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changeset 3:1ce9b1d72ec3 draft

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planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/flye commit 9de56f311ae694ec8c636b24be7815f92521ca96
author bgruening
date Sun, 02 Dec 2018 12:53:28 -0500
parents 156e0da5b917
children 3ee0ef312022
files flye.xml test-data/result1_assembly_graph.gfa test-data/result2_assembly_graph.gfa test-data/result3_assembly_graph.gfa
diffstat 4 files changed, 30 insertions(+), 16 deletions(-) [+]
line wrap: on
line diff
--- a/flye.xml	Thu Nov 29 04:34:34 2018 -0500
+++ b/flye.xml	Sun Dec 02 12:53:28 2018 -0500
@@ -14,27 +14,27 @@
             #set $ext = 'fastq'
         #elif $input.is_of_type('fastqsanger.gz'):
             #set $ext = 'fastq.gz'
-        #elif $input.is_of_type('fasta.gz'):        
+        #elif $input.is_of_type('fasta.gz'):
             #set $ext = 'fasta.gz'
-        #elif $input.is_of_type('fasta'):        
+        #elif $input.is_of_type('fasta'):
             #set $ext = 'fasta'
         #end if
         ln -s '$input' ./input_${counter}.${ext} &&
     #end for
-    
+
     flye
     $mode
     #for $counter, $input in enumerate($inputs):
         ./input_${counter}.$ext
     #end for
 
-    -o out_dir 
+    -o out_dir
     -g '$g'
     -t \${GALAXY_SLOTS:-4}
     -i $i
     #if $m:
         -m '$m'
-    #end if    
+    #end if
     2>&1
     ]]></command>
     <inputs>
@@ -47,44 +47,44 @@
             <option value="--subassemblies">high-quality contig-like input</option>
         </param>
         <param argument="-g" type="text" label="estimated genome size (for example, 5m or 2.6g)">
-            <validator type="regex" message="Genome size must be a float  or integer, optionally followed by the a unit prefix (kmg)">^([0-9]*[.])?[0-9]+[kmg]?$</validator> 
+            <validator type="regex" message="Genome size must be a float  or integer, optionally followed by the a unit prefix (kmg)">^([0-9]*[.])?[0-9]+[kmg]?$</validator>
         </param>
         <param argument="-i" type="integer" value="1" label="number of polishing iterations" />
         <param argument="-m" type="integer" optional="true" label="minimum overlap between reads (default: auto)" />
     </inputs>
     <outputs>
-        <data name="contigs" format="fasta" from_work_dir="out_dir/contigs.fasta" label="${tool.name} on ${on_string} (contigs)"/>
         <data name="scaffolds" format="fasta" from_work_dir="out_dir/scaffolds.fasta" label="${tool.name} on ${on_string} (scaffolds)"/>
         <data name="assembly_info" format="tabular" from_work_dir="out_dir/assembly_info.txt" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_info)"/>
