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comparison test-data/e_coli_1-Glc_exact.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft
"planemo upload commit 8e69ff6919990050909511d8bdfb520c19a4af72"
author | workflow4metabolomics |
---|---|
date | Mon, 04 May 2020 03:24:12 -0400 |
parents | |
children |
comparison
equal
deleted
inserted
replaced
-1:000000000000 | 0:9b03a930b08b |
---|---|
1 PROJECT | |
2 NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT | |
3 K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees | |
4 | |
5 NETWORK | |
6 FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2 | |
7 | |
8 // Glycolyse. | |
9 // PPP | |
10 // TCA | |
11 // voies anaplerotiques: pepc. enz malique | |
12 // voie glyoxylate | |
13 // avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre) | |
14 // saisie differentielle des substrats marques | |
15 | |
16 | |
17 // Uptake substrats | |
18 | |
19 Glucupt Gluc Glc6P | |
20 #ABCDEF #ABCDEF | |
21 // CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque | |
22 // #A #A // ce flux est a laisser libre | |
23 | |
24 // FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque | |
25 // #A #A | |
26 | |
27 // FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque | |
28 // #a #a | |
29 | |
30 | |
31 // Embden Meyerhof Parnas Pathway | |
32 | |
33 pgi Glc6P Fru6P | |
34 #ABCDEF #ABCDEF | |
35 | |
36 pfk Fru6P FruBP | |
37 #ABCDEF #ABCDEF | |
38 | |
39 ald FruBP GA3P GA3P | |
40 #ABCDEF #CBA #DEF | |
41 | |
42 // tpi DHAP GA3P | |
43 // #ABC #CBA | |
44 | |
45 pgk GA3P PGA | |
46 #ABC #ABC | |
47 | |
48 eno PGA PEP | |
49 #ABC #ABC | |
50 | |
51 pyk PEP Pyr | |
52 #ABC #ABC | |
53 | |
54 | |
55 // Methylglyoxal Pathway | |
56 | |
57 // mgs DHAP Pyr | |
58 // #ABC #ABC | |
59 | |
60 | |
61 // Pentose Phosphate Pathway | |
62 | |
63 zwf Glc6P Gnt6P | |
64 #ABCDEF #ABCDEF | |
65 | |
66 gnd Gnt6P CO2 Rib5P | |
67 #ABCDEF #A #BCDEF | |
68 | |
69 edd Gnt6P Pyr GA3P | |
70 #ABCDEF #ABC #DEF | |
71 | |
72 // ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P | |
73 // #ABCD #abcdef #def #abcABCD | |
74 | |
75 // tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P | |
76 // #ABC #abcdefg #abABC #cdefg | |
77 | |
78 // tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P | |
79 // #ABC #abcdef #abABC #cdef | |
80 | |
81 ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P | |
82 #ABC #abcdefg #defg #abcABC | |
83 | |
84 tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P | |
85 #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde | |
86 | |
87 tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P | |
88 #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd | |
89 | |
90 | |
91 // Tricarboxylic Acid Cycle | |
92 | |
93 pdh Pyr AcCoA CO2 | |
94 #ABC #BC #A | |
95 | |
96 citsynth AcCoA OAA ICit | |
97 #AB #abcd #dcbaBA | |
98 | |
99 idh ICit AKG CO2 | |
100 #ABCDEF #ABCEF #D | |
101 | |
102 akgdh AKG Suc CO2 | |
103 #ABCDE #BCDE #A | |
104 | |
105 fum_a Suc Mal | |
106 #ABCD #ABCD | |
107 | |
108 fum_b Suc Mal | |
109 #ABCD #DCBA | |
110 | |
111 maldh Mal OAA | |
112 #ABCD #ABCD | |
113 | |
114 | |
115 // Glyoxylate Shunt | |
116 | |
117 // gs1 ICit GlyOx Suc | |
118 // #ABCDEF #AB #DCEF | |
119 | |
120 // gs2 GlyOx AcCoA OAA | |
121 // #AB #ab #ABba | |
122 | |
123 | |
124 // Anaplerotic Reactions | |
125 | |
126 ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase | |
127 #ABC #a #ABCa | |
128 | |
129 mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique | |
130 #ABCD #ABC #D | |
131 | |
132 // pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase | |
133 // #ABCD #ABC #D | |
134 | |
135 | |
136 // Biosynthetic Pathways | |
137 | |
138 // Glucose-6-Phosphate Family | |
139 | |
140 bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P | |
141 #ABCDEF #ABCDEF | |
142 | |
143 // Fructose-6-Phosphate Family | |
144 | |
145 bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse | |
146 #ABCDEF #ABCDEF | |
147 | |
148 // Phosphoglycerate Family | |
149 | |
150 bs_pga PGA BM_PGA | |
151 #ABC #ABC | |
152 | |
153 bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux | |
154 #ABC #ABC | |
155 | |
156 bs_pga1 BM_PGA Ser | |
157 #ABC #ABC | |
158 | |
159 bs_pga1_aux Ser Ser_Aux | |
160 #ABC #ABC | |
