Mercurial > repos > bgruening > rnaz
changeset 2:580ee1e91801 draft
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/rnaz commit e85474d72b07c70ca061f51b7165951038a06a6c
author | bgruening |
---|---|
date | Thu, 28 Sep 2017 11:21:09 -0400 |
parents | e23c455f8335 |
children | 3c43015da1d8 |
files | rnaz.xml test-data/rnaz_result2.fasta test-data/rnaz_result_trna.fasta |
diffstat | 3 files changed, 17 insertions(+), 16 deletions(-) [+] |
line wrap: on
line diff
--- a/rnaz.xml Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500 +++ b/rnaz.xml Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -<tool id="rnaz" name="RNAz" version="2.1.0"> +<tool id="rnaz" name="RNAz" version="2.1.1"> <description>predicting structurally conserved and thermodynamically stable RNA secondary structures</description> <requirements> @@ -15,8 +15,7 @@ <![CDATA[ RNAz '$input' --$forward_or_reverse - $dinucleotide - $mononucleotide + $zscore $locarnate $noshuffle #if $cutoff != -1.0: @@ -34,9 +33,11 @@ <option value="reverse">Score reverse strand (-r)</option> <option value="both-strands">Score both strands (-b)</option> </param> + <param name="zscore" type="select" label="Which type of z-scores"> + <option value="--mononucleotide">Use mononucleotide shuffled z-scores</option> + <option value="--dinucleotide" selected="true">Use dinucleotide shuffled z-scores</option> + </param> <param argument="--cutoff" label="Probability cutoff" type="float" value="-1.0" help="-1.0 to deactivate"/> - <param argument="--dinucleotide" type="boolean" checked="true" truevalue="--dinucleotide" falsevalue="" label="Use dinucleotide shuffled z-scores" /> - <param argument="--mononucleotide" type="boolean" checked="true" truevalue="--mononucleotide" falsevalue="" label="Use mononucleotide shuffled z-scores" /> <param argument="--locarnate" type="boolean" checked="false" truevalue="--locarnate" falsevalue="" label="Use decision model for structural alignments" /> <param argument="--no-shuffle" name="noshuffle" type="boolean" checked="false" truevalue="--no-shuffle" falsevalue="" label="Never fall back to shuffling" /> </inputs>
--- a/test-data/rnaz_result2.fasta Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500 +++ b/test-data/rnaz_result2.fasta Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400 @@ -1,24 +1,24 @@ >AP000397.1_114390-114319 UGGAGUAUAGCCAAG--UGG--UAAGGCAU-CGGUUUUUGGUACCGGCAU---------GCAAAGGUUCGAAUCCUUUUACUCCAG -(((((((..(((...--.))--)...((((-((((.......))))..))---------))(((((.......)))))))))))). ( -22.00, z-score = -1.73, R) +(((((((..(((...--.))--)...((((-((((.......))))..))---------))(((((.......)))))))))))). ( -22.00, z-score = -2.10, R) >X03715.1_388-461 CGGAAAGUAGCUUAGCUUGG--UAGAGCAC-UCGGUUUGGGACCGAGGGG---------UCGCAGGUUCGAAUCCUGUCUUUCCGA -(((((((..((((.((((..--..)))).(-((((((...))))))))))---------).(((((.......)))))))))))). ( -28.90, z-score = -2.35, R) +(((((((..((((.((((..--..)))).(-((((((...))))))))))---------).(((((.......)))))))))))). ( -28.90, z-score = -2.01, R) >U67517.1_7511-7582 GCCGGGGUGGGGUAG--UGG--CCAUCCUGGGGGACUGUGGAUCCC-CUG---------ACCCGGGUUCAAUUCCCGGUCCCGGCC -.(((((((((.....--...--)))))))))(((((((.(((..((-(..