-        <data name="assembly_graph" format="graph_dot" from_work_dir="out_dir/assembly_graph.dot" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_graph)"/>
+        <data name="assembly_graph" format="graph_dot" from_work_dir="out_dir/assembly_graph.gv" label="${tool.name} on ${on_string} (assembly_graph)"/>
+        <data name="assembly_gfa" format="txt" from_work_dir="out_dir/assembly_graph.gfa" label="${tool.name} on ${on_string} (Graphical Fragment Assembly)"/>
         <data name="flye_log" format="txt" from_work_dir="out_dir/flye.log" label="${tool.name} on ${on_string} (log)"/>
     </outputs>
     <tests>
-        <test>            
+        <test>
             <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--pacbio-raw"/>
             <param name="g" value="10000"/>
-            <output name="contigs" file="result1_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
             <output name="scaffolds" file="result1_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
             <output name="assembly_info" file="result1_assembly_info.txt" ftype="tabular" compare="sim_size"/>
-            <output name="assembly_graph" file="result1_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>    
+            <output name="assembly_graph" file="result1_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>
+            <output name="assembly_gfa" file="result1_assembly_graph.gfa" ftype="txt" compare="sim_size"/>
         </test>
-        <test>            
+        <test>
             <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--nano-raw"/>
             <param name="g" value="10000"/>
-            <output name="contigs" file="result2_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
             <output name="scaffolds" file="result2_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
             <output name="assembly_info" file="result2_assembly_info.txt" ftype="tabular" compare="sim_size"/>
-            <output name="assembly_graph" file="result2_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>    
+            <output name="assembly_graph" file="result2_assembly_graph.dot" ftype="graph_dot" compare="sim_size"/>
+            <output name="assembly_gfa" file="result2_assembly_graph.gfa" ftype="txt" compare="sim_size"/>
         </test>
-        <test>            
+        <test>
             <param name="inputs" ftype="fasta" value="nanopore.fasta"/>
             <param name="mode" value="--pacbio-raw"/>
             <param name="g" value="10000"/>
             <param name="i" value="2"/>
-            <output name="contigs" file="result3_contigs.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