161 | |
162 bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly | |
163 #ABC #ABC | |
164 | |
165 bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly | |
166 #ABC #ABC | |
167 | |
168 bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse | |
169 #ABC #AB #C // ce flux est reversible | |
170 | |
171 bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire | |
172 #AB #AB | |
173 | |
174 // TrioseP Family | |
175 | |
176 bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides | |
177 #ABC #ABC | |
178 | |
179 // Pyruvate Family | |
180 | |
181 bs_pyr Pyr BM_Pyr | |
182 #ABC #ABC | |
183 | |
184 bs_pyr1 BM_Pyr Ala | |
185 #ABC #ABC | |
186 | |
187 bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire | |
188 #ABC #ABC | |
189 | |
190 bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C | |
191 #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val | |
192 | |
193 bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val | |
194 #ABCDE #ABCDE | |
195 | |
196 bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val | |
197 #ABCDE #ABCDE | |
198 | |
199 bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2 | |
200 #ABCDE #ab #abBCDE #A | |
201 | |
202 bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire | |
203 #ABCDEF #ABCDEF | |
204 | |
205 | |
206 // Erythrose-4-Phosphate Family | |
207 | |
208 bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P | |
209 #ABCD #ABCD | |
210 | |
211 // bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P | |
212 // #ABCD #ABCD | |
213 | |
214 | |
215 // Ribose-5-Phosphate Family | |
216 | |
217 bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P | |
218 #ABCDE #ABCDE | |
219 | |
220 bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P | |
221 #ABCDE #a #EDCBAa | |
222 | |
223 bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire | |
224 #ABCDEF #ABCDEF | |
225 | |
226 bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His | |
227 #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie | |
228 | |
229 | |
230 // Aromatic Amino Acids | |
231 | |
232 bs_pep PEP BM_PEP | |
233 #ABC #ABC | |
234 | |
235 bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP | |
236 #ABC #abcd #ABCabcd | |
237 | |
238 bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor | |
239 #ABC #abcdefg #ABCabcdefg | |
240 | |
241 bs_pep3a Chor Phe CO2 | |
242 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D | |
243 | |
244 bs_pep3b Chor Phe CO2 | |
245 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D | |
246 | |
247 bs_pep3_aux Phe Phe_Aux | |
248 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ | |
249 | |
250 bs_pep4a Chor Tyr CO2 | |
251 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D | |
252 | |
253 bs_pep4b Chor Tyr CO2 | |
254 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D | |
255 | |
256 bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux | |
257 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ | |
258 | |
259 bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux | |
260 #ABC #ABC | |
261 | |
262 bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2 | |
263 #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD | |
264 | |
265 bs_pep6_aux Trp Trp_Aux | |
266 #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK | |
267 | |
268 bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2 | |
269 #ABCD #ABC #D | |
270 | |
271 | |
272 // Acetyl-CoA | |
273 | |
274 bs_accoa AcCoA BM_AcCoA | |
275 #AB #AB | |
276 | |
277 bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux | |
278 #AB #AB | |
279 | |
280 | |
281 // Alpha-Ketoglutarate Family | |
282 | |
283 bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
284 #ABCDE #ABCDE | |
285 | |
286 bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
287 #ABCDE #ABCDE | |
288 | |
289 bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
290 #ABCDE #ABCDE | |
291 | |
292 bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
293 #ABCDE #ABCDE | |
294 | |
295 bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
296 #ABCDE #a #ABCDEa | |
297 | |
298 bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG | |
299 #ABCDEF #ABCDEF | |
300 | |
301 | |
302 // Oxaloacetate Family | |
303 | |
304 bs_oaa OAA BM_OAA | |
305 #ABCD #ABCD | |
306 | |
