Mercurial > repos > workflow4metabolomics > influx_si
diff test-data/e_coli_1-Glc_exact.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft
"planemo upload commit 8e69ff6919990050909511d8bdfb520c19a4af72"
author | workflow4metabolomics |
---|---|
date | Mon, 04 May 2020 03:24:12 -0400 |
parents | |
children |
line wrap: on
line diff
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/e_coli_1-Glc_exact.ftbl Mon May 04 03:24:12 2020 -0400 @@ -0,0 +1,713 @@ +PROJECT + NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT + K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees + +NETWORK + FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2 + +// Glycolyse. +// PPP +// TCA +// voies anaplerotiques: pepc. enz malique +// voie glyoxylate +// avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre) +// saisie differentielle des substrats marques + + +// Uptake substrats + + Glucupt Gluc Glc6P + #ABCDEF #ABCDEF +// CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque +// #A #A // ce flux est a laisser libre + +// FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque +// #A #A + +// FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque +// #a #a + + +// Embden Meyerhof Parnas Pathway + + pgi Glc6P Fru6P + #ABCDEF #ABCDEF + + pfk Fru6P FruBP + #ABCDEF #ABCDEF + + ald FruBP GA3P GA3P + #ABCDEF #CBA #DEF + +// tpi DHAP GA3P +// #ABC #CBA + + pgk GA3P PGA + #ABC #ABC + + eno PGA PEP + #ABC #ABC + + pyk PEP Pyr + #ABC #ABC + + +// Methylglyoxal Pathway + +// mgs DHAP Pyr +// #ABC #ABC + + +// Pentose Phosphate Pathway + + zwf Glc6P Gnt6P + #ABCDEF #ABCDEF + + gnd Gnt6P CO2 Rib5P + #ABCDEF #A #BCDEF + + edd Gnt6P Pyr GA3P + #ABCDEF #ABC #DEF + +// ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P +// #ABCD #abcdef #def #abcABCD + +// tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P +// #ABC #abcdefg #abABC #cdefg + +// tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P +// #ABC #abcdef #abABC #cdef + + ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P + #ABC #abcdefg #defg #abcABC + + tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P + #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde + + tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P + #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd + + +// Tricarboxylic Acid Cycle + + pdh Pyr AcCoA CO2 + #ABC #BC #A + + citsynth AcCoA OAA ICit + #AB #abcd #dcbaBA + + idh ICit AKG CO2 + #ABCDEF #ABCEF #D + + akgdh AKG Suc CO2 + #ABCDE #BCDE #A + + fum_a Suc Mal + #ABCD #ABCD + + fum_b Suc Mal + #ABCD #DCBA + + maldh Mal OAA + #ABCD #ABCD + + +// Glyoxylate Shunt + +// gs1 ICit GlyOx Suc +// #ABCDEF #AB #DCEF + +// gs2 GlyOx AcCoA OAA +// #AB #ab #ABba + + +// Anaplerotic Reactions + + ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase + #ABC #a #ABCa + + mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique + #ABCD #ABC #D + +// pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase +// #ABCD #ABC #D + + +// Biosynthetic Pathways + + // Glucose-6-Phosphate Family + + bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P + #ABCDEF #ABCDEF + + // Fructose-6-Phosphate Family + + bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse + #ABCDEF #ABCDEF + + // Phosphoglycerate Family + + bs_pga PGA BM_PGA + #ABC #ABC + + bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux + #ABC #ABC + + bs_pga1 BM_PGA Ser + #ABC #ABC + + bs_pga1_aux Ser Ser_Aux + #ABC #ABC + + bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly + #ABC #ABC + + bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly + #ABC #ABC + + bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse + #ABC #AB #C // ce flux est reversible + + bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire + #AB #AB + + // TrioseP Family + + bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides + #ABC #ABC + + // Pyruvate Family + + bs_pyr Pyr BM_Pyr + #ABC #ABC + + bs_pyr1 BM_Pyr Ala + #ABC #ABC + + bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire + #ABC #ABC + + bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C + #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val + + bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val + #ABCDE #ABCDE + + bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val + #ABCDE #ABCDE + + bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2 + #ABCDE #ab #abBCDE #A + + bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire + #ABCDEF #ABCDEF + + + // Erythrose-4-Phosphate Family + + bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P + #ABCD #ABCD + +// bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P +// #ABCD #ABCD + + + // Ribose-5-Phosphate Family + + bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P + #ABCDE #ABCDE + + bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P + #ABCDE #a #EDCBAa + + bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire + #ABCDEF #ABCDEF + + bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His + #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie + + + // Aromatic Amino Acids + + bs_pep PEP BM_PEP + #ABC #ABC + + bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP + #ABC #abcd #ABCabcd + + bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor + #ABC #abcdefg #ABCabcdefg + + bs_pep3a Chor Phe CO2 + #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D + + bs_pep3b Chor Phe CO2 + #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D + + bs_pep3_aux Phe Phe_Aux + #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ + + bs_pep4a Chor Tyr CO2 + #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D + + bs_pep4b Chor Tyr CO2 + #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D + + bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux + #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ + + bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux + #ABC #ABC + + bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2 + #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD + + bs_pep6_aux Trp Trp_Aux + #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK + + bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2 + #ABCD #ABC #D + + + // Acetyl-CoA + + bs_accoa AcCoA BM_AcCoA + #AB #AB + + bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux + #AB #AB + + + // Alpha-Ketoglutarate Family + + bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDE #ABCDE + + bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDE #ABCDE + + bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDE #ABCDE + + bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDE #ABCDE + + bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDE #a #ABCDEa + + bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG + #ABCDEF #ABCDEF + + + // Oxaloacetate Family + + bs_oaa OAA BM_OAA + #ABCD #ABCD + + bs_oaa1 BM_OAA Asp + #ABCD #ABCD + + bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux + #ABCD #ABCD + + bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2 + #ABCD #abc #ABbCDc #a + + bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux + #ABCDEF #ABCDEF + + bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 + #ABCD #abc #ABCDcb #a + + bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2 + #ABCD #abc #abcDCB #A + + bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux + #ABCDEF #ABCDEF + + bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux + #ABCD #ABCD + + bs_oaa5 BM_OAA Thr + #ABCD #ABCD + + bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux + #ABCD #ABCD + + bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met + #ABCD #a #ABCDa + + bs_oaa6_aux Met Met_Aux + #ABCDE #ABCDE + + bs_oaa7 BM_OAA Asn + #ABCD #ABCD + + bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux + #ABCD #ABCD + + +// Flux de sortie + + out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2 + #A #A + + out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate + #AB #AB + + out_FTHF FTHF FTHF_out + #A #A + +FLUXES + NET + NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) + + Glucupt C 1 +// CO2upt F 0.669589 +// FTHF0 F 0.00224836 +// FTHF1 F 0.001 + + pgi D + pfk D + ald D +// tpi D + pgk D + eno D + pyk F 1.54425507 + + zwf F 0.14233479 + gnd F 0.14223479 + edd D + ta D + tk1 D + tk2 D + + pdh D + citsynth D + idh D + akgdh D + fum_a D + fum_b D + maldh D + +// gs1 C 0 +// gs2 D + + ppc D + mae D +// pck D + + // flux de biomasse + + bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P + bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P + bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse + bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse + bs_pga1 D // conversion PGA donne ser + bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser + bs_pga2 D + bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys + bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly + bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly + bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides + bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse + bs_pyr1 D // formation d'Ala + bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu + bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr + bs_pyr4 D + bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse + bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) + bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu + bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse +// bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp + bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His + bs_rib5p1 D // synthese d'His + bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His + bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His + bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP + bs_pep1 D // sortie de PEP + bs_pep2 D + bs_pep3a D + bs_pep3b D + bs_pep3_aux C 0.0093 + bs_pep4a D + bs_pep4b D + bs_pep4_aux C 0.0069 + bs_pep5 C 0.0027 + bs_pep6 D + bs_pep6_aux D + bs_pep7 D + bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse + bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu + bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG + bs_akg1 D + bs_akg2 C 0.0111 + bs_akg3 C 0.0132 + bs_akg4 D + bs_akg4_aux D + bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse + bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp + bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp + bs_oaa2 D // synthese d'Ile + bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile + bs_oaa3a D + bs_oaa3b D + bs_oaa3_aux C 0.0173 + bs_oaa4 D + bs_oaa5 D + bs_oaa5_aux C 0.0128 + bs_oaa6 D + bs_oaa6_aux C 0.0077 + bs_oaa7 D + bs_oaa7_aux C 0.0121 + + // Flux de sortie + + out_co2 D // sortie de CO2 + out_Ac F 0.213000005 + out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF + + + XCH + NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F) + + Glucupt C 0 +// CO2upt D +// FTHF0 D +// FTHF1 D + + pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option + pfk C 0 + ald F 0.420281957 +// tpi F 0.5 + pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option + eno F 0.999 + pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited + + zwf C 0 + gnd C 0 + edd C 0 + ta F 0.361648085 + tk1 F 0.151671492 + tk2 F 0 + + pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo + citsynth C 0 + idh C 0 + akgdh C 0 + fum_a F 0.3013683 + fum_b D + maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation + +// gs1 