             <output name="scaffolds" file="result3_scaffolds.fasta" ftype="fasta" compare="sim_size"/>
+            <output name="assembly_gfa" file="result2_assembly_graph.gfa" ftype="txt" compare="sim_size"/>
         </test>
     </tests>
     <help><![CDATA[
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/result1_assembly_graph.gfa	Sun Dec 02 12:53:28 2018 -0500
@@ -0,0 +1,2 @@
+H	VN:Z:1.0
+S	contig_1	TTCGTTATTACTTCGTTCAGTTACGTATTGCTCGATTTTTTGGCATAAAGTCTAAAATTGAGCTACAGACTGAAACTTTGTACATTTTGTTTTTCAAACCACAAATAGTTTGCACACACAAAATTTGAAATCTGTGCGACCACTACTCCCTCTCTTGCCTCCCATATTAACTACTGGTATGACTCAGGATTCAACGAAATTTCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAGAGATGTGTACATTATTGTTTTAAAAATAATCGCCCTCTTCTTCTTCTAGCTCAACATTATAATTTTTCGAATCTGAACTCGAATCAGAATCAGATGTGAGTCAAATATTTTTGTCTGATGGATCAGGTTTAAGACTAGACTGTATTTCAAAAGACTTATTACCTGCCTTCGGAAGTGGTTTTTTTCCTATTTTTTTCTCTCTCTTTCTTTTAAACATATTGTTGATAATAGTGGGTCGAGGAATCAATAGCTCTGTGGAAAATATCATCATCGTATTGATCAAACTATTTTTCCTTGCATGTGATAATCGGTCCTTTTGCTTCAGGATTTATTCCGGGCTTCATAGCATTTCGCCTAGGCATCAAATTAGACAACGCCGAATTATTGATTTGATAGCCGTGGACCAATTACTTTATGGATCGTTAGTGACATAGGATACCATGGATACGTTTACATATATATAATTGAAAAGTTATATCGCAAAAGAACGAAATTTGTCGGAATTTATAAAATAGTTGGATGATATTGCTATTAAAATAATGTGAAACTTTTTTTCCAAAGATTTTCGTTAAAGCTGGTTATCGACGAGAATTTGGTACTTGCAGCTCTTCTTGCCGTATTACCATCATTGCTATTACCGCTGCCATTCTGCTTCGGCATGCTTACTCGAAGGCCCATTTCTCTCCACATTTCCTCCTGGATATATTTTTTCGAATACTCATTTTTTTAACCTTGTCCTCTCCTTTTATATGCCACTTTTTTTATCTCAGCTCTGTATGATACGTTTTAAAACAAATTCAAAAAAACGGATCAGGCATGTAAATCGGACTTACCCCAAATTGTAAAGCAGCACTTTTGGTACAAAAGGTTTCTGAACTAAAATTTGAAATTTTCAACATTTGTGTTGGGCTGACTCCACAGATCGGACAACGTGGAGTAGATTTACAGTGTCTGTTAATACGTTTAGGACTTTTCCATCTATAAGTGTCATGTGCATTTCATAGCTAAATTCTATGTCACGATTTTCATCATGTTAAGTGAATGGCGTAAGATTTTTTTTTAATTTGATTATCTAACTGATTTTTCCATCATTATGTGGACAGCAGTTTCCTTTATCAACTCAATTTTAGGAGTCTGCAAAATCCAGATGGACTGCGGTGCTCTGTTTATCCAGATATGCCGATTAAACGAATCTATAATTTATGGGTATGACAGAAGTTACAAATAAAGATTGATCAGAAATTGGTGTGCCAAGTGCTTCCAGTTTCATATTTCTGCTTGTAAGCACTATGACCAGTTGTCCCATCAAATCCGTAGCTGCAAATTAATTTGATTTAAAGATATCTGGAAATTCGCCGAATACATCAGATTGCAGCAATTAATCTTTGCGCTTGTATGATCAAAGAGATTTTGTAATAGCACTTGAGCAGTGTTTCCATTACTTCACCCTCTGGTCGGCACTGTAATTTAGCTTCGATCACTTCATTATACGGCGGATATATATCGCCGTTATGGCTGTTAAAAGCCTGGTGCTTATATATTGCTGTTTTGTCAGCGTGTTTTCCAGGAGATAAGCTAGAGCTGTCTGGTGAAAGAGTTGGTTTTGGCATTGAACATCCTCGATTCGCTTGGAAATTCTGGTGTTTTAAAGTTTCTTTAAGAACAAAGGCAACGTCCTCTTGCATTCTTTTCTAGCAGCACAGTTGCTGCATGAATCAAAAGACTTGTGTCGTGGTCACTTTCACTTGCCAGATTCGATGCCAGTTTCCTTTTAATCTTTCTCCTGCATTTTGGTAAGATAAGTTTCGGCGTCCCATTTGCTGGGGTATATTGGAGTTTTCAAAATCACTAATCACTTTTCTAGTAGAAAATAATTGCTTCAGAGGACGATATATTGACGCATAAAAGAAATTTAGGCTTTATGCCACGGAGTCTGGACCACAGTGCGCTGCTACGCTACGCTTGGTGCCCAACAAGACATCAGATTAGTTCATTTCGACCCATATAATTGAAGATAAGGATAGTGTTCGATGCATTTTCCTAAACTAATCCGTAAACTAAAAATTACGTTATTTACGTTAAAGAAATCTCTTATTGAGTAATTTTTGCTTGTCCACGACAAAATAAAGGAAAAAATAATTAAGATAGGAATGCAAATGTTGGTATTTAAGTTTACATTACTACTTTTGTTTGTTTGGCTTACTTTACATTAGAATTATGTATGATTAATTGATATTTAAACTATAAAATTCTTTAAATTAAGAGACCTAGATATACGATTCATTAAGGCAAGGTATTTTTAGCACACTAGTTTAGGAATATCTGACTTTATATATGCACGTGTGTTATTATTATTTTGTTTGTTCACGCTATGCCGTACTTACGCACTTTCCATCGATGTCAGCAGGCCTGAATGCGATGATGATCTGCTGTATGATATTAATATATAAATTGGGAGAAAATCACATATATGTGTTTGTCAGATCTCCCACAGAGTTAAAGCTAGAATTAGAATCGTAGAGGTTTATAGTAAATATTTTTTGAGGCAAAATTAACACATATATGAAGAAACTATTCCAAGATACTCAAGACTGGACACGATCATTCGTGTTGTGGCTACTTCAGGTTCGCAGCATACGCAGTCGGCGCAAGAACTCAGCAAACCAGCTCTGCGATCTTCACTTGGTTAGCAGAAGAAAGGACAAGCCAACACCGCTGCACGCGGTGGGTGCTCTGATGCAAGCAGTTGTGAGATCTTTCTGCGATCGATGAAGCCACCGTAAATTTTACACGTGGTCAAAGTTAGGGCGAAGAACAATGCCGATGCAACTAAGACTTCTACTTCACGATTTAAACTATCACTTGGCGGTATTTGCCTTGAAAAGCTCTTATCTGGTCTACACGATGCTCGTGGATTTATAATCAGGGACTTTGCATCCGATTAAACTGCCTCGATCACGCCTTCCGAAAGAGAGCGGTGGTATGCAAATCAAGTGTAATGACCGTAGTTTGCTGACAATCCAGAGCTCAGGAATTTTTGTGGTACATTTTATATTCAGTTTTGCCAGGATTTGGATTTGGCTATAATGGTTTGTTACCAAATGAGTGCGATAGCGCACATATAAGGTGCCATTTTGGCTCGACTCCACGACCTCCTCCGGTCGAGGTCGTAGCTGAAGCTACCTGGCTCAGTAACTTCTCTAAAGGGTCAGCTAGCATGTCTACGATGCTGTGCACCCAGGCACTACTATGTTTGGAGGGACTTGGGTACAGCAGCCTCCACTGGCCCCTACCTGTTTCGCCAGCGGCTACGTCTCTTCGATGAGCAGTGCAACAAATCGATTGGTATTTGACTGCGGCTACTCAGTATCGCTGACCTCATCGACTTTGTGCCAGTTTAACCGTCTTTCTTATGGGGCACGGTGAACTGTATAATTTCGCCGGCCTCTAGGGATTCGTTGTCCTTACATTATCTCTTTCAATTTCATTGGAGCTGGAGGTGGAGCTGCCAATGGCCGATATATTTCATGGAATTTTCGAGTACCTTATGTGCTGGATTTCGATGATGTGGGTGCGGCGGGTGGCGGCTCCTTACGCTTCCTATGGATTATTTTTAGGCACAAGCGTATGCCAACGAATTTCTTCTTAGAAAGTGGACGAAAGCCGCTTTATCCATTTCCGTGGAGTCTGCCATGGTAATTGCGTGCAAGAGCACGTGTCGTTTAAGTTTTTGCCTCTTCTGGATGTGTATGATGGCACGTTTGGCAGCGGTCGGGCGTAGAAAATATTTCTGTTGCTGGCAGCGACGGCAGTGCAGCCGACCGGTACAGTACCGTTCAGCTTCGAGAACGATCCGCATGCGCACAGGCAGCATTTGCCTGTGTTGAAGTTACCGTTATTCACTCGATTTTCGGTAGCCAAACAGATCGCTCGGCGTAAGAAGTAGTCGTCGTGAATTTTCCGCTGGCACGTATACGCACTGCGAGTTCGATCTTGACTGACTGAGCTATCACGTGTAAATCCATTTTGTTTGTGTGTTACAGAAGTTGCGAAATTCGCTACTTGTGAAGCATCGTCCTCGATCCGCTATAATCCTGCGGACGCTCAAATGTCGATATGGCGCTGCACTGCTACTGCATGCAACTAATCGAGTCTCAATTCCAGGTCTGGTACAAATGGGCGTGCTTGGTAGAAAGCATCAATTTGTACAATGACGCATATTCCTTTTCGTCTTTCTTGCCACTCAATTTCAATTTCTCAATGGTATCTTCATGCCATCATGTGCACTATGGCCTCGTGTATATGATTAACAACGGACCATCTAAACGCCTCGAAATAACAGGAAAGCATCGCGTCTTGCCATTTCTTTGAATAATACGATGGAACAGACTGTTTCTAATCTCATACGTGTTCGCTAATTCTCTCTGCATCTCGTCACTATTCAACTCGCTCATAATATTCAATGTTTTCATCGCGCTGCTGCTCGGATGCTAGCCAGTTAGTGTGATAGTTGCCAAGTCAACTCTTACTTCTACAACTTTGCTTGACTTTGCTTCTAGAGCTACAGGATTCCTTGACAAGAAATCAACATGAGCCATTTGGCTTTCTTTACGATATTCAACGTGGTACTCAAAGAGACCACCATTGCACCTGGTTTTATGTGTTTTTTTGGCAGAAATTTGAAATGATGACCTATCTTCACCAAATTTGGGTTTTGTTGTTCTTTACTTCCCCAAGATGATTCACAAAGTTTCAAGTG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