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diff test-data/rebased.vcf @ 0:d801b0675eb5 draft
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DP=14;VDB=0.000574122;SGB=4.69269;RPB=0.249352;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.867428;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=2,3,5,4;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:197,0,111:14:5,9:111 +chrII 279 . A T,G 38.2143 . DP=14;VDB=0.0501588;SGB=1.94933;RPB=0.448332;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.118179;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1,0;AN=2;DP4=7,2,0,5;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0 0/1:69,0,186,71,175,247:14:9,4,1:67 +chrII 291 . A G 86.0 . DP=14;VDB=0.0340507;SGB=1.94933;RPB=1;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.197899;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=6,3,1,4;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:116,0,189:14:9,5:116 +chrII 300 . A C 231.0 . DP=14;VDB=3.24567e-05;SGB=7.05893;MQSB=0.966012;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,7,7;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:255,42,0:14:0,14:53 +chrII 304 . A T 137.0 . DP=14;VDB=0.000156924;SGB=4.00342;RPB=0.991701;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.703221;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,5,6,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:167,0,107:14:6,8:108 +chrII 305 . A T 27.2811 . DP=14;VDB=0.0785113;SGB=0.620439;RPB=0.973096;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.738577;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=6,5,1,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:59,0,236:14:11,3:56 +chrII 317 . A G 101.0 . DP=14;VDB=0.00324086;SGB=2.63044;RPB=0.94925;MQB=1;MQSB=0.966012;BQB=0.997919;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,4,3,3;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:131,0,172:14:8,6:127 +chrII 331 . A T 121.0 . DP=14;VDB=0.0126037;SGB=3.31571;RPB=0.497296;MQB=0.966012;MQSB=0.966012;BQB=0.834543;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=5,2,2,5;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:151,0,154:14:7,7:127 +chrII 343 . A G 90.0 . DP=9;VDB=0.00476095;SGB=1.97062;RPB=0.346719;MQB=0.924584;MQSB=0.924584;BQB=0.462292;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,2,5,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:120,0,74:9:3,6:74 +chrII 11921 . A T 7.18923 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:31,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrII 17381 . G A 4.14838 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:32,0,34:2:1,1:32 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrII 17518 . A T 14.9987 . DP=3;VDB=0.5;SGB=0.0985265;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:45,0,29:3:1,2:30 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrII 19959 . T A 7.18923 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:31,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrIII 7994 . C T 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:37,3,0:1:0,1:4 +chrIII 8004 . T C 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrIII 8023 . A G 11.5799 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:4 +chrIII 8026 . A G 11.5799 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:4 +chrIII 8027 . A G 11.5799 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:4 +chrIII 8039 . C A 9.75336 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:34,3,0:1:0,1:4 +chrIII 9659 . C T 9.75336 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:34,3,0:1:0,1:4 +chrIII 9662 . G T 11.5799 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:4 +chrIII 9700 . A T 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:37,3,0:1:0,1:4 +chrIV 9450 . A G 4.78389 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:33,0,27:2:1,1:28 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrIV 16467 . T C 4.14182 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:32,0,25:2:1,1:26 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrIV 16478 . C G 4.58205 . DP=3;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=0,2,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:35,0,23:2:1,1:28 0/0:0,3,29:1:1,0:5 +chrIV 16499 . A G 3.42278 . DP=3;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=1,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/0:0,6,79:2:2,0:4 0/1:35,3,0:1:0,1:3 +chrIV 16537 . aaga a 25.8002 . INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=3;VDB=0.206307;SGB=-0.516033;MQSB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=1;AN=4;DP4=1,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/0:0,6,120:2:2,0:4 0/1:60,3,0:1:0,1:3 +chrIV 16633 . C A 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:37,3,0:1:0,1:4 +chrIV 16697 . C T 52.0 . DP=2;VDB=0.48;SGB=-0.759771;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,1,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:40,3,0:1:0,1:9 1/1:36,3,0:1:0,1:9 +chrIV 16709 . C G 5.30774 . DP=3;VDB=0.98;SGB=0.0985265;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.3;HOB=0.125;AC=3;AN=4;DP4=0,1,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:0,3,39:1:1,0:3 1/1:38,6,0:2:0,2:4 +chrIV 16729 . C T 4.14943 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=0.5;HOB=0.5;AC=2;AN=4;DP4=0,1,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/1:0,3,37:1:1,0:3 0/1:35,3,0:1:0,1:3 +chrIV 16769 . A T 13.7861 . DP=2;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:6 +chrIV 16814 . A G 3.03341 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:30,0,31:2:1,1:30 +chrIV 16815 . C A 48.4033 . DP=2;VDB=0.42;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:73,6,0:2:0,2:9 +chrIV 16823 . A C 4.14995 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:32,0,28:2:1,1:29 +chrIV 16829 . T C 3.56356 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=1,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:31,0,32:2:1,1:31 +chrIV 16833 . A T,G 14.5409 . DP=2;VDB=0.42;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=1,1;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0 1/2:65,34,31,34,0,31:2:0,1,1:29 +chrIV 16834 . T A 3.56452 . 