307 bs_oaa1 BM_OAA Asp | |
308 #ABCD #ABCD | |
309 | |
310 bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux | |
311 #ABCD #ABCD | |
312 | |
313 bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2 | |
314 #ABCD #abc #ABbCDc #a | |
315 | |
316 bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux | |
317 #ABCDEF #ABCDEF | |
318 | |
319 bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 | |
320 #ABCD #abc #ABCDcb #a | |
321 | |
322 bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 | |
323 #ABCD #abc #abcDCB #A | |
324 | |
325 bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux | |
326 #ABCDEF #ABCDEF | |
327 | |
328 bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux | |
329 #ABCD #ABCD | |
330 | |
331 bs_oaa5 BM_OAA Thr | |
332 #ABCD #ABCD | |
333 | |
334 bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux | |
335 #ABCD #ABCD | |
336 | |
337 bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met | |
338 #ABCD #a #ABCDa | |
339 | |
340 bs_oaa6_aux Met Met_Aux | |
341 #ABCDE #ABCDE | |
342 | |
343 bs_oaa7 BM_OAA Asn | |
344 #ABCD #ABCD | |
345 | |
346 bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux | |
347 #ABCD #ABCD | |
348 | |
349 | |
350 // Flux de sortie | |
351 | |
352 out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2 | |
353 #A #A | |
354 | |
355 out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate | |
356 #AB #AB | |
357 | |
358 out_FTHF FTHF FTHF_out | |
359 #A #A | |
360 | |
361 FLUXES | |
362 NET | |
363 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) | |
364 | |
365 Glucupt C 1 | |
366 // CO2upt F 0.669589 | |
367 // FTHF0 F 0.00224836 | |
368 // FTHF1 F 0.001 | |
369 | |
370 pgi D | |
371 pfk D | |
372 ald D | |
373 // tpi D | |
374 pgk D | |
375 eno D | |
376 pyk F 1.54425507 | |
377 | |
378 zwf F 0.14233479 | |
379 gnd F 0.14223479 | |
380 edd D | |
381 ta D | |
382 tk1 D | |
383 tk2 D | |
384 | |
385 pdh D | |
386 citsynth D | |
387 idh D | |
388 akgdh D | |
389 fum_a D | |
390 fum_b D | |
391 maldh D | |
392 | |
393 // gs1 C 0 | |
394 // gs2 D | |
395 | |
396 ppc D | |
397 mae D | |
398 // pck D | |
399 | |
400 // flux de biomasse | |
401 | |
402 bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P | |
403 bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P | |
404 bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse | |
405 bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse | |
406 bs_pga1 D // conversion PGA donne ser | |
407 bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser | |
408 bs_pga2 D | |
409 bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys | |
410 bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly | |
411 bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly | |
412 bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides | |
413 bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse | |
414 bs_pyr1 D // formation d'Ala | |
415 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu | |
416 bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr | |
417 bs_pyr4 D | |
418 bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse | |
419 bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) | |
420 bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu | |
421 bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse | |
422 // bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp | |
423 bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His | |
424 bs_rib5p1 D // synthese d'His | |
425 bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His | |
426 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His | |
427 bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP | |
428 bs_pep1 D // sortie de PEP | |
429 bs_pep2 D | |
430 bs_pep3a D | |
431 bs_pep3b D | |
432 bs_pep3_aux C 0.0093 | |
433 bs_pep4a D | |
434 bs_pep4b D | |
435 bs_pep4_aux C 0.0069 | |
436 bs_pep5 C 0.0027 | |
437 bs_pep6 D | |
438 bs_pep6_aux D | |
439 bs_pep7 D | |
440 bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse | |
441 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu | |
442 bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG | |
443 bs_akg1 D | |
444 bs_akg2 C 0.0111 | |
445 bs_akg3 C 0.0132 | |
446 bs_akg4 D | |
447 bs_akg4_aux D | |