---------....)))......)))))))))).... ( -35.60, z-score = -1.36, R) +.(((((((((.....--...--)))))))))(((((((.(((..((-(..---------....)))......)))))))))).... ( -35.60, z-score = 0.05, R) >X99256.1_11558-11626 GUAAACAUAGUUUA----AU--CAAAACAU-UAGAUUGUGAAUCUAACA----------AUAGAGGCUCGAAACCUCUUGCUUACC -((((.(((((((((----((--......))-))))))))).........----------..(((((.......)))))...)))). ( -13.90, z-score = -2.44, R) +((((.(((((((((----((--......))-))))))))).........----------..(((((.......)))))...)))). ( -13.90, z-score = -2.78, R) >M10217.1_5910-5978 AGUAAAGUCAGCUA----AA--AAAGCUUUUGGGCCCAU--ACCCCAAAC---------AUGUUGGUUAAACCCCUUCCUUUACUA -(((((((..((((.----..--..))))((((((.....--..)))))).---------...................))))))). ( -13.90, z-score = -2.40, R) +(((((((..((((.----..--..))))((((((.....--..)))))).---------...................))))))). ( -13.90, z-score = -1.16, R) >AC021639.5_181586-181505 GCAGUCGUGGCCGAGU---GGUUAAGGCGU-CUGACUCGAAAUCAGAUUCCCUCUGGGAGCGUAGGUUCGAAUCCUACCGGCUGCG -((((((((((((....---)))))..((((-((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))). ( -31.20, z-score = -1.31, R) +((((((((((((....---)))))..((((-((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))). ( -31.20, z-score = -1.56, R) >AP000063.1_59179-59095 GCGGGGGUGCCCGAGCCUGGCCAAAGGGGU-CGGGCUCAGGACCCGAUGGCGUAGGCCUGCGUGGGUUCAAAUCCCACCCCCCGCA -(((((((((...((((((((((.....)))-))))))).(((((((..(((....)))....)))))))......)).))))))). ( -52.80, z-score = -4.23, R) +(((((((((...((((((((((.....)))-))))))).(((((((..(((....)))....)))))))......)).))))))). ( -52.80, z-score = -3.28, R) >consensus GCGAAAGUAGCCUAG__UGG__UAAGGCAU_CGGACUCUGGACCCGACAG_________ACGUAGGUUCGAAUCCUACCCCUCCCA (((((((..(((.............)))...((((.......))))...............(((((.......)))))))))))). (-27.32 = -19.11 + -8.22)
--- a/test-data/rnaz_result_trna.fasta Wed Mar 01 17:15:13 2017 -0500 +++ b/test-data/rnaz_result_trna.fasta Thu Sep 28 11:21:09 2017 -0400 @@ -1,15 +1,15 @@ >sacCer1 GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU -(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score = -2.74, R) +(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score = -2.35, R) >sacBay GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU -(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score = -2.74, R) +(((((((.(((((........))))...((((.((((....))))))))(((((....)))))).))))))). ( -29.20, z-score = -2.35, R) >sacKlu GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGCUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU -(((((((.(((((........)))).(((((.......)))))......(((((....)))))).))))))). ( -27.20, z-score = -1.87, R) +(((((((.(((((........)))).(((((.......)))))......(((((....)))))).))))))). ( -27.20, z-score = -1.34, R) >sacCas GCUUCAGUAGCUCAGUCGGAAGAGCGUCAGUCUCAUAAUCUGAAGGUCGAGAGUUCGAACCUCCCCUGGAGCA -(((((((..((((........)))).((((.........))))((((((......)).))))...))))))). ( -23.20, z-score = -1.36, R) +(((((((..((((........)))).((((.........))))((((((......)).))))...))))))). ( -23.20, z-score = -1.22, R) >consensus GCCUUGUUGGCGCAAUCGGUAGCGCGUAUGACUCUUAAUCAUAAGGUUAGGGGUUCGAGCCCCCUACAGGGCU (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-26.50 = -23.63 + -2.87)