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DP=7;VDB=0.103091;SGB=-0.680382;MQSB=1;MQ0F=0;AC=4;AN=4;DP4=0,0,6,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:41,3,0:1:0,1:14 1/1:132,18,0:6:0,6:29 +chrIV 17020 . C G,A 99.0 . DP=8;VDB=0.391417;SGB=2.55596;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0;AC=1,1;AN=4;DP4=0,1,7,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 0/0:0,3,34,3,34,34:1:1,0,0:3 1/2:150,33,15,125,0,122:7:0,6,1:10 +chrIV 17024 . T C 14.4249 . DP=7;VDB=0.48;SGB=0.00473136;RPB=0.6;MQB=1;BQB=0.8;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=5,0,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:45,0,103:7:5,2:44 +chrIV 17037 . T A 37.8983 . DP=7;VDB=0.460446;SGB=0.620439;RPB=1.01283;MQB=1.01283;BQB=0.810265;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,0,3,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:68,0,95:7:4,3:69 +chrIV 17051 . C T 103.0 . DP=6;VDB=0.534935;SGB=1.41704;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,5,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:127,15,0:5:0,5:22 +chrIV 17112 . T A 3.03494 . 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DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrV 14271 . T C 39.4036 . DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:64,6,0:2:0,2:9 +chrV 14273 . G C 39.4036 . DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:64,6,0:2:0,2:9 +chrV 14285 . T C 76.0 . DP=3;VDB=0.074936;SGB=0.461295;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:100,9,0:3:0,3:13 +chrV 14335 . T G 19.5632 . DP=6;VDB=0.18;SGB=0.00473136;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.875;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,0,0,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:50,0,98:6:4,2:49 +chrV 14337 . A G 100.0 . DP=6;VDB=0.405004;SGB=1.41704;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,4,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:132,0,14:6:1,5:9 +chrV 14339 . A G 154.0 . DP=6;VDB=0.189016;SGB=1.97062;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,4,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:178,18,0:6:0,6:25 +chrV 14346 . C T 100.0 . DP=6;VDB=0.405004;SGB=1.41704;RPB=1;MQB=1;MQSB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,4,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:132,0,18:6:1,5:14 +chrV 14367 . C A 104.0 . DP=5;VDB=0.220638;SGB=0.908071;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:128,12,0:4:0,4:19 +chrV 14445 . A G 21.4343 . DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:46,6,0:2:0,2:9 +chrV 14481 . G A 4.15167 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:32,0,32:2:1,1:32 +chrV 14488 . G T 4.15167 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:32,0,32:2:1,1:32 +chrV 14528 . G A 3.56356 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:31,0,32:2:1,1:31 +chrV 14530 . A G 4.13076 . DP=2;SGB=-0.516033;RPB=1;MQB=1;BQB=1;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=0,1,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:32,0,22:2:1,1:23 +chrV 14538 . T C 32.4055 . DP=2;VDB=0.06;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,2;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:57,6,0:2:0,2:9 +chrX 1592 . T C 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 1622 . G T 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 1648 . A C 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:37,3,0:1:0,1:4 +chrX 1650 . T A 10.6576 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:35,3,0:1:0,1:4 +chrX 6015 . A T 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:38,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrX 6032 . G A 8.01478 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:32,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrX 6058 . ta t 15.3937 . INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:40,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrX 6118 . A G 15.394 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:40,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrX 6143 . G A 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,0,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ 1/1:37,3,0:1:0,1:4 ./.:0,0,0:0:0,0:0 +chrX 6984 . T A 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 7025 . A G 12.5173 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:37,3,0:1:0,1:4 +chrX 10527 . c cC 8.86989 . INDEL;IDV=1;IMF=1;DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:33,3,0:1:0,1:4 +chrX 10535 . T C 11.8912 . DP=2;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:6 +chrX 10562 . C G 18.2649 . DP=7;VDB=0.18;SGB=0.00473136;RPB=0.8;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.9;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=4,1,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 0/1:49,0,131:7:5,2:48 +chrX 10595 . T G 148.0 . DP=7;VDB=0.00429645;SGB=2.55596;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,6,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:172,21,0:7:0,7:29 +chrX 10629 . gt g 45.8065 . INDEL;IDV=4;IMF=0.666667;DP=6;VDB=0.14;SGB=0.0985265;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,2,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:70,6,0:2:0,2:13 +chrX 10630 . T C,G 10.4616 . DP=2;VDB=0.32;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=1,1;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0,0,0,0:0:0,0,0:0 1/2:58,29,26,32,0,29:2:0,1,1:25 +chrX 10643 . G T 34.5919 . DP=3;VDB=0.02;SGB=0.0985265;MQSB=1;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,1;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:59,6,0:2:0,2:11 +chrX 15480 . T C 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 15495 . G C 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 24890 . C G 13.4669 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:38,3,0:1:0,1:4 +chrX 24935 . A C 11.5799 . DP=1;SGB=-0.157211;MQ0F=0;AC=2;AN=2;DP4=0,0,1,0;MQ=60 GT:PL:DP:DPR:GQ ./.:0,0,0:0:0,0:0 1/1:36,3,0:1:0,1:4