448 bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse | |
449 bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp | |
450 bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp | |
451 bs_oaa2 D // synthese d'Ile | |
452 bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile | |
453 bs_oaa3a D | |
454 bs_oaa3b D | |
455 bs_oaa3_aux C 0.0173 | |
456 bs_oaa4 D | |
457 bs_oaa5 D | |
458 bs_oaa5_aux C 0.0128 | |
459 bs_oaa6 D | |
460 bs_oaa6_aux C 0.0077 | |
461 bs_oaa7 D | |
462 bs_oaa7_aux C 0.0121 | |
463 | |
464 // Flux de sortie | |
465 | |
466 out_co2 D // sortie de CO2 | |
467 out_Ac F 0.213000005 | |
468 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF | |
469 | |
470 | |
471 XCH | |
472 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) | |
473 | |
474 Glucupt C 0 | |
475 // CO2upt D | |
476 // FTHF0 D | |
477 // FTHF1 D | |
478 | |
479 pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option | |
480 pfk C 0 | |
481 ald F 0.420281957 | |
482 // tpi F 0.5 | |
483 pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option | |
484 eno F 0.999 | |
485 pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited | |
486 | |
487 zwf C 0 | |
488 gnd C 0 | |
489 edd C 0 | |
490 ta F 0.361648085 | |
491 tk1 F 0.151671492 | |
492 tk2 F 0 | |
493 | |
494 pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo | |
495 citsynth C 0 | |
496 idh C 0 | |
497 akgdh C 0 | |
498 fum_a F 0.3013683 | |
499 fum_b D | |
500 maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation | |
501 | |
502 // gs1 C 0 | |
503 // gs2 C 0 | |
504 | |
505 ppc F 0.147615337 | |
506 mae C 0 | |
507 // pck C 0 | |
508 | |
509 bs_glc6P D // sortie de G6P | |
510 bs_fru6P D // sortie de F6P | |
511 bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser | |
512 bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser | |
513 bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser | |
514 bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser | |
515 bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly | |
516 bs_pga2_aux D | |
517 bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible | |
518 bs_pga3_aux D // sortie de Gly | |
519 bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides | |
520 bs_pyr C 0 // formation d'Ala | |
521 bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala | |
522 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile | |
523 bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr | |
524 bs_pyr4 C 0 | |
525 bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse | |
526 bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) | |
527 bs_pyr3_aux D // sortie de Leu | |
528 bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p | |
529 // bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp | |
530 bs_rib5p C 0 // synthese d'His | |
531 bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His | |
532 bs_rib5p1_aux D // sortie d'His | |
533 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His | |
534 bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse | |
535 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu | |
536 bs_pep C 0 // sortie de PEP | |
537 bs_pep1 C 0 // sortie de PEP | |
538 bs_pep2 C 0 | |
539 bs_pep3a C 0 | |
540 bs_pep3b C 0 | |
541 bs_pep3_aux D | |
542 bs_pep4a C 0 | |
543 bs_pep4b C 0 | |
544 bs_pep4_aux D | |
545 bs_pep5 D | |
546 bs_pep6 C 0 | |
547 bs_pep6_aux D | |
548 bs_pep7 C 0 | |
549 bs_akg C 0 // sortie d'AKG | |
550 bs_akg1 C 0 | |
551 bs_akg2 D | |
552 bs_akg3 D | |
553 bs_akg4 C 0 | |
554 bs_akg4_aux D | |
555 bs_oaa C 0 | |
556 bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met | |
557 bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met | |
558 bs_oaa2 C 0 // synthese de Met | |
559 bs_oaa2_aux D // sortie de Met | |
560 bs_oaa3a C 0 | |
561 bs_oaa3b C 0 | |
562 bs_oaa3_aux D | |
563 bs_oaa4 D | |
564 bs_oaa5 C 0 | |
565 bs_oaa5_aux D | |
566 bs_oaa6 C 0 | |
567 bs_oaa6_aux D | |
568 bs_oaa7 C 0 | |
569 bs_oaa7_aux D | |
570 | |
571 // Flux de sortie | |
572 | |
573 out_co2 D // sortie de CO2 | |
574 out_Ac D // sortie d'acetate | |
575 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF | |
576 | |
577 | |
578 EQUALITIES | |
579 NET | |
580 VALUE FORMULA | |
581 | |
