 lib/
galaxy/datatypes
|
|
drwxr-xr-x |
 README
|
3747 |
-rw-r--r-- |
|
add_taxa.xml
|
946 |
-rw-r--r-- |
|
adjust_seq_orientation.xml
|
994 |
-rw-r--r-- |
|
align_seqs.xml
|
5351 |
-rw-r--r-- |
|
alpha_diversity.xml
|
2582 |
-rw-r--r-- |
|
alpha_rarefaction.xml
|
3874 |
-rw-r--r-- |
|
assign_taxonomy.xml
|
4493 |
-rw-r--r-- |
|
beta_diversity.xml
|
13659 |
-rw-r--r-- |
|
beta_diversity_through_3d_plots.xml
|
6600 |
-rw-r--r-- |
|
beta_significance.xml
|
1304 |
-rw-r--r-- |
|
blast_wrapper.xml
|
1014 |
-rw-r--r-- |
|
categorized_dist_scatterplot.xml
|
1984 |
-rw-r--r-- |
|
check_id_map.xml
|
2098 |
-rw-r--r-- |
|
collate_alpha.xml
|
906 |
-rw-r--r-- |
|
compare_3d_plots.xml
|
3023 |
-rw-r--r-- |
|
consensus_tree.xml
|
876 |
-rw-r--r-- |
|
convert_otu_table_to_unifrac_sample_mapping.xml
|
792 |
-rw-r--r-- |
|
convert_unifrac_sample_mapping_to_otu_table.xml
|
821 |
-rw-r--r-- |
|
denoise.xml
|
2161 |
-rw-r--r-- |
|
dissimilarity_mtx_stats.xml
|
681 |
-rw-r--r-- |
|
exclude_seqs_by_blast.xml
|
2653 |
-rw-r--r-- |
|
extract_seqs_by_sample_id.xml
|
1140 |
-rw-r--r-- |
|
filter_alignment.xml
|
2201 |
-rw-r--r-- |
|
filter_by_metadata.xml
|
1312 |
-rw-r--r-- |
|
filter_fasta.xml
|
1672 |
-rw-r--r-- |
|
filter_otu_table.xml
|
1732 |
-rw-r--r-- |
|
filter_otus_by_sample.xml
|
1086 |
-rw-r--r-- |
|
fix_arb_fasta.xml
|
593 |
-rw-r--r-- |
|
identify_chimeric_seqs.xml
|
3812 |
-rw-r--r-- |
|
jackknifed_beta_diversity.xml
|
3873 |
-rw-r--r-- |
|
make_2d_plots.xml
|
2995 |
-rw-r--r-- |
|
make_3d_plots.xml
|
6334 |
-rw-r--r-- |
|
make_bootstrapped_tree.xml
|
820 |
-rw-r--r-- |
|
make_distance_histograms.xml
|
2530 |
-rw-r--r-- |
|
make_fastq.xml
|
1105 |
-rw-r--r-- |
|
make_library_id_lists.xml
|
1429 |
-rw-r--r-- |
|
make_otu_heatmap_html.xml
|
2665 |
-rw-r--r-- |
|
make_otu_network.xml
|
1716 |
-rw-r--r-- |
|
make_otu_table.xml
|
1212 |
-rw-r--r-- |
|
make_per_library_sff.xml
|
1310 |
-rw-r--r-- |
|
make_phylogeny.xml
|
1623 |
-rw-r--r-- |
|
make_pie_charts.xml
|
2467 |
-rw-r--r-- |
|
make_prefs_file.xml
|
2073 |
-rw-r--r-- |
|
make_qiime_py_file.xml
|
1677 |
-rw-r--r-- |
|
make_qiime_rst_file.xml
|
652 |
-rw-r--r-- |
|
make_rarefaction_plots.xml
|
2212 |
-rw-r--r-- |
|
merge_denoiser_output.xml
|
1217 |
-rw-r--r-- |
|
merge_mapping_files.xml
|
922 |
-rw-r--r-- |
|
merge_otu_maps.xml
|
845 |
-rw-r--r-- |
|
merge_otu_tables.xml
|
595 |
-rw-r--r-- |
|
multiple_rarefactions.xml
|
1831 |
-rw-r--r-- |
|
multiple_rarefactions_even_depth.xml
|
1666 |
-rw-r--r-- |
|
otu_category_significance.xml
|
2440 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_align_seqs_pynast.xml
|
4418 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_alpha_diversity.xml
|
3503 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_assign_taxonomy_blast.xml
|
4280 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_assign_taxonomy_rdp.xml
|
3578 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_beta_diversity.xml
|
3787 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_blast.xml
|
4346 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_identify_chimeric_seqs.xml
|
5690 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_multiple_rarefactions.xml
|
4076 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_pick_otus_blast.xml
|
4029 |
-rw-r--r-- |
|
parallel_pick_otus_uclust_ref.xml
|
5641 |
-rw-r--r-- |
|
per_library_stats.xml
|
648 |
-rw-r--r-- |
|
pick_otus.xml
|
10069 |
-rw-r--r-- |
|
pick_otus_through_otu_table.xml
|
10257 |
-rw-r--r-- |
|
pick_reference_otus_through_otu_table.xml
|
3309 |
-rw-r--r-- |
|
pick_rep_set.xml
|
1890 |
-rw-r--r-- |
|
plot_rank_abundance_graph.xml
|
1863 |
-rw-r--r-- |
|
plot_taxa_summary.xml
|
3939 |
-rw-r--r-- |
|
poller.xml
|
2196 |
-rw-r--r-- |
|
poller_example.xml
|
1269 |
-rw-r--r-- |
|
pool_by_metadata.xml
|
1310 |
-rw-r--r-- |
|
principal_coordinates.xml
|
850 |
-rw-r--r-- |
|
print_qiime_config.xml
|
570 |
-rw-r--r-- |
|
process_sff.xml
|
1266 |
-rw-r--r-- |
|
qiime_wrapper.py
|
9035 |
-rw-r--r-- |
|
quality_scores_plot.xml
|
992 |
-rw-r--r-- |
|
shared_phylotypes.xml
|
1173 |
-rw-r--r-- |
|
single_rarefaction.xml
|
1436 |
-rw-r--r-- |
|
sort_denoiser_output.xml
|
702 |
-rw-r--r-- |
|
sort_otu_table.xml
|
1076 |
-rw-r--r-- |
|
split_libraries.xml
|
8138 |
-rw-r--r-- |
|
split_libraries_illumina.xml
|
3171 |
-rw-r--r-- |
|
start_parallel_jobs.xml
|
879 |
-rw-r--r-- |
|
submit_to_mgrast.xml
|
969 |
-rw-r--r-- |
|
summarize_otu_by_cat.xml
|
1275 |
-rw-r--r-- |
|
summarize_taxa.xml
|
1731 |
-rw-r--r-- |
|
supervised_learning.xml
|
3031 |
-rw-r--r-- |
|
transform_coordinate_matrices.xml
|
1538 |
-rw-r--r-- |
|
tree_compare.xml
|
752 |
-rw-r--r-- |
|
trflp_file_to_otu_table.xml
|
685 |
-rw-r--r-- |
|
trim_sff_primers.xml
|
1488 |
-rw-r--r-- |
|
truncate_fasta_qual_files.xml
|
1156 |
-rw-r--r-- |
|
upgma_cluster.xml
|
694 |
-rw-r--r-- |
