Mercurial > repos > xuebing > sharplabtool
directory /mytools/ @ 9:87eb5c5ddfe9
| name | size | permissions | 
|---|---|---|
| [up] | drwxr-xr-x | |
|  .DS_Store | 6148 | -rw-r--r-- | 
|  ._.DS_Store | 82 | -rw-r--r-- | 
|  ._StartGenometriCorr.xml | 403 | -rw-r--r-- | 
|  ._Start_GenometriCorr.R | 402 | -rw-r--r-- | 
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|  ._align2database.xml | 171 | -rw-r--r-- | 
|  ._align2multiple.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._alignr.py | 251 | -rw-r--r-- | 
|  ._alignr.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._alignvis.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._altschulEriksonDinuclShuffle.py | 415 | -rw-r--r-- | 
|  ._bed_to_bam.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._bedclean.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._bedsort.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
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|  ._bowtie2bed.xml | 193 | -rwxr-xr-x | 
|  ._bwBinavg.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._cdf.r | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._cdf.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
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|  ._collapseBed.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
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|  ._convertEnsembl.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
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|  ._fimo2.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._fimo2bed.py | 530 | -rw-r--r-- | 
|  ._fimo2bed.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._genomeView.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._genomeview-old2.r | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._genomeview.r | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._genomeview_notused | 171 | -rw-r--r-- | 
|  ._headtail.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._intersectSig.xml | 171 | -rw-r--r-- | 
|  ._intersectbed.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._intervalSize.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._iupac2meme.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
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|  ._makebigwig.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._makewindow.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._meme.xml | 171 | -rw-r--r-- | 
|  ._memelogo.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._metaintv.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._metaintv_ext.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._phastCons.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._plotmatrix.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._r_wrapper.sh | 641 | -rwxr-xr-x | 
|  ._r_wrapper_old.sh | 641 | -rwxr-xr-x | 
|  ._random_interval.py | 521 | -rw-r--r-- | 
|  ._random_interval.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._removeDuplicate.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._resize.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._revcompl.py | 521 | -rw-r--r-- | 
|  ._revcompl.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  ._sampline.py | 193 | -rwxr-xr-x | 
|  ._seq2meme.py | 530 | -rw-r--r-- | 
|  ._seq2meme.xml | 171 | -rwxr-xr-x | 
|  ._seqshuffle.py | 521 | -rw-r--r-- | 
|  ._shuffleBed.py | 521 | -rw-r--r-- | 
|  ._shuffleBed.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._shuffleSequenceUsingAltschulErikson.txt | 542 | -rw-r--r-- | 
|  ._spatial_proximity.xml | 572 | -rw-r--r-- | 
|  ._splicesite.xml | 171 | -rw-r--r-- | 
|  ._splicesitescore | 240 | -rwxr-xr-x | 
|  ._stats.txt | 392 | -rw-r--r-- | 
|  ._venn.xml | 581 | -rw-r--r-- | 