582 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction | |
583 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b | |
584 0 bs_pep3a-bs_pep3b | |
585 0 bs_pep4a-bs_pep4b | |
586 | |
587 XCH | |
588 VALUE FORMULA | |
589 | |
590 0 fum_a-fum_b | |
591 | |
592 INEQUALITIES | |
593 NET | |
594 VALUE COMP FORMULA | |
595 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically | |
596 1 <= pyk | |
597 0.0001 <= edd | |
598 0.0001 <= gnd | |
599 0.0001 <= zwf | |
600 0.0001 <= ppc | |
601 0.0001 <= mae | |
602 // 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient | |
603 XCH | |
604 VALUE COMP FORMULA | |
605 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically | |
606 | |
607 | |
608 FLUX_MEASUREMENTS | |
609 FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev | |
610 out_Ac 0.213 0.0001 | |
611 | |
612 LABEL_INPUT | |
613 META_NAME ISOTOPOMER VALUE | |
614 | |
615 Gluc #100000 0.8 | |
616 #000000 0.2 | |
617 // CO2_ext #0 0.989 | |
618 // #1 0.011 | |
619 | |
620 // FTHF_0 #0 1 | |
621 // FTHF_1 #1 1 | |
622 | |
623 | |
624 LABEL_MEASUREMENTS | |
625 META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS | |
626 // Example | |
627 | |
628 PEAK_MEASUREMENTS | |
629 META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T | |
630 | |
631 | |
632 MASS_SPECTROMETRY | |
633 META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION | |
634 | |
635 // Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062 | |
636 | |
637 | |
638 | |
639 Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01 | |
640 2 0.360829749 0.01 | |
641 3 0.208425325 0.01 | |
642 4 0.059139607 0.01 | |
643 // Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02 | |
644 // 1 0.110072868518 0.02 | |
645 // 2 0.637801316225333 0.02 | |
646 // 3 0.0863461044204333 0.02 | |
647 // 4 0.00116038135315367 0.02 | |
648 ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02 | |
649 1 0.225857638569 0.02 | |
650 2 0.256421170949333 0.02 | |
651 3 0.209230210478667 0.02 | |
652 4 0.116863585449667 0.02 | |
653 5 0.0457727744643333 0.02 | |
654 6 0.0139900806697867 0.02 | |
655 PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01 | |
656 1 0.358998301162333 0.01 | |
657 2 0.0348521859365667 0.01 | |
658 3 0.184789673534 0.01 | |
659 PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01 | |
660 1 0.352829683224667 0.01 | |
661 2 0.0323479804176 0.01 | |
662 3 0.180486551285333 0.01 | |
663 FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01 | |
664 1 0.454450017158667 0.01 | |
665 2 0.160823529969333 0.01 | |
666 3 0.0944468077710667 0.01 | |
667 4 0.105281338489667 0.01 | |
668 5 0.0155016033633 0.01 | |
669 6 0.0956846003217333 0.01 | |
670 Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01 | |
671 1 0.673510772480667 0.01 | |
672 2 0.0930110047641 0.01 | |
673 3 0.0280359937297 0.01 | |
674 4 0.0397315614067667 0.01 | |
675 5 0.0145524520950667 0.01 | |
676 6 0.135099498189 0.01 | |
677 Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01 | |
678 1 0.624253565357667 0.01 | |
679 2 0.113068441282333 0.01 | |
680 3 0.0456605631765 0.01 | |
681 4 0.0516089447155667 0.01 | |
682 5 0.0185881765378333 0.01 | |
683 6 0.123317313800333 0.01 | |
684 Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01 | |
685 1 0.25454117519 0.01 | |
686 2 0.159027180368333 0.01 | |
687 3 0.113789577528667 0.01 | |
688 4 0.0615266612553333 0.01 | |
689 5 0.0694997351590667 0.01 | |
690 Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01 | |
691 1 0.672556163913 0.01 | |
692 2 0.0866890773125333 0.01 | |
693 3 0.0313987199704333 0.01 | |
694 4 0.0314691889898667 0.01 | |
695 5 0.0138168327362333 0.01 | |
696 6 0.139114789690333 0.01 | |
697 // Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01 | |
698 // 1 0.412398433968333 0.01 | |
699 // 2 0.273694508221667 0.01 | |
700 // 3 0.116142498670667 0.01 | |
701 // 4 0.0193110980315 0.01 | |
702 | |
703 OPTIONS | |
704 OPT_NAME OPT_VALUE | |
705 MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR 1 | |
706 //optctrl_history 1 // nlsic | |
707 //optctrl_trace 3 // BFGS | |
708 //optctrl_reltol 1.e-10 // BFGS | |
709 //optctrl_maxit 1000 // BFGS | |
710 posttreat_R plot_smeas.R | |
711 prl_exp e_coli_U-Glc_exact.ftbl | |
712 commandArgs --TIMEIT --noscale | |
713 |