCGTCCTGGGTACGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCGCAGGATCTCGTATGCCGT
++
+BABCCFBCFFFDGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHIHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHHGGGGGGGHHGHHHGGGGGFHGGGGHHHHHHHGHHHGHHHGHHHHHHHHHHGGGGGFFFBFGFDFGGGG9
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:12882:2055 1:N:0:1
+CTAGGTGCAGGGGCACCCATATTTTTTGTCCCAAAGAAGGACACAACGAGGTTACGTCCGTGTATTGATTACCGTCGCTTAAACGACATAACAGTTCCTTTTCGTTATCCCTTACCTTTAATTTCGGTGTTAATGGACCAAATCTCTGAAGCGAAATGGTTTTCAAAAATCGCGTCCTGTTCGGCAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCGCAGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG
++
+CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGHHHGHHGGHGHHHHGHHHHHHGGGGGGHGHHHGGGGGHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHFHHHHHHHHHHHHFHHGFGGHHHHHHGHHHHHHHHGGGGGGGHHHHGGGGGGGGGGGEEGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFADFFFFFFFFFFFFFFFF
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:17511:2056 1:N:0:1
+AAAAATGCAGGCCATTTTTTCCTTCCCGTAGTGTATGGGAAGTCAGTCCTGATTCTGATGGACAGTACTGCTGCCATACACTATGTCAAAAAGAAGGGAGGCGTTGGCACTCATTGCCAAAGAGTGGGCCATACAACATCGAGTCATCTCACAGACTCTTATCTAGCCGGAAAGGAGAACGTTCAGTCAGACTCGATGAGCAGTCTGGGCTCAGTCTCTCACAAGTGGGAGTTGAACCAGGATGTTCTAC
++
+BCCCDFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHGHGGGHHHHFFHGHGHHGHHHHHHHHHHHHFHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGFHHHGHGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHGHGHGHHHHHHHHHGGEHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFFGHGGGGGHHGHHHGGHHHHHHHHHGHHHGHHHHGHFHHHHHGEGGFFGFGGGGGGGGBGFGGGGGGGGGFGGGGFFFFFFFFFF
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:13614:2056 1:N:0:1
+CGGCGTGCAGGGACATAAAATTAGAGAAGGAGCTCTCTCTAATTCCCGAATTACCTCATGGATGTTGGCCATGCAAGGGTTACCTCTAGAAGTACATTACAAACAAGACAGGAAATGCCCCTTAGCACAGGGACTAGCAGACCTTCATTCGTGTTAAGAGGAGATAACCATCACTACCCAAGAGGGGAGGGGGACTTCGAACTCAAAAATCACCTGCCCTATAATGAGAGGGAATGTCATGACCTACCCA
++
+BBBBBBBBBFFBFGFGGFGGGGHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGHHHHHHHHHHHHGHHGHHHFHHHHHHGGHHHHHHHHHGHHGHHHHHHHHHHGHHGHHHHHGHHHHGGHHGHHEHHHHFFHGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHHGFGHHHHHHHHHHFHHHHEHHHHGG.CGGGFCCFHGGAFGGGGGBBAAGGGGFGGGGGFGGGGGGGGBFFD?BFFFFFFFFFFFFFFB
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+CTAGGTGCAGGTAGGCAAACCGATCCAGAATCTTCAACAGAAAAGGAACATTGGTGATAGGCCTATAATTACCAGCATTAGTGGGATCAAGATTGTCCTTCTTTAGCAGCGGAGTAATCCAGGCAGCCTTTAAACACCCGGGCACCTGAGAAGACTCAAAGGAGGCATTGATAAATTTAGCAATAAGTGGTGCCAAGGAGGCAATGGCCTCCTTGACGACTCCGGCAGGGCAGGGGTCGCCCTTACAGGA
++
+BBBBBFFFFFFFGGGGGGGGGGGGGGHHGHHHHHHHGHHHCGHHHGHHHHHHHHFFHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGGGGGHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHGGGGGGGGGHFGHHHHHGHHHHGHHHHGGFHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHFHHHGHHHHHGHGGGGHHHGGGGGGGFFFGGGGGGGGGGFFFFFEFFFFFFCFFFFFFF/BF.