|  .sorted.bed | 0 | -rw-r--r-- | 
|  StartGenometriCorr.xml | 1025 | -rw-r--r-- | 
|  Start_GenometriCorr.R | 3007 | -rw-r--r-- | 
|  align2database.py | 4665 | -rw-r--r-- | 
|  align2database.xml | 4554 | -rw-r--r-- | 
|  align2multiple.xml | 4736 | -rw-r--r-- | 
|  alignr.py | 13819 | -rw-r--r-- | 
|  alignr.xml | 7471 | -rw-r--r-- | 
|  alignvis.py | 2647 | -rw-r--r-- | 
|  alignvis.r | 270 | -rw-r--r-- | 
|  alignvis.xml | 1979 | -rwxr-xr-x | 
|  altschulEriksonDinuclShuffle.py | 3960 | -rw-r--r-- | 
|  bedClean.py | 1112 | -rw-r--r-- | 
|  bed_to_bam.xml | 1421 | -rw-r--r-- | 
|  bedclean.xml | 1209 | -rwxr-xr-x | 
|  bedsort.xml | 692 | -rwxr-xr-x | 
|  bigWigAverageOverBed.xml | 560 | -rw-r--r-- | 
|  binaverage.xml | 3397 | -rw-r--r-- | 
|  binnedAverage.py | 2564 | -rw-r--r-- | 
|  bowtie2bed.pl | 1018 | -rwxr-xr-x | 
|  bowtie2bed.xml | 1580 | -rwxr-xr-x | 
|  bwBinavg.xml | 1954 | -rw-r--r-- | 
|  cdf.r | 2976 | -rwxr-xr-x | 
|  cdf.xml | 2876 | -rw-r--r-- | 
|  closestBed.py | 0 | -rw-r--r-- | 
|  closestBed.xml | 1309 | -rw-r--r-- | 
|  collapseBed.py | 1711 | -rw-r--r-- | 
|  collapseBed.xml | 839 | -rw-r--r-- | 
|  collapseBed2.py | 1076 | -rw-r--r-- | 
|  collapseTab.py | 1032 | -rw-r--r-- | 
|  collapseTab.xml | 737 | -rw-r--r-- | 
|  convertEnsembl.py | 413 | -rw-r--r-- | 
|  convertEnsembl.xml | 667 | -rw-r--r-- | 
|  dreme.xml | 2480 | -rw-r--r-- | 
|  endbias.py | 1351 | -rw-r--r-- | 
|  endbias.xml | 504 | -rw-r--r-- | 
|  fasta-dinucleotide-shuffle.py | 5849 | -rwxr-xr-x | 
|  fastamarkov.xml | 727 | -rwxr-xr-x | 
|  fastashuffle1.xml | 579 | -rwxr-xr-x | 
|  fastashuffle2.xml | 1306 | -rw-r--r-- | 
|  fastqdump.xml | 677 | -rwxr-xr-x | 
|  fimo2-old.xml | 2628 | -rw-r--r-- | 
|  fimo2.xml | 1762 | -rwxr-xr-x | 
|  fimo2bed.py | 1881 | -rw-r--r-- | 
|  fimo2bed.xml | 635 | -rw-r--r-- | 
|  genomeView.xml | 4704 | -rw-r--r-- | 
|  genomeview.r | 2146 | -rw-r--r-- | 
|  getGenomicScore.py | 3471 | -rw-r--r-- | 
|  headtail.xml | 1021 | -rwxr-xr-x | 
|  intersectSig.py | 3539 | -rw-r--r-- | 
|  intersectSig.xml | 2305 | -rw-r--r-- | 
|  intersectbed.xml | 4311 | -rw-r--r-- | 
|  intervalOverlap.py | 2880 | -rw-r--r-- | 
|  intervalSize.py | 430 | -rw-r--r-- | 
|  intervalSize.xml | 475 | -rwxr-xr-x | 
|  iupac2meme.xml | 2083 | -rwxr-xr-x | 
|  makebigwig.sh | 1366 | -rwxr-xr-x | 
|  makebigwig.xml | 1723 | -rw-r--r-- | 
|  makewindow.py | 526 | -rw-r--r-- | 
|  makewindow.xml | 594 | -rwxr-xr-x | 
|  meme.xml | 16934 | -rw-r--r-- | 
|  memelogo.xml | 673 | -rwxr-xr-x | 
|  metaintv.py | 3359 | -rw-r--r-- | 
|  metaintv.xml | 1288 | -rw-r--r-- | 
|  metaintv2.py | 3410 | -rw-r--r-- | 
|  metaintv3.py | 3410 | -rw-r--r-- | 
|  metaintv_ext.py | 4265 | -rw-r--r-- | 
|  metaintv_ext.xml | 958 | -rw-r--r-- | 
|  phastCons.xml | 2355 | -rw-r--r-- | 
|  plotmatrix.py | 2626 | -rw-r--r-- | 
|  plotmatrix.xml | 2110 | -rwxr-xr-x | 
|  r_wrapper.sh | 36 | -rwxr-xr-x | 
|  r_wrapper_old.sh | 565 | -rwxr-xr-x | 
|  random_interval.py | 2843 | -rw-r--r-- | 
|  random_interval.xml | 2941 | -rw-r--r-- | 
|  removeDuplicate.xml | 316 | -rw-r--r-- | 
|  resize.py | 1869 | -rw-r--r-- | 
|  resize.xml | 1691 | -rwxr-xr-x | 
|  revcompl.py | 1911 | -rw-r--r-- | 
|  revcompl.xml | 998 | -rw-r--r-- | 
|  sampline.py | 4639 | -rwxr-xr-x | 
|  sampline.xml | 4449 | -rwxr-xr-x | 
|  seq2meme.py | 3335 | -rw-r--r-- | 
|  seq2meme.xml | 979 | -rwxr-xr-x | 
|  seqshuffle.py | 1121 | -rw-r--r-- | 
|  sequence.py | 29075 | -rwxr-xr-x | 
|  shuffleBed.py | 3247 | -rw-r--r-- | 
|  shuffleBed.xml | 2107 | -rw-r--r-- | 
|  spatial_proximity.py | 1038 | -rw-r--r-- | 
|  spatial_proximity.xml | 1701 | -rw-r--r-- | 
|  splicesite.xml | 1438 | -rw-r--r-- | 
|  venn.xml | 3138 | -rw-r--r-- | 