C 0 +// gs2 C 0 + + ppc F 0.147615337 + mae C 0 +// pck C 0 + + bs_glc6P D // sortie de G6P + bs_fru6P D // sortie de F6P + bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser + bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser + bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser + bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser + bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly + bs_pga2_aux D + bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible + bs_pga3_aux D // sortie de Gly + bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides + bs_pyr C 0 // formation d'Ala + bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala + bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile + bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr + bs_pyr4 C 0 + bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse + bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes) + bs_pyr3_aux D // sortie de Leu + bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p +// bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp + bs_rib5p C 0 // synthese d'His + bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His + bs_rib5p1_aux D // sortie d'His + bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His + bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse + bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu + bs_pep C 0 // sortie de PEP + bs_pep1 C 0 // sortie de PEP + bs_pep2 C 0 + bs_pep3a C 0 + bs_pep3b C 0 + bs_pep3_aux D + bs_pep4a C 0 + bs_pep4b C 0 + bs_pep4_aux D + bs_pep5 D + bs_pep6 C 0 + bs_pep6_aux D + bs_pep7 C 0 + bs_akg C 0 // sortie d'AKG + bs_akg1 C 0 + bs_akg2 D + bs_akg3 D + bs_akg4 C 0 + bs_akg4_aux D + bs_oaa C 0 + bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met + bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met + bs_oaa2 C 0 // synthese de Met + bs_oaa2_aux D // sortie de Met + bs_oaa3a C 0 + bs_oaa3b C 0 + bs_oaa3_aux D + bs_oaa4 D + bs_oaa5 C 0 + bs_oaa5_aux D + bs_oaa6 C 0 + bs_oaa6_aux D + bs_oaa7 C 0 + bs_oaa7_aux D + + // Flux de sortie + + out_co2 D // sortie de CO2 + out_Ac D // sortie d'acetate + out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF + + +EQUALITIES + NET + VALUE FORMULA + + 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction + 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b + 0 bs_pep3a-bs_pep3b + 0 bs_pep4a-bs_pep4b + + XCH + VALUE FORMULA + + 0 fum_a-fum_b + +INEQUALITIES + NET + VALUE COMP FORMULA +// Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically + 1 <= pyk + 0.0001 <= edd + 0.0001 <= gnd + 0.0001 <= zwf + 0.0001 <= ppc + 0.0001 <= mae +// 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient + XCH + VALUE COMP FORMULA +// Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically + + +FLUX_MEASUREMENTS + FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev + out_Ac 0.213 0.0001 + +LABEL_INPUT + META_NAME ISOTOPOMER VALUE + + Gluc #100000 0.8 + #000000 0.2 +// CO2_ext #0 0.989 +// #1 0.011 + +// FTHF_0 #0 1 +// FTHF_1 #1 1 + + +LABEL_MEASUREMENTS + META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS + // Example + +PEAK_MEASUREMENTS + META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T + + +MASS_SPECTROMETRY + META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION + +// Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062 + + + + Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01 + 2 0.360829749 0.01 + 3 0.208425325 0.01 + 4 0.059139607 0.01 +// Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02 +// 1 0.110072868518 0.02 +// 2 0.637801316225333 0.02 +// 3 0.0863461044204333 0.02 +// 4 0.00116038135315367 0.02 + ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02 + 1 0.225857638569 0.02 + 2 0.256421170949333 0.02 + 3 0.209230210478667 0.02 + 4 0.116863585449667 0.02 + 5 0.0457727744643333 0.02 + 6 0.0139900806697867 0.02 + PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01 + 1 0.358998301162333 0.01 + 2 0.0348521859365667 0.01 + 3 0.184789673534 0.01 + PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01 + 1 0.352829683224667 0.01 + 2 0.0323479804176 0.01 + 3 0.180486551285333 0.01 + FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01 + 1 0.454450017158667 0.01 + 2 0.160823529969333 0.01 + 3 0.0944468077710667 0.01 + 4 0.105281338489667 0.01 + 5 0.0155016033633 0.01 + 6 0.0956846003217333 0.01 + Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01 + 1 0.673510772480667 0.01 + 2 0.0930110047641 0.01 + 3 0.0280359937297 0.01 + 4 0.0397315614067667 0.01 + 5 0.0145524520950667 0.01 + 6 0.135099498189 0.01 + Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01 + 1 0.624253565357667 0.01 + 2 0.113068441282333 0.01 + 3 0.0456605631765 0.01 + 4 0.0516089447155667 0.01 + 5 0.0185881765378333 0.01 + 6 0.123317313800333 0.01 + Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01 + 1 0.25454117519 0.01 + 2 0.159027180368333 0.01 + 3 0.113789577528667 0.01 + 4 0.0615266612553333 0.01 + 5 0.0694997351590667 0.01 + Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01 + 1 0.672556163913 0.01 + 2 0.0866890773125333 0.01 + 3 0.0313987199704333 0.01 + 4 0.0314691889898667 0.01 + 5 0.0138168327362333 0.01 + 6 0.139114789690333 0.01 +// Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01 +// 1 0.412398433968333 0.01 +// 2 0.273694508221667 0.01 +// 3 0.116142498670667 0.01 +// 4 0.0193110980315 0.01 + +OPTIONS + OPT_NAME OPT_VALUE + MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR 1 + //optctrl_history 1 // nlsic + //optctrl_trace 3 // BFGS + //optctrl_reltol 1.e-10 // BFGS + //optctrl_maxit 1000 // BFGS + posttreat_R plot_smeas.R + prl_exp e_coli_U-Glc_exact.ftbl + commandArgs --TIMEIT --noscale +