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:19414:2056 1:N:0:1
+GGTTCTGCAGGACTGCTGTCCTTCCTATCTAACTATGCTTGCCTTCTTGATACTCTAGGCTCATGTGCCGCAGTGACCAAATGAAAGCAAAGCAATTTGATGGCTACTAAAGAAACCACAAGCATTATTTGTAAAGCTTCACCAGTTTGCCAAATCATTAATATCCACGTCCAAATCCTGTATTAAAATGGTAATACCCAGTTGTAAGATGGACTCCAATTAGGAGATGTGTGGTAGATGAATGCAGTAA
++
+CCCCCFFFFFFCGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHIHHIHHHHHGGGGGHHHHHHGHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHGHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHGHGHHGGHHHHHHHHHGHHHHHHHGHHHHHHHHHGHHHHHGHEHHHFHGHHHHHHHHGFHAHHFHFHGHGHGHHHEHHHHHHEC
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+CAACTTGCAGGGGATCCCCAAACAGCAGTGGGTCAGATGACGTCCATGGACGTCATCCGCATTTAAGGGGTTAAAACGCACCGGTAAAAGTTTGTCCACATCGCGTTCGGCCACAGAGATCGGCAGAGCACACGTTTGAACTACAGCCACTCGCAGGAGATCGTAGGAGGGCTTCCGCCTGAACAACAATCACTCGCAGGATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGCAAAAAAAAACATGCGGTAGACTTAG
++
+BBBBBFFFFFFBGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHGHHHHGHHHGFGGGHHHHHGGGGHHHGGG1155DF3F0E013B43>/E@/>////4B?34BBB4BG3E33///<///<<//?00F<F22////>/<0??G0<G00.1111111<0.<G//CC-.-;:./0./...0/.-;..//=..;EBF/0/.;.0/;/;/;@=?F9//9;A..9;9/=F;FE/;/9F/;99//;A----..9//.-...//////
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++
+AAA1AFAFFFFFFBFGGGGGGG00FEHFH0EGHBB2FGBCHF0FAG0FAEGGGF/FFAA2FFDFGHBBGBGDAGFGEGFFEF>EEAFF0GD1BFHHBGHHHFHG22GGHFFGGGAGHHGFHHHEHGGGFHHDHFHGGHHHHF<FHFBFEHCGCFGFFHFHHGCBGFHHGHGCG--CHHECCCC.CGHFCC:E.GGHHFHF@GEGGGF/BBC/:BFBGFBE@@E@F-;AB-@BB9//;9-9E/;9/;B/-/
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++
+BBBBBFFFFFFBFGEGGGGGGGHHHHDFEGHHAGHFHHHGEFGGEGCEHFGHHGHHGHFGHHHHHFGGGHHHHHHHGHHHGHGHGGFFFHHHEGHFGFGEFGHHHHFHHHFHHHEFBGDGHFFFFHHHHHHHFHGHHHEHHHHHCFHGHFHHFHHHHGHFDGHHFGHEFGFGDGHHHHHGGGCDFFHB>GHHH0DGHHHHFFBGGGFHBGGHH.EHHHHBCGB0://:CFFFGGGGGGE0..AD.AA?F.
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+AACCCTGCAGGCACATGCTCTTAAGCATTTGTGACTGCACCCCCCAGGATGTCACCCGACGCCTCTAGGCATGTTGCGCCCTGAGCCACCACCCATGCCCAAAGCCATTCCCACCTGCCCTAGAGTTTGGTGCATTGCCCAACACCAGTACAGGAAGTGAGGGACTGGATTCTCTTGTTGCTTCTCCAGGTCAGGTCTGTGGCACCGAACCTATCATGGCAATTACCTATTCCAAGAAAAGTGTTGCCAA
++
+BBBBBFFBFFFBGGGGFGFGGGHGHHHHHFGGHHHHHFHHHGFGGGGGHHHHHHHGHGCCGGGGGHHHHHHHHFFFGGGGGGHFFGGHHGHHGGEHGHHHGHHFFFFHBFGHHGGHHHHHHHGHHFGHHGFFHGHHHHHHHCGGGGHGHFFGGGFHFGFBHFGFGFC./=GHHHHFBGCHC0GFEBCGBHGCGHHFFGF;0;EBFEFG?A?FGFF990;ABFFBBBB//9/F/BFF.9BBFBF9B.BF//
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+CCCCCFACFFFCGGGGGGGGGGHHHHGHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHGGGGHHFHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHGHGHHHHHHHHHHGHHGGGGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHGHHHHHGHHHFHHHGHHHHGHHGHEGGGGGG/CFGGGGGGGGGGGFGFFBFGGFGFE/FFA
+@M02585:26:000000000-AFWE0:1:1101:20138:2057 1:N:0:1
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++
+CCDCBFCFFFFBGGGGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGGGGHHGGGHHHHHHGEGGGHHHHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHHHGHGGGHHGGFFEGHHHHHHHHFHHHHHHGHHGHHGHHHHHHHHHHHHFHHGFHHHGHHGHHHHGHHHFDHHBCGGGGGGGGDFGGGGGGGGGGGGGGGGGEFFFF